二长棘犁齿鲷线粒体细胞色素b基因序列和分子系统发育分析

利用PCR技术克隆了二长棘犁齿鲷(Parargyrops edita Tanaka)线粒体细胞色素b(Cyt b)基因,该基因的全长为1140bp,并将该基因与GenBank中犁齿鲷、金头赤鲷、真赤鲷、四长棘鲷、黄牙鲷、平鲷、黑棘鲷和灰鳍棘鲷的Cytb序列进行了比较,共检测到407个核苷酸变异位点,占总序列的35.7%。同时结果也显示,二长棘犁齿鲷与犁齿鲷亲缘关系最近,序列差异仅为1.5%,与传统分类一致,它们应同属于犁齿鲷属;与金头赤鲷和真赤鲷的遗传差异分别为8.3%和8.4%,也处于种间的分化水平,且以较高的置信度(100%)在分子系统发育树上聚为一支,是否应该将它们归为一个属还有待于深入研究。     

鲷科鱼类种质资源与利用

近日，中国水产科学研究院南海水产研究所完成了“鲷科鱼类种质资源与利用”科技项目，并通过了由广东省海洋与渔业局组织的鉴定。该项目采用RAPD，AFLP、线粒体控制区序列分析等技术研究了我国近海黄鳍棘鲷、二长棘犁齿鲷、黑棘鲷、黄牙鲷和真赤鲷的遗传多样性和种群遗传结构；采用RAPD技术、线粒体cyt—b基因序列分析等方法研究了我国近海主要鲷科鱼类的亲缘关系和分子系统；     

中国鲷科鱼类骨骼系统比较及属种间分类地位探讨

为进一步探讨鲷科鱼类分类和系统进化关系长期存在的争议问题,实验采用常规方法制备采自中国近海鲷科5属8种(亚种)鱼类的骨骼标本,并对头骨进行比较分析。结果显示,依据尾舌骨腹缘是否分叉、前颌骨犬齿数目、中筛骨背面中央为纵嵴或为凹窝、蝶耳骨后侧缘是否与额骨相连、围眶骨形态、腭骨后支是否发达等特征,将中国鲷科鱼类分为2个类群:平鲷属和棘鲷属为一类;赤鲷属、犁齿鲷属和牙鲷属为另一类。犁齿鲷属和赤鲷属在前颌骨和齿骨的臼齿列数、第三围眶骨、后耳骨以及腭骨等骨骼特征差异较小。金赤鲷与真赤鲷之间、黑棘鲷与切氏黑棘鲷之间骨骼特征差异较小,支持真赤鲷与金赤鲷、黑棘鲷与切氏黑棘鲷为同一物种的观点。研究表明,鲷科鱼类各属种间在尾舌骨、前颌骨、围眶骨、中筛骨、蝶耳骨、腭骨上表现出明显的形态差异,这些特征可以作为属间、种间的鉴别特征。     

竹荚鱼属鱼类线粒体DNA控制区结构及其系统发育分析

采用PCR产物直接测序法测定了2尾来自中国南海的日本竹煲鱼（Trachurus japonicus）线粒体DNA控制区基因全序列，并结合从GenBank中下载的8种竹笑鱼属相应序列，对竹煲鱼属控制区序列进行了结构分析，识别出终止序列区、中央区和保守序列区3个区域，并找到了2个与DNA复制终止相关的序列TAS和中央保守区的保守序列CSB—F、CSB—E和CSB—D，以及保守序列区的保守序列CSBl、CSB2和CSB3。以鳜（Sinipercachuatsi）作为外群，使用邻接法和最大简约法构建了9种竹荚鱼属的系统发育树。竹笑鱼属鱼类为单系类群，蓝竹煲鱼（rpicturatus）、智利竹笑鱼（zmurphyi）、太平洋竹笑鱼（zsymmetricus）、南非竹荚鱼（rcapensis）和竹荚鱼（rtrachurus）构成一支，地中海竹笑鱼（zmediterraneus）、青背竹笑鱼（zdeclivis）、日本竹荚鱼（rjaponicus）和新西兰竹荚鱼（rnovaezelandiae）为另一支；日本竹笑鱼未单独成一支，而是聚人青背竹笑鱼和新西兰竹笑鱼之间，初步猜测日本竹笑鱼和新西兰竹荚鱼为同种异名。     

暗纹东方鲀线粒体DNA控制区结构和系统发育分析

以暗纹东方(Takifugu fasciatus)肝脏线粒体DNA为模板,参照GenBank中红鳍东方(Takifugu rubripes)线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增,获得了暗纹东方线粒体DNA控制区基因(818 bp)及5′端上游的tR-NAPro基因(71 bp)的全序列。控制区碱基组成为T32.2%,C 19.1%,A35.6%,G13.2%。对照其他已报道的鱼类控制区结构,对暗纹东方控制区的结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区,找到了终止相关的序列TAS以及保守序列(CSB1,CSB2,CSB3)。CSB1、CSB2序列相对保守,TAS与其回文基序可形成稳定的茎环结构,成为H-链复制延伸时的终止识别位点。同时运用DNA分析软件对暗纹东方与GenBank中其他10多种鱼类的mtDNA控制区序列进行比对,并选取东方属的7种鱼类mtDNA控制区序列构建分子系统树。结果显示控制区基因较适于科鱼类中同属不同种的系统发育分析。     

舟山海域4种鲷科鱼类线粒体Cytb基因全序列克隆分析

摘要：克隆测序了分布于舟山海域的真鲷（Pagrus pagrus）、黑鲷（Sparus macrocephalus）、黄鳍棘鲷（Acanthopagrus latus）和二长棘鲷（Parargyrops edita）4种鲷科鱼类的线粒体Cytb基因1141bp的全序列。通过对4种鲷科鱼类Cytb基因序列的比对分析，发现了292个核苷酸变异位点，其中存在186个信息位点，序列中的转换大于颠换，碱基替换多发生于密码子第3位。遗传距离分析表明，4种鲷科鱼类的遗传差异在0．0967～0．2275之间，其中真鲷与二长棘鲷之间遗传距离最小，为0．0967，黄鳍棘鲷与二长棘鲷的遗传距离最大，为0．2275；序列变异的转换／颠换比值在2．2930～7．3587之间。以25种鲈总科鱼类构建的系统树表明鲷科鱼类与其他科的鱼类存在较远的遗传亲缘关系。     

圆斑星鲽mtDNA控制区结构

对圆斑星鲽mtDNA控制区序列及鲽形目鱼类鲽科的条斑星鲽、大西洋黄盖鲽、马舌鲽，美洲拟庸鲽和鲆科的牙鲆以及鳎科的欧洲鳎、塞内加尔鳎、沙鳎控制区进行了比较分析。结果表明，圆斑星鲽的控制区序列可分为扩展终止相关序列区（ETAS）、中央保守区（CSB—A、B、C、D、E、F）、保守序列区（CSB1、CSB2、CSB3）和串联重复序列区（Tandem repeat region）。通过与其他脊椎动物线粒体控制区序列的比较，发现鲽形目的鲆、鲽类和鳎类与两栖纲的无尾类在CSB-3之后存在相似的串联重复序列。     

4种鲷科鱼类的线粒体细胞色素b基因序列及分子系统学分析

从鲷科鱼类中黄猪鲷(Sparus latus)、黑鲷(S.macrocephalusM)、真鲷(Pagrosomus major)和平鲷(Rhabdosargus sarba)的线粒体DNA扩增出约430bp的细胞色素b(Cytb)基因，经Clastal X同源排序后得408bp序列，对该序列进行分析并结合GeneBank中黄鲷(Taius turnifrons)、灰鳍鲷(S.berda)、犁齿鲷(Evynnis japonica)和高背四长棘鲷(Argyrops spinifer)的该区段DNA序列比较，共发现126个核苷酸位点存在变异(30．7％)，序列中的转换大于颠换，碱基替换多发生在密码子的第3位点。黑鲷和灰鳍鲷亲缘关系最近，序列差异为3.8％；而黄鲷和平鲷的亲缘关系最远，序列差异为21．7％。用MEGA2．1软件中的NJ法构建的分子系统树，将上述8种类分为4组，其中黄鲷属、平鲷属和鲷属分类的结果与形态分类学的观点一致；而传统分类上把犁齿鲷、真鲷和高背四长棘鲷归为3个不同属，在本研究分子系统树中，这3个属却聚成一支。本研究目的在于从分子水平上阐明鲷科鱼类的分类与系统进化关系。     

斜带髭鲷线粒体DNA控制区序列的结构分析

采用PCR技术获得我国南海斜带髭鲷（Hapalogenys nitens）养殖及野生群体共50尾样品的mtDNA控制区全序列,长度范围788～790bp;测得序列与GenBank下载的其他鲈形目鱼类D-loop全序列利用CLUSTALX进行排序后,对控制区结构进行分析。识别了其终止结合序列区、中央保守区和保守序列区,指出了终止相关序列的主体是TACAT与其反向互补序列ATGTA以及一系列保守序列（CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-1、CSB-2、CSB-3）,并给出了其一般形式;此外,基于斜带髭鲷D-Loop全长序列,利用贝叶斯法构建了分子系统进化树。结果显示,斜带髭鲷养殖群体与野生群体部分样品各自紧密聚成一小支,而在整棵进化树上,养殖样品与野生样品相互交错聚集在一起,可见本研究海区斜带髭鲷养殖群体与野生群体之间的遗传差异分化不显著。     

竹筴鱼属鱼类线粒体DNA控制区结构及其系统发育分析

采用PCR产物直接测序法测定了2尾来自中国南海的日本竹筴鱼(Trachurus japonicus)线粒体DNA控制区基因全序列,并结合从GenBank中下载的8种竹筴鱼属相应序列,对竹筴鱼属控制区序列进行了结构分析,识别出终止序列区、中央区和保守序列区3个区域,并找到了2个与DNA复制终止相关的序列TAS和中央保守区的保守序列CSB-F、CSB-E和CSB-D,以及保守序列区的保守序列CSB1、CSB2和CSB3.以鳜(Siniperca chuatsi)作为外群,使用邻接法和最大简约法构建了9种竹筴鱼属的系统发育树.竹筴鱼属鱼类为单系类群,蓝竹筴鱼(T.picturatus)、智利竹筴鱼(T.murphyi)、太平洋竹筴鱼(T.symmetricus)、南非竹筴鱼(T.capensis)和竹筴鱼(T.trachurus)构成一支,地中海竹筴鱼(T.mediterraneus)、青背竹筴鱼(T.declivis)、日本竹筴鱼(T.japonicus)和新西兰竹筴鱼(T.novaezelandiae)为另一支;日本竹筴鱼未单独成一支,而是聚入青背竹筴鱼和新西兰竹筴鱼之间,初步猜测日本竹筴鱼和新西兰竹筴鱼为同种异名.     

斜带髭鲷线粒体DNA 控制区序列的结构分析

采用PCR技术获得我国南海斜带髭鲷(Hapalogenys nitens)养殖及野生群体共50尾样品的mtDNA控制区全序列,长度范围788 ～790 bp;测得序列与GenBank下载的其他鲈形目鱼类D-loop全序列利用CLUSTAL X进行排序后,对控制区结构进行分析.识别了其终止结合序列区、中央保守区和保守序列区,指出了终止相关序列的主体是TACAT与其反向互补序列ATGTA以及一系列保守序列(CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-1、CSB-2、CSB-3),并给出了其一般形式；此外,基于斜带髭鲷D-Loop全长序列,利用贝叶斯法构建了分子系统进化树.结果显示,斜带髭鲷养殖群体与野生群体部分样品各自紧密聚成一小支,而在整棵进化树上,养殖样品与野生样品相互交错聚集在一起,可见本研究海区斜带髭鲷养殖群体与野生群体之间的遗传差异分化不显著.     

Comparative analysis of mitochondrial control region in polyploid hybrids of red crucian carp (<Emphasis Type="Italic">Carassius auratus</Emphasis>) × blunt snout bream (<Emphasis Type="Italic">Megalobrama amblycephala</Emphasis>)

The entire sequences of the mitochondrial (mt)DNA control region (CR) and portions of its flanking genes in the red crucian carp (RC) and blunt snout bream (BSB) as well as their polyploid hybrids (3nRB, 4nRB and 5nRB) were determined and subjected to a comparative analysis. The mtDNA-CRs of these five fish species ranged from 923 to 937 bp in length, they had the same flanking gene arrangement as other vertebrates and the pattern of nucleotide substitution bias was also similar to that in other vertebrates. Our data are consistent with the viewpoint of three domains [extended terminal associated sequence (ETAS domain), central conserved sequence block domain and conserved sequence block (CSB) domain] within the mtDNA-CR of mammals. On the basis our comparative analysis of the mtDNA-CRs of these five fish species, we were able to identify the consensus sequences of functional conserved units, including the ETAS, CSB-F, CSB-D, CSB-E, CSB1, CSB2 and CSB3 and putative promoter. The percentage of variable nucleotide positions (41.98%) in the central domain was lower than those in the ETAS and conserved domain (71.70 and 47.12%, respectively), suggesting that the central domain was the most conserved part of the mtDNA-CR. These results provide useful and important information for the further study of mtDNA-CR structure in fish. The sequence similarities of mtDNA-CR among the 3nRB, 4nRB, 5nRB hybrids and their respective female parents were higher than those among the 3nRB, 4nRB, 5nRB hybrids and their respective male parents, providing the direct evidence of stringent maternal inheritance of mtDNA-CR in the 3nRB, 4nRB and 5nRB hybrids.     

泥鳅线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性研究

采用PCR和DNA测序技术对4个泥鳅（Misgurnus anguillicaudatus）群体的线粒体DNA控制区序列进行比较，研究其遗传多样性和控制区的结构。结果显示，用于分析的线粒体DNA控制区片段序列为918～920bp。32个序列中共发现了56个多态位点，其中32个转换位点，19个颠换位点，5个转换与颠换同时存在的位点，定义了32种单倍型。同时对控制区结构进行分析，识别了其终止序列区（ETAS）、中央保守区（CD）和保守序列区（CSB）的关键序列。4个地理群体的单倍型多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异数（K）分别为0．992、0．012和10．698。群体间的平均Kimura双参数遗传距离（Kimura 2-parameter distance，K2-P）、遗传分化指数（Fst）、基因交流值（Nm）和分子方差分析（AMOVA）均表明4个泥鳅群体具有较高的遗传分化，基因交流贫乏。利用核苷酸序列构建的NJ分子系统树揭示4个群体分为2个谱系，除范县群体外，其余各群体间相互交叉聚集。     

北部湾二长棘犁齿鲷的时空分布特征

二长棘犁齿鲷(Evynnis cardinalis)作为北部湾主要经济鱼类之一,长久以来受过度捕捞的影响,其资源量发生较大波动,将对渔业生产和种群结构有较大影响。文章根据2014年~2015年近海渔业资源调查资料,应用生物量和个体数单位捕捞努力量渔获量(CPUE)综合分析该鱼种资源的季节变化和空间分布。结果表明该鱼种广泛分布于北部湾中国管辖海域内,四季的出现率均在86%以上。生物量和个体数CPUE有明显的季节变化,均表现为最高值在夏季(平均值分别为7.3 kg·h~(-1)和240.83尾·h~(-1)),而冬季最低(平均值分别为1.76 kg·h~(-1)和21.94尾·h~(-1))。从空间分布看,生物量和个体数CPUE高值区主要分布于北部湾20°N以北海域,而低值区则处于海南岛西部海域。近年来在该海域实施的资源养护措施已取得初步成效,相比于20世纪90年代,二长棘犁齿鲷的资源量有所恢复。但二长棘犁齿鲷生物学特征分析结果表明,体长200 mm或体质量80 g以上的群体比重总体偏低,种群低龄化和小型化问题仍较为严峻,需采取新的管理措施(增大最小网目和开捕体长),以降低捕捞强度,改善种群结构。