猪流行性腹泻病毒CH/ZJ分离株S基因的克隆、原核表达和免疫原性分析

为了获得具有免疫活性的猪流行性病毒S蛋白,试验参照GenBank中所收录的猪流行性腹泻病毒(PEDV)CV777株S基因序列设计1对特异性引物,去除信号肽,以PEDV CH/ZJ株为模板,通过RT-PCR扩增出目的基因,克隆入原核表达栽体pET28a(+),转化到Top10感受态细胞中,测序并分析.结果表明:目的基因含有1个长966 bp、编码322个氨基酸残基组成的多肽;与CV777株相比较,同源性为96.0%,但在398 bp处缺失编码1个异亮氨酸的密码子,将重组质粒命名为pET-P-SP1;将pET-P-SP1转化到大肠杆菌E.coli BL21-DL3(Rosetta)中,在1PTG诱导下表达;通过SDS-PAGE表达出与预期大小相符的约35.6 ku的重组蛋白,重组蛋白以包涵体形式存在;表达产物占菌体蛋白的80%;表达蛋白能与抗猪流行性腹泻病毒高免血清反应,说明该重组蛋白具有免疫活性.     

猪流行性腹泻病毒流行毒株S基因截短表达与抗原性分析

临床分离获得1株猪流行性腹泻病毒(PEDV),对其纤突(S)基因5'端序列分析比较表明,该分离株(NB2011)与目前国内流行的猪流行性腹泻病毒毒株同源性为99%以上,与经典毒株(CV777)的同源性仅为82.6%。经氨基酸分析比较,PEDV纤突蛋白发生明显变异,在抗原位点35-55aa以及100-145aa区间存在很大差异。本试验对CV777株与临床分离的NB2011株的S基因N端差异较大的区段(CV777-S661,NB-S673)进行原核表达,分别获得经典株和流行株S基因N端表达蛋白。Western blotting结果表明,S661和S673重组蛋白均能与PEDV阳性血清产生特异性反应,且不与PEDV阴性血清反应。对两种蛋白进行交叉斑点试验,结果表明两者在反应原性上存在差异。研究结果为进一步阐明PEDV流行毒株抗原表位的变异及研究PEDV免疫保护机制打下基础。     

猪流行性腹泻病毒CH/S株N蛋白基因的遗传变异及其原核表达

应用RT-PCR和nested-PCR方法扩增得到含猪流行性腹泻病毒CH/S株N蛋白基因的目的片段,并将其进行了克隆、序列测定及分析。CH/S株N蛋白基因含有一个长1326bp的ORF,编码由441个氨基酸残基组成的多肽,未发现碱基的插入和缺失。CH/S与CV777、Chinju99、JS-2004-2和LJB/03N蛋白基因ORF的序列同源性分别为97.1%、96.8%、96.7%和96.5%;推导的氨基酸序列的同源性分别为97.7%、97.1%、97.1%和96.8%。以阳性质粒为模板,用分别含有BamHⅠ和XhoⅠ酶切位点的上、下游引物扩增得到ORF,其PCR产物经BamHⅠ和XhoⅠ双酶切后定向克隆到pET-30a载体,构建的重组质粒命名为pET-30a-PN;将pET-30a-PN转化到大肠杆菌BL21(DE3)中,在IPTG诱导下进行表达;SDS-PAGE结果表明表达出与预期大小相符的约54.4Ku的重组蛋白,重组蛋白以包涵体形式存在;薄层扫描结果表明表达产物占菌体总蛋白的30.5%;Western blot分析表明表达的重组蛋白能与抗PEDV高免血清反应,说明该重组蛋白具有免疫学活性。     

猪流行性腹泻病毒S基因序列分析

根据猪流行性腹泻病毒S基因序列设计引物,应用RT-PCR方法从广东省某猪场采集的初生仔猪腹泻样品检测猪流行性腹泻病毒,并将其克隆测序分析。结果表明,病料样品中有猪流行性腹泻病毒,S基因与KNU-0801、KNU-0901亲缘关系最近,处于同一个分支;与弱毒疫苗株CV777的S基因亲缘关系较远,处于另外一个分支。     

闽西地区猪流行性腹泻病毒FJLY1703株基因特征及遗传进化分析

为阐明闽西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传进化和重组事件。本研究从福建龙岩感染PEDV仔猪送检样品中鉴定出1株PEDV(闽西FILY1703株),采用PCR方法扩增其N、E、M以及S基因序列并测序。N、E、M以及S基因同源性及进化分析显示,FJLY1703株与CV777等早期经典株同源性较低且亲缘关系较远,而与2010年后国内分离株的同源性较高且进化关系较近。S基因编码的氨基酸序列与疫苗株CV777 S蛋白的氨基酸序列相比,FJLY1703株S蛋白抗原表位COE中存在8个突变,这些变化与2010年后中国PEDV分离株相似;且FJLY1703株E、M以及N基因编码的氨基酸序列中分别存在1个、3个和12个突变位点,均与我国当前流行株突变位点相似。S基因的重组分析表明,FJLY1703株是一株以CV777株为代表的早期经典株与2010年后PEDV变异株的重组流行株,上述研究结果提示在闽西地区需要研制针对PEDV流行株的疫苗来控制PEDV的感染。本研究为闽西地区PEDV流行病学研究提供参考依据。     

表达猪流行性腹泻病毒COE基因的重组乳酸菌的构建与鉴定

用疑似患猪流行性腹泻病（PED）的病猪肠病料,根据猪流行性腹泻病毒（PEDV）S糖蛋白基因设计引物进行RT-PCR扩增,获得531bp的PEDV部分保护性抗原基因,将其克隆入pMD18-T载体后测序,核苷酸序列与PEDVCV777株相应序列的同源性为99．4％。根据测序结果和表达载体特点,设计一对引物,扩增PEDV部分保护性抗原基因（COE基因）501bp片段。将COE基因与乳酸乳球菌表面表达载体pNZ8149进行连接,电击转化入食品级乳酸乳球菌NZ3900细胞。重组菌以1ng／mL乳链菌肽（Nisin）诱导,通过SDS-PAGE和Westernblot分析,PEDV部分S蛋白成功表达,并具有反应原性。间接免疫荧光试验表明,重组菌表达蛋白定位于菌体细胞表面。     

猪流行性腹泻病毒贵州流行株N基因的克隆、测序与生物信息学分析

为了了解贵州省猪流行性腹泻(porcine epidemic diarrhea, PED)的流行情况,试验对猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)贵州流行株(GZ2022)N基因序列进行克隆、测序,并利用DNAStar、ProtParam、ProtScale等生物信息学分析软件对PEDV-GZ2022株N基因的同源性和遗传进化地位,以及N蛋白的分子特征和潜在功能进行分析预测。结果表明：PEDV-GZ2022株N基因大小约为1 364 bp,编码441个氨基酸;PEDV-GZ2022株N基因核苷酸序列与GenBank中的PEDV参考毒株N基因的相似性为95.5%～99.8%,与PEDV经典毒株CV777 N基因核苷酸序列的相似性为95.6%,与SDLY2020毒株N基因核苷酸序列的相似性高达99.8%,PEDV-GZ2022毒株与经典毒株CV777关系相隔较远,与PEDV变异株GⅡ-b位于同一分支;PEDV-GZ2022株N蛋白中含有较多的疏水性氨基酸,为疏水性蛋白;该蛋白质存在4个N糖基化位点和37个O糖基化位点,有31个丝氨酸、...     

河南省猪流行性腹泻病毒流行株的遗传变异分析

为分析河南省猪流行性腹泻病毒(PEDV)S基因的遗传变异情况,设计并合成能够扩增N基因和S基因的引物,利用RT-PCR方法对2017年1月至2018年5月河南省11个地区规模猪场的178份病料进行检测、克隆和测序,并在氨基酸水平上将本研究分离株的S基因与国内外流行毒株的S基因进行比对分析。结果显示,河南省11个地区的178份样品,PEDV阳性样品113份,阳性率63.5%(113/178)。选取29株PEDV代表株进行氨基酸序列比较,结果显示,29株分离株与经典株CV777同源性为88.4%～90.3%,与经典株CV777相比,29株代表株在S1区域存在碱基的插入、缺失和变异现象;基于S基因的遗传进化分析表明,本研究的29株分离株均属于G2群,而以CV777为代表的经典株属于G1群。通过与经典株CV777的S蛋白进行抗原表位比对分析,在5～190 aa存在较大差异。本研究结果明确了目前河南省PEDV的遗传变异情况,为河南省猪流行性腹泻(PED)的诊断和防控提供参考依据。     

一株猪流行性腹泻病毒S、M、N基因的遗传变异分析

为研究猪流行性腹泻病毒(PEDV)CV777疫苗毒株与流行毒株的遗传变异和抗原位点的差异性,以RT-PCR进行PEDV CV777疫苗株和JS2016流行株S、M、N 3个基因的克隆测序,进行PEDV S、M、N 3个基因的核酸序列同源性分析,并通过软件比对CV777与JS2016毒株在这3个基因上的抗原差异。S、M、N基因的同源性分析表明流行毒株与CV777存在变异,但同源性在93%以上;免疫原性预测结果显示2个毒株在S、M、N 3个基因上的抗原区域存在较小的差异。     

表达PEDV中国变异株S蛋白复制型重组人腺病毒4型的构建及其免疫原性研究

为构建表达猪流行性腹泻病毒(PEDV)S蛋白复制型重组人腺病毒4型(HAdV-4)及评价其免疫原性,本研究利用RT-PCR扩增得到PEDV中国变异株纤突(S)基因的N-末端区域(1 bp~1 140 bp),构建重组质粒p Ad4FAST-Shuttle-S,重组质粒经线性化和同源重组,得到含有PEDV S基因的重组HAdV-4感染性克隆,纯化的感染性克隆DNA经PacⅠ线性化后转染HEK293细胞,拯救得到表达PEDV变异株S蛋白的重组病毒rAd4△E3-S。将该重组病毒免疫小鼠,间接ELISA测定其血清中抗S蛋白抗体水平,利用体外淋巴细胞转化试验和流式细胞技术检测免疫小鼠T淋巴细胞反应。结果显示,重组病毒能够表达PEDV S蛋白,并且能刺激小鼠产生特异性体液和细胞免疫应答。本实验结果为进一步研究重组病毒在猪体上的免疫反应奠定基础,也为PEDV活载体疫苗的研发提供实验依据。     

流行性腹泻病毒5株猪安徽流行株S基因的克隆与序列分析

为了解安徽省猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的遗传变异,试验对5株PEDV安徽流行毒株S基因进行RT-PCR扩增、序列测定和分析。结果显示,5株PEDV安徽流行毒株S基因的全长均为4 161 bp,编码1 386个氨基酸,核苷酸同源性为98.7%~99.8%,它们与国内外PEDV参考毒株核苷酸同源性在93.6%~99.8%之间;进化树分析显示,5株流行毒株与CV777、attenuated DR13、LZC和CHS亲缘关系较远,与2011年后国内外PEDV分离株亲缘关系较近。研究结果可为PEDV的防控和疫苗研制提供参考和依据。     

检测猪流行性腹泻病毒的R-PCR方法的建立

根据猪流行性腹泻病毒 (PEDV)的N基因自行设计和合成了一对可扩增长度为 641bp目的片段的引物 ,成功地建立了检测的猪流行性腹泻病毒的RT PCR方法。对猪轮状病毒 (PRV)、猪传染性胃肠炎病毒 (TGEV)的RT PCR检测结果均呈阴性。对PEDV JS株的RT PCR产物的序列分析表明 ,与CV777株的同源性为 97 3 %。     

猪流行性腹泻病毒S基因的克隆与鉴定

试验利用软件设计出两条特异性引物,再通过PCR扩增,扩增猪流行性腹泻病毒S基因片段,然后将S基因片段连接到表达载体PMD18-T中,构建了重组质粒,转化大肠杆菌后,提取重组质粒,再经过双酶切鉴定和PCR鉴定,来证实提取的基因片段与预期目标一致.本实验为以后建立猪流行性腹泻快速诊断方法、基因免疫、以及猪流行性腹泻病毒基因的进一步的研究工作奠定基础。     

猪流行性腹泻病毒河南株ORF3基因分子流行病学分析

为了解猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)河南株的起源和遗传变异,本试验对2014年8月—2015年5月,来自河南省16个规模猪场仔猪表现为严重腹泻、食欲下降和脱水等临床特征的22份病料样品,利用RT-PCR方法,扩增PEDVORF3基因,回收PCR产物克隆至pMD18-T载体,并进行测序分析。结果显示,22份病料样品均能扩增出PEDVORF3基因,其序列长度均为849bp,包含一个完整阅读框(675bp),编码224个氨基酸残基。22个河南株之间核苷酸同源性为95.9%~100%,与欧洲经典毒株CV777同源性介于97.1%~97.9%,存在8个位点发生相同的氨基酸置换,与Truncated CV777株同源性介于94.8%~95.4%。基因遗传进化树分析表明,PEDV毒株可分为2大群,河南株属于第Ⅱ群,整体独立成支,与河南往年流行株、国内分离株、日本、美国及韩国毒株亲缘关系较近,而与CV777株、Truncated CV777株亲缘关系较远。结果表明PEDV河南株ORF3基因存在变异,为PEDVORF3基因的蛋白功能研究和河南省PED的防控提供技术支持。     

猪流行性腹泻病毒S1基因的克隆及在腺病毒中的表达

为了研究猪流行性腹泻病毒(PEDV)S1基因在腺病毒中的表达,试验采用RT-PCR方法,获得S1目的基因序列,并将其定向克隆至腺病毒穿梭质粒pShuttle-CMV,再与BJ5183细菌内的腺病毒骨架质粒pAdEasy-1进行同源重组,获得携带猪流行性腹泻病毒S1基因的重组腺病毒质粒pAd-S1;该重组质粒经PacⅠ酶切、转染AD-293细胞,获得具有感染性的重组腺病毒rAd-S1;病毒效价在传至第6代时可达到1×108.3TCID50/mL,同时经PCR检测,目的基因在重组腺病毒rAdS1传代过程中稳定存在;间接免疫荧光检测和Western-blot检测,rAd-S1在AD-293细胞中成功表达出分子质量约为100 ku猪流行性腹泻病毒S1蛋白。说明构建的重组腺病毒rAd-S1能够稳定地表达PEDV S1蛋白。     

猪流行性腹泻病毒山西分离株S基因遗传变异分析

为分析山西地区猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,试验利用RT-PCR方法对2014-2015年山西省疑似猪流行性腹泻的阳性病料进行克隆和测序,获得4个S基因片段,并对其基因序列和推导的氨基酸序列与国内外毒株进行比对分析。序列分析结果显示,4株PEDV山西分离株的S基因与CV777 vaccine相比,在170~171 bp之间插入12个核苷酸,在401~402、454~455 bp之间均插入3个核苷酸,在461~468 bp之间缺失6个核苷酸。4株PEDV山西分离株S基因之间核苷酸和氨基酸同源性分别为99.2%~99.8%和98.6%~99.7%,与2011-2015年中国流行毒株、CV777 vaccine、attenuated DR13、CV777的核苷酸同源性分别95.0%~98.5%、93.2%~93.6%、93.2%~93.7%、93.7%~94.4%,氨基酸同源性分别为96.2%~98.9%、91.9%~92.6%、92.1%~92.9%、92.9%~94.0%。遗传进化树分析结果表明,PEDV S基因分为3个群,4株PEDV山西分离株属于第一群,与2010年以后国内流行毒株（除AH-M、SQ2014）的亲缘关系较近,与2010年以前中国流行毒株、2个日本株、7个韩国株、2个疫苗株的亲缘关系较远。研究结果提示山西省流行的PEDV发生较明显的变异,需研发新的疫苗来控制PEDV的暴发。     

4株猪流行性腹泻病毒S蛋白序列特征和遗传进化分析

为了解目前国内猪流行性腹泻病毒流行毒株与疫苗毒株的S蛋白差异情况,从2013年采自北京、河南、陕西、广东四个省市的疑似猪流行性腹泻病料中抽提RNA,用设计的针对结构基因S的特异性引物进行RT-PCR扩增、克隆及测序,并对其序列变化、遗传进化情况和抗原位点进行分析。结果显示:4个样品株的S基因(4161 bp)与国内疫苗株CV777(4152 bp)相比,存在15个核苷酸的插入和6个核苷酸的缺失,导致推导的氨基酸序列存在5个氨基酸的插入(~(59)QGVN~(62)and~(140)N)和2个氨基酸的缺失(~(163)NI~(164)),且在主要突变区S1区的2个中和表位(499~638aa和764~771aa)有7处氨基酸突变。遗传进化分析结果显示,4个样品株与主要疫苗株同源性较低(93.8%~94.7%),而与2007~2009年韩国毒株、2011年日本毒株以及中国近年流行毒株同源性高(96.0%~99.6%),表明近年来国内猪流行性腹泻病毒呈现较大变异,可能需要研制更有效的疫苗用于猪流行性腹泻的防控。     

6株猪流行性腹泻病毒贵州株S基因序列分析

为了解贵州省猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）S基因的特点,掌握其遗传变异情况,本试验设计3对特异性引物对6株PEDV贵州株S基因进行全基因RT-PCR扩增、克隆及序列测定;应用生物信息学软件将6株PEDV贵州流行株与参考毒株进行同源性与系统进化分析。结果显示,6株PEDV贵州流行株S基因的全基因长为4 161 bp,编码1 387个氨基酸,与国内外PEDV参考毒株核苷酸同源性在93.3%~98.8%之间,氨基酸同源性在91.6%~98.9%之间;进化树分析结果显示,6株流行毒株与美国毒株、越南毒株和山东毒株亲缘关系较近;与CV777株、LZC、Brl、83P-5亲缘关系较远。结果表明,PEDV贵州地方流行毒株S基因编码的氨基酸存在一定程度变化,近年来呈现变异趋势。本研究可为贵州省PEDV的防控提供一定的理论依据。     

猪流行性腹泻病毒N蛋白的原核表达及生物学活性鉴定

为研究猪流行性腹泻病毒（Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）的N蛋白特性及在诊断中的应用,本研究采用RT-PCR方法从猪流行性腹泻病毒FJ-11A株中扩增其N蛋白基因片段,并将其克隆到原核表达载体pET-32a上,构建原核表达重组质粒pET32a-PEDV-N,进行条件优化诱导表达、SDS-PAGE、Western blot和ELISA试验。结果表明,该重组目的蛋白（约60 kDa）得到表达,且具有良好的免疫学活性,该研究为开发猪流行性腹泻病毒诊断方法和研究N蛋白功能奠定基础。     

河南省部分地区猪流行性腹泻病毒ORF3和N基因的克隆及其遗传进化分析

为探究河南省猪流行性腹泻病毒部分毒株的遗传进化情况,采用RT-PCR对2017年2月至2018年1月在河南省部分地区猪场收集到的25份PEDV阳性病料进行ORF3和N基因的扩增,并对其进行克隆、序列比对及遗传进化分析。结果显示,PEDV毒株的ORF3基因序列是由675个核苷酸组成的,与经典毒株CV777之间核苷酸及氨基酸同源性分别为95.2%~97.5%和95.1%~96.9%。N基因之间的核苷酸与氨基酸同源性分别为96.2%~100%和93.8%~99.8%;与经典毒株CV777核苷酸与氨基酸的同源性分别为94.7%~95.8%和93.2%~96.8%。河南部分地区PEDV流行毒株与经典毒株CV777不在同一分支,说明猪场暴发猪流行性腹泻与免疫接种疫苗后依旧难以控制的原因,可能与大多数PEDV河南流行株发生变异有关。