花糕红点鲑多态性微卫星筛选及鸭绿江种群遗传多样性分析

利用强壮红点鲑（Salvelinus confluentus）的微卫星筛选出适用于我国的珍稀濒危冷水性鱼类——花糕红点鲑（Salvelinus malma）的多态性引物,并分析其鸭绿江种群的遗传多样性。结果显示,在强壮红点鲑的10个微卫星引物中有5个在花糕红点鲑群体中具有多态性,鸭绿江种群的等位基因数（N）a为6~22（平均15）,杂合度（H）为0.4063~0.9333（平均0.7851）,多态信息含量（PIC）为0.7164~0.9198（平均0.8536）。强壮红点鲑微卫星引物在花糕红点鲑中具有很好的通用性,花糕红点鲑的鸭绿江种群具有较高的遗传多样性水平。本研究结果为我国花糕红点鲑种质资源保护和管理提供遗传学理论依据。     

大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种及其杂交子代的遗传分析

用18对微卫星引物对大口黑鲈北方亚种(Micropterus salmoides salmoides,N)、佛罗里达亚种(M.salmoides floridanus,F)及其正交子代(N♀×F♂)和反交子代(F♀×N♂)进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明,18对引物扩增出的等位基因数为2~8个,平均等位基因数为5.0。检测到6对(Jzl48、Jzl68、Jzl84、MiSaTPW76、Msal21、Mdo6和Mdo7)亚种间特异性引物,其中有2对引物(Jzl48和Mdo7)可以用来鉴别大口黑鲈北方亚种、佛罗里达亚种和其杂交子代。平均有效等位基因数、平均期望杂合度和平均多态信息含量均为杂交组合F♀×N♂最高,分别为3.199 7,0.638 9和0.570 6,平均观测杂合度为杂交组合N♀×F♂最高(0.848 8)。对亲代与杂交子代间的遗传分化分析表明,正反交子代均与北方亚种的遗传分化最小(0.092和0.119 6)。基于Nei’s遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示正交子代N♀×F♂与母本N聚为一支,反交子代F♀×N♂与父本N聚为一支。     

虾夷马粪海胆群体的遗传多样性及微卫星标记与生长性状的相关性分析

为了明确性腺性状和分子标记之间的关系,在海胆选育工作中提高性腺性状,利用微卫星标记对海胆各生长性状及性腺颜色进行相关分析。选用28个虾夷马粪海胆多态性微卫星分子标记对虾夷马粪海胆自交F1代家系群体的进行了检测分析,结果表明:共检测到80个等位基因,平均等位基因数为2.857 1个;平均有效等位基因数为0.827 0个; 观测杂合度平均值0.515 0,期望杂合度平均值为0.530 4;平均多态信息含量（PIC）为0.402 6,卡方检验显示其中有9个位点发生了偏离(P<0.01)。采用一般线性模型(GLM)进行连锁显著性检验,发现与壳高、体重和体积显著相关（P<0.05）的微卫星标记各1个,分别为TS131、TS38和TS105;与海胆颜色L*值（暗-亮）显著和极显著相关的微卫星标记分别为4个 (TS38、TS85、TS105、TS108)和1个(TS41);与海胆颜色a*值（绿-红）显著和极显著相关的微卫星标记各1个(TS101 TS41);与海胆颜色b*值（蓝-黄）显著相关的微卫星标记3个(TS41、TS114和TS128);与海胆口器重显著和极显著相关的微卫星标记各1个(TS114和TS46)。该研究结果可以为虾夷马粪海胆的相关性状进一步QTL定位提供参考数据,并为虾夷马粪海胆的养殖和选育提供理论指导。     

基于双单倍体牙鲆挖掘与生长性状连锁的微卫星标记

利用中国水产科学研究院北戴河中心实验站2007年制备的双单倍体牙鲆为材料,根据生长性状表型值分成快速生长组(Fast growth group,FGG)和慢速生长组(Slow growth group,SGG),进行微卫星标记与生长性状的连锁分析.从牙鲆遗传连锁图谱选择40个高多态性的微卫星标记,覆盖了24个连锁群中的...     

应用微卫星标记分析云南、西藏4个地方特色鸡种的遗传多样性

利用18对微卫星引物测定云南省、西藏自治区4个地方特色鸡种(‘藏鸡’、‘勐腊茶花鸡'、‘贡山土鸡'、‘武定鸡’)的遗传多样性,对等位基因频率、等位基因数、有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量等遗传多样性参数进行了统计分析,并依据Nei氏DA遗传距离,采用NJ法和UPGMA法构建了系统聚类树.结果表明:18个微卫星座...     

青蟹野生与养殖群体遗传多样性的微卫星分析

利用微卫星分子标记对青蟹东海三门湾野生群体和浙江三门养殖群体的遗传多样性进行分析。6个微卫星位点在2个青蟹群体中共检测到66个等位基因,多态信息含量为0.746 ～ 0.895,均表现为高度多态性,可有效应用于青蟹遗传多样性的研究。青蟹野生群体与养殖群体的等位基因数分别为4 ～ 18,6 ～ 14,平均杂合度分别为0.577,0.561,平均多态信息含量分别为0.779,0.828;群体间遗传分化指数FST值为0.0317,遗传相似性指数为0.7930,遗传距离为0.2319。结果表明,青蟹野生与养殖群体的遗传多样性均较丰富,群体间存在一定的遗传分化。     

长牡蛎3代人工选育群体的微卫星分析

进行群体选育时,因近交机率增加和有效亲本数的减少,可能导致选育群体的遗传多样性下降,进而引起选育群体的性状衰退。为监测长牡蛎人工选育群体在选育过程中的遗传差异,实验应用微卫星DNA标记对长牡蛎野生和人工3代选育群体及其基础群体的遗传多样性进行了研究。微卫星10个位点在所有群体中均表现出较高的多态性,6个群体的平均等位基因数范围为24.0～29.7个,期望和观测杂合度分别为0.925～0.956和0.724～0.809。与野生群体和基础群体相比,长牡蛎选育3代群体的平均等位基因数和等位基因丰富度略有下降,但杂合度水平未发生明显变化。哈迪—温伯格平衡(HWE)检验结果显示,60个群体—位点组合中47个群体—位点组合显著偏离HWE平衡(P<0.05)。Fis指数均为正值,平均范围0.152～0.233,表明各群体在10个位点上表现为一定程度的杂合子缺失。各群体间Fst值的范围为0.008～0.025,遗传分化程度较弱。结果表明,连续3代的人工选育尚未明显降低长牡蛎群体的遗传多样性,仍可以一定的选择压力对选育群体进行人工选育,从而保证长牡蛎的优良生长性状得到持续提高。     

大黄鱼22个微卫星标记在F1家系中的分离方式及与生长性状的相关分析

研究了1个大黄鱼F1家系150个个体22个微卫星位点的基因型分布,并分析了标记位点与生长性状的相关性。结果显示,22个位点共检测到60个等位基因,平均等位基因数为2.73,平均有效等位基因数为2.37;平均观测杂合度与期望杂合度分别为0.75和0.73,部分位点基因型分布严重偏离孟德尔定律,暗示其可能与适应性基因相连锁,其中LYC0446位点附近可能存在隐性纯合致死基因。LYC0077位点与体质量、体长和体高均呈显著相关(P<0.05),其中等位基因A(165 bp)对应的生长性状表型值最大,可以作为选育快长性状的有效分子标记;LYC0015和LYC0243与体高呈显著相关(P<0.05),与体长、体质量的相关不显著(P>0.05),LYC0015位点的等位基因C(110 bp)和LYC0243位点的等位基因A(160 bp)为有利的等位基因。对LYC0015、LYC0077和LYC0243进行不同基因型个体表型值的多重比较,找到3种对生长性状有利的基因型,分别为BC、AA和AB。同时,以体质量性状为参照,对3个位点不同基因型组合进行比较,找到一个最优基因型组合(BC/AA/AB),与3个位点单独分析对应的最优基因型完全一致,符合加性作用模型。     

利用微卫星标记对文蛤4个壳色花纹品系的遗传分析

利用9个微卫星位点对文蛤红壳(RS)、黑斑(BS)、细纹(TC)、暗纹(DF)4个壳色花纹品系共120个个体进行遗传差异分析。结果共检测到105个等位基因,每个位点平均观察等位基因数为11.7个,其中WG07位点等位基因数最多(21个),WG11位点最少(7个)。每个品系均具有特异等位基因类型,不同品系中相同微卫星位点的等位基因分布规律不同。4个文蛤品系的观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量变异范围分别为0.110～1.000、0.486～0.867、0.433～0.834,均属高度多态性位点。Hardy-Weinberg平衡的卡方检测发现,大多数位点偏离平衡状态;聚类分析表明,4个品系间存在较明显的遗传差异,TC品系与其它品系的遗传距离最大,DF品系和RS品系的遗传距离相对较小。     

栉孔扇贝BES-SSR的开发及遗传多样性分析

通过分析栉孔扇贝BAC末端序列,发现大量微卫星DNA;随机选择14个多态性BES-SSR标记,在我国栉孔扇贝大连群体(DL)和青岛群体(QD)中验证标记的可用性,同时对这两个群体的遗传结构及其分化进行研究。结果表明,从17447条BESs中得到微卫星3374个,以四核苷酸重复为主(26.6%),五核苷酸重复次之(17.7%),六核苷酸重复最少(12.0%)。BES-SSR引物的扩增效率为77.3%(99/128),在作图亲本中的多态比例为33.6%(43/128),14个基因座在两群体中的平均等位基因数Na分别为18.9286和26.2143,平均有效等位基因数Ne为11.7505和17.0891,平均观察杂合度Ho为0.5100和0.4204,平均期望杂合度He为0.9156和0.9450,多态信息含量PIC分别为0.8940和0.9302,群体遗传多样性水平较高。两群体间的无偏遗传相似性系数为0.4879,遗传距离为0.7177,平均基因分化指数FST为0.0243,基因流Nm为10.0179,显示群体间遗传分化程度较弱,遗传变异主要来自于群体内个体之间,经Hardy-Weinberg平衡检验,两群体普遍存在杂合子缺失现象。研究表明,所开发的BES-SSR是高度多态位点,用于群体遗传多样性分析效果很好,显示BES是微卫星标记开发和应用的重要资源。