新疆塔里木马鹿遗传多样性的微卫星分析

利用5个微卫星标记对新疆塔里木马鹿遗传多样性进行了检测。统计了塔里木马鹿3个群体的等位基因组成、平均有效等位基因数(E)和平均基因纯合率(Rh),利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)。结果表明5个微卫星位点在库尔勒、阿拉尔和沙雅县塔里木马鹿3个群体的平均多态信息含量分别为0.5884、0.5754、0.5344,除微卫星位点BM5004外均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于塔里木马鹿遗传多样性分析;塔里木马鹿三个群体总平均PIC、h、Rh和E分别为:0.5661、0.5995、0.4474和2.7。分析认为塔里木马鹿遗传变异度较高,遗传多样性相对丰富,具有较大的遗传潜力。     

小尾寒羊微卫星DNA多态性研究

本研究利用5个微卫星标记BL1038、BM757、BM4621、OarFCB304、OarFCB48对小尾寒羊的遗传多样性进行了分析。结果表明,小尾寒羊群体在5个微卫星标记中共发现有57个等位基因,小尾寒羊群体的有效等位基因数(Ne)在5.7315~12.3025之间,5个微卫星标记的有效等位基因数平均达到7.4888个,其中OarFCB48的有效等位基因数最高为12.3025个。5个微卫星标记中平均杂合度为0.8559 ,其中OarFCB48的杂合度最高为0.9187。微卫星标记OarFCB48的多态信息含量(PIC)最高为0.9130,BM757的PIC最低为0.8091,平均PIC为0.8439。说明小尾寒羊群体属于多态信息含量较高的遗传群体。     

微卫星标记BM6404和TGLA53在太行黑山羊中的遗传多样性研究

为了研究太行黑山羊品种的遗传多样性,试验采用PCR扩增、12%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染显色等方法对其进行研究。结果表明:微卫星标记BM6404和TGLA53在太行黑山羊上呈现多态性。BM6404基因座有6个等位基因,其片段大小在125～147 bp之间;BM6404基因座多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、平均杂合度(He)分别为0.725,4.169,0.760。TGLA53基因座有7个等位基因,其片段大小在121～147 bp之间;TGLA53基因座的PIC、Ne、He分别为0.795,5.5280,.819。说明微卫星位点BM6404和TGLA53在太行黑山羊上均为高度多态位点。     

辽宁绒山羊七个微卫星位点遗传多样性分析

分析了7个微卫星基因座位OarAE101、OarJMP8、BM143、BM6506、BM1824、BM6438、ILSTS004在辽宁绒山羊4个家系中的遗传多态性.结果表明:7个微卫星标记中仅有4个微卫星位点(OarAE101、OarJMP8、BM143、BM6506)表现出了多态性.OarAE101位点多态信息含量最高,pic为0.727,BM143位点多态信息含量最低,PIC为0.526.在所标记群体中平均有效等位基因数为3.249个±1.318个;平均多态信息含量为0.635±0.087;遗传杂合度均值为0.638±0.182.说明辽宁绒山羊品种内的遗传变异处于一个较高的水平,遗传多样性丰富,选择潜力很大.     

云南地方绵羊品种遗传多样性的微卫星分析

利用29个微卫星标记,对云南4个地方绵羊品种遗传多样性进行了检测,统计了各品种的等位基因频率,计算了遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离。结果表明,29个微卫星位点除BM1206为中度多态,BM315为低度多态外,其余位点均为高度多态,各绵羊品种PIC值都在0.8左右,有较丰富的遗传多样性。     

Romilly Hills羊遗传多样性的微卫星分析

利用 1 0个微卫星标记对新疆兵团农七师从南非引进的罗米丽 (RomillyHills)绵羊和中国美利奴羊 (新疆军垦型 )遗传多样性进行了检测。统计了两群体的等位基因组成、平均有效等位基因数 (E)和平均基因纯合率 ,利用等位基因频率计算出两群体的平均遗传杂合度 (h)、多态信息含量 (PIC)。结果表明 1 0个微卫星位点在RomillyHills羊、中国美利奴羊群体中的平均多态信息含量分别为 0 5952和 0 5859,除BM1 82 4、MAF65外均为高度多态 ,可作为有效的遗传标记用于两品种绵羊遗传多样性分析 ;RomillyHills羊的群体遗传变异大于中国美利奴羊 ,其遗传多样性相对丰富 ,有较大的选育潜力。     

兴凯湖梅花鹿微卫星遗传多样性与鲜茸重相关性分析

利用11个微卫星分子标记对黑龙江省兴凯湖鹿场保种兴凯湖梅花鹿进行遗传多样性检测,并将11个基因座的不同基因型与鲜茸重进行相关分析。结果表明:多态微卫星位点共检测到45个等位基因,每个座位检测到的等位基因数2～7个不等,平均有效等位基因数(Ne)为3.041个,平均遗传杂合度(H)为0.636,平均多态信息含量(PIC)为0.574,说明该群体属于高度多态,遗传多样性水平较高。得到5个与鲜茸重性状显著相关的位点,结合Hardy-Weinberg平衡检验,筛选出2个微卫星位点作为兴凯湖梅花鹿鲜茸重的分子遗传标记。为兴凯湖梅花鹿种质资源的遗传结构优化,避免遗传衰退等育种工作提供更准确的数据支持。     

湘东黑山羊BM1329微卫星标记的遗传多态性研究

利用经筛选的绵羊微卫星引物BM1329,采用聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳,对湘东黑山羊的BM1329微卫星基因座进行了多态性检测.结果表明:该基因座有8个等位基因,其片段大小在175bp～215bp之间,计算了该基因座各等位基因频率、基因型频率及其平均基因杂合度(0.8305)、多态信息含量(0.8090)和有效等位基因数(5.9001).说明在湘东黑山羊中微卫星标记BM1329基因座具有丰富的遗传多态性.     

苏系长毛兔的遗传多样性分析

为了从DNA分子水平揭示苏系长毛兔遗传多态性和遗传结构,选用6个多态性较好的微卫星标记,对96只宜兴拉必得种兔场发育良好的苏系长毛兔群体进行了检测分析。利用等位基因频率计算苏系长毛兔群体的期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、等位基因数、有效等位基因数。6个微卫星座位全部呈现出高度多态性(PIC0.5),共检测到36个等位基因,每个座位的等位基因数在5~7个之间,平均等位基因数6.00±0.8944个,平均有效等位基因数为3.74±0.8159,该长毛兔群体期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.7257±0.0589和0.6758±0.0721。研究结果表明:苏系长毛兔的微卫星座位有丰富的遗传多样性。通过选育可以使该苏系长毛兔群体进一步纯化,从而使其生产性能稳定。     

新疆13个绵羊品种及1个杂交群体遗传多样性的微卫星分析

利用7个微卫星标记对新疆13个绵羊品种和1个杂交群体的遗传多样性进行了检测。统计了各品种的等位基因组成、平均有效等位基因数(E),利用等位基因频率计算出各品种的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和品种间的遗传距离。结果表明,7个微卫星位点均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于绵羊品种之间遗传多样性和系统发生关系的分析。各品种的分子系统发生关系与其来源、育成史及地理分布基本一致。     

Analysis of genetic diversity and phylogenetic relationship of red deer subspecies in XinJiang,China

Polymorphisms for seven microsatellite loci in three red deer subspecies (9 populations) found in XinJiang were detected by polymerase chain reaction (PCR), 12% nondenaturation polyacrylamide gel electrophoresis and the Sanguinetti silver staining method. Numbers of alleles, average effective numbers of alleles (E) and the average rate of homozygosity, allelic frequencies of seven microsatellite loci, polymorphism information content (PIC), mean heterozygosity (H) and genetic distances among the populations were calculated for each population. Dendrograms were constructed based on genetic distances by the neighbor‐joining method (NJ), utilizing molecular evolutionary genetics analysis software PHYLIP (3.6). The phylogenetic tree was constructed based on allelic frequencies using maximum likelihood (ML); the bootstrap value was estimated by bootstrap test in the tree. Lastly, phylogenesis was analyzed. The results showed that four of the seven microsatellite loci were highly polymorphic, but BMS2508 and Celjp0023 showed no polymorphism and BM5004 was a neutral polymorphism. It is our conclusion that the four microsatellite loci are effective DNA markers for the analysis of genetic diversity and phylogenetic relationships among the three red deer subspecies. The mean PIC, H and E‐values across the microsatellite loci were 0.5393, 0.5736 and 2.64, which showed that these microsatellite loci are effective DNA markers for the genetic analysis of red deer. C.e. songaricus populations from Regiment 104, 151 and Hami are clustered together. C.e. yarkandensis populations from Regiment 35, Xaya and Alaer are clustered together. These two clusters also cluster together. Lastly, C.e. sibiricus populations from Burqin, Regiment 188 and the first two clusters were clustered together. The phylogenetic relationship among different red deer populations is consistent with the known origin, history of breeding and geographic distributions of populations.     

长江中下游以及东南沿海的7个山羊群体的遗传多样性分析

利用23个微卫星标记对宜昌白山羊、马头山羊、湘东黑山羊、福清山羊、戴云山羊、黄淮山羊、长江三角洲白山羊等7个山羊群体进行了遗传多样性检测,结果显示:23个基因座中21个座位在所有群体中都具有多态性,基因座BM0203在各个群体中分别为纯合基因座,但存在群体间变异,基因座BM6444在湘东黑山羊、宜昌白山羊群体中为单态,但在其他群体都存在多个等位基因。总群体基因杂合度为0.819 0,7个群体PIC平均值在0.630 5~0.691 9之间。根据Nei氏遗传距离用UPGMA方法对7个群体进行亲缘关系聚类,马头山羊和湘东黑山羊首先聚为一类,福清山羊、戴云山羊、长江三角洲白山羊、黄淮山羊再和前者依次聚类,最后,宜昌白山羊和它们整个聚为一类。     

A preliminary study of the genetic diversity of Xinjiang Tarim red deer (Cervus elaphus yarkandensis) using the microsatellite DNA method.

To evaluate the genetic diversity of the Xinjiang Tarim red deer (Cervus elaphus yarkandensis) population, we analyzed the frequencies of microsatellite alleles. Samples were collected from 3 isolated populations in Xaya, Lopnur and Qarqan of Xinjiang. Although 10 microsatellite loci were examined, alleles of 133 to 190 base-pairs were detected for only 3 loci: BM5004, BM4208 and BM888. The average observed multilocus heterozygosity was 0.08 +/- 0.04 for the Xaya, 0 for the Lopnur, and 0.17 +/- 0.08 for the Qarqan population. The average heterozygosity of all populations was 0.08 +/- 0.02. The observed heterozygosities were significantly lower than the expected values. The present results suggest that the bottleneck effect has occurred in the populations of the Xinjiang Tarim red deer.     

利用微卫星分析中国家兔的遗传多样性

利用10个微卫星DNA标记对七个家兔品种进行了遗传检测。利用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星的PCR扩增产物,计算了七个家兔品种（9个家兔群体）样本在10个微卫星基因座上的等位基因频率、微卫星的多态信息含量（PIC）、各群体遗传杂合度、群体间的遗传距离、并根据遗传距离对这几个群体进行了聚类分析。结果表明：所选择的10个微卫星位点在所检测群体中均表现了较好的多态性,平均多态信息含量为0．569905。平均杂舍度范围在0．5885～0．6826。表明所研究的家兔品种的遗传多样性较丰富,还可以做进一步的选择利用。根据遗传距离所做的聚类分析图表明吉戎-Ⅰ系和吉戎-Ⅱ系、哈尔滨大白兔、塞北兔的亲缘关系依次较近,与它们的培育历史相吻合。     

利用微卫星分析中国家兔的遗传多样性

利用10个微卫星DNA标记对7个家兔品种(9个群体)进行了遗传检测。结果表明:所选择的10个微卫星位点在所检测群体中均表现了较好的多态性,平均多态信息含量为0.569905。平均杂合度范围在0.5885～0.6826。表明所研究的家兔品种的遗传多样性较丰富,还可以做进一步的选择利用。根据遗传距离所做的聚类分析图表明,吉戎-Ⅰ系和吉戎-Ⅱ系、哈尔滨大白兔、塞北兔的亲缘关系依次较近,与它们的培育历史相吻合。     

2个与HSP70基因连锁的微卫星座位与牛运输应激性状的关联分析

试验探讨了2个与HSP70基因连锁的微卫星座位与牛运输应激性状的关联分析。选择120头12月龄、体重250 kg左右的健康西门塔尔杂种肉牛进行运输应激试验，并根据牛基因组遗传图谱，选择23号染色体上与HSP70基因连锁的微卫星座位BMS468和BM1258检测其在西门塔尔杂种肉牛样本群体中的多态性，采用最小二乘拟合一般线性模型分析微卫星座位与运输应激性状部分指标之间的关联效应。结果显示：微卫星座位BMS468共检测到5个等位基因（128、134、140、146、154 bp），优势等位基因为128和134 bp，有效等位基因数（Ne）、多态信息含量（PIC）和遗传杂合度（He）分别为3.66、0.68和0.73，遗传多态性较高，关联分析显示与运输后7 d平均日增重和发病率显著相关，其中128/128 bp基因型个体的运输后7 d平均日增重最大（P < 0.05），134/128 bp基因型个体的发病率最低（P < 0.05）；微卫星座位BM1258座位共检测到6个等位基因（99、101、103、113、117、119 bp），优势基因为101 bp，Ne、PIC和He分别为4.30、0.73和0.77，遗传多态性较丰富，关联分析显示，其与发病率显著相关，其中99/99 bp基因型个体的发病率最低（P < 0.05）。综上所述，2个微卫星座位可作为牛运输应激性状的潜在遗传标记，为开展牛抗运输应激性状的标记辅助选择提供科学依据。     

柴达木绒山羊八个微卫星位点遗传多样性分析

以柴达木绒山羊为研究对象,对其8个微卫星位点进行遗传多样性分析,计算各位点的等位基因频率(P)、杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(N)。结果表明:8个微卫星位点在柴达木绒山羊均呈高度的多态性(PIC>0.5);位点LSCV 24基因杂合度、有效等位基因和多态信息含量都最高(H=0.796,N=6.916,PIC=0.766);位点BM 3413的基因杂合度、多态信息含量都最小(H=0.676,PIC=0.615);位点MAF-70的有效等位基因最小(N=0·7672)。因此,柴达木绒山羊群体中遗传背景复杂,遗传多样性较丰富;这8个微卫星位点也可用于柴达木绒山羊羊绒性状的进一步研究。     

微卫星标记分析福建地方品种猪的遗传多样性

采用8个微卫星座位对福建省5个地方猪种(槐猪、官庄花猪、莆田黑猪、闽北花猪、武夷黑猪)的遗传结构进行了分析,计算了遗传杂合度、有效等位基因数、多态信息含量、Nei氏标准遗传距离。结果表明:8个位点均为高度多态位点;5个猪种群体内的遗传多样性比较高,8个微卫星位点平均杂合度介于0.7006～0.7760之间;多态信息含量在0.6917～0.7609之间;槐猪与武夷黑猪的遗传距离最小0.5531,官庄花猪与闽北花猪的遗传距离最大0.8618。     

利用Y染色体SRY基因分析马鹿的父系起源和遗传多样性

试验旨在从分子水平上研究中国马鹿的父系起源结构和遗传多样性水平,判断各种群间的系统发育关系和亲缘关系远近。通过DNA提取、PCR扩增和直接测序的方法,对天山马鹿、阿尔泰马鹿、塔河马鹿、东北马鹿等11个群体共159头马鹿的SRY基因序列进行了检测和分析,计算碱基组成、核苷酸多样性（Pi）、单倍型多样性（Hd）以评估遗传多样性,构建单倍型网络图;以白唇鹿为外群,用邻接法（NJ）和最大似然法（ML）构建系统进化树,探讨马鹿的聚类及遗传多样性。结果显示,所获序列长度为1 615 bp,在基因中共鉴定出18个SNPs多态性位点,占核苷酸总数的1.11%,根据多态性位点鉴定出14个单倍型,优势单倍型为Hap-1,所占频率35.84%,为天山马鹿、阿尔泰马鹿、阿拉善马鹿、塔河马鹿、东北马鹿、甘肃马鹿、北美马鹿和高产鹿王种群的共有单倍型。其中,阿拉善马鹿、塔河马鹿、甘肃马鹿、川藏马鹿、北美马鹿和高产鹿王均具有独有单倍型。单倍型多样性介于0~0.857,核苷酸多样性介于0~0.00272,各亚种间遗传距离最大的是塔河马鹿与西藏马鹿（0.002406）,最小的是阿拉善马鹿与青海马鹿（0.000124）。基于邻接法和最大似然法构建的系统进化树一致,显示11个野生马鹿种群间共存在3个分支,支系S1包含全部马鹿种群,塔河马鹿、甘肃马鹿、北美马鹿和高产鹿王构成支系S2,北美马鹿构成支系S3,单倍型最小网络图与系统进化树一致。表明各马鹿种群之间的遗传多样性存在差异,塔河马鹿、高产鹿王和甘肃马鹿分别存在2个父系类型,北美马鹿存在3个父系类型,其他马鹿种群只存在1个父系类型,Hap-1在单倍型组S1中处于核心位置,其他单倍型分散分布于其周围,推测Hap-1为马鹿种群中较为原始的单倍型。