罗氏沼虾三群体线粒体D-loop基因序列差异的初步研究

通过测定罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)人工养殖群体(A)(浙江湖州)、缅甸引进群体F2代(B)和"南太湖1号"(C)3个群体线粒体控制区(D-loop)基因序列片段(约1200 bp),探讨罗氏沼虾群体遗传结构.结果发现,在用于分析的1121 bp基因序列中有86个变异位点,共计14个单倍型.其中,群体A、C的遗传多样性均较低,其π值分别为0.022和0.025,相比之下,群体B的遗传多样性则明显要高于上述两个群体(π=0.032).AMOVA分析表明,群体间的遗传变异占总遗传变异的6.32%,而93.68%的遗传变异源于群体内.对三群体的遗传学参数计算结果表明,群体A和B间遗传分化指数(Fst)为0.105,已达到中等分化水平;群体C与A间的遗传距离(D=0.025)最小,提示它们的亲缘关系最近.本研究结果认为,D-loop基因可以作为检测罗氏沼虾群体遗传差异的分子标记,"南太湖1号"群体遗传多样性比人工养殖群体有所提高,但仍偏向养殖群体,未表现出最高的杂种优势.     

罗氏沼虾缅甸野生群体和浙江养殖群体的遗传多样性比较

采用形态学方法、同工酶电泳技术和DNA分析方法对罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii DeMan)缅甸野生群体(BNP种群)和浙江省养殖群体(ZCP种群)的遗传多样性进行比较分析。结果表明,两种群在外形、体色、生长等方面存在一定的差异;对罗氏沼虾11种酶的25个基因位点进行分析,得出BNP种群和ZCP种群的同工酶分析所得出的多态位点比例及平均杂合度分别为12％和:16％,0.0431和0.0501。根据同工酶的基因频率计算得两种群的遗传相似系数为0.9963,遗传距离为0.0037;22个经筛选的10bp随机引物共检测到139个RAPD位点,BNP种群的多态位点比例和遗传多态度(Ho)分别为33.81％和0.0940,高于ZCP种群的30.22％和0.0780,两个群体的平均遗传多态度(Hpop)为0.0860,90％以上的遗传变异是在群体内检测到的。根据RAPD扩增的基因频率得出两群体间的遗传距离为0.1206。无论是同工酶电泳结果还是RAPD分析结果,都表明罗氏沼虾缅甸野生群体的遗传多样性高于浙江养殖群体,说明人工养殖会导致罗氏沼虾遗传多样性的下降。结果还表明,罗氏沼虾群体遗传多样性水平欠丰富,因此需要对罗氏沼虾群体实行科学的管理。     

罗氏沼虾三群体线粒体D-loop基因序列差异的初步研究

通过测定罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）人工养殖群体（A）（浙江湖州）、缅甸引进群体F2代（B）和“南太湖1号”（C）3个群体线粒体控制区（D-loop）基因序列片段（约1200bp），探讨罗氏沼虾群体遗传结构。结果发现，在用于分析的1121bp基因序列中有86个变异位点，共计14个单倍型。其中，群体A、C的遗传多样性均较低，其订值分别为0．022和0．025，相比之下，群体B的遗传多样性则明显要高于上述两个群体（π=0．032）。AMOVA分析表明，群体间的遗传变异占总遗传变异的6．32％，而93．68％的遗传变异源于群体内。对三群体的遗传学参数计算结果表明，群体A和B间遗传分化指数（Fst）为0．105，已达到中等分化水平；群体C与A间的遗传距离（D=0．025）最小，提示它们的亲缘关系最近。本研究结果认为，D—loop基因可以作为检测罗氏沼虾群体遗传差异的分子标记，“南太湖1号”群体遗传多样性比人工养殖群体有所提高，但仍偏向养殖群体，未表现出最高的杂种优势。     

罗氏沼虾浙江养殖群体与缅甸自然群体遗传差异的RAPD分析

利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术，对浙江省罗氏沼虾养殖群体和新引进的缅甸自然群体的遗传差异进行了比较分析，以期从分子水平了解罗氏沼虾的种群遗传多样性背景及与引种的关系。采用经筛选的22个10bp的随机引物对罗氏沼虾两群体各20尾进行群体RAPD分析。22个引物共检测到139个位点。养殖群体的多态位点比例为30．22％，群体平均杂合度为0．2646，Shannon多样性指数为0．0780，群体内各个体之间的遗传共享度为0．9353，遗传距离为0．0647；自然群体的多态位点比例为33．81％，群体的平均杂合度和Shannon多样性指数分别为0．2888和0．0940，群体内各个体之间的遗传共享度为0．9201，遗传距离为0．0799；两群体之间的遗传距离为0．1845。自然群体的遗传多样性水平比养殖群体要高。利用随机引物S9和S52，在罗氏沼虾两群体间扩增出2条稳定、明显的群体间特异性标记带。     

罗氏沼虾SNP标记筛选及不同群体的遗传多样性

罗氏沼虾因其自身的生长优势,已成为我国重要的养殖虾类,为保证其养殖的持续健康发展,对其进行遗传多样性分析。利用罗氏沼虾性腺组织转录组测序结果,参考NCBI数据库,选取60个SNP位点,以马来西亚野生群体(MW)为样本,采用直接测序技术进行位点多态性检测,得到25个(41.7%)具有二态性等位基因位点。并对罗氏沼虾上海(SH)、浙江(ZJ)、马来西亚养殖群体(MF)、生长快速品系选育群体(BG)及MW群体5个群体的150尾个体进行遗传多样性分析,其观测杂合度Ho和期望杂合度He的分布范围分别为0.18～0.30和0.28～0.37,平均多态性信息含量依次为0.29、0.24、0.21、0.26和0.33,表现为中低等多态水平;群体间的遗传相似性系数和遗传距离变化范围分别为0.659～0.968和0.032～0.417,MF群体和BG群体遗传相似系数最小、遗传距离最大,SH群体和ZJ群体遗传相似系数最大、遗传距离最小;遗传分化指数和基因流的范围分别为0.045～0.363和0.440～5.293,MF群体和MW群体之间出现最高值,SH群体和ZJ群体出现最低值,SH群体和ZJ群体基因流最高,MF群体和MW群体最低;AMOVA分子方差分析显示,遗传变异主要来源于群体内,群体间的变异为26.33%。5个群体近交系数为0.151～0.342,3个养殖群体的平均近交系数均高于野生群体,对25个位点在5个群体中的基因型进行统计分析,有9个位点处的BG群体的基因型与其他3个养殖群体基因型分离方向相反,14个位点处3个养殖群体中杂合个体频数较MW群体低。研究结果为进一步开展罗氏沼虾遗传育种研究及保护政策的制定提供了参考。     

异型雄性罗氏沼虾遗传多样性的微卫星分析

利用微卫星DNA标记研究3种近亲交配形态型雄性罗氏沼虾遗传多样性,所用虾样均采自国家级(南宁)罗氏沼虾良种场,共150尾成年近亲交配的雄虾,其中蓝色长臂型、橙色长臂型、小个体型各50尾。研究结果表明,3组样品的生长发育差异显著,蓝色长臂型、橙色长臂型、小个体型各组中微卫星位点的总等位基因分别为24、28和22,3组样品所有位点的平均观察杂合度为0.474～0.556。其平均群体内近交系数为-0.0189,说明杂合子过剩,对比分析和群体间分化系数表明,3组雄虾遗传差异明显,最大遗传间距位于蓝色长臂型和小个体型,最小的遗传间距位于蓝色长臂型和橙色长臂型。研究结果将为罗氏沼虾优质父本选育和调控雄性遗传发育提供基础性遗传信息。     

罗氏沼虾抗病选育群体的抗病性能及其遗传多样性分析

为深入了解罗氏沼虾抗病选育群体的抗病力和遗传信息,通过人工注射溶藻弧菌感染16个罗氏沼虾选育群体,并利用微卫星分子标记对选育群体进行遗传结构分析。结果显示,16个选育群体抗溶藻弧菌感染能力存在明显差别,并从中鉴定出抗病力强的群体3个(SCR11-6、SCR11-11和SCR11-16),其在感染溶藻弧菌感染后的成活率达80%;抗病力比较强的群体7个;抗病力一般的群体4个,成活率为65%～70%;抗病力差的群体2个,成活率为35%～50%。8对微卫星引物共检测到53个等位基因,每对引物的等位基因数为5～9个,平均为6.625个,多态信息含量(PIC)为0.629 4～0.829 4,平均为0.732 3。16个群体的平均PIC为0.493 2～0.695 6,平均观测杂合度为0.506 2～0.651 3,平均期望杂合度为0.551 9～0.733 2,遗传相似系数平均为0.655 2,遗传距离平均为0.434 4。并对DP和SP两群体罗氏沼虾个体扩增出的差异条带进行统计,分析其与罗氏沼虾抗病性状的相关性。结果表明,5个微卫星位点SUGbp8-103b、SUGbp8-101c、MRMB11、SUGbp8-137和MRMC2分别在203、263、185、335和96 bp等位基因与罗氏沼虾抗病性状存在一定的相关性,其中,位点MRMB11在185 bp等位基因跟抗病性有极显著的正相关性,相关系数为0.282。研究表明,16个选育群体中有4个群体的抗病力较强,同时与其它12个选育群体相比,这4个群体遗传多样性也比较丰富,这些罗氏沼虾群体的筛选为罗氏沼虾抗病新品种的培育奠定了重要基础。     

虾类养殖技术之三罗氏沼虾缅甸群体和浙江养殖群体及其杂交群体的生长对比试验

为了深入开展罗氏沼虾良种的繁育和示范推广,促进浙江省罗氏沼虾种苗和养殖产业的持继稳定健康发展,笔者在2002年引进并繁育成功缅甸罗氏沼虾原种和2003年罗氏沼虾缅甸群体和浙江养殖群体的生长对比试验的基础上,于2004年在杭州西湖区袁浦省级罗     

罗氏沼虾养殖群体表型性状间的相关性及类群差异分析

为研究罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)养殖群体表型性状间的相互关系及不同类群间的性状差异,本研究对人工养殖的罗氏沼虾雌、雄及"老头虾"3个类群共490个个体的体重、体长、全长等12个表型性状进行了相关分析、形态性状对体重影响的通径分析等。结果表明, 3个类群除上、下额刺数2个可数性状外,其他9个可量形态性状与体重都呈极显著的正相关(P0.01);影响体重的关键形态性状在3个类群中各不相同,但体长、头胸甲长、第二步足长在3个类群中均是影响体重的关键指标;分别建立了各类群体重与关键形态性状的多元回归方程。聚类分析和主成分分析结果表明,雌、雄2个类群表型上更为相似,"老头虾"与雌性个体的差异最大。腹部轮廓特征(包括腹长、腹宽、腹高)、全长、体长及第二步足长对3个类群的差异贡献较大。雌性个体腹部发达,"老头虾"则第二步足尤为发达。本研究结果可为罗氏沼虾的选择育种、基础生物学及行业标准的制定提供数据资料。     

罗氏沼虾4个不同群体的生长和存活率比较

采用荧光标记同池混养的方法,对罗氏沼虾4个不同群体的生长和存活率进行比较分析。结果表明:4个群体的日均增长和日均增重的大小顺序为:YFNTHZFCJ;特定生长率大小顺序为:YFNTHCJZF,且YF群体与ZF群体差异显著。体长和体重的变异系数大小顺序均为:ZFCJNTHYF。各群体肥满度无显著差异。ZF群体的养殖存活率显著高于YF群体,其他群体之间无明显差异。研究为罗氏沼虾下一步选育提供科学指导。     

用微卫星DNA技术对中国对虾人工选育群体遗传多样性的研究

利用微卫星技术对中国对虾人工选育群体第1代和第6代群体的遗传多样性进行了分析。对10个微卫星位点进行了扩增,共产生74个等位基因,每个位点产生的等位基因数从3到13不等。在两个群体中,所观察到的等位基因数都比有效等位基因数多。多态信息含量PIC值0．5567～0．8877,说明这10个微卫星位点在中国对虾中具有较高的信息含量。两个群体的平均杂合度分别为0．6400(CP1)、0．6300(CP6),并通过计算基因型的P值,确定了对Hardy-Weinberg平衡的偏离情况。对Fis值的计算表明两个群体内共有5个微卫星位点存在杂合度观察值过剩的现象。两个群体的Shannon多样性指数分别为1．6830、1．7382,整个选育群体(两个群体作为一个群体)的遗传多样性指数为1．7742。从遗传多样性所占的比例来看,96．415％的遗传变异是来自群体内,只有3．585％的遗传变异是来自群体间。两个群体间的相似性系数高达0．9187,彼此间的遗传距离仅为0．0848,体现出人工选育群体的遗传分化程度较低。结果均说明第6代群体还有较大的选育潜力,可以继续保持遗传效应,最终保证选种育种工作的成功。     

皱纹盘鲍遗传多样性的RAPD分析

对采自山东长岛和辽宁大连海域的两个自然群体皱纹盘鲍的遗传多样性进行了RAPD分析。16个随机引物在两群体中共检测到了179个位点,其中,长岛和大连群体中的多态位点数分别为88和91个,两群体的多态位点百分率分别为49·16%和50·84%;Shannon′s多样性指数(H0)分别为0·2496和0·2668。有70%以上的遗传变异来自群体内,显示两群体内均有较高程度的遗传变异。研究结果表明,长岛和大连的皱纹盘鲍群体已出现了明显的遗传分化。     

Genetic diversity in the Indian population of Penaeus monodon (Fabricius, 1798) as revealed by mtDNA sequence analysis

Genetic diversity in the Indian population of the tiger shrimp Penaeus monodon was determined by using partial sequence data of the mitochondrial DNA (mtDNA) control region (D‐loop) and the 16S rRNA gene. Eight populations from different geographical locations (Mumbai, Kochi, Mangalore, Kakinada, Gopalpur, Chilika, Paradeep and Andaman) were collected and analysed. The amplified polymerase chain reaction products of size 577 bp for the control region and 472 bp for 16S rRNA were sequenced in both directions and data were analysed through clustal , arlequin , mega and phylip . A significant genetic structure was found among the Indian populations. The mtDNA control region proved to be a powerful marker in comparison with 16S rRNA for population studies of this species. The east coast population was more genetically diverse than the west coast. The Andaman population was found to be the most diverse among all the populations. The populations on the west coast were found to be genetically more structured and differentiated than the populations on the east coast. The results revealed a high level of genetic diversity and also distinct population structuring of P. monodon, suggesting great possibilities of genetic improvement for growth and other economic traits.     

怒江濒危鱼类角鱼种群遗传结构研究

测定了怒江角鱼(Epalzeorhynchus bicornis)4个群体共70尾个体的线粒体DNA cytb基因序列,以探讨种群遗传结构和遗传多样性。结果显示:1140 bp的cytb基因共检测到13个变异位点,70个样本得到16个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.579,核苷酸多样性(π)为0.00070,遗传多样性表现为较低。木城群体和泸水群体之间的遗传距离最远0.00080,泸水群体和道街群体之间的遗传距离最近为0.00059。Fu′Fs中性检验和碱基岐点分布分析暗示了角鱼在历史上曾经历过遗传瓶颈和种群扩张。分子方差分析(AMOVA)表明,群体间总遗传分化系数Fst=0.0049(P>0.05),几乎所有变异均来自于群体内,群体间未出现遗传分化,提示群体内存在广泛的基因交流。     

辽宁沿海日本海马线粒体控制区序列变异及其在海龙科鱼类系统分析中的应用

为研究日本海马野生群体的种质资源及遗传多样性状况,实验采用PCR扩增法获得日本海马线粒体DNA的控制区序列片段,同时利用GenBank数据库中已有的14种海龙科鱼类控制区同源序列对其进行序列比较及系统进化分析。结果显示,日本海马控制区序列片段长度为557~558 bp,其A、T、G、C 4种碱基的平均含量分别为34.3%,29.7%,14.1%,21.9%。在控制区序列片段中,共检测到16个多态性核苷酸位点,定义了16种单倍型,其核苷酸多态度和单倍型多态度都较低(π=0.0032±0.0021,h=0.70±0.02)。利用GenBank数据库中已有的海马控制区同源序列,采用邻接法、最大似然法和贝叶斯法构建了分子系统树。结果显示,采用最大似然法和贝叶斯法构建的分子系统树拓扑结构与邻接法构建的分子系统树拓扑结构不完全相同但基本一致,系统进化分析结果与形态分类学的观点一致。研究表明,线粒体DNA控制区序列在海龙科不同阶元间变异较大,适合于海龙科鱼类种间、群体水平的研究以及作为系统进化分析的分子标记。     

基于12SrRNA和ND3基因序列分析巨[鱼丕]遗传多样性及系统进化

为从分子水平研究巨[鱼丕](Bagarius yarrelli Sykes)的遗传多样性和系统进化关系,本实验对采集于怒江、澜沧江、元江3河流5种群中的60个个体进行12S rRNA和ND3基因序列的PCR扩增,同时与红河河口群体12个个体的12S rRNA和ND3基因序列进行比对分析,采用Mega5.02软件对碱基组成、Kimura-2 parameter遗传距离、可变位点等进行分析。应用DnaSP软件进行遗传多样性相关参数的计算。结果显示:12S rRNA和ND3基因序列长度分别为954 bp和346 bp(349 bp),分别定义了51个单倍型和42个单倍型,12S rRNA和ND3序列中的碱基平均含量分别为:T为20.8%、C为25.7%、A为32.1%、G为21.4%和T为29.5%、C为28.2%、A为28.1%、G为14.1%,表现出明显的A+T偏倚性;6个群体的群体内和群体间的遗传距离分别为0.003~0.284(12S rRNA),0.009~0.059(ND3)和0.004~1.062(12S rRNA),0.008~0.143(ND3);12S rRNA基因的51个单倍型和ND3基因的42个单倍型序列总的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)及核苷酸平均差异数(K)分别为0.972和0.937、0.035和0.079、31.414和27.176,均显示出丰富的遗传多样性。结合从GenBank中下载的12S rRNA和ND3基因同源序列的[鱼丕]科9属10种鱼类进行系统发育树的构建,结果表明巨[鱼丕]独自汇聚成一大单系群,怒江潞江坝群体、怒江三江口群体及澜沧江临沧群体间关系较近,澜沧江景洪群体可单独构成一个单系种群,红河河口群体、红河曼耗群体与其它巨[鱼丕]构成一单系种群后再同澜沧江景洪群体汇聚成一支。     

浅色黄姑鱼线粒体16S rRNA基因片段序列特征分析

PCR扩增100个浅色黄姑鱼个体的线粒体16SrRNA基因片段序列,得到大约620bp的扩增产物。将其中5个个体的扩增产物进行测序和同源比对,得到468bp可供比对分析的片段。比对结果表明,5条序列包括两个单倍型,两个单倍型之间有1个碱基突变。PCR-RFLP分析结果显示,两个种群的100个样品中98%的个体为其中一种单倍型,只有2%的个体呈另一种单倍型,表明这两个种群的遗传多样性较低。两个单倍型平均碱基组成为:T22.0%,C26.3%,A29.8%,G21.9%,GC含量平均为48.2%。与GenBank中石首鱼科7属9种的11条同源序列比对,得到429个比对位点,其中包括69个简约信息位点、55个单突变子和16个插入/缺失位点。聚类分析显示,浅色黄姑鱼与黄姑鱼亲缘关系较近,与形态分类相符。     

津鲢与长江鲢遗传多样性分析

随机选取津鲢和长江鲢各36尾,用16个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示:16个微卫星位点在2个群体中共检测到等位基因105个,基因型241种,每个位点等位基因数3～15个,平均6.6个,基因型4～37种,平均15.1种。2个鲢群体平均观察杂合度(Ho)分别为0.5393和0.5392,平均期望杂合度(He)分别为0.5887和0.5762,结果表明该2个鲢群体遗传多样性水平较高。2个鲢群体平均多态信息含量(PIC)分别为0.5602和0.54,固定系数(FIS)表明这2个鲢群体表现为杂合子缺乏(FIS0)。2个鲢群体之间的遗传距离为0.0566,平均遗传分化系数(Fst)值为0.021,说明仅有2.1%的遗传变异来源于群体间。     

琼枝野生群体与养殖群体的EST-SSR分析

为研究野生琼枝与养殖琼枝的遗传差异,利用EST-SSR技术分析了海南东北部地区9株野生和9株养殖琼枝的遗传差异性。结果显示,用5对EST-SSR引物对18个个体的基因组进行扩增,扩增出的片段大小为250～2 500 bp,琼枝野生群体和养殖群体的多态性比例分别为74.29%和70.00%;野生群体之间的平均遗传距离为0.46,养殖琼枝群体之间的平均遗传距离为0.22。聚类分析图显示,在相似系数0.49处,18株群体按野生与养殖分为2大类,在相似系数0.66附近,野生群体分成3类,养殖琼枝群体分为2类,在相似系数0.73附近,野生琼枝群体分成5类,而养殖群体为3类,相似系数越高,野生群体比养殖群体分类单元越多。研究表明,野生琼枝群体的遗传多样性比养殖琼枝群体高。