湖羊产羔性状的微卫星标记与可能生产力的关联性分析

选择位于绵羊第6号染色体上与多胎基因（Fec^B）紧密连锁的微卫星OarAE101、BM1329、BM143和OarHH55标记以及位于第4号染色体上的OarHH35标记对湖羊的产羔性状进行研究,结果显示：湖羊的5个微卫星座位都达到了高度多态水平（PIC〉0．5）,5个微卫星座位可以用于湖羊产羔性状的遗传多样性的评估。方差分析结果表明：5个基因座中OarAE101、BM143各基因型产羔数生产力之间存在极显著差异（P〈0．01）,OarHH35各基因型产羔数可能生产力之间存在显著差异（0.01〈P〈0．05）,BM1329、OarHH55各基因型产羔数可能生产力之间差异不显著（P〉0．05）。在OarAE101标记中107／113的产羔数最小二乘平均值为最大,与基因型103／113、107／107、101／111、113／113、107／111和103／103之间产羔数可能生产力最小二乘平均值差异不显著（P〉0．05）,但与101／101和103／107之间产羔数最小二乘平均值差异显著（O．01〈P〈0．05）,与115／115和111／111之间产羔数可能生产力最小二乘平均值差异极显著（P〈0．01）。在OarHH35标记中139／139的产羔数可能生产力最小二乘平均值为最大,与基因型139／141、139／127、137／125之间产羔数可能生产力最小二乘平均值差异不显著（P〉0．05）,但与127／127、125／125和139／125之间产羔数可能生产力最小二乘平均值差异极显著（P〈0．01）。在BM143标记中118／118的产羔数可能生产力最小二乘平均值为最大,与基因型118／106、118／110、106／104和112／114之间产羔数可能生产力最小二乘平均值差异不显著（P〉0．05）,但与118／116和102／106之间产羔数可能生产力最小二乘平均值差异显著（0.01〈P〈0．05）,与102／104、112／102和116／112之间产羔数可能生产力最小二乘平均值差异极显著（P〈0．01）。研究将在今后湖羊品种的标记辅助选择和分子育种中具有重要的应用价值。     

小尾寒羊产羔性状的微卫星标记研究

选用位于绵羊第6号染色体上与多胎基因(FecB)紧密连锁的微卫星OarAE101、BM1329、BM143和OarHH55以及位于第4号染色体上的OarHH35对小尾寒羊的产羔性状进行标记研究,结果发现5个微卫星基因座在小尾寒羊的PIC都达到了高度多态(PIC>0 5)水平。5个微卫星基因座标记小尾寒羊的产羔性状,以OarAE101效果最好,找到了6个显著标记;其次为BM1329,找到了4个显著标记;BM143和OarHH35分别找到了2个和3个显著标记;在OarHH55基因座上没有找到显著标记。以上所产生的15个显著标记中,与产羔数有极显著正相关(P<0 01)的标记有5个,其相关大小顺序依次为OarAE101的等位基因113bp、BM143的基因型118bp/106bp、OarHH35的等位基因139bp、OarAE101的等位基因103bp和OarAE101的基因型113bp/103bp;与产羔数呈显著正相关(P<0 05)的标记有2个,其相关大小顺序依次为OarHH35的基因型139bp/127bp、BM1329等位基因170bp;与产羔数呈极显著负相关(P<0 01)的标记有4个,其负相关强弱顺序依次为OarAE101基因型111bp/101bp、OarAE101的等位基因111bp、BM1329的等位基因168bp、OarAE101的等位基因101bp;与产羔数呈显著负相关(P<0 05)的标记有4个,其负相关强弱顺序依次为BM143等位基因116bp、BM1329的等位基因186bp、BM1329基因型186bp/168bp、Oa     

黄淮山羊微卫星多态性及其与产羔数相关性的研究

以绵羊FecB、GDF9和BMP15为候选基因,同时选择绵羊6号染色体与FecB基因紧密连锁的6个微卫星标记,分析其在黄淮山羊中的多态性及其与产羔数的关系。结果表明:在黄淮山羊中均未发现FecB、GDF9基因和BMP15基因突变。微卫星Lscv043、BMS2508、300U、GC101均为多态位点;而GC101与产羔数具有较强的相关性,在GC1013种基因型中200bp/238bp基因型群体对应的第1胎产羔数和第2胎产羔数均显著高于其他2种基因型群体的对应产羔数(P<0.05);但是各基因型群体之间第3胎产羔数差异不明显;同样基因型200bp/238bp对应群体的平均产羔数极显著高于其他2种基因型群体的平均产羔数(P<0.01)。其他位点的不同基因型群体之间产羔数差异均不明显。这些结果表明,FecB基因所在区域位点对山羊产羔数亦具有一定影响,可以作为山羊早期选育的理论依据。     

微卫星标记BM1329在2个山羊品种中的初步研究

依据微卫星标记在相近物种中具有高度保守性这一特点,选择与绵羊高繁殖力主效基因FecB紧密连锁的一个微卫星标记BM1329,分析其在云南黑山羊和努比山羊中的多态性以及与山羊产羔数的关系。结果表明:微卫星标记BM1329在2个山羊品种中均存在AA、AB和BB型3种基因型。统计检验表明,品种与基因型显著相关,云南黑山羊以AA型为主,努比羊以AB型为主。虽然本研究表明微卫星标记BM1329不同基因型最小二乘山羊产羔均数差异不显著,但云南黑山羊与努比羊的产羔数差异极显著,即存在AB型山羊产羔数大于AA型山羊产羔数的趋势,所以微卫星标记BM1329仍可作为探讨山羊高繁殖性能的一个候选标记进行深入研究。     

2个山羊品种多胎性状的微卫星标记研究

根据比较基因组学原理,选择与绵羊高繁殖力紧密关联的4个微卫星标记OarAE101、OarHH55、BM1329、BMS2508,分析其在波尔山羊和西农莎能奶山羊中的多态性分布情况。结果表明,4个微卫星标记在波尔山羊中的多态信息含量（PIC）分别为0.834 0、0.722 2、0.802 1、0.685 5,有效等位基因数（Ne）分别为6.719、4.098、5.610、3.542;在莎能奶山羊中的PIC分别为0.765 5、0.738 7、0.670 1、0.682 0,Ne分别为4.849、4.360、3.520、3.609。4个微卫星基因座对波尔山羊和莎能奶山羊的产羔数效应分析表明,在波尔山羊群体中,OarAE101基因座126 bp等位基因对产羔数具有正效应,而134 bp则呈负效应;OarHH55基因座120和124 bp等位基因对产羔数具有正效应,而130 bp/140 bp基因型则呈负效应;BM1329基因座185 bp等位基因对产羔数具有正效应,而176 bp等位基因和215 bp/240 bp基因型均呈负效应;BMS2508基因座118 bp等位基因对产羔数具有正效应,而122 bp/141 bp基因型和148 bp等位基因均呈负效应。在西农莎能奶山羊群体中,OarAE101基因座108 bp等位基因和114 bp/126 bp基因型对产羔数均呈正效应,而124 bp等位基因则呈负效应;OarHH55基因座120 bp等位基因对产羔数呈正效应,而150 bp/165 bp基因型呈负效应;BM1329基因座185 bp等位基因对产羔数呈正效应,而176 bp等位基因和215 bp/240 bp基因型则均呈负效应;BMS2508基因座118 bp等位基因对产羔数呈正效应,而141 bp等位基因和153 bp/160 bp基因型均呈负效应。     

云上黑山羊28号染色体上3个SNPs位点多态性与产羔数性状的关联分析

为验证和挖掘山羊产羔性状的分子标记和主效基因,选取前期研究获得的位于云上黑山羊28号染色体上3个与产羔数性状存在潜在关联的SNPs位点（rs268286450、rs268286391和rs268244272）,采用MassARRAY飞行质谱列阵技术对541个云上黑山羊DNA样本进行SNP分型,并结合其产羔数进行关联分析。结果显示,3个SNPs位点均存在多态性,rs268286450位点在28号染色体第28 498 787 bp处发生C→T碱基突变,rs268286391位点在28号染色体第30 971 277 bp处发生A→C碱基突变,rs268244272位点在28号染色体第2 707 491 bp处发生T→C碱基突变,3个位点多态信息含量（PIC）分别为0.36、0.32和0.21;rs268286450和rs268286391位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态（P<0.01）,而rs268244272位点处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）;rs268244272位点存在3种基因型CC、TT和TC,TT基因型频率为0.75,为野生基因型,TC基因型频率为0.22,为突变基因型,3种基因型最小二乘均值比较显示,TC基因型产羔数最小二乘均值与TT基因型差异极显著（P<0.01）,与CC基因型差异不显著（P>0.05）,TT与CC基因型产羔数最小二乘均值差异也不显著（P>0.05）,TC基因型云上黑山羊产羔数上调。关联分析结果显示,rs268286450和rs268286391位点多态性与云上黑山羊产羔数关联不显著（P>0.05）,rs268244272位点多态性与产羔数性状存在显著相关（P<0.05）。综上,云上黑山羊28号染色体上rs268244272位点多态性与产羔数性状显著相关,可作为云上黑山羊产羔数性状的分子标记在其高繁品系选育中加以应用。     

绵羊SPP1和PLCB3基因多态性与产羔数的关联分析

试验旨在探究SPP1基因g.36651870T>C位点多态性、PLCB3基因g.41871219T>C位点多态性与绵羊产羔数之间的关系,以期寻找绵羊产羔数性状相关的分子标记。利用全基因组重测序结合Sequenom MassARRAY誖SNP技术对多羔羊(小尾寒羊、湖羊、策勒黑羊)和单羔羊(滩羊、苏尼特羊、萨福克羊和草原型藏羊)7个绵羊品种SPP1、PLCB3基因的2个位点进行多态性检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。结果表明:2个位点均存在TT、TC和CC三种基因型。SPP1基因g.36651870T>C位点的基因型频率和等位基因频率在两类绵羊品种间差异极显著(P<0.01);PLCB3基因g.41871219T>C位点基因型频率在两类绵羊品种间差异不显著(P>0.05),等位基因频率差异显著(P<0.05)。群体遗传学分析表明,SPP1基因g.36651870T>C位点在小尾寒羊、苏尼特羊、萨福克羊和湖羊中均表现为中度多态(0.25≤PIC<0.5),在滩羊、策勒黑羊和草原型藏羊中表现为低度多态(PIC<0.25);PLCB3基因g.41871219T>C位点在滩羊中表现为中度多态(0.25≤PIC<0.5),在其余6个绵羊品种中均表现为低度多态(PIC<0.25)。卡方适合性检验表明,SPP1基因g.36651870T>C位点在7个绵羊品种中均处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05);PLCB3基因g.41871219T>C位点在小尾寒羊、滩羊、苏尼特羊、策勒黑羊、草原型藏羊5个品种中处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05)。关联分析表明,PLCB3基因g.41871219T>C位点多态性与小尾寒羊第1胎产羔数有显著关联(P<0.05),TT基因型个体产羔数显著高于CC基因型个体;SPP1基因g.36651870T>C位点多态性与小尾寒羊不同胎次产羔数之间无显著关联(P>0.05)。综上,PLCB3基因g.41871219T>C位点对小尾寒羊产羔数性状选育具有一定的参考意义,SPP1基因g.36651870T>C位点不适用于小尾寒羊产羔数性状选育。     

微卫星标记OarAE101和BM143在4个山羊品种中的研究

选择与Booroola羊高繁殖力主效基因Fec^B紧密连锁的2个微卫星标记OarAE101和BM143，分析其在湘东黑山羊、南江黄羊、贵州黑山羊、波尔山羊中的多态分布情况。结果表明微卫星标记OarAE101在4个山羊品种中的等位基因数分别为10、8、6和8，BM143在4个山羊品种中的等位基因数分别为10、8、6和8，OarAE101／BM143在湘东黑山羊、南江黄羊、贵州黑山羊、波尔山羊中的多态信息含量值分别为0．8742／0．8052，0．7969／0．8093，0．7564／0．7462和0．7964／0．7340。湘东黑山羊OarAE101基因型为107bp／111bp基因型所对应的产羔数最小二乘均值最高（4．0头／胎），纯合基因型109bp／109bp、107bp／107bp、119bp／119bp、111bp／111bp和125bp／125bp所对应的产羔数最小二乘平均值较高，分别为2．67、2．5、2．4、2．33和2．25只／胎，故等位基因107、109、111、119和125bp对湘东黑山羊产羔数具有正效应。湘东黑山羊BM143基因型为100bp／106bp和106bp／112bp所对应的产羔数最小二乘平均值达3只／胎，BM143等位基因104、106和110bp与湘东黑山羊产羔数有显著正效应。     

Booroola羊FecB基因的遗传标记研究进展

从美利奴绵羊中衍生出来的Booroola羊携带增加排卵数和产羔数的一个常染色体突变基因(FecB).基因效应对排卵数是加性的,对产羔数是部分显性的.该位点已被定位到绵羊6号染色体上微卫星标记OarAE101和BM1329之间一个10cM区间内.正在开展限定紧密的侧翼标记的研究工作.     

鲁中肉羊BMPR1B、BMP15和GDF9基因多态性与产羔数关联分析

为分析绵羊已知多羔主效基因BMPR1B、BMP15和GDF9的多态性与鲁中肉羊产羔数之间的关系,采用Sequenom MassARRAY■SNP技术检测鲁中肉羊BMPR1B、BMP15和GDF9基因中已知主效位点多态性,并与产羔数进行关联分析。结果表明:BMPR1B基因在鲁中肉羊中存在FecB突变,GDF9基因6个分型位点仅4个位点(G1、G3、G4、G5)在鲁中肉羊中存在多态,BMP15基因中5个分型位点在鲁中肉羊中均不存在多态性。FecB基因3种基因型(CC、CT、TT)突变频率分别为0.16、0.58和0.26,此位点多态性较高(0.25相似文献   

Genetic variation of ten microsatellite loci in Makui sheep of Iran

The native breeds, because of their natural selection against harsh environment and adaptation to regional conditions are important to resource-poor farmers and pastoralists. The molecular characterization of genetic variation is a fundamental step to manage and conserve indigenous breeds. The aim of this study was to determine the genetic variation of Makui sheep. Totally, 100 sheep (60 ewes, 10 ram and 30 lambs) were used in this study. Polymerase Chain Reaction (PCR) was performed using microsatellite primers BM1329, OarAE101, OarFCB11, OarFCB128, OarFCB129, OarFCB20, OarFCB304, OarFCB5, OarHH35 and OarHH55 in a standard 25 μl reaction. All microsatellite loci were amplified and produced minimum 2 and maximum 14 alleles ranging from 90 to 185 bp in size. The mean number of alleles for each locus was 6.8. Loci OarFCB128 and OarAE101 produced the highest (8.5288) and the lowest (1.0304) effective number of alleles, respectively. The mean expected heterozygosity for all loci was 0.6893 (range 0.0295–0.8837). The highest (2.12) and the lowest (0.07) Shanon Index was observed in OarFCB11 and OarAE101, respectively. Only two (OarFCB5 and OarAE101) out of ten loci were in Hardy-Weinberg equilibrium. The present study was able to demonstrate a reasonable genetic variation and polymorphism across all microsatellite loci studied in the Makui sheep.     

绵羊微卫星标记与部分毛用性状的关系研究

根据GenBank在绵羊1、6号染色体上选取了14个微卫星基因座，对被测绵羊群体所有的表型数据资料按基因型分组进行方差分析和多重比较，得出结论：ILSTS004、OarAE101、OarJMP8和BM1434个微卫星标记可以对羊毛自然长度性状进行标记；BM1824，BM6438和BM6506可以对羊毛细度进行标记。在绵羊6号染色体上的OarAE101、BM143和OarJMP83个位点之间或附近存在控制羊毛自然长度的QTLs；在绵羊第1号染色体的BM1824，BM6438和BM6506区域可能存在控制羊毛细度的QTLs。     

辽宁绒山羊7个微卫星位点的遗传多样性分析

试验分析了7个微卫星基因座位OarAE101、OarJMP8、BM143、BM6506、BM1824、BM6438I、LSTS004在辽宁绒山羊4个家系中的遗传多态性。结果表明,7个微卫星标记中仅有4个微卫星位点(OarAE101、OarJMP8、BM143、BM6506)表现出了多态性。OarAE101位点多态信息含量最高,为0.727;BM143位点多态信息含量最低,为0.526。在所标记群体中平均有效等位基因数为3.249个;平均多态信息含量为0.635;遗传杂合度均值为0.638。说明辽宁绒山羊品种内的遗传变异处于一个较高的水平,遗传多样性丰富,选择潜力很大。     

绵羊催乳素受体基因外显子10多态性及其与产羔数相关分析

采用PCR-SSCP技术检测催乳素受体(PRLR)基因外显子10在湖羊、小尾寒羊、洼地羊和阿勒泰羊中的单核苷酸多态性,研究该基因与湖羊高繁殖力的关联性。结果表明:4个绵羊品种在P2引物扩增区域均符合Hardy-Wenberg平衡,但P3引物只有阿勒泰羊符合Hardy-Wenberg平衡。P2扩增片段的不同基因型分布频率在4个品种间差异不显著(P0.05);而除阿勒泰羊P3扩增片段的基因型分布与其余3个品种间存在极显著差异(P0.01)外,其余各品种间基因型分布差异不显著(P0.05)。4个绵羊品种间产羔数存在极显著差异(P0.01),但不同基因型间产羔数差异不显著(P0.05);湖羊不同引物不同基因型产羔数的差异亦均不显著(P0.05)。本研究表明,PRLR基因不能作为湖羊高繁殖力的候选基因。     

神经肽Y基因多态性及其与小尾寒羊产羔数的关系

本研究旨在阐明神经肽Y(neuropeptide Y,NPY)基因的多态性及其与小尾寒羊产羔数的关系,为绵羊多羔性的标记辅助选择提供科学依据.采用PCR-SSCP技术检测NPY基因全部3个外显子在小尾寒羊、湖羊、特克塞尔和多赛特羊中的单核苷酸多态性,分析该基因对小尾寒羊多羔性的影响.仅引物P1扩增片段存在多态性,在小尾寒羊中检测到5种基因型,在湖羊和多赛特羊中检测到3种基因型,而在特克塞尔羊中仅枪测到1种基因型;测序分析显示,在小尾寒羊中存在CR、TR和TW3种等位基因,在湖羊和多赛特羊中存在CR和TR 2种等位基因,而在特克塞尔中仅存在CR 1种等位基因.TR与CR相比在绵羊NPY基因编码区第93 bp处发生了1个C→T的单碱基突变;TW与CR相比除发生C93T的单碱基突变外,还在130和131 bp发生了GA塞AT的双碱基突变,该突变引起绵羊NPY成熟肽第16位氨基酸由天冬氨酸变为异亮氨酸.对于多态位点C/T,小尾寒羊3种基因型之间产羔数差异均不显著(P＞0.05).对于多态位点GA/AT,RW型小尾寒羊产羔数平均比RR型的多0.56只(P＜0.05).在小尾寒羊5种复合基因型中,TTRW和CTRW型小尾寒羊产羔数差异不显著(P＞0.05);TTRR、CTRR和CCRR型小尾寒羊产羔数差异也不显著(P＞0.05);TTRW和CTRW型小尾寒羊产羔数均显著高于其余3种基因型(P＜0.05).本研究结果初步表明NPY基因GA/AT突变位点的W等位基因是提高绵羊产羔数的1个潜在有效的DNA标记.     

绵羊HAS2基因遗传变异及其与产羔性状关联性分析

利用PCR-SSCP和DNA测序法,首次检测了湖羊、小尾寒羊、洼地绵羊、阿勒泰羊中的HAS2基因,并对该基因第2和第3外显子部分单核苷酸多态性进行分析。结果表明:湖羊、小尾寒羊、洼地绵羊、阿勒泰羊在第2外显子中存在3种基因型,各是pp、pq、qq基因型;在第3外显子中存在2种基因型,为rr、rs基因型;HAS2基因第2外显子中发生1处C→A突变,第3外显子中发生1处A→G突变。经χ2适合性检验,4种绵羊在HAS2基因第2外显子上的基因型分布均不符合Hardy-Wenberg平衡,在第3外显子上的基因型分布全符合Hardy-Wenberg平衡。各基因型频率在4种绵羊间的分布均没有显著差异(P0.05);湖羊2个位点上的所有基因型在产羔数上差异均不显著(P0.05)。初步认为HAS2基因不能作为湖羊高繁殖力的候选基因。