多重PCR在创伤弧菌快速检测中的应用

建立多重PCR方法检测水体及海产品中的创伤弧菌。针对创伤弧菌的gyrB基因的不同位点设计了3对引物，扩增片断的大小分别为481、702、1065bp。该方法的灵敏度为10^2cfu／ml。共对3种海产品进行了创伤弧菌的检测，结果在3种海产品中均能特异性地检测到创伤弧菌。该方法快速，灵敏度高，特异性强。为海产品及水体中的创伤弧菌的检测提供了有效的方法。     

无乳链球菌和海豚链球菌早期预警分子检测

为提高罗非鱼链球菌病发前的早期预警,根据海豚链球菌的16S rRNA基因的部分序列和无乳链球菌的Sip基因特异性序列,分别合成特异性检测引物,经过对反应体系和反应条件的优化,建立检测较低含量的无乳链球菌和海豚链球菌的分子技术。试验结果显示,所建立的双重PCR可扩增出870 bp无乳链球菌和614 bp海豚链球菌的特异性片段,而迟钝爱德华氏菌、维氏气单胞菌、创伤弧菌、温和气单胞菌、溶藻弧菌、大肠杆菌均为阴性;无乳链球菌和海豚链球菌基因组DNA最低检测量分别为9.84×10~(-5) ng/μL和9.30×10~(-5) ng/μL,菌液最低检测量分别为2.76×10~3 cfu/mL和2.51×10~3 cfu/mL,远低于其半致死密度10~7 cfu/mL;对无乳链球菌和海豚链球菌混合感染的模拟临床样品的检出率为100%。研究结果表明,该分子技术的特异性较强、灵敏度较高、检出率较高,可用于较低含量的无乳链球菌和海豚链球菌的快速鉴别,为罗非鱼链球菌的早期预警分子检测提供技术支持。     

基于toxR基因病原哈氏弧菌PCR检测方法的建立

基于toxR基因序列设计检测哈氏弧菌的1对特异性引物,通过PCR反应条件优化、PCR反应特异性及敏感性检测,建立一种哈氏弧菌的特异性分子检测方法.试验结果表明,该引物可使哈氏弧菌扩增出大小为390 bp的toxR基因片段,3种水产动物病原弧菌未扩增出任何条带,敏感性检测结果为该PCR反应最低能检测出0.375 ng/μ...     

病原性鳗弧菌(Vibrio anguillarum)双重PCR与LAMP检测方法的建立

本研究检测了分离自发病大菱鲆、半滑舌鳎及鲤鱼的22株病原鳗弧菌(Vibrio anguillarum)毒力相关基因的携带情况,并建立了病原鳗弧菌的分子生物学检测方法。以PCR方法检测8个毒力相关基因的分布,结果显示,22株病原鳗弧菌均可扩增出6个基因(empA、vah1、vah4、flaA、rtxA和tonB)目的条带,未扩增出virA和angM基因;针对vah4和rtxA设计引物进行双重PCR扩增,同一PCR反应体系可扩增出两条目的条带,灵敏度为2.4×103 CFU/ml,对照菌无任何扩增条带;以vah4设计引物进行LAMP扩增,病原鳗弧菌可扩增出阶梯状条带,呈现阳性反应,6株对照菌无阶梯状扩增条带且呈现阴性反应,LAMP扩增灵敏度为2.4×10~1 CFU/ml。LAMP检测灵敏度是双重PCR的100倍,LAMP技术与PCR比较,操作简便、快速、灵敏度高且不需昂贵仪器,LAMP检测鳗弧菌的方法更适合于养殖生产实际应用。     

弧菌属PCR检测方法的建立与应用

根据弧菌属细菌(Vibrio spp.)共有的rpo A基因序列,比对和设计了一对PCR引物,建立了能够快速而准确地检测弧菌属细菌的通用PCR检测方法,该方法对靶标DNA的检测灵敏度为58 fg/μL,对菌液的检测灵敏度为2.7×102cfu/m L,能够区分该属细菌与其它属的细菌,具有极高的特异性。使用建立的方法对分离自南美白对虾的病原菌进行了检验,并结合16S r DNA序列分析,结果显示待检测病原均为弧菌属的细菌,与测序结果一致,说明该检测方法可用于弧菌属细菌的检测和诊断。     

基于一种新基因的溶藻弧菌毒力菌株检测方法的建立

根据溶藻弧菌毒力菌株HN08155的1个新的特异性基因序列设计了1对特异性引物SDRHf和SDRHr,扩增产物大小为217 bp;以此引物对为基础成功建立了与HN08155具有相似遗传型的溶藻弧菌毒力菌株PCR快速分子检测试剂盒.该试剂盒具有快速、灵敏度高、特异性强等优点,为海产品及水体中致病性溶藻弧菌的检测提供了一种有效方法.     

病原性鳗弧菌(Vibrio anguillarum)双重PCR与LAMP检测方法的建立

本研究检测了分离自发病大菱鲆、半滑舌鳎及鲤鱼的22株病原鳗弧菌(Vibrio anguillarum)毒力相关基因的携带情况,并建立了病原鳗弧菌的分子生物学检测方法。以PCR方法检测8个毒力相关基因的分布,结果显示,22株病原鳗弧菌均可扩增出6个基因(empA、vah1、vah4、flaA、rtxA和tonB)目的条带,未扩增出virA和angM基因;针对vah4和rtxA设计引物进行双重PCR扩增,同一PCR反应体系可扩增出两条目的条带,灵敏度为2.4×103 CFU/ml,对照菌无任何扩增条带;以vah4设计引物进行LAMP扩增,病原鳗弧菌可扩增出阶梯状条带,呈现阳性反应,6株对照菌无阶梯状扩增条带且呈现阴性反应,LAMP扩增灵敏度为2.4×101 CFU/ml。LAMP检测灵敏度是双重PCR的100倍,LAMP技术与PCR比较,操作简便、快速、灵敏度高且不需昂贵仪器,LAMP检测鳗弧菌的方法更适合于养殖生产实际应用。     

哈维氏弧菌RT-LAMP检测方法建立与应用

哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)是引起海南省后水湾深水网箱养殖卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)"烂身病"的主要病原菌。为了能够快速诊断该病原菌,急需建立一种耗时短、准确以及便捷的检测方法。本研究利用分离到的致病菌株QT520的ToxR基因序列设计特异性引物和加入SYTO-9特异荧光染料,建立了一种可以实时、快速检测哈维氏弧菌的LAMP法(RT-LAMP)。该方法对哈维氏弧菌的基因组DNA及菌液灵敏度分别为100 fg/μL和10~3 cfu/mL,与Real-time PCR法检测灵敏度相当,比普通PCR的检测灵敏度要分别高1000倍和10倍,能有效区分哈维氏弧菌与坎氏弧菌(Vibrio campbellii);可以实时观察检测结果,且检测时间只需要40 min;具有耗时短、特异性和灵敏度高、仪器便携、操作简单且能实时观察检测结果等优点,非常适合在生产现场进行哈维氏弧菌的检测。     

柱状黄杆菌常规PCR检测体系的建立

根据NCBI公布的柱状黄杆菌硫酸软骨素裂解酶的基因序列,设计并选取一对能够快速而准确地检测柱状黄杆菌的PCR引物,建立PCR快速检测体系,同时测试该体系的特异性和灵敏度,并对患病的鱼组织进行检测。研究结果表明,使用设计的引物能够扩增出与预计大小相符合的138bp的特异性片段,具有较好的检测特异性,对靶标DNA的检测灵敏度为pg级,对柱状黄杆菌的检测灵敏度为25cfu/20μl。样品的检测结果与实际发病情况一致,表明本研究成功建立了柱状黄杆菌常规PCR检测体系,该体系可以用于柱状黄杆菌的诊断和样品的检测。     

温和气单胞菌PCR快速诊断方法的建立

根据NCBI公布的温和气单胞菌(Aeromonas sobria)丝氨酸蛋白酶的基因序列,设计并选取一对能够快速而准确地检测温和气单胞菌的PCR引物,建立PCR快速检测体系,并对患病的鱼组织进行检测。研究结果表明,使用设计的引物能够扩增出与预计大小相符合的131 bp的特异性片段,具有较好的检测特异性,对靶标DNA的检测灵敏度为1.0 pg/20μL,对温和气单胞菌的检测灵敏度为50 cfu/20μL。样品的检测结果与实际发病情况一致,表明本研究成功建立了温和气单胞菌常规PCR检测体系,该体系可以用于温和气单胞菌的诊断和样品的检测。     

九孔鲍消化道及养殖水体中弧菌胞外毒力因子的分析

从汕尾健生鲍鱼养殖场成鲍养殖水体和消化道中分离筛选到22株弧菌,其中14株来自成鲍消化道,8株来自养殖水体。本文对这两种不同来源的菌株进行了致病因子(胞外酶及溶血毒素)的分析比较,同时采用API条带法对其进行了种类鉴定。结果发现,消化道中除1株溶藻弧菌和3株最小弧菌外,其余均为河流弧菌;而水体中除副溶血弧菌和创伤弧菌各1株外,其他也均为河流弧菌。实验还发现,在5株胞外酶分泌能力最强的弧菌中,只有Sh031株是副溶血弧菌,另外4株(Bh14、Sh02、Sh08、Sh05)均为的河流弧菌。结果显示,无论是养殖水体还是消化道,河流弧菌都应视为一种海水养殖贝类(鲍)的主要条件致病菌,是能力较强的胞外致病因子生产者。     

中国对虾糠虾幼体病原哈氏弧菌的鉴定及毒力基因检测

2011年春季对江苏连云港某对虾育苗场中国对虾Fenneropenaeus chinensis病死糠虾幼体分离到优势生长菌,对分离菌进行致病性、形态与生理生化特征及16S rRNA和gyrB基因同源性与系统发育分析。结果显示,引起糠虾幼体大量死亡的病原为哈氏弧菌Vibrio harveyi,菌株kx1对中国对虾仔虾和日本对虾仔虾的半数致死量LD50分别为2.0×106CFU/ml和7.0×105CFU/ml。为进一步明确分离菌株毒力基因的携带情况,进行了分离鉴定的4株病原菌对群体效应调节基因(luxR)、毒力调控基因(toxR)、溶血素基因(vhhA和vhhB)、金属蛋白酶基因(vhpA和vhpB)、毒力相关基因(toxS)、鞭毛结构基因(flaA)及锌金属蛋白酶基因(pap6)共9种毒力基因的检测,结果表明,4株病原菌均可检测到luxR、toxR、vhhA、vhhB和pap6毒力基因,扩增片段大小分别为679、390、1324、216和355 bp,其他4种毒力基因未检测到。分离鉴定的4株病原哈氏弧菌携带相同的毒力基因,这些毒力基因可作为检测致病性哈氏弧菌的生物学标记。     

Siderophores and related outer membrane proteins in Vibrio spp. which are potential pathogens of fish and shellfish

Abstract. A total of eight reference strains and 43 environmental isolates of Vibrio species that are potential fish pathogens, were assayed for the production and utilization of siderophores. Chemical and biological assays indicated that all species produced phenolate compounds and only some strains of V. cholerae non-O1, V. parahaemolyticus and V. fluvialis produced hydroxamates. Bioassays indicated that all species produced compounds that stimulated the growth of the homologous and the heterologous species in low-iron media. The catechol-type siderophores produced may be functionally related to enterobactin as demonstrated by bioassays with enterobactin-deficient mutants. However, the chromatographic analysis and absorption spectra of supernatants and their extracts showed some differences among catechols excreted by Vibrio species. The hydroxamate compounds produced by some strains of V. fluvialis and V. parahaemolyticus were different from the aerobactin. The synthesis of iron-regulated outer membrane proteins was also examined in representative strains of each species. The molecular size of the main induced proteins ranged between 74 and 95kDa, and were relatively species specific.     

5种海洋致病弧菌对34种中草药敏感性的测定

采用纸片扩散(K-B)法,测试了溶藻弧菌、哈氏弧菌、副溶血弧菌、河流弧菌、麦氏弧菌对34种中草药的敏感性,结果表明:试验菌株对中草药乌梅、黄连、木瓜、五味子、五倍子、马齿苋、白头翁、地榆、公丁香、大黄具有较高的敏感性。采用倍比稀释法,测定10种敏感性较好的中草药对5种海洋致病弧菌的抑菌试验,并测定了最小抑菌浓度(MIC)和最小杀菌浓度(MBC)。结果表明:五倍子抑菌和杀菌能力最强,五倍子对溶藻弧菌、副溶血弧菌、河流弧菌、麦氏弧菌的MIC和MBC均为1.56 mg/ml,对哈氏弧菌的MIC和MBC为3.125 mg/ml;其次是黄连,对溶藻弧菌、河流弧菌、麦氏弧菌的MIC和MBC分别为3.125 mg/ml和6.25 mg/ml,对哈氏弧菌、副溶血弧菌的MIC和MBC分别为6.25 mg/ml和12.5 mg/ml;乌梅对5种弧菌有相同的抑菌和杀菌作用,其MIC和MBC均为12.5 mg/ml。最终确定五倍子和黄连可以作为防治水产养殖动物弧菌病的首选中草药药物。     

东北地区不同宿主NDV的分离鉴定与系统发育进化分析

针对我国东北地区获得高免新城疫(NewcastleDisease,ND)抗体鸡群仍然发生新城疫(ND)的情况,应用分子流行病学技术,对所分离的18株鸡源新城疫病毒(NewcastleDiseaseVirus,NDV)和1株鸽源NDV进行系统发育进化分析。将NDV分离株通过差速离心纯化,以SDS-蛋白酶K(或Trizol法)提取病毒RNA,RT-PCR扩增其融合蛋白(F)基因532bp或280bp关键片断,经回收克隆到pMD18-T载体上进行核苷酸序列测定(GenBank序列号:AY208680-AY208698)。核苷酸和氨基酸序列进行同源性比较,结果表明各毒株之间核苷酸同源性为83.1%～100%,氨基酸同源性为85.5%～100%;系统发育进化树分析显示,其中JL-12、HLJ-3为弱毒株,与疫苗株V4同属于基因Ⅰ型;其余17株均为强毒株,其中HLJ-4、JL-14为Ⅵ型,其余15株均为基因Ⅶ型,由此可见东北地区目前新城疫的流行是由3种不同基因型的NDV毒珠(Ⅰ型、Ⅵ型、Ⅶ型)所发,但以基因Ⅶ型为主,这与我国其他地区和世界上其他国家ND的流行情况趋于一致。     

应用双抗夹心ELISA法检测皱纹盘鲍致病病原—创伤弧菌的研究

以皱纹盘鲍脓足病致病病原－ － 创伤弧菌为抗原,制备兔抗血清,抗体纯化后以辣根过氧化物酶标记,建立检测创伤弧菌的双抗夹心ＥＬＩＳＡ 检测法。结果表明,双抗夹心ＥＬＩＳＡ 法有较高的灵敏度,可检出含菌１０４ 个／ｍｌ 的菌悬液。与创伤弧菌对照菌株有明显的阳性反应不与副溶血弧菌、溶藻胶弧菌、河流弧菌等８ 株对照菌株产生影响检测结果的交叉反应。应用该法检测３０ 份病鲍样品,阳性检出率为６６ ．７ ％ 。     

湖北地区克氏原螯虾白斑综合征病毒变异区ORF14/15、ORF23/24基因序列比较分析

试验扩增、克隆了在湖北地区采集的19份克氏原螯虾(Procambarus clarkii)白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)阳性样品的变异区ORF14/15和ORF23/24基因,通过测序比较分析了湖北各WSSV毒株与Gen Bank公布的标准毒株间在变异区ORF14/15及ORF23/24基因的差异性。结果显示,19份WSSV阳性样品中有部分样品在变异区扩增出ORF14/15、ORF23/24基因片段,变异区基因序列分析发现,与Gen Bank已公布的标准毒株相比,存在大片段缺失。在变异区ORF14/15,有3个毒株扩增出1 442 bp的片段,4个毒株扩增出630 bp的片段,基于变异区ORF14/15构建的系统进化树显示,这些毒株归属两个不同的分支。在变异区ORF23/24,有2个毒株扩增出大小为2 096 bp的片段,进化分析发现这2个毒株在变异区ORF23/24的遗传距离较近。     

锦鲤源铜绿假单胞菌的分离鉴定及药敏试验

对从发病锦鲤分离出的病原菌主要形态与生理生化特性、16S rRNA基因序列及耐药特性等进行了研究,旨在为锦鲤疾病防治提供理论依据,对铜绿假单胞菌的进一步研究提供基本资料。发病锦鲤体长37~42 cm,体重1.5~2.0kg,眼球脓肿凸出,鳃丝被轻微腐蚀,其上可见附着物,肛门红肿并伴有黄色粘液流出。健康锦鲤体长7~10cm,体重(25±3)g。分离到的1株形态一致优势生长菌株（记为HL2）呈现圆形光滑、边缘整齐、中央隆起、略透明、乳白色,直径约1.4mm。分离菌经革兰氏染色镜检,均为革兰氏阴性、短杆状。肌肉注射感染后,供试健康锦鲤14d内全部死亡,并在试验后期注射部位轻微出血,眼球周边有白浊及化脓的现象。HL2有运动性,精氨酸脱羧酶、鸟氨酸脱羧酶、精氨酸双水解酶阳性,苯丙氨酸脱羧酶阴性,发酵麦芽糖、甘露醇、蔗糖、半乳糖等,不发酵侧金盏花醇与阿拉伯糖等。分离株HL2的序列长度为1461bp(GenBank登录号为KF413420),在系统发育树上与铜绿假单胞菌（KC959478）聚为一支。头孢曲松、卡那霉素、四环素等35种药物有效抑制HL2,庆大霉素、强力霉素、头孢拉定等5种药物具有一定的抑菌作用,青霉素G、氨苄西林、头孢唑林等15种药物无效。使用抗生素时必须更加科学、合理、有效;从药物选择、使用剂量、用药疗程等方面着手,以减少耐药菌株的产生。     

中国明对虾MKK4基因克隆及其在氨氮胁迫下的表达分析

为初步研究中国明对虾MKK4的生物学功能,采用RACE技术克隆获得中国明对虾MKK4基因全长cDNA序列,并对该序列进行分析。结果显示,中国明对虾MKK4基因全长为2 064 bp,开放阅读框长1 221 bp,5'非编码区长214 bp,3'非翻译区长629 bp。将该基因命名为FcMKK4。推测该基因编码406个氨基酸,预测分子量为45.94 ku,理论等电点为8.50。同源性和系统进化分析发现FcMKK4与肩突硬蜱和印度跳蚁的同源性分别为80%和78%,与其他节肢动物MKK4聚为一支。荧光定量RT-PCR结果表明,FcMKK4基因在肌肉中的相对表达量最高,其次为肝胰腺。氨氮胁迫后该基因在中国明对虾肌肉、肝胰腺、血细胞、鳃、心脏、肠和胃中的表达量均显著增加,并有不同的时空表达谱式,表明FcMKK4可能参与中国明对虾非生物胁迫的应答反应。     

我国一株新型黄头病毒的分子流行病学

为查明黄头病毒(Yellow Head Virus,YHV)在我国的存在和变异情况,本研究采用世界动物卫生组织(OIE)《水生动物诊断手册》中YHV套式RT-PCR检测方法对2012-2014年采集的299份样品进行了YHV监测,并对部分YHV阳性样品基因进行了克隆测序及系统发育分析.流行病学调查显示,299份样品中YHV的阳性率为11％,我国养殖的中国明对虾、凡纳滨对虾、日本囊对虾以及罗氏沼虾的部分样品中均检出了YHV,中国明对虾和罗氏沼虾是本次调查中新发现的YHV自然宿主,而且YHV在中国明对虾中的检出率最高.对6份较强阳性样品YHV基因组ORF1b内1002 bp的分型片段进行克隆测序和序列分析,序列比对结果显示,阳性样品的YHV与国外报道的YHV的6个基因型相似度为81.0％-90.5％;系统发育分析显示,6份阳性样品归于同一分支,但与已知YHV的6个基因型均不在同一分支内,其与YHV基因1型(YHV-1)亲缘关系较近.对阳性样品YHV基因组ORF3内编码gp116蛋白的一段序列进行克隆测序,得出其序列长度为509 bp,与YHV-1a的545 bp、YHV-1b的383 bp和YHV-2(即鳃联病毒GAV)的476 bp均不同;依据该片段构建的系统发育树显示,6份阳性样品归于同一分支,与YHV已知的6个基因型不同,与YHV-1亲缘关系较近,且与YHV-1a相似度大于YHV-1b.对其中两份样品的ORF2序列进行比对显示,两份样品序列相似性为99.8％,蛋白序列完全相同,与YHV-1的序列相似度为85.9％,与YHV-2相似性为80.9％.样品调查结果对增补YHV的宿主范围有重要意义;YHV核酸检测和序列比对结果表明,感染我国养殖对虾的YHV为一种新的致病株型.