全基因组关联分析阈值的快速算法

逐个SNP的全基因组关联分析中的统计量不仅依赖于遗传效应,而且依赖于SNP,因此统计量不能直接应用于推断无遗传效应的零假设中。检测不同样本的QTN,常用的统计量除了卡方统计量,还有t统计量、F统计量和标准正态统计量。首先给出了各个统计量之间的关系,接下来针对冗余参数背景下的全基因组关联分析,提出了检验统计量阈值的快速计算方法。再次利用获得的高通量SNP的统计概率构建卡方统计量,进而估计临界值。最后模拟不同样本的阈值并与文献上提出的阈值算法比较。大量模拟实验证明,提出的方法快速而且有效。     

生物炭对酸化茶园土壤性状和真菌群落结构的影响

为探讨生物炭长期施用对酸化茶园土壤改良和真菌群落结构的影响,分析了按生物炭用量0、2.5、5、10、20、40 t·hm^-2施用5年后的茶园土壤性状和真菌群落结构变化。结果表明,施用生物炭5年后的茶园土壤pH提高了0.16~1.11,可溶性有机碳含量提高了52.6%~92.3%,而铵态氮和硝态氮含量以10 t·hm^-2处理最高。施用生物炭5年后的土壤性质变化,进一步影响了真菌群落结构,表现为Chao指数、ACE指数和Shannon指数随生物炭用量增加呈先增加后降低的趋势;提高生物炭施用量对茶园土壤次要作用的真菌（LDA值<3.50）丰度的增加效果高于优势真菌（LDA值>3.50）的效果,其中被孢霉属、木霉属、毛壳菌属的相对丰度增加,黑盘孢属的相对丰度降低。     

山东鲁山省级自然保护区野生观赏灌木资源及其园林应用

指出了鲁山省级自然保护区野生观赏灌木资源具有种类繁多(104种)、观赏价值高、保护价值高等特点。从生态习性、观赏特征及园林应用三个方面对18个代表树种进行阐述,并对保护区观赏灌木的开发利用提出了建议。     

一种用于软枣猕猴桃ISSR分析的芽DNA提取方法

建立以芽为试材的软枣猕猴桃DNA提取方法,可实现样品的随时采集和ISSR分析。以软枣猕猴桃品种"桓优1号"为试材,分别采集展叶期的叶片和落叶期的芽,用改进的CTAB法提取基因组DNA并进行ISSR检测。结果表明:两种试材提取的DNA无降解,OD260/OD280值介于1.72～1.85,纯度和完整性均较好,两者ISSR扩增条带一致。该方法为后续软枣猕猴桃种质资源的鉴定和评价提供了技术保障。     

木霉P3.9菌株对枇杷根际细菌多样性及其群落组成的影响

枇杷根际土壤用木霉P3.9菌株孢子悬浮液灌根，Illumina平台高通量测序，分析引入木霉P3.9菌株对枇杷根际细菌多样性及其群落组成的影响。结果表明枇杷根际土壤细菌优势菌群为Proteobacteria变形杆菌门、Actinobacteria放线菌纲、Propionibacteriales丙酸杆菌目、Nocardioidaceae类诺卡氏菌科、Aeromicrobium气微菌属。引入木霉P3.9菌株虽然导致枇杷根际细菌多样性略有下降，但是优势菌群种类及数量未发生变化。Nitrospirae硝化螺旋菌门1门；Nitrospira硝化螺菌纲、Phycisphaerae纲2纲；Desulfurellales硫还原菌目、Nitrospirales硝化螺旋菌目、Tepidisphaerales目3目；Desulfurellaceae硫还原菌科、Tepidisphaeraceae科、Rhodothermaceae科3科；Nitrospira硝化螺旋菌属、Nitrosospira亚硝化螺菌属、Nitrosomonas亚硝化单胞菌属、Chryseobacterium金黄杆菌属4属；Micromonospora auratinigra、Pseudonocardia khuvsgulenisi、Bacteroides vulgatus、Arabidopsis thaliana 4种急剧增加。Thermoleophilia油菌纲1纲；Corynebacteriales目、Frankiales目、Solirubrobacterales土壤红球菌目、Kineosporiales目、Ktedonobacterales目5目；Nocardiaceae诺卡氏菌科、Geodermatophilaceae科、Mycobacteriaceae分枝杆菌科、Hyphomicrobiaceae生丝微菌科、Solirubrobacteraceae土壤红色杆菌科、Cryptosporangiaceae 科6科；Amycolatopsis拟无枝酸菌属、Smaragdicoccus属、Solirubrobacter土壤红杆菌属、Blastococcus芽球菌属、Azohydromonas嗜血杆菌属、Rhodococcus红球菌属、Bauldia属、Nocardia诺卡氏菌属、Micromonospora小单孢菌属、Parviterribacter帕维特杆菌属、Fodinicola?矿生菌属11属；Rhodococcus wratislaviensis、Nocardia neocaledoniensis、Fordinicola feengrottensis 3种急剧下降。说明木霉P3.9菌株促使枇杷根际有益细菌增加，致病细菌减少，对连作枇杷根际土壤有修复作用。     

山东省鲁山省级自然保护区野生观赏树木资源多样性及保护研究

对鲁山省级自然保护区野生观赏树木进行了野外调查和文献统计,结果显示:野生观赏树木资源十分丰富,有42科85属151种,对其进行了园林应用分类,其中行道树类有39种,庭荫树类有24种,观花类有35种,观果类有28种,蔓木类有17种,绿篱类有8种,为进一步开发利用,提出了建议开展引种驯化栽培工作和建立野生观赏树木种质资源保护库等措施保护野生观赏树木资源。     

菜子湖鱼类多样性现状及其保护策略

基于2017年周年的鱼类调查监测数据,菜子湖目前共有鱼类60种,隶属于8目14科41属。与历史记录相比,菜子湖山溪河流性和江湖洄游性鱼类的数量及其占比均有明显的减少和降低。为了有效保护菜子湖的鱼类多样性,本文提出了4个基本策略:制定鱼类资源保护政策法规,严格渔政执法;整治水质污染和生境破坏,加强湖泊管理;科学监测环境和鱼类资源状况,对湖泊进行实时预警;开展湖泊自然的生态和水文修复,维持湖泊生态系统健康。     

具有III型分泌系统的Pseudomonas moraviensis FP1761植物益生功能及其全基因组分析

 本研究从节瓜根际分离到一株具有防病促生功能的荧光类假单胞菌FP1761。该菌株对部分植物病原真菌和细菌具有拮抗能力,能够解钾、解有机磷和无机磷,可产生氨、蛋白酶、嗜铁素、吲哚乙酸。生物测定表明菌株FP1761可显著促进小麦生长。生理生化、平均核苷酸相似度、16S rDNA和多基因分析将FP1761鉴定为摩拉维亚假单胞菌(Pseudomonas moraviensis)。菌株FP1761基因组草图全长6.12 Mb,(G+C)含量为59.9%,共编码5467个基因序列。将该菌株与种内3个代表性菌株进行泛基因组和核心基因组分析,共产生 4 357个共有基因,菌株FP1761特有基因327个。利用antiSMASH对菌株次生代谢基因簇进行预测,发现其含有8个潜在的次生代谢产物基因簇。其中两个基因簇与嗜铁素pyoverdine合成相关,未见聚酮类合成基因。基因组分析发现,该菌株具有与病原性假单胞菌相似的III型分泌系统,但丢失了效应蛋白调控因子hrpS和转运相关的hrpH和hrpK1基因。对全基因组扫描,菌株FP1761仅保留了病原性假单胞菌的保守效应蛋白AvrE和HopAA1-1。FP1761是目前已发现的唯一具有III型分泌系统的摩拉维亚假单胞菌。本研究表明摩拉维亚假单胞菌FP1761具有潜在的植物防病促生功能,但其III型分泌系统与植物益生互作机制有待进一步解析。     

大豆对大豆胞囊线虫侵染的应答机制研究

大豆胞囊线虫病(Heterodera glycines,soybean cyst nematode,SCN)是大豆生产上的重要病害,其特点为危害重、分布广、难防治,每年对大豆生产造成极大的损失。种植大豆抗性新品种是防治SCN目前最为有效的措施,研究大豆对SCN侵染的应答机制,是培育大豆持久抗病品种的前提,对加快抗线虫品种选育及SCN的防控具有重要的意义。本文综述了大豆对SCN侵染的组织细胞学应答机制;介绍了大豆在SCN侵染后酶系变化及酚类代谢的生理生化应答机制;从分子水平阐明了SCN侵染后大豆的基因转录变化,差异蛋白及DNA甲基化的应答机制,以期为大豆胞囊线虫病害的进一步研究与防治提供参考。