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41.
猪繁殖与呼吸综合征病毒缺失变异株的基因组特征 总被引:51,自引:1,他引:51
对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)分离株HB2(sh)/2002的全基因组序列进行了测定与分析。该毒株基因组全长为15373nt(不包括PolyA尾),与国内外美洲型PRRSV分离株全序列相似性介于88.7%~95.1%之间。序列分析表明,该毒株是1个天然存在缺失的变异毒株,其ORFla的Nsp2存在编码12个氨基酸的连续36个核苷酸的缺失,ORF、3存在编码1个氨基酸的3个核苷酸的缺失。这是国内外首次发现PRRSV存在缺失变异现象,研究结果补充和丰富了PRRSV毒株的基因组信息数据,为深入研究该毒株的遗传与变异及其与生物学特性的关系奠定了基础。 相似文献
42.
猪附红细胞体16S rRNA基因的序列测定和系统进化分析 总被引:11,自引:3,他引:11
从确诊为猪附红细胞体感染的猪场,无菌采集血样,抽提猪附红细胞体基因组DNA,采用真细菌的通用引物进行16S rRNA基因扩增,对扩增产物进行克隆和测序。从3个地理位置不同的猪场均成功地扩增出长度为1469bp的核苷酸序列。系统进化分析表明,3个猪场样品所测序列一致性达99.52%以上,具有相同的基因型,但与国外报道的猪附红细胞体Illinois株同源性为95%,属于同一基因群,但基因型不同;所有种类的附红细胞体和血巴尔通氏体组成同一进化分支,这类血营养菌与支原体科,支原体属的病原最靠近(75%),而与立克次氏体目的病原较远(70%)。上述研究证实,广东所流行的猪附红细胞体是一种新基因型的猪附红细胞体,建议命名为猪附红细胞体广东株型;为反映进化关系,猪附红细胞体和其它血营养菌应划归于支原体科的支原体属。 相似文献
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44.
45.
马动脉炎病毒RT-PCR检测方法的建立 总被引:1,自引:0,他引:1
根据已报道的马动脉炎病毒基因组保守基因核苷酸序列,设计并合成了1对引物,通过对影响PCR扩增因素的筛选,成功地从病毒感染的细胞中扩增出约200bp的片段,与理论设计值(204bp)大小一致。而正常的RK-13、BHK-21和Vero细胞和同为动脉炎病毒科的猪繁殖与呼吸道综合征病毒(PRRSV)作为对照的扩增结果均为阴性。敏感性试验表明,该方法可以检测出10^-4个TCID50的病毒含量,说明具有较好的敏感性。 相似文献
46.
广西猪瘟流行毒株全基因组的克隆与序列分析 总被引:4,自引:0,他引:4
参考已发表的猪瘟病毒(CSFV)Shimen株、HCLV株、Paderborn株的核苷酸序列,设计并合成11对引物。应用RT—PcR技术,成功地分11个片段扩增了CSFV广西流行毒株GXWZ02的全基因组,将这11个基因片段克隆,并测定了其核苷酸序列。应用计算机生物软件Vector NT1将11个基因片段进行拼接。确认CSFV GXWZ02株全基因组序列的长度为12296个核苷酸(GenBank收录号AY367767)。将GXXZ02株与国内外已发表的Slhimen、HCLV、39、Brescia、Eystrup、Glentorf、Alfort187、Pader190rn、CS、ALD、GPE、P97、LPC毒株进行全基因组核苷酸序列和推定的氨基酸序列比较,核苷酸同源性分别为85.4%、84.6%、88.7%、85.7%、85.7%、85.3%、85.6%、95.3%、85.7%、85.7%85.4%、83.4%、84.3%,推定的氨基酸同源性分别为92.6%、91.7%、94.2%、93.1%、92.9%、92.3%、93.0%、97.7%、92.6%、93.0%、92.6%、90.5%、90.6%。GXWZ02与Shimen、HCLV的全基因组序列及推定的氨基酸序列有明显差异,表明GXWZ02株在遗传性和抗原性上发生了较明显的变化。系统发育树分析,所比较的14株CSFV被分为2个群:GXWZ02、Paderborn和39这3个毒株被归为群Ⅰ,其余的11个毒株被归为群Ⅱ,GXWZ02与Paderborn的亲缘关系最接近。将GXXZ02与Shimen、HCLV基因组中单个基因分别进行核苷酸及推定的氨基酸序列同源性比较,结果显示,基因E^ms、E2、P7、NS2、NS5A的遗传变异程度大。而NS3、NS4A、NS4B的遗传性则相对保守。 相似文献
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血清1、2、4、5型鸭疫里默氏杆菌的RAPD 总被引:2,自引:0,他引:2
以37℃摇震培养舜口烛缸厌氧培养,从12种培养基中选择出鸭疫里默氏杆茼的最优培养基和培养条件。以血清1、2、4、5型的鸭疫里默氏杆菌代表株A1、A2、A3、A4为研究对象,培养增殖后分别提取基因组DNA,利用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对其基因组进行了DNA分析。从20条随机引物中筛选出8条随机引物,这8条引物对4种血清型的鸭疫里默氏杆菌的扩增图谱有较好的多态性,可作为分子标记鉴别4种不同血清型的鸭疫里默氏杆菌,同时还筛选出能在4个血清型的鸭疫里默氏杆菌代表株均出现相同的特征条带,而对照茼大肠杆菌、沙门氏茼无该条带的随机引物,从而为鸭疫里默氏杆菌病的分子诊断打下了一定基础。 相似文献
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