基于S基因序列分析新型猪流行性腹泻病毒的遗传演化

最近，笔者实验室在青藏高原地区发现两种新亚型藏猪源猪流行性腹泻病毒（PEDV），为进一步调查新型PEDV是否在四川腹泻猪群中存在或流行，对实验室2018-2019年保存的116份猪腹泻粪便或肠组织样本进行PEDV的检测及其纤突蛋白基因（spike）分子特征研究。结果表明：腹泻样本的PEDV检出率为42.2%（49/116，95% CI=33.1%~51.8%），并获得了13条完整的S基因序列，全长为4 149~4 170 bp，序列相似性为94.2%~99.9%，其中SWUN-H3-CH-SCYA-2019的S基因与藏猪源新G1亚群PEDV的序列相似性高达97.0%~98.6%。遗传演化研究结果表明13株PEDV S基因划分为G1和G2大群，其中SWUN-H3-CH-SCYA-2019位于藏猪源新G1亚群；SWUN-19-CH-SCZY-2018、SWUN-4-CH-SCXC-2018、SWUN-1-CH-SCNJ-2019和SWUN-3CH-CH-SCZG-2019位于G2亚群中一个独立的分支，且与藏猪源新G2亚群毒株有着较近的亲缘关系。为了进一步研究13株PEDV的演化过程，以贝叶斯进化分析软件包（BEAST）进行分歧时间估算，结果表明SWUN-H3-CH-SCYA-2019的分歧时间约为2012.3年，早于藏猪源新G1亚群其余毒株的最早分歧时间（2015.7年）；SWUN-4-CH-SCXC-2018、SWUN-19-CH-SCZY-2018和SWUN-3CH-CH-SCZG-2019的分歧时间约为2014.2年，早于G2亚群的藏猪源毒株2014.7年，所有藏猪源PEDV的分歧时间均晚于四川毒株。本研究在四川地区首次发现了藏猪源PEDV，并且从毒株的分歧时间推断青藏高原的藏猪源PEDV来源于四川，为新型PEDV分子遗传进化的监测提供了依据。     

落叶松油松人工混交林经营技术探讨

通过研究落叶松、油松混交林整个发育过程中不同阶段相应的经营管理措施，总结提出了一套切实可行的落叶松、油松混交林经营管理技术。其技术能有效提高林木生长速率，调整林分结构，优化树种组成，提高木材质量，为落叶松、油松混交林的经营管理提供技术支持。     

牡丹5个管家基因的克隆及其在系统进化分析中的应用

利用RT-PCR技术从牡丹组7个野生种和1个栽培种中分别克隆得到泛素延伸蛋白基因(ubiquitin,UBI)、素环蛋白基因(cyclophilin,CYP)、肌动蛋白基因(Actin)、葡萄糖六磷酸脱氢酶基因(glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase,G6PD)和β–微管蛋白基因(beta-tubulin,TUB)等5个管家基因的编码序列(coding sequence,CDS)。序列比对分析发现,5个管家基因序列均相对保守,其在牡丹7个野生种和1个栽培种中的保守性在99.04%~99.69%。利用5个管家基因分别构建了其在牡丹组8份材料中的系统进化树。5个系统进化树均将8份材料分成两组,即革质花盘亚组和肉质花盘亚组;由于5个管家基因核苷酸序列各自的保守性不同,在区分亚组成员间略有差异。综合分析5个管家基因构建的系统进化树可知,杨山牡丹(Paeonia ostii)和栽培牡丹(P.suffruticosa‘Luoyanghong’)常聚为一支,二者亲缘关系较近,因而推测杨山牡丹可能参与了栽培牡丹的形成;紫斑牡丹(P.rockii)和四川牡丹(P.decomposita)一直聚为一支,推测二者亲缘关系较近;黄牡丹(P.lutea)和紫牡丹(P.delavayi)一直聚为一支,推测这二者亲缘关系较近。狭叶牡丹(P.potaninii)与黄牡丹和紫牡丹分化较早,结合前人研究结果建议将狭叶牡丹作为一个独立的种。     

Infections Investigation of ALV and REV in Guangxi Local Poultry Breeds and Sequence Analysis of gp85 Gene of ALV Isolates

In order to investigate the infection status of avian leukosis virus (ALV) and avian reticuloendotheliosis virus (REV) in the major local breeds of Qinzhou,Guangxi,totally 953 samples of egg white,cloaca swab and serum of Ma duck,Shitou goose,Tiejiao-Ma chicken,turkey and pigeon were collected from the representing flocks and detected by the commercial ELISA kits.ALV was isolated for the ALV p27 positive samples by culturing on DF-1 cells,and gp85 gene was sequenced.The results showed that the detections of ALV were negative in the samples except those of Tiejiao-Ma chicken,while REV antibody was found positive in Ma duck,Tiejiao-Ma chicken and turkey.The nucleotide sequences of gp85 gene of two isolates shared 94.5% identity with each other,and shared 86.9% to 94.9% with reference strains.The amino acid sequences of gp85 gene of two isolates shared 91.5% identity with each other,and shared 84.0% to 91.6% with reference strains.There were many variable sites in the hyper variable region hr1 and hr2,and the vr2 and vr3 variable regions were relatively conservative.Phylogenetic tree analysis showed that the two isolates shared the highest homology with SCAU11-XG strain.     

K步稳定的鞋印花纹图像自动聚类

目的 鞋印是刑事侦查的重要物证之一,如何对积累的大量鞋印花纹图像进行自动归类管理是刑事技术迫切需要解决的问题之一。与其他类图像不同,鞋印花纹图像具有种类多但数目未知、同类花纹分布不均匀且同类花纹数目少的特点。基于鞋印花纹图像的这些特点,用目前典型的聚类算法对鞋印花纹图像集进行聚类,并不能取得很好的效果。在对鞋印花纹图像进行分析的基础上,提出一种K步稳定的鞋印花纹图像自动聚类算法。方法 对已标记的鞋印花纹图像进行统计发现,各类鞋印花纹之间在特征空间上存在互不相交的区域(本文称为隔离带)。算法的核心思想是寻找各类鞋印花纹之间的隔离带,来将各类分开。过程为:以单调递增或递减的方式调整特征空间中判定两点为一类的阈值,得到数据集的多次划分;若在连续K次划分的过程中,某一类的成员不发生变化,则说明这K次调整是在隔离带中进行的,即聚出一类,并从数据集中删除已标记的数据;选择下一个阈值对剩余的数据集进行划分,输出K步不变的类;依此类推,直到剩余数据集为空,聚类完成。结果 在两类公开测试数据集和实际鞋印花纹数据集上进行实验,本文算法的主要性能指标都超过典型算法,其中在包含5792枚实际鞋印花纹数据集上的聚类准确率和F-Measure值分别达到了99.68%和95.99%。结论 针对鞋印花纹图像特点,提出了一种通过寻找各类之间的隔离带进行自动聚类的算法,并在实际应用中取得了很好的效果。且算法性能受参数的变化以及类的形状影响较小。本文算法同样适用于具有类似特点的其他数据集的自动聚类。     

Analysis on Genetic Diversity and Phyletic Evolution of mtDNA Cytb Gene in Zhongdian Yak

In order to investigate the genetic diversity and the origin of evolutionary relationship of Zhongdian yak,we analyzed the complete sequence of 15 individuals Cytb gene,its sequence polymorphism was analyzed,and the phylogenetic tree was constructed.The results showed that the length of the nucleotide sequence were 1 140 bp,with nucleotide frequencies of 26.3%,31.8%,13.1% and 28.8% for T,A,G and C,respectively.Three haplotypes were identified of 15 individuals,with 3 polymorphic sites,including two conversions,one transversion,haplotype diversity was 0.2571 and nucleotide diversity was 0.00035.Phylogenetic analysis suggested that Zhongdian yak and Bos mutusc clustered firstly,then gathered with Bison bison,which indicated that there were high genetic similarity and closer genetic relationship,genetic similarity with other cattle genus was relatively low.Combining with the proof of molecular biology and paleontology,the result supported the point that Bos grunniens and Bos mutus were classified as an alone genus in Bovinae.     

2008-2015年橡胶蜂蜜产量与气候的相关性分析

为了进一步发掘橡胶林区潜在经济价值,预测下一年橡胶泌蜜规律,试验采用连续8年记录转地到西双版纳傣族自治州采集橡胶蜜的蜂场收获蜂蜜情况,并以气象观测仪记录当时的气象变化的方法。表明进入橡胶场地的蜂群势变化不大[(13.450±0.113)脾,=0.854],但产量变化显著[(72.613±0.349)kg,<0.01]。气象观测表明气温8年内波动范围不大,而降雨量波动大,表现为2011年洪涝出现早,2014年干旱持续时间长。产量与日平均气温(相关系数r=0.337)有极显著的正相关性,与日降雨量(相关系数r=-0.269)及日最低气温(相关系数r=-0.483)呈极显著的负相关,与群势表现出轻微的负相关(相关系数r=-0.031)。说明持续的干旱和温暖湿热的气温及合理的群势能够增加橡胶蜜的产量,适宜的气候及大面积橡胶林区蕴含着巨大的养蜂潜力。     

几种修剪树型对'珍珠'番石榴开花坐果及产量的影响

选用4年生'珍珠'番石榴为试脸材料,采用开心形、圆头形、平头形树型结构,以果树生产中采用的自然圆形树型结构为对照,研究4种树型修剪方法对'珍珠'番石榴新梢数、花蕾数、开花结果数及果实产量的影响.试验结果表明,'珍珠'番石榴树型圆头形、开心形促进开花坐果较好,圆头形有利于提高产量.     

保定地区几个早熟苹果品种(系)生长观察

为筛选适宜保定地区栽植的早熟苹果品种,以嫁接在SH40中间砧上的不同早熟苹果品种(系)为试材,测定了不同品种(系)早熟苹果树体生长发育指标和果实品质。结果表明:除嘎啦早熟变异外,其他供试品种(系)树体生长较好,3年生时Xu2-7、Xu3-2树高330.0~352.5 cm,4年生时为394.0~417.5 cm,Xu3-2、藤牧1号、信浓红4年生为336.5~381.0 cm。4年生时,干径以Xu2-5最大;短枝、中枝、叶丛枝均以Xu2-5最多,长枝以Xu2-7最多,总枝量以Xu2-5最多;藤牧1号短枝所占比例最高(57.4%)。应用模糊综合评判法得出Xu2-5、Xu2-7、信浓红、藤牧1号果实品质较高。