罗非鱼杂交F1代与亲本的遗传关系及其杂种优势的利用

用ＲＡＰＤ 技术研究奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼杂交子代和亲本的遗传关系及其在杂种优势中的应用。在所用的１６ 个随机引物中,有１１ 个引物在罗非鱼亲代和杂交子代间呈现多态。遗传相似性指数和遗传距离的计算结果表明,正交子代（ 尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂） 在遗传关系上界于亲代之间,不表现出明显的倾向性;而反交子代（ 奥利亚罗非鱼♀×尼罗罗非鱼♂） 却与母本奥利亚罗非鱼极其相似。说明正、反交子代与两亲本遗传相似性有明显的不同,表明遗传性状介于两亲本之间的杂交子代更有可能形成显著的杂种优势。同时发现,扩增片段ＯＰＡ０７１９００ 、ＯＰＡ０７９６０ 、ＯＰＺ１４７２０ 和ＯＰＺ１４６００ 可以作为鉴别尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼和正交子代的遗传标记。     

吉奥罗非鱼（新吉富罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）和4个近缘遗传型罗非鱼的遗传差异的RAPD、SSR比较分析

以1个新型杂交鱼-吉奥罗非鱼（新吉富罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）群体，4个近缘遗传型罗非鱼群体[奥尼（尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）、新吉富罗非鱼、尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼]为实验材料，采用RAPD和SSR技术，比较分析这两个杂交种间及它们同亲本间的遗传差异。RAPD方面：①群体多态座位比例（P）-吉奥（20．4％）〉新吉富（18．5％），但〈奥利亚（21．4％）〈奥尼（21．7％）〈尼罗（22．3％）；②Nei’S平均遗传相似系数（Jp）-吉奥（0．9086）〈新吉富（0．9231），但〉奥利亚（0．8895）〉尼罗（0．8588）〉奥尼（0．8069）；③香农多样性指数（Ho）-吉奥（0．1326）〉新吉富（0．1103），但〈奥利亚（0．1514）〈尼罗（0．1742）〈奥尼（0．2410）；④群体两两间遗传相似系数（Ipop）-吉奥-奥尼（0．9444）〈吉奥-尼罗（0．9496）〈吉奥-新吉富（0．9544），但〉吉奥-奥利亚（0．9383）。SSR方面：①平均有效等位基因数（Ne）-吉奥（2．43）〉新吉富（2．31）〉尼罗（1．94）〉奥利亚（1．18），但〈奥尼（2．82）；②平均遗传杂合度（H）-吉奥（0．700）〉尼罗（0．570）〉奥利亚（0．497）〉新吉富（0．398），但〈奥尼（0．816）；③群体的多态信息含量（PIC）-吉奥（0．661）〉尼罗（0．568）〉奥利亚（0．513）〉新吉富（0．420），但〈奥尼（0．692）；④依据遗传距离构建的NJ树和UPGMA树，奥利亚罗非鱼单独为一支，吉奥等4种罗非鱼为一支。总的说来，RAPD和SSR两种技术检测结果所反映的群体遗传信息一致。这表明，无论是吉奥还是奥尼，两个杂交种在遗传上都同各自的母本较近，这同作者先前揭示的形态和生长等方面的母本效应一致。     

杂交一代（尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）及春亲本基因组ＮＤＡ的比较

采用ＲＡＰＤ技术，用２０个随机引物对尼罗罗非鱼，奥利亚罗非鱼及其杂交一代的精巢ＤＮＡ进行扩增反应，发现引物ＯＰＺ－１４和ＯＰＺ－１８在尼罗罗非鱼和奥利亚鱼之间扩增出有差异的ＤＮＡ片段，作为鉴定两种鱼的分子标记有较高可信度，对这两种鱼的杂交一代基因组ＤＮＡ的ＲＡＰＤ扩增能获得中够的多态性，２０个引物中有８个引物扩增出差异性产物，表明杂交一代基因杂合性增强，这是杂种优势得以形成的重要遗传物质基础之一。     

我国尼罗罗非鱼和奥利亚罗非鱼养殖群体的遗传渐渗

用ＬＫＢ平板电泳仪，４．４％聚丙烯酰胺凝胶对南京罗非鱼良种场尼罗罗非鱼，奥利亚罗非鱼养殖群体肌，肝，脑，心，眼中的１０种同工酶进行电泳分析的结果表明，奥利亚罗非鱼的群体未见的多态位点，平均杂合度为０，是超“纯”的养殖群体，尼罗罗非鱼群体中有２０％的尼奥杂交鱼，其体形酷似尼罗，难以肉眼鉴别，由此可见，我国尼罗罗非鱼养殖群体中已存在遗传渐渗问题，须注意防杂和提纯。在剔除了杂交鱼后，该场尼罗罗非鱼群体的     

罗非鱼雌、雄群体遗传差异的RAPD分析

从40个随机引物中分别筛选出15和18个,对奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼雌、雄群体进行RAPD分析,结果显示:奥利亚罗非鱼雌性群体的多态位点比例为56.25%,基因多样性指数为0.2358,Shannon氏指数为0.3417,群体内的遗传相似指数为0.8625;雄性群体的多态位点比例为57.50%,基因多样性指数为0.2356,Shannon氏指数为0.3418,群体内的遗传相似指数为0.8375。尼罗罗非鱼雌性群体的多态位点比例为47.44%,基因多样性指数为0.1788,Shannon氏指数为0.2637,群体内的遗传相似指数为0.7667;雄性群体的多态位点比例为64.10%,基因多样性指数为0.2347,Shannon氏指数为0.3486,群体内的遗传相似指数为0.6769。试验结果表明,奥利亚罗非鱼雌、雄性群体的遗传多样性程度接近,而尼罗罗非鱼雄性群体的遗传多样性要比雌性群体丰富,遗传变异比雌性群体大。     

细胞核rDNA序列用于罗非鱼及其杂交种鉴别的初步研究

罗非鱼种间，尤其是尼罗罗非鱼与杂种尼奥罗非鱼之间，很难区分。本文对尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼、莫桑比克罗非鱼和杂交种尼奥罗非鱼（尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）和红罗非鱼的核糖体DNA内部转录间隔子1（ITS1）序列及其两侧的18S和5．8s部分序列特征进行分析，以筛选种间鉴别标记。PCR扩增产物大小约700bp，测序结果表明，（去除引物后）18S长146bp，5．8S长66bp，不同种类之间无差异；ITS1长383-483bp，因种类不同而异，其GC含量大于AT含量，达到67．1％。序列比对分析结果表明，18S和5．8s片段高度保守，但各有3个变异位点可以把上述几个种和杂种相互区分开；18S序列上有一个UnbI限制性酶切位点，可作为尼罗和尼奥罗非鱼的鉴别标记。ITS1序列种间变异大，系统发育分析表明，所研究的5个种聚成2个类群，尼罗与尼奥罗非鱼为一组，莫桑比克-红罗非鱼-奥利亚罗非鱼为另一组。组内种间遗传距离较小，尼罗和尼奥罗非鱼的种间遗传距离为0．006；莫桑比克、奥利亚和红罗非鱼的种间遗传距离在0．007-0．009之间；两组罗非鱼之间的遗传距离较大，在0．030-0．035之间，表明罗非鱼ITS1序列多态性较高，适合于种类区分。结合部分18S和5．8S序列，细胞核rDNA具有鉴别罗非鱼及其杂种的潜力。     

吉奥罗非鱼（新吉富罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）和4种近缘遗传型罗非鱼的遗传差异的RAPD、SSR比较分析

以1种新型杂交鱼-吉奥罗非鱼（新吉富罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）群体，4种近缘遗传型罗非鱼[奥尼（尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂）、新吉富罗非鱼、尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼]为实验材料，采用RAPD和SSR技术，比较地分析杂交种间及它们同亲本间的遗传差异。RAPD方面：①群体多态座位比例（P）-吉奥（20.4%）>新吉富（18.5%），但奥利亚（21.4%）<奥尼（21.7%）<尼罗（22.3%）；②Nei's平均遗传相似系数(I_p)-吉奥（0.9086）<新吉富（0.9231），但>奥利亚（0.8895）>尼罗（0.8588）>奥尼（0.8069）；③香农多样性指数(H_o)-吉奥（0.1326）>新吉富（0.1103），但<奥利亚（0.1514）<尼罗（0.1742）<奥尼（0.2410）；④群体两两间遗传相似系数(I_pop)-吉奥-奥尼(0.9444)<吉奥-尼罗（0.9496）<吉奥-新吉富（0.9544），但>吉奥-奥利亚（0.9383）。SSR结果：① 平均有效等位基因（N_e）数-吉奥(2.43)>新吉富(2.31)>尼罗（1.94）>奥利亚（1.18），但<奥尼（2.82）；②平均遗传杂合度（H）-吉奥(0.700)>尼罗（0.570）>奥利亚（0.497）>新吉富(0.398)，但<奥尼 (0.816)；③ 群体的多态信息含量（PIC）-吉奥（0.661）>尼罗（0.568）>奥利亚（0.513）>新吉富（0.420），但<奥尼（0.692）； ④ 依据遗传距离构建的NJ树和UPGMA树，奥利亚罗非鱼单独为一支，吉奥等4种罗非鱼为一支。总的说来，RAPD和SSR两种技术检测结果所反映的群体遗传信息一致。这表明，无论是吉奥还是奥尼，两个杂交种在遗传上都同各自的母本较近，这同作者先前揭示的形态和生长等方面的母本效应一致。     

尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼及其正、反杂交群体的遗传多样性

用7对微卫星引物检测了尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）和奥利亚罗非鱼（O.aureus）群体及其正、反交群体共128个个体的遗传多样性。共检测到38个等位基因,尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼、正交群体和反交群体的平均等位基因数分别为4.0、1.4、5.3和2.7,平均PIC值分别为0.557、0.099、0.590和0.497,平均观测杂合度分别为0.505、0.071、0.826和0.883,平均期望杂合度分别为0.622、0.117、0.684和0.598,杂合子偏离指数（D）分别为-0.146、-0.241、0.215和0.522。结果表明,正交群体的遗传多样性比两个亲本群体都高,反交群体介于两个亲本群体之间;正交群体的观测杂合度和期望杂合度也高于两亲本群体,反交群体的期望杂合度介于两者之间,但实际观测杂合度却最高;两亲本群体存在一定的杂合子缺失,而杂交群体则存在杂合子增加的现象,尤其是反交群体的观测杂合度大量增加。卡方检验表明,正交群体偏离Hardy-Weinberg平衡的位点较少（3个位点）,而其他3个群体大部分位点均偏离平衡,存在遗传漂变现象。4个养殖群体间遗传分化具有显著性（FST为0.081-0.610,P〈0.01）。UPGMA系统树显示,正交种与尼罗罗非鱼的亲缘关系较近。表明正交群体受亲本群体的影响最大,其生长优势除了性别因素外,遗传因素可能也具有重要作用。     

吉奥罗非鱼(新吉富罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂)和4个近缘遗传型罗非鱼的遗传差异的RAPD、SSR比较分析

以1个新型杂交鱼-吉奥罗非鱼(新吉富罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂)群体,4个近缘遗传型罗非鱼群体[奥尼(尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂)、新吉富罗非鱼、尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼]为实验材料,采用RAPD和SSR技术,比较分析这两个杂交种间及它们同亲本间的遗传差异.RAPD方面:①群体多态座位比例(P)-吉奥(20.4%)>新吉富(18.5%),但<奥利亚(21.4%)<奥尼(21.7%)<尼罗(22.3%);②Nei'S平均遗传相似系数(Ip)-吉奥(0.9086)<新吉富(0.9231),但>奥利亚(0.8895)>尼罗(0.8588)>奥尼(0.8069);③香农多样性指数(Ha)-吉奥(0.1326)>新吉富(0.1103),但<奥利亚(0.1514)<尼罗(0.1742)<奥尼(0.2410);④群体两两间遗传相似系数(Ipop)-吉奥-奥尼(0.9444)<吉奥-尼罗(0.9496)<吉奥-新吉富(0.9544),但>吉奥-奥利亚(0.9383).SSR方面:①平均有效等位基因数(Ne)-吉奥(2.43)>新吉富(2.31)>尼罗(1.94)>奥利亚(1.18),但<奥尼(2.82);②平均遗传杂合度(H)-吉奥(0.700)>尼罗(0.570)>奥利亚(0.497)>新吉富(0.398),但<奥尼(0.816);③群体的多态信息含量(PIC)-吉奥(0.661)>尼罗(0.568)>奥利亚(0.513)>新吉富(0.420),但<奥尼(0.692);④依据遗传距离构建的NJ树和UPGMA树,奥利亚罗非鱼单独为一支,吉奥等4种罗非鱼为一支.总的说来,RAPD和SSR两种技术检测结果所反映的群体遗传信息一致.这表明,无论是吉奥还是奥尼,两个杂交种在遗传上都同各自的母本较近,这同作者先前揭示的形态和生长等方面的母本效应一致.     

罗非鱼性别相关微卫星标记的初步筛选

为分析罗非鱼群体的遗传多样性以及筛选与罗非鱼性别相关的微卫星标记。应用24对微卫星引物,使用常规PCR及聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法在两个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)群体和两个奥利亚罗非鱼(O.aureus)群体中初步筛选到UNH931、GM128、GM201、GM258、GM597以及UNH898共6个与性别相关的微卫星标记。然后使用降落PCR以及毛细管电泳的方法在两个尼罗罗非鱼群体、两个奥利亚罗非鱼群体以及ZY 1、WY 1、YY 1和YY 2型罗非鱼群体中进一步扩增这6个微卫星标记,统计各群体的遗传多样性参数:6个微卫星标记在上述群体共297个样本中检测到95个等位基因,其大小在97~302 bp之间,各位点在各群体等位基因数在1~13个之间,各群体平均观测等位基因数为2.167~9.333,平均有效等位基因数为1.624~4.966,平均观测杂合度为0.324~0.983,平均期望杂合度为0.329~0.782,平均多态信息含量为0.275~0.753;两个尼罗罗非鱼群体、WY 1和YY 2群体达到高度多态(PIC>0.5),两个奥利亚罗非鱼群体、ZY 1和YY 1群体为中度多态(0.25相似文献   

罗非鱼微卫星DNA指纹图谱的构建

采用微卫星DNA指纹图谱技术对奥利亚罗非鱼、尼罗罗非鱼和橙色莫桑比克罗非鱼进行品种鉴定和遗传多样性分析。从103对罗非鱼微卫星引物中筛选出82对多态性高、带型清晰稳定的引物，用这 82对引物检测3种罗非鱼的遗传结构，共检测到605个等位基因，平均等位基因数7.37个，数据经Popgen32计算和EXCEL工具作图，构建3种罗非鱼的DNA指纹数据库，并绘制了DNA指纹图谱模式图。结果显示，奥利亚罗非鱼、尼罗罗非鱼和橙色莫桑比克罗非鱼的平均观测杂合度分别为0.179 6、0.530 1和0.312 2，平均期望杂合度分别为0.203 2、0.678 6和0.291 3，平均多态信息含量分别为0.075 4、0.608 3和0.152 8，由此可见，尼罗罗非鱼群体的遗传多样性水平最高，奥利亚罗非鱼群体遗传多样性最低。同时筛选得到16对具特异性条带的核心引物组合可将3种罗非鱼完全区分，每个位点可在其中一种罗非鱼中扩增出独有的条带，从而将这种罗非鱼与其它两种区分开来，将16对特异引物的图谱数据转化成计算机可以识别的数码指纹，可以方便地应用于罗非鱼及其杂交种的鉴定研究。为解决罗非鱼品种混杂遗传渐渗问题和保护罗非鱼种质资源提供技术支撑。     

罗氏沼虾浙江养殖群体与缅甸自然群体遗传差异的RAPD分析

利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术，对浙江省罗氏沼虾养殖群体和新引进的缅甸自然群体的遗传差异进行了比较分析，以期从分子水平了解罗氏沼虾的种群遗传多样性背景及与引种的关系。采用经筛选的22个10bp的随机引物对罗氏沼虾两群体各20尾进行群体RAPD分析。22个引物共检测到139个位点。养殖群体的多态位点比例为30．22％，群体平均杂合度为0．2646，Shannon多样性指数为0．0780，群体内各个体之间的遗传共享度为0．9353，遗传距离为0．0647；自然群体的多态位点比例为33．81％，群体的平均杂合度和Shannon多样性指数分别为0．2888和0．0940，群体内各个体之间的遗传共享度为0．9201，遗传距离为0．0799；两群体之间的遗传距离为0．1845。自然群体的遗传多样性水平比养殖群体要高。利用随机引物S9和S52，在罗氏沼虾两群体间扩增出2条稳定、明显的群体间特异性标记带。     

Polymorphic microsatellite differences among four cultured populations of two selected tilapia strains

Genetic diversity plays a vital role for maintaining economically important traits in fish populations. The goal of this study was to assess the genetic variability among four tilapia populations in China. Two populations named XA (Oreochromis aureus, 30 samples) and AN (Egyptian Oreochromis niloticus, 24 samples) were gathered from Freshwater Fisheries Research Center (FFRC), and the other two named AL (O. aureus, 30 samples) and AJ (Egyptian O. niloticus, 30 samples) were from Guangxi Fisheries Research Institute (GFRI). GFRI introduced AL and AJ from XA and AN, and selected them for generations. We want to know if AL and AJ have genetic changes after selection and generations. Fifteen polymorphic microsatellite markers were used. Our results indicated that the four tilapia populations showed moderate genetic variability. The polymorphism information content (PIC) of the four populations was from 0.28 to 0.39; A_e was from 1.67 to 2.15; the H_e was from 0.35 to 0.46; the genetic similarity indexes were from 0.94 to 0.69 and also the clustering result showed that these four populations were highly related. There were no significant changes in genetic variation between late‐introduced population and early‐introduced population of O. aureus. Our results helped to understand the genetic variability of tilapia populations in China and for future marker‐assisted selection for important economic traits.     

福建缢蛏野生群体与养殖群体的ITS-1和ITS-2分析

采用PCR技术对福建缢蛏的霞浦野生群体(WP)和漳湾养殖群体(CZ)进行了ITS-1和ITS-2的多态性分析。利用贝类通用引物扩增了ITS-1和ITS-2序列,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对,获得长度分别为495 bp的ITS-1和485 bp的ITS-2核苷酸序列,其中分别包括25 bp和22 bp的插入缺失。ITS-1和ITS-2片段的T、C、A、G四种碱基的平均含量分别为13.6%、30.2%、28.3%、29.7%(ITS-1),16.2%、33.7%、19.5%、30.6%(ITS-2),A+T含量显著低于G+C含量。序列分析显示,野生群体和养殖群体的单倍型多样性指数、多态位点数、平均核苷酸差异数分别为1.0、40、10.54(ITS-1),0.96、27、11.91(ITS-2)和1.0、28、8.23(ITS-1),0.96、28、10.16(ITS-2),揭示出福建两个缢蛏群体的遗传多样性均较为丰富,其变异主要源于碱基的插入和缺失,野生群体的多样性较高于养殖群体,但是遗传组成存在着较高的一致性,群体间没有遗传分化。     

人工雌核发育鲢近交F_2微卫星DNA变异分析

采用17对鲢微卫星引物,以野生鲢、养殖鲢、雄鲤作对照对人工雌核发育鲢近交F2及其亲本进行了微卫星分析。结果表明:人工雌核发育鲢近交F2、养殖鲢和野生鲢群体的平均等位基因数范围为2.1～4.0;平均观测杂合度范围为0.2762～0.9588;期望杂合度范围为0.2774～0.7360;遗传多样性指数范围为0.4500～1.2258,人工雌核鲢近交F2为0.4500,显著低于养殖鲢(1.0273)和野生鲢(1.2258),揭示人工雌核发育鲢近交F2遗传多样性水平较低,纯合度较高。从遗传距离来看,人工雌核发育鲢近交F2与对照群体之间的遗传距离都要大于野生鲢与养殖鲢群体之间遗传距离,表明人工雌核发育鲢近交F2发生了一定程度的遗传分化。     

Genetic variation in tilapia populations in man-made reservoirs in Sri Lanka

An electrophoretic analysis of six populations of Oreochromis mossambicus (Peters) and four populations of O. niloticus (L.) from several rivers and a fish hatchery in Sri Lanka was conducted to determine the degree of mixing within and between stocks. Genetic characterization of the O. mossambicus stocks showed that some degree of mixing with O. niloticus occurred in all but two of the populations examined, while in the case of the O. niloticus, all the populations had some degree of mixing of O. mossambicus alleles. Genetic identity calculated using Nei's coefficient gave values ranging from 0.9484 to 0.9895 for O. niloticus populations and 1.0 to 0.9940 for O. mossambicus populations, while interspecies comparisons ranged from 0.7531 to 0.9002. The implications of these results for fisheries management and aquaculture are discussed.     

Genetic diversity and differentiation of Nile tilapia (Oreochromis niloticus) revealed by DNA microsatellites

To assess the genetic diversity of Nile tilapia Oreochromis niloticus, a total of 250 fish from five Egyptian populations were genotyped using six microsatellite markers. Heterozygosity and Wright's F‐statistics (F_IS, F_ST, and F_IT) were calculated to determine the genetic variation within and between these populations. Observed heterozygosities were in the range of 0.4 (Burullus) to 0.96 (Qena), with F_IS values ranging from 0.082 to 0.282. The mean F_ST showed that approximately 96.5% of the genetic variation was within‐population and 3.5% was among populations. Standard genetic distances were used to classify the five populations into two major groups. The deeper lotic river Nile populations of Assuit and Cairo formed one group and the shallow less lotic Delta lakes populations of Manzalla and Burullus formed the second group, with the upstream Nile Qena population being an outgroup. The findings from the current study help understanding of the broad‐scale population structuring of the Nile tilapia (O. niloticus) allowing the population groupings identified to act as potential sources of genetic variation. These populations could be included in future Marker‐Assisted‐Selection programs for economically desired production traits.