红富士苹果果面酵母菌的分布及多样性分析

以红富士苹果为试验材料,在烟台、威海、临沂、泰安等山东苹果主产区采集成熟健康的红富士苹果,采用稀释分离法从苹果样品果面分离纯化得到酵母菌株;依据核糖体26S D1/D2区核苷酸序列的比较结果,并结合形态学特征,得出酵母菌的分类地位,并对红富士果实表面酵母菌的多样性进行系统进化分析。结果表明,红富士果实表面蕴含丰富的酵母菌资源,分离得到163株酵母菌菌株,经鉴定属于13属20种;在分离得到的菌株中,子囊菌占优势,共分离到95株子囊菌酵母,属于6属10种,占酵母总数的58.3%;共分离得到53株担子菌酵母,属于6属9种,占酵母总数的32.5%;其余15株酵母为普鲁兰短梗霉(Aureobasidium pullulans)等,占酵母总数的9.2%。由研究结果得出,红富士果实表面酵母菌的优势属为毕赤酵母属(Pichia)(3种)、假丝酵母属(Candida)(3种)、隐球酵母属(Cryptococcus)(3种),占总酵母种数的45%。     

5种蔷薇科树种多酚氧化酶比较基因组学分析

蔷薇科植物中有多种具有重要价值的水果,如苹果、梨、桃、草莓和黑树莓等。这些水果普遍容易发生由多酚氧化酶(PPO)介导的酶促褐变而导致重大经济损失,从全基因组角度分析比较PPO基因家族,有助于加深对PPO基因家族和功能的认识。采用比较基因组学的方法,对这5种植物的PPO基因家族进行了基因鉴定、染色体定位、编码蛋白的亚细胞定位、内含子统计分析、基因系统进化、基因倍增与丢失等特征分析。从这5种植物中,共计鉴定出了42个PPO基因,其中6个基因被认定是假基因;绝大多数基因编码的蛋白定位于叶绿体,2个定位于线粒体,3个是分泌型蛋白;PPO基因在染色体上有串联重复和散布两种形式;9个基因具有内含子,聚类结果显示可以将它们分为6个类型,每个基因类型在进化过程中都发生过基因倍增和丢失;同型基因内含子的位置和大小具有相似性。这些结果揭示蔷薇科植物PPO基因内含子是伴随着基因倍增产生的,基因倍增也是推动PPO基因多样化的重要动力,PPO基因倍增和丢失差异导致PPO基因数量在不同物种之间产生差异。     

猪乙型脑炎病毒GZ0409-31分离株E基因遗传进化分析

本研究采用RT-PCR方法对分离自贵州省发病猪睾丸组织中的流行性乙型脑炎病毒GZ0409-31株的E基因进行克隆和序列测定,利用生物信息学软件对E基因核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行分子遗传进化关系分析。结果表明,乙型脑炎病毒GZ0409-31毒株与基因Ⅲ型的乙脑病毒毒株属同一分支,遗传进化关系较近。     

茶树MADS-box转录因子基因的克隆与非生物胁迫响应分析

本研究基于茶树转录组数据库,以茶树龙井43为试验材料,通过RT-PCR方法从该茶树的cDNA中克隆得到1个CsMADS1基因。序列分析表明:茶树CsMADS1基因开放阅读框长度为657 bp,编码218个氨基酸,是典型的植物MADS-box家族转录因子。序列多重比对显示,该序列与多个相关物种的MADS-box序列一致性为65.65%,含有高度保守的MADS结构域和半保守的K结构域。氨基酸理化性质、亲疏水性、亚细胞定位预测、无序化分析,以及二级和三级结构分析显示,CsMADS1转录因子是亲水性蛋白,可能定位于细胞核中,无序化程度明显,以α-螺旋结构为主,并与人MEF2蛋白具有相似的三级结构。利用实时荧光定量PCR方法分析了茶树龙井43中CsMADS1基因在非生物胁迫下的表达。结果表明,茶树中CsMADS1基因对高温、低温、干旱和高盐等不同非生物胁迫有响应,且表达存在差异。     

甜瓜VQ家族基因鉴定及白粉病菌响应分析

VQ家族基因是植物特有的一类基因,其编码蛋白主要与WRKY蛋白相互作用协同调控下游基因表达,在植物生长发育及抵御各种外界环境胁迫中起重要作用。为揭示甜瓜VQ家族基因在抗白粉病中的功能,本研究采用生物信息学方法从甜瓜基因组中鉴定到26个VQ家族基因,这些基因不均匀地分布在甜瓜11条染色体上。系统进化分析表明,该家族成员分布于不同的分支中,分别与拟南芥VQ家族蛋白不同成员聚在一起。基因结构分析表明,甜瓜VQ家族基因序列均无内含子,只有1个外显子。组织表达分析表明,1个甜瓜VQ家族基因组成性表达,23个甜瓜VQ家族基因组织特异性表达。此外,白粉病菌侵染之后,6个VQ家族基因呈现不同程度的响应。本研究结果为进一步研究甜瓜VQ家族基因在甜瓜抗白粉病中的功能奠定了理论基础。     

杨树和柳树SBP基因的鉴定与进化分析

SBP基因在植物中普遍且特异存在,主要调控花的形成及其后期发育、叶的形态建成和环境信号应答等诸多方面。然而,目前还没有对杨柳科植物SBP基因进行全面而系统的分析。依据生物信息学方法,分别从红皮柳、美洲黑杨和毛果杨中鉴定出30、33和29个SBP基因,这些基因在各自物种的染色体上的分布情况和数目非常类似,表现出很近的遗传关系。几乎每个基因在基因组内和基因组间都存在多个同源基因,它们的K_a/K_s比值大多数均小于1,说明这些基因在复制后发生了纯化选择,基因功能较保守。只有12对基因的K_a/K_s比值大于1,在进化中受正向选择。     

垂叶榕瘿花发育特性的初步研究

研究榕属植物瘿花发育特性是理解榕树/榕小蜂协同进化内在机制的重要内容。本文解析了垂叶榕隐头花序伴随瘿花发育的 5 个发育时期，采用同工酶电泳的方法比较了瘿花与正常雌花同工酶（包括过氧化物酶、过氧化氢酶、淀粉酶和酯酶）谱带的差异，采用扫描电镜对比了瘿花壁与授粉后雌花子房壁的差异。结果表明，瘿花被榕小蜂产卵以后，至少启动了一个与消除过氧化物有关的酶；而且，瘿花子房壁结构疏松，内含物小而少，雌花子房壁结构致密且内含物多而大，说明瘿花发育所消耗的营养物质大于正常雌花发育的消耗。研究结果支持造瘿生物汇集营养与植物防御行为的互利假说。     

茴鱼属鱼类分类地位和分子系统发育研究现状

茴鱼属Thymallus鱼类主要分布于欧洲、北美洲及亚洲北部,是渔业价值较高的珍稀名贵冷水性鱼类。本文通过综述茴鱼属鱼类分类学地位、分类及命名的混乱、分子系统发育学等的研究现状以及保护遗传学研究进展,分析当前茴鱼遗传学研究存在的问题,提出解决途径,为该属鱼类的深入研究和自然资源保护提供参考。     

淮南猪线粒体DNA D-loop遗传多样性及母系起源研究

为探究淮南猪的遗传多样性和母系起源,本实验对32头淮南猪线粒体DNA D-loop区序列进行PCR扩增和测序,并结合GenBank中国内外猪种及黄河流域古家猪D-loop序列,分析淮南猪线粒体多态性及其起源。结果显示:淮南猪1 170 bp的D-loop序列核苷酸多样性(Pi)及单倍型多样性(Hd)分别为0.004 25和0.968;32个测序结果共检测到27个多态位点,界定了20种单倍型;中性检验表明淮南猪在驯化进程中曾发生过种群扩张;邻接法(NJ)构建分子系统发育树明显将群体分为国内和国外2个类群,淮南猪20个单倍型都聚集在国内分支上;进一步Network分析显示,淮南猪单倍型在国内猪种中呈广泛分布,但与华中、华北型猪种基因交流较多,且与黄河流域古家猪遗传关系较近,表明淮南猪为多母系起源,主要来自于黄河流域古家猪。