斑马鱼微卫星分子标记检测鲤鱼种间多态性

用6072对斑马鱼（Danio rerio）微卫星引物对黑龙江鲤（Cyprinus carpio haematopterus Temminck et Schlegel）、荷包红鲤（Cyprinus carpio var．wuyuanensis）和柏氏鲤（Cyprinus pellegrini Tchang）进行种间遗传差异分析，共发现563个斑马鱼微卫星标记在鲤鱼种间表现出多态性。从中随机抽选25个标记，对斑马伍和3种鲤鱼的遗传多样性进行分析，使用Phylip3．63软件按照Nei氏标准遗传距离计算种间遗传距离，再用MEGA3．0软件绘制NJ系统发生树，并进行1000次bootstrap检验系统树。结果显示，黑龙江鲤与荷包红鲤首先聚类，然后是柏氏鲤、斑马鱼。这些具有多态性的斑马鱼微卫星标记可用于鲤鱼种间种质鉴定，同时，借用模式生物斑马鱼的丰富遗传标记资源，增加同科的鲤鱼遗传连锁图谱上遗传标记的密度，必将对鲤鱼遗传育种进入分子育种时代起到促进作用。     

不同鲤鱼种间DNA遗传标记多态性

用８４个随机引物对黑龙江野鲤（Ｃｙｐｒｉｎｕｓ ｃａｒｐｉｏ ｈａｅｍａｔｏｐｔｅｒｕｓ Ｔｅｍｍｉｎｃｋ ｅｔ Ｓｃｈｌｅｇｅｌ）和柏氏鲤（Ｃｙｐｒｉｎｕｓ ｐｅｌｌｅｇｒｉｎｉ ｐｅｌｌｅｇｒｉｎｉ Ｔｃｈａｎｇ）进行种间ＲＡＰＤ分析，结果共扩增出４８４个片段，二者共有扩增片段为１３个，黑龙江野鲤特有的为２３３个，柏氏鲤特有的为２２５个，这些特异片段可做为黑龙江野鲁和柏氏鲤的分子遗传标记。并对     

用RAPD方法研究草鱼、柏氏鲤和3个地理种群鲤的亲缘关系

用２４种随机引物对雅罗鱼亚科（Ｌｅｕｃｉｓｃｉｎａｅ）的草鱼，鲤亚科（Ｃｙｐｒｉｎｉｎａｅ）的柏氏鲤和３个地理种群鲤（荷包红鲤、黑龙江野鲤和德国镜鲤）进行ＲＡＰＤ分析，构建了这５种鱼类的基因组指纹图谱。通过对获得的基因组指纹图谱的量化分析，利用ＵＰＧＭＡ重建了它们之间的亲缘关系。结果鲤种内３个地理种群之间的相似性高于鲤和柏氏鲤种间的相似性，而草鱼与另４种鲤亚科鱼类亚科之间的差异明显高于柏氏鲤、黑龙     

与鲤鱼抗寒性状相关的RAPD分子标记的筛选及其克隆

以黑龙江鲤（Cyprinus carpio haematopterus Temminck et Schlegel）、荷包红鲤抗寒品系（Cyprinuscarpio var.wananensis）、荷包红鲤（Cyprinus carpio var.wananensis）、柏氏鲤（Cyprinus pellegnini Tchang）以及荷包红鲤抗寒品系和柏氏鲤的杂交F2的DNA样品为材料,用200个随机引物对其进行PCR扩增,获得了1个与鲤鱼抗寒性状相关的分子标记RAG20,并在F2代分离个体中得到验证.至此,本实验室共获得10个与鲤鱼抗寒性状相关的分子标记,更加证明抗寒性状是数量性状（QTL）受微效多基因控制.此外,将其中4个标记从琼脂糖凝胶上进行回收,并与pMD18-T vector连接,将其转入感受态大肠杆菌E.coli DH 5α,对克隆片段进行序列分析,旨为根据每一序列重新设计引物,将RAPD标记转化为稳定的SCAR标记.[中国水产科学,2006,13（3）：360-364]     

鲤鱼种间、种内杂交中杂种优势强度表现的某些规律的初步研究

从1986年至1990年于我所松浦试验场,用黑龙江野鲤、荷包红鲤、兴国红鲤、红镜鲤、散鳞镜鲤、德国镜鲤和柏氏鲤进行了种间、种内14个组合的杂交,系统观察了不同组合亲本和杂种F_1在鳞被、体色、体型、生长、成活率、抗寒力、抗病力和起捕率等8个性状的遗传传递规律及其杂种优势强度,结果是.(1)鲤鱼种内异源杂交几乎所有的杂交组合的杂种F_1都表现出生长优势和对环境抗性的增强,其大小随亲本的亲缘远近和鳞被、体色、体型等性状间的差异而不同。一般品系间杂交,杂种生长的优势率在10％左右;品种间杂交,单交种的生长优势率在15—30％,三杂交种的生长优势率在30％以上。在抗寒、抗病、成活率等抗性上,表现出受其中一个亲本的影响,且有明显的母本效应,并可遗传传递给杂种后代。鳞被、体色、体型的基因效应,对杂种的生长有明显的促进作用。(2)鲤鱼种间杂交几乎不表现杂种优势,其特点:是柏氏鲤和黑龙江野鲤两个野生种间杂交,成活率、抗寒力强烈的表现不亲和性;而柏氏鲤与家养种间的杂交,表现一定的亲和性。亲本和杂种F_1的鳞被、体色仍表现显隐性关系,而体型、抗寒、抗病、成活率、起捕率等受柏氏鲤种质的强烈影响。获得抗寒力的杂种,在第二代时抗寒力明显消失,说明基因转移和整合的不稳定性。用柏氏鲤与散鳞镜鲤杂交的杂种F_1与另一抗寒很强的杂种F_1(黑龙江野鲤♀×红镜鲤♂)的双杂交种F_1,抗寒明显增强。     

中国鲤几个代表种群基因组DNA遗传多样性分析

中国鲤具有悠久的养殖历史和重要的经济价值,无论是天然种群还是养殖品种,年产量远超过其它鱼类。近几十年来,养殖新品种的开发获得成功,大大提高了产量,改善了品质。但是由于盲目的开发利用,许多重要的鲤养殖种类的种质资源遭到破坏。"江西三红"(Cyprinuscarpiovar.xingguonensis、Cyprinuscarpiovar.wuyuanensis、Cyprinuscarpiovar.wananensis)、黄河鲤(Cyprinusycarpiovar.)和黑龙江野鲤(Cyprinuscarpiohaematopterus)是中国鲤几个具有代表性的养殖品种和野生种,在我国鲤鱼遗传育种研究中均占有非常重要的地位。应用第二代分子标记,即微卫星标记(microsatellite)84个,对以上5个具有代表性的中国鲤进行了全基因组DNA检测。结果表明,当退火温度提高至60℃时,有43对标记引物扩增出清晰的条带,其中有14对在群体间呈现多态性,扩增等位基因位点为2～4个。微卫星座位MFW4,MFW19,MFW23和MFW26在群体内显示了高度的多态性,扩增等位基因位点为7～13个。统计实验结果发现,"江西三红"3个品种间遗传差异较小,兴国红鲤和荷包红鲤的亲缘关系较近(0.93);属于同一亚种不同地理种群的黄河鲤和黑龙江野鲤具有较高的遗传相似性(0.89)。另外,根据微卫星多态性分析结果,探讨了这5种鲤的遗传多样性。     

3个鲤群体的微卫星标记与生长性状相关性分析

利用筛选出鲤（Cyprinus carpio）的15对多态性较高的微卫星引物,分析其与黄河鲤（C．carpio haematopterus Temminck et Schlegel）、建鲤（C．carpio var．jian）和黑龙江野鲤（C．carpio haematopterus）群体中90个个体的体质量、体长、体厚和体高性状的相关性．利用SAS的一般线性模制（GLM）对15个微卫星标记与3个鲤群体的生长性状进行显著性检验。结果表明,Mfw5与黄河鲤的体高相关（P〈0．05）;Hlj013、Cca09和Mfw7均与建鲤的体质量、体长和体高相关（P〈0．05）;Mfw2与建鲤的体质量和体厚相关（P〈0．05）;Mfw29与建鲤的体质量相关（P〈0．05）;Mfw6与黑龙江野鲤的体质量、体长、体厚和体高均相关（P〈0．05）;Mfw4与黑龙江野鲤的体质量、体长和体高相关（P〈0．05）;Mfw11与黑龙江野鲤的体厚和体高相关（P〈0．05）。对同一性状不同基因型间进行多重比较,找到3个群体中与生长性状相关的基因型。     

提高抗寒鲤鱼的起捕率

鲤鱼起捕率低是多年来淡养的一个很难解决的问题。我所为了搞清抗寒和高起捕率的遗传规律，先后进行了柏氏鲤与黑龙江鲤、德国镜鲤、荷包红鲤等的正反杂交。从中选出一组双杂交种 [(柏氏鲤×镜鲤 )F1× (黑龙江鲤×红镜鲤 )F1]，此组种系具有较强的抗寒能力，起捕率却不很高，其起捕率高者为两网 40％左右，为提高起捕率，又以此组鲤鱼与柏氏鲤原种进行回交，得到一组抗寒能力强且高起捕率鲤鱼新品系。 　　1983年我所从云南引进 58尾柏氏鲤亲鱼，采用杂交技术分别与黑龙江野鲤、江鲤和散鳞镜鲤进行正反交，并对其亲和力及后代的抗寒能力…     

[03]黑龙江野鲤细菌人工染色体基因组文库构建

为了开展鲤基因组研究,深入研究遗传连锁图谱遗传标记的定位及数量性状的定位和克隆,并最终为分子育种提供服务,本实验构建了鲤的BAC基因组文库.通过采集黑龙江野鲤(Cyprinus caxpio haematopterus)全血细胞制备琼脂糖凝胶包埋块的方法获得了高分子量(HMW)DNA.通过BamHI部分酶切和PFGE电泳分离选择获得1130～300 kb的DNA片段,用电洗脱和透析的方法对产物进行浓缩和纯化.纯化的HMW DNA连接到大小为7.2 kh的克隆载体pEZ BAC上.为了评估构建的文库的质量使用一系列引物对文库进行了验证.本研究首次构建黑龙江野鲤的BAC文库,该库含有46656个克隆,插入片段大小在50～300 kh之间,平均大小在100 kb左右,覆盖鲤全基因组2.45倍,调取任一基因的概率为90070左右.获得的BAC克隆,保存在378块96孔板和27块384孔板中.建立了高效稳定的2步3维PCR筛选黑龙江野鲤BAC文库的方法.本实验为今后进一步进行鲤的功能基因定位及染色体步行、BAC-FLSH等研究工作打下重要基础.     

柏氏鲤与元江鲤的杂交种及其亲本胚胎发育的比较观察

柏氏鲤(Cyprinus pellegrini Tchang)是我国云南省的特产鱼类之一，其特点是食性较单纯．以浮游动物为主食，易于起捕，肉质细嫩腴美，被誉为地方名产鱼．唯其个体生长较慢，元江鲤(Cyp．Carpio yuankiang Wu et al.)则是云南的一种生长较快的鲤鱼。利用柏氏鲤与元江鲤进行杂交以求获得容易起捕、生长又较柏氏鲤为快的杂种。     

鲤鱼的遗传连锁图谱（初报）

建立了鲤鱼的遗传连锁图谱。图谱有ＲＡＰＤ分子标记５６个，鲤鱼的ＳＳＬＰ标记２６个，鲤鱼ＳＳＬＰ标记１９个，斑马鱼的ＳＳＬＰ分子标记７０个，鲤鱼基因标记９１个，共有标记２６２个；图谱有５０个连锁组，连锁图给出鲤鱼的基因组大小在５７８９ＣＭ左右。     

鲤野生和养殖群体遗传多样性分析中的微卫星(SSLP)分析

采用7个微卫星标记,研究了鲤(Cyprinus carpio)、高寒鲤和荷包红鲤抗寒品系(Cyprinus carpio var.wananensis)三个群体的遗传变异。结果显示,鲤野生群体、高寒鲤、荷包红鲤抗寒品系的平均杂合度分别为0.276、0.147、0.0952,平均无偏倚杂合度期望值为0.431、0.355、0.305。鲤野生群体的杂合度明显高于其他两个养殖品种,说明其较其他两个养殖品种的遗传多样性丰富。     

异源四倍体鲫鲤及其原始亲本遗传变异的RAPD分析

在优化RAPD检测条件的基础上，从100个随机引物中筛选出60个扩增较好的引物对异源四倍体鲫鲤及其原始亲本红鲫和湘江野鲤相互间扩增DNA片段的异同性进行比较研究。结果显示，60个引物共产生1554条带，单一引物扩增的DNA片段数在6～20条之间，片段大小在200～3500bp之间。遗传相似率分析表明，异源四倍体鲫鲤与其原始母本红鲫的相似率为69．41％，与其原始父本野鲤的相似率为64．47％，说明异源四倍体鲫鲤接受原始母本红鲫的遗传物质要多一些；而红鲫和野鲤之间的相似率为42．18％，说明两者的基因组成有较大的相似性，从分子水平证实了红鲫和野鲤的远缘杂交具有较大的亲和性。在分析中，还发现异源四倍体鲫鲤有4条非亲本带，非亲本带谱率达0．72％，这些非亲本带可以作为异源四倍体鲫鲤特异性的分子标记。     

Inheritance and reliability of random amplified polymorphic DNA-markers in two consecutive generations of common carp (Cyprinus carpio L.)

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers have been used in a variety of genetic studies in fisheries and aquaculture. Most population studies are performed without preliminary data demonstrating the Mendelian inheritance and reproducibility of RAPD markers. In this study, the inheritance and reproducibility of RAPD markers was examined in two consecutive generations of common carp, Cyprinus carpio L. Variability and segregation of RAPD markers were investigated in one F₁ progeny and three F₂ progenies. Seventy-four RAPD markers were generated by five primers using DNA extracted from the initial ornamental (koi) common carp female and wild-type colour common carp male. Fifty-five of these RAPD markers were transmitted to the F₁ progeny and the inheritance patterns were analysed. Twenty RAPD markers were fully reproducible and demonstrated dominant simple Mendelian inheritance patterns in two consecutive generations. Twenty-four RAPD markers were not reproducible in all progenies. Thirteen markers displayed inheritance ratios in the progenies that did not fit simple Mendelian inheritance patterns. Non-reproducibility of RAPD markers and distorted ratios may be caused by the absence of amplification, poor amplification or by the appearance of artefact bands. Random amplified polymorphic DNA markers with poor reproducibility and non-Mendelian inheritance can lead to misinterpretations of data in population studies, resulting in errors in the estimation of genetic diversity within and between individual populations. Therefore, it is recommended to first identify the set of reproducible RAPD markers that demonstrate Mendelian inheritance before application of the RAPD technique in population studies.     

Microsatellite marker isolation and cultured strain identification in <Emphasis Type="Italic">Carassius auratus gibelio</Emphasis>

Microsatellites have become the preferred molecular markers for strain selection and genetic breeding in fish. In this study a total of 105 microsatellites were isolated and identified in gibel carp (Carassius auratus gibelio) by microsatellite sequence searches in GenBank and other databases and by screening and sequencing of positive clones from the genomic library enriched for AG and GATA repeats. Moreover, nineteen microsatellites were randomly selected to design locus-specific primer pairs, and these were successfully used to identify and discriminate different cultured strains of gibel carp including strains A, D, L, and F. Three different types of microsatellite pattern were distinguished by the number and length of fragments amplified from the 19 primer pairs, and some microsatellite primer pairs were found to produce different microsatellite patterns among strains and strain-specific fragments. In addition, some duplicated alleles were also detected in two microsatellite patterns. Therefore, the current study provides direct molecular markers to discriminate among different cultured strains for selective breeding and aquaculture practice of gibel carp.     

建鲤与兴国红鲤RAPD分子标记的研究

利用随机扩增多态DNA(RAPD) 技术对鲤鱼的两个品系, 即建鲤和兴国红鲤进行了遗传分析。在所用20 个10 碱基随机引物扩增产物中, 找到了建鲤与兴国红鲤品系间的RAPD分子遗传标记, 为鲤鱼主要品系的保存和保护以及品种的选育工作提供了一种新的技术手段和基础资料。     

Resistance of genetically different common carp, Cyprinus carpio L., families against experimental bacterial challenge with Aeromonas hydrophila

The objective of this study was to determine the differences in disease resistance against artificial infection with Aeromonas hydrophila between genetically different common carp families. Four strains differing in their origin and breeding history were selected from the live gene bank of common carp maintained at the Research Institute for Fisheries, Aquaculture and Irrigation (HAKI, Szarvas, Hungary) to establish families with wide genetic background: Szarvas 15 (15), an inbred mirror line; Tata (T) scaly noble carp; Duna (D), a Hungarian wild carp and Amur (A), an East Asian wild carp. A diallele mating structure was used to allow the assessment of genetic variation within and between the tested 96 families for a variety of traits. The existing technologies of fertilization and incubation of carp eggs, as well as larval and fingerling rearing had been modified because of the large number of baseline populations. Two challenge trials of the 96 families of carp with Aeromonas hydrophila were done. The 10 most resistant and 10 most susceptible families to A. hydrophila were identified from these two challenges. The crosses that produced the most resistant families were mainly those having parents from Tata and Szarvas 15 domesticated strains, while the most susceptible families were from the wild strains Duna and Amur.     

福瑞鲤2号不同生长速率个体肌肉组织转录组分析

鱼类通过选育获得优良生长性状的遗传分子机制目前尚不清楚。实验分析比较了2种不同生长速率福瑞鲤2号肌肉组织的转录组文库。组装后共获得392 238条测序序列(contigs)。其中可比对上斑马鱼、弓斑东方鲀、青鳉、三刺鱼、尼罗罗非鱼和松浦镜鲤的蛋白序列的比例为56.01%～77.71%。2种不同生长速率福瑞鲤2号肌肉转录组比较,获得749个差异表达基因,包括348个上调基因和401个下调基因。鉴定出了与肌肉生长相关关键基因,如mb、myl2b、tnni1、fhl1、lamb3和pdk2等。研究结果为后续基因功能的研究以及鱼类新品种优良生长性状的分子机制解析奠定了基础。     

鲤鱼基因组同源框Hoxa3a序列同源性分析与分子进化研究

本文利用生物信息学软件分析了鲤（Cyprinus carpio）基因组中同源框基因Hoxa3a与多种鱼类及其它生物的同源性,构建了分子进化树。结果表明：鲤与斑马鱼（Danio rerio）的序列同源性最高为95%,与大西洋鲑（Salmo salar）等四种鱼类的同源性次之为84%,与米氏叶吻银鲛（Callorhinch...