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根据GenBank中流感病毒H9N2亚型HA基因与NA基因序列,分别设计扩增HA基因与NA基因的特异性引物,用RT-PCR方法扩增猪流感病毒H9N2济南株(SW/SD/JT/07)HA基因和NA基因,分别将RT-PCR扩增产物克隆入pMD18-T载体,进行测序分析。结果表明,SW/SD/JT/07 HA基因长度为1701bp,编码566个氨基酸,HA0切割位点序列为R-S-S-R-G,属非高致病性毒株;HA蛋白有8个糖基化位点,与参考毒株糖基化位点数一致;HA蛋白有5个受体结合位点,其中在190位氨基酸与其余参考毒株存在差异。SW/SD/JT/07 NA基因长度为1413bp,编码470个氨基酸,NA蛋白基质结合部与参考毒株一致,高度保守;NA蛋白有5个抗原位点,在325位为D其余参考毒株均为N,SW/SD/JT/07与DC/HB/W1/04,CK/GS/2/99在398位为E,其余参考毒株为D或N;SW/SD/JT/07 NA蛋白与CK/SH/F/98,DC/HB/W1/04,CK/GS/2/99,SW/GD/WXL/04,SW/SD/W4/03,SW/YN/Simao2/07一样在茎区63,64,65位发生氨基酸缺失。SW/SD/JT/07 HA基因与参考毒株的同源性82.5%~98.6%,NA基因与参考毒株的同源性82.2%~99.1%。SW/SD/JT/07 HA基因与NA基因系统发生树分析表明,SW/SD/JT/07与AIV H9N2亚型亲缘关系密切。 相似文献
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2015年以来山东、江苏等地的樱桃谷肉鸭暴发了一种由新型鹅细小病毒(NGPV)引起的短喙-侏儒综合征(BADS)的疾病,造成了严重的经济损失。为探究该病毒在鸭体内分布规律,本研究根据Gen Bank已登录的NGPV的VP3基因设计了3条引物,建立了检测NGPV的半套式PCR方法。该方法对其它常见鸭病原微生物无特异扩增,特异性好;最低可检出100拷贝/μL的病毒核酸,灵敏度高。采用建立的半套式PCR方法对山东、江苏两地8个樱桃谷肉鸭鸭群120只病死鸭的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胸腺、法氏囊、胰腺、脑和胆汁进行检测,结果显示患病鸭群的群体检出率为100%,个体检出率为80.8%(97/120);10种组织脏器中均检出NGPV,其中心脏检出率最高为93.8%,脑组织检出率最低为9.3%。本研究首次对NGPV在鸭体内10个脏器组织的分布进行统计分析,证明了NGPV对樱桃谷鸭具有广泛的组织嗜性。 相似文献
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传染性支气管炎病毒S1基因的遗传多样性 总被引:1,自引:0,他引:1
为全面分析传染性支气管炎(IBV)流行株S1基因的遗传变异,结合1992-2008年间从山东乃至全国分离鉴定的IBV毒株,在进行抗原性研究的基础上,对17株IBV毒株分别进行了S1基因的克隆测序,并与GenBank中具有代表性的参考株进行同源比较,同时对其高变区HVRⅠ氨基酸基序进行分析.根据系统发育树,结合病毒发生的年代、地域和临床病理,将58株IBV国内外毒株初步分为6个基因型,其中,国内流行株主要涵盖5种基因型,大部分流行株属于基因Ⅴ型(北方株为主)和基因Ⅳ型(南方株为主),两种类型毒株相互交织,呈现复杂的流行形式.对IBV高变区HVRⅠ氨基酸基序分析表明,多数毒株存在不同程度的点突变,尚有4株分离株在33位和34位之间有氨基酸残基的插入.S1基因的遗传变异具有多样性,与常规疫苗株和国外参考株相比,无论是核苷酸还是氨基酸均发生了较大的变异.不同IBV毒株S1基因片段与其全长之间遗传变异高度相关(r=0.968),但IBV流行株与疫苗株的遗传距离愈来愈远,彰显出IBV流行株在H120的免疫压力下,已经发生了较大程度的变异. 相似文献
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为获得鸡C3d基因的cDNA,从鸡肝细胞提取总RNA,通过RT-PCR扩增出C3d基因的cDNA,脂糖凝胶电泳鉴定后直接克隆到pMD18-T载体,构建C3d-pMD18-T重组质粒,转化大肠杆菌,酶切鉴定后进行序列测定。通过琼脂糖凝胶电泳证明有1.0 kb左右的PCR扩增片段,序列测定表明为C3d基因的cDNA。通过RT-PCR法从鸡肝细胞RNA中成功地扩增到鸡C3d基因的cDNA,为进一步构建基于C3d基因内佐剂的疫苗奠定了基础。 相似文献
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为从核酸水平证实我国鸡群中禽戊型肝炎病毒(HEV)的存在,本实验从山东省某鸡场患有肝脾肿大综合征的病鸡中采集10份粪便和8份胆汁样品,利用RT-PCR方法检测其中禽HEV ORF2基因片段,并将阳性PCR产物克隆测序。结果显示:18份粪便和胆汁样品中,13份为禽HEV RNA阳性;其序列间的同源性为97%~99%,与GenBank中登录的参考序列同源性为76.6%~98.1%;进化树显示与欧洲地区的禽HEV在同一分支,属于禽HEV基因3型。禽HEV ORF2基因的检出为进一步了解禽HEV对我国家禽养殖业的危害以及在我国的流行情况奠定了基础。 相似文献
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山东省牛“猝死病”病原学研究 总被引:9,自引:0,他引:9
采用流行病学调查、毒物检测及微生物学检验等方法,对山东省牛“猝死病”发病原因进行了系统研究。结果证明,本病是由凝结芽胞杆菌和克雷伯氏杆菌肺炎亚种协同感染所致,并通过研制成的二联灭活菌苗,有效地控制了牛“猝死病”的发生。 相似文献