鳜鱼病毒核酸随机引物扩增与克隆↑（*）

从感染鳜鱼病毒（ Ｓｉｎｉｐｅｒｃａ ｃｈｕａｔｓｉ Ｖｉｒｕｓ,简称ＳＣＶ） 的鳜鱼体中分离病毒,提纯核酸作模板。通过ＲＡＰＤ 法,用带酶切位点的引物进行病毒核酸随机引物扩增,获得扩增带谱。从带ＥｃｏＲⅠ酶切位点的引物扩增产物中,用琼脂糖凝胶电泳回收大小约为０ ．４ 和０ ．５ Ｋｂｐ 的片段,经ＥｃｏＲⅠ酶切处理制备成带粘性末端的片段,分别插入质粒ｐＵＣ１９ 的ＥｃｏＲⅠ位点。ＥｃｏＲⅠ酶对重组子进行了酶切鉴定,获得２ 种带插入ＳＣＶ 核酸ＰＣＲ扩增产物的重组子。     

镢鱼病毒核酸随机引物扩增与克隆

从感染鳜鱼病毒（Ｓｉｎｉｐｅｒｃａ ｃｈｕａｔｓｉ Ｖｉｒｕｓ,简称ＳＣＶ）的鳜鱼体中分离病毒,提纯核作模板。通过ＲＡＰＤ法,和带酶切位点的引物进行病毒核酸随机引物扩增,获得扩增带谱。从带ＥｃｏＰＩ酶切位点的引物扩增产物中,用琼脂糖凝胶电泳回收大小约为０．４和０．５Ｋｂｐ的片段,经ＥｃｏＲＩ酶切处理制备成带粘性未端的片段,分别插入质粒ｐＵＣ１９的ＥｃｏＰＩ位点。ＥｃｏＲＩ酶对重组子进行了酶切鉴定,     

牙鲆和大菱鲆养殖群体的分子标记和遗传变异

用１６个１０碱基随机引物对养殖牙鲆（Ｐａｒａｌｉｃｈｔｈｙｓ ｏｌｉｖａｃｅｕｓ）和大菱鲆（Ａｃｏｐｈｔｈａｌｍｕｓ ｍａｘｉｍｕｓ）进行基因组随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）遗传分析。发现：（１）多个引物具有种的特异性扩增带。其中引物Ｓ７扩增的６９０和１１６０ｂｐ带,引物Ｓ２扩增的６８０ｂｐ带为牙鲆的种的特异性谱带;而引物Ｓ７扩增的６５３和８８９ｂｐ带,引物Ｓ２扩增的６５０、８７０、９９０及１１     

中国对虾杆状病毒PCR扩增产物的DNA序列测定及分析

采用台湾报道的白点综合征相关杆状病毒的一对特异引物，对中国对虾的杆状病毒进行ＰＣＲ扩增，获得了预期的１４４７ｂｐ的扩增产物，将ＰＣＲ产物用ＱＩＡＥＸＩＩ纯化，直接进行序列测定。部分序列测定及分析结果表明，中国对虾的杆状病毒的部分ＤＮＡ序列与台湾ＷＳＢＶ的相关序列的同源性为９８．７％，经计算机分析该段基因序列有６个ＯＲＦ。该ＰＣＲ引物可以用中国对虾杆状病毒及其中相关病毒的检测与比较研究。     

中华绒螯蟹线粒体DNA l2S rRNA基因片段的序列研究

首次进行了中华绒螯蟹（ Ｅｒｉｏｃｈｅｉｒ ｓｉｎｅｎｓｉｓ）线粒体 ＤＮＡ １２ＳｒＲＮＡ的序列分析。参考果蝇、蚤状溞序列对中华绒螯蟹线粒体ＤＮＡ １２ＳｒＲＮＡ基因片段做了引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定，结果得到 ４５７ ｂｐ的碱基序列，其Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量分别为 １５９ｂｐ（３４．７９％）、１７７ｂｐ（３８．７３％）、５１ｂｐ（１１．１６％）、７０ｂｐ（ １５． ３２％），与果蝇、蚤状溞的相同基因片段的序列含量基本相似。     

中华绒螯蟹线粒体DNA 12S rRNA基因片段的序列研究

首次进行了中华绒螯蟹（Ｅｒｉｏｃｈｅｉｒ ｓｉｎｅｎｓｉｓ）线粒体ＤＮＡ１２ＳｒＲＮＡ的序列分析。参考果蝇、蚤状序列对中华绒螯蟹线粒体ＤＮＡ１２ＳｒＲＮＡ基因片段做了引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定，结果得到４５７ｂｐ的碱基序列，其Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量分别为１５９ｂｐ（３４．７９％）、１７７ｂｐ（３８．７３％）、５１ｂｐ（１１．１６％）、７０ｂｐ（１５．３２％）、与果蝇、蚤状的相同基因片段的序列含量基     

鳜鱼病毒PCR诊断方法的建立

从ＲＡＰＤ扩增的鳜鱼病毒（ＳＣＶ）核酸电泳带中回收了二个片断，克隆子pUC19质粒（称为ＳＣＶＥ３６９和ＳＣＶＥ４５０），序列分析表明插入片段分别为３６９bp和450bp与ＧenBank序列没有显著的同源，根据克隆序列调计两对引物Ｐ１／Ｐ２和Ｐ３／Ｐ４ ，在健康鳜鱼，病鳜以及提纯的ＳＣＶ核酸中进行ＰＣＲ试验，结果表明，Ｐ１／Ｐ２组引物在ＳＣＶ基因组中扩增出特异性核酸片段，可作为鳜鱼病毒ＰＣＲ诊断，检测片段为３６９bp.     

基于病毒宏基因组技术侦测牡蛎体内病毒

建立了牡蛎(Crassostrea spp.)病毒宏基因组研究方法,应用差速离心和蔗糖垫超速离心提取病毒样颗粒,核酸酶处理宿主游离核酸后提取病毒总核酸,经反转录、双链合成和核酸扩增获得足量DNA。高通量测序共获得1 661 809 000个碱基,包括6 647 236个读长(reads)信息,拼接后得到50 842个重叠群(contig),序列总长度达到14 239 389 bp。同时从reads质控图等多方面对测序数据进行分析与评估,显示测序数据质量良好。数据与病毒库进行比对,发现病毒序列来自于小核糖核酸病毒科(Picornaviridae)和疱疹病毒科(Herpesviridae)2个科,类单纯疱疹病毒(Simplexvirus)、心病毒(Cardiovirus)和肠道病毒(Enterovirus)3个病毒属。     

中国对虾一种杆状病毒的ELISA检测方法

从患暴发性传染病的中国对虾的组织中分离一种病毒，经差速离心、密度梯度离心及Ｓｈｅｐｈａｒｏｓｅ２Ｂ柱层析纯化了一种形状为杆状的病毒。提纯病毒核酸电泳为一条带，分子量为２０ｋｂ。将提纯病毒免疫新西兰获得较高抗血清并初步建立了酶联免疫中附测定检测方法。     

鲇细胞 b基因序列变异及遗传多样性分析

从４个种群的鲇（Ｓｉｌｕｒｕｓａｓｏｔｕｓ）线粒体ＤＮＡ（ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌＤＮＡ，ｍｔＤＮＡ）扩增出约５００ｂｐ的细胞色素ｂ基因，经ＣｌｕｓｔａｌＸ同源排序后得４００ｂｐ序列。用ＰｏｐＧｅｎ３２软件计算遗传距离和遗传一致度。１７个个体间的遗传 距离的变化范围为０～０．０２１１，遗传一致度的变化范围为１～０．９７９１。结果显示，在长江上游的支流中，雅砻江种群在该基因片段上基本不存在变异，在被分析的４个个体中，其细胞色素ｂ基因的序列完全一致；岷江种群和乌江种群在该基因片段上有一定的变异。沅江上游的贘阳河种群在该基因片段上基本不存在变异，在被分析的５个个体中，其细胞色素ｂ基因的序列完全一致。但各个种群间在该基因片段上差异较大。在４个种群的鲇Ｃｙｔｂ基因比较分析的基础上，构建了遗传关系聚类图，雅砻江、岷江、乌江、贘阳河４个种群各聚为一支后，雅砻江和岷江２个种群再聚为一支，乌江和贘阳河２个种群再聚为另一支。     

翘嘴鳜生长激素cDNA克隆及其真核表达载体的构建

根据GenBank上大眼鳜生长激素cDNA序列(收录号:AY155227)设计了1对特异性引物,应用RT-PCR技术从翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)脑垂体中克隆了生长激素基因(scGH)编码区序列并对其真核表达载体的构建进行了研究。结果显示:扩增片段全长615 bp,共编码204个氨基酸。该序列与GenBank上大眼鳜生长激素cDNA序列同源性为99.84%。将scGHcDNA序列定向插入pYES2/CT真核表达载体中,经过筛选、酶切和测序,证明重组子中确实插入了翘嘴鳜GH片段。     

鳜IRAK4基因的克隆、组织表达及病毒感染后表达分析

为了研究鳜IRAK4生物学特性及其在抗病毒免疫应答中的作用,根据鳜转录组数据中筛选出的IRAK4 unigene序列设计引物,利用SMART-RACE技术克隆得到CDS全长为1389 bp的c DNA(命名为Sc IRAK),编码462个氨基酸,含有1个N端死亡结构域和1个保守的中央蛋白激酶结构域。采用荧光定量RT-PCR方法分析了Sc IRAK4在健康鳜各组织中的表达差异及病毒感染后在脾脏中的表达变化,结果显示,健康鳜中Sc IRAK4在肝脏中表达量最大,与其他组织差异显著,而在血液、脑和胃中表达量最低;传染性脾肾坏死病毒(infectious spleen and kidney necrosis virus,ISKNV)感染鳜后Sc IRAK4的表达量呈现下调趋势,24 h脾脏中的表达量达到最低,为对照组的45%;而鳜弹状病毒(siniperca chuatsi rhabdovirus,SCRV)感染鳜后Sc IRAK4的表达量呈现上调趋势,12 h脾脏中Sc IRAK4的表达量达到最高,为对照组的8.17倍,表明Sc IRAK4在抗ISKNV和SCRV的免疫应答中可能发挥不同的作用。本研究为进一步揭示Sc IRAK4的抗病毒免疫反应机制提供了依据。     

鳜传染性脾肾坏死病毒的纯化和酶切分析

鳜传染性脾肾坏死病毒（ISKNV）是近年来危害广东地区鳜养殖业的主要病原，本文用回接感染健康鳜获得病毒原料，分离纯化了大量高纯度的ISKNV病毒粒子，电镜下可见病毒粒子为二十面体，直径平均为150mm，抽提病毒核酸，对其基因组DNA进行酶切分析，病毒基因组为双链DNA分子，表现脊椎动物虹彩病毒基因组的特点即其胞嘧啶5′端高度甲基化，以限制性内切酶EcoRI、BamHI、HindⅢ、KpnI和PstI酶切ISKNV基因组DNA，经电泳分离后，分别得到1、8、9、18、22条清晰的酶切片段，并根据酶切片段算得基因组的大小超过108.7kbp。     

水生态因子与鳜的健康关系

应用计算机技术系统研究鳜健康综合指标与6项水生态因子间的关系.实验自2001年7至10月底,面积4.72hm2(16口).采样时间为上午800-900,每两周1次.水生态因子检测依GB11607-89及GB3838-88要求进行.结果表明,在正常养殖条件下,6项水生态因子中鱼塘的水温、水体pH值的变化不大,而溶解氧、铵氮、磷酸盐以及亚硝酸盐等四项水生态因子变化较大,文中求出6项水生态因子间的线性相关系数,为水生态因子的调控提供依据和帮助.研究结果表明,鳜健康指标与6项水生态因子间的关系模型是非线性,如果采用因素幂为3次的模型,回判准确率达89.6%,剩余标准差为12.1,6项水生态因子对鳜健康指标影响程度排序为PO43->NO2->pH>DO>T>NH4+.文中讨论了不同健康指标分段模型判别准确率,并通过该模型求出鳜健康养殖各水生态因子的最佳范围.     

养殖水体添加嗜酸小球菌对鳜发育过程肠道微生物构成的影响

从鳜(Siniperca chuatsi)出膜仔鱼阶段开始向养殖水体添加5×10~7CFU/L的嗜酸小球菌(Pediococcus acidilactici),利用PCR-DGGE技术对鳜受精卵、出膜仔鱼、仔稚鱼和其开口饵料白鲢仔稚鱼的肠道微生物群落结构组成和多样性进行了分析。DGGE图谱的条带克隆测序结果显示,组成鳜鱼苗各阶段的细菌主要隶属于α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、β-变形菌纲(Betaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、异常球菌纲(Deinococci)、黄杆菌纲(Flavobacteria)。其中黄杆菌属(Flavobacterium)为鳜受精卵特有细菌;异常球菌属(Deinococcus)、红杆菌属(Rhodobacter)和菊苣假单胞菌(Pseudomonas cichorii)是受精卵和仔鱼共有优势细菌,但在仔稚鱼中没有或只有极少分布;肠杆菌属(Enterobacter)是鳜仔稚鱼和开口饵料白鲢仔稚鱼的共有优势细菌;类志贺邻单胞菌(Plesiomonas shigelloides)和豚鼠气单胞菌(Aeromonas caviae)在对照组仔稚鱼的分布明显比试验组丰富。     

翘嘴鳜与斑鳜、花鲈、大口黑鲈杂交试验

本研究以翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)为母本,分别以斑鳜(S.Scherzeri)、花鲈(Lateolabrax japonicas)、大口黑鲈(Micropterus salmoides)为父本进行杂交试验。结果显示:与对照组(翘嘴鳜自交)相比,杂交组的受精率明显偏低,远缘杂交(与花鲈、大口黑鲈)的受精率分别为53.6%、32.4%,近缘杂交(与斑鳜)受精率达82.1%,且仅有翘嘴鳜自交组和斑鳜近缘杂交组成功孵化出子代,两个远缘杂交组孵化率均为0%。表明翘嘴鳜卵与花鲈、大口黑鲈精子具有一定亲和性,但翘嘴鳜与花鲈、大口黑鲈可能存在繁殖障碍,而与斑鳜之间不存在障碍,提示翘嘴鳜远缘杂交在翘嘴鳜育种中不可行。     

鳜传染性脾肾坏死病毒核糖核酸酶III基因结构及序列分析

测定了鳜传染性脾肾坏死病毒 (ISKNV)核糖核酸酶III(RNaseIII)基因的核苷酸全序列。该基因完整读码框为 771bp ,GC含量为 5 2 .5 3% ,编码一个长为 2 5 6个氨基酸、分子量为 2 8.9kD的推定蛋白。其上下游序列各有一个TATAbox ,终止子下游有一段回文序列。与其它物种相比 ,ISKNV与虹彩病毒 (包括LCDV - 1和CIV)的核糖核酸酶III基因的氨基酸序列同源性较高 ,与酵母、线虫等物种的相应基因的同源性较低     

鳜传染性脾肾坏死病毒p31基因结构及序列分析

报道了鳜传染性脾肾坏死病毒（ISKNV）的p31基因结构及其序列分析。对ISKNV DNA HindⅢE酶切片段的序列分析结果发现该序列中含有完整的p31基因，ISKNV p31基因完整读码框为675bp，GC含量为49.78%，等电点为7.61，编码一个长为225aa、分子量为25.3kD的推定蛋白。结果分析发现该基因具有启动动子TATAbox和CAATmotif，下游有反向重复序列可形成茎环，另外还有一段直接重复序列和二联体结构。ISKNV与其它3种虹彩病毒（包括FV3、LCDV－1和EHNV）的p31基因氨基酸序列具有一定的同源性，但ISKNV与它们的同源性不高，序列比较和系统树分析发现ISKNV与蛙病毒属和淋巴囊肿病毒属的病毒都不尽相同。