多头带绦虫湖南分离株核糖体18S基因系统进化分析

为阐明多头带绦虫湖南分离株核糖体小亚基(18S rRNA)基因序列的遗传变异情况,并用18S序列构建多头带绦虫与其他带科绦虫的种群遗传关系。利用PCR技术扩增多头带绦虫的18S基因,应用Clustal X1.81程序对序列进行比对,再利用Mega4.0程序进行NJ法绘制种系发育树。结果显示:所获得的18S基因序列长度一致,均为1 080 bp,基因序列存在一定的遗传差异。种系发育分析结果显示,所有的多头带绦虫分离株与已知多头带绦虫位于同一分支。多头带绦虫18S基因序列种内相对保守,种间差异较大,可以作为种间遗传变异研究的标记,从而为多头带绦虫的群体遗传研究奠定基础。     

豆状带绦虫线粒体rrnL和nad5基因的克隆及种系发育研究

本研究旨在阐明中国豆状带绦虫囊尾蚴河南分离株线粒体核糖体大亚基基因(rrnL)部分序列(prrnL)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位5基因(nad5)部分序列(pnad5)的遗传变异情况,并用prrnL和pnad5序列重构豆状带绦虫与其他带科绦虫的种系发育关系。采用聚合酶链式反应(PCR),扩增豆状带绦虫囊尾蚴分离株的线粒体prrnL和pnad5,将所测的序列用PAUP 4.0 Beta 10程序MP法绘制种系发育树,利用DNAStar 5.0中的MegAlign程序进行同源性分析。所获得的豆状带绦虫线粒体prrnL长度约为847 bp,pnad5为602 bp。所获rrnL序列与GenBank中豆状带绦虫相应序列的相似性为99.1%~100%,nad5为99.2%~100%;河南分离株之间rrnL序列的相似性为99.65%,nad5为99.5%;与GenBank中其他带科绦虫序列的相似度rrnL低于83.4%,nad5低于85.7%。种系发育分析结果表明,所有豆状带绦虫分离株和已知豆状带绦虫位于同一分支。由于豆状带绦虫分离株的线粒体rrnL和nad5基因序列种内很保守,种间差异较大,故可作为带科绦虫种间遗传变异研究的标记。     

基于线粒体cox1和Cyt b基因对四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性研究

为研究四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性和系统发生关系,用线粒体cox1基因和Cyt b基因全序列分析了20株四川山羊源多头蚴(11株寄生于脑,9株寄生于肌间)的遗传变异,并构建了系统发育树。结果显示:20株多头蚴cox1和Cyt b基因全序列长度分别为1 623和1 068bp,分别有59个和9个变异位点,其碱基变异率分别为0.1%~2.5%和0.1%~0.7%;分别检测到17个和6个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.968±0.033和0.737±0.068,核苷酸多样性分别为0.005 98±0.001 33和0.003 06±0.000 79,平均遗传距离分别为0.006和0.003。构建的系统进化树均显示来源于脑部和肌间的20株四川山羊源多头蚴与多头带绦虫同在一个支系,均为多头带绦虫,且多头带绦虫四川分离株与伊朗、土耳其分离株亲缘关系较近,而与中国甘肃、中国广州、意大利分离株亲缘关系较远。研究结果表明线粒体cox1和Cyt b基因均可作为检测多头带绦虫种群遗传多样性的有效分子标记,且Cyt b基因的多样性水平低于cox1基因。     

新疆巴州牦牛种群线粒体DNA遗传多样性及其系统发育分析

研究测定新疆巴州牦牛种群线粒体DNA细胞色素b基因全长序列,在此基础上构建系统发育树,分析种群的遗传现状.结果表明,在17头巴州牦牛个体中检测到4种Cyt b基因单倍型,单倍型多样性为0.331,核苷酸多样性为0.00102;系统发育关系显示,巴州牦牛Cyt b基因单倍型明显有两个分支,一支与家牦牛单倍型聚在一起,另一支与新疆野牦牛单倍型聚在一起,表明巴州牦牛可能有2个母系起源.     

基于线粒体CO2和ND4基因对四川省豆状带绦虫种群遗传多样性的分析

利用PCR扩增了中国四川省7个不同地理区域(雅安、攀枝花、乐山、广元、泸州、广安和阿坝)23株家兔体内豆状囊尾蚴的CO2(Cytochrome oxidase subunit 2,468 bp)和ND4(NADH dehydrogenase subunit 4,1 077 bp)基因的部分序列,并进行分析.结果显示,7个种群23个分离株中CO2和ND4基因序列中分别有21个和32个变异位点,分别检测出了5个和7个单倍型,2个基因的种群分析结果显示乐山种群最为保守；CO2分析结果显示攀枝花和雅安种群内变异最大,且高于种群间变异.2个线粒体基因构建的NJ/MP树显示7个种群的系统发生与他们分布的地理区域没有直接的相关性,还未形成显著的地理种群结构.结果表明,四川省7个地理种群间和种群内豆状囊尾蚴均存在一定的遗传变异和遗传多样性,为豆状带绦虫的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定了基础.     

基于ITS基因分析黑斑蛙裂头蚴种系发育关系

为了研究黑斑蛙裂头蚴种系发育关系,本研究利用聚合酶链式反应(PCR)对黑斑蛙裂头蚴湖南株核糖体DNA内转录间隔区(ITS)进行扩增与测序,应用ClustalX 2.0程序对序列进行比对,再利用Mega4.0程序进行NJ法绘制种系发育树,研究黑斑蛙裂头蚴与其他带科绦虫的种群遗传关系。结果显示,湖南省不同地区10个黑斑蛙裂头蚴分离株ITS序列基本一致,为1 362~1 382bp,各分离株之间ITS-1和ITS-2序列的同源性均高于95.4%和94.6%;与基因库中其他带科绦虫ITS-1和ITS-2序列的同源性均低于59.5%和56.9%。通过建立NJ系统发育树,湖南省黑斑蛙裂头蚴分离株与欧猬迭宫绦虫位于同一大分支,得到了很好的鉴定。黑斑蛙ITS序列在种内相对保守,而种间差异较大,因此ITS序列可以作为分子标记研究黑斑蛙裂头蚴种系遗传变异,从而为黑斑蛙裂头蚴的分子流行病学和群体遗传研究奠定基础。     

基于细胞色素b基因的大河乌猪群体遗传结构研究

为了弄清大河乌猪群体遗传分化水平和遗传结构,以曲靖市5个地理种群的46个大河乌猪样品为试验材料,采用分子生物学方法测定和分析所有个体的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因DNA序列。分子变异分析结果表明,大河乌猪群体遗传变异主要来自种群内(62.63％),说明该物种群体遗传结构不明显。中性检验结果进一步证实,大河乌猪群体曾发生过种群数量扩张。这种不显著的种群结构主要来自于大规模的引种和扩大繁育,致使各地理种群间的遗传趋同和遗传一致性。研究结果有望为大河乌猪分子遗传选育工作提供重要的基础数据,并为其遗传种质资源的保护提供重要参考。     

研究人员发现蠕虫免疫逃避新机制

正日前,中国农业科学院兰州兽医研究所家畜寄生虫病创新团队揭示扁形动物蠕虫免疫逃避新机制,相关研究成果发表在《通讯生物学(Communications Biology)》上。该研究利用具有广泛宿主适应性(可感染90种以上动物宿主)的寄生虫—细颈囊尾蚴为研究对象,通过高质量全基因组、转录组等解析,系统比较了其他绦虫、血吸虫等免疫调节相关基因的遗传进化机制,     

基于ITS基因分析扩展莫尼茨绦虫种系发育关系

为研究扩展莫尼茨绦虫分离株核糖体ITS序列的遗传变异情况,并利用ITS序列探讨扩展莫尼茨绦虫与其它带科绦虫的种群发育关系,本研究利用PCR对扩展莫尼茨绦虫分离株核糖体ITS序列进行扩增、测序及分析。结果表明:16株扩展莫尼茨绦虫分离株核糖体ITS序列长度一致,为1462~1473bP,且分离株与基因库扩展莫尼茨绦虫位于同一大分支,可以与其它带科绦虫有效鉴别。说明ITS序列种内较为保守,种间差异较大,可以作为扩展莫尼茨绦虫的种间遗传变异研究的分子标记。     

湖南省猬迭宫绦虫的线粒体nad5和rrnS基因的序列测定及种系发育分析

本研究旨在阐明猬迭宫绦虫湖南分离株线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NADH）脱氢酶亚单位5基因（nad5）部分序列（pnad5）和核糖体小亚基基因（rrnS）部分序列（prrnS）的遗传变异情况,并用pnad5和prrnS序列重构猬迭宫绦虫与其他绦虫的种群遗传关系。利用聚合酶链反应（PCR）扩增猬迭宫绦虫的pnad5和prrnS,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对,再用Phylip3.67程序MP法和Mega4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树。结果显示,所获得的pnad5和prrnS序列与预期（片段的）长度一致,分别为531bp和328bp。种系发育树表明,湖南分离株与已知猬迭宫绦虫位于同一分枝。结果表明,由于猬迭宫绦虫pnad5和prrnS序列种内相对保守,种间差异较大,均可作为种间遗传变异研究的标记。     

幼丹顶鹤感染血孢子虫的PCR鉴定

2006～2008年,北京动物园繁殖的17只1.5～3.5月龄丹顶鹤幼鹤出现厌食、精神倦怠、呼吸困难等症状。采用PCR方法鉴定病原,使用特异性引物对线粒体细胞色素b、细胞色素氧化酶Ⅰ、18S rRNA及线粒体部分非编码区基因进行扩增、克隆、测序,结合GenBank中已知疟原虫序列,经DNAMAN软件处理分析,并对Cytb序列用软件MEGA 4.0建NJ树。序列分析表明丹顶鹤血孢子虫靶序列与鸟疟原虫序列相似性达到98%以上,进化关系分析表明与残疟原虫各株属同一个种群,证明该病病原为残疟原虫。但该血孢子虫与残疟原虫已报道各株形态有一定差异,可能为寄生于丹顶鹤的一个新基因型。     

国产IBV疫苗株膜蛋白基因的亲缘关系研究

利用自行设计的引物Wx和Ws，通过RT－PCR方法分别扩增出IBVD41株、H120GD株、H120SH株、H520GD株4个国产疫苗株和标准强素M41－E4株完整的M基因cDNA，然后将其分别克隆到pGMET－Easy或pMD18－T载体中。测序结果发现：这5个IBV毒株的M基因均为678bp，分别编码由225个氨基酸残基组成的多肽。序列分析表明：D41株、H120GD株和H120SH株M基因之间的核苷酸序列及推导氨基酸序列同源性均为100％，它们在系统发生进化树中处同一分支；而H52GD株和国内的M41－E4株和国外的M41株M基因之间的核苷酸及推导氨基酸序列同源性分别为99．9％和99．6％，它们之间的亲缘关系最近，在系统发生进化树上处另一个分支。     

基于线粒体Cyt b DNA阿拉善马鹿分子系统学研究

阿拉善马鹿为国家Ⅱ级重点保护野生动物,仅分布于宁夏和内蒙古交界的贺兰山中段,是我国唯一幸存的该亚种的有效种群。目前关于野生阿拉善马鹿的分子研究尚属空白,本研究于2016年8—9月和2017年2—3月在贺兰山采集新鲜阿拉善马鹿粪便样本396份,使用线粒体Cyt b区DNA引物对提取的DNA进行物种鉴定和9对微卫星引物对其个体识别,共鉴定出278个阿拉善马鹿个体,基于线粒体Cyt b DNA对其全序列进行分析。使用线粒体Cyt b区引物对提取的粪便DNA扩增,获得了1 075 bp的序列,检测到10个变异位点,并定义了10个单倍型。其中10个变异位点占分析长度的0. 93%,均为碱基代换,无碱基插入和缺失。其单倍型多样性为0. 243,核苷酸多样性为0. 000 32。中性检验Tajima's D值为显著负值,Fu和Li's D值为不显著的负值,表示阿拉善马鹿可能经历瓶颈事件并随后出现种群扩张。在系统发育树中,阿拉善马鹿单独聚成一支且与东北马鹿亲缘关系较近,与其他中国马鹿亚种亲缘关系较远。本研究表明野生阿拉善马鹿种群总体遗传多样性较低,建议加强对该亚种的保护力度。     

江淮水牛线粒体D-loop区和Cytb基因遗传多态性及系统发育分析

为研究安徽江淮水牛群体的分子种质特性,本试验测定了江淮水牛2个亚群共82个个体的线粒体D-loop区和细胞色素b基因完整序列,分析了序列遗传多态性及系统进化关系,并结合GenBank中已发表的141条中国水牛D-loop序列,进行了联合分析。结果在D-loop区内共发现核苷酸多态位点91个,组成104个单倍型,其中32个是在江淮水牛中新发现的单倍型。总体mtDNA D-loop区核苷酸多样性为(0.015 43±0.001 42),单倍型多样性为(0.948±0.009)。其中,江淮水牛的mtDNA D-loop区核苷酸多样性为(0.014 89±0.002 32),单倍型多样性为(0.955±0.013),表明其群体遗传多样性丰富,群体变异性水平与中国其他水牛群体接近。根据线粒体D-loop区单倍型构建系统树和进化网络,显示江淮水牛存在沼泽型水牛线粒体支系A和B,表明其具有2个线粒体母系来源,其中B支又分为b1和b2两个亚支;针对细胞色素b基因的进化分析也支持这一结论。这些研究结果为今后开展江淮水牛遗传资源的保护和利用提供了客观依据。     

用CPN60基因序列研究隐孢子虫种系发育关系

本试验以编码线粒体功能性蛋白Chaperonin 60(CPN60)的核基因作为研究对象,对隐孢子虫分离株CPN60基因进行扩增测序,用Clustal X1.81对扩增序列与GenBank相关参考序列进行比对,然后用PAUP4.0程序中邻接法(Neighbor-joining,NJ)、最大简约法(Parsimony,MP)构建基因树,同时用TREEPUZZLE程序Version4.1构建最大似然树(Maximum likelihood,ML),以确定不同隐孢子虫虫株之间的进化关系,并以18S rRNA和HSP70基因构建的进化树作参照,评价CPN60是否更适合作为隐孢子虫基因分型和进化关系的分子标记。结果显示:基于CPN60构建的进化树将隐孢子虫分为两大类:C.baileyi和C.meleagridis处于一个分枝,C.hominis、C.suis、C.parvum牛基因型和C.parvum鼠基因型处于另一个分枝上。不同隐孢子虫之间的同源性介于96%~100%,能有效区分隐孢子虫不同基因型。因此,CPN60基因序列也可作为隐孢子虫分离株种系发育的遗传标记。     

Sequence Analysis of Bluetongue Virus 1 M6 Gene in Yunnan Province

The object of this study was to investigate the evolution and variation of NS1 encoding gene (M6) of Bluetongue virus 1 (BTV-1) from Yunnan province and the evolutionary relationship of strains which from Yunnan province and other countries.RNA were extracted from four strains (Y863,SZ120169,6-12 and 7-12),and M6 gene were amplified by using specific primer and sequenced,which were analyzed by using bioinformatics software for nucleotides homology and phylogenetic relationships.The results showed that four strains M6 gene were 1 763 bp;The homology of nucleotides among four strains M6 gene were 95.2% to 99.9%,the amino acids among four strains M6 gene were 97.6% to 99.8%,the homology of nucleotides between Y863 (1979) and 3 strains (SZ120169,6-12 and 7-12) were 95.5%,95.2% and 95.2%,the amino acids between Y863 (1979) and 3 strains were 97.6%,98.4% and 98.2%,the homology of nucleotides and amino acids were high (96.9% to 99.9% and 99.1% to 99.8%,respectively) among four Yunnan strains.BTV was divided into two clusters (Western and Eastern) and four strains (BTV-1) from Yunan province belong to Eastern cluster.The homology of nucleotides and amino acids among four Yunnan strains was 95.2% to 99.9% and 97.6% to 99.8% respectively;The genetic distance were close among four Yunnan strains and strains from Greece and Australia,the homology of nucleotides and amino acids between them were 90.4% to 95.6% and 95.1% to 99.1%;The genetic distance were distinct among four Yunnan strains and strains from Mediterranean countries (Italy,Fance,Algeria,Morocco and Tunisia) and South Africa;The homology of nucleotides and amino acids between them were below 83.8% and 95.7%,so we found that gene clusters distribution was related to the geographical distribution for BTV.In a conclusion,four Yunnan strains belong to Eastern cluster and the speed of genetic variation of M6 from Yunnan province was slow,so M6 gene could be used in study of gene group of distribution and origin of geographical area.     

副猪嗜血杆菌16S rRNA基因的克隆及序列分析

本研究旨在从分子水平对副猪嗜血杆菌湖南分离株进行鉴定,并用16S rRNA序列分析不同血型副猪嗜血杆菌之间的遗传关系。利用PCR扩增副猪嗜血杆菌的16S rRNA,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对,再用Phylip 3.67程序MP法和Mage 4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle 5.2程序构建最大似然树,同时利用DNAStar 5.0中的Megalign程序进行同源性分析。结果显示,所获得的16S rRNA序列长度均为783 bp,湖南分离株与已知5型副猪嗜血杆菌位于同一分枝。结果表明,湖南分离株属于5型副猪嗜血杆菌,为副猪嗜血杆菌的分子流行病学和其相关疾病的诊断奠定基础。     

感染高原鼠兔的皮蝇蛆16SrRNA基因序列研究

利用分子生物学技术对高原鼠兔感染皮蝇蛆16SrRNA基因进行了研究,扩增出长度为551 bp的序列,克隆测序,将其序列与GenBank中的皮蝇科、胃蝇科的序列进行了聚类分析,并构建分子进化树.结果显示,感染高原鼠兔的皮蝇蛆与皮蝇科的皮蝇蛆遗传距离更近,在一个大的进化树分支上,基因片段同源性84.6％～88.4％之间,与胃蝇科的红尾胃蝇基因片段同源性60.1％ ～64.4％之间.几株感染高原鼠兔的皮蝇蛆之间的基因片段同源性94.4％～99.6％之间.     

云南蓝舌病病毒1型毒株M6基因序列分析

为了解云南蓝舌病病毒(Bluetongue virus,BTV) 1型M6基因流行株的遗传变异及其与国内外流行病毒的遗传进化关系,试验从细胞培养物中分别提取4株云南分离株BTV-1 (Y863、SZ120169、6-12和7-12) RNA,用M6基因特异引物进行RT-PCR扩增和测序,采用生物信息学软件对获得的M6基因编码区序列进行核苷酸、氨基酸同源性比对及遗传进化分析.结果表明,分别获得4株云南分离株BTV-1 M6基因1 763 bp序列;4株云南分离株BTV-1核苷酸同源性在95.2%~99.9%之间,氨基酸同源性在97.6%~99.8%之间,1979年师宗分离的Y863病毒毒株与2012年师宗(SZ120169)、2013年江城(6-12、7-12)分离的3株病毒毒株核苷酸同源性分别为95.5%、95.2%和95.2%,氨基酸同源性分别为97.6%、98.4%和98.2%,而近两年(2012、2013)分离病毒核苷酸和氨基酸同源性较高,分别在96.9%~99.9%和99.1%~99.8%之间;遗传进化分析发现,4株云南分离株BTV-1为Eastern基因群病毒,它们之间核苷酸和氨基酸同源性分别为95.2%~99.9%和97.6%~99.8%;进一步分析发现4株云南分离株BTV-1与希腊及澳大利亚 BTV-1型毒株亲缘关系较近,核苷酸和氨基酸同源性分别为90.4%~95.6%和95.1%~99.1%,而与地中海国家(意大利、法国、阿尔及利亚、摩洛哥和突尼斯)和南非毒株关系较远,核苷酸和氨基酸同源性分别在83.8%和95.7%以下.4株云南分离株BTV-1属于Eastern基因群病毒,云南分离株BTV-1 M6基因在自然进化中发生遗传变异缓慢,该基因可以用来进行BTV-1基因群分布及毒株的地理区域来源相关的研究.