玉米褪绿斑驳病毒3种PCR检测方法的建立与比较

 以带有玉米褪绿斑驳病毒(MCMV)的玉米叶片为材料,研究建立了MCMV 的普通RT-PCR、TaqMan 实时荧光RT-PCR 和SYBR Green Ⅰ实时荧光RT-PCR 检测方法,并比较了3种方法的灵敏度。结果表明:TaqMan 实时荧光RT-PCR 的检测灵敏度最高,最低检出量可达1.61 fg,SYBR Green Ⅰ实时荧光RT-PCR 略逊之,普通RT-PCR 的检测灵敏度则相对较低,与前两者相差10~100倍。     

三种PCR方法检测柑橘黄龙病菌的效果比较

为了比较常规PCR、巢式PCR和实时荧光定量PCR方法在大田检测中对柑橘黄龙病(Huanglongbing, HLB)的检测效果, 首先比较了3种检测方法对柑橘黄龙病菌检测的灵敏度, 结果发现：3种检测方法的灵敏度依次为常规PCR<巢式PCR<实时荧光定量PCR。运用3种检测方法对广东5个柑橘品种上的189个黄龙病疑似病样进行检测, 结果发现：黄龙病检出率依次为常规PCR<巢式PCR<实时荧光定量PCR。研究表明：常规PCR适合以较低成本大规模检测黄龙病; 实时荧光定量PCR具有最大的检测灵敏度; 巢式PCR检测技术同时具有前两者的一些优点, 但操作较复杂, 适合技术熟练的研究者使用。     

三种分子检测体系的比较及柑橘果园黄龙病监测

为了评价3种PCR分子检测体系对柑橘黄龙病(citrus huanglongbing,HLB)大田诊断效果,综合比较了常规PCR、巢式PCR和SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR(SG Ⅰ-qPCR)方法对柑橘黄龙病菌检测的灵敏度、特异性和准确度等参数,并用SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR和巢式PCR监测广西柑橘园疑似HLB样品425个,比较了2种检测体系的阳性检出率。基于CQULA04F/CQULA04R引物对的SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR的灵敏度可达10 ag/μL;而巢式PCR灵敏度为100 ag/μL,巢式PCR较常规PCR检测灵敏度高104倍。疑似样品的HLB病原SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR和巢式PCR检出率分别为46.6%、40.0%。各检测体系的灵敏性、特异性、符合度依次为SYBRGreen Ⅰ荧光定量PCR>巢式PCR>常规PCR。研究表明,SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR可作为果园大规模HLB早期诊断和监测的首选,而在缺乏定量检测仪器时,巢式PCR也可用于HLB的检测,但需注意避免空气污染导致的假阳性。     

实时荧光RT-PCR方法检测香石竹环斑病毒

 本研究以香石竹环斑病毒(Carnation ringspot virus, CRSV)的5个分离物为研究对象,根据CRSV运动蛋白（MP）基因的保守序列设计一对特异性引物和TaqMan荧光探针,建立了检测CRSV 的实时荧光RT-PCR（real-time fluorescent RT-PCR）方法。该方法利用TaqMan探针水解产生的荧光信号实时监测目标基因的扩增,实现real-time fluorescent PCR扩增和检测同步进行。结果表明,本研究建立的实时荧光RT-PCR方法具有更快速、灵敏和特异的优点,与普通RT-PCR方法相比其灵敏度提高了100倍,适合于对进境种苗携带的CRSV的快速检测。     

免疫凝聚试纸条和TaqMan探针实时荧光PCR检测西瓜细菌性果斑病菌比较研究

 以西瓜细菌性果斑病菌(Acidovorax avenae subsp.citrulli)菌悬液和田间采集的病组织为试材,研究了免疫凝聚试纸条和实时荧光PCR技术检测的灵敏度和适应性。结果表明,免疫凝聚试纸条检测灵敏度为10⁶ cfu/mL,具有简便、快速、易操作特点,适用于田间快速检测和病害诊断;TaqMan探针实时荧光PCR检测灵敏度达10^3~4 cfu/mL,比传统PCR检测灵敏度(10⁵ cfu/mL)提高了10~100倍,且不需要琼脂糖凝胶电泳、溴化乙锭染色和Southern杂交。但需要昂贵的仪器和试剂,适用于室内检测及相关研究。     

应用常规RT-PCR和荧光定量RT-PCR检测柑桔衰退病毒

 根据柑桔衰退病毒(CTV)P20基因序列设计cquctv9/cquctv10特异引物对,以柑桔RNApolymeraseⅡ基因作为内参照,建立了柑桔衰退病的常规RT-PCR快速检测体系;依据柑桔衰退病毒P20基因序列设计cquctv1/cquctv2特异引物对和TaqMan探针cquctvp1,建立了柑桔衰退病荧光定量RT-PCR快速检测体系。常规RT-PCR检测下限是含有CTV的50pg总RNA,荧光定量RT-PCR法的检测下限是2fg纯CTV片段。荧光定量RT-PCR的灵敏度相对比常规RT-PCR高100倍。利用常规RT-PCR和荧光定量RT-PCR体系对从2005年3月到2006年7月采自田间的样品进行检测,结果表明,2种检测体系都有很好的特异性和准确性;对183个田间柑桔苗木样品带毒率检测结果表明,荧光定量RT-PCR检出率为(82.5%),比常规RT-PCR检出率(73.2%)高。     

应用激光共聚焦显微扫描术研究小麦矮腥黑穗病菌和小麦网腥黑穗病菌冬孢子的自发荧光特性

本文应用共聚焦激光扫描显微术(CLSM)对小麦矮腥黑穗病(TCK)和小麦网腥黑穗病菌(TCT)冬孢子的自发荧光特性进行了研究。研究表明:在这两种冬孢子中,它们各自都含有自发荧光物质,而且都能在488nm、543nm这2种波长激发光激发下,分别在相应的510～530nm、580～600nm范围中得到相应发射光,只是在488nm波长激发光激发下,两种冬孢子发射出的光荧光强度最高,荧光光分布均匀,大体形态清楚;但层切扫描发现自发荧光在这两种冬孢子的空间分布存在明显差异:TCK冬孢子的自发荧光物质主要分布在外孢壁和网脊上,而在原生质中分布少;TCT冬孢子的自发荧光物质主要分布在原生质中,孢壁分布少,而网脊上不分布。应用CLSM在实际TCK检测工作中,能克服荧光显微镜存在的检测重复性较差、可靠性小的缺点,提升了TCK检验检疫的技术水平。     

甘薯褪绿矮化病毒西非株系实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

 依据GenBank中登录的甘薯褪绿矮化病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)西非株系(WA)的核苷酸序列,分别设计两对特异性引物和一条TaqMan探针。以SPCSV-WA外壳蛋白(cp)基因的重组质粒为阳性标准质粒绘制标准曲线,通过优化反应体系和反应条件,建立了SPCSV-WA的实时荧光定量PCR检测方法。试验结果表明,该方法只能检测到目的病毒,标准曲线的斜率和相关系数分别为-3.239和1,扩增效率为103.568%。最低可检测到约3.31 copies/μL的阳性质粒,灵敏度比常规PCR高1 000倍。本研究建立的SPCSV实时荧光定量PCR方法可用于田间样品的检测,为SPCSV的早期预警和流行学研究提供了技术手段。     

葡萄苦腐病菌的分子检测方法

葡萄苦腐病菌(Greeneria uvicola)是我国检疫性有害生物.本研究根据G.uvicola的ITS基因序列,设计了PCR引物GUA-1和GUA-2以及实时荧光PCR引物GUA-P1和GUA-P2及荧光探针GUA-Probe-117.利用引物GUA-1和GUA-2进行PCR扩增,G.uvicola和感染G.uvicola的红提葡萄可产生354 bp的特异性片段;实时荧光PCR扩增,G.uvicola和感染G.uvicola的红提葡萄均出现强荧光信号(△Rn)增加.而葡萄上其他常见真菌样品以及健康的红提葡萄既无特异性扩增也无荧光信号增加.灵敏度测试中,普通PCR可检测到含G.uvicola DNA浓度0.05ng/μL以上的样品,实时荧光PCR可检测到含G.uvicola DNA浓度0.0005 ng/μL以上的样品.由此确立了G.uvicola的两种稳定可靠、灵敏的分子检测方法.     

甘蔗宿根矮化病菌实时荧光定量PCR检测方法的建立

 甘蔗宿根矮化病是由Leifsonia xyli subsp. xyli (Lxx)引起的一种世界性甘蔗细菌病害。根据Lxx的Pat1基因保守序列,设计并合成了一对特异性引物Pat1F (5′-GGTTCCATTGCTTACCGATT-3′)/Pat1R(5′-CAAGTTTCGACAGGAACAGC-3′),和一条TaqMan探针(FAM-5′-CCACGGCTACGTCAATTCGGG-3′-TAMRA),建立了一种特异性强、灵敏度高的甘蔗宿根矮化病菌实时荧光定量PCR检测方法。结果表明,本研究建立的实时荧光定量PCR方法,对Lxx的检测最低下限为10² copies·μL^-1。应用实时荧光定量PCR与常规PCR方法对14个甘蔗品种进行Lxx检测,阳性检出率分别为86%和43%,表明实时荧光定量PCR比常规PCR检测方法具有更高的灵敏度。研究结果为甘蔗宿根矮化病的诊断、田间发生动态监测、脱毒健康种苗检测及品种/材料交换检疫检测提供了新技术支撑。     

苹果茎痘病毒双重RT-PCR检测体系的建立及应用

<正>病毒病是危害苹果(Malus domestica)的一类重要病害。已报道的苹果病毒种类很多,在我国发生普遍的主要有苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)、苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)、苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)、苹果花叶病毒(Apple mosaic virus,ApM V)以及苹果锈果类病毒(Apple scar skid viroid,ASSVd)~([1～3])。病毒或类病毒混合     

4种番茄病毒多重RT-PCR检测及应用

<正>番茄是全世界栽培最为普遍的果菜之一,2011年世界番茄栽培面积约805万亩,年产量约3 773万t,我国是世界番茄种植大国之一,2011年面积96667公顷,产量约679万t,随着番茄种植面积不断扩大,番茄病毒病的危害逐年加重~([1])。世界范围内番茄除了已有的TMV抗病资源与育成的抗     

利用小RNA高通量测序技术检测玉米病毒

正玉米是我国重要的粮食作物,种植范围日趋增大,病害的发生对玉米造成极大为害,病毒病对玉米稳产高产已构成严重威胁。近年来,安徽、山东和辽宁玉米主要种植区病毒病危害较重。为了检测发病玉米的病毒种类,本研究利用小RNA高通量测序技术鉴定玉米病毒,明确种类,以期为制定抗病毒策略提供理论依据。据不完全统计,世界上有40多种玉米病毒病(http://en.wikipedia.org),在我国发生并报道的有5种,分别为玉米粗缩病、玉米矮花叶病、玉米条纹矮缩病、玉米红叶病和玉     

江西甘蔗花叶病病原的分子鉴定

 Sugarcane mosaic disease, caused by Sugarcane mosaic virus (SCMV), Sorghum mosaic virus (SrMV), Maize dwarf mosaic virus (MDMV) or Johnsongrass mosaic virus (JGMV) in Potyvirus, is one of the most important viral diseases of sugarcane. In the study, four primer pairs specific to SCMV, SrMV, MDMV and JGMV, respectively, were designed and used to detect 29 sugarcane leaf mosaic samples collected from 9 locations in Jiangxi province. The representative RT-PCR products were sequenced. The results showed that 22 samples were infected by SCMV, three by SrMV, and four were mix-infected by SCMV and SrMV. MDMV or JGMV were not identified in all samples. The result indicates that SCMV is the major pathogen of sugarcane mosaic disease in Jiangxi province, and SrMV is also a pathogen for the disease.     

西瓜花叶病毒抗血清制备及其应用

 西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus, WMV)是危害葫芦科作物的重要病毒。制备特异性强、效价高的抗血清对快速准确检测和鉴定WMV具有重要意义。本研究将WMV外壳蛋白(Coat protein,CP)基因克隆到原核表达载体pEHISTEV获得pEHISTEV-WMV-CP。将pEHISTEV-WMV-CP转化大肠杆菌Rosetta,经IPTG诱导,成功表达出分子量约为36 kDa的蛋白,与预期WMV CP大小一致。切胶回收WMV CP,与等体积弗氏不完全佐剂充分乳化后免疫健康新西兰大白兔。Western blotting结果表明,制备的抗血清与WMV CP有反应,与同属的番木瓜环斑病毒(Papaya ringspot virus,PRSV)、马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)、小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus, ZYMV)和烟草花叶病毒属的黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)均无反应。酶联免疫吸附测定(PTA-ELISA)结果表明,本研究制备的WMV抗血清效价为1∶8 192,并且能够检测稀释512倍的病毒汁液。利用该抗血清对田间采集的10个RT-PCR检测为阳性的样品进行检测,全部呈现阳性。本研究利用大肠杆菌表达的CP制备的WMV抗血清具有较高的特异性和灵敏度。研究结果为WMV的快速检测和鉴定奠定了基础。     

南芥菜花叶病毒的几种PCR检测方法的建立和比较研究

 以进境种球中截获的带毒洋水仙和郁金香为试验材料,建立了ArMV的免疫捕获RT-PCR、巢式PCR和Real-time PCR方法,并比较了几种检测方法的灵敏度。DAS-ELISA的检测灵敏度较低,为1mg洋水仙或10mg郁金香带毒种球,而各种PCR方法的灵敏度可高于DAS-ELISA 100倍以上,其中Real-time PCR检测的灵敏度最高,可从20ng洋水仙或2μg郁金香的带毒种球中检出ArMV。鉴于DAS-ELISA灵敏度较低,建议在用ELISA初筛时,如样品OD₄₀₅值与阴性对照OD₄₀₅值之比在2.0左右时需要再用分子方法加以确证,以防漏检。     

烟草丛顶病毒ORF1蛋白的多克隆抗体制备及应用

PCR扩增烟草丛顶病毒(Tobacco bushy top virus,TBTV)的ORF1序列并克隆到原核表达载体pEHISTEV中,转化大肠杆菌Rosetta菌株经IPTG诱导表达TBTV ORF1蛋白。利用切胶纯化的ORF1蛋白免疫新西兰大耳白兔制备并获得抗血清,间接ELISA检测效价为1:24 3000。经抗原亲和纯化从抗血清中得到特异性和灵敏度俱佳的ORF1多克隆抗体。Western blot分析显示,TBTV ORF1多克隆抗体既可以检测田间发病的烟草丛顶病样品中ORF1蛋白,也可检测在体内和体外翻译体系中的TBTV ORF1蛋白的表达。另外发现ORF2蛋白以ORF1延长蛋白的形式存在,根据ORF1和ORF2的重叠情况及潜在的七核苷酸滑动序列和下游的稳定二级结构,推测此ORF1延长蛋白是移码翻译产物。     

地高辛标记cDNA探针检测苹果茎痘病毒

 Partial sequence(314 bp) of ASPV was cloned and used as a probe labelled with digoxigenin-11dUTP. The total RNA extracted from samples with Apple stem pitting virus and a series of dilutions of plasmid with ASPV-cDNA were detected by dot blot hybridization. The results showed that the probe was sensitive and specific. The probe couldn't hybridize with total RNA of Apple stem grooving virus, Apple mosaic virus and Apple chlorotic leaf spot virus samples as well as negative control, only hybridized with that extracted from dormant shoot infected with ASPV. The sensitivity for detection of plasmid contained ASPV-cDNA was 1.64 μg.     

同步检测为害百合种球3种检疫性病毒的多重RT-PCR方法

 The multiplex RT-PCR approach was developed for simultaneous detections of Arabis mosaic virus(ArMV),Strawberry latent ringspot virus(SLRSV)and Lily symptomless virus(LSV)from the imported lily bulbs.The results indicated that good specificity and sensitivity for simultaneous detection were obtained.The ultimate of RNA detection with three viruses mixture was 305 pg.The ultimate of RNA detection with ArMV,SLRSV and LSV were 156.0,13.4 pg and 1.12 ng respectively.This approach has potential to be used in quarantine of imports and exports.     

江苏朱槿上分离到的木尔坦棉花曲叶病毒基因组结构特征分析

 2012年5月,江苏南京朱槿上出现一种新的病毒病害,病株表现明显的叶片上卷、叶脉肿大、叶背伴有耳突、植株矮缩等症状。根据其症状及介体发生状况,对其伴随的病毒种类进行研究,结果发现采集的46份典型症状样品体内均可以检测到粉虱传双生病毒,对其基因组DNA-A组分克隆测序后发现其全长2 736 bp,编码6个ORF,BLAST分析显示该病毒与木尔坦棉花曲叶病毒同源性最高(99.9%),是木尔坦棉花曲叶病毒的一个分离物。病样中同时还检测到伴随DNAβ卫星分子,测序结果显示该卫星全长1 346 bp,编码1个ORF,BLAST及聚类分析结果显示该β卫星与木尔坦棉花曲叶病毒β卫星同源性最高(99.7%),为木尔坦棉花曲叶病毒β卫星的一个分离物。这是木尔坦棉花曲叶病毒首次在长江流域的报道。