仔猪消化道菌群变化与仔猪腹泻的关系

通过对健康和腹泻仔猪消化道内(胃、十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠和直肠)7个部位菌群取样后进行培养和分离鉴定，研究健康和腹泻仔猪间不同菌群关系的差异，揭示维持仔猪的正常消化代谢优势菌群的组成、比例和结构。结果发现：双歧杆菌和乳杆菌是健康仔猪消化道内数量最多的菌群，为优势菌群；韦荣氏球菌、肠杆菌、肠球菌在仔猪发生腹泻时明显增多，为有害菌群。有害菌群的增多抑制了有益优势菌群的生长，从而导致仔猪发生腹泻。     

仔猪消化道菌群变化与仔猪腹泻的关系

通过对健康和腹泻仔猪消化道内(胃、十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠和直肠)7个部位菌群取样后进行培养和分离鉴定,研究健康和腹泻仔猪间不同菌群关系的差异,揭示维持仔猪的正常消化代谢优势菌群的组成、比例和结构.结果发现双歧杆菌和乳杆菌是健康仔猪消化道内数量最多的菌群,为优势菌群;韦荣氏球菌、肠杆菌、肠球菌在仔猪发生腹泻时明显增多,为有害菌群.有害菌群的增多抑制了有益优势菌群的生长,从而导致仔猪发生腹泻.     

日粮添加富含核苷酸的酵母提取物可调节断奶仔猪肠道免疫反应和肠道菌群对断奶仔猪生长的影响

本研究评价了在洁净和非洁净饲养环境下,短期日粮添加富含核苷酸的酵母提取物(NRYE)对仔猪生长性能、肠道结构、免疫功能和肠道菌群的影响。试验选取84头21日龄仔猪,其中42头仔猪饲养在每周清洁一次的洁净圈舍;另外42头饲养在非洁净的圈舍,在试验第1和7天分别各栏地板上分撒7公斤母猪粪便,试验全程不清洗栏舍。仔猪饲喂玉米豆粕基础日粮,含或者不含有0.1%的NRYE。每个处理7栏,每栏3头猪。记录第1天和第14天的饲料重量和仔猪体重。在第14天时,每栏选取一头猪屠宰,采集肠系膜淋巴结、脾脏、盲肠和结肠内容物。结果表明,在两种环境下,NRYE不影响仔猪生长性能,但显著提高肾脏重量,并对洁净环境饲养的仔猪绒毛高度/隐窝深度有提高趋势(P=0.073)。添加NRYE显著上调非洁净环境饲养仔猪的回肠程序性细胞死亡基因1(P=0.0003)、IL-1β(P0.0001)、IL-6(P=0.0003)、IL-10(P0.0001)和TNF-α(P0.0001)的基因表达。NRYE显著抑制洁净环境下仔猪盲肠肠杆菌菌群(P0.0001)和结肠场球菌菌群(P0.019)的生长,促进盲肠乳酸菌(P0.002),结肠梭菌Ⅳ型菌群(P0.011)和XVIa型菌群(P0.0002)的增殖。在非洁净条件下,NRYE促进盲肠梭菌Ⅳ型菌群(P0.026)增殖,抑制结肠肠球菌属增殖(P0.037)。综上所述,添加NRYE能够在非洁净环境下通过上调炎性细胞因子提高仔猪回肠免疫反应,并在洁净或非洁净环境下均能正向改善肠道有益细菌增殖、抑制有害菌增殖。     

生长育肥猪胃肠道正常厌氧菌群的数量和分区

采用厌氧微生物学方法，对2头育肥猪的胃、小肠、盲肠、结肠和直肠的固相、液相和粘膜中的总厌氧菌、淀粉分解菌、纤维分解菌和蛋白分解菌的数量分布和比例进行了研究。结果表明，上述总厌氧菌和3种功能菌群的数量在胃和小肠区段固相内容物中占绝对优势，而在盲肠、结肠和直肠内容物中以液相菌群占绝对优势。在胃和小肠区段，固相、液相内容物中3种功能菌群的数量间无明显差异，但在盲肠、结肠和直肠段，固、液相内容物中淀粉分解菌和蛋白分解菌为优势菌群。在各区段胃肠道粘膜中，胃和小肠的3种菌群的数量相对较低。盲肠粘膜中主要菌群数量分布为蛋白分解菌>淀粉分解菌>纤维分解菌(P<O．01)；而结肠和直肠粘膜中以淀粉分解菌占绝对优势。     

基于MiSeq高通量测序方法研究酵母壁多糖对断奶仔猪盲肠菌群结构的影响

本试验旨在探讨饲粮中添加酵母壁多糖对断奶仔猪盲肠菌群结构的影响。采用单因素试验设计,选取180头遗传背景相同、胎次相近、体重接近的21日龄断奶仔猪,随机分为4个处理,每个处理5个重复,每个重复9头猪。4个处理分别饲喂0%酵母壁多糖饲粮(对照组)、0.15%酵母壁多糖饲粮(0.15%组)、0.30%酵母壁多糖饲粮(0.30%组)和0.45%酵母壁多糖饲粮(0.45%组)。试验期为21 d。取盲肠内容物提取细菌DNA,PCR扩增获得16S r RNA基因V4标签片段,进行Mi Seq高通量测序。结果表明:当酵母壁多糖添加量达一定程度时,仔猪盲肠菌群多样性会发生改变;在不考虑群落中每个物种丰度的前提下,0.30%酵母壁多糖组仔猪盲肠菌群最丰富;仔猪盲肠优势菌群为拟杆菌门、厚壁菌门、螺旋体门和变形菌门;与对照组相比,添加0.30%酵母壁多糖能降低仔猪肠道拟杆菌门含量(P0.05),添加0.30%或0.45%酵母壁多糖能显著增加盲肠厚壁菌门含量(P0.05),添加0.45%酵母壁多糖还能提高仔猪盲肠软壁菌门含量(P0.05);酵母壁多糖具有降低盲肠变形菌门含量的趋势(P=0.066);普氏菌属为仔猪盲肠优势菌属,酵母壁多糖能显著提高仔猪盲肠厌氧弧菌属、瘤胃杆菌属、粪球菌属和考拉杆菌属的含量(P0.05),显著降低链球菌属的含量(P0.05)。由此可知,当酵母壁多糖添加量达到一定水平时,短期添加可提高断奶仔猪盲肠厚壁菌门以及瘤胃杆菌属和粪球菌属等优势菌群的含量。     

断奶仔猪胃肠道正常菌群的数量和分区

采用需氧、厌氧微生物学方法，对2头健康断奶仔猪胃、十二指肠、盲肠、回肠、直肠内容物中总菌落的数量和分区进行了研究。结果表明：健康仔猪消化道内总菌数为10．28，占优势的菌群分别为双歧杆菌10．22、小梭菌8．95、乳杆菌8．90、肠杆菌8．57、肠球菌8．37；不同部位总菌数差异不显著，十二指肠相对略高于其他部位；优势菌群随着不同部位变化有所差异。     

黄芪茎叶对断奶仔猪盲肠微生物区系的影响

本试验旨在探讨日粮中添加不同比例黄芪茎叶对断奶仔猪盲肠微生物区系的影响。选用24头健康的长×大二元杂交仔猪,按体重随机分成对照组、2.5%黄芪茎叶组、5%黄芪茎叶组和7.5%黄芪茎叶组4组,每组3个重复,每个重复2头仔猪,试验期为28 d。试验结束后,采用高通量测序方法对仔猪盲肠内容物进行分析。结果表明:断奶仔猪盲肠微生物的多样性随黄芪茎叶的添加量不同发生改变,其中2.5%组的微生物多样性最高,盲肠内容物中微生物菌群以Firmicutes(厚壁菌门)和Bacteroidetes(拟杆菌门)为主,占总含量92%以上;在属水平上,2.5%黄芪茎叶组与7.5%黄芪茎叶组的优势菌属数量最高为11种,其中Prevotella菌属的丰度最高。综上所述,在仔猪日粮中添加适量的黄芪茎叶,可降低盲肠p H及提高微生物多样性,有利于断奶仔猪的健康生长。     

青粗饲料喂猪的原理与实践

1猪利用青粗饲料的生理基础猪属于单胃、杂食、后消化道发酵动物。猪的大肠全长约4～4.5m,包括盲肠、结肠和直肠。猪的盲肠和前结肠每分种蠕动4～10次,前结肠的逆蠕动把食糜送入盲肠,盲肠的蠕动又把食糜推入结肠,这样食糜就在盲肠和结肠间来回移动,使食糜能在大肠中停留较长时间,增进消化吸收,并为微生物活动创造了良好条件[1][2]。研究表明,猪大肠内的微生物区系包含高活性的反刍纤维素分解菌属和半纤维素分解菌,其中包括琥珀酸生成纤维菌(Fibrobactersuccinogenes)、白瘤胃球菌属(Ruminococcusalbus)、生黄瘤胃球菌(Ruminococcusflavefa…     

四川白鹅不同肠段菌群多样性比较研究

试验利用Illimina MiSeq高通量测序对70日龄四川白鹅十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物进行微生物多样性分析。结果显示:①4个肠段微生物群落的α多样性(菌群丰度上)存在显著差异(P0.05);②4个肠段的菌群结构在6个菌门和13个菌属的相对丰度存在显著差异(P0.05);③盲肠微生物在7个菌属(脱硫弧菌属、拟杆菌属、拟杆菌属、相炭疽杆菌属、瘤胃球菌属、韦荣球菌属和Butycricimonas菌属)的相对丰度都显著高于其他3个肠段(P0.05),但是空肠的链球菌属和回肠的SMB53菌属的相对丰度均显著高于其他3个肠段(P0.05)。结果提示:鹅不同肠段的菌群组成存在显著差异,回肠和空肠微生物都参与粗纤维的消化,盲肠消化粗纤维的能力要强于其他3个肠段。     

瘤胃保护性5-羟基色氨酸对绵羊肠道内容物褪黑素含量及菌群结构的影响

本试验旨在研究不同水平瘤胃保护性5-羟基色氨酸对绵羊胃肠道内容物中褪黑素含量及细菌多样性的影响,探究通过5-羟基色氨酸调节绵羊胃肠道细菌多样性的可能性。试验选取3岁、平均体重为(47.79±3.70)kg的健康哈萨克母羊15只,按体重相近原则随机分为3组,每组5只,分别为对照组和Ⅰ、Ⅱ组,每天每只羊的粉状精料饲喂量为1.2%(以体重计),玉米青贮为1.8 kg,混合干草自由采食,在此基础上,Ⅰ、Ⅱ组试验羊分别饲喂111、222 mg/(kg·BW)瘤胃保护性5-羟色氨酸,进行25 d的饲养试验。试验结束当天晨饲后6 h后立即宰杀全部绵羊,取其空肠、回肠、结肠、盲肠内容物测定褪黑素含量及菌群结构。结果表明,Ⅰ组结肠内容物,Ⅱ空肠、结肠内容物中褪黑素含量均极显著高于对照组(P<0.01),Ⅰ、Ⅱ组回肠、盲肠内容物中褪黑素含量均低于对照组,但差异不显著(P>0.05)。Ⅰ、Ⅱ组空肠和盲肠内容物细菌菌群ACE、Chaol指数均低于对照组(P>0.05)。3组盲肠、结肠内容物中细菌多样性在门、属水平上均无显著差异(P>0.05)。而与对照组相比,Ⅰ组空肠内容物细菌中厚壁菌门相对丰度显著增加(P<0.05),无壁菌门相对丰度显著降低(P<0.05);在属水平上,Ⅱ组空肠内容物中Aeriscardovia属相对丰度显著增加(P<0.05)。在回肠内容物中,Ⅰ、Ⅱ组疣微菌属Ruminococcaceae-NK4A214相对丰度显著高于对照组(P<0.05),而梭状芽胞杆菌属、Romboutsia的相对丰度均显著低于对照组(P<0.05)。综上所述,瘤胃保护性5-羟基色氨酸使成年绵羊结肠内容物中褪黑素含量增加,但对肠道菌群多样性无显著影响。     

鸭瘟病毒强毒感染鸭肠道菌群的分子解析

应用ERIC-PCR法对鸭瘟病毒强毒株经皮下和口服感染20日龄鸭的十二指肠、空肠、回肠、盲肠和直肠中细菌菌群的结构多样性和动态变化进行了检测.结果表明:对照鸭肠道内的菌群结构相对稳定,其中十二指肠和空肠的ERIC-PCR条带最少,盲肠最多;皮下感染24 h和口服48 h前,各肠段ERIC-PCR扩增条带没有明显变化,皮下感染48 h的鸭盲肠、口服感染72 h的鸭盲肠和回肠条带数量明显增加,随着感染时间的延长,条带数呈逐渐减少的趋势,死亡鸭各肠段的条带最少.对ERIC-PCR扩增条带中主带的测序结果表明,大肠杆菌、志贺菌、沙门杆菌等需氧菌或兼性厌氧菌成为皮下感染鸭的直肠、口服感染鸭的盲肠(回肠和直肠)的优势菌群;口服感染鸭的回肠中一个未知菌成为优势菌群.     

瘤胃保护性5-羟基色氨酸对绵羊肠道内容物褪黑素含量及菌群结构的影响

本试验旨在研究不同水平瘤胃保护性5-羟基色氨酸对绵羊胃肠道内容物中褪黑素含量及细菌多样性的影响,探究通过5-羟基色氨酸调节绵羊胃肠道细菌多样性的可能性。试验选取3岁、平均体重为(47.79±3.70)kg的健康哈萨克母羊15只,按体重相近原则随机分为3组,每组5只,分别为对照组和Ⅰ、Ⅱ组,每天每只羊的粉状精料饲喂量为1.2%(以体重计),玉米青贮为1.8 kg,混合干草自由采食,在此基础上,Ⅰ、Ⅱ组试验羊分别饲喂111、222 mg/(kg·BW)瘤胃保护性5-羟色氨酸,进行25 d的饲养试验。试验结束当天晨饲后6 h后立即宰杀全部绵羊,取其空肠、回肠、结肠、盲肠内容物测定褪黑素含量及菌群结构。结果表明,Ⅰ组结肠内容物,Ⅱ空肠、结肠内容物中褪黑素含量均极显著高于对照组(P0.01),Ⅰ、Ⅱ组回肠、盲肠内容物中褪黑素含量均低于对照组,但差异不显著(P0.05)。Ⅰ、Ⅱ组空肠和盲肠内容物细菌菌群ACE、Chaol指数均低于对照组(P0.05)。3组盲肠、结肠内容物中细菌多样性在门、属水平上均无显著差异(P0.05)。而与对照组相比,Ⅰ组空肠内容物细菌中厚壁菌门相对丰度显著增加(P0.05),无壁菌门相对丰度显著降低(P0.05);在属水平上,Ⅱ组空肠内容物中Aeriscardovia属相对丰度显著增加(P0.05)。在回肠内容物中,Ⅰ、Ⅱ组疣微菌属Ruminococcaceae-NK4A214相对丰度显著高于对照组(P0.05),而梭状芽胞杆菌属、Romboutsia的相对丰度均显著低于对照组(P0.05)。综上所述,瘤胃保护性5-羟基色氨酸使成年绵羊结肠内容物中褪黑素含量增加,但对肠道菌群多样性无显著影响。     

发酵饲料对断奶仔猪肠道菌群的影响

本试验旨在研究发酵饲料对断奶仔猪肠道菌群的影响。将27头平均体重6.83 kg的28日龄断奶仔猪随机分为3个处理,即试验I组(基础日粮)、试验Ⅱ组(基础日粮+20%的过夜水)、试验Ⅲ组(基础日粮+菌液+20%过夜水)。试验期为15 d。试验结果表明,Ⅲ组十二指肠、空肠、回肠、盲肠和结肠中乳酸杆菌的数量显著高于Ⅰ组和Ⅱ组(P0.05);Ⅲ组回肠、结肠中的芽孢杆菌数量显著高于Ⅰ组和Ⅱ组(P0.05),其余各组差异不显著(P0.05);Ⅲ组回肠、盲肠和结肠中大肠杆菌数量显著低于Ⅰ组和Ⅱ组(P0.05),其余各组差异不显著(P0.05)。发酵饲料可改善断奶仔猪肠道菌群构成,有助于减少仔猪腹泻和增强仔猪对营养物质的消化吸收能力。     

发酵饲料对仔鸡肠道微生物群落多样性影响

试验旨在研究发酵饲料对仔鸡十二指肠、空肠、回肠和盲肠中微生物菌群结构和多样性的影响,分析发酵饲料对仔鸡生长和健康的作用机理。选取1日龄海兰褐蛋仔鸡360只,随机分为3个处理组,每组6个重复,三组分别饲喂基础日粮、基础日粮+抗生素、基础日粮+发酵饲料,饲养56d,采用Illumina MiSeq测序技术测定各组蛋仔鸡肠道微生物群落结构和分布。结果显示:Chao1指数和Shannon指数表明,非发酵饲料组中微生物丰度和多样性均显著高于发酵饲料组,各组十二指肠、空肠、回肠的菌群丰度和多样性均显著高于盲肠;饲喂发酵饲料能显著增加乳杆菌丰度,同时降低肠道中脱硫弧菌属、螺杆菌等致病菌的数目,也间接证明乳杆菌可以抑制脱硫弧菌增殖,预防肠道疾病;饲喂发酵饲料能增加厚壁菌门丰度,显著降低拟杆菌门/厚壁菌门的比例,促进仔鸡的生长。     

宫内发育迟缓仔猪断奶后肠道菌群特征及其与生长的潜在联系

本试验旨在研究正常体重(NBW)仔猪和宫内发育迟缓(IUGR)仔猪肠道菌群的定植特征及其与器官生长发育的潜在联系。试验选取NBW仔猪和IUGR仔猪各12头,21日龄断奶后转至单栏饲喂,经7 d适应后,开始为期28 d的饲养试验。分别于试验的第0和28天空腹称重并记录,屠宰后分离肝脏、脾脏和胰腺称重;分离空肠、回肠和结肠称重并测量长度,采集肠内容物进行微生物组分析。结果表明,与NBW仔猪相比,IUGR仔猪的末重、肝脏重、空肠重和长度均显著降低(P<0.05),而肝脏系数,回肠重、长度和系数以及结肠重、长度与系数均显著升高(P<0.05)。NBW仔猪和IUGR仔猪空肠、回肠和结肠微生物α和β多样性均无明显改变,而IUGR仔猪空肠变形菌门(Proteobacteria)丰度呈升高趋势(P=0.08),回肠Proteobacteria和放线菌门(Actinobacteria)丰度显著升高、厚壁菌门(Firmicutes)丰度显著降低(P<0.05)。此外,Spearman分析发现肠道菌丰度与仔猪器官发育密切相关,其中呈显著负相关(P<0.05)的包括：空肠葡萄球菌属(S...     

ERIC-PCR技术分析葛根芩连汤对抗生素相关性腹泻模型肠道菌群结构的影响

为了探讨葛根芩连汤对抗生素相关性腹泻(AAD)模型肠道菌群的微生态的调理作用,试验复制AAD模型,将试验动物随机分为对照组、模型组和用药组,用药组用葛根芩连汤进行治疗,于给药7天和14天分别处死巴马小型猪并收集不同肠段的内容物(包括十二指肠、空肠、回肠、盲肠和结肠)作为检测样品,采用ERIC-PCR技术对动物模型的十二指肠、空肠、回肠、盲肠和结肠中细菌菌群的结构多样性进行检测。结果表明:对照组巴马小型猪肠道菌群结构相对稳定,ERIC-PCR条带数量以盲肠最多,其次是结肠、十二指肠、空肠和回肠;模型组巴马小型猪各肠段ERIC-PCR扩增条带数相比较于对照组明显减少;用药组巴马小型猪各肠段ERIC-PCR扩增条带数随着用药时间的延长呈现正常的趋势。说明葛根芩连汤具有调整AAD导致的菌群紊乱的功能。     

鸭不同肠段内菌群结构分析与拟杆菌分布研究

旨在分析健康鸭十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物菌群组成、多样性特征以及拟杆菌分布。本研究选择健康高邮鸭20只,公母各半,70日龄时无菌采集十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物,提取肠道内容物细菌基因组,利用IonS5TMXL平台进行高通量测序,分析肠道内容物菌群结构与丰度特征以及拟杆菌的分布。结果表明,十二指肠、空肠内容物菌群丰度显著高于回肠和盲肠内容物（P<0.05）,回肠内容物菌群多样性最低;十二指肠和空肠内菌群群落结构较为相似,与回肠,特别是盲肠的相似度较小。健康鸭肠内优势菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和梭杆菌门（Fusobacteria）,上述菌门在各肠段内容物中相对丰度不同;不同肠段内容物中定植了不同差异微生物物种,十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物中差异菌门分别是变形菌门、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门和拟杆菌门。鸭肠道中共分析到28种拟杆菌种,其中B.acidifaciens、B.barnesiae、B.caccae、B.caecicola、B.coprocola、B.sp和B.luti在盲肠内容物中显著聚类,且B.caecigallinarum、B.plebeius和B.barnesiae在鸭盲肠中优势定植。结果显示,鸭肠段空间显著影响了其内容物中菌群丰度与多样性,不同肠段内定植了差异的优势微生物物种,这可能与肠段小环境以及功能一致,在盲肠内容物中优势定植拟杆菌,推测可能与鸭盲肠生理生化功能相关。     

日粮叶酸水平对断奶仔猪器官重量、消化道pH、短链脂肪酸浓度和肠道菌群的影响

越来越多的研究表明叶酸可以促进胃肠道健康,调节肠道菌群的多样性,缓解仔猪断奶应激。本研究旨在探讨叶酸对断奶仔猪器官重量、消化道p H值、短链脂肪酸(SCFAs)浓度和肠道菌群的影响。选择28头小猪(体重范围在6.73±0.62kg)随机分为4个处理组,分别为对照组、3 mg/kg叶酸添加组、9 mg/kg叶酸添加组和18 mg/kg叶酸添加组,为期14天。结果表明,叶酸添加量为9和18 mg/kg组仔猪肝脏和脾脏质量均显著高于对照组(P 0.05)。添加9 mg/kg和18 mg/kg叶酸可显著地提高仔猪的胃内的p H值(P 0.05),并有降低盲肠p H值的趋势(P 0.10)。添加9 mg/kg和18 mg/kg叶酸对仔猪的短链脂肪酸代谢有积极影响;尤其与对照组相比,9 mg/kg和18 mg/kg叶酸添加组中盲肠和结肠的乙酸和戊酸含量均显著升高(P 0.05),异丁酸、丁酸和异戊酸在结肠中呈增加趋势(P 0.10)。在属水平上,和对照组相比,9 mg/kg叶酸添加组盲肠罗伊氏乳杆菌,唾液乳杆菌和粘膜乳杆菌的相对丰度较高(P 0.05)。通过功能通路分析预测,叶酸可能通过改变断奶仔猪的肠道菌群功能从而改变对营养物质的代谢;盲肠中乳酸杆菌丰度与乙酸含量呈正相关。以上结果表明:饲粮中添加叶酸可增加断奶仔猪的器官重量和胃内p H值,并对肠道健康产生有益影响,这可能归因于叶酸引起的肠道菌群的改变以及肠道菌群与SCFAs的相互作用。     

利用16 Sr-DNA高通量测序技术对发酵床垫料微生物区系的分析

本研究旨在了解发酵床养猪垫料微生物菌群区系结构,探索菌种及垫料对发酵床垫料微生物区系的影响。将商业菌、土著菌分别接种于含稻壳与锯末成分比为1∶1和2∶1垫料中,制作成四个处理组的发酵床,经154d猪饲养试验后,收集发酵床垫料,采用16Sr-DNA高通量测序技术对发酵床中微生物区系进行测定分析。结果表明:(1)丰富度方面,土著菌(Chao指数:10175~10754)丰富度高于商业菌(Chao指数:6720~7554);(2)相似性方面,商业菌种处理的菌群结构受垫料因素的影响较小,土著菌处理的菌群结构受垫料因素的影响较大;(3)多样性方面,垫料对菌群多样性的影响较菌种对其的影响大,且稻壳与锯末比值为2∶1的垫料微生物多样性(shannon指数:6.64~6.91)高于稻壳与锯末比值1∶1的垫料微生物多样性(shannon指数:5.90~5.94);(4)菌群组成方面,发酵床垫料菌群主要由4个门组成:拟杆菌门(27.66%~60.93%)、厚壁菌门(13.41%~34.21%)、变形菌门(10.28%~14.71%)和放线菌门(4.63%~26.24%),并从属水平上确定了Galbibacter为发酵床垫料微生物的优势菌属。试验发现菌种和垫料对发酵床垫料微生物区系的丰富度、相似性、多样性均有不同程度的影响。     

重庆地区3个地方品种哺乳仔猪和断奶仔猪结肠菌群比较研究北大核心CSCD

本研究旨在通过监测重庆地区特色动物品种合川黑猪、盆周山地猪和荣昌猪断奶前后的结肠菌群结构,比较分析不同猪种断奶前后的结肠菌群组成特点,探讨断奶前后2个阶段以及不同品种对仔猪肠道菌群的影响。试验样品采集于2018年4月,每个猪种随机选取5头哺乳仔猪(21~25日龄,35日龄断奶)和5头断奶仔猪(30~40日龄),无菌采集每头猪的结肠内容物,提取总DNA,利用细菌通用引物对16S rRNA的V3~V4区进行扩增,通过Illumina Hiseq测序平台对扩增产物进行高通量测序,对优化后的测序序列进行统计分析。结果表明:3个地方猪种哺乳仔猪和断奶仔猪的结肠内容物菌群主要由厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)组成。beta多样性分析发现,哺乳仔猪和断奶仔猪的结肠菌群明显分成了2簇,而3个猪种间的结肠菌群未出现明显组内聚类。在门水平上,梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)在哺乳仔猪结肠内容物中的相对丰度均显著高于断奶仔猪(P<0.05),而不同品种间各菌门相对丰度没有显著差异(P>0.05)。在属水平上,拟杆菌属(Bacteroides)、梭杆菌属(Fusobacterium)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、红螺菌属(Rhodospirillum)和Bradymonadales 5个主要细菌属在哺乳仔猪结肠内容物中的相对丰度显著高于断奶仔猪(P<0.05),而普氏菌属(Prevotella)、Intestinibacter和溶杆菌属(Solobacterium)等8个主要细菌属在断奶仔猪结肠内容物中的相对丰度显著高于哺乳仔猪(P<0.05);不同品种间仔猪结肠内容物中的真细菌属(Eubacterium)、红螺菌属(Rhodospirillum)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)和琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)的相对丰度存在显著差异(P<0.05)。以上结果表明,断奶前后2个生长阶段对仔猪结肠菌群的影响较不同品种更为明显。