内蒙古地区乳样中牛支原体的分离及PCR鉴定

为检测内蒙古地区某牛场患乳房炎的奶牛乳样中是否存在牛支原体,同时建立直接提取乳样中牛支原体DNA进行PCR检测的方法,本研究无菌采集乳房炎乳样,通过支原体的分离培养、形态学观察和生化试验,初步鉴定分离株为牛支原体,然后提取液体培养基菌体DNA进行牛支原体特异性PCR鉴定,同时,采用Chelex-100法直接提取原乳样中菌体DNA进行PCR鉴定,并测序分析扩增片段序列。液体培养物提取DNA与Chlex-100法直接提取原乳样菌体DNA进行特异性PCR均扩增出目的条带,该片段序列与GenBank中牛支原体oppD/oppF基因的同源性达到99.8%,证实分离株为牛支原体。说明Chlex-100法可直接提取乳样中牛支原体DNA进行快速PCR鉴定。     

牛多杀性巴氏杆菌和牛支原体双重PCR检测方法的建立及应用

参照Gen Bank中牛多杀性巴氏杆菌kmt1基因序列(AF016259)和牛支原体opp D/F基因序列(AF130119),设计两对引物,在建立两种细菌单项PCR检测方法的基础上,优化双重PCR反应条件,建立了两种细菌的双重PCR检测方法,用这两对引物对同一样品中的牛多杀性巴氏杆菌、牛支原体核酸为模板进行双重PCR扩增,结果可同时扩增牛多杀性巴氏杆菌和牛支原体的265bp和439bp的特异性片段,而对其他4种牛病原菌的扩增结果均为阴性。敏感性测定结果表明,对牛多杀性巴氏杆菌和牛支原体的最低核酸检出限均为1pg。通过对30份临床病料检测,将建立的双重PCR技术和单项PCR方法进行对比验证,结果显示,两者的总符合率为100%。结果表明,建立的双重PCR检测方法具有特异、快速、准确的特点,可用于对牛多杀性巴氏杆菌和牛支原体的同时检测和鉴别诊断。     

我国奶牛牛支原体流行情况调查

由牛支原体引起的奶牛支原体肺炎和乳房炎所导致的经济损失非常巨大,而目前我国尚无较详细的奶牛牛支原体病流行病学资料。2008~2016年,本课题组采用牛支原体间接ELISA、直接培养法和特异性PCR检测法对国内12个地区30个规模化奶牛场进行了牛支原体感染情况调查及分析,共对843份血清和60份肺脏、关节液及鼻腔黏液、1 090份乳样中的牛支原体抗体和牛支原体及其核酸进行了检测。结果显示,血清抗体阳性率为52.31%(441/843);病料阳性率为55%(33/60);乳样阳性率为34.22%(373/1090);从样本中共分离保存了55株支原体菌种。检测结果表明,国内大部分奶牛场存在牛支原体感染,部分奶牛场发生牛支原体肺炎、乳房炎及关节炎临床病例,并存在垂直传播的风险。牛支原体感染可能成为危害国内规模化奶牛场奶牛健康的主要疫病之一。     

牛支原体、无乳支原体和丝状支原体丝状亚种小克隆三重PCR检测方法的建立及初步应用

本研究旨在建立一种可一次性区分牛支原体、丝状支原体丝状亚种小克隆和无乳支原体的三重PCR诊断方法,为临床诊断和流行病学调查提供可靠检测技术.根据GenBank发表的上述3种病原的基因组序列保守区域设计3对特异性引物建立三重PCR方法;确定其检测敏感性,以猪支原体、鸡支原体、无乳支原体和丝状支原体丝状亚种小克隆基因作模板检验其特异性;同时和病原分离鉴定结果对比其准确性.结果表明在优化体系和条件下能够同时得到扩增长度为448、549、375 bp 3条特异性片段,未扩增出猪、鸡支原体模板特异性片段;其敏感性(可检测到的最小模板DNA含量)为0.8 ng·μL-1;36份临床样品检测结果显示,三重PCR检测结果与分离培养鉴定方法一致,均能鉴定出牛支原体阳性病料.本研究建立的三重PCR诊断方法能够一次性鉴别3种支原体,具有高敏感性、特异性和准确性,可用于临床诊断和流行病学调查.     

牛支原体TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

以牛支原体p80基因为靶基因,设计特异性引物与探针,优化反应体系,建立了牛支原体TaqMan探针实时荧光定量PCR(TaqMan real-time PCR)检测方法,并对该方法进行了特异性、敏感性、重复性评估以及临床样本检测。结果显示,特异性试验中,牛支原体2个菌株Cq值均小于18,其余13个非牛支原体菌株Cq值均大于36;敏感性试验中,最低可检3.89拷贝/μL靶DNA,是普通PCR的10~4倍(普通PCR 3.89×10~4拷贝/μL);重复性试验中,组内、组间重复的变异系数均小于1%;44份牛的临床样品利用TaqMan real time PCR检出6份阳性(阳性率为13.64%),分离培养鉴定检出7份阳性,普通PCR检测全部阴性。本研究建立了一种敏感、特异、稳定的牛支原体TaqMan real time PCR检测方法,可用于牛支原体的快速诊断和核酸定量检测。     

检测支原体属特异性的5种PCR方法的评估和应用

为了筛选一种可靠的PCR方法作为实验室日常快速检测支原体的手段,利用实验室保存的17种55株支原体和13种16株细菌,对5种已发表的支原体属特异性PCR方法进行了评估和筛选。结果显示,方法 4(使用引物对RNA5和MGSO扩增1 021 bp的16S rRNA基因片段)具有良好的特异性,能够完全区分支原体与非支原体细菌,以牛支原体为扩增对象,最低能够检出10 pg牛支原体基因组DNA以及浓度为100 ccu/m L的牛支原体培养物。利用该PCR方法和支原体分离方法检测人工感染牛支原体样品和临床采集样品73份,二者符合率为93.15%。结果表明方法4可作为实验室支原体常规快速检测方法。     

新疆南疆牛病毒性腹泻病毒基因型鉴定及分析

为掌握新疆南疆地区规模奶牛场牛病毒性腹泻病毒(BVDV)感染的病毒基因类型,更好地采取防控措施,本研究以BVDV基因高度保守的5'-UTR核苷酸序列设计并合成通用引物,提取疑似感染BVDV样品的核酸,采用一步法RT-PCR,扩增获得目的基因片段,经测序、比对、核苷酸同源性比较及构建基因遗传进化树。结果显示,30份疑似样品中,有2份样品PCR扩增阳性;测序分析显示,所检的阳性样品均为BVDV Ic型。研究表明,所调查的新疆南疆规模化奶牛场存在BVDV Ic型的感染,证实新疆地区牛场BVDV基因型存在多样性,为新疆规模奶牛场BVD病原鉴定、防控提供了理论依据。     

2018—2019年我国部分地区猪肺炎支原体多位点序列分型

为了解我国猪肺炎支原体种群结构和进化关系，2018—2019年采集山东、广西、河南、江西、云南、天津、湖南等地猪组织样品1 242份，进行猪肺炎支原体荧光定量PCR和巢式PCR检测，并对测序确认的87份阳性样品，采用adk、rpoB、tpiA 3个管家基因作为分型参考进行多位点序列分型（MLST），并对3个管家基因均扩增成功的阳性样品进行p146基因分型，分析我国猪肺炎支原体种群结构，并结合pubmlst数据库公布的151个序列类型（ST）进行eBURST分析。结果显示：有24份阳性样品的3个管家基因全部扩增且测序成功，共分为10个ST，均为国内外首次报道；10个ST分为3个克隆复合体（CC）和4个独特型，其中ST128占41.7%（10/24），样品来自江苏、河南和广西，为本次检测的主要流行型。结果表明，我国猪肺炎支原体分布较广，具有一定的基因型独特性。本研究为我国猪肺炎支原体的流行病学数据库研究提供了新资料，有助于掌握国内猪肺炎支原体基因型分布情况，进一步完善了猪肺炎支原体流行病学数据库。     

猫疱疹病毒Ⅰ型PCR检测方法的建立与初步应用

建立猫疱疹病毒Ⅰ型(FHV-1)PCR检测方法,应用于临床样品中FHV-1的快速检测。根据猫疱疹病毒Ⅰ型的gI基因序列设计了一对特异性引物,以疑似猫疱疹病毒Ⅰ型感染猫的眼鼻分泌物总DNA为模板,建立了PCR检测方法,对所建立的方法进行特异性、敏感性和重复性验证,并对26份临床样本进行检测。结果表明,所建立的PCR诊断方法与犬细小病毒(CPV)、犬瘟热病毒(CDV)、绵羊肺炎支原体(M.ovis)、牛支原体(M.bovis)、牛疱疹病毒Ⅰ型(BHV-1)均无交叉性反应,最低检测DNA模板浓度为3.23×10~3 copies/μL。对26份临床病例进行检测,阳性率61.54%。说明建立的FHV-1PCR检测方法具有特异性强、敏感度高、方便快捷等优点,适合于临床FHV-1感染的快速检测。     

国内首次从患肺炎的犊牛肺脏中分离到牛支原体

牛支原体(Mycoplasma boris)是引起犊牛肺炎、关节炎和成牛乳房炎的主要病原之一.本研究利用选择性培养基从2份患肺炎的犊牛肺脏病料中得到2株支原体,分别命名为Hubei-1和Hubei-2,并在固体培养基进行了3次克隆纯化.通过生化实验、特异性PCR鉴定和序列比较证明为牛支原体.其16S rRNA 核酸序列与牛支原体国际标准株PG45同源性为99.3%.以该培养物作为包被抗原的ELISA 检测方法对13份发病犊牛血清进行了检测,其中11份血清抗体OD值为阴性血清对照值的2倍以上.该结果首次证实,国内部分地区存在牛支原体的流行.     

不同引物RT-PCR方法检测猪繁殖与呼吸综合征病毒的比较研究

用3对分别针对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的ORF7、ORF5和ORF5的PCR引物N1/N2、AdGP5.1/AdGP5.2和RFLP5.1/RFLP5.2进行RT-PCR,检测PRRSV,从其敏感性、特异性和临床样品检出率等方面进行比较,在此基础上进一步建立一步法RT-PCR检测方法。结果显示:3对引物对PRRSV均有很高的特异性;应用N1/N2引物病毒最低检测量为7.9 TC ID50,而AdGP5.1/AdGP5.2引物和RFLP5.1/RFLP5.2引物PCR最低检测量为79 TC ID50;运用N1/N2、AdGP5.1/AdGP5.2和RFLP5.1/RFLP5.2引物分别进行RT-PCR扩增检测临床样品,PRRSV检出率分别为28/48、27/48和25/48,且用AdGP5.1/AdGP5.2和RFLP5.1/RFLP5.2引物检测的阳性样品,用N1/N2引物检测也都呈阳性。运用N1/N2引物,通过一步法RT-PCR成功地从PRRSV S1株中扩增出374 bp的目的基因片段。结果表明,用N1/N2引物扩增PRRSV目的基因,其敏感性和临床样品检出率更高,更适合临床样品PRRSV的检测。     

禽流感病毒H9N2亚型三重PCR检测方法的建立

为建立简便快速检测禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)并同时区分出H9、N2亚型的方法,本试验根据基因库中H9亚型AIV的HA基因、N2亚型AIV的NA基因及AIV的M基因序列,分别设计了3对针对这3种基因保守序列的引物,建立了AIV H9N2亚型的三重PCR检测方法。应用该方法对H9N2亚型AIV模板进行PCR扩增,可得到3条与试验设计相符的目的条带,分别为313 bp (HA基因)、451 bp (NA基因)和667 bp(M基因);对非H9亚型的N2亚型AIV模板进行扩增,出现2条特异性扩增条带,即451 bp (NA基因)和667 bp(M基因);对非H9、N2亚型AIV模板进行扩增则只出现一条目的条带,即667 bp(M基因);对其他禽呼吸道病原体进行PCR扩增,结果均为阴性。敏感性试验结果显示此三重PCR方法最低检出限为10^-2 ng/μL。应用所建立的三重PCR方法对120份临床病料进行检测的结果与病毒分离鉴定结果一致。各项试验结果均表明,该方法对于禽流感病毒尤其是H9、N2亚型禽流感病毒的检测具有快捷、特异、灵敏的特点。     

Polymerase chain reaction identification of Mycobacterium avium in formalin-fixed, paraffin-embedded animal tissues.

A PCR procedure previously developed for identification of Mycobacterium bovis in formalin-fixed tissues was used to identify mycobacteria of the M. avium complex. Tissues were examined from 100 culture-positive cases of M. avium complex infection, including 86 in which the subspecies was not identified and 14 that had been identified as M. avium subsp. paratuberculosis. Each sample was tested with 5 primer sets, 16S ribosomal RNA (rRNA), IS900, IS901, IS1245, and a heat shock protein (hspX), that detect 1 or both M. avium subspecies. The success rate of PCR detection varied with the primers used and the animal species tested. Among the 86 cases with no M. avium subspecies designation, primers for the 16S rRNA gene were clearly the most efficient because they produced amplicons from all samples that reacted with any other primer set. The overall detection rate in this group of samples was 71%: highest in avian tissues (89%) followed by swine (72%) and ruminants (57%) None of the avian or swine tissues reacted with primers for IS900 or hspX, which identify M. a. paratuberculosis. In contrast, 7 of the 12 ruminant samples that were 16S rRNA positive reacted with 1 or both of these primers. All of the 14 cases shown by culture to be M. a. paratuberculosis infections were positive with IS900 primers, whereas only 11 were positive for 16S rRNA. These results indicate that 16S rRNA primers are the most useful for PCR identification of M. avium in formalin-fixed tissues of nonruminant species. However, IS900 primers should also be used when ruminant tissues are examined because these primers provide the greatest sensitivity for detection of M. a. paratuberculosis infections.     

马流感病毒多重RT-PCR检测方法的建立

根据马流感病毒的M基因和HA基因的保守序列,设计了两对引物,MF和MR为通用引物,可以检测出H3N8和H7N7亚型EIV,目的片段227bp,HF和HR为H3N8亚型特异性引物,目的片段595bp。利用这两对引物,通过对多重RT-PCR扩增条件的优化,建立了快速检测鉴别H3N8亚型EIV的多重RT-PCR技术。特异性和敏感性试验结果表明,该技术可以用于EIV的快速诊断和亚型鉴定。     

猪流行性腹泻病毒巢式RT-PCR检测方法的建立及应用简

为建立一种快速、敏感的猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）检测方法,试验据GenBank中PEDV基因组序列,设计并合成针对M基因的内、外2对特异性引物,通过优化反应条件,建立了检测PEDV的巢式RT-PCR方法。结果显示,单一使用外引物或内引物进行常规RT-PCR时检测限量均为50 pg PEDV RNA模板,而使用巢式RT-PCR可检测到50 fg PEDV RNA模板。使用该方法对猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒及猪瘟病毒的扩增结果均为阴性。结果表明,建立的巢式RT-PCR方法特异性、敏感性好,可快速准确地检测出样本中微量PEDV核酸。     

猪环曲病毒套式RT-PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank中猪环曲病毒N基因设计合成2对特异性扩增引物,成功建立了猪环曲病毒的套式RT-PCR快速检测方法。为验证本方法的特异性,以猪伪狂犬病病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒、A群猪轮状病毒、猪瘟病毒、猪嵴病毒、沙门菌及大肠杆菌作为阴性对照,结果显示只有在猪环曲病毒的核酸作为模板时才能扩增出预期的258bp和198bp 2条片段。敏感性试验显示,该方法能检测到的最低核酸含量为1pg。结果表明,建立的RT-PCR方法特异性强、灵敏度高,可用于猪环曲病毒的临床检测和流行病学调查。利用本方法对采集自四川省部分地区的50份临床样品进行检测,猪环曲病毒阳性率为30%。     

猪瘟病毒巢式RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立一种快速、特异、灵敏的检测猪瘟病毒（classical swine fever virus,CSFV）巢式RT-PCR（nested RT-PCR）方法,本研究参照GenBank中公布的CSFV E2基因保守区域序列设计2对特异性引物,以CSFV总RNA为模板,优化反应条件,建立CSFV nested RT-PCR方法,对其进行特异性、敏感性和重复性试验;利用所建立的方法对35份临床疑似CSFV感染样品进行了应用检测,并对阳性PCR产物进行克隆测序鉴定。结果表明,本研究成功建立了CSFV nested RT-PCR检测方法,能够特异性地扩增CSFV,但对ST正常细胞对照和其他8种病原对照未扩增出任何条带;稳定性和重复性好;敏感性高,最低检测病毒含量为1 TCID₅₀;自35份疑似CSFV感染样品中检出19份阳性样品,PCR阳性产物克隆测序结果表明均为CSFV E2基因片段。本研究成功建立了CSFV nested RT-PCR检测方法,可用于CSFV的快速检测,为CSF的早期检测诊断提供了特异、灵敏的方法。     

ARV、REV与ALV三重RT-PCR检测方法的建立

根椐GenBank中已发表的禽呼肠孤病毒（ARV）、禽网状内皮增生病病毒（REV）、禽白血病病毒（ALV）等3种病毒基因组序列,设计了3对分别与ARV、REV和ALV某段基因序列互补的引物。在建立各病毒单项RT-PCR技术的基础上,优化三重RT-PCR反应条件,建立了3种病毒的三重RT-PCR技术。结果表明,用这3对引物对同一样品中的ARV、REV、ALV核酸模板进行三重RT-PCR扩增,可同时扩增ARV的247bp,ALV的675bp,REV的467bp的特异性片段,而对其他6种禽病病原的PCR扩增结果均为阴性。敏感性测定结果表明,该三重RT-PCR技术能检出10pg的ALV、1pg的ARV和10pg的REV模板。用42份临床病料对本研究多重RT-PCR技术和单项RT-PCR技术进行对比验证,结果显示,两者的总符合率为92%以上。表明建立的多重RT-PCR检测方法,具有特异、快速、准确的特点,可用于对这3种病毒的同时检测和鉴别诊断。     

Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒RT-PCR检测方法的建立

根据Genebank中I型鸭病毒性肝炎病毒的基因序列,设计合成了2对引物,以山东、江苏、广东、河南等地分离株的RNA为模板进行RT-PCR扩增,均得到预期大小的目的片段,两对引物的检测结果一致。并对其中一种方法的敏感性、特异性进行了检测,结果表明本试验建立的用于I型鸭病毒性肝炎病毒诊断的RT-PCR方法具有较高的敏感性和特异性,最低RNA模板检出量为100pg,只能特异的检测出I型DHV,不能检出NDV、IBDV、DPV和GPV。因此,所建立的RT-PCR检测技术具有特异、快速和敏感的特点,可用于鸭病毒性肝炎病毒的快速鉴别诊断。