许氏平鲉仔鱼、稚鱼、幼鱼肠道微生物群结构特征

采集常规饲养的健康许氏平鲉1日龄仔鱼,9、20日龄稚鱼,54、95日龄幼鱼,运用Illumina MiSeq PE300平台,对其肠道微生物的16S rDNA V3~V4可变区进行高通量测序,共获得1039个运算分类单位、667个属。在丰度高于1%的菌属水平上,野生鱼肠道菌群丰度的平均值(86%)远高于幼鱼时期的平均值(73.5%)。不动杆菌属为仔鱼、稚鱼、幼鱼肠道中最优势菌属(丰度为26.2%~45.3%);短芽孢杆菌属次之。结合共有菌属分析获得11个核心菌群,芽孢杆菌属、短芽孢杆菌属、不动杆菌属、根瘤菌属等的丰度随仔鱼、稚鱼、幼鱼生长先升后降,均在54日龄时丰度最高;弧菌属则呈现相反的趋势(0.37%~12.41%),54日龄时丰度最低。仔鱼、稚鱼、幼鱼与野生个体肠道仅有14个共有菌属,短芽孢杆菌属、Massilia的最小丰度值分别是野生个体肠道中最大丰度值的9倍和32倍,差异明显。本研究揭示了许氏平鲉仔鱼、稚鱼、幼鱼肠道菌群结构特征及其发生、发育的过程,为苗种繁育阶段肠道生理健康调控提供理论依据。     

夏季仿刺参养殖池塘水体菌群地域性特征及其影响因素

2018年8月,在全年不投喂饲料及益生菌且面积约0.1 km~2的泥质底质的辽宁长海、营口,河北乐亭和山东乳山典型岸基半开放仿刺参养殖池塘中,设置4个采样点,采集距水面和离池底各30 cm处水样,利用高通量测序技术和生物信息学分析手段,构建4个地区典型仿刺参养殖池塘水体菌群16S rRNA基因测序文库,解析仿刺参养殖池塘水体菌群地域性差异和共性,并查明影响水体细菌群落构成的主导环境因子。试验结果显示,不同地区仿刺参养殖池塘水体优势菌门为变形菌门和拟杆菌门,二者相对丰度占比68.64%～89.34%。变形菌门均为第一优势菌门,相对丰度占比51.10%～71.98%。在属水平上,不同地区水体优势菌属主要为玫瑰变色菌属、远洋杆菌属、Kiloniella和棕囊藻杆菌属。其中,长海、乐亭和乳山水体第一优势菌属均为玫瑰变色菌属,相对丰度占比分别为18.68%、24.65%和24.46%;营口地区水体第一优势菌属为Kiloniella,相对丰度占比23.07%。仿刺参养殖池塘水体菌群存在显著地域性差异(P0.05)。其中,乐亭与乳山水体菌群结构相似度最高首先聚为一类,其次与长海聚为一类,营口地区则单独聚为一类。营口仿刺参养殖池塘水体差异菌群主要为放线菌门和浮霉菌门细菌。尽管不同地区水体细菌组分比例不同,但共有菌属甚多。环境因子中,影响水体菌群的主导环境因子为化学需氧量和总有机碳,其次为磷酸盐、总磷和温度。本试验结果将为仿刺参养殖池塘水体微生态调控提供参考。     

对虾养殖池副溶血弧菌的分离鉴定及其耐药特征、毒力基因分析

为了解对虾养殖池中副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)的耐药性和毒力基因的携带情况，2018年从山东4个地区的对虾养殖池收集分离副溶血弧菌，采用Kirby-Bauer纸片法检测其对12种抗生素的耐药性，用PCR方法检测其携带耐热直接溶血素基因(tdh)和耐热相关溶血素基因(trh)的情况。从对虾养殖池共分离副溶血弧菌50株。药敏实验结果显示，副溶血弧菌对庆大霉素、硫酸新霉素和氨苄西林的耐药情况最为严重，耐药率分别高达98%、90%和86%，对氟苯尼考、氯霉素、头孢他啶等敏感性较高，耐药率分别为10%、10%和20%。88%的菌株具有多重耐药性。毒力基因检测结果显示，所有菌株均不携带tdh基因，4%的菌株表现为trh阳性。本研究表明，对虾养殖水环境中的副溶血弧菌对抗生素的耐药性较为严重，应加强副溶血弧菌的病原学监测，在养殖过程中合理使用抗生素，以实现水产养殖业健康发展。     

副溶血弧菌养殖对虾分离株耐药性及耐药基因分析

文章采用琼脂稀释法检测从养殖患病对虾中分离的36株副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)对16种药物的耐药性,并用PCR法检测喹诺酮类耐药基因qnrA、qnrB、qnrS和qnrVC,酰胺醇类耐药基因cat、optrA、floR和cfr,四环霉素类耐药基因tetA、tetB和tetM,磺胺类耐药基因sul1、sul2和sul3,氨基糖苷类耐药基因strA、strB、aadA和aacA,利福霉素类耐药基因arr,β-内酰胺类耐药基因bla CARB和大环内酯类耐药基因erm的携带状况,分析其耐药表型和基因型之间的相关性。结果显示,36株副溶血弧菌对β-内酰胺类药物氨苄西林耐药率最高(88.9%),其次为磺胺类药物磺胺甲噁唑(66.7%),硫酸新霉素、庆大霉素、头孢曲松和美罗培南呈现100%敏感。多重耐药副溶血弧菌比例高达61.1%(22/36),其中1株对6类抗菌药耐药。喹诺酮类耐药基因qnrVC检出率最高达72.2%(26/36);其次为氨基糖苷类耐药基因srtB,检出率58.3%(21/36);大环内酯类、利福霉素类耐药基因均未检测到。耐药基因检出率与耐药表型没有表现出一一对应的关系,提示副溶血弧菌耐药的复杂性。     

环境诱因引起大面积死亡背景下底播增殖仿刺参生物体优势菌分析

为获知环境诱因引起底播增殖仿刺参大面积死亡背景下仿刺参生物体的优势菌,采集莱州金城和牟平两个地区事发海域的仿刺参样品,利用平板分离法筛选得到优势菌13株,经细菌16SrDNA通用引物扩增后,PCR产物进行回收、克隆测序、序列分析、RDP比对,结果显示:13株优势菌归为5个属,分别为副球菌属、动性球菌属、射光杆菌属、弧菌属、琼胶菌属,其中弧菌属细菌占比为53.8%。优势菌类型与仿刺参自身生理功能及养殖环境状况密切相关,两个取样地区优势菌类型有所差别,其中莱州海域弧菌属细菌比例高于牟平海域样品,养殖环境弧菌状况的差别是参体上的弧菌差别的主要影响因素。     

不同消毒剂对凡纳滨对虾育苗水质和菌群结构的影响

该研究使用碘(I₂)、二氧化氯(ClO₂)、甲醛溶液(HCHO)和漂白粉[Ca(ClO)2]4种常用消毒剂对凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)育苗海水处理后,研究了不同发育期育苗水体总菌和弧菌数量、氨氮和亚硝酸氮含量、幼体成活率以及水体和幼体菌群的变化。结果显示:1)甲醛组水体的总菌数较低,且弧菌数量最低;2)4种消毒剂组水体氨氮和亚硝酸盐浓度均低于对照组,其中漂白粉组最低;3)甲醛组幼体成活率显著高于其他各组(P<0.05);4)消毒剂改变了育苗水体和幼体的菌群结构和优势菌丰度,育苗水体菌群组成比幼体更为复杂,且早期阶段比后期复杂。其中,无节幼体(N₆)—溞状幼体(Z₁)阶段水体优势菌属主要为OM43_clade、食烷菌属(Alcanivorax)、赤杆菌属(Erythrobacter)、交替赤杆菌属(Altererythrobacter)、黄杆菌属(Tenacibaculum)、水栖菌属(Enhydrobacter)、泥滩微菌属(Gilvibacter)等,糠虾幼体(M1)—仔虾(P1)阶段水体中优势菌属有东吉科拉属(Donghicola)、黏着杆菌属(Cohaesibacter)、Phaeodactylibacter、念珠菌属(Candidatus-Cquiluna)和鲁杰氏菌属(Ruegeria),而幼体中的优势菌属有弧菌属(Vibrio)、动性杆菌属(Planomicrobium)、微杆菌属(Exiguobacterium)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、芽孢杆菌属(Bacillus)、嗜甲基菌属(Methylophaga)和盐单胞菌属(Halomonas)。     

药浴对仿刺参幼参肠道菌群的影响

为探究抗生素药浴对仿刺参幼参肠道菌群的影响，在刺参工厂化保苗期倒池时设置普通组和药浴组(普通组幼参为倒池未药浴正常培养，药浴组幼参用质量浓度0.1 g/L的氟苯尼考药浴15 min),分别于倒池后24、48、72 h,取2组仿刺参肠道样品进行16S rDNA高通量测序分析。试验结果显示，普通组幼参与倒池前的幼参肠道菌群结构基本一致，药浴组幼参肠道菌群结构变化较大，细菌多样性在24 h最高，随后逐渐降低。普通幼参优势菌门变形菌门相对丰度达98%以上，药浴后24、48、72 h,幼参肠道变形菌门相对丰度分别为90.51%、92.99%、96.63%,放线菌门、浮霉菌门、拟杆菌门、酸杆菌门、绿弯菌门、疣微菌门、厚壁菌门相对丰度有所提高，并新出现达达菌门、德潘菌门和芽单胞菌门。普通组幼参肠道中优势菌属新草螺菌属占比达95%以上；药浴后24 h幼参肠道中新草螺菌属相对丰度降低至2.46%,叶杆菌属、Candidatus Competibacter、鞘氨醇单胞菌属等成为新的优势菌属，药浴后48、72 h幼参肠道中新草螺菌属相对丰度逐渐升至36.7%、69.9%,其他菌属相对丰度逐渐降低，肠道菌群结...     

南移池塘养殖仿刺参肠道菌群结构分析

本文基于MiSeq高通量测序技术对南移福建池塘养殖仿刺参(Apostichopus japonicus)肠道菌落结构进行分析。结果表明,仿刺参前肠(1 C_1)、中肠(1 C_2)和后肠(1C_3)测得的分类操作单元(OTUs)分别为424、444和414;三组样品的菌群物种丰度没有较大差别,但优势菌种存在较大差异;优势菌群方面,后肠的优势菌群为Haliea属和乳球菌属(Lactococcus)(分别占后肠总菌数的11.97%和10.37%),而前肠和中肠的优势菌群均是乳球菌属和芽孢杆菌属(Bacillus),两者在前肠菌落中的占比分别为27.91%和6.08%,在中肠中的占比分别为33.24%和6.97%。在重复性方面,三组样品的菌落组成都有重叠,重叠率为74.35%,其中前肠与中肠相似度较高,菌株种类有90%以上重叠。本文研究为仿刺参肠道益生菌的开发利用提供基础资料。     

北方吊笼养殖刺参肠道及其养殖环境菌群结构特征及其相关性分析

为探究北方吊笼养殖刺参(Apostichopus japonicus)肠道及其养殖环境菌群结构的关系，本研究基于高通量测序技术全面解析刺参肠道和养殖环境菌群结构和功能特征，并初步探讨刺参肠道及其养殖环境菌群相关性。结果显示，刺参肠道菌群丰度和多样性均显著高于养殖水体(P<0.05)。刺参肠道及养殖水体主要优势菌门均隶属于变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)，二者存在13个相对丰度大于0.1%的共有核心菌属。此外，肠道菌群具有一定的独立性，其特异性菌群主要隶属于厚壁菌门(Firmicutes)和绿弯菌门(Chloroflexi)，以芽孢杆菌属(Bacillus)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、海泥海球菌属(Halioglobus)、Lutimonas和Woeseia为代表。基于KEGG代谢通路数据库，共注释到300条三级代谢通路，其中146条存在极显著差异(P<0.001)。刺参肠道菌群差异代谢通路主要表现在代谢方面，具体表现为碳水化合物消化吸收、蛋白质消化吸收和鞘脂类代谢。研究表明，刺参肠道菌群种类与其养殖水体呈高度相似性，但相对丰度存在显著性差异。本研究结果可为北方刺参吊笼健康养殖提供一定的理论依据。     

罗非鱼水产品中的喹诺酮类药物耐药菌和耐药基因检测分析

本研究旨在了解水产品中携带的细菌对喹诺酮类药物的耐药状况及耐药基因类型,评估水产品中细菌耐药性风险。从广州市14家超市随机购买100条鲜活的罗非鱼,高通量测序分析结果显示,罗非鱼携带的优势菌群为大肠埃希菌(Escherichia hydrophila)和气单胞菌(Aeromonas)。采用大肠埃希菌和气单胞菌筛选培养方法,分别从鳃、肌肉和肠内容物筛选分离出182株大肠埃希菌和280株气单胞菌;运用琼脂二倍稀释法测定了恩诺沙星和环丙沙星对分离菌株的最小抑菌浓度;通过PCR法扩增质粒介导的喹诺酮类耐药(PMQR)基因(qnrA、qnr B、qnrC、qnrD、qnrS、aac(6￠)-Ib-cr、qepA、oqxAB)并进行测序和比对分析。结果显示,分离的气单胞菌对恩诺沙星和环丙沙星的耐药率分别为2.50%和2.14%;分离的大肠埃希菌对恩诺沙星和环丙沙星的耐药率分别为25.82%和18.13%。肌肉中分离的气单胞菌和大肠埃希菌对恩诺沙星和/或环丙沙星的耐药率均低于鳃和肠道的;各组织分离的大肠埃希菌对氟喹诺酮类药物的耐药率均远高于气单胞菌。分离菌株中,携带PMQR基因的大肠埃希菌占59.89%,且检出的耐药基因种类较多,包括qnrB、qnrD、qnrS、aac(6?)-Ib-cr和oqx AB;而携带PMQR基因的气单胞菌仅占6.79%,只检出耐药基因aac(6￠)-Ib-cr和qnrS。结论认为,罗非鱼食用部分肌肉携带的耐药菌较少,食品相对安全;肠道和鳃组织携带的耐药菌以大肠埃希菌为主,而且大部分菌株携带有不同类型的PMQR基因,存在一定的耐药传播隐患。     

草鱼肠道微生物抗生素抗性基因研究

水产养殖过程中抗生素的过度使用导致耐药菌株不断出现，细菌耐药性成了威胁公共安全的一个全球性问题。抗性基因是细菌产生耐药性的根本原因，动物肠道微生物是抗性基因的储存库，然而目前我国对水产养殖动物消化道微生物抗生素抗性基因的研究匮乏。为探究草鱼（Ctenopharyngodon idellus）肠道微生物中抗性基因的类型和丰度，通过提取草鱼肠道内容物的基因组DNA，采用shotgun宏基因组技术进行测序和序列注释，分析草鱼肠道内容物微生物数据，对比抗性基因数据库ARDB筛选出微生物序列中的抗性基因。结果表明，草鱼肠道内容物共有61554个可注释微生物的基因序列，包括409个真核生物序列、88个古细菌序列和61057个真细菌序列；共得到1011个抗性基因，归为123种基因型，包括78种单抗性基因型（679个单抗性基因），45种多抗性基因型（304个多抗性基因），多抗性基因数量占抗性基因总数的30.1%，说明草鱼肠道中可能存在大量的多重耐药性微生物；检出草鱼肠道中数量最多的抗性基因是抗大环内酯类抗生素基因MacB，其在国内水环境中研究甚少，可能是因为其单独存在时无法使微生物表现出抗性。本研究统计了草鱼肠道中微生物抗生素抗性基因的种类及数量，为水产养殖中抗生素的使用监管提供基础数据，验证了宏基因组测序技术检测抗性基因的可行性。     

美洲鳗鲡及其养殖水体分离耐药菌的多样性和耐药性分析

为了更有针对性地防控水产动物细菌性病害的发生和流行,本实验对美洲鳗鲡及其养殖水体耐药细菌的种属特征及耐药情况开展了相关研究。首先采集美洲鳗鲡不同部位(表皮、鳃、肠道)及其养殖水体的样品,经5种抗菌药物平板筛选耐药菌株,然后采用K-B纸片扩散法检测细菌对抗菌药物的耐药性,同时测定耐药菌株的16S rDNA序列,进而分析耐药菌的种属分布和多重耐药性。结果显示,经耐药平板筛选分离纯化得到108株细菌,分别属于气单胞菌属、柠檬酸杆菌属、不动杆菌属等20个属;其中,93.5%的菌株对3种(含)以上的抗菌药物具有耐药性,86.1%的菌株对3类(含)以上的药物具有抗性。对阿莫西林的耐药率高达90.7%,对四环素、利福平以及磺胺类和酰胺醇类药物类的耐药率为60%~80%,对头孢噻肟、新霉素以及喹诺酮类的耐药性弱(低于20%)。美洲鳗鲡肠道(0.40)、表皮(0.41)、鳃部(0.42)及水样(0.47)菌群的多重耐药指数显示各生态样品耐药程度较为严重,尤以水样为最。各菌属中,柠檬酸杆菌属(0.58)和克雷伯菌属(0.61)的多重耐药指数最高,而不动杆菌属(0.21)则相对较低。美洲鳗鲡及养殖水体普遍存在多重耐药菌株,对此应引起足够的重视;水产动物及养殖环境耐药细菌对某些水产用药如诺氟沙星、新霉素等耐药率低,可将其做为水产动物细菌性疾病治疗的首选药物。     

凡纳滨对虾不同生长阶段肠道可培养细菌耐药性研究

在凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖过程中多使用微生态制剂来调节水质,为避免破坏池塘菌群结构,很少使用抗生素.为了解凡纳滨对虾肠道细菌耐药性与不同生长阶段的关系,本研究选取江苏地区4种主要养殖模式凡纳滨对虾成虾和虾苗作为研究对象,利用K-B纸片法和qRT-PCR技术,研究对虾样本肠道可培养细菌对...     

Use of 16S rRNA gene sequencing analysis to characterize culturable intestinal bacteria in Atlantic salmon (Salmo salar) fed diets with cellulose or non-starch polysaccharides from soy

Duplicate groups of Atlantic salmon (Salmo salar L.), kept in seawater, were fed fish meal‐based cold‐pelleted diets. Diets with non‐starch polysaccharides (NSP), either cellulose, purified soybean NSP or extruded purified soybean NSP at a dietary level of 100 g kg^?1, were compared with a diet without supplemental NSP and a diet with soybean meal in a 28‐day feeding trial. Isolation and characterizations were limited to culturable bacteria and population levels of aerobic and facultative aerobic heterotrophic autochthonous (adherent) and allochthonous (transient) bacteria present in the mid and distal intestines of Atlantic salmon fed the five different diets estimated using traditional bacteriological techniques. The presence of an autochthonous microbiota was demonstrated using transmission electron microscopy. No significant effects of diet composition were observed on total population levels of culturable bacteria present in the digestive tract, but the study showed that the composition of the gut microbiota (autochthonous or allochthonous) was sensitive to dietary changes. A total of 752 culturable isolates from the intestines were characterized by biochemical and physiological properties. Of these, 188 isolates were further characterized by partial sequencing the 16S rRNA genes. Among these, 146 isolates belonged to 31 phylotypes that were >94% identical to previously described species. However, 42 isolates showed similarity <94% to species available at the National Center of Biotechnology Information. Several of the phylotypes identified in the present study have not been reported previously in the gastrointestinal (GI) tract of fish, including the Gram‐negative bacteria Gelidibacter salicanalis, Pseudoalteromonas elyakovii, Psychrobacter aquimaris, Psychrobacter cibarius, Psychrobacter fozii, Psychrobacter maritimus, Psychrobacter okhotskensis and Psychrobacter psychrophilus. Among the Gram‐positive bacteria identified were Arthrobacter bergeri, Arthrobacter psychrolactophilus, Arthrobacter rhombi, Bacillus pumilus, Bacillus subtilis, Exiguobacterium spp., Microbacterium oxydans, Planococcus maritimus, Sporosarcina ginsengisoli and several bacteria that have been described as unculturable previously. In addition, we identified Carnobacterium inhibens, a lactic acid bacterium that is not frequently isolated from the GI tract of fish. Psychrobacter cibarius was the dominant bacterial species and was isolated from the digestive tract of all fish investigated.     

野生与养殖银鲳消化道菌群结构中产酶菌的对比分析

实验对野生和养殖银鲳胃、幽门盲囊、前肠、中肠、后肠菌群结构进行了定性对比分析,并对产蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶、纤维素酶的菌株进行了鉴定。结果发现,野生和养殖种群的消化道菌群结构存在较大差异,且同一种群消化道各部分之间菌群结构也存在较大差异。尽管养殖和野生银鲳均在幽门盲囊中具有最多的可培养细菌菌株,但野生银鲳消化道内主要菌群为嗜冷菌属(Psychrobacter)和Pseudochrobactrum,养殖银鲳消化道主要菌群为不动杆菌属(Acinetobacter)和假单孢菌属(Pseudomonas),两种群共有细菌仅一株,即Psychrobacter piscatorii strain VSD503,但其分别存在于野生与养殖种群银鲳消化道的不同部位。在产酶菌株筛选中发现,野生银鲳消化道内分离到16株产酶菌,其中44%可培养菌能产蛋白酶,56%能产淀粉酶,11%能产脂肪酶,56%能产纤维素酶,部分菌株可产2株以上的消化酶,其中产3种以上酶的菌株有5株,且产酶量丰富。相对于野生银鲳,养殖银鲳消化道内分离到22株产酶菌,主要以产蛋白酶和淀粉酶为主,70%可培养菌可产蛋白酶,21%可产淀粉酶,仅Bacillus thuringiensis strain VITGS可产纤维素酶,无一株菌产脂肪酶,其中只有Bacillus thuringiensis strain VITGS产3种酶但产酶量相对较少。研究可为银鲳人工养殖中潜在益生菌的筛选提供理论依据。     

杂色鲍哈维弧茵耐药质粒的鉴定和分析

文章对引起杂色鲍（Hallotis diversicolor）肌肉萎缩症的病原菌哈维弧菌（Vibrio harveyi）质粒上的磺胺耐药基因进行研究,结果显示,该菌株对复方新诺明完全耐药,其质粒上含有sulⅡ耐药基因。接合转化试验显示该质粒具可转移性,可使受体菌对磺胺制剂复方新诺明产生耐药性,鉴定为耐药质粒,并测定了该耐药质粒的全基因组序列,序列总长为10 940 bp,初步分析显示有7个具有一定功能的ORF框。进一步构建重组表达质粒pR-SET-A-sulⅡ,表达了目的蛋白（31 kDa）。     

Simultaneous occurrence of Vibrio salmonicida and antibiotic-resistant bacteria in sediments at abandoned aquaculture sites

Abstract. The present authors have examined the survival of the fish pathogenic bacterium Vibrio salmonidda and the occurrence of antibiotic resistant bacteria in sediments from abandoned aquaculture sites. Survival of V. salmonidda was determined by fluorescent monoclonal antibody labelling combined with 4',6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) staining. Using this method, the authors were able to detect V. salmonidda in sediment samples from six out of 12 abandoned fish farm locations. One out of the six positive stations was abandoned in 1982. Vibrio salmonidda was not detected at the three stations not affected by aquaculture (control locations) or in sediment samples taken 200–250m away from aqua-culture sites. When applying high-performance liquid chromatography, oxytctracyclinc or furazolidonc residues were not detected in sediment samples from control or abandoned aquaculture sites. Nevertheless, the percentage of bacteria resistant to oxytctracycline was higher in aquaculture sediments, as compared to control sediments. The simultaneous occurrence of fish pathogens and high levels of resistant bacteria in sediments increases the risk of transfer of resistance to the pathogens.     

健康养殖南美白对虾肠道细菌的抗菌活性

用双层琼脂扩散法检测从健康养殖南美白对虾肠道内分离出的111株菌对8株病原菌的抗菌活性。结果表明:111株菌对白假丝酵母菌,非01群霍乱弧菌,嗜水气单胞菌指示菌无抗菌活性,48.6%的菌株对余下的5株指示菌有抗菌活性,其中气单胞菌属和发光杆菌属对荧光假单胞菌与金黄色葡萄球菌的抑制性最强。各菌属中以气单胞菌属,发光杆菌属的抗菌谱最广,弧菌属、肠杆菌科、黄单胞菌属、芽孢杆菌属、小球菌属次之。土壤杆菌属、棒状杆菌属、黄杆菌属、产碱杆菌属、假单胞菌属和色杆菌属则没有抗菌活性。     

仿刺参MyD88依赖途径基因的序列比较和表达分析

为探索仿刺参体内免疫调控机制,对TLR信号通路MyD88依赖途径中Toll、MyD88、IRAK4、TRAF6、P105和Rel的氨基酸序列保守结构域进行了比较分析,找到上下游基因之间可能的互作位点。采用实时荧光定量PCR的方法检测仿刺参体腔细胞中这6个基因在灿烂弧菌刺激后4个时间点的表达模式。试验结果显示,Toll在12 h表达小幅上调,在其他时间点都处于被抑制的状态;MyD88和TRAF6的表达模式基本一致,在12 h表达水平最高;IRAK4在12 h表达上调,在48 h恢复到初始状态;P105和Rel是NFκB的两个同源物,具有相似的结构域,并且这两个基因表达模式一致。通过基因序列和表达模式的对比分析发现,仿刺参体内存在一条高度保守的TLR信号通路。在应对灿烂弧菌入侵时,该通路上的6个基因协同合作参与了机体信号转导和免疫应答的过程。