柞蚕功能基因研究进展 国外重要学术期刊发表论文简介

<正>1 Li Yu-Ping,Wang Huan,Xia Run-Xi,Wu Song,Shi Sheng-Lin,Su Jun-Fang,Liu Yan-Qun,Qin Li,Wang Zhen-Dong.Molecular cloning,expression pattern and phylogenetic analysis of the will die slowly gene from the Chineseoak silkworm,Antheraea pernyi.Molecular Biology Reports,2010,doi:10.1007/s11033-010-0495-2题目柞蚕长寿基因的克隆及表达模式与进化分析     

甜瓜VQ家族基因鉴定及白粉病菌响应分析

VQ家族基因是植物特有的一类基因,其编码蛋白主要与WRKY蛋白相互作用协同调控下游基因表达,在植物生长发育及抵御各种外界环境胁迫中起重要作用。为揭示甜瓜VQ家族基因在抗白粉病中的功能,本研究采用生物信息学方法从甜瓜基因组中鉴定到26个VQ家族基因,这些基因不均匀地分布在甜瓜11条染色体上。系统进化分析表明,该家族成员分布于不同的分支中,分别与拟南芥VQ家族蛋白不同成员聚在一起。基因结构分析表明,甜瓜VQ家族基因序列均无内含子,只有1个外显子。组织表达分析表明,1个甜瓜VQ家族基因组成性表达,23个甜瓜VQ家族基因组织特异性表达。此外,白粉病菌侵染之后,6个VQ家族基因呈现不同程度的响应。本研究结果为进一步研究甜瓜VQ家族基因在甜瓜抗白粉病中的功能奠定了理论基础。     

2011-2014年山东省H9亚型禽流感病毒HA基因遗传变异分析

对2011-2014年山东26个H9亚型AIV毒株的HA基因进行测序分析。结果显示,所有毒株均属于h9.4.2.5亚分支,与疫苗株GD/SS/94、SD/6/96、SH/F/98的核苷酸相似性为88.0%~91.5%。HA裂解位点均只有一个碱性氨基酸(R),符合低致病性AIV的特征。所有毒株在234位发生了谷氨酸Q→亮氨酸L的突变,呈现出典型的人流感病毒受体结合特性。所有毒株在313-315位均新增1个潜在糖基化位点,且部分毒株在145-147位出现新潜在糖基化位点NGT。结果表明,山东省H9亚型AIV基因已发生较大变异,因此需要加强禽类生产贸易的监测和生物安全措施,及时更新疫苗毒株,控制H9亚型AIV的传播。     

免疫压力下HP-PRRSV田间流行毒株的遗传进化分析

为研究在免疫压力下HP-PRRSV田间流行毒株的遗传进化情况,选取2家疫苗免疫猪场、2家未免疫猪场,连续2年每季度采集血清利用ELISA检测PRRSV抗体;采集血清、组织病料及精液通过RT-PCR检测PRRSV病原,并对阳性样品进行扩增、克隆、测序分析。结果,共获得Nsp2基因序列91个,ORF5、ORF6、ORF7基因序列各98个,均属于美洲型高致病性变异毒株(HP-PRRSV);Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因核苷酸及其推导氨基酸序列的同源性分别为90.1%¹00%和91.6%100%和91.6%¹00%、83.3%100%、83.3%¹00%和81.1%100%和81.1%¹00%、96.6%100%、96.6%¹00%和96.0%100%和96.0%¹00%、91.1%100%、91.1%¹00%和91.4%100%和91.4%¹00%,表明ORF6基因的同源性最高、ORF5基因的同源性最低;Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因的平均进化速率分别为4.30×10-4、4.09×10-5、2.65×10-6、4.89×10-6 substitutions/site/day(s/s/d),表明Nsp2基因最容易发生变异,而ORF6基因最稳定;Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因的平均进化速率在免疫猪场分别为4.42×10-4、4.20×10-5、2.71×10-6和4.93×10-6 s/s/d,在非免疫猪场分别为4.18×10-4、3.98×10-5、2.59×10-6和4.84×10-6 s/s/d,表明免疫猪场中HP-PRRSV流行毒株的进化速率高于非免疫猪场中HPPRRSV流行毒株的进化速率。本研究结果为掌握HP-PRRSV的分子流行病学规律提供了详细的基础数据。     

黑龙江地区鲤疱疹病毒3型的流行病学调查及其主要囊膜蛋白的抗原表位预测

2015-2016年对来自黑龙江地区46个养殖场送检的鲤鱼进行锦鲤疱疹病毒(Koi herpes virus,KHV)的分离鉴定,并应用DNAStar等软件对检出的阳性样本的主要囊膜蛋白(Major envelop protein,MEP)基因进行生物信息学分析。结果显示,KHV的检出率约为6.5%,3株阳性样本具有相同的MEP基因序列,称之为KHV-HLJ1516。MEP基因开放阅读框为771 bp,编码256个氨基酸,相对分子质量为28 280.58,等电点为8.40。对KHV-HLJ1516的MEP基因序列同源性分析表明,其与KHV-GZ11分离株仅有1个碱基不同,但并未导致氨基酸发生改变,碱基相似性为99%;而与HZ419分离株相比,KHV-HLJ1516的MEP基因有3个碱基发生突变,相应的氨基酸由Asn变为IIe。聚类分析结果显示,KHV-HLJ1516与KHV-GZ11处于同一分支,而HZ419位于另一分支。B细胞抗原表位预测结果显示,KHV-HLJ1516的MEP的抗原表位主要位于4~11,24~40,42~63,82~110,209~218,238~249氨基酸区段。     

三类进化算法的基础研究

通过对遗传算法、进化规划、进化策略的三种算法的发展过程、算法过程和特点进行分析、比较,得出了三种算法的异同,为各算法的适应范围做了基础研究,提出了量子算法的研究方向。     

我国西南喀斯特地区发现一鱼类新属——狭吻鱼属

<正>野鲮亚科是鲤科鱼类中一类适应流水环境的南方类群,该类群在口唇部的系统结构上有剧烈的分化,物种多样性极为丰富,尤其在中国西南喀斯特岩溶地区分化出了众多的特有种甚至特有属,因此成为鲤科鱼类系统进化研究的热点类群。野鲮亚科在中国有26属,其中12个属为中国特有。中国科学院昆明动物研究所杨君兴研究组在研究中发现了一批从未被记录过的奇特标本,经过系统的形态学比对,证明这些鱼类代表一个尚未被科学发现的新类群,命名为狭吻鱼属(Stenorynchoacrum),为我国广西特有属。该属为单型属,目前仅发现一种,命名为西江狭吻鱼(Stenorynchoacrum xijiangensis),仅分布在广西桂林西江支流,干季在地下洞穴生活,洪水季节游到与洞穴相连的小河中。狭吻鱼属构建的野鲮亚科分子系统发育树中构成一个独立支系,该属的有效     

“众筹农业”的未来在哪里

正"众筹"这个词近来很热,所谓"众筹"就是大家来筹集,大家来想办法。"众"跟人多联系在一起,但却有两个截然不同的含义:一个是"众人一心把山移"是讲好的一面,另外一个是"乌合之众"难成事。而这"好坏"当中的分水岭就是组织。如果采取适当的组织方式把大家组织起来,就能形成合力,形成一股不可小觑的消费潮流。与此相反,如果缺乏组织,分散的消费者如同一盘散沙,其利益诉求必定难以得到商业     

建昌马mtDNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析

试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化。从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型及变异位点,计算单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)和平均核苷酸变异数(average number of nucleotide differences,K)。构建包括建昌马在内的19个品种马的NJ系统进化树,计算各品种间的遗传距离。结果显示,试验获得了清晰的PCR扩增产物,并通过直接测序方法获得了约1200 bp的序列。39匹建昌马mtDNA D-loop区247 bp序列(其中1个样品缺失1 bp)的AT碱基含量为61.45%,属AT碱基对富集区,检测到33个多态性位点,共显示26种单倍型,其中4种为共享单倍型,且Hap7和Hap1为优势单倍型,单倍型多样性为0.947,核苷酸多样性为0.02399,平均核苷酸变异数为5.901,显示丰富的母系遗传多样性;NJ系统进化树显示,建昌马分布在A、C、D、E、F、G共6个支系中,约50%的样品分布在A支系,显示出复杂的母系起源;建昌马与关中马的遗传距离最小(0.021),其次是三河马、文山马、韩国车巨马(0.024),与韩国济州岛马遗传距离最大(0.032)。本研究结果表明,建昌马的mtDNA D-loop高变区遗传多样性丰富,具有多个母系起源,且A支系占有明显优势,与关中马、文山马可能有共同的母系起源。