4个地方绵羊品种系统发生关系的微卫星分析

试验旨在研究地方绵羊品种的遗传变异,为种质资源评价、保护和利用提供理论数据。利用5个微卫星标记分析4个地方绵羊品种的遗传多样性,根据等位基因组成及频率进行群体遗传统计分析;基于品种间标准遗传距离(Ds)和Nei氏遗传距离,分别构建UPGMA系统发生树。4个地方绵羊品种共检测到70个等位基因,各位点等位基因数(Na)在10~18之间;4个地方绵羊品种平均有效等位基因数(Ne)为3.81~5.68个,平均多态信息含量(PIC)为0.6152~0.7373,平均遗传杂合度(H)为0.6711~0.7820;4个地方绵羊品种间遗传分化系数为0.0847,标准遗传距离(Ds)和Nei氏遗传距离晋中绵羊与乌珠穆沁羊为最大(0.5775、0.6126),小尾寒羊与乌珠穆沁羊为最小(0.1542、0.1955),首先小尾寒羊与乌珠穆沁羊聚为一类,晋中绵羊与广灵大尾羊聚为另一类,然后两类聚在一起形成一大类。结果表明,4个地方绵羊品种遗传变异大、多样性丰富;品种间遗传分化小,但小尾寒羊和乌珠穆沁羊与晋中绵羊和广灵大尾羊间已有明显分化。选择的5个微卫星座位均为高度多态位点,可作为有效遗传标记用于绵羊品种遗传多样性和系统发生关系分析。各地方绵羊品种分子聚类关系与其形成史、分化及地理分布基本一致。     

4个地方绵羊品种遗传多样性的微卫星分析

文章宗旨是(目的)研究地方绵羊品种的遗传变异,为种质资源评价、保护和利用提供理论数据.(方法)利用5个微卫星标记分析4个地方绵羊品种的遗传多样性,根据等位基因组成及频率,进行群体遗传统计分析.基于品种间标准遗传距离(DS)和Nei氏遗传距离,分别构建UPGMA系统发生树.(结果)4个地方绵羊品种共检测到70.0个等位基因,各位点等位基因数(Na)在10.0～18.0之间;4个地方绵羊品种平均有效等位基因数(Ne)为3.81～5.68个,平均多态信息含量(PIC)为0.615 2～0.737 3,平均遗传杂合度(H)为0.671 1～0.782 0;4个地方绵羊品种间遗传分化系数为0.084 7,标准遗传距离(DS)和Nei氏遗传距离晋中绵羊与乌珠穆沁羊都为最大(0.577 5,0.612 6),小尾寒羊与乌珠穆沁羊都为最小(0.154 2,0.195 5),首先小尾寒羊与乌珠穆沁羊聚为一类,晋中绵羊与广灵大尾羊聚为另一类,然后两类聚在一起形成一大类.(结论)结果表明4个地方绵羊品种遗传变异大、多样性丰富;品种间遗传分化小,但小尾寒羊和乌珠穆沁羊与晋中绵羊和广灵大尾羊间已有明显分化.选择5个微卫星座位均为高度多态位点,可作为有效遗传标记用于绵羊品种遗传多样性和系统发生关系分析.各地方绵羊品种分子聚类关系与其形成史、分化及地理分布(相)基本一致.     

我国6个绵(山)羊群体遗传分化的微卫星分析

为进一步了解我国绵(山)羊群体的品种特性及其遗传分化,本文利用微卫星标记对我国6个绵(山)羊群体遗传分化进行了分析。采用中心产区典型群随机抽样方法用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测乌珠穆沁羊7个微卫星位点,并引用同实验室小尾寒羊、滩羊、湖羊、同羊、长江三角洲白山羊(参照群体)的相关资料进行群体遗传分化水平分析。研究表明:7个微卫星位点在乌珠穆沁羊、小尾寒羊、滩羊、湖羊、同羊、山羊这6个品种中均存在遗传多态性,各座位等位基因均较丰富。根据标准遗传距离、DA遗传距离以及模糊相容关系进行聚类分析,湖羊与同羊首先聚为一类,乌珠穆沁羊和小尾寒羊聚为一类,然后与滩羊聚为一类,5个绵羊品种最后与山羊相聚。     

八个绵羊品种遗传多样性分析及引进肉用品种与地方品种杂种优势预测

利用5个微卫星标记在山西省主要8个绵羊品种中的多态性研究,预测进口肉用绵羊品种与地方绵羊品种的杂种优势,为山西省肉用绵羊生产提供理论依据.结果表明,8个绵羊品种在5个微卫星位点上平均等位基因数在6.0～8.6个之间,平均有效等位基因在3.81～5.68个之间,平均基因杂合度在0.6711～0.7896之间,平均多态信息含量在0.6152～0.7462之间,品种间遗传分化系数为0.1390.说明选择5个微卫星座位均为高度多态位点,可用于8个绵羊品种遗传多样性评估;8个绵羊品种在5个微卫星座位上都存在较大的遗传变异,且总群体86.1%遗传变异发生在品种内.根据标准遗传距离和Nei's遗传距离,若用本地绵羊、广灵大尾羊做母本,父本选择顺序依次为特克赛尔羊、杜泊羊、萨福克羊、道赛特羊;若用小尾寒羊做母本,父本选择顺序为特克赛尔羊、萨福克羊、杜泊羊、道赛特羊.若用乌珠穆沁羊做母本,父本选择顺序为特克赛尔羊、萨福克羊、道赛特羊、杜泊羊.进口肉用绵羊品种与地方绵羊品种最理想杂交组合为:特克赛尔羊与本地绵羊、广灵大尾羊、小尾寒羊;较差杂交组合为:道赛特羊与小尾寒羊、乌珠穆沁羊,杜泊羊与乌珠穆沁羊.     

宁夏地方绵羊品种mtDNAD-loop环序列遗传多样性与起源研究

为了分析宁夏地区主要绵羊品种的遗传多样性及系统发生关系,试验采用PCR扩增,12%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、Sanguinetti银染法显色的方法,对宁夏地区3个绵羊品种(滩羊、小尾寒羊和蒙古羊)群体遗传多样性进行检测,统计各群体的等位基因组成,利用等位基因频率计算各群体的多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离。结果表明:D-loop环在3个绵羊群体中的PIC达到中度多态,可以作为有效的遗传标记用于各绵羊品种的遗传多样性及系统发生关系的分析。运用遗传距离(D A)将绵羊品种进行分类,滩羊与蒙古羊遗传距离最近,滩羊与小尾寒羊的遗传距离最远,聚为两类。各绵羊品种的分子系统发生关系与其来源、育成史、分化及地理分布基本一致。     

八个绵羊品种遗传多样性分析及引进肉用品种与地方品种杂种优势预测

利用5个微卫星标记在山西省主要8个绵羊品种中的多态性研究,预测进口肉用绵羊品种与地方绵羊品种的杂种优势,为山西省肉用绵羊生产提供理论依据。结果表明,8个绵羊品种在5个微卫星位点上平均等位基因数在6.0-8.6个之间,平均有效等位基因在3.81-5.68个之间,平均基因杂合度在0.6711-0.7896之间,平均多态信息含量在0.6152-0.7462之间,品种间遗传分化系数为0.1390。说明选择5个微卫星座位均为高度多态位点,可用于8个绵羊品种遗传多样性评估;8个绵羊品种在5个微卫星座位上都存在较大的遗传变异,且总群体86.1%遗传变异发生在品种内。根据标准遗传距离和Nei＇s遗传距离,若用本地绵羊、广灵大尾羊做母本,父本选择顺序依次为特克赛尔羊、杜泊羊、萨福克羊、道赛特羊;若用小尾寒羊做母本,父本选择顺序为特克赛尔羊、萨福克羊、杜泊羊、道赛特羊。若用乌珠穆沁羊做母本,父本选择顺序为特克赛尔羊、萨福克羊、道赛特羊、杜泊羊。进口肉用绵羊品种与地方绵羊品种最理想杂交组合为：特克赛尔羊与本地绵羊、广灵大尾羊、小尾寒羊;较差杂交组合为：道赛特羊与小尾寒羊、乌珠穆沁羊,杜泊羊与乌珠穆沁羊。     

我国农区及农牧交错区绵羊与蒙古羊遗传分化研究

采用中心产区典型群随机抽样方法和多种电泳技术检测小尾寒羊、滩羊编码血液蛋白16个结构基因座上的变异，与蒙古国蒙古羊、我国湖羊和同羊的相同资料进行比较分析，探讨其遗传分化关系。除Alp和X-p，结构基因座的基因遗传分化程度均低于7．3417％，群体间遗传差异占5．3705％。标准遗传距离、模糊聚类分析表明，湖羊、同羊、小尾寒羊和滩羊与蒙古羊亲缘关系逐渐疏远。遗传贴近度是否适合用于受研究群体和已知其始祖的现代群体之间的比较有待进一步验证。从结构基因座方面进一步证实小尾寒羊、滩羊的蒙古羊属性，揭示了5个绵羊群体之间的部分遗传差异。     

6个绵羊品种微卫星多样性分析

为检测兰坪乌骨绵羊的遗传多样性及其与其他5个绵羊品种（湖羊、小尾寒羊、杜泊羊、特克塞尔羊和无角陶赛特羊）的亲缘关系,试验选择9个微卫星位点对共计117个体进行了检测,将各微卫星位点的PCR扩增产物进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,POPGEN32软件计算遗传参数。结果表明,9个微卫星位点均表现为高度多态,各绵羊群体内的PIC平均值为湖羊（0.7211）>陶赛特羊（0.6780）>小尾寒羊（0.6492）>乌骨绵羊（0.6479）>特克塞尔羊（0.5930）>杜泊羊（0.5728）。6个品种中乌骨绵羊的平均杂合度最大（0.9543）,而杜泊羊最小（0.2556）。UPGMA聚类分析表明,湖羊与小尾寒羊首先聚为一类,乌骨绵羊与湖羊、小尾寒羊遗传距离较近,而与3个引进品种的遗传距离较远。这些结果提示乌骨绵羊可与湖羊或小尾寒羊杂交提高繁殖力,与引进品种杂交提高肉用性能。     

中国6个地方绵羊品种的微卫星分析

为研究中国地方绵羊品种之间的遗传多样性,利用6个微卫星位点,对中国6个绵羊品种群体进行遗传检测,计算了各品种群体的平均杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC),同时分析了各品种群体内的遗传变异,进行了UPGMA聚类。结果表明,6个绵羊品种Ho为0.5446~0.7140,PIC为0.5211~0.7732;6个绵羊品种都具有较丰富的遗传多样性,其中岷县黑裘皮羊的遗传变异最高,小尾寒羊的遗传变异最低;小尾寒羊的近交系数最高,揭示该群体内近交程度可能较高。利用UPGMA方法构建了系统发生树,兰州大尾寒羊与岷县黑裘皮羊为一类,哈萨克羊与贵德黑裘皮羊为一类,泗水绵羊与小尾寒羊为一类,表明群体遗传结构与地理分布及其驯化历史相关。     

五个绵羊品种的微卫星位点多样性分析

利用微卫星标记技术分析了湖羊、小尾寒羊、杜泊羊、特克塞尔羊和无角陶塞特羊5个品种的遗传多样性及其亲缘关系。结果表明：16个微卫星位点为高度或中度多态位点,各绵羊品种内的多态信息含量平均值为0.4569-0.7477;5个品种的平均杂合度在0.3500-0.4313之间。UPGMA聚类结果表明2个地方品种和3个引进品种的遗传距离较远,特别是与杜泊羊的遗传距离较远,提示湖羊和杜泊羊、小尾寒羊和杜泊羊的杂交组合更具优势。     

西北肉用绵羊新品群陶滩寒组合的微卫星标记研究

利用微卫星标记技术,分析了无角陶赛特羊、滩羊、小尾寒羊及其杂交后代滩寒F1、陶滩寒F1 5个绵羊群体的遗传多样性,结果表明,7个微卫星位点均为高度多态位点,平均多态信息含量（PIC）达0.7077～0.8395;5个群体平均位点杂合度达0.7454～0.8665。以Nei氏遗传距离的UPGMA和NJ聚类结果表明,滩羊与滩寒F1具有较近的亲缘关系,小尾寒羊与陶滩寒F1具有较近的亲缘关系,可聚为一类;滩羊、小尾寒羊与陶赛特羊具有较远的亲缘关系。     

6个中国固有绵羊品种的群体遗传学分析

从 3 0个随机引物中筛选出 5条 ,对哈萨克羊、蒙古羊、兰州大尾羊、同羊、大尾寒羊、小尾寒羊共 6个绵羊品种的基因组进行扩增分析 ,然后用 6种聚类方法 (欧氏距离、夹角余弦、皮尔逊相关、车贝雪夫距离、街区距离、明考夫斯基 )进行聚类。结果表明 ,分布在我国西北部的绵羊品种以及大尾寒羊在大多数情况下总是先聚在一起 ,相对分布于中原地带的同羊、小尾寒羊总是和西北部的品种间距离较远。同羊和小尾寒羊之间距离也很远 ,较接近品种志中的记载。6种聚类方法均可     

利用微卫星标记分析三个绵羊品种及杂交后代遗传多样性

利用微卫星标记技术,分析了无角陶赛特羊、滩羊、小尾寒羊及其杂交后代滩寒F1、陶滩寒F15个绵羊群体的遗传多样性,结果表明:7个微卫星位点均为高度多态位点,平均多态信息含量(PIC)达0.7077~0.8396;5个群体平均位点杂合度达0.7454~0.8665。以Nei氏遗传距离的UPGMA和NJ聚类结果表明,滩羊与滩寒F1具有较近的亲缘关系,小尾寒羊与陶滩寒F1具有较近的亲缘关系,可聚为一类;滩羊、小尾寒羊与陶赛特羊具有较远的亲缘关系。     

4个绵羊品种随机扩增多态DNA分析

本研究利用RAPD技术研究了小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊、滩羊 4个绵羊品种的亲缘关系。从 10 0条引物中筛选出的 16条引物 ,共扩增出 14 6条带 ,其中 94条表现出多态性 ,占 6 4 .4 %。它们间遗传距离较小 ,小尾寒羊与大尾寒羊、洼地绵羊、滩羊的遗传距离分别为 0 .0 6 4 9、0 .0 6 73和 0 .10 2 8,用UPGMA法构建了树状聚类图。结果显示 ,小尾寒羊、大尾寒羊和洼地绵羊首先聚一起 ,说明它们亲缘关系较近 ,起源于共同的原始祖先。据推测滩羊也起源于蒙古羊 ,但它生活在陕西、宁夏等省 ,与山东环境条件差别较大 ,在自然选择的作用下发生了变异 ,这可能是滩羊与其它绵羊间遗传距离大的主要原因。在本研究过程中还发现了各品种的分子标记     

几个地方绵羊品种线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b基因多态性研究

用12种限制性内切酶分析了6个地方绵羊品种线粒体DNA（mtDNA）细胞色素b（cytb）基因的RFLP。结果表明，在71只绵羊个体中，检出的14种限制性态型可归结成4种单倍型，其间的差异主要来源于几个限制性位点的点突变；4种单倍型间和6个绵羊群体间的平均遗传距离（D）分别为0．412％和0．041％，遗传多态程度（π）为0．028％，说明遗传多样性较为贫乏；单倍型聚类结果和群体聚类结果提示，我国地方绵羊品种的起源可能是单一的。     

中国地方绵羊群体TYRP1基因遗传变异研究

本研究旨在了解酪氨酸酶相关蛋白1（tyrosinase related protein 1，TYRP1）基因在中国地方绵羊群体内的遗传变异，以及TYRP1基因突变与不同毛色表型绵羊群体的相关性。通过直接测序法和PCR-RFLP技术对10个中国地方绵羊群体进行单核苷酸多态性（SNP）检测，利用Beagle、PLINK和POPGENE等软件对突变位点数据进行单倍型构建、连锁不平衡分析和遗传变异研究。突变位点检测结果表明，在绵羊TYRP1基因内识别了13个SNPs，其中位于TYRP1基因外显子上的10个SNPs位点，除个别位点在大尾寒羊、中国美利奴羊和岷县黑裘皮羊中没有发生突变外，其他突变位点在所有绵羊品种中均出现不同程度变异，说明中国地方绵羊群体具有较高的遗传多样性。单倍型分析结果表明，所有样本中共有42个单倍型，优势单倍型0000000000（245/918）、0100000001（91/918）在所有绵羊群体中均存在，除单倍型0101100000（93/918）在中国美利奴羊中没有出现，单倍型0001000001（69/918）在岷县黑裘皮羊、哈萨克羊群体中没有出现外，在其他群体中均存在。连锁分析结果表明，10个SNPs在所有样本中均存在2个连锁模块。群体遗传变异分析表明，中国地方绵羊群体具有较高水平的群体内遗传变异，各绵羊品种间存在明显的遗传分化模式，且各品种遗传关系与其品种传统分类结果基本一致。本研究为进一步研究TYRP1基因对绵羊毛色遗传性状的影响提供了参考依据。     

绵羊TSHR基因多态性及其与繁殖性状关联分析

为探讨TSHR基因多态性与绵羊季节性繁殖和产羔数的关系,本实验采用Sequenom Mass-ARRAY?SNP分型技术检测常年发情的小尾寒羊(407只)、湖羊(101只)、策勒黑羊(48只)和季节性发情的苏尼特羊(21只)、滩羊(22只)、草原型藏羊(161只)TSHR基因的单核苷酸多态性(SNP)位点,并进行群体遗传学分析及其与小尾寒羊产羔数的关联分析。结果表明:TSHR基因g.89430525G>A、g.89363881T>C和g.89431097C>G的基因型频率和等位基因频率在常年发情绵羊品种和季节性发情绵羊品种间差异极显著(P<0.01);这3个SNP位点在大多数绵羊品种中表现为中度多态,且在各个绵羊品种中处于哈代温伯格平衡状态(P>0.05);TSHR基因g.89431097C>G位点的多态性与小尾寒羊第1～3胎的产羔数显著相关(P<0.05),其中CC型母羊的产羔数显著低于CG和GG型母羊(P<0.05)。本研究表明,TSHR基因与绵羊季节性繁殖性状具有较强的相关性,同时参与绵羊季节性繁殖和多羔性状的调控。     

绵羊KISS1基因组织表达及其多态性与产羔数关联分析

为研究KISS1基因在常年发情的小尾寒羊和季节性发情的草地型藏羊中的表达模式,以及KISS1基因多态性与绵羊繁殖之间的关系,实验采用qPCR技术对比分析KISS1基因在2个品种绵羊的10种繁殖相关组织中的表达差异,同时利用Sequenom MassARRAY~?SNP技术对常年发情绵羊(小尾寒羊、策勒黑羊和湖羊)和季节性发情绵羊(滩羊、苏尼特羊和草地型藏羊)KISS1基因2个SNPs位点多态性进行检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。qPCR结果显示:KISS1基因在小尾寒羊下丘脑、大脑、垂体和甲状腺中的表达量高于草原型藏羊(P<0.05);分型结果表明,g.1317523C>T位点基因型频率和等位基因频率在常年发情和季节性发情绵羊品种间差异均达到极显著水平(P<0.01);群体遗传学分析表明,g.1317523C>T位点在6个绵羊群体中均表现为中度多态(0.25T位点在小尾寒羊、滩羊、苏尼特羊和湖羊中均处于哈代温伯格平衡状态(P>0.05),g.1311578G>T位点在苏尼特羊和湖羊中处于哈代温伯格平衡状态(P>0.05);关联分析表明,这2个SNPs位点与小尾寒羊前3胎产羔数均无显著关联(P>0.05),但g.1311578G>T位点TT型各胎产羔数均大于GT和GG型。综上,KISS1基因与绵羊的季节性繁殖密切相关,并且g.1311578G>T位点对绵羊产羔性状有潜在调控作用。     

绵羊MKRN3基因多态性与产羔数的关联分析

本实验旨在探究绵羊MKRN3基因g.275981C>T与g.276999C>T位点多态性与绵羊产羔数之间的关系,以期为绵羊高繁殖力分子育种提供新的遗传标记。利用全基因组重测序结合Sequenom MassARRAY~?SNP技术对常年发情绵羊品种(小尾寒羊、策勒黑羊和湖羊)和季节性发情绵羊品种(滩羊、苏尼特羊和草原型藏羊)MKRN3基因2个多态位点多态性进行检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。结果表明:MKRN3基因g.275981C>T位点与g.276999C>T位点均存在3种基因型;g.276999C>T位点基因型频率和等位基因频率在2种发情模式绵羊品种间差异均达到极显著水平(P<0.01);g.275981C>T位点在6个绵羊品种中均表现为低度多态(PIC<0.25),g.276999C>T位点在6个绵羊品种中均表现为中度多态(0.25T位点在苏尼特羊和策勒黑羊中均处于哈代温伯格平衡状态(P>0.05),g.276999C>T位点在6个绵羊品种中均处于哈代温伯格平衡状态;关联分析表明,g.275981C>T和g.276999C>T位点不同基因型与小尾寒羊第1、2、3胎产羔数均无显著关联。可见,MKRN3基因2个多态位点均不适合用于小尾寒羊产羔数选育。     

绵羊EYA3基因表达及其多态性与季节性发情之间的关系

为探究绵羊EYA3基因表达及其多态性与季节性发情之间的关系,本实验通过采用实时荧光定量PCR(qPCR)检测EYA3基因在常年发情绵羊(小尾寒羊)和季节性发情绵羊(苏尼特羊)的大脑、下丘脑和垂体组织中的表达情况,同时利用Sequenom MassARRAY~?SNP技术检测2组绵羊(常年发情组:小尾寒羊、策勒黑羊和湖羊;季节性发情组:滩羊、苏尼特羊和草原型藏羊)EYA3基因SNP位点(g.238191128G>C)的多态性,并与绵羊季节性发情性状进行关联分析。结果表明:无论在小尾寒羊还是苏尼特羊,EYA3基因在各组织中均广泛表达,在苏尼特羊垂体中表达较高(P<0.01);且长光照条件下季节性发情的苏尼特羊垂体中EYA3基因表达量显著高于小尾寒羊(P<0.01)。绵羊EYA3基因g.238191128G>C位点均存在GG、GC和CC3种基因型。g.238191128G>C位点在小尾寒羊、湖羊、策勒黑羊、滩羊、苏尼特羊和草原型藏羊中表现为低度多态(PIC<0.25);在小尾寒羊、策勒黑羊、滩羊、苏尼特羊和草原型藏羊5个群体中均处于哈代温伯格平衡状态(P>0.05);并且该位点基因型频率和等位基因频率在常年发情和季节性发情绵羊组间差异均达到极显著水平(P<0.01)。综上,EYA3基因表达与g.238191128G>C位点与绵羊季节性发情性状存在一定关联。