陕西省本氏针茅自然种群遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记,对采自陕西省不同地区的5个本氏针茅(Stipa bungeana)自然种群进行遗传变异及群体遗传结构分析,旨在探讨本氏针茅遗传变异产生的分子生态机理,为其资源保护提供理论依据。在100个供试单株中,采用15条ISSR引物共扩增出223条可统计条带,其中多态性带182条,多态性位点比率为81.61%,Nei’s基因多样性(H)为0.1887,Shannon 信息指数(I)为0.2975,各种群之间存在较高的多态性。种群间的遗传变异为63.01%,种群内的遗传变异为36.99%,遗传分化系数φ_st 为0.6300,种群间的基因流(N_m)为0.1468,表明本氏针茅遗传分化程度较高,遗传变异主要分布在种群间,而种群内变异相对较小,且各种群间的基因交流非常有限。     

宁南山区本氏针茅自然种群遗传分化的ISSR分析

利用ISSR分子标记,分析宁南山区6个本氏针茅（Stipa bungeana）自然种群的遗传分化及其群体遗传结构,旨在探讨本氏针茅遗传变异产生的分子生态机理,为其资源保护提供理论依据。主要结果如下,在本氏针茅6个种群中,15条ISSR引物共扩增出244条可统计条带,其中多态性条带239条,多态性位点比率（PPB）为97.95%,Nei’s基因多样性指数（H）为 0.254 4,Shannon信息指数（I）为0.396 6,各种群之间具有较高的遗传差异。分子方差分析（AMOVA）表明本氏针茅遗传变异的58.06%发生在种群内,41.94%的遗传变异发生在种群间。Mantel检测结果显示本氏针茅6个种群间的遗传距离和地理距离之间均无显著相关性。     

鸭茅栽培品种与野生材料遗传多样性比较的SSR分析

为揭示鸭茅栽培品种与野生材料间遗传多样性的差异,本研究利用25对SSR引物对23份鸭茅材料(包括品种、四倍体、二倍体等)进行扩增,获得了251条清晰条带,平均每对引物扩增10.04个条带,多态性比率为100%,多态性信息含量(PIC)的变化范围为0.24(A01E14)～0.42(A01F24,A03B16),平均值为0.33。23份材料的遗传距离变化范围为0.1065～0.6061,平均遗传距离为0.3870,6个栽培品种的平均遗传距离为0.3088,低于所有材料遗传距离的平均水平。聚类分析将相似地理来源、相同倍性和品种分别聚类,主成分分析与聚类分析结果一致。AMOVA分析结果表明,类群内的遗传变异大于类群间的遗传变异;不同类群的遗传多样性比较表明,野生材料类群与栽培品种类群遗传多样性差异不明显,而四倍体类群较二倍体类群具有更丰富的遗传多样性。     

柳枝稷种质资源遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记对138份柳枝稷种质的遗传多样性和遗传结构进行研究,为资源保护利用提供理论依据和技术支持。研究结果显示,1)从100个ISSR引物中筛选出16个条带清楚且稳定的引物,共扩增出220条谱带,其中,多态性谱带196条,多态性比率(PPB)为89.09%,平均每个引物扩增条带数为13.75条。2)POPGENE 1.32软件分析结果显示,138份柳枝稷基因多样性指数(H)为0.2498,Shannon指数(I)为0.3880,表明供试的种质间遗传多样性较丰富,遗传多样性水平较高。3)AMOVA 1.55软件方差分析结果显示,43.40%的遗传变异存在于生态型之间,56.60%遗传变异存在于生态型之内,说明遗传结构的变异主要存在于生态型之内。4)NTsys-pc 2.1软件进行UPGMA聚类分析和主成分分析(PCA),供试138份柳枝稷种质间Dice遗传相似系数(GS)值为0.4000~0.8818,平均值0.7237,结果表明,低地型材料聚为一大类,高地型材料聚为一大类。     

云南野生和逸生苜蓿资源POD和EST同工酶分析

为了摸清云南苜蓿(Medicago L.)资源的遗传多样性,采用聚丙烯酰胺凝胶不连续垂直板电泳系统,对30份云南野生和逸生苜蓿材料过氧化物酶(POD)和酯酶(EST)同工酶酶谱进行了分析。结果表明:供试材料的2种同工酶酶带数均为10条,多态位点百分数均达到100%。除二倍体材料外,其余材料均具有多条相同的共有谱带,有着丰富的多态性,但POD和EST酶谱存在明显差异;供试材料的POD和EST遗传距离均在0.00~1.00之间,其中1号、3号和4号二倍体苜蓿,与其他逸生材料遗传距离较大,亲缘关系较远;其余均为紫花苜蓿(M.sativa L.),POD和EST的遗传距离分别在0.00~0.56和0.00~0.33之间。采用类平均法(UPGMA)Nei氏距离进行聚类分析,表明30份供试材料亲缘关系的远近与地理分布呈一定的相关性。这将为云南苜蓿资源遗传关系的研究提供基础数据。     

16个天然冰草种群遗传多样性RAPD分析

采用57个10 bp随机引物,对16个天然冰草(Agropyron cristatum)种群352个单株的基因组DNA进行RAPD多态性检测。结果表明:从57个RAPD引物中选出多态性标记的引物11个;检测出125个位点,102个显多态性;用Shan-non多样性指数量化的遗传多态度为2.19,种群内和种群间遗传变异比例分别为60%和40%,种群间的遗传相似度在0.7702~0.9776之间,遗传距离的变化范围为0.0226~0.2611;聚类分析结果表明:16个种群大致可分为4类,生境和表型相近的种群基本聚为一类,和形态学研究的结果基本一致,证明物种变异与生境密切相关。     

贵州野生匍匐剪股颖种质资源遗传多样性的ISSR分析

匍匐剪股颖是我国重要的冷季型草坪草之一。为了研究贵州野生匍匐剪股颖居群遗传变异水平、遗传结构及亲缘关系,本试验采用ISSR标记技术对贵州的4个匍匐剪股颖居群共285个个体进行了遗传变异分析。 9个引物共扩增出81条带,其中多态性条带66条,无论是在居群水平还是在物种水平,均表明贵州野生匍匐剪股颖居群存在丰富的遗传变异;3个野生居群间遗传分化系数(Gst)为0.492 0,居群间基因流的估测值(Nm)为0.516 4,表明居群间存在较为严重的遗传分化;亚居群间的遗传距离(GD)为0.087 7~0.592 6,遗传距离(GD)的聚类分析结果与居群地理分布存在密切联系。利用SPSS 11.0软件对地理距离与亚居群间遗传距离相关性进行分析,表明地理距离与遗传距离呈显著正相关(r=0.494);用POPGENE 1.31软件对居群间的遗传关系分析表明,各居群间的遗传一致度比较高,分布为0.700 3~0.940 9,但栽培居群(KROMI)与其他3个野生居群存在明显的遗传差异。     

祁连山不同海拔梯度山生柳遗传多样性的SSR分析

本实验采用SSR分子标记技术,对甘肃祁连山脉9个海拔梯度共180个单株的山生柳遗传多样性和遗传结构进行了研究。利用杨属植物的47对SSR引物对山生柳进行了通用性分析,筛选出15对重复性高、条带清晰的引物,结果显示,15条引物共检测到211条谱带,其中多态性条带有176条,平均每个引物检测到11个等位变异,多态位点比率(P)为85%。应用分析软件Popgen 32进行分析得出:在物种水平上,Shannon多样性指数(I)为0.419 2,Nei基因多样性指数(H)为0.279 6;基因分化系数Gst为0.093 5,基因流Nm为4.848 7,说明山生柳遗传分化大部分存在于相同海拔梯度内。P, H, I都反应出山生柳具有较高的遗传多样性。聚类分析显示,遗传距离与空间地理距离有显著相关性。海拔及纬度因子显著影响山生柳种群的遗传多样性水平,海拔梯度越高,山生柳的遗传多样性越丰富。     

基于SCoT标记的洞庭湖区南荻种质资源的遗传多样性研究

本研究利用SCoT标记对洞庭湖地区9个野生南荻居群的遗传多样性和遗传结构进行分析。结果表明:27条SCoT引物共扩增出429条清晰的带,其中多态性带为394条,多态性条带比率为91.39%,平均每条引物扩增多态性条数是14.60条,多态性信息含量(PIC)为0.206~0.688,平均为0.394;该地区南荻遗传多样性丰富,遗传多样性指标水平较高(PPB=91.39%、H=0.3266、I=0.4911);其野生居群具有一定程度的遗传分化(Gst=0.1141),遗传变异主要存在于居群内;居群间的基因流(Nm)为3.88;根据非加权配对类平均法(UPGMA)聚类分析,将南荻9个野生居群分为三类,同一流域的居群聚为一类;材料间的遗传距离与地理距离不存在相关性。     

内蒙古地区大针茅群体遗传多样性RAPD研究

应用RAPD技术检测大针茅植物7个群体的遗传多样性及其分布,探索生态因子与遗传分化的相互联系。在大针茅7个群体中,利用16个有效引物共获得134条谱带,其中多态性谱带120条,占89.55%,说明个体间发生较高的遗传变异。7个大针茅群体遗传变异大部分存在于群体内(58.66%),只有少部分存在于群体之间(41.34%)。7个群体的特异性位点与其地理分布范围相关。     

蒙古冰草遗传多样性的等位酶分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术检测了内蒙古中东部地区蒙古冰草6个天然居群和2个栽培品种的遗传多样性和居群结构，12个酶位点的多态位点百分率为67.71%，基因多样性指数（He)为0.285，显示出了较高的遗传多样性，从遗传多样性的分布格局来看，8个居群的遗传分化系数Gsr=0.129，表明在总的遗传变异中，只有12.9%的变异存在于居群间，而87.1%的变异存在于居群内，同时，6个天然居群的总基因多样度（HT=0.439)和基因分化系数（GST=0.032)也大于2个栽培品种的相应值（HT=0.423,GST=0.010)。UPGMA聚类分析的结果表明，蒙古冰草居群间的遗传分化与生态环境因子间有着密切的相关性。     

胡枝子属植物野生居群遗传多样性RAPD分析

利用RAPD标记分析胡枝子属14个野生居群遗传多样性,对其60个10碱基随机引物进行筛选,选择能产生多态性谱带的20个引物,共获得209个RAPD标记,182个显多态性,占总谱带数的87.08%。居群间观测等位基因数Aa和有效等位基因数Ae分别为1.8708和1.5868,Nei's基因多样性指数H和Shannon's信息指数I分别为0.3344和0.4921,揭示了居群间存在较高的遗传多样性。遗传距离介于0.1006-0.651之间,14个材料的聚类结果与形态学分类结果有相同的趋势。本研究对胡枝子属植物种质资源的保存和育种利用有一定参考价值。     

十个歪头菜居群遗传多样性分析

采用ISSR分子标记对10个歪头菜自然居群的104个样本进行遗传多样性分析,筛选的10条ISSR引物共扩增出115个位点,其中多态性位点110个。在物种水平上多态性比率(PPB)为95.65%,在居群内多态位点比率为24.35%~49.70%。POPGENE分析结果显示,物种水平上Nei’s 基因多样性(H)为0.2632,Shannon’s遗传多样性信息指数(I)为0.4046,基因流(Nm)为0.4553,基因分化度(Gst)为0.5283,AMOVA分析居群间遗传分化程度为50.51%。研究表明,10个采样点的歪头菜在物种水平上具有较高的遗传多样性,但在居群之间已经出现了一定程度的遗传分化,且居群间的遗传分化程度高于居群内的分化程度。同时,证明了环境压力大小对于遗传多样性的高低具有选择作用,环境压力小的烟台和环境压力大的合作地区具有较高的遗传多样性,但环境压力介于二者之间的地区遗传多样性水平相对较低。本研究结果不仅对于了解歪头菜遗传进化和其生长地的环境的关系具有重要的参考价值,对合理利用歪头菜遗传资源及育种还具有非常重要的作用。     

Genetic variation within and relationships among populations of Asian goats (Capra hircus)

Genetic variation at 59 protein coding loci (16 polymorphic) and 25 microsatellite loci was analysed for 11 indigenous south-east Asian goat populations, and the Australian feral population, to determine the magnitude of genetic differentiation and the genetic relationships among the populations. Significant deviations from Hardy–Weinberg equilibrium were detected in one or more populations for eight of the nine protein loci with codominant alleles, and for microsatellites for all except the two Sri Lankan populations and for all but four loci. For both marker types, average inbreeding coefficients ( F _IS) were exceptionally high. Heterogeneity of deviations from Hardy–Weinberg equilibrium for the microsatellites showed no differences for among loci within populations as compared with among populations within loci. For protein loci, however, the former was higher, indicating selection affecting allele frequencies at some loci. The variance among protein loci was significantly higher than among microsatellite loci, further indicating selection at some protein loci. There was significant differentiation among populations for both protein and microsatellite loci, most likely reflecting the geography of south-east Asia, and the presumed spread of goats throughout the region. Phylogenies derived from pair-wise genetic distance estimates show some similar clustering for the microsatellite and protein based trees, but bootstrap support was generally low for both. A phylogeny based on the combined set of 38 protein and microsatellite loci showed better consistency with geography and higher bootstrap values. The genetic distance phylogeny and the Weitzman diversity tree derived from microsatellite data showed some identical clusters, and both identified the Ujung Pandang and Australia populations as contributing most to overall genetic diversity.     

西藏光核桃自然居群遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP标记对来自西藏境内的4个光核桃自然居群的遗传多样性和群体遗传结构进行了分析和评价。选用20对引物对4个居群的70份材料进行扩增,检测到338个多态位点。在居群水平上,多态位点百分率为63.96%,Nei’s基因多样性和Shannon’s信息指数分别为0.194 3和0.295 5。在物种水平上,多态位点百分率为89.89%,Nei’s基因多样性和Shannon’s信息指数分别为0.246 0和0.383 9。居群间的遗传分化系数为0.170 9,居群间的基因流为1.213 0。UPGMA聚类图中,70个个体未按4个居群各自聚在一起。结果表明,光核桃遗传多样性水平较高,居群间遗传分化较小,居群间的基因交流程度较高。     

塔里木马鹿微卫星遗传多样性与产茸量的相关性研究

利用7个微卫星遗传标记,采用PCR扩增,12%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、Sanguinetti银染法显色,对新疆塔里木马鹿亚种遗传多样性进行检测,统计各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数(E)和平均基因纯合率(Rh),根据等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离,利用分子进化遗传分析软件(MEGA),采用邻结法(NJ)重建系统发生树。根据等位基因频率,利用PHYLIP(3.6)分析软件,采用最大似然法(ML)构建系统发生树,应用自举检验(bootstrap test)估计系统树中节点的自引导值(bootstrap value),并进行了系统发生分析。同时对部分马鹿群体个体基因型与产茸量之间进行了相关分析。结果表明:7个微卫星位点在3个塔里木马鹿中的多态信息含量除BMS2508和Celjp0023没有多态性,以及BM5004为中度多态外,其他4个微卫星均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于3个塔里木马鹿群体遗传多样性和系统发生关系的分析。所有马鹿群体的平均PIC为(0.5196)、h(0.5552)和E(2.45),其基因多态性和遗传多样性相对丰富。塔里木马鹿35团群体与沙雅群体的血缘关系及遗传距离近于阿拉尔群体,3个塔里木马鹿群体的系统发育关系基本符合其地理分布和育成史。微卫星位点BM4208的166bp/185bp基因型和微卫星BM888的208bp/208bp基因型可以对塔里木马鹿35团群体高产茸量进行分子遗传标记。     

基于SSR分子标记对蒙古韭遗传多样性的研究

蒙古韭不仅是荒漠草原上较好的饲草之一,而且其特殊气味和丰富的营养也可以作为野生蔬菜开发利用。为了能够保护且合理利用这一资源,试验采用SSR分子标记法,对来自内蒙古自治区和甘肃省的8个地理居群蒙古韭材料进行遗传多样性分析。研究结果表明:通过SSR分子标记共检测出112条多态性位点,每个SSR位点的多态性信息含量(PIC)平均为0.3228,变幅在0.20840~0.4076之间。种间Nei’s基因多样性指数(He)变幅为0.1588~0.3956,Shannon信息指数(Ⅰ)介于0.2637~0.5790之间;8个居群种内Nei’s基因多样性指数(He)变幅为0.0926~0.1743,Shannon信息指数(I)在0.1394~0.2657之间,体现出较为丰富的遗传多样性,且种内遗传多样性水平差异较大。遗传基因分化系数(Gst)平均为0.5532,说明种群间存在丰富的遗传变异。UPGMA聚类分析法将8个居群分为2个大类群,综合地理分布及距离分析得出遗传距离与地理生境有关,特别是与年均温和纬度关系比较明显。其研究结果可为蒙古韭引种驯化及遗传育种提供依据。     

昆明裂腹鱼两地理群体遗传多样性的随机扩增多态性DNA（RAPD）分析

应用随机扩增DNA多态性（RAPD）技术对昆明裂腹鱼盘大河群体和昆明裂腹鱼泥猪河群体的遗传多样性进行分析。从38个10bp引物中选取20个用于群体遗传多样性分析,在两群体中分别检测到121、125个位点,多态位点数分别为57、73个,平均多态位点比例分别为47．11％、58．40％;两群体内个体间平均遗传距离分别为0．1745、0．1963,群体间遗传距离为0．2503。研究表明：因地理隔离的两昆明裂腹鱼群体间存在一定的遗传分化;两群体内和群体间的遗传变异较大,具有丰富的遗传结构;泥猪河群体的遗传多样性要比盘大河群体的遗传多样性丰富,其群体内遗传变异较盘大河群体大。     

Analysis on the Genetic Diversity of Six Bactrian Camel Populations in China Using Microsatellite Marker

In order to understand the genetic diversity of Bactrian camel and the genetic evolutionary relationships between different populations,the genetic diversity of Alashan camel, Qinghai camel, Nanjiang camel, Beijiang camel, Subei camel and Sunite camel populations in China were analyzed using 10 microsatellite markers. By calculating heterozygosity (H), polymorphism information content (PIC), effective allele (Ne), Shannon information index, the genetic variation within populations were analyzed. By calculating the F-statistics, gene flow, genetic differentiation coefficient and genetic distance to analyze the genetic relationship between populations. The results showed that 89 alleles were tested at the 10 microsatellite loci,8.9 alleles were tested at every locus in average. All loci were medium-highly polymorphic loci (except YWLL08),the average PIC of the Bactrian camel population was between 0.488 to 0.752. The observed heterozygosity (0.355 to 0.448) of 6 Bactrian camel populations was lower than the expected heterozygosity (0.643 to 0.703). Almost all loci Shannon index was greater than 1,and most of loci were in Hardy-Weinberg disequilibrium. The genetic differentiation coefficient between groups (Fst) value was 0.059 and in the low degree of moderately differentiated state. The average Fis values of 6 Bactrian camel populations were positive which suggested 6 Bactrian camel populations had different levels of inbreeding. The standard genetic distance (D_S) and genetic distance T (D_A) clustering analysis showed that the Nanjiang camel and Beijiang camel jointed as one group, the Alxa camel, Qinghai camel, Subei camel, Sunite camel jointed as the other group. Research showed that Chinese Bactrian camel was abundant in genetic diversity, genetic variation within population was larger, and there was a phenomenon of inbreeding. There was a certain gene flow between populations, the differentiation of populations were mainly caused by genetic variation within population. 6 Chinese Bactrian camel populations were divided into two groups.