叶甲科的系统学研究进展

叶甲科昆虫是农业、林业及牧业的重要害虫．从叶甲科的分类简史、化石研究、形态学、细胞学以及分子生物学等方面综述了叶甲科昆虫的系统分类学研究,为进一步研究叶甲的生物学特性,寻求防治对策提供理论基础．     

多花黄精炭疽病病原菌鉴定

炭疽病是多花黄精最严重的病害之一。本研究从重庆市万州区采集疑似为炭疽病的多花黄精病叶,分离培养获得了培养性状不同的2株炭疽菌,致病性测定表明这2株菌株都可引起多花黄精炭疽病;利用核糖体内转录间隔区(rDNA-ITS)、肌动蛋白(ACT)、几丁质合成酶(CHS-1)和β-微管蛋白(TUB)基因进行多基因系统发育分析,发现这2株菌株分别与松针炭疽菌Colletotrichum fioriniae和博宁炭疽菌C.boninense聚在一起,形成明显分支。结合形态学特点,确定引起多花黄精炭疽病的病原菌为松针炭疽菌C.fioriniae和博宁炭疽菌C.boninense。其中松针炭疽菌C.fioriniae引起黄精炭疽病是首次报道。     

养殖大菱鲆出血病病原菌的分子生物学鉴定

对青岛某养殖场发病大菱鲆分离的5株病原菌进行鉴定。使用法国生物梅里埃公司的全自动微生物鉴定仪VITEK2Compact的革兰氏阴性菌鉴定卡(GNtest kit),结合生物梅里埃公司的API细菌鉴定系统API 20E进行生理生化反应测试。为了进一步确定5株菌的分类学地位,测定了16SrDNA基因序列,与相关细菌序列进行比对,构建了系统进化树。生化反应和16S rDNA基因序列表明其中4株菌与溶藻弧菌亲缘关系最近,人工感染试验表明溶藻弧菌对养殖大菱鲆的致病力是相当强的。     

太湖银鱼及其系统发育研究进展

银鱼是银鱼科鱼类的总称,主要分布在东南亚海域及一些内陆水域。银鱼由于个体较小,形态结构研究存在一定的困难,因此对银鱼的系统发育研究一直存在许多分歧。本文根据近年来学者对银鱼的系统研究和在同工酶、分子生物学上的研究成就,对银鱼科种类的分类、太湖银鱼的种类进行了探讨。     

基于线粒体基因组COI和12S rRNA序列的魁蚶中国群体分类学地位研究

东北亚地区不同地理种群魁蚶(Scapharca brouhtonii)的分类学地位仍存在较大争议。为探讨魁蚶中国群体的分类地位,测定了魁蚶中国群体线粒体基因组COI和12S rRNA序列,并从GenBank中下载了蚶科26种贝类的同源序列进行分析。以贻贝科的贻贝(Mytilus edulis)为外群,用邻近法和最大简约法构建了蚶科贝类的分子系统进化树,分析其分子系统进化关系和分类等级。结果显示,魁蚶中国群体的COI和12S rRNA基因的碱基组成、密码子使用率及变异位点等与魁蚶日本群体和粗饰蚶属的Anadara sativa相似,且遗传距离很小,进化树中聚为一支,亲缘关系很近,初步确定魁蚶中国群体的分类地位和魁蚶日本群体一致。本研究结果初步阐明了魁蚶中国群体的分子系统进化地位,有利于掌握魁蚶的遗传背景和资源状况,以应用于自然资源的保护和推动养殖业的发展。     

隆头鱼科分类学研究进展

隆头鱼科是体形最为分化、体色最为多变的一个类群,其所包含的种类数位居海洋鱼类第2位。尽管经历了260多年的分类研究,隆头鱼科在分类单元和物种鉴定方面仍存在许多争论和疑问。回顾了隆头鱼科分类学发展史,总结了系统发育学的研究成果,描述了隆头鱼科关键分类特征和基础生物学,概述了几个分类较为复杂的主要属的研究进展,根据分子系统发育,推测几个主要属为复系群,是颌骨摄食功能进化导致种间显著遗传分化的结果。同时,参考1750—2017年期间的文献资料,考证和修订了中国隆头鱼的同物异名和错误命名,厘定中国隆头鱼科有38属150种,并提出我国需要广泛深入的开展隆头鱼科物种的普查和鉴定研究工作及利用分子生物学技术开展隆头鱼亲缘地理学的研究建议,为隆头鱼的起源、物种多样性、分布格局成因以及在海洋生态系统中的功能研究提供基础数据及理论研究参考。     

发病鲆鲽类分离菌株的16S rRNA基因测序分析

细菌性疾病是中国海水养殖鲆鲽类的主要病害,为全面了解病原菌种类,本研究对1999~2012年从山东、江苏、河北、天津等沿海地区养殖场发病鲆鲽鱼类中分离得到的124株优势菌株进行了16S rRNA基因测序和系统发育学分析。将基因序列与GenBank核酸序列数据库进行相似度比对分析,结果显示,有83株与弧菌属(Vibriosp.)细菌相似度最高,11株与气单胞菌属(Aeromonas sp.)细菌相似度最高,4株与爱德华氏菌属(Edwardsiella sp.)细菌相似度最高,26株为其他15种属的细菌。根据系统发育学分析结果,进一步将66株菌鉴定为16个种,优势种为溶藻弧菌(V.alginolyticus)、哈氏弧菌(V.harveyi)、鳗弧菌(V.anguillarum)、杀鲑气单胞菌(A.salmonicida)和迟缓爱德华氏菌(E.tarda)。选择其中的9株鳗弧菌和4株迟缓爱德华氏菌进行人工感染实验,结果显示,其中7株鳗弧菌和3株迟缓爱德华氏菌对大菱鲆(Scophthalmus maximus)有较强的致病性。研究结果可为阐明中国海水养殖鲆鲽类的流行病发生历史、病原种类、病原监测及疾病控制提供重要参考。     

基于细胞色素b基因序列的鲌亚科鱼类系统发育研究

采用特异性引物PCR扩增获得了鲌亚科7属10种鱼类细胞色素b基因的全长序列,初步构建了鲌亚科鱼类的系统发育关系。NJ树和MP树一致表明,鲌亚科鱼类种内所有个体均单独聚群,支持率高;同一属内,除蒙古鲌(Culter mogolicus mongolicus)未能与同属的翘嘴鲌(Culter alburnus)、青梢鲌(Culter dabryi dabryi)单独聚为一支外,团头鲂(Megalobrama amblycephala)与三角鲂(Megalobrama terminal)、翘嘴鲌与青梢鲌均为姐妹种。NJ、MP树显示鲌亚科鱼类属间关系的支持率都较低,鲂属(Megalobrama)与鳊属(Parabramis)间、鲌属(Culter)与原鲌属(Cultrichthys)间、细鳊属(Rasborinus)与半属(Hemiculterella)、属(Hemiculter)间有较近的亲缘关系,在系统演化关系上,细鳊属、半属、依氏鱼属(Ishikauia)较为原始,鲌属与原鲌属、鲂属与鳊属互为姐妹群,为较特化群。     

叶绿体基因组及其在樟科植物系统发育研究中的应用

樟科植物是被子植物中一个较大的木本植物类群,也是一个较为古老的类群,集轻工业、食用、材用、药用、观价值赏于一身,在我国林业史和园林史上占有重要地位。植物的系统发育研究可在阐明物种之间亲缘关系的同时,挖掘它们的共同祖先以及它们在进化过程中的分化和演化路径,揭示生物种群和物种的多样性及其时空分布。在概述樟科植物和叶绿体基因组的基础上,分析了利用叶绿体基因组对樟科植物进行系统发育研究的相关进展,以期为樟科植物的相关研究提供参考。     

奇异双身虫线粒体基因组测定及其密码子偏好性分析

【目的】为确定奇异双身虫线粒体基因组基本结构特征并探究奇异双身虫分类地位,同时了解双身虫科物种的密码子偏好性。【方法】采用二代高通量测序技术获得奇异双身虫线粒体基因组序列,通过MITOS在线网页对线粒体基因组序列进行注释并通过PhyloSuite (version1.2.2)软件对其结构进行分析,同时对奇异双身虫及其他8种双身虫科物种的线粒体蛋白质编码基因的密码子组成情况及密码子偏好性进行分析。【结果】奇异双身虫的线粒体基因组序列长度为15 713 bp(大非编码区未测全),A+T含量为68.7%,表现出明显的AT偏向。系统发育树结果显示,基于现有数据双身虫科物种聚为一支,支持双身虫科物种的单系性。对双身虫科物种的密码子使用偏好进行分析,结果指出双身虫科有效密码子数(ENC)范围为30.632-37.495;相对同义密码子使用值(RSCU)>1的密码子共有18个,偏好以碱基U(T)结尾。PR2-plot分析结果显示T的使用频率高于A,G的使用频率高于C,突变和选择等因素均可对密码子的使用偏好产生一定的影响。中性绘图分析显示奇异双身虫和马口鱼拟双身虫受突变压力的影响分别为61.89%和51.31%,其余7种双身虫均受突变压力的影响小于50%。【结论】双身虫科密码子偏好性存在略微差异,但都受突变压力、自然选择和碱基组成的共同影响。【意义】本研究可以为后续的系统进化研究提供重要依据。