黄瓜细菌性角斑病菌交叉引物恒温扩增检测技术

黄瓜细菌性角斑病是我国黄瓜生产上的重要病害之一,其病原菌为Pseudomonas syringae pv.lachrymans。根据该病原菌甘油醛-3-磷酸脱氢基因保守序列设计引物和探针,建立了交叉引物恒温扩增和核酸试纸条检测技术。菌体DNA检测灵敏度可达0.55 ng,纯菌直接检测灵敏度基本可达到单个细菌。所测试的5株黄瓜细菌性角斑病菌和染病黄瓜叶片均为阳性,其他13株对照菌株均为阴性。该方法灵敏度高,且操作简单,对设备要求低等,适合基层实验室应用。     

黄瓜绿斑驳花叶病毒核酸试纸条检测技术的建立

以黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)阳性样品为研究对象,根据其外壳蛋白基因设计3条引物和2条探针,探针5′端分别用生物素和荧光进行标记;利用这套引物和探针在59℃进行RT-PCR恒温扩增90min,扩增产物用核酸试纸条进行检测。用其它5种同样侵染葫芦科作物的植物病毒作为对照进行试验,以期确定试纸条检测方法的特异性。将梯度稀释后的总RNA作为模板进行检测,以确定该方法的灵敏度。结果表明:该试验建立的核酸试纸条检测方法对CGMMV具有特异性,能够有效区分CGMMV及同样侵染葫芦科作物的黄瓜花叶病毒(CMV)、辣椒轻斑驳病毒(PMMoV)、烟草花叶病毒(TMV)、番茄花叶病毒(ToMV)和小西葫芦黄花叶病毒(ZYMV);同时该方法也具有较高的灵敏度,可检测低至24.300ng·μL~(-1)的总RNA。因此该试验建立的核酸试纸条法可用于CGMMV的快速检测。     

我国一株新型黄头病毒的分子流行病学

为查明黄头病毒(Yellow Head Virus,YHV)在我国的存在和变异情况,本研究采用世界动物卫生组织(OIE)《水生动物诊断手册》中YHV套式RT-PCR检测方法对2012-2014年采集的299份样品进行了YHV监测,并对部分YHV阳性样品基因进行了克隆测序及系统发育分析.流行病学调查显示,299份样品中YHV的阳性率为11％,我国养殖的中国明对虾、凡纳滨对虾、日本囊对虾以及罗氏沼虾的部分样品中均检出了YHV,中国明对虾和罗氏沼虾是本次调查中新发现的YHV自然宿主,而且YHV在中国明对虾中的检出率最高.对6份较强阳性样品YHV基因组ORF1b内1002 bp的分型片段进行克隆测序和序列分析,序列比对结果显示,阳性样品的YHV与国外报道的YHV的6个基因型相似度为81.0％-90.5％;系统发育分析显示,6份阳性样品归于同一分支,但与已知YHV的6个基因型均不在同一分支内,其与YHV基因1型(YHV-1)亲缘关系较近.对阳性样品YHV基因组ORF3内编码gp116蛋白的一段序列进行克隆测序,得出其序列长度为509 bp,与YHV-1a的545 bp、YHV-1b的383 bp和YHV-2(即鳃联病毒GAV)的476 bp均不同;依据该片段构建的系统发育树显示,6份阳性样品归于同一分支,与YHV已知的6个基因型不同,与YHV-1亲缘关系较近,且与YHV-1a相似度大于YHV-1b.对其中两份样品的ORF2序列进行比对显示,两份样品序列相似性为99.8％,蛋白序列完全相同,与YHV-1的序列相似度为85.9％,与YHV-2相似性为80.9％.样品调查结果对增补YHV的宿主范围有重要意义;YHV核酸检测和序列比对结果表明,感染我国养殖对虾的YHV为一种新的致病株型.