利用EST-SSR分子标记研究鲤的饲料转化率性状

饲料转化率是重要的经济性状，通过QTL定位获得的紧密连锁标记以及相关基因，是遗传育种的重要工具。本文利用70个鲤的EST-SSR，对鲤全同胞家系92个体的基因组DNA进行扫描，得到符合1∶1孟德尔分离类型的位点48个，3∶1孟德尔分离类型的位点22个。采用拟回交策略对符合1∶1分离的标记与鲤饲料转化率性状进行单标记回归分析。结果表明：HLJE335、HLJE253、HLE547、HLJE92、HLJE203、HLJE231等6个标记与饲料转化率性状相关（P<0.05）。其中，HLJE547和HLJE203两个标记与饲料转化率相关性达极显著水平（P<0.001），分别解释了表型变异的11.00%、11.00%。应用NCBI数据库，分别对与性状极显著相关的2个ESTSSR标记进行同源性比对，发现标记HLJE547与斑马鱼基因组中编码ATPase, H⁺ transporting, lysosomal的核酸序列同源（同源性为74%），与斑马鱼编码的ATPase, H⁺ transporting, lysosomal的蛋白序列同源（同源性为92%）。推测ATPase可能通过影响鲤消化与吸收等生物学机制，从而影响鲤的饲料转化效率。     

利用SSR﹑EST-SSR、SNP标记对鲤食物转化率、体厚、体质量3种性状的分析

利用Windows Map Manager2.0的标记回归法对鲤(Cyprinus carpio L.)F2群体进行单标记定位分析.用91个SSR标记、33个EST标记、364个SNP标记对鲤进行全基因组扫描,结果得到与食物转化率、体厚、体质量3个性状显著相关(P＜0.05)的标记,分别为27、35、27个,其中与食物转化率相关的标记SNP0041、SNP0044,其相关性达到极显著水平(P＜0.001),贡献率分别达到15%、16%.这些标记可作为分子标记辅助育种的参考标记.将得到的与食物转化率显著相关的EST座位HLJEl4、HLJE253和与体质量显著相关的HLJE253座位在NCBI上进行BLAST比对,结果显示HLJE253与斑马鱼上编码ORF2结构蛋白的基因相关,相关程度达61%.将得到的与3种性状相关的SNP标记在NCBI上进行序列查找,通过Blast比对找到相关的基因,并对可能的功能作了注释.     

鲫体重和体厚相关的EST-SSRs标记筛选及同源基因分析

利用300个EST-SSRs标记对普通二倍体鲫(Carassius auratus)自交F2代的181个个体进行基因型检测,并对其体重、体厚两种经济性状进行单标记回归分析。Permutation检验(10 000次)结果显示,38个标记与所检测的经济性状相关,其中26个标记达到显著性相关(P<0.05),12个标记达到极显著性相关(P<0.01)。在38个相关标记中,有27个标记与体重相关,25个标记与体厚相关,14个标记与体重、体厚均相关。对同一标记的不同基因型之间进行多重比较,找到了与两种经济性状相关的基因型。将与性状相关的38个标记与斑马鱼(Da-nio rerio)基因组序列进行BLAST同源性比对,找到10条相似性高且功能已知的EST-SSRs序列(E相似文献   

利用EST-SSR座位对鲤鱼4种生长性状的单标记回归分析

获得与经济性状连锁的分子标记或基因是开展该性状分子育种的工作基础.本研究以大头鲤/荷包红鲤抗寒品系的雌核发育群体为试验材料,利用Windows Map Manager 2.0的标记回归法进行QTL单标记定位分析,从70个微卫星座位对吻长、头长、尾长、眼间距性状的标记回归研究中,共得到5个标记与性状相关.其中HLJE190、HLJE217、HLJE268与吻长相关,HLJE1与头长、尾长、眼间距相关;C88433与头长、眼间距相关.将C88433通过BLAST比对,结果显示与斑马鱼上控制V型离子泵(ATPase)的基因相关.     

鲤的微卫星标记与体质量、体长、体高和吻长的相关分析

利用24个鲤(Cyprinus carpio L.)EST-SSRs标记和41个SSRs标记对柏氏鲤和荷包红鲤抗寒品系回交子代的84个个体基因组DNA进行检测,共得到182个等位基因,各座位等位基因数2～4个,片段长度142～329bp,有效等位基因数1.391 3～3.935 3,观察杂合度0.321 4～1.0000,期望杂合度0.2829～0.753 5,平均位点多态信息含量0.5120.利用统计软伺FSPSS的GLM程序对65个微卫星标记与鲤鱼体质量、体长、体高和吻长的相关性进行了分析,其中与体质量、体长显著相关的标记是HLJE365;与体质量、体高显著相关的标记是HLJ816;与体质量显著相关的标记是HLJ726,与体长显著相关的标记是HLJ107、HLJ1098;与体高显著相关的标记是HLJ111、HLJ817;与吻长显著相关的标记是HLJE331、HLJ906、HLJ1330.对同一标记不同基因型间进行多重比较,找到与4种性状相关的基因型,并运用数学建模的思想定位等位基因对性状的影响.     

利用EST—SSR座位对鲤鱼4种生长性状的单标记回归分析

获得与经济性状连锁的分子标记或基因是开展该性状分子育种的工作基础。本研究以大头鲤／荷包红鲤抗寒品系的雌核发育群体为试验材料，利用Windows Map Manager2．0的标记回归法进行QTL单标记定位分析，从70个微卫星座位对吻长、头长、尾长、眼间距性状的标记回归研究中，共得到5个标记与性状相关。其中HLJE190、HLJE217、HLJE268与吻长相关，HLJE1与头长、尾长、眼间距相关；C88433与头长、眼间距相关。将C88433通过BLAST比对，结果显示与斑马鱼上控制V型离子泵（ATPase）的基因相关。     

鲤鱼基因组同源框Hoxa3a序列同源性分析与分子进化研究

本文利用生物信息学软件分析了鲤（Cyprinus carpio）基因组中同源框基因Hoxa3a与多种鱼类及其它生物的同源性,构建了分子进化树。结果表明：鲤与斑马鱼（Danio rerio）的序列同源性最高为95%,与大西洋鲑（Salmo salar）等四种鱼类的同源性次之为84%,与米氏叶吻银鲛（Callorhinch...     

鲤胸腺素Tβ全长cDNA的克隆与序列分析

应用荧光DDRT-PCR从鲤外周血白细胞克隆了鲤胸腺素β(thymosinβ,Tβ)基因cDNA全序列。序列分析表明,TβcDNA全长528bp,其完整的读码框架位于40～178bp,编码46个氨基酸,5'非编码区长39bp,3'非编码区长为348bp,且具有Poly(A)加尾信号(AATAAA),将该基因序列递呈GenBank,注册序列号为AY457946。氨基酸序列同源性分析显示,鲤Tβ氨基酸序列与鲤Tβa、斑马鱼Tβa及斑马鱼Tβ-2同源性均为84%。在系统发生树上,鲤Tβ与鲤、斑马鱼、白斑狗鱼和鲑Tβa及斑马鱼Tβ2聚类。     

镜鲤△6脂肪酸脱氢酶CDNA的克隆与表达

利用RT-PCR和RACE方法克隆得到镜鲤Cyprinus carpio肝脏中高不饱和脂肪酸(HUFA)合成代谢的脂肪酸去饱和酶(△6FAD)基因c DNA全序列。结果表明:镜鲤△6FAD基因c DNA全长为1 446bp,开放阅读框(ORF)为1 332bp,编码444个氨基酸。编码的蛋白序列包含FAD全部特征结构区,包括1个细胞色素b5结构域、2个跨膜区和3个组氨酸簇,与其他鱼类的Δ6FAD氨基酸序列具有69.0%~92.0%的同源性。系统树分析显示:与斑马鱼Danio rerio的亲缘关系最近。实时荧光定量PCR(RT-q PCR)检测发现:脂肪酸延长酶基因在镜鲤肝脏中表达量最高,背部肌次之,在血液中表达最低。本研究结果为进一步研究镜鲤HUFA的合成途径及调控机理提供了基础资料。     

鲤四种经济性状的微卫星标记分析

获得与经济性状相关的分子标记或基因是开展该性状分子育种的先决条件。本文利用300个微卫星标记检测了以柏氏鲤和荷包红鲤抗寒品系杂交F2代1个家系、92个个体的基因型,回归分析了其体长、体厚、体高和体重4种经济性状的GLM单标记。Permutation检验结果显示：有23个标记分别与体长、体厚、体高和体重具有显著相关性（P〈0.05）,其中,HLJ44、HLJE28、HLJ1148、HLJ1329、HLJ464与这4种性状极显著相关（P〈0.01）。对同一标记不同基因型之间进行了多重比较,找到了与这4种性状相关的基因型。此研究还发现75个微卫星标记发生了偏分离,其中11个偏分离标记与性状显著相关,偏分离指数分析表明,基因型的偏分离可能与性状的选择压力和选择方式有关。本研究获得的与鲤4种性状相关的标记及基因型,为鲤的分子标记辅助育种（MAS）和生长性状的遗传机制研究提供了有效的依据。