羊驼皮肤中核糖体蛋白L41的表达

为了研究羊驼皮肤中核糖体蛋白L41(RPL41)基因的序列结构特点及功能,用Southern blot技术从羊驼皮肤cDNA文库中筛选出RPL41基因,测序后通过生物信息学方法对该基因进行了相关分析。经分析发现羊驼RPL41基因序列中存在CCGG位点,推测羊驼RPL41基因在此位点发生甲基化。表明RPL41基因可能参与皮肤细胞凋亡及毛生长周期的调节。     

周期素依赖性蛋白激酶-5在不同毛色羊驼皮肤中的表达

本研究旨在探索周期素依赖性蛋白激酶-5(CDK5)在羊驼皮肤中的表达与功能。以不同毛色的成年羊驼为研究对象,采用免疫组织化学法对CDK5在羊驼皮肤中的表达进行定位和定性研究,并利用实时荧光定量PCR技术分析了不同毛色羊驼皮肤CDK5基因的相对表达量。免疫组织化学结果显示CDK5在羊驼皮肤毛囊的外根鞘和毛球部呈阳性表达,根据光密度值分析得出CDK5在不同毛色羊驼毛囊中的表达差异显著(P0.05)。实时荧光定量PCR结果显示棕色羊驼中CDK5mRNA相对基因表达量是白色羊驼的1.6245倍。结果提示CDK5可能与羊驼毛色形成相关。     

羊驼Bclaf1基因cDNA部分序列的克隆及组织表达特征分析

为了获得羊驼Bclaf1基因cDNA序列,研究该基因在羊驼皮肤中的表达特征.本研究对已构建的羊驼皮肤cDNA文库进行筛选和ESTs分析,并运用免疫组化技术对Bclaf1在羊驼皮肤中的表达进行组织定位.结果,羊驼Bclaf1基因与褐鼠、小鼠、狗、人和黑猩猩Bclaf1基因相应cDNA序列的相似性分别为100%,92.9%、86.0%、81.1%和77.9%.Bclaf1在幼年羊驼毛囊中没有阳性细胞,在成年羊驼、白色和棕色羊驼毛囊的外根鞘处集中表达;根据光密度值分析得Belaf1在不同毛色羊驼毛囊中的表达差异显著.结果表明,Betaf1基因在羊驼皮肤中的表达和定位随年龄和毛色而变化.     

羊驼细胞色素C氧化酶VIc亚基基因序列的测定与分析

本研究通过克隆分析羊驼细胞色素c氧化酶VIc亚基基因的序列,对羊驼细胞色素c氧化酶的VIc亚基基因的结构和功能进行了初步探索。实验利用免疫印迹技术（Southern blotting）对已有羊驼皮肤cDNA文库进行筛选并测序,结果表明该基因大小为424bp,含一个完整的ORF,位于36～266bp,编码77个氨基酸。对该基因序列分析表明：该基因编码的蛋白质含有疏水性区域、一个跨膜区并具有信号肽。同源性分析表明,核苷酸序列同源性为76％～100％。     

羊驼生长激素基因的克隆与序列分析

应用RT-PCR和PCR技术克隆得到了羊驼生长激素(Growth hormone,GH)基因,包括完整的编码区812 bp 的cDNA序列和1 800 bp 的DNA序列.两者比对后证明羊驼GH基因DNA序列由5个外显子和4个内含子组成,编码216个氨基酸的GH前体蛋白,其中包括26个氨基酸的信号肽和190个氨基酸的成熟肽.序列比较结果表明,羊驼GH基因序列与骆驼、猪、马、犬和猫等哺乳动物类似,但羊驼GH基因的启动子不是哺乳动物的典型TATA盒,而同骆驼一样为CATA盒.在DNA和cDNA水平以及推导的氨基酸水平,均与骆驼的同源性最高.通过GH氨基酸的功能位点分析推测,羊驼生长激素与人、猪等大多数动物的生长激素无明显功能上的差异.     

羊驼MC1R基因克隆及其在不同毛色个体中表达水平研究

为了获取羊驼MC1R基因序列,探索MC1R基因表达水平与羊驼毛色之间的相关性,根据GenBank已发表序列(EU1358800)设计1对引物,以羊驼皮肤总RNA为模板,采用RT-PCR技术扩增并成功获得了中华白色羊驼MC1R基因cDNA序列,长度为1 081 bp,编码317个氨基酸,与已发表序列进行对比,同源性为99%,发现7处突变.根据所克隆序列设计引物,采用实时荧光定量PCR技术(QRT-PCR),分析MC1R基因在白色和棕色羊驼皮肤中的基因表达量,并对结果进行统计分析.结果表明:经过内参基因校正后,棕色羊驼皮肤中MC1R基因的相对表达量是白色羊驼相对表达量的4.32倍(P<0.01).MC1R基因表达量的差异与羊驼毛色表型之间可能存在一定的相关性.     

中国羊驼KAP1．3基因的克隆及序列分析

毛纤维中的角蛋白（keratin）和角蛋白关联蛋白（keratin-associatedproteins）的数量遗传性状位点（quantitativetraitloci）已有学者在绵羊等一些动物身上找到，其中KAP1．1、KAP1.2、KAP1．3等基因作为候选基因来间接选择羊毛细度性状。而羊驼相关候选基因的研究还未见报道，本研究提取成年羊驼的新鲜血液中基因组DNA，并以此为模板采用PCIL技术扩增KAP1．3基因进行序列分析，测序后在NCBI工作平台中进行BLASTn同源性比较，得出结论：结果表明多个物种间KAP1．3基因编码区的序列相似性在73%以上。借助DNAstar分子生物学分析软件绘制了相关动物的遗传进化图．并对羊驼的种属地位进行了进一步验证。通过羊驼与绵羊在KAP1．3的氨基酸序列上的比较只有十五处残基的差异。证实KAP1．3基因与羊驼毛细度性状相关。     

猪RPS3基因的克隆和表达分析

RPS3在体内具有多种功能,为了进一步揭示其结构与功能的关系,探索其编码区作为系统发育标记的可行性,本研究应用生物信息学、RT-PCR和3-′RACE方法首次克隆了猪RPS3基因（GenBank登录号：DQ660373）并进行了序列分析,同时利用半定量RT-PCR方法分析了RPS3基因的时空表达规律。序列分析表明RPS3开放读码框全长为732 bp,编码243个氨基酸残基的多肽链,含有核糖体蛋白S3标签,构建的系统发育树显示聚类结果与动物学上的分类一致。半定量RT-PCR分析表明RPS3在所检测的10种组织中均有较高水平的表达,心脏中的表达量最高,肺脏中的表达量最低,其它组织间差异不大;在仔猪中表达量高,随着日龄的增加表达量不断下降,在3月龄以后的猪中表达量趋于平稳。以上结果说明RPS3基因CDS适合构建种间的系统发育树,mRNA的表达水平与细胞的生长代谢速度有关。     

羊驼Cytb基因序列的测定及其研究

测定了羊驼线粒体DNA细胞色素b基因部分序列，并与骆驼科其它物种细胞色素b基因进行同源序列比较，分析了碱基组成及变异情况，并用邻接法和最大简约法构建了分子系统树，在分子水平上探讨了羊驼在骆驼科动物中的分类地位。结果表明，羊驼与骆马和美洲驼存在的遗传差异相对比羊驼与原驼大，为传统分类学中的羊驼是原驼驯化以后的一种家养驼的提法提供了分子学依据。     

羊驼酪氨酸酶基因部分cDNA序列的克隆及序列分析

从3～4龄青年公羊驼背部皮肤中提取总RNA作为模板,采用RT-PCR技术扩增出TYR基因的部分Cdna序列,将其克隆进Pgem-T easy vector中,经限制酶酶切鉴定后进行测序,将测序结果与小鼠、人、猩猩等其它物种的TYR核苷酸序列进行比对,发现本研究获得部分序列为羊驼酪氨酸酶基因第三外显子,该序列比较保守.     

鸡传染性支气管炎病毒GX-YL5株S蛋白在昆虫杆状病毒表达系统的表达及其免疫原性

为了对鸡传染性支气管炎病毒(avian infectious bronchitis virus,IBV)广西优势血清型代表株GX-YL5的S蛋白进行真核表达并研究其免疫原性,设计GX-YL5毒株S基因特异引物,扩增出目的片段后,构建重组表达载体pFastBacTM/HBM-TOPO-S,转化DH10Bac细胞获得重组杆状病毒rHBM-S;重组S蛋白鉴定正确后,大量表达、纯化并免疫新西兰大白兔制备兔抗血清,应用IFA、Western blot以及间接ELISA、气管环(TOC)中和试验对该重组蛋白的反应原性及免疫原性进行分析。结果显示,成功获得重组S蛋白;制备的抗S蛋白多抗血清具有良好的特异性,ELISA效价可达1∶25600,TOC中和试验滴度为1∶512。结果表明,应用昆虫杆状病毒表达系统成功表达了具有很好免疫原性的GX-YL5株的S蛋白。本试验为研究IBV S蛋白的生物学功能、研发诊断试剂和制备新型疫苗等奠定了基础,为利用昆虫杆状病毒表达系统进行IBV或其他冠状病毒结构蛋白的表达及多抗的制备提供了借鉴和参考。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒GP5蛋白在酿酒酵母中的定位研究

为研究猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)gp5基因在酿酒酵母中表达后蛋白的定位位置,以此揭示PRRSV在感染细胞中获取囊膜的位置信息,本研究首先将gp5基因克隆到酿酒酵母表达载体pUG35的gfp基因上游,构建重组质粒pUG-gp5-gfp,电击导入酿酒酵母CEN.PK2中,经尿嘧啶缺陷型营养筛选,获得重组酵母pUG-gp5-gfp/CEN.PK2,在甲硫氨酸营养缺陷培养基诱导表达后,荧光显微镜观察显示,gp5-gfp融合基因在酿酒酵母中获得表达,所表达的融合荧光蛋白主要聚积位置与内质网和质膜的定位模式一致,表明GP5蛋白信号肽在酵母中起到了导向作用,揭示了PRRSV在宿主细胞中获得囊膜的可能位置。该研究为其他病毒在宿主细胞中的组装位置研究提供新的思路。     

奶牛乳房炎金黄色葡萄球菌裂解性噬菌体裂解酶LysIMEP5基因的克隆及序列分析

为了克隆奶牛乳房炎金黄色(葡萄球菌裂解性噬菌体裂解酶Lys IMEP5基因,分析其生物信息学特性,以本实验室分离的奶牛乳房炎金黄色葡萄球菌裂解性噬菌体v B_Sau S_IMEP5为材料,根据其全基因组学信息,获取裂解酶基因序列,应用Primer 5.0设计特异性引物。采用PCR方法扩增并克隆Lys IMEP5基因,通过BLAST进行序列比对分析,利用在线软件对蛋白结构进行预测。成功克隆到裂解酶Lys IMEP5基因,测序结果通过DNAMAN比对与原序列完全匹配,无任何基因突变,同源性分析显示,与已报道的金黄色葡萄球菌噬菌体裂解酶相似性最高为83.1%;裂解酶Lys IMEP5基因序列全长1371 bp,共编码456个氨基酸,为亲水性蛋白,分子质量为51.717 k Da,理论等电点为9.70;Lys IMEP5同时存在CHAP片段和Amidase-3片段;该蛋白无跨膜区,无信号肽,以无规则卷曲为主。从奶牛乳房炎金黄色葡萄球菌裂解性噬菌体中成功克隆出Lys IMEP5基因,通过对该蛋白的结构预测分析为后续克隆表达及开发新型绿色抑菌剂奠定了基础。     

SnSAG5 is an alternative surface antigen of Sarcocystis neurona strains that is mutually exclusive to SnSAG1

Sarcocystis neurona is an obligate intracellular parasite that causes equine protozoal myeloencephalitis (EPM). Previous work has identified a gene family of paralogous surface antigens in S. neurona called SnSAGs. These surface proteins are immunogenic in their host animals, and are therefore candidate molecules for development of diagnostics and vaccines. However, SnSAG diversity exists in strains of S. neurona, including the absence of the major surface antigen gene SnSAG1. Instead, sequence for an alternative SnSAG has been revealed in two of the SnSAG1-deficient strains. Herein, we present data characterizing this new surface protein, which we have designated SnSAG5. The results indicated that the protein encoded by the SnSAG5 sequence is indeed a surface-associated molecule that has characteristics consistent with the other SAGs identified in S. neurona and related parasites. Importantly, Western blot analyses of a collection of S. neurona strains demonstrated that 6 of 13 parasite isolates express SnSAG5 as a dominant surface protein instead of SnSAG1. Conversely, SnSAG5 was not detected in SnSAG1-positive strains. One strain, which was isolated from the brain of a sea otter, did not express either SnSAG1 or SnSAG5. Genetic analysis with SnSAG5-specific primers confirmed the presence of the SnSAG5 gene in Western blot-positive strains, while also suggesting the presence of a novel SnSAG sequence in the SnSAG1-deficient, SnSAG5-deficient otter isolate. The findings provide further indication of S. neurona strain diversity, which has implications for diagnostic testing and development of vaccines against EPM as well as the population biology of Sarcocystis cycling in the opossum definitive host.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒GP5蛋白的原核表达及鉴定

为获得猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)GP5蛋白,以一株PRRSV NADC30-like毒株的基因组RNA为模板,利用RT-PCR扩增出ORF5基因后,将该基因克隆至原核表达载体pCold-TF中,构建了重组质粒pCold-TF-GP5,转化Rosetta(DE3)后用IPTG诱导,经SDS-PAGE、Western blot鉴定,重组蛋白获得了可溶性表达,大小约为72 ku。将该蛋白过镍柱纯化后获得浓度为0.5 mg/mL的纯化蛋白,为下一步GP5蛋白单克隆抗体的制备奠定物质基础。     

猪CA5B基因的序列特征和表达分析

旨在通过分析猪CA5B （线粒体碳酸酐酶VB,carbonic anhydrase 5b, mitochondria;CA5B/CAVB/Car5b）基因的序列特征和时空表达,解析CA5B对猪组织器官发育和代谢的影响。本研究采集6头240日龄贵州猪（公、母各3头）的心、肝、脾、肺、肾、皮下脂肪、背最长肌、睾丸、卵巢,采集通城猪和长白猪27个生长发育时间点（出生前33、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105 d和出生后0、9、20、30、40、60、80、100、120、140、160、180 d）（每个品种3头）的骨骼肌,提取上述组织器官RNA进行转录组测序,分析CA5B基因的组织表达谱以及骨骼肌27个生长发育时间点的时序表达;基于NCBI数据库中CA5B蛋白序列,进行物种间的保守性分析,构建系统进化树,分析蛋白互作网络;通过Targetscan、PicTar和miRanda等软件预测与CA5B结合的潜在miRNAs,并在猪RNA编辑数据库中分析CA5B基因潜在的RNA编辑位点。结果发现,CA5B基因在猪、人、小鼠、猴、牛、马、山羊、绵羊、狗和猫中高度保守,相对于小鼠而言,猪CA5B蛋白优先与人聚为一类。CA5B蛋白与线粒体跨膜运输蛋白、类肌球蛋白卷曲螺旋蛋白、细胞色素家族等互作;CA5B在猪的脂肪、睾丸以及卵巢中高表达,在骨骼肌生长发育过程中胚胎期的表达高于出生后阶段;靶标预测结果表明,CA5B可能受ssc-miR-22-5p调控（P<0.05）;此外,CA5B还存在3个RNA编辑位点。结果提示,CA5B可能在猪骨骼肌生长发育和能量储存利用中起重要作用。     

绵羊WNT5A基因克隆及其组织表达分析

WNT5A(Wnt family member 5A)参与了多种细胞的增殖、凋亡和分化等生物学过程,在乳腺形态发生、毛囊发育等方面发挥了重要作用。该试验利用RT-PCR获得绵羊WNT5A基因的CDS区,分析WNT5A蛋白的结构特征并利用RT-qPCR检测WNT5A基因在9个组织中的表达情况。绵羊WNT5A基因的CDS区全长1062 bp,编码353个氨基酸。该蛋白的二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主,β转角、延伸链贯穿于整个蛋白质结构中。String分析结果表明,WNT5A与卷曲蛋白受体、低密度脂蛋白相关蛋白和受体酪氨酸激酶有相互作用。RT-qPCR研究结果表明,WNT5A基因表达具有组织特异性及品种特异性。WNT5A基因在绵羊心脏、肝脏、肺脏、脾脏、肾脏、卵巢、背最长肌、乳腺和皮肤9个组织中均广泛表达,其中在皮肤中的表达量高于其他组织(P<0.05),而在脾脏中表达量较低。它在甘肃高山细毛羊皮肤、乳腺、背最长肌、肾脏、肺脏、脾脏和肝脏中的表达量高于小尾寒羊(P<0.05),而在甘肃高山细毛羊卵巢中的表达量低于小尾寒羊(P<0.05),在心脏中该基因的表达量无差异(P>0.05)。该结果为深入研究绵羊WNT5A基因的功能提供了重要依据,同时也丰富了绵羊基因组内容。     

鸡FKBP5基因的克隆、生物信息学及组织表达谱分析

本研究旨在对鸡FK506结合蛋白5(FK506 binding protein 5,FKBP5)基因进行克隆和生物信息学分析,并检测其在鸡不同组织中的表达量。以鸡脾脏cDNA为模板,通过PCR方法扩增和克隆鸡FKBP5基因完整CDS区序列,并进行同源性比对及系统进化树构建;使用在线软件分析FKBP5蛋白的理化性质、疏水性、跨膜结构、信号肽、二级结构和三级结构;利用实时荧光定量PCR检测其在肢体内外翻畸形(valgus-varus deformity,VVD)组肉鸡和正常组肉鸡组织中的表达量,并绘制组织表达谱。结果显示,鸡FKBP5基因CDS区序列全长1350 bp,编码449个氨基酸;同源性比对和进化树分析表明,鸡FKBP5基因氨基酸序列与鹌鹑、鸭、壁虎、中华鳖、小鼠、人、猪、斑马鱼的同源性分别为98.4%、96.2%、85.8%、87.4%、81.1%、85.2%、86.1%和61.2%,与鹌鹑、鸭的亲缘关系最近,爬行类和哺乳类动物次之,与斑马鱼(鱼类)亲缘关系最远。鸡FKBP5蛋白分子质量为50.43 ku,理论等电点(pI)为5.94,半衰期为30 h,肽链N端为蛋氨酸(Met),不稳定系数为23.80,属于稳定蛋白;跨膜区和信号肽预测结果显示,FKBP5蛋白不属于跨膜蛋白和分泌型蛋白。结构域分析结果表明,该蛋白包括2个FKBP型肽基脯氨酰异构酶(FKBP-type peptidylprolyl isomerases)、3个四肽重复(TPR)序列,主要包含α-螺旋(46.77%)、延伸链(12.47%)和无规则卷曲(40.76%),且该蛋白与HSPA2、PPID、STIP1、HSP90AA1和HSP90AB1等互作蛋白具有很强的相关性。实时荧光定量PCR结果显示,FKBP5基因在鸡各组织中广泛表达,其中在软骨和法氏囊中表达量较高,在发病组肉鸡组织中的表达量均高于正常组肉鸡,且在心脏、腿肌、法氏囊、胸腺、软骨中表达量差异显著(P<0.05),在脾脏中表达量差异极显著(P<0.01)。本试验结果可为肉鸡骨骼疾病及腿部健康选育提供参考。     

鸡FKBP5基因的克隆、生物信息学及组织表达谱分析

本研究旨在对鸡FK506结合蛋白5（FK506 binding protein 5,FKBP5）基因进行克隆和生物信息学分析,并检测其在鸡不同组织中的表达量。以鸡脾脏cDNA为模板,通过PCR方法扩增和克隆鸡FKBP5基因完整CDS区序列,并进行同源性比对及系统进化树构建;使用在线软件分析FKBP5蛋白的理化性质、疏水性、跨膜结构、信号肽、二级结构和三级结构;利用实时荧光定量PCR检测其在肢体内外翻畸形（valgus-varus deformity,VVD）组肉鸡和正常组肉鸡组织中的表达量,并绘制组织表达谱。结果显示,鸡FKBP5基因CDS区序列全长1 350 bp,编码449个氨基酸;同源性比对和进化树分析表明,鸡FKBP5基因氨基酸序列与鹌鹑、鸭、壁虎、中华鳖、小鼠、人、猪、斑马鱼的同源性分别为98.4%、96.2%、85.8%、87.4%、81.1%、85.2%、86.1%和61.2%,与鹌鹑、鸭的亲缘关系最近,爬行类和哺乳类动物次之,与斑马鱼（鱼类）亲缘关系最远。鸡FKBP5蛋白分子质量为50.43 ku,理论等电点（pI）为5.94,半衰期为30 h,肽链N端为蛋氨酸（Met）,不稳定系数为23.80,属于稳定蛋白;跨膜区和信号肽预测结果显示,FKBP5蛋白不属于跨膜蛋白和分泌型蛋白。结构域分析结果表明,该蛋白包括2个FKBP型肽基脯氨酰异构酶（FKBP-type peptidylprolyl isomerases）、3个四肽重复（TPR）序列,主要包含α-螺旋（46.77%）、延伸链（12.47%）和无规则卷曲（40.76%）,且该蛋白与HSPA2、PPID、STIP1、HSP90AA1和HSP90AB1等互作蛋白具有很强的相关性。实时荧光定量PCR结果显示,FKBP5基因在鸡各组织中广泛表达,其中在软骨和法氏囊中表达量较高,在发病组肉鸡组织中的表达量均高于正常组肉鸡,且在心脏、腿肌、法氏囊、胸腺、软骨中表达量差异显著（P<0.05）,在脾脏中表达量差异极显著（P<0.01）。本试验结果可为肉鸡骨骼疾病及腿部健康选育提供参考。     

中国荷斯坦奶牛CCR5基因克隆、生物信息学及表达分析

试验旨在克隆中国荷斯坦奶牛CC趋化因子受体5(C-C chemokine receptor type 5,CCR5)基因,对其进行生物信息学分析,并探究CCR5基因在奶牛炎性和健康组织中的表达水平。采用PCR技术扩增并克隆荷斯坦奶牛CCR5基因CDS区全长序列,连接pMD18-T载体并转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,通过蓝白斑方法筛选阳性克隆并测序,对序列进行相似性比对及系统进化树构建;应用多种在线生物信息学软件对其编码蛋白进行分析,并利用实时荧光定量PCR方法检测CCR5基因在健康和炎症奶牛乳腺组织中的表达情况。结果显示,中国荷斯坦奶牛CCR5基因CDS区全长1 059 bp,编码352个氨基酸。相似性和遗传进化分析结果显示,奶牛CCR5基因与绵羊的遗传距离最近,高达96.0%,与鸡遗传关系最远,为61.0%,且在不同物种之间CCR5基因高度保守。中国荷斯坦奶牛CCR5蛋白分子质量为40.235 ku,理论等电点(pI)为9.30,为疏水性蛋白但不是分泌蛋白,主要存在于细胞质内;在CCR5蛋白二级结构中α-螺旋和无规则卷曲分别占51.14%和32.95%,三级结构模型预测结果与二级结构一致。实时荧光定量PCR结果显示,CCR5基因在健康奶牛乳腺组织中的表达量极显著低于炎性奶牛乳腺组织(P<0.01),提示其可能参与奶牛乳腺炎的发生过程。本试验结果为进一步研究奶牛CCR5蛋白的功能提供了理论依据,对探究奶牛CCR5基因在奶牛乳腺炎中的调控功能等具有重要意义。