患子宫内膜炎母猪阴道菌群变化与发病关系研究

探究患子宫内膜炎母猪阴道病原,采用16SrRNA测序技术对健康和患子宫内膜炎母猪阴道菌群进行比较研究。结果表明,患子宫内膜炎母猪阴道菌群的多样性和丰富度均高于健康母猪。与健康母猪阴道菌群组成相比,患子宫内膜炎母猪阴道变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度显著增加,而厚壁菌门(Firmicutes)和梭杆菌门(Fusobacteria)显著降低(P<0.05)。在属的分类水平上,健康母猪阴道的主要优势菌属有链球菌属、梭菌属、拟杆菌属、放线杆菌等。母猪患子宫内膜炎后,大多数健康组的优势菌属丰度显著降低。特别是子宫内膜炎组中相对丰度最高的菌属Burkholderia-Paraburkholderia在健康组中未检出。试验首次发现,患子宫内膜炎母猪的阴道菌群失衡,其发病可能与Burkholderia-Paraburkholderia数量的增加有关。本研究为研究子宫内膜炎的病因及发病机制奠定基础,并为其治疗提供依据。     

健康与子宫内膜炎奶牛阴道菌群结构的比较研究

利用16SrDNA结合PCR-DGGE技术分析比较了产后45d健康奶牛和患子宫内膜炎奶牛阴道内细菌群落多样性及其差异,并通过切胶、克隆测序等步骤分析了奶牛阴道细菌种类。研究结果表明,患病奶牛DGGE图谱的条带数量、多样性指数均显著高于健康奶牛;健康奶牛阴道优势菌主要有清酒乳杆菌(Lactobacillus sakei subsp.)、魏斯杆菌(Weissella koreensis sp.)和地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis),而患病组奶牛阴道内此3种优势菌含量显著降低或缺失,且也无其他明显优势菌存在;从健康和患病奶牛阴道内均分离出脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)、溃疡拟杆菌(Bacteroides helcogenes)、无乳支原体(Mycoplasma agalactiae)、普氏菌(Prevotella dentalis)、产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens str.)和肠球菌(Enterococcus hirae)等常见病原微生物,在患病奶牛阴道内分离出大肠杆菌(Escherichia coli str.K-12 substr.)、梭杆菌(Fusobacterium nucleatum subsp.)等特定致病菌。研究结果提示,子宫内膜炎奶牛阴道内菌群结构比健康奶牛更为复杂,且无优势菌,阴道菌群结构失衡可能是奶牛发生子宫内膜炎的原因。     

荧光定量PCR法比较研究健康和子宫内膜炎奶牛阴道菌群结构

为揭示奶牛阴道菌群结构与子宫内膜炎发生关系,本实验选择健康奶牛和患有子宫内膜炎奶牛各5头,采集其阴道粘液样品,提取样品总DNA,利用SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR方法对这两类奶牛阴道菌群结构的差异进行了检测.检测结果显示,健康奶牛阴道内乳杆菌属(p＜0.05)、芽孢杆菌属(p＜0.05)和魏斯氏菌属(p＜0.01)的细菌数量显著或极显著高于子宫内膜炎奶牛,而子宫内膜炎奶牛阴道内大肠杆菌数量显著高于健康奶牛(p＜0.05).研究结果表明,阴道菌群结构失衡可能是奶牛子宫内膜炎发生的原因.     

应用Illumina NovaSeq测序技术对骨癌患犬肠道菌群的分析

通过分析骨癌患犬与健康犬肠道菌群组成与基因功能预测，筛选出作为犬骨癌评价依据的细菌，为下一步犬益生菌制剂的开发提供理论依据。本研究采集骨癌患犬与健康犬的新鲜粪便并提取其DNA进行Illumina NovaSeq高通量测序。结果显示：2组犬肠道菌群的Shannon、Simpson、Chao1指数无显著差异(P>0.05),骨癌组犬的ACE和Observed＿species指数显著低于健康组(P<0.05)。在门水平上，犬骨癌组肠道中梭杆菌门(Fusobacteriota)和拟杆菌门(Bateroidota)的平均相对丰度显著高于健康组(P<0.05),而变形菌门(Proteobacteria)显著低于健康组(P<0.05);在属水平上，犬骨癌组肠道中梭杆菌属(Fusobacterium)和拟杆菌属(Bacteroides)的平均相对丰度显著高于健康组(P<0.05),而布劳特氏菌属(Blautia)、乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)和Turicibacter属显著低于健康组(P<0.05)。PCoA分析表明...     

腹泻驴驹与健康驴驹粪便微生物多样性比较分析

为了探究腹泻驴驹与健康驴驹粪便微生物多样性及结构组成差异，筛选出腹泻驴驹的特异性菌群，试验采集同等饲养条件下的腹泻驴驹和健康驴驹的粪便样本各5份，利用16S rRNA高通量测序技术，对腹泻驴驹和健康驴驹粪便在微生物多样性方面(结构和组成)存在的差异进行比较。结果表明：腹泻驴驹粪便微生物的多样性小于健康驴驹(P>0.05)。与健康驴驹相比，在门水平上，厚壁菌门相对丰度显著减少(P<0.05),且梭杆菌门仅出现在腹泻驴驹粪便中；在属水平上，腹泻驴驹粪便微生物中拟杆菌属相对丰度明显升高。说明腹泻驴驹与健康驴驹在粪便微生物多样性方面存在显著差异，厚壁菌门相对丰度减少及拟杆菌属相对丰度增加可能是驴驹腹泻的重要原因。     

基于内转录间隔区测序分析不同饲养方式对滩羊羔羊瘤胃真菌组成及多样性的影响

为了研究放牧和舍饲2种不同的饲养方式对滩羊羔羊瘤胃真菌菌群的影响,本试验采用随机区组设计,选择体重接近、健康的刚出生放牧滩羊与舍饲滩羊羔羊各12只,放牧组羔羊随放牧哺乳母羊饲养,舍饲组随舍饲哺乳母羊饲养,2月龄时屠宰取瘤胃液,通过内转录间隔区(ITS)rDNA测序技术分析其真菌多样性及结构变化。结果表明:放牧组滩羊瘤胃中真菌多样性极显著高于舍饲组(P<0.01)。舍饲组与放牧组滩羊瘤胃真菌菌群共鉴定出6个门,其中舍饲组6个门,放牧组5个门。放牧组滩羊瘤胃中的新丽鞭毛菌门(Neocallimastigomycota)的相对丰度极显著高于舍饲组(P<0.01);舍饲组的子囊菌门(Ascomycota)的相对丰度极显著高于放牧组(P<0.01)。放牧组滩羊瘤胃液中优势菌门为子囊菌门和新丽鞭毛菌门,舍饲组优势菌门为子囊菌门。舍饲组与放牧组滩羊瘤胃真菌菌群共鉴定出69个属,其中放牧组55个属,舍饲组56个属。舍饲组的Kazachstania、赤霉菌属(Gibberella)、酵母属(Saccharomyces)的相对丰度均极显著高于放牧组(P<0.01),香蘑属(Lepista)的相对丰度显著高于放牧组(P<0.05)。而放牧组梨囊鞭菌属(Piromyces)、盲肠鞭菌属(Caecomyces)、新丽鞭菌属(Neocallimastix)、未分类新丽鞭菌科(Neocallimastigaceae_NA)、Chalastospora等的相对丰度均极显著高于舍饲组(P<0.01);放牧组未分类毕赤酵母科(Pichiaceae_NA)的相对丰度显著高于舍饲组(P<0.05)。放牧组优势菌属为Kazachstania和梨囊鞭菌属,舍饲组优势菌属为Kazachstania。综上所述,饲养方式对2月龄滩羊瘤胃真菌菌群结构的构建有显著影响。     

16S rRNA测序揭示猪日增重与肠道微生物的关系

为了探讨杜洛克公猪肠道微生物菌群与日增重的关系,根据91头杜洛克公猪平均日增重的高低,选择极端高低组各10头分为低组(LADG)和高组(HADG),收集粪便,利用16S rRNA测序分析LADG和HADG 2组猪的粪便微生物多样性和组成,并对其功能进行预测。结果:2组的alpha多样性差异不显著(P0.05);杜洛克猪的2个优势菌门是厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),优势菌属是普氏菌属(Prevotella)和乳酸菌属(Lactobacillus);LADG组中螺旋体门(Spirochaetes)、软壁菌门(Tenericutes)、WPS-2和疣微菌门(Verrucomicrobi)4个菌群的丰度要显著高于HADG组(P0.05),HADG组中的巨球型菌(Megasphaere)、粪杆菌属(Faecalibacterium)和韦荣氏菌(unclassified_f_Veilionellacece)3个菌群的丰度显著高于LADG组;HADG组中的微生物在疾病代谢通路,如嘌呤代谢和核黄素代谢高度富集,LADG组微生物在分泌系统等通路高度富集。试验结果提示:HADG组可能有较高的代谢水平,LADG组的分泌系统可能更发达。本研究丰富了杜洛克猪的早期选种的理论依据,并为理解早期宿主与微生物的相互作用提供了帮助。     

16S rRNA测序分析枯草芽胞杆菌喷鼻对猪鼻腔菌群影响的研究

为了探究枯草芽胞杆菌对哺乳仔猪鼻腔中微生物多样性及其功能的影响，选用1株来源于猪鼻腔的枯草芽胞杆菌NS15对哺乳期仔猪进行喷鼻试验，于喷鼻后第7天采集鼻腔拭子，随后利用16S rRNA基因高通量测序技术检测分析鼻腔拭子样本菌群结构并进行功能预测。结果显示：猪鼻腔的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。喷鼻后不影响优势菌门的组成，但是各菌门的丰度发生变化，如厚壁菌门和放线菌门的丰度增加，其中厚壁菌门中的乳杆菌属(Lactobacillus)和放线菌门中的罗氏菌属(Rothia)等有益菌属丰度增加；而变形菌门和拟杆菌门等有害菌门的丰度下降，包括变形菌门中的不动杆菌属(Acinetobacter)、嗜麦芽窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)和鲍特菌属(Bordetella)以及拟杆菌门中的黄杆菌属(Flavobacterium)等有害菌属丰度下降。进一步Tax4Fun功能预测结果显示，喷鼻枯草芽胞杆菌NS15后，猪鼻腔中能量、氨基酸和脂类等代谢通路显著...     

基于16S rDNA测序分析柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响

为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上,感染前,两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌;感染后厚壁菌门丰度下降,变形菌门、放线菌门的丰度上升,差异显著(P<0.05),感染组出现了拟杆菌门。在属水平上,与对照组相比,感染组鸡盲肠微生物菌群中乳杆菌属、埃希菌-志贺菌属、拟杆菌属、罗姆布茨菌属、棒状杆菌属、肠球菌属、变形杆菌属丰度增加但差异不显著(P>0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P<0.05),GCA-900066575丰度降低但差异不显著(P>0.05)。粪菌移植结果显示,与生理盐水移植组相比,盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响,减轻盲肠损伤,卵囊产量显著下降(P<0.05)。盲肠内容物...     

育肥猪粪便菌群结构及其与生长速度的相关性分析

【目的】 研究育肥猪的生长速度与粪便微生物之间的作用关系，寻找与猪生长速度相关的微生物菌群。【方法】 选取50头出生重相近的仔猪，在相同饲养环境中进行饲养管理，生病猪及时转出试验组，125日龄时按体重由高到低排序，把体重最高和最低的4头猪分别分为体重高（51.30 kg±2.57 kg，HW）、低（36.90 kg±2.50 kg，LW）组，通过16S rRNA测序，对125日龄生长育肥猪的粪便微生物区系多样性、群落组成及与生长速度的关联性进行分析。【结果】 Alpha多样性分析显示，两组间均无显著差异（P>0.05）。主成分分析结果显示，HW和LW组中能够明显区分菌群结构。粪便微生物结构组成分析表明，HW和LW组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门和螺旋体门，优势菌属为密螺旋体属、乳杆菌属、链球菌属和未被培养菌属Muribaculaceae菌。LW组中拟杆菌门丰度极显著高于HW组（P<0.01），纤维杆菌门丰度显著高于HW组（P<0.05），而髌骨细菌门丰度显著低于HW组（P<0.05）。对粪便微生物结构组成进行差异分析发现，HW组检测到16个特有菌门，LW组检测到1个特有菌门和24个特有菌属。将肠道菌群与生长速度进行相关性分析，共发现10个菌门，18个属与体重（BW）和平均日增重（ADG）呈正相关，7个菌门和12个属与BW和ADG呈负相关。【结论】 相同日龄不同生长速度的猪粪便微生物的区系结构存在显著差异，差异菌群可能对猪的生长速度起到了一定的调控作用，本研究结果为研发益生菌和提高猪生长速度提供了参考依据。     

虎纹蛙肠道微生物结构与功能分析

利用高通量测序方法对虎纹蛙前肠、中肠和后肠微生物结构和功能进行分析。结果表明,虎纹蛙(Rana rugulosa)肠道核心菌群是厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)。Romboutsia属、鲸杆菌属(Cetobacterium)、叶杆菌属(Phyllobacterium)是绝对优势菌属。肠道中存在弧菌(Vibro)、邻单胞菌(Plesiomonas)、气单胞菌(Aeromonas)、爱德华氏菌(Edwardsiella)不动杆菌属(Acinetobacter)、黄杆菌属(Flavobacterium)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、伊丽莎白菌(Elizabethkingia)等常见的条件致病菌和芽孢杆菌(Bacillus)、乳酸杆菌(Lactobacillus)和双歧杆菌(Bifidobacterium)等潜在益生菌。比较发现,前肠和中肠微生物丰度和多样性显著高于后肠,且在门和属水平菌群结构差异明显;前肠和中肠微生物功能相似,与能量代谢、维生素代谢、氨基酸代谢、脂代谢、外源物质降解和代谢关联微生物丰度较高,而后肠中与核酸代谢、碳水化合物代谢关联微生物丰度较高。前肠和中肠中与信号转导、神经系统、内分泌系统、转运和分解等关联微生物丰度较高,后肠中与信号分子互作、细胞过程与信号、增殖与修复、免疫系统、翻译、转录、酶家族、环境适应、膜转运等关联微生物丰度较高。本研究解析了虎纹蛙肠道菌群结构和功能,为虎纹蛙健康养殖提供理论基础。     

圈养老年大熊猫肠道内菌群结构研究

为了研究圈养大熊猫肠道内菌群结构,试验采用高通量测序技术分析4只圈养老年大熊猫新鲜粪便中细菌和真菌组成,并对比分析不同年龄大熊猫肠道内的菌群结构。结果表明:在门水平上,圈养老年大熊猫粪便细菌主要由变形菌门(63.98%)、厚壁菌门(35.29%)组成,真菌主要由子囊菌门(46.82%)、担子菌门(2.18%)组成;在属水平上,细菌主要由大肠杆菌属(45.26%)、链球菌属(15.80%)、不动菌属(15.34%)、梭菌属(9.79%)和串珠菌属(5.93%)组成,真菌主要由腐质霉属(19.35%)、德巴利酵母属(15.82%)、镰刀菌属(2.91%)、曲霉菌属(1.51%)组成。不同年龄的大熊猫肠道内菌群组成存在差异,与亚成年、成年大熊猫相比,老年大熊猫肠道内细菌和真菌在门、属水平上组成相似,但细菌变形菌门丰度提高、厚壁菌门丰度降低,不动菌属丰度增加;真菌子囊菌门丰度提高、担子菌门丰度下降,德巴利酵母属丰度增加。     

参金止痢口服液对腹泻哺乳仔猪肠道微生物菌群影响的差异性分析

研究参金止痢口服液对腹泻哺乳仔猪肠道微生物菌群的影响。选取同等饲养条件下7~15日龄体重相近的“杜×长×大”三元杂交仔猪共计9头,其中有腹泻症状的6头将其随机平均分为腹泻空白组(FXK)和腹泻中药组(FZ),正常的3头为健康空白组(JK),中药组灌服参金止痢口服液,空白组灌服同等体积生理盐水,连续灌胃5d,在给药后的第8天对仔猪采血进行抗体及细胞因子水平测定,并采集结肠内容物提取样本中菌群总DNA进行16S rRNA高通量测序。结果显示：与FXK组相比,FZ组血清中IgG含量显著升高(P＜0.05),IgM含量显著降低(P＜0.05),炎性因子IL-1β、IL-6、TNF-α含量显著下调(P＜0.01)。α、β多样性分析结果表明,三个组结肠肠道菌群结构差异显著。在门分类水平上,FZ组仔猪肠道拟杆菌门相对丰度显著高于FXK组(P＜0.05),变形菌门相对丰度显著低于FXK组(P＜0.05),而FZ与JK组之间两个菌门差异不显著。属水平上,FZ组韦荣球菌属和乳杆菌属相对丰度显著低于FXK组(P＜0.05),普雷沃氏菌属相对丰度显著高于FXK组(P＜0.05),FZ组与JK组之间这三个菌属差异不显著。综上结果表明,参金止痢口服液可能通过调节免疫及炎性相关因子水平和调节肠道菌群结构从而发挥治疗哺乳仔猪腹泻的作用。     

核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响

试验旨在研究核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群丰度和多样性的影响,初步揭示核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响。选取240只1日龄本地土杂鸡,随机分为2组,1个对照组和1个试验组,每个组设4个重复,每个重复30只。试验组于28日龄开始在饮水中添加核桃青皮水提物,6周后,每个重复采集10份肉鸡肛门棉拭子,利用Illumina Miseq测序平台对微生物16S rDNA V3-V4区扩增产物进行双端测序,分析微生物群落结构多样性。高通量测序结果显示,所有样本共含有个17菌门和48个菌属;多样性指数分析结果表明,饲喂核桃青皮水提物的肉鸡肠道菌群丰富度增加。从门水平分析,厚壁菌门(Firmicutes)丰度升高了2.21%(P0.05),变形杆菌门(Proteobacteria)丰度降低了2.22%(P0.05);从属水平上分析,大肠杆菌属(Escherichia)丰度降低了5.35%(P0.05),肠球菌属(Enterococcus)丰度升高了9.63%(P0.05)。本研究结果表明,饲喂核桃青皮水提物后肉鸡肠道菌群多样性显著增加(P0.05),据此推测,核桃青皮水提物能有效调节肉鸡肠道菌群并有益于肠道健康。     

四川白鹅不同肠段菌群多样性比较研究

试验利用Illimina MiSeq高通量测序对70日龄四川白鹅十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物进行微生物多样性分析。结果显示:①4个肠段微生物群落的α多样性(菌群丰度上)存在显著差异(P0.05);②4个肠段的菌群结构在6个菌门和13个菌属的相对丰度存在显著差异(P0.05);③盲肠微生物在7个菌属(脱硫弧菌属、拟杆菌属、拟杆菌属、相炭疽杆菌属、瘤胃球菌属、韦荣球菌属和Butycricimonas菌属)的相对丰度都显著高于其他3个肠段(P0.05),但是空肠的链球菌属和回肠的SMB53菌属的相对丰度均显著高于其他3个肠段(P0.05)。结果提示:鹅不同肠段的菌群组成存在显著差异,回肠和空肠微生物都参与粗纤维的消化,盲肠消化粗纤维的能力要强于其他3个肠段。     

保育猪舍空气、粪便、鼻腔黏液及猪组织器官的微生物群落多样性分析

为了探寻规模化猪场封闭舍内空气微生物和猪体微生物菌群结构、丰度之间的相关性,建立完善的消毒防疫机制,在山西省介休市某规模化猪场选取单栋饲养量为500头的半封闭保育猪舍1栋,分别采集舍内空气(n=9)、鼻腔黏液(n=7)、粪便(n=7)、猪组织器官(n=4)(喉头、气管、淋巴、肺部)共27个样本,对样本中的细菌进行16S r DNA(V3+V4区)高通量测序,分析微生物群落种类及丰度。结果显示:猪舍空气样本中的微生物群落种类和丰度最高,空气样本和猪鼻腔黏液、粪便、猪组织器官样本的微生物组成和相对丰度基本一致,所占比例最高的为厚壁菌门,其次为拟杆菌门,丰度较高的菌种为梭菌、链球菌、普雷沃氏菌、乳酸菌等;猪舍空气样本菌群中丰度较高的病原菌属为梭菌属和链球菌属。结果表明:保育猪舍空气、鼻腔黏液、粪便、猪组织器官中的微生物群落结构及其丰度具有较高的相关性,对猪场疾病防控有一定指导意义。     

饲粮不同氮硫比对藏羔羊空肠组织形态和空肠微生物区系的影响

肠道是动物重要的消化和吸收的器官。为探究饲粮中不同氮硫比对藏羔羊空肠组织形态和空肠微生物区系的影响,试验选择初始条件相似的60日龄藏羔羊150只,随机分为5组,分别用氮硫质量比为10.5:1 (A)、9:1 (B)、7.5:1 (C)、6:1 (D)、4.5:1 (E)的饲粮饲养至180日龄,试验期结束每组随机屠宰6只,采集空肠组织和内容物分析饲粮氮硫比对空肠组织形态和空肠微生物菌群结构及功能的影响。结果显示:1) B组和E组的空肠绒毛长度和绒毛宽度显著高于其余3组(P 0.05),并且A、D组的绒毛长度显著高于C组(P 0.05);D组的隐窝深度显著高于其他4组(P 0.05);B、E组的绒毛长度/隐窝深度显著高于A、C、D组(P 0.05);B组和E组的黏膜层厚度显著高于C、D组(P 0.05);B组的肌肉层厚度均显著高于其他组(P 0.05)。2) B、E两组的操作分类单元数(operational taxonomic units, OTU)、Chao1指数显著高于A、C组(P 0.05);B、E组的Shannon指数显著高于其他组(P 0.05);C、D两组的Simpson指数显著高于B、E组(P 0.05);B、D、E组的Ace指数显著高于A、C组(P 0.05)。3)从门和属水平上分析空肠微生物菌群结构:在门水平下5组的优势菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria)。其中B组厚壁菌门的丰度显著高于C组(P 0.05);A、C组的放线菌门丰度显著高于B、E组(P 0.05);B组和E组拟杆菌门的丰度显著高于A、C两组(P 0.05);E组的变形菌门丰度显著高于B组和D组(P 0.05)。在属水平下:5组的优势菌属均为红球菌属(Rhodococcus)、短杆菌属(Brevibacterium)、克里斯滕森氏菌R7菌群(Christensenellaceae-R-7-group)、Quinella属和理研菌科RC9肠道菌群(Rikenellaceae-RC9-gutgroup)。A、C、D组红球菌属的丰度显著高于B、E组(P 0.05),B组的克里斯滕森氏菌R7菌群丰度显著高于其他组(P 0.05),A、B组的Quinella丰度显著高于D、E组(P 0.05)。4) 16S rRNA基因组的PICRUSt功能预测结果显示,空肠微生物菌群功能主要集中在转录、碳水化合物运输与代谢、氨基酸的运输与代谢等方面,表明藏羔羊空肠细菌在提高宿主碳水化合物和蛋白质的代谢与吸收方面至关重要。综上,氮硫比在B和D水平下均有利于藏羔羊空肠组织形态的发育,并且可提高空肠微生物菌群多样性和丰富度,从经济效益上考虑,氮硫质量比为9:1时更符合藏羔羊的高效养殖。     

小尾寒羊母羊不同繁殖阶段瘤胃发酵及微生物菌群特征分析

为探究小尾寒羊母羊不同繁殖阶段瘤胃发酵功能及微生物菌群变化特征对其繁殖性能的影响，本研究对8只3岁小尾寒羊母羊在空怀期(配种前11～30 d)、妊娠期(怀孕后112～148 d)和泌乳期(分娩后40～48 d)瘤胃的挥发性脂肪酸(VFAs)、氨态氮(NH3-N)含量及微生物菌群结构特征测定并进行相关性分析。结果表明：瘤胃总VFAs和乙酸浓度在泌乳期高于其他时期(P<0.05),NH3-N含量在妊娠期最高。不同繁殖阶段瘤胃菌群组成差异分析表明：在门水平，绿弯菌门和纤维杆菌门在泌乳期高于妊娠期(P<0.01)；在属水平，普氏菌属＿1的相对丰度在妊娠期高于泌乳期(P<0.01),[Eubacterium]＿ruminantium＿group、莫雷拉和纤维杆菌属的相对丰度在空怀期低于泌乳期(P<0.05)，而幽门螺杆菌和丹毒丝菌＿UCG-009在空怀期高于泌乳期(P<0.05)。相关性分析表明，瘤胃微生物菌群与VFAs、NH₃-N存在显著相关性(P<0.05)。由此可见，小尾寒羊母羊在妊娠期及泌乳期的瘤胃VFAs、NH3-N含量及纤维素...     

饲粮不同氮硫比对藏羔羊空肠组织形态和空肠微生物区系的影响

肠道是动物重要的消化和吸收的器官.为探究饲粮中不同氮硫比对藏羔羊空肠组织形态和空肠微生物区系的影响,试验选择初始条件相似的60日龄藏羔羊150只,随机分为5组,分别用氮硫质量比为10.5?1(A)、9?1(B)、7.5?1(C)、6?1(D)、4.5?1(E)的饲粮饲养至180日龄,试验期结束每组随机屠宰6只,采集空肠组织和内容物分析饲粮氮硫比对空肠组织形态和空肠微生物菌群结构及功能的影响.结果显示:1)B组和E组的空肠绒毛长度和绒毛宽度显著高于其余3组(P<0.05),并且A、D组的绒毛长度显著高于C组(P<0.05);D组的隐窝深度显著高于其他4组(P<0.05);B、E组的绒毛长度/隐窝深度显著高于A、C、D组(P<0.05);B组和E组的黏膜层厚度显著高于C、D组(P<0.05);B组的肌肉层厚度均显著高于其他组(P<0.05).2)B、E两组的操作分类单元数(operational taxonomic units,OTU)、Chao1指数显著高于A、C组(P<0.05);B、E组的Shannon指数显著高于其他组(P<0.05);C、D两组的Simpson指数显著高于B、E组(P<0.05);B、D、E组的Ace指数显著高于A、C组(P<0.05).3)从门和属水平上分析空肠微生物菌群结构:在门水平下5组的优势菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria).其中B组厚壁菌门的丰度显著高于C组(P<0.05);A、C组的放线菌门丰度显著高于B、E组(P<0.05);B组和E组拟杆菌门的丰度显著高于A、C两组(P<0.05);E组的变形菌门丰度显著高于B组和D组(P<0.05).在属水平下:5组的优势菌属均为红球菌属(Rhodococcus)、短杆菌属(Brevibacterium)、克里斯滕森氏菌R7菌群(Christensenellaceae-R-7-group)、Quinella属和理研菌科RC9肠道菌群(Rikenellaceae-RC9-gut-group).A、C、D组红球菌属的丰度显著高于B、E组(P<0.05),B组的克里斯滕森氏菌R7菌群丰度显著高于其他组(P<0.05),A、B组的Quinella丰度显著高于D、E组(P<0.05).4)16S rRNA基因组的PICRUSt功能预测结果显示,空肠微生物菌群功能主要集中在转录、碳水化合物运输与代谢、氨基酸的运输与代谢等方面,表明藏羔羊空肠细菌在提高宿主碳水化合物和蛋白质的代谢与吸收方面至关重要.综上,氮硫比在B和D水平下均有利于藏羔羊空肠组织形态的发育,并且可提高空肠微生物菌群多样性和丰富度,从经济效益上考虑,氮硫质量比为9?1时更符合藏羔羊的高效养殖.     

丁酸梭菌对肉鸡肠道短链脂肪酸含量和菌群多样性的影响

【目的】 探究丁酸梭菌在肉鸡消化道内的定植能力以及丁酸梭菌对肉鸡肠道短链脂肪酸含量和菌群多样性的影响。【方法】 选择90只健康状况良好的1日龄爱拔益加肉鸡,随机均分为空白组和丁酸梭菌组,每组3个重复,每个重复15只鸡。空白组灌喂生理盐水,丁酸梭菌组灌服荧光标记的丁酸梭菌,3 h及16日龄进行解剖并采集回肠上皮细胞观察荧光情况。随后另外选择30只健康状况良好的1日龄雏鸡,随机分为对照组和试验组,试验组1~6 d饲喂含丁酸梭菌的饲粮,之后饲喂基础饲粮,对照组全程饲喂基础饲粮,试验期21 d。在16和21日龄时,分别采集回肠和盲肠中段内容物,测定乙酸、丙酸、异丁酸、丁酸、异戊酸、戊酸、己酸和总短链脂肪酸含量,并进行微生物种类、物种丰度比例、菌属以及蛋白功能丰度等差异分析。【结果】 3 h及16日龄丁酸梭菌组回肠上皮细胞周围均呈现出荧光现象,表明丁酸梭菌能够定植于消化道上皮细胞。短链脂肪酸含量测定结果显示,与对照组相比,在肉鸡回肠内容物中,试验组16日龄乙酸、丙酸、异丁酸、异戊酸和戊酸含量均极显著增加（P<0.01）;21日龄丙酸、异戊酸和戊酸含量均极显著增加（P<0.01）,乙酸、异丁酸和总短链脂肪酸含量均显著增加（P<0.05）;在盲肠内容物中,试验组16日龄肉鸡丁酸和戊酸含量均极显著增加（P<0.01）,异戊酸和己酸含量显著增加（P<0.05）;21日龄丁酸和异戊酸均极显著增加（P<0.01）,乙酸、异丁酸、己酸和总短链脂肪酸均显著增加（P<0.05）。门水平上微生物种类分析发现,16日龄样本中厚壁菌门为优势菌群,丰度最高;21日龄样本中微生物种类增多,其中变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门为优势菌群,丰度较高,16和21日龄试验组的优势菌群均高于对照组。物种丰度比例分析结果显示,与对照组相比,16日龄试验组厌氧菌属的物种丰度比例显著增加（P<0.05）,而去氟球菌属、丛毛单胞菌属、肠杆菌属等7种菌属的物种丰度比例显著降低（P<0.05）;21日龄试验组铁杆菌属、毛球菌属等6种菌属的物种丰度比例显著增加（P<0.05）,变形菌属、浮霉菌属、装甲菌门GP5的物种丰度属显著降低（P<0.05）。菌属差异分析结果显示,16日龄试验组起重要作用的微生物是布劳特氏菌属,对照组起重要作用的微生物是梭状芽孢杆菌属和未分类毛螺旋菌属;21日龄试验组起重要作用的微生物是未分类拟杆菌、毛球菌属、乳酸杆菌目、乳球菌属等,对照组起重要作用的微生物是诺兰克酸杆菌GP4、丛毛单胞菌科等。菌群蛋白功能丰度分析结果显示,16日龄试验组甲基受体趋化性蛋白、谷胱甘肽S-转移酶、氨基酸转移酶亚基A的丰度均高于对照组,21日龄试验组ECF亚家族RNA聚合酶δ-70因子、丙氨酸的丰度均高于对照组。【结论】 丁酸梭菌可以在肉鸡回肠上皮细胞中定植;丁酸梭菌可增加肠道内容物中短链脂肪酸含量、微生物种类及有益菌属,提高物种丰度及功能蛋白丰度,从而促进肠道功能发挥。