百宜黑鸡与兴义矮脚鸡线粒体DNA 控制区遗传多样性分析

采用PCR和直接测序的方法测定百宜黑鸡和兴义矮脚鸡线粒体DNA控制区全序列,比较分析两种贵州地方鸡种的遗传变异。结果表明,百宜黑鸡、兴义矮脚鸡mtDNA控制区全序列长均为1231 bp;共发现26个变异位点(不包含种内变异位点),占分析位点总数的2.11%,其中12个转换,14个颠换;百宜黑鸡mtDNA控制区的A、T、G、C碱基含量分别为27.096%、33.628%、13.117%、26.159%,矮脚鸡的A、T、G、C碱基含量分别是A26.916%、T33.409%、G13.387%、C26.288%,t检验结果显示,两种鸡mtDNA控制区的A和T含量差异显著。百宜黑鸡和兴义矮脚鸡的遗传距离是0.0379,根据分子钟计算,二者约在190万年前分歧进化。     

早胜牛遗传多态性与母系遗传背景分析

[目的]为评价和挖掘早胜牛遗传资源及种质资源,开展了早胜牛母系遗传背景及分子遗传特性研究。[方法]以早胜牛mtDNA D-Loop区为标记位点,对基因组DNA进行了PCR扩增和测序;以8个中国地方黄牛品种和5个引进品种的mtDNA D-Loop区核苷酸序列为对照,分析了核苷酸多态位点、核苷酸多样性、单倍型数等遗传多态性指标,构建了系统发育树。[结果]早胜牛及其杂交类群mtDNA D-Loop区富含A和T,检测到80个核苷酸变异位点,存在转换、颠换、转换和颠换共存3种突变类型,且以转换为主;界定了59个单倍型,其中8个共享单倍型,51个特有单倍型;我国地方黄牛分为两大支系,多数与非洲瘤牛、欧洲普通牛聚为一类,少数与印度瘤牛聚为一类;与其他地方黄牛品种相比,早胜牛及其杂交类群与秦川牛的亲缘关系最近。[结论]早胜牛及其杂交类群mtDNA D-Loop区核苷酸变异丰富,群体变异程度较高,与秦川牛的亲缘关系最近。     

固原鸡线粒体DNA控制区全序列测定及分析

固原鸡是宁夏唯一的地方鸡品种资源,具有肉质细嫩、味道鲜美、营养丰富等遗传特性。该试验采用PCR和直接测序的方法测定固原鸡(白羽、麻羽、红羽)线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-loop)全序列,结果表明固原鸡3个类群线粒体DNA控制区全序列长度分别为1230bp、1231bp或1232bp。分析种内的遗传变异,3个类群固原鸡共发现6个变异位点,其中4个转换,2个缺失/插入,没有观测到颠换;A、T碱基含量占59.9%~60.0%,G、C碱基含量占40.0%;固原鸡与其它8种禽类的D-loop基因序列同源性的分子进化树聚类结果表明固原鸡不同类群与红色原鸡亲缘关系最近。     

和田黑鸡与普通商品鸡淋巴细胞转化形态差异分析

根据普通商品鸡与未注射疫苗的和田黑鸡淋巴细胞转化率的对比,分析和田黑鸡机体与普通商品鸡免疫力的强弱。用密度梯度离心法分离出鸡外周血淋巴细胞,于37℃、5%的CO2培养箱中体外培养,如果其受到某种诱导剂,如有丝分裂原植物凝集素(PHA)、刀豆蛋白A(ConA)的诱导后,就会表现为细胞体积增大、代谢旺盛、蛋白质和核酸合成增加,即向淋巴母细胞转化和增殖,淋巴细胞转化率的高低则可以反映机体的免疫水平。试验发现,随着时间的递增,当用植物凝集素(PHA)、刀豆蛋白A(ConA)诱导和田黑鸡和普通商品鸡时转化率也呈现上升趋势,普通商品鸡淋巴细胞的转化率要大于和田黑鸡,且在72h后普通商品鸡与和田黑鸡的淋巴细胞LPS诱导后转化率都呈现递减趋势。该试验为动物疫苗免疫效果检测和细胞因子制剂的研究奠定了基础。     

和田黑鸡与普通商品鸡体液免疫水平差异分析

利用硫酸铵盐析法提取免疫球蛋白,采用SDS聚丙烯酰胺法和玫瑰花环试验的结果判定和田黑鸡(未注射疫苗)和普通商品鸡(注射疫苗)体液免疫水平的差异,并分析疫苗对于家禽免疫力的影响。因和田地区大部分的和田黑鸡都不予以注射疫苗,导致和田黑鸡的免疫力和抗病力都较低,极大影响了和田黑鸡的商品效益和品种的品质,而普通肉用商品鸡因出生就开始免疫,免疫力和抵抗力都优于和田黑鸡,所以本试验分别提取未注射疫苗的和田黑鸡和普通商品鸡的外周血,通过密度梯度离心法分离血清,采用盐析法提取血清中的免疫球蛋白IgG,然后将提取的IgG进行SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳,对比相同浓度下,和田黑鸡和普通商品鸡IgG的SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳轻链和重链的蛋白量,同时,进行和田黑鸡和普通商品鸡EAC花环对比试验,分析疫苗注射对免疫力影响的高低。通过试验可以看出普通商品鸡IgG的轻链和重链的蛋白量都显著大于和田黑鸡,并且经统计普通商品鸡的EAC花环率为23.42%,和田黑鸡的EAC的花环率为15.3%,运用统计学对两个样本进行差异显著性检验分析,可以看出普通商品鸡的EAC花环率比和田黑鸡的EAC花环率差异显著(0.01P≤0.05),试验结果显示疫苗注射后的普通商品鸡体液免疫水平要远远高于和田黑鸡,疫苗注射能够刺激普通商品鸡机体主动产生特异性免疫应答增强免疫力,预防疾病,这为和田黑鸡疫苗注射的推广和后期的疫苗研发提供了必要的参考依据,通过选择合适的疫苗并进行免疫,是保证家禽养殖的成功和工作人员人身安全的重要手段。     

中国蒙古马mtDNA D-Loop高变区序列分析

对5匹中国蒙古马mtDNA D-Loop高变区400bp核苷酸序列的变异情况进行分析。结果发现5匹中国蒙古马mtDNA D-Loop高变区的平均核苷酸变异率为3．65％，其核苷酸变异类型包括转换、颠换和缺失3种形式，其中以转换最为常见。核苷酸变异位点较多，且个体之间差异大，说明该5匹中国蒙古马的mtDNA D-Loop高变区多态性丰富。     

五指山猪线粒体控制区序列分析及遗传多样性研究

为了研究五指山猪遗传多样性和系统地位,本研究采用PCR产物直接测序法得到55条五指山猪线粒体控制区(mtDNA D-Loop)全序列,并结合GenBank中发表的1条五指山猪mtDNA D-Loop全序列进行结构分析、遗传多样性研究及系统发育分析。结果发现,56条序列中出现21次保守区变异,即"TTATAAAACAC"序列重复,共定义13个单倍型,发现14个变异位点,单倍型多样度(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.838和0.00334,表明五指山猪遗传多样性较丰富。五指山猪线粒体控制区序列构建的系统发育树和Network网络分析呈现两大分支,推测有两个母系起源,且与GenBank中其他23个猪种的聚类结果表明,五指山猪与长江流域以南地区的猪种有着较近的亲缘关系。     

百宜黑鸡mtDNA D-loop区遗传变异分析

为了研究百宜黑鸡线粒体DNA(mtDNA)D-loop区遗传变异情况,试验采用PCR和直接测序法测定了百宜黑鸡、兴义矮脚鸡、长顺绿壳蛋鸡共33个个体线粒体DNA控制区部分序列,长度约为570 bp,分析了百宜黑鸡与兴义矮脚鸡、长顺绿壳蛋鸡之间的遗传变异。结果表明:腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)、胸腺嘧啶(T)4种核苷酸的平均比例分别为26.44%、13.54%、30.75%、29.27%;其中C含量最高,表现出碱基组成的偏倚性。在系统发生树中,百宜黑鸡、兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡各自聚成1支,说明百宜黑鸡与兴义矮脚鸡、长顺绿壳蛋鸡是不同品种。     

三黄鸡TLR21基因启动子区的克隆与序列分析

为了对三黄鸡TLR21基因启动子区序列进行遗传特征分析,试验采用酚-氯仿抽提法提取鸡肉组织DNA,设计引物扩增TLR21基因启动子区部分序列,进行单核苷酸多态性检测,并与京白939、来亨鸡、海兰褐壳蛋鸡、农大褐3号、白羽乌骨鸡等5个品种鸡进行对比。结果表明:三黄鸡的TLR21基因启动子区序列与其他5个品种鸡的对应序列同源性达到99%以上,在第46,94,130,150,200,220,1 216位出现单核苷酸多态性;三黄鸡与来亨鸡亲缘关系最近,与农大褐3号亲缘关系最远。     

基于D-loop区序列分析的四川省三个地方鸡种遗传多样性及母系亲缘关系研究

为研究四川省少数民族地区泸宁鸡、米易鸡、草料鸡的遗传多样性及母系亲缘关系,通过PCR扩增、产物回收、测序的方法,获得各鸡种30个样本的mtDNA D-loop区的部分序列,利用DNAMAN、MEGA5、DnaSP、Network等生物信息学软件对测序结果进行分析.对90个个体mtDNA D-loop区589 bp的片段通过数据分析及聚类分析,构建了单倍型网络关系图及品种聚类图等.泸宁鸡、米易鸡、草科鸡具有较近的亲缘关系,推测3个地方鸡种起源于分布在印度支那半岛、泰国、苏门答腊的红原鸡Gallus gallus gallus亚种.     

Study on Genetic Diversity and System Evolution of mtDNA D-Loop Region in Xianglushan Chicken

This study was aimed to analyze the genetic diversity and phylogenetic evolution in Xianglushan chicken.The full-length sequences of mitochondrial DNA D-Loop (mtDNA D-Loop) region of 121 Xianglushan chickens were analyzed by PCR amplification combined with bidirectional sequencing,and the composition,variation and maternal origin of mtDNA D-Loop region were discussed.The results showed that the total length of mtDNA D-Loop region in Xianglushan chicken was 1 231-1 233 bp.The contents of A,T,C and G were 26.62%,33.55%,26.49% and 13.34%,respectively.The content of T was the highest,the content of G was the lowest,and the content of A+T was significantly higher than that of G+C,it indicated that region might have certain base hobbies.Analysis of 121 full-length sequences were found to coexist in 11 haplotypes and 26 mutation sites,of which 2 were single polymorphic information sites,24 were simple information sites,4 bases were inserted and 2 bases were missing.The genetic diversity analysis results showed that the haplotype diversity was 0.814,the nucleotide diversity was 0.00447,the average nucleic acid difference was 5.494,which indicated that the genetic diversity of Xianglushan chicken was relatively rich,the effect of preservation was better,which had a certain breeding space.Tajima's D was 0.39378 and the test results were not significant (P>0.10),in line with neutral mutations.The cluster analysis results showed that Xianglushan chicken and Gallus gallus gathered as one,indicating that Xianglushan chicken originated from Gallus gallus, and there were 4 branches inside the branch,indicating that Xianglushan chicken had many matrilineal origins.The results could provide some reference data for the protection and exploitation of pheasant germplasm resources in Xianglushan chicken.     

Complete Mitochondrial DNA D-Loop Sequence and Genetic Diversity of Wuzhishan Pig

In order to research the genetic diversity and phylogenies of Wuzhishan pig, 56 complete mtDNA D-Loop were analyzed.55 sequences were amplified by polymerase chain reaction (PCR) and 1 sequence was downloaded from GenBank.The results showed that repetitive sequence "TTATAAAACAC" appeared in the conservative regions of 21 mtDNA D-Loop sequences.13 haplotypes and 14 variable sites were observed in 56 sequences.Haplotype diversity and nucleotide diversity (Hd =0.838 and Pi=0.00334) indicated that Wuzhishan pig had high genetic diversity.Two branches in the phylogenetic tree and Network analysis diagram indicated that there were two maternal origins in Wuzhishan pig.The phylogenetic tree of Wuzhishan pig and other 23 species showed that Wuzhishan pig had close genetic relationship with the pig breeds in the south region of the Yangtze river.     

略阳乌鸡线粒体DNA控制区(D-loop)的遗传多样性分析

为了研究略阳乌鸡线粒体DNA控制区（mtDNA D-loop）的遗传多样性和起源,本研究对30只略阳乌鸡样品的mtDNA D-loop全序列进行了PCR扩增和测序,结合GenBank中公布的其他鸡的D-loop区序列,分析略阳乌鸡线粒体多态性及其起源。结果表明,略阳乌鸡mtDNA D-loop区全序列中,A、C、G、T平均含量分别为26.6%、26.6%、13.4%和33.4%,26个核苷酸多态位点均为转换位点,核苷酸多样度（Pi）为0.00705,单倍型变异度（Hd）为1.000,中性检验Tajima's D值为-0.47272。通过群体构建的系统进化树发现,略阳乌鸡样品在系统进化树上聚为4大分支。研究结果表明,略阳乌鸡群体内个体序列变异程度较大,遗传多样性丰富,揭示略阳乌鸡在遗传组成上具有4个母系来源。     

Genetic Diversity of Lueyang Black-bone Chicken Based on Mitochondrial DNA D-loop Region Sequence

This study was aimed to assess mitochondrial DNA D-loop sequence diversity and origin of Lueyang Black-bone chicken.The mtDNA D-loop sequence of 30 individuals from Lueyang Black-bone chicken were amplified by PCR and subsequently sequenced.The mtDNA D-loop sequence of other chicken were collected from GenBank and used as reference sequences to analyze the diversity and origin of Lueyang Black-bone chicken.The results revealed that the average values of base composition of A,C,G and T in mtDNA D-loop the sequence of Lueyang Black-bone chicken were 26.6%,26.6%,13.4% and 33.4%,respectively.26 nucleotide polymorphic sites were transition.The average nucleotide diversity (Pi) of the sites and haplotype diversity (Hd) were 0.00705 and 1.000,and the value of Tajima's D was -0.47272.Phylogenetic tree showed that samples were clusted in 4 clades. In the research, it could be concluded that the genetic diversity was relatively rich and wealthy and there were 4 maternal origins to Lueyang Black-bone chicken population.     

利用50K芯片解析和田羊和策勒黑羊的遗传规律

旨在探究和田羊和策勒黑羊遗传规律的不同,筛选优异基因及其分子标记,推动新疆南疆绵羊品种遗传资源的开发和利用.本研究分别选取健康、成年和田母羊84只、策勒黑羊41只,采集耳组织,放入75％的酒精.基于酚氯仿法提取DNA,经电泳和核酸仪检测,制备Illumina Ovine SNP50芯片.用Plink1.07对基因组数据...     

阿坝藏族羌族自治州若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop的遗传多样性分析

旨在通过获得和对比若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop高变区的部分序列,为该地区藏猪遗传资源的保护与利用提供参考。本试验收集了若尔盖地区9个乡镇共80头藏猪耳组织,以甘南州藏猪mtDNA D-Loop基因序列为模板设计引物,采用PCR扩增测序技术获得了80条核苷酸序列,并采用生物信息学的数据处理方法进行分析。结果表明,若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop高变区（435 bp）的A+T含量（56.46%）明显高于G+C含量（43.54%）,存在碱基偏倚性现象;在80条长度为435 bp的序列中,共检测到14个变异位点,鉴定了17个单倍型,单倍型多样度（Hd）、核苷酸多样度（Pi）和平均核苷酸差异数（k）分别为0.881、0.004 66和2.028,其中Hd、Pi和k在降扎乡藏猪群体中最高,Pi和k在占哇乡藏猪中最低;共享单倍型8个,特有单倍型9个,且若尔盖地区不同藏猪群体间特有单倍型数差异较大,其中,降扎乡藏猪的特有单倍型数量最多,占单倍型总数的17.65%（3/17）;Hap_1和Hap_15单倍型是4个乡镇（降扎乡、益哇乡、热尔乡和冻列乡）群体的共享单倍型,表明这4个乡镇藏猪群体存在两个共同的母系祖先单倍型。若尔盖地区藏猪的平均遗传距离为0.004 66,其中降扎乡和冻列乡藏猪间的遗传距离最大为0.006 90,包座乡和益哇乡藏猪间的遗传距离最小为0.002 16;构建的NJ分子系统进化树将若尔盖地区藏猪分为2支,而加入中国地方家猪、野猪和引种猪后,若尔盖地区藏猪在进化树中比较分散,说明该地区藏猪母源血统遗传复杂,彼此之间基因交流多。本研究进一步证实了若尔盖地区藏猪比西藏林芝、山南、日喀则、甘孜州、阿坝州藏猪的遗传多样性程度高,受到人工选择强度低,应强化对若尔盖地区藏猪遗传资源的保护与利用。     

5个绿壳蛋鸡群体中EAV-HP在SLCO1B3基因5'-非编码区插入整合频率和类型的研究

本试验旨在测定和比较5个绿壳蛋鸡群体中EAV-HP在溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员1B3(solute carrier organic anion transporter family member 1B3,SLCO1B3)基因的5'-非编码区插入整合的频率和类型。所选5个绿壳蛋鸡群体包括3个北京地区的商业群体(北京-LK、北京-LF和北京-YM)、贵州长顺绿壳蛋鸡群体和四川省地方品种旧院黑鸡;采用双重PCR对EAV-HP的插入整合进行检测,并利用DNA测序的方法判断EAV-HP的主要突变位点。结果表明,5个绿壳蛋鸡群体均拥有一定数量的EAV-HP插入整合的个体,表现为杂合(LC/N)和纯合(LC/LC)基因型,均可产绿壳蛋,其中旧院黑鸡的绿壳蛋频率最低,仅为28.90%,其次是北京-LF群体,为46.94%,其他3个群体的绿壳蛋频率为83.33%~84.62%;经卡方检验,北京-LF和旧院黑鸡群体符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),而其他3个群体则极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.01)。DNA测序结果显示这5个绿壳蛋鸡群体中EAV-HP插入整合的序列与之前报道的东乡绿壳蛋鸡的KC632577.1完全一致。地方品种旧院黑鸡的绿壳蛋频率较低,建议利用双重PCR检测的分子标记辅助选择方法加以提高。