猪链球菌9型cps9G基因的克隆与序列分析

根据GenBank中猪链球菌9型(SS9)基因的核酸序列,设计一对引物,采用PCR方法从确诊为猪链球菌的阳性样品中扩增cps9G基因片段,将其克隆到pMD18-T载体上,转化DH5a感受态细胞,提取重组质粒pMD18T-cps9G,经PCR和酶切鉴定后测序,并与GenBank上SS9相应序列进行同源性分析.结果表明,经PCR扩增,鉴定为SS9的有8株.序列分析发现,8株SS9的cpsgG片段的核苷酸序列较稳定,该基因片段长度均为562 bp,彼此间的核苷酸同源性达96.8%～99.8%,亲缘关系密切;与GenBank上已发表的SS9参考毒株的同源性介于96.0%～98.6%.     

9型猪链球菌广东株的分离鉴定和基因序列分析

为了解9型猪链球菌广东分离株毒力因子基因型、基因变异和进化情况，本试验采集发病猪脑脊液、关节液、脾脏、肝脏、淋巴结进行细菌分离培养和生化鉴定，采用PCR方法鉴定其血清型及部分毒力基因，对cps9D、gdh、gapdh与orf2基因进行序列测定和分析，并构建系统发育树。结果显示，分离菌镜检为革兰氏阳性链状球菌，在鲜血琼脂平板中呈β溶血，可发酵大多数糖类，能成功扩增cps9D基因，含重要的保守基因gdh及毒力基因gapdh和orf2，表明分离菌株为9型猪链球菌。分离菌株cps9D、gdh、gapdh、orf2基因核苷酸序列与GenBank上国内外参考菌株的同源性分别为95.9%~100.0%、98.6%~99.8%、98.7%~99.6%和95.5%~99.9%，说明分离菌株与国内外其他9型猪链球菌毒株核苷酸同源性都较高，且与国内外的流行毒株基本一致，未发生太大的变异。系统发育树表明，分离株与国内外来源不同的猪链球菌分离株同源性高，亲缘关系密切。     

猪链球菌9型国内分离株毒力基因的检测及小鼠免疫试验

通过检测7株猪链球菌9型（SS9）国内分离株的毒力基因，比对7株SS9荚膜合成基因cps9j的300bp碱基序列，以及进行7株SS9对小鼠的毒力试验和免疫保护试验，初步探讨了国内SS9的毒力特性。结果显示，7株SS9均缺失胞外因子（epf）和溶血素（sly）基因，溶茵酶释放蛋白基因（mrp）存在于GZ0665和GD0606株，off2仅存于GZ0665株；病猪脑脊液分离株GZ0665与从健康猪扁桃体分离的6株SS9的cps9j同源性低；在7株SS9分离株和SS2分离株HA9801中，只有GZ0665和GD0606株能致死小鼠；用灭活的GZ0665菌株免疫的小鼠对同源菌株GZ0665及GD0606株攻击的保护率均为100％（10／10），用灭活的GD0606和未灭活的GD0627菌株免疫的小鼠对GD0606株攻击的保护率分别为80％（8／10）和50％（5／10），而对GZ0665株攻击的保护率分别为60％（6／10）和30％（3／10）。证实，SS9病猪脑脊液分离株的毒力基因有别于SS9健康猪扁桃体分离株和SS2。表明，小鼠可以用来区分SS9病猪脑脊液分离株与健康猪扁桃体分离株的致病力。     

9型猪链球菌广东株的分离鉴定和基因序列分析

为了解9型猪链球菌广东分离株毒力因子基因型、基因变异和进化情况,本试验采集发病猪脑脊液、关节液、脾脏、肝脏、淋巴结进行细菌分离培养和生化鉴定,采用PCR方法鉴定其血清型及部分毒力基因,对cps9D、gdh、gapdh与orf2基因进行序列测定和分析,并构建系统发育树。结果显示,分离菌镜检为革兰氏阳性链状球菌,在鲜血琼脂平板中呈β溶血,可发酵大多数糖类,能成功扩增cps9D基因,含重要的保守基因gdh及毒力基因gapdh和orf2,表明分离菌株为9型猪链球菌。分离菌株cps9D、gdh、gapdh、orf2基因核苷酸序列与GenBank上国内外参考菌株的同源性分别为95.9%~100.0%、98.6%~99.8%、98.7%~99.6%和95.5%~99.9%,说明分离菌株与国内外其他9型猪链球菌毒株核苷酸同源性都较高,且与国内外的流行毒株基本一致,未发生太大的变异。系统发育树表明,分离株与国内外来源不同的猪链球菌分离株同源性高,亲缘关系密切。     

广东珠三角地区H9亚型禽流感病毒HD株的分离鉴定

在广东珠三角地区某鸡场取样,接种SPF鸡胚后获得1株病毒HD株,经HA和HI检测为H9亚型禽流感病毒阳性。HA基因分析显示,HD株HA基因核苷酸序列和氨基酸序列均与近年来国内流行的GX55等4.2.5分支H9亚型禽流感病毒相似性高,分别为94.1%~97.6%和95.8%~98.2%,而与国内常用疫苗株F、SS、SD696等4.2.3分支病毒相似性较低,分别为88.9%~89.8%和91%~91.6%。试验表明HD分离株属于4.2.5分支,与近年来国内H9流行株类似,而与常用疫苗株存在一定差异。     

2011～2014年广西H9N2亚型禽流感病毒HA基因遗传变异分析

为了解H9N2亚型禽流感病毒广西分离株的遗传变异情况,采用RT-PCR技术扩增了10株从2011~2014年广西不同地区分离的H9N2亚型AIV的HA基因片段,并对所得序列进行同源性和遗传进化分析。结果显示,10个毒株的HA基因全长1 683 bp,编码560个氨基酸;10株分离株的裂解位点均为PSRSSR↓GLF,为典型低致病性禽流感病毒的特征序列。10株分离株234位氨基酸均为L,具有与哺乳动物唾液酸α-2,6受体结合的特征。分离株与参考毒株HA基因的核苷酸与氨基酸同源性均较高,分别为79.3%~98.7%和85.0%~98.6%,均属欧亚种系,其中与A/Duck/Hong Kong/Y280/97亲源关系较近。研究结果从分子水平上证明H9N2亚型禽流感病毒近年来未发生较大变异。     

1株广西鸡H_9亚型禽流感病毒的分离鉴定和HA基因分析

从广西某鸡场的发病鸡群中采样病料,接种10日龄SPF鸡胚后分离得到1株病毒,并命名为GL株,经微量血凝和微量血凝抑制检验为H9亚型禽流感病毒。测序结果分析显示,HA蛋白裂解位点的氨基酸序列为RSSR↓GLF,与低致病性禽流感病毒的基序一致。HA基因分型结果表明,GL株属于4.2.5分支。BLAST结果显示,HA基因序列与BJ0309株相似性最高,达99%。相似性比较结果表明,HA基因、蛋白与近年来国内流行的GX55等4.2.5分支H9亚型禽流感病毒相似性较高,分别为94.1%~98.8%和96.4%~99.3%,而与国内常用疫苗株SS、F、SD696等4.2.3分支H9亚型禽流感病毒相似性较低,分别为88.8%~89.8%和91.2%~92%。由此可见,分离的GL株属于4.2.5分支,与近年来国内流行株类似,并与常用疫苗株存在了一定的差异。     

2017年上海市活禽市场H9N2亚型禽流感病毒全基因进化分析

为了解上海市活禽市场H9N2亚型禽流感病毒(AIV)分离株的遗传变异情况,本研究对2017年分离的6株H9N2 AIV的8个基因片段进行RT-PCR扩增、克隆和测序,并对获得的HA基因序列进行同源性和关键位点分析.结果显示:6个分离株的HA裂解位点均为RSSR↓GLF,符合低致病性AIV的分子特征;6株分离株均有8处糖基化位点;受体结合位点除198位和202位有变异外,其它位点均保守,226位氨基酸均为L,228位氨基酸均为G,因此具有与哺乳动物唾液酸α2-6受体结合的特征;所有分离株HA基因核苷酸同源性为93.4%~99.9%,氨基酸同源性为93.8%~99.5%,HA基因进化树显示上述6株分离株均属于近几年在中国鸡群中流行的h9.4.2.5分支;从8个基因片段组成方式分析这6个毒株属于G57基因型.本研究结果为H9N2亚型AIV的防控和疫苗研制提供了科学参考.     

Ⅰ群禽腺病毒4型陕西分离株33K、Fiber-1、Fiber-2、pⅢa基因的克隆及序列分析

为明确Ⅰ群禽腺病毒陕西分离株相关基因的特征,通过聚合酶链反应(PCR)技术分别扩增了禽腺病毒陕西分离株SX17株的4个基因片段,即33K、Fiber-1、Fiber-2、pⅢa,将其分别克隆到pCold-SUMO载体后进行序列测定,并将克隆得到的4个基因片段与发表的相应序列进行序列比对及遗传进化分析。结果表明,克隆得到的4个片段与Ⅰ群禽腺病毒4型同源性最高,33K基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在99.3%~100%与91.5%~100%之间,Fiber-1基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在98.5%~100%与65.9%~100%之间,Fiber-2基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在98.1%~100%与99.3%~100%之间,pⅢa基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在98.6%~100%与98.5%~100%之间。由遗传进化树可知,这些基因在遗传关系上与血清4型位于同一分支,亲缘关系最近,分析显示陕西分离株为Ⅰ群禽腺病毒血清4型。     

2012~2015年H9N2亚型AIV分离株HA基因的克隆及序列分析

为了解近年来中国部分地区H9N2亚型禽流感病毒流行特点及遗传进化情况,利用RT-PCR方法扩增2012~2015年分离的17株H9N2亚型禽流感病毒的HA基因片段,并进行序列测定和遗传进化分析,同时对HA蛋白的裂解位点、受体结合位点和潜在的糖基化位点进行分析。结果显示,17株H9N2亚型禽流感病毒HA基因核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为87%~100%和75%~100%,均属于Y280-like亚系毒株。HA基因裂解位点均为非连续碱性氨基酸,属于低致病力毒株。HA基因受体结合位点149、198、234和235位氨基酸存在变异,其中,16株分离毒株的234位氨基酸由Q突变为L,表现出人流感病毒受体结合特征。潜在糖基化位点分析结果显示,11株病毒在218位氨基酸处缺失1个糖基化位点,4株病毒在492位氨基酸处缺失1个糖基化位点,17株病毒在313位氨基酸处增加1个糖基化位点。研究结果表明,应加强对H9N2亚型AIV的流行病学监测,关注疫苗毒株与流行毒株的差异。     

H9N2亚型禽流感病毒的遗传进化分析及F株灭活疫苗的免疫效果评价

为了解H9N2亚型禽流感病毒(AIV)变异情况及评价作为H9亚型F株禽流感灭活疫苗的免疫效果,本研究对2009年～2010年期间从免疫鸡群中分离的9个H9N2亚型AIV株进行血凝素(HA)基因序列测定和分析。这9个病毒株HA基因编码区长度均为1 683 nt,HA基因核苷酸序列同源性为90.7%～98.9%,其推导氨基酸序列同源性为92.2%～98.8%;分离株与F株的HA基因之间的核苷酸序列同源性为91.6%～99.6%,氨基酸序列同源性为92.9%～99.3%;9个分离株与F株均属于Beijing/1/94-like进化分支,但分别属于3个不同的基因亚型。免疫试验结果显示:3周龄SPF鸡接种F株灭活疫苗21 d后,产生的HI抗体效价在log2 9以上;而且免疫鸡对分离株及F株攻毒后的喉头和泄殖腔排毒产生明显的抑制作用。本研究数据表明,F株灭活疫苗可以提供对这些分离株的有效免疫保护。     

H9N2亚型禽流感病毒传播途径特性的比较及其表面基因序列分析

选择中国大陆最早分离的H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)A/Chicken/Guangdong/SS/94(H9N2)(缩写为SS株)和1998年大流行时期分离的H9N2亚型AIVA/Chicken/Shanghai/F/98(H9N2)(缩写为F株)为研究对象,对其在SPF鸡体内的复制能力和传播途径特性比较后发现,F株在4周龄SPF鸡气管中的复制能力高于SS株,F株可以经气溶胶传播途径传播,SS株不能经气溶胶传播途径传播;利用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法获取F株和SS株的HA和NA基因的cDNA,序列分析得知,F株和SS株的HA和NA基因的同源性分别是96.6%和98.1%;HA基因的裂解位点氨基酸序列都是PARSSR↓GL,但有5个氨基酸的差异,即166位N(F)→D(SS)、198位A(F)→V(SS)、217位V(F)→I(SS)、335位G(F)→R(SS)、504位L(F)→S(SS);2株病毒的NA基因在63~65位都存在氨基酸缺失,但在NA基因红细胞吸附位点的氨基酸序列不同,分别是IKKDSRSG(F)和IKEDLRSG(SS)。F株和SS株的传播特性差异是否与其表面基因序列有关,有待进一步研究。     

2011年－2014年我国部分省区 H9N2亚型禽流感病毒HA 基因序列分析

本研究于2011年－2014年在我国部分省区鸡群中鉴定出49株 H9N2亚型禽流感病毒,并对所有毒株的 HA 基因进行克隆、测序及序列分析。结果表明,49个毒株的 HA 基因开放阅读框全长均为1683 bp,编码560个氨基酸。所有分离株均属于以 HK/Y280/97株为代表的 H9．4．2谱系,并明显分成2个亚分支(H9．4．2．5和 H9．4．2．6)。分离株 HA 基因核苷酸同源性在87．1％~100％之间,与疫苗株 SH/F/98株、GD/SS/94株和 SD/6/96株核苷酸同源性在89．4％~92．5％之间。对 HA 基因的推导氨基酸序列分析表明,所有分离株裂解位点附近没有连续的碱性氨基酸插入,符合低致病力毒株特征,受体结合位点为PWTN?LY 形式,受体结合位点左沿为 NGLM/QGL 形式,右沿均为 GTSKA 形式。在49个分离株中共发现10个潜在糖基化位点,但只有6个糖基化位点保守。研究表明,近年来 H9N2亚型禽流感在我国多个地区流行,2013年以后流行毒株趋势以 H9．4．2．5为主,但病毒基因仍在不断发生变异,因此需要继续加强对H9N2亚型禽流感分子流行病学的监控。     

1株鸡H9亚型禽流感病毒的分离鉴定和HA基因序列分析

从广东珠三角地区某鸡场采样,接种SPF鸡胚后分离到一株病毒,经HA和HI检验为禽流感病毒H9亚型阳性,命名为A/chicken/Guangdong/JL/2014(简称为JL)。HA基因测序后分析显示,JL株HA基因、蛋白与近年来国内流行的GX55等4.2.5分支H9亚型禽流感病毒相似性高,分别为90.9%~97%和93.4%~99.5%,而与国内常用疫苗株SS、F、SD696等4.2.3分支病毒相似性较低,分别为85.8%~88.1%和88.4%~89.1%,其中与RZ853株相似性最高,达97%。试验表明,分离的JL株属于4.2.5分支,与近年来国内流行株类似,与常用疫苗株存在一定差异。     

IBV安徽分离株膜蛋白基因的克隆及序列分析

利用设计的1对特异性引物,通过RT-PCR方法扩增出4株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)安徽地方分离株膜蛋白M基因全长片段并进行了克隆测序。将各IBV安徽地方分离株与GenBank中注册的一些毒株M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较和系统进化关系分析,发现毒株间核苷酸序列同源性为88.5%~100%,其相应的氨基酸序列同源性为90.3%~100%;不同毒株间存着重组、缺失、插入及点突变等变异,从ATG至第140 bp区段的核苷酸序列变异频率最高;4株分离毒株属于同一个进化群的2个不同进化亚群,与我国常用疫苗毒株H120、M41和W 93不属同一个进化亚群。     

禽流感病毒H9N2河北分离株HA和NA基因的遗传进化分析

为了从分子水平上研究禽流感病毒H9N2河北分离株及其与经典H9N2参考毒株基因的相应序列的同源性和遗传进化关系,试验选用2008年分离自河北省张家口市某鸡场的蛋鸡H9N2,采用RT-PCR分别扩增分离株HA和NA基因片段cDNA,并对所得序列进行同源性比较和遗传进化分析。结果表明:与经典参考毒株A/Duck/HongKong/G1/97、A/Duck/HongKong/Y439/97、A/Duck/HongKong/Y280/97和A/Chicken/Beijing/1/94之间核苷酸、氨基酸同源性分别为89.7%～97.2%、88.5%～96%和91.0%～95.8%、89.8%～96.0%。禽流感病毒H9N2河北分离株属于欧亚谱系中的类Y280-like分支,与中国最早的分离株A/Chicken/Beijing/1/94相距较远。说明禽流感病毒H9亚型随着流行时间而发生了遗传分化。     

1株HA蛋白S145变异H9N2亚型禽流感病毒的分离鉴定与HA基因序列分析

从山东某发病养殖场采集疑似病料,经RT-PCR检测为H9N2亚型禽流感阳性,采用鸡胚尿囊腔接种法分离病毒(SD089),并进行HA、HI试验和HA基因扩增、测序以及序列的同源性和遗传进化分析。结果显示,分离的SD089株具有血凝特性但不能被H9亚型禽流感标准阳性血清所抑制,其HA基因推导的氨基酸序列与参考毒株相比,第145位由S漂变为N,导致增加糖基化位点NGT,表明S145是血凝抑制抗体结合位点。SD089株属于BJ94分支,与2010―2014年大部分山东流行毒株的核苷酸和氨基酸序列相似性分别为88.9%~97.5%和89.9%~99.6%,而与疫苗株SD696分别降至88.0%和89.1%。试验表明,分离的SD089株HA基因在分子水平上发生了变异,S145位点的突变提示低致病性禽流感的防制面临新的挑战。     

禽流感病毒WUDI-H9N2株的分离鉴定及 HA基因的分子特征研究

本研究于2011年8月从山东省某鸡场鸡群中分离一株病毒,通过对分离株进行病毒血凝试验及血凝抑制试验、RT-PCR、动物回归试验等方法证实已分离到禽流感病毒(avian influenza virus,AIV) H9N2,命名为WUDI-H9N2株。根据GenBank上发表的AIV H9病毒的HA基因序列,用Oligo 6.0生物学软件设计引物,对分离株WUDI-H9N2株HA基因进行扩增、测序及序列分析。将分离的AIV H9毒株与其他血清型代表参考毒株分别进行核苷酸和氨基酸系统发生进化关系分析。WUDI-H9N2株 HA基因全序列长为1708 bp,无核苷酸的插入和缺失,cDNA包含了1个完整的开放阅读框(ORF),编码区由1683 bp组成,共编码560个氨基酸。HA序列与国内参考毒株的核苷酸序列的同源性在92.9%~98.1%之间,其中与安徽分离株A/chicken/China/AH-10-012010(H9N2)同源性为98.1%。     

山东部分地区H9N2亚型禽流感病毒分离鉴定及HA和NA基因的遗传进化分析

为了解山东省H9亚型禽流感病毒变异情况和流行规律,于2013年从山东省潍坊、淄博、青岛、临沂、济南、滨州和烟台等地区疑似禽流感病鸡病料中分离到14株病毒,通过病毒分离培养、血凝与血凝抑制试验、RT-PCR技术进行了鉴定,并对获得病毒的HA基因和NA基因序列进行了同源性和遗传进化分析。结果显示,分离病毒均能凝集鸡的红细胞并能被禽流感病毒H9标准阳性血清抑制,RT-PCR方法从分离株中扩增出HA基因和NA基因保守片段,序列比对表明分离株与山东日照分离株A/Chicken/Rizhao/853/2013(H9N2)具有较高同源性,达94.4%以上,证实分离毒株为H9N2亚型禽流感病毒。HA裂解位点处的氨基酸序列为-PSRSSR/GL-,符合低致病性禽流感病毒的分子特征。HA、NA基因遗传进化分析表明,分离株与代表株DK/Y280/97亲缘关系最近,核苷酸同源性分别达90.3%和93.6%以上,属于国内常见的CK/BJ/94分支中的Y280-like亚分支。     

江西地区H9亚型禽流感病毒WS-JX株的分离鉴定

在江西某鸡场取样,接种SPF鸡胚后获得1株病毒WS-JX株,经HA和HI检测为H9亚型禽流感病毒阳性。通过HA基因分析,结果显示,WS-JX株HA基因核苷酸序列和氨基酸序列均与近年来国内流行的GX55等4.2.5分支H9亚型禽流感病毒相似性高,分别为90.1%～99.6%和94.1%～100.0%。而与国内常用的疫苗株F株、SS株等4.2.3分支病毒相似性较低,分别为85.9%～89.1%和90.6%～90.9%。试验结果表明,WS-JX分离株属于4.2.5分支,与近年来国内H9流行株类似,而与常用的疫苗株存在一定的差异。