河南省羊肠道病毒的分离与序列测定

应用Vero细胞从河南省某腹泻羊场的粪便样品中分离出2株病毒。电镜观察显示,分离的病毒粒子直径大小为25~30 nm。单层免疫过氧化物酶对分离病毒进行了免疫学鉴定,结果显示分离的2株病毒均与羊肠道病毒CEV-JL14的高免血清发生强阳性反应。对RT-PCR扩增出的病毒基因片段进行了序列测定与比对分析,发现分离的2株病毒与CEV-JL14毒株处于同一分支,均为G种肠道病毒。本研究首次从河南省分离获得了羊肠道病毒,为进一步研究该病打下基础。     

建昌马mtDNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析

试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化。从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型及变异位点,计算单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)和平均核苷酸变异数(average number of nucleotide differences,K)。构建包括建昌马在内的19个品种马的NJ系统进化树,计算各品种间的遗传距离。结果显示,试验获得了清晰的PCR扩增产物,并通过直接测序方法获得了约1200 bp的序列。39匹建昌马mtDNA D-loop区247 bp序列(其中1个样品缺失1 bp)的AT碱基含量为61.45%,属AT碱基对富集区,检测到33个多态性位点,共显示26种单倍型,其中4种为共享单倍型,且Hap7和Hap1为优势单倍型,单倍型多样性为0.947,核苷酸多样性为0.02399,平均核苷酸变异数为5.901,显示丰富的母系遗传多样性;NJ系统进化树显示,建昌马分布在A、C、D、E、F、G共6个支系中,约50%的样品分布在A支系,显示出复杂的母系起源;建昌马与关中马的遗传距离最小(0.021),其次是三河马、文山马、韩国车巨马(0.024),与韩国济州岛马遗传距离最大(0.032)。本研究结果表明,建昌马的mtDNA D-loop高变区遗传多样性丰富,具有多个母系起源,且A支系占有明显优势,与关中马、文山马可能有共同的母系起源。     

我国玉米杂种优势群的利用、划分与演变浅析

简述从20世纪80年代以来我国玉米主产区杂交种利用和更替，以及这些杂交种的杂种优势群划分及其演变。目前国内主导杂种优势群是改良Reid（包括PA）、黄改、Reid（包括BSSS）和Lancaster，曾经发挥重要作用的旅大红骨、PB和Iodent群多用于主导群的种质扩增，新划分的X群，与改良Reid和Reid亲缘较近。过去40年我国种质改良方法主要是重组剩余基因，新基因发生方面探索较少，提出建立重要杂种优势群基因池，人工隔离自然进化，从突变源头获取新基因，实现种质进化。     

2018〜2019年我国部分地区新城疫病毒的F基因序列分析

本研究自2018-2019年从疑似感染新城疫的家禽病料分离鉴定出13株新城疫病毒(Newcastle disease viruses,NDV),采用RT-PCR方法对这13株NDV分离株的F基因进行扩增,产物经TA克隆并测序后与GenBank数据库中的参考毒株进行遗传进化分析。结果显示,其中的7株属于基因Ⅱ型,5株属于基因VI型,1株属于ClassⅠ亚型。F基因相似性分析结果显示,7株基因Ⅱ型毒株与疫苗株La Sota.Bl sClone 30的核昔酸相似性在9&1%-100%之间,氨基酸的相似性在97.6%~100%之间。5株基因VI型分离株与Ⅱ、Ⅶ型疫苗株及VIb亚型代表株之间的核昔酸相似性在79.7%-98.4%之间,氨基酸的相似性在76.6%-97.6%之间。1株基因Ⅰ型的分离株与Ⅱ,Ⅶ型疫苗株及Class Ⅰ代表毒株的核昔酸相似性在52.1%-97.3%之间,氨基酸的相似性在68.5%-96.8%之间,表明当前部分地区的NDV分离株与传统疫苗株之间存在较明显的遗传特征差异。     

福建黄兔线粒体基因组全序列测定与分析

福建黄兔是中国优良的小型兼用品种，从线粒体水平分析福建黄兔在兔形目动物中的系统发育地位，对探究其起源、进化和种群分类具有重要意义。利用PCR高保真扩增技术和生物信息学软件对福建黄兔线粒体基因组进行获取、拼接与注释。结果发现福建黄兔线粒体基因组全长17 000 bp(Genbank No.MN518689)，主要包括tRNA基因（22个）、rRNA基因（2个）、蛋白编码基因（13个）和控制区（1个）4 部分，基因排列紧密。除控制区，共存在37个编码基因，有9个基因由轻链（L链）编码，其余28个编码基因均由重链（H链）编码。22个tRNA基因中，除 tRNA-Ser(AGY)基因由于缺失DHU臂不能形成三叶草结构外，其余21种tRNA基因均可折叠形成经典的三叶草结构。控制区含有3种结构域：延长终止序列区（ETAS1和ETAS2）、中央保守区、保守序列区（CSB1、CSB2和CSB3），其中，CSB1和CSB2间存在200 bp的短重复序列，CSB3和tRNA-Phe间存在306 bp的长重复序列。基于线粒体基因组控制区序列构建10 种兔形目动物的系统进化树，结果表明福建黄兔起源于穴兔，支持将福建黄兔划归为穴兔属。     

黑龙江地区鲤疱疹病毒3型的流行病学调查及其主要囊膜蛋白的抗原表位预测

2015-2016年对来自黑龙江地区46个养殖场送检的鲤鱼进行锦鲤疱疹病毒(Koi herpes virus,KHV)的分离鉴定,并应用DNAStar等软件对检出的阳性样本的主要囊膜蛋白(Major envelop protein,MEP)基因进行生物信息学分析。结果显示,KHV的检出率约为6.5%,3株阳性样本具有相同的MEP基因序列,称之为KHV-HLJ1516。MEP基因开放阅读框为771 bp,编码256个氨基酸,相对分子质量为28 280.58,等电点为8.40。对KHV-HLJ1516的MEP基因序列同源性分析表明,其与KHV-GZ11分离株仅有1个碱基不同,但并未导致氨基酸发生改变,碱基相似性为99%;而与HZ419分离株相比,KHV-HLJ1516的MEP基因有3个碱基发生突变,相应的氨基酸由Asn变为IIe。聚类分析结果显示,KHV-HLJ1516与KHV-GZ11处于同一分支,而HZ419位于另一分支。B细胞抗原表位预测结果显示,KHV-HLJ1516的MEP的抗原表位主要位于4~11,24~40,42~63,82~110,209~218,238~249氨基酸区段。     

“众筹农业”的未来在哪里

正"众筹"这个词近来很热,所谓"众筹"就是大家来筹集,大家来想办法。"众"跟人多联系在一起,但却有两个截然不同的含义:一个是"众人一心把山移"是讲好的一面,另外一个是"乌合之众"难成事。而这"好坏"当中的分水岭就是组织。如果采取适当的组织方式把大家组织起来,就能形成合力,形成一股不可小觑的消费潮流。与此相反,如果缺乏组织,分散的消费者如同一盘散沙,其利益诉求必定难以得到商业     

我国西南喀斯特地区发现一鱼类新属——狭吻鱼属

<正>野鲮亚科是鲤科鱼类中一类适应流水环境的南方类群,该类群在口唇部的系统结构上有剧烈的分化,物种多样性极为丰富,尤其在中国西南喀斯特岩溶地区分化出了众多的特有种甚至特有属,因此成为鲤科鱼类系统进化研究的热点类群。野鲮亚科在中国有26属,其中12个属为中国特有。中国科学院昆明动物研究所杨君兴研究组在研究中发现了一批从未被记录过的奇特标本,经过系统的形态学比对,证明这些鱼类代表一个尚未被科学发现的新类群,命名为狭吻鱼属(Stenorynchoacrum),为我国广西特有属。该属为单型属,目前仅发现一种,命名为西江狭吻鱼(Stenorynchoacrum xijiangensis),仅分布在广西桂林西江支流,干季在地下洞穴生活,洪水季节游到与洞穴相连的小河中。狭吻鱼属构建的野鲮亚科分子系统发育树中构成一个独立支系,该属的有效     

免疫压力下HP-PRRSV田间流行毒株的遗传进化分析

为研究在免疫压力下HP-PRRSV田间流行毒株的遗传进化情况,选取2家疫苗免疫猪场、2家未免疫猪场,连续2年每季度采集血清利用ELISA检测PRRSV抗体;采集血清、组织病料及精液通过RT-PCR检测PRRSV病原,并对阳性样品进行扩增、克隆、测序分析。结果,共获得Nsp2基因序列91个,ORF5、ORF6、ORF7基因序列各98个,均属于美洲型高致病性变异毒株(HP-PRRSV);Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因核苷酸及其推导氨基酸序列的同源性分别为90.1%¹00%和91.6%100%和91.6%¹00%、83.3%100%、83.3%¹00%和81.1%100%和81.1%¹00%、96.6%100%、96.6%¹00%和96.0%100%和96.0%¹00%、91.1%100%、91.1%¹00%和91.4%100%和91.4%¹00%,表明ORF6基因的同源性最高、ORF5基因的同源性最低;Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因的平均进化速率分别为4.30×10-4、4.09×10-5、2.65×10-6、4.89×10-6 substitutions/site/day(s/s/d),表明Nsp2基因最容易发生变异,而ORF6基因最稳定;Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因的平均进化速率在免疫猪场分别为4.42×10-4、4.20×10-5、2.71×10-6和4.93×10-6 s/s/d,在非免疫猪场分别为4.18×10-4、3.98×10-5、2.59×10-6和4.84×10-6 s/s/d,表明免疫猪场中HP-PRRSV流行毒株的进化速率高于非免疫猪场中HPPRRSV流行毒株的进化速率。本研究结果为掌握HP-PRRSV的分子流行病学规律提供了详细的基础数据。