2020年猪圆环病毒2型云南流行株的分子鉴定及全基因组序列分析

为了弄清云南省猪圆环病毒2型(PCV-2)的流行和基因变异情况,试验采用PCR鉴定、PCV-2全基因扩增及克隆、PCV-2蛋白氨基酸比对与遗传进化分析、PCV-2 Cap蛋白氨基酸比对分析、PCV-2 Cap蛋白抗原指数预测分析等方法进行研究。结果表明,从43份样品中检测出5份阳性样品,其阳性率为11.63%;成功获得5个大小为1 768 bp的PCV-2全基因序列,分别将其命名为YN PCV2-1、YN PCV2-2、YN PCV2-3、YN PCV2-4、YN PCV2-5;获得的5株毒株与国内外毒株氨基酸之间存在差异,同源性在66.8%～99.1%之间;5株PCV-2 ORF2基因编码的Cap蛋白氨基酸与5株疫苗株也存在多处氨基酸变异;其中YN PCV2-4 Cap蛋白抗原指数与5株疫苗株的Cap蛋白抗原指数差异性不大,而YN PCV2-1、YN PCV2-2、YN PCV2-3、YN PCV2-5的Cap蛋白抗原指数与5株疫苗株的Cap蛋白抗原指数差异性较大,在5～10,25,40～50,70,172～176,210～223区域的抗原指数均不同于疫苗株。说明云南省流行的猪圆环病...     

荷叶离褶伞遗传差异性分析及菌丝形态鉴定

【目的】比较荷叶离褶伞（Lyophyllum decastes,Lyd）外地引进菌株与本地栽培菌株的遗传差异性和菌丝形态特征，为荷叶离褶伞选育提供参考。【方法】以真菌18S rRNA(V4)和ITS(ITS1–ITS4)(18S rRNA-ITS)序列对外地引进和本地栽培的荷叶离褶伞进行序列同源性分析、多重序列比对和构建系统发育进化树，通过分析碱基序列突变和遗传距离远近明确荷叶离褶伞菌株间的亲缘关系，并通过菌丝体生长及形态变化确定荷叶离褶伞的遗传学差异。【结果】18S rRNA-ITS序列比对结果显示，外地荷叶离褶伞菌株（Lyd-LR1、Lyd-LR6、Lyd-LR10、LydLR15和Lyd-LR17）发生较高比例的碱基缺失和碱基替换突变，且ITS序列同源性下降至80.09%～89.72%; LydLR1和Lyd-LR6菌株的碱基突变比例高于Lyd-LR10、Lyd-LR15和Lyd-LR17以及福建本地栽培菌株（Lyd-LRX和LydLRY）。进化树分析结果进一步显示，Lyd-LR1和Lyd-LR6与Lyd-LR10、 Lyd-LR15、 Lyd-LR17、 Lyd-LRX、 Ly...     

致犊牛肺炎A型多杀性巴氏杆菌的分离鉴定及同源性分析

本研究旨在对江苏某牧场引发犊牛呼吸道综合征的多杀性巴氏杆菌进行分离鉴定，并分析其遗传进化关系及耐药情况。首先对引起犊牛呼吸道症状致犊牛死亡案例进行剖检，发现肺脏肿大，肺门淋巴结肿胀、出血，肺部形成多处结节，然后取肺门淋巴结进行细菌分离培养与鉴定，并进行16S rRNA扩增、测序分析、血清型鉴定和耐药性分析。质谱鉴定和测序分析结果显示，该菌株与A型多杀性巴氏杆菌属于同一亚群，其序列与已经发布的CQ2、CQ7菌株同源性较近。药敏结果显示，该菌株对林可霉素耐药，对其余13种常用抗生素具有高度敏感性。以上结果表明，引发该牧场犊牛肺炎的病原为A型多杀性巴氏杆菌，且与国内报道的A型多杀性巴氏杆菌同源性较高，提示A型多杀性巴氏杆菌在国内牧场具有较广泛的流行性。本研究为犊牛呼吸道综合征的病原学调查和多杀性巴氏杆菌流行病学提供数据参考。     

乌鲁木齐生牛乳中金黄色葡萄球菌的肠毒素检测及分离株同源性分析

探究乌鲁木齐生牛乳中金黄色葡萄球菌经典肠毒素携带情况及分离株同源性差异，为金黄色葡萄球菌的防控提供参考。对乌鲁木齐地区采集的131份生牛乳样品采用特异性选择培养基结合PCR方法分离鉴定金黄色葡萄球菌，并通过PCR方法检测金黄色葡萄球菌5种经典肠毒素(sea、seb、sec、sed、see)携带情况和根据测序结果对分离株进行同源性分析。结果显示，共分离鉴定到金黄色葡萄球菌13株，总分离率为9.92%(13/131);13株金黄色葡萄球菌经典肠毒素阳性菌株5株，阳性率为38.46%;13株金黄色葡萄球菌的同源性在93.7%～99.7%之间，遗传差异在0.3～6.6之间。研究表明，该地区生牛乳中存在一定金黄色葡萄球菌的污染，经典肠毒素阳性率较高，不同来源的分离株同源性高、差异性小。     

可转移黏菌素耐药基因mcr:控制革兰阴性菌感染“最后一道防线”的严峻挑战

可转移黏菌素耐药基因(mobile colistin resistance,mcr)于2016年由中国学者首次报道，随后陆续在全球50余个国家及20余种宿主细菌中检测到10类43个突变体，其编码蛋白MCR具有2个保守的结构域和相似的预测蛋白结构，氨基酸序列相似性为32%～82.93%。研究发现，mcr可随宿主细菌在动物、人类和环境中广泛传播，严重降低了黏菌素这一控制兽医临床多重耐药革兰阴性菌感染“最后一道防线”的治疗效果及使用价值。mcr的全球传播可能基于其复杂的遗传背景，目前共发现14种阳性质粒，其水平转移也与插入序列ISApl1等众多可移动遗传元件有关。mcr在不同菌株甚至菌属间的传播已对全球公共卫生安全构成威胁，如何防控其传播尚需进一步关注。     

肉牛呼吸道皮特不动杆菌的生物学特性分析

为探究分离自四川南充、宜宾和什邡3个地区肉牛呼吸道的皮特不动杆菌之间生物学特性的差异,本实验对5株皮特不动杆菌分别进行了细菌染色、培养特性、生化试验、16S rDNA和gyrB基因序列聚类分析以及MLST分型等研究。结果显示,5株分离自肉牛呼吸道皮特不动杆菌的菌体形态和不同培养基上的菌落形态均相似;5株菌的生化特性并非完全一致,主要表现在ZZCSF1807-9的枸橼酸盐、精氨酸双水解试验为阳性,丙二酸盐为阴性,与其余4株菌相反;16S rDNA系统进化树显示,5株菌均聚集在同一分支,而gyrB基因系统进化树显示,ZZCSF1807-9与其余4株菌未在同一分支,存在进化距离;MLST分型结果显示,ZZCSF1807-9为ST214型,而另4株菌均与ST321型最为接近。上述结果表明,来源于呼吸道疾病肉牛的5株皮特不动杆菌在生化特性表型和gyrB基因,以及MLST型上存在一定差异,发生这些差异是否与各菌株的环境适应或因毒力变化有关尚有待进一步研究。     

云南省某养鸡场鼻气管鸟杆菌核酸检测及其16S rDNA基因序列分析

为确定云南省易门县某养鸡场大量肉鸡出现流鼻涕、打喷嚏、面部肿胀、食欲下降的原因，采集病死肉鸡鼻腔黏液及肺、气管等组织，处理后提取病原核酸，通过RT-PCR/PCR方法分别检测禽流感病毒（AIV）、传染性喉气管炎病毒（ILTV）、鼻气管鸟杆菌（ORT）、鸡副嗜血杆菌（ICV）。结果显示，仅ORT为核酸阳性，其他病原均为阴性。对检出的ORT阳性样品16S rDNA基因进行序列分析发现，阳性样品与伊朗分离株和土耳其/匈牙利分离株的同源性均在99.7%以上，都处于同一分支内，与国内2014年的报道一致，说明云南省流行的ORT变异较少，仅具有相对短的进化史。本研究对于指导该地区鸡群细菌病防控具有参考意义。     

基于SSR标记的玉米自交系聚类及同源性分析

利用30对多态性好且稳定的SSR标记对259份玉米自交系进行基因分型并进行同源性划分。结果表明,在259份自交系间共检测出228个等位基因变异,变幅4~13个,平均每对引物检测出7.57个;多态性信息含量变幅为0.37~0.86,平均为0.69;平均基因多样性指数为0.73。根据Nei’s遗传距离,利用UPGMA聚类法将259份玉米自交系划分为Reid、旅大红骨、塘四平头、Lancaster、自330亚群共5个类群,其中,主要以Reid、旅大红骨、塘四平头和Lancaster这4个类群为主。种群划分与系谱基本吻合,同时对系谱来源复杂的玉米自交系进行同源性分析,明确了自交系的归属。     

云南省某养鸡场疑似肉鸡感染滑液囊支原体病例的诊断

2022年3月云南省大理市某肉鸡规模化养殖场出现疑似肉鸡感染滑液囊支原体病例。为明确病因，对病死肉鸡病料进行滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae,MS)核酸检测和MS可变脂蛋白血凝素基因(variable lipoprotein hemagglutinin gene A,vlhA)序列分析。结果显示：6羽病死肉鸡的病料样品中均检测到MS核酸，仅1羽病死肉鸡病料样品(6号样品)检测到vlhA基因；vlhA基因序列(MS-VLHA-TSS20220711-0871-01253 GO7)与中国的CHN-JX-JX02-2014、CHN-JS01-2013、CHN-HN03-2013、CHN-GD-LZ01-2014和CHN-GD-LZ03-2014滑液囊支原体株95%同源，与泰国的AHRU2015CU3505.1及匈牙利的IZSVE/378/D13/1滑液囊支原体株94%同源。     

云南省临沧市猪戊型肝炎病毒流行株遗传进化分析

猪是人兽共患病病原戊型肝炎病毒（HEV）Ⅲ、IV基因型的重要贮存宿主。为了解云南省临沧市猪HEV的遗传进化情况，从规模猪场、猪散养户以及猪屠宰场，随机采集粪便153份、肝脏36份和胆汁54份，采用巢氏PCR进行HEV ORF2基因片段扩增、克隆、测序和生物信息学分析。结果显示：在243份样品中，检出137 bp目标片段阳性61份，阳性率为25.1%(61/243)；对检出的阳性样品进行ORF2部分序列扩增，得到6份348 bp目标片段。6份348 bp目标片段间的核苷酸同源性为86.0%～95.6%，均为基因IV型；与HEVI—VⅢ型代表株的同源性分别为75.0%～81.7%、72.7%～77.0%、72.7%～79.3%、80.5%～94.1%、75.7%～80.7%、75.0%～81.0%、73.3%～80.3%和71.3%～76.1%，与我国人源代表毒株AJ272108BeijingHuman的同源性为81.3%～87.7%；基因亚型分析显示，6份348 bp目标片段中，除1份是4b亚型外，其他5份都属于4a亚型。结果表明，临沧市猪群中存在人兽共患病病原HEV基因Ⅳ型流行，且有通...