一例鸡安卡拉病的实验室诊断与毒株鉴定

2016年5月份江苏省徐州市一养鸡场突发疑似鸡安卡拉病,并蔓延到周边地区。为了确诊该地区养鸡场鸡所发生疾病,并研究病毒分离株的基因遗传进化情况,试验根据鸡安卡拉病所属禽腺病毒(FAV)的相关基因组设计引物,建立鸡安卡拉病的PCR诊断方法。用鸡胚接种的方法进行病毒分离,并将分离出的病毒在SPF鸡上攻毒成功复制出该病例,获得鸡安卡拉病徐州株(SN2016),将SN2016株与国内其他毒株的Hexon基因进行遗传进化分析。结果表明:徐州地区该养鸡场发生的疾病为鸡安卡拉病,从该养鸡场分离出的鸡安卡拉病徐州株SN2016属于Ⅰ群禽腺病毒C基因型,与我国主要流行的FAV-C毒株(KT899324、FAU26221、NC_015323、HQ709228、EU931692、HE608152、KU587519)核苷酸序列的同源性最高,为95.8%～100%,与血清4型参考株在同一进化分支上。说明试验建立的PCR检测方法特异性良好,徐州地区该养鸡场发生的疾病是安卡拉病,分离株SN2016株的血清型为Ⅰ群禽腺病毒C基因型。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒NADC30-like毒株的分离鉴定

对河南漯河地区某养殖场检出的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)阳性病料进行处理,接种到原代猪肺泡巨噬细胞中,经细胞盲传成功分离出1株PRRSV毒株,命名为HeNLH2017株,并测定了该分离株在原代猪肺泡巨噬细胞上的生长曲线。为进一步分析该分离株的遗传进化特点,扩增测定了ORF5基因和部分Nsp2基因的核酸序列。核酸同源性分析显示,该分离毒株ORF5基因和Nsp2序列与NADC30毒株同源性最高,分别为93.4%和93.8%。遗传进化树分析显示,该分离株与我国2013年以来流行的NADC30-like(Lineage1)毒株处于同一进化分支。氨基酸序列比对分析显示,ORF5基因和Nsp2序列与NADC30-like毒株具有相似的遗传变异特点,且Nsp2序列存在特征性的131个不连续的氨基酸缺失。成功分离到1株NADC30-like毒株,有助于进一步认识NADC30-like毒株在河南地区的流行情况和临床致病特点。     

鸡传染性喉气管炎病毒贵州株gD基因的遗传进化分析

为了解在贵州省开阳县某养鸡场分离的1株鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV贵州株)的遗传进化情况,试验设计、合成1对鸡传染性喉气管炎病毒gD基因引物,并通过扩增、克隆、测序该基因,分析其遗传进化情况。结果:PCR扩增基因为1134 bp。基因测序显示,ILTV贵州株与国内黑龙江、江苏、上海和国外澳大利亚、突尼斯、美国、意大利的9株ILTV分离株核苷酸序列同源性较高,均在98.9%~99.1%之间。遗传进化分析显示,其与美国株处于不同分支,亲缘关系较远;与另外8株处于同一分支,亲缘关较近。结论:ILTV贵州株gD基因遗传稳定,进化保守,未发生明显变异,可为防控疫苗选择提供依据。     

观赏鸡中禽白血病病毒分离鉴定及全基因测序分析

为了解观赏禽元宝鸡中禽白血病病毒(ALV)的流行特点,通过接种DF-1细胞、ELISA和PCR检测,从元宝鸡中分离并鉴定出1株禽白血病病毒,命名为BJ1401。经PCR扩增、测序获得BJ1401的全基因序列。序列比对分析发现,病毒株BJ1401基因全长7 503 bp,其中,gp85基因核苷酸序列与C亚群同源性最高(91.6%),gp37、LTR与E亚群相应核苷酸序列同源性最高,分别为98.2%、91.6%。进化分析显示,gp85与C亚群代表株Prague C亲缘关系最近,gp37、LTR与E亚群代表株ev-1和SD0501处在同一进化分支上。表明观赏性元宝鸡中分离的禽白血病病毒BJ1401可能是C亚型与E型禽白血病病毒的重组病毒。     

一起禽肺病毒与H9亚型禽流感病毒混合感染的研究报道

从山东省一起疑似禽肺病毒感染的病例中分离到1株H9亚型禽流感病毒(H9 subtype Avian influenza virus,AIV-H9),未分离到禽肺病毒(Avian metapneumovirus,APV),但血清学检测发现APV-ELISA抗体参差不齐。根据已公布的APV的G基因和AIV-H9的HA基因序列分别设计合成引物,进行RT-PCR扩增,结果得到大小为692 bp和1683 bp的目的条带;测序分析发现,该发病鸡场感染的APV(SD/RZ/15)G基因片段与Genbank中登录的B型APV核苷酸序列同源性最高(92.1%~-94.5%)且遗传距离最近,处于同一个分支。分离到的AIV-H9毒株(CK/SD/RZ/H9/15)的HA基因与参考毒株的核苷酸序列同源性为87.3%~98.9%,遗传进化关系分析表明该分离毒株与近几年分离的H9处于同一个分支上。综合上述试验结果,确定该病例为B型APV与AIV-H9的混合感染引起。     

贵州省鸡心包积液-肝炎综合征实验室诊断与病原基因分型

为证实鸡心包积液-肝炎综合征(hydropericardium hepatitissyndrome,HHS)在贵州省的流行、病原遗传变异和基因分型情况,对贵州首个疑似HHS病例进行实验室检测,并基于Hexon基因进行病原基因分型。结果显示:病例组织材料中PCR扩增获得约295 bp特异性Hexon基因片段;基于Hexon基因分型显示,本病例病原与国内外报道的禽腺病毒Ⅰ群血清4型(FAd V-4)同源性高达100%,与禽腺病毒Ⅰ群代表株CELO株(U46933)同源性达到64.5%;系统进化分析显示,FAd V-4贵州流行株与禽腺病毒Ⅰ群代表株CELO株和FAd V-4国内外流行株均处于同一进化分支,而与禽腺病毒Ⅱ群和禽腺病毒Ⅲ群处于不同进化分支。结果表明:本病例确为贵州省首次报道HHS病例,病原基因分型为禽腺病毒Ⅰ群血清4型,研究结果为贵州省HHS防控提供参考。     

1株欧亚类禽猪流感病毒的分离鉴定及遗传进化分析

【目的】了解广东地区猪流感病毒(Swine influenza virus, SIV)的流行情况并探究其分子生物学特征。【方法】采集广东某猪场疑似猪流感病毒感染猪的鼻拭子和肺脏组织样品进行病毒分离鉴定、遗传进化和关键氨基酸位点分析。【结果】样品经实时荧光定量RT-PCR检测为猪流感病毒核酸阳性;在红细胞凝集试验中,该病毒对鸡红细胞有凝集作用,血凝效价为1∶128;8个基因片段序列结果经BLAST比对和进化树分析显示,HA、NA基因属于欧亚类禽猪流感病毒(H1N1)分支,PA、PB1、PB2、NP和M基因属pdm/09分支,NS基因属于北美三源重组分支,因此,本试验分离株属于G4基因型欧亚类禽猪流感病毒,将其命名为A/swine/Guangdong/CJM2/2022(H1N1)。关键氨基酸位点分析显示,分离株HA蛋白裂解位点序列为PSIQSR/GL,具有典型低致病性流感病毒的分子特征。HA基因在受体结合位点处的190、225、226位氨基酸分别为D、E、Q,表明其既具有结合人型唾液酸受体的潜能又具有结合禽型唾液酸受体的潜能。NA基因关键氨基酸残基均未发生突变,提示分离株对奥司他韦和扎那...     

禽白血病病毒贵州流行株env基因克隆与序列分析

为了解禽白血病病毒(ALV)贵州流行株的遗传变异情况及分子特征,本试验基于ALV env基因设计合成引物对禽白血病贵州临床病例进行目的基因扩增、克隆和序列分析。结果显示,从临床病例中筛选获得3份阳性样本,PCR扩增均获得大小约921 bp的目的基因片段,将其命名为:GZ-ALV-1株、GZ-ALV-2株和GZ-ALV-3株。序列分析结果显示,3株ALV贵州流行株之间核苷酸同源性在97.2%～97.6%之间,与国内外ALV-J的同源性相对较高,为93.1%～99.3%;而与A、B、C、D、E、K亚群ALV同源性仅为51.4%～53.2%。系统进化分析显示,3株ALV贵州流行株与ALV-J亚群参考株处于同一分支,表明本试验所检测的ALV毒株均为ALV-J亚群;与A、B、C、D、E、K亚群处于不同进化分支。基因变异分析显示,3株流行株37处相同核苷酸变异导致17处氨基酸发生位点变异,其中9个可变点在高变区hr1和hr2,1个可变点在低变区vr3。结果表明,3株ALV贵州流行株均为ALV-J亚群,env基因存在位点发生了变异,且可变位点位于序列高变区。本研究结果为明确贵州禽白血病流行概况及ALV的防控与净化提供基础数据。     

猪瘟病毒贵州株E2基因序列分析

为了解猪瘟病毒贵州株GZPD E2基因变异情况,为贵州猪瘟疫苗的选择提供参考依据,试验采用RT-PCR方法对GZPD E2基因进行扩增,并对目的基因进行克隆、测序和序列分析。结果:(1)RT-PCR扩增获得大小为1 343 bp的基因片段,与预期扩增大小相符。(2)目的基因克隆、测序分析显示,GZPD与国内毒株shimen株、C株等在 E2基因上存在较高的同源性,为94.9%～99.9%;与国外毒株GPE、Koslov等的核苷酸同源性为95.1%～95.3%。(3)进化分析显示,GZPD与HuBei、C-ZJ-2008、C-strain、HCLV处于同一进化分支,而与shimen、CSFV-GZ-2009、Koslov、GPE处于不同的进化分支。结果表明:猪瘟病毒贵州株GZPD在 E2基因上存在一定变异,提示贵州猪瘟病毒存在一定的进化。     

基于N基因的小反刍兽疫病毒贵州流行株分子特征与分群研究

为探讨小反刍兽疫病毒(peste des petits ruminants virus,PPRV)贵州流行株N基因分子特征和分群,试验设计了1对特异性引物,应用RT-PCR技术对小反刍兽疫(peste des petits ruminants,PPR)临床样本进行N基因扩增,克隆至pMD19-T载体,对阳性重组质粒进行测序,应用DANStar软件对测序序列和参考序列进行核苷酸同源性、氨基酸同源性、变异位点及系统进化树分析。结果显示:PPRV贵州流行株N基因扩增长度为1 578bp,其相互间核苷酸、氨基酸同源性分别为99.6%~100.0%及99.2%~100.0%,与国内参考株N基因的核苷酸序列(97.7%~99.9%)及氨基酸序列(98.3%~100.0%)同源性较国外参考株(88.5%~97.7%和92.2%~98.5%)高;PPRV贵州流行株N基因编码的氨基酸同疫苗株Nigeria 75-1相比存在26个位点突变,但没有氨基酸的缺失或增加;基于N基因系统进化分析显示,PPRV贵州流行株同国内参考株处于同一个进化分支,但与国外参考株处于不同进化分支;其属于病毒进化的Ⅳ基因群,与国内参考株处于同一系统分群,但与疫苗株Nigeria 75-1(Ⅰ基因群)处于不同基因群。     

基因重组型番鸭细小病毒FJM3的全基因组特征

从1例未免疫雏番鸭细小病毒活疫苗与鹅细小病毒活疫苗的临床病死雏番鸭脏器中成功分离到1株番鸭细小病毒(FJM3株)。为明确其基因组特征,运用PCR方法,扩增出番鸭细小病毒FJM3株全基因组。结果表明,FJM3株基因组全长为5017nt,其基因组结构和经典番鸭细小病毒参考毒株一致。序列比对结果表明,FJM3株全基因组序列与GenBank中登录的经典MDPV参考株(FM株)核苷酸序列同源性为94.0%,与番鸭源GPV参考株(Y株)核苷酸序列同源性为85.6%。全基因组遗传进化分析表明,FJM3株处于MDPV遗传进化分支;VP1基因遗传分析表明,FJM3株处于经典MDPV遗传进化分支;VP3遗传进化表明,FJM3株处于GPV遗传进化分支。对FJM3株和参考株(FM株、Y株和SYG61v)进行遗传重组分析表明,该毒株于存在2处MDPV与GPV的基因重组现象。     

禽白血病病毒贵州流行株env基因克隆与序列分析

为了解禽白血病病毒（ALV）贵州流行株的遗传变异情况及分子特征,本试验基于ALV env基因设计合成引物对禽白血病贵州临床病例进行目的基因扩增、克隆和序列分析。结果显示,从临床病例中筛选获得3份阳性样本,PCR扩增均获得大小约921 bp的目的基因片段,将其命名为：GZ-ALV-1株、GZ-ALV-2株和GZ-ALV-3株。序列分析结果显示,3株ALV贵州流行株之间核苷酸同源性在97.2%~97.6%之间,与国内外ALV-J的同源性相对较高,为93.1%~99.3%;而与A、B、C、D、E、K亚群ALV同源性仅为51.4%~53.2%。系统进化分析显示,3株ALV贵州流行株与ALV-J亚群参考株处于同一分支,表明本试验所检测的ALV毒株均为ALV-J亚群;与A、B、C、D、E、K亚群处于不同进化分支。基因变异分析显示,3株流行株37处相同核苷酸变异导致17处氨基酸发生位点变异,其中9个可变点在高变区hr1和hr2,1个可变点在低变区vr3。结果表明,3株ALV贵州流行株均为ALV-J亚群,env基因存在位点发生了变异,且可变位点位于序列高变区。本研究结果为明确贵州禽白血病流行概况及ALV的防控与净化提供基础数据。     

血管瘤禽白血病病毒FJ0610株的分离与鉴定

为了解禽白血病病毒在商品蛋鸡中的流行情况,试验采用病理剖检、聚合酶链式反应(PCR)以及间接免疫荧光试验(IFA)等方法对送检的疑似禽白血病病毒感染的商品蛋鸡进行了病毒分离与鉴定,并对分离株的致瘤相关基因gp85基因进行测序,与国内外各亚群禽白血病病毒进行对比。结果表明:分离、鉴定到1株J亚群血管瘤禽白血病病毒,命名为FJ0610;分离株gp85基因核苷酸序列同源性在11.5%～94.5%之间,其中与血管瘤禽白血病毒株ZH-08株同源性最高,而与E亚群毒株同源性最低;基于gp85核苷酸序列的系统进化分析表明FJ0610株的gp85序列与ZH-08株的亲缘关系最近。     

鸡传染性支气管炎病毒广西株N基因的克隆与序列分析

参照Gen Bank中鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的核酸序列设计了1对引物,利用RT-PCR扩增了1个广西分离株的N基因cDNA片段,并将其克隆到p MDl8-T载体中。序列分析结果表明,N基因序列全长为1 230 bp,编码1条409个氨基酸组成的多肽;分离株与国内外IBV参考毒株相比,核苷酸同源性为83.8%~99.9%,氨基酸同源性为88.4%~99.6%;分离株与LX4株、BJ株关系较近,与疫苗株处于不同的进化分支,亲缘关系较远,是新的IBV变异株。     

肉鸡禽呼肠孤病毒变异株的分离与致病性研究

为了解禽呼肠孤病毒(Avian reovirus,ARV)变异株在我国的流行情况,了解其生物学特性及致病特点,对吉林省某企业送检的病鸡关节组织进行病毒分离,通过RT-PCR检测、序列分析及动物回归试验对该分离病毒进行鉴定。结果显示:成功分离到1株肉鸡ARV变异株,将其命名为ARV-JL21-0102;σC基因遗传演化分析显示:该分离病毒与ARV基因Ⅱ型参考株ISR528处于同一进化分支,氨基酸序列相似性为89.8%,而与ARV基因Ⅰ型疫苗株S1133和HeB02株氨基酸序列相似性分别为56.3%和58.4%;该变异株在LMH细胞上增殖良好,对鸡胚和1日龄SPF雏鸡存在一定的致病性;与基因Ⅰ型HeB02株相比,变异株对鸡胚和SPF雏鸡致病性较弱,感染雏鸡发病时间推迟,雏鸡致死率较低。研究结果为全面了解ARV变异株的遗传进化特征和新型疫苗的研发奠定了基础。     

2018年广西活禽市场新城疫病毒分子流行病学分析

为跟踪调查广西活禽市场新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)的流行分布和分子演化特征,2018年在广西不同城市10个活禽市场随机采集鸡、鸭、鹅和鸽子泄殖腔和咽喉拭子样品2820份,通过病毒分离与F基因扩增和测序,分析其遗传进化特征。结果显示:从4种宿主中共分离得到54份NDV,包含CLASSⅠ基因1b亚型、CLASSⅡ基因Ⅰ型和CLASSⅡ基因Ⅻ型三种基因型,且发现同一宿主存在不同基因型混合感染的情况。CLASSⅠ基因1b亚型NDV占比最大(50/54,92.5%)。遗传进化分析显示,广西分离株与同基因型参考株处于不同的小分支,存在地域差异。     

牛支原体vspY基因克隆及序列分析研究

通过对牛支原体vspY蛋白基因的扩增、克隆及序列分析,研究vspY蛋白基因的保守性。结果:扩增vspY基因片段长度约为1 121 bp,vspY基因克隆测序显示基因片段确定为1 121 bp,与引物设计扩增长度相符;vspY基因序列分析显示,与牛支原体参考株基因同源性为98%,仅在533、728位点存在点突变;系统进化树显示,牛支原体贵州分离株与参考株处于不同系统进化分支,存在一定进化距离。结果表明:牛支原体vspY蛋白基因相对保守,不同地区分离株存在一定进化关系。     

雏番鸭基因IX型禽1型副黏病毒分离鉴定及F基因序列分析

自发病死亡雏番鸭中分离到一株(XBT14株)基因Ⅸ型禽1型副黏病毒,该病毒可引起雏鸭明显神经症状及急性死亡,致死率达44.4%;病毒融合(F)蛋白裂解位点处具有强毒株特有的多碱性氨基酸序列(112RRQRR↓F117),与Gen Bank数据库中已发布的基因IX型毒株核苷酸序列同源性高达99.7%~99.9%,与基因VII型毒株核苷酸序列同源性为85.5%~86.6%。该分离株与近来报道的GD09-2等基因IX型毒株处于同一进化分支。以上结果表明对水禽致死性的禽1型副黏病毒呈现基因型多样性,水禽禽1型副黏病毒病的防控日益严峻。     

河南土鸡群马立克病病毒流行毒株的分离鉴定及分子进化分析

本研究旨在分离鉴定河南鸡群马立克病病毒(Marek’s disease virus,MDV)流行毒株,了解当前MDV分子进化特征并为鸡马立克病(MD)的有效防控提供参考。根据MDV基因组设计了meq、gE、gI、gB、pp38以及132-bp重复序列基因的特异性引物,应用PCR扩增和DNA测序分析对河南焦作土鸡群8份MD疑似病例进行了确诊,并通过鸡胚成纤维细胞(CEF)盲传培养和间接免疫荧光试验(IFA)分离鉴定了3个流行毒株,分别命名为HNJZ101、HNJZ102和HNJZ103。结果显示,3个MDV分离株均为血清1型(MDV-1)毒株,未发生禽网状内皮增生症病毒(REV)共感染,并且132-bp重复序列基因均为双拷贝。meq、gE和gI基因核苷酸序列比对分析发现,临床病例样本及3个MDV新分离株的meq基因与国内外温和毒或疫苗毒株的meq基因核苷酸序列同源性仅为64.7%~78.8%,但与MDV强毒株的同源性高达98.9%~100.0%;gE和gI基因的核苷酸序列同源性均较高,分别为99.1%~99.9%和99.3%~100.0%。系统发生树分析结果表明,HNJZ101、HNJZ102和HNJZ103与绝大多数此前分离的河南毒株及国内MDV强毒株同处于一个大的进化分支。研究结果表明,3个分离株HNJZ101、HNJZ102和HNJZ103很可能是当前河南土鸡群中流行的致病性MDV-1毒株,其确切的致病型及导致免疫失败的原因仍有待进一步深入研究。     

禽传染性喉气管炎病毒分离鉴定及gD基因序列分析

河北省沧州市某养鸡场饲养的510日龄蛋鸡发生急性上呼吸道疫病。为确定病因,采集发病鸡气管组织样品处理后接种鸡胚,利用特异性引物进行禽传染性喉气管炎病毒（ILTV）、禽传染性支气管炎病毒、新城疫病毒、J型禽白血病病毒等有关病原的PCR扩增,结果从接种病毒的鸡胚绒毛尿囊液中只扩增出ILTV gD基因片段（1 133 bp）,将分离的毒株命名为Hebei2021株;将分离株扩增产物连接载体构建质粒,测序后进行核苷酸序列同源性分析、氨基酸序列比对,并对分离株及参考株gD基因序列进行遗传进化分析,利用在线预测服务器预测gD蛋白二级结构及糖基化位点。结果显示：分离株与国内外参考株及疫苗株gD基因的核苷酸同源性均在99.0%以上,与参考毒株相比仅极个别氨基酸序列位点发生突变;分离株与江苏省分离株之外的国内其他分离株均在同一进化分支上,与疫苗株相比其糖基化位点并未发生突变。结果表明,此次河北省分离株gD基因较为保守,变异程度较低,当前疫苗对ILTV依然有较好的免疫保护力。本研究为禽传染性喉气管炎的流行病学调查和疫苗选择提供了参考。