基于AFLP分子标记对广东省番石榴种质资源多样性分析及指纹图谱构建

【目的】利用AFLP分子标记技术对广东省30份番石榴种质资源进行遗传多样性分析并构建指纹图谱。【方法】从80对AFLP引物中筛选得到8对核心引物用于番石榴分子标记,利用UPGMA聚类分析番石榴种质资源多样性,以核心引物E3-M6和E4-M2引物组合构建番石榴DNA指纹图谱。【结果】8对AFLP核心引物扩增30份番石榴样品共得到条带1 118条,多态性条带1 114条,多态性比率为99.6%。通过聚类分析将30份番石榴样品聚为4类,其中广东省高州市野生品种‘胭脂红番石榴2号’遗传分化较大,单独聚为一类。利用核心引物E3-M6和E4-M2组合成功构建番石榴DNA指纹图谱,供试30份番石榴品种(系)每个都有一套唯一的指纹图谱编码。【结论】本研究构建的指纹图谱可用于番石榴种质的分类与鉴定,同时为番石榴杂交新品种选育提供理论依据。     

SSR标记在果树遗传育种中的应用

每个SSR序列的基本重复单元次数在不同基因型间的差异,从而形成其座位的多态性.SSR技术在果树育种中,主要应用在构建遗传图谱、DNA指纹图谱的建立种质资源的遗传多样性等.本文主要简述了SSR标志的原理和特点,并从亲缘关系和遗传多样性、遗传连锁图谱构建及基因定位、DNA指纹和品种鉴定、分子标记辅助育种等方面介绍了近年来SSR技术作为一种新的DNA分子标记技术在果树上的应用现状及前景.     

铁线莲属植物ISSR分子标记体系优化及指纹图谱的构建

为进一步利用ISSR分子标记进行铁线莲遗传多样性分析、种质资源鉴定、遗传图谱构建等研究,本试验以卷萼铁线莲DNA为模板,采取L9(34)正交试验设计,对影响扩增反应的模板DNA含量、目标引物浓度、Master Mix、循环数4个主要因素进行优化,从而得出适宜于铁线莲的ISSR-PCR反应体系.并利用筛选出的12条多态性高的引物构建了16种野生铁线莲的指纹图谱.结果 表明,在25 μL反应体系中,各因素的最佳配比为模板DNA用量40 ng,引物浓度6μmol/L,Master Mix用量14 μL,循环数40个.并且利用最优体系构建了16种野生铁线莲的遗传指纹图谱.该体系的建立为ISSR技术在铁线莲遗传多样性研究、遗传指纹图谱构建、分子标记辅助育种等研究提供了理论基础.指纹图谱的构建可以有效的对16种野生铁线莲进行区分和鉴定.     

利用SSR技术对十七份枸杞材料进行遗传多样性分析及标准指纹图谱构建

以17个枸杞资源为试材,采用简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)技术,研究宁夏枸杞系列品种和其它枸杞种/品种及野生类型的遗传多样性和指纹图谱。结果表明:以15对SSR引物对17份枸杞种质扩增获得109个位点,其中91个多态性位点,多态性比例83.4%;17个种质平均多样性指数H为0.1943,Shannon信息指数I为0.3108;10个宁夏枸杞栽培品种的Nei’s多样性指数H为0.0962,Shannon信息指数I为0.1537;7个野生种质的Nei’s多样性指数H为0.2004,Shannon信息指数I为0.3130,说明非栽培枸杞的多样性比栽培品种的多样性更丰富。以其中4对引物构建了17个枸杞种质的DNA指纹图谱。该研究结果为枸杞品种鉴定、遗传图谱构建等奠定了技术基础。     

贵州野生枇杷资源遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR标记,构建了贵州39份野生枇杷种质的DNA指纹图谱,并对其遗传多样性进行评价。结果表明,以筛选出的15条引物进行PCR扩增,获得清晰、重复性好的谱带125条,其中多态性谱带108条,多态性比例为86.4%;应用引物815、825和841的组合,构建了39份枇杷种质的ISSR指纹图谱,可以有效区分所有供试材料;15条引物的谱带数据聚类分析表明,供试种质的遗传相似性系数为0.40～0.98,在相似性系数为0.70时,可将供试种质分成五大类;聚类结果与种质表型相关,与地理分布的相关性不明显。     

分子标记在甜菜离子注入诱变育种中的初步应用

利用经过离子注入诱变产生的早熟、高糖突变体为材料,结合RAPD标记分析进一步验证了离子注入诱变应用在甜菜上的有效性;通过分析材料间DNA水平上的差异,得到了甜菜品系7208、W11、S10之间有差异的引物;建立了7208、W11和S10的指纹图谱库,为新标记的创制奠定基础;为分子标记辅助选择育种提供物质保障和技术支撑;同时也为拓宽甜菜种质提供有效的方法。     

80个梨品种SSR特征指纹数据表的构建

【目的】通过鉴定80份梨种质资源SSR指纹数据,构建梨品种指纹图谱数库表,为实现梨种质资源鉴定及新品种DUS测试的可视化和简便化奠定数据基础。【方法】利用荧光标记技术检测SSR位点,并对SSR位点基因数目进行统计,SSR位点排序,并对供试品种进行排序区分和数据标示,构建了80个梨品种的特征指纹数据表。【结果】12对引物中,可利用NH039A、NH007b、NAUpy97a、NB105a、NB141b、NAUpy82r 6对引物区分所有供试品种,可作为区分这80个梨品种的核心引物。【结论】筛选出了区分供试80个梨品种的核心引物,为梨指纹图谱数据库的共建和共享提供了数据基础。     

甜瓜资源与品种核酸指纹鉴定关键技术

在全基因组水平利用分子标记技术,构建甜瓜种质核酸指纹库,建立早期、快速、准确的甜瓜种子纯度、真实性及资源的遗传血缘检测技术. 1 关键技术核心 筛选出用于构建甜瓜核酸指纹库的核心引物是关键技术问题.利用20份具有代表性的甜瓜品种(系)筛选1219对SSR引物,得到多态性的引物470对.综合考虑扩增条带统计难易、多态性信息含量(PIC)、整合遗传连锁图谱(ICUGI,2011,http:∥www.icugi.org/.)等多种因素,最终选择其中18对扩增多态性丰富的引物作为核心引物.经过18对引物扩增后,可以对供试甜瓜品种(系)中的每一份材料建立了一个能区别于其他供试材料的指纹图谱代码.     

云南田头菇属两个物种遗传多样性的AFLP分析

利用扩增片段长度多态性(AFLP)技术分析了田头菇属的茶树菇(Agrocybe aegerita)及杨柳田头菇(Agrocybe.salicacola)基因组DNA的多态性,使用11对引物组合建立了18个供试菌株的指纹图谱。结果表明:通过聚类分析,18个供试菌株聚为两大类,彼此关系得到很好的分辨。AFLP技术可用于茶树菇和杨柳田头菇2个形态上非常相似物种的DNA分子指纹图谱构建。     

黄瓜线粒体DNA指纹图谱的构建及其在杂交品种纯度鉴定中的应用

为实现黄瓜杂交种子纯度的快速鉴定,利用分子标记技术构建‘长春密刺’等21份黄瓜品种的线粒体DNA指纹图谱。结果表明:从69对线粒体引物中,共筛选出13对在21份黄瓜品种中呈现出多态性的引物。同时,基于亲本材料的指纹图谱,利用引物mtSSR 4对‘南水3号’商品种子进行检测,分子标记鉴定纯度为95.7%,且真、假杂种编号与田间形态鉴定结果一致。黄瓜线粒体DNA指纹图谱的构建,不仅能为‘南水3号’等杂交种的纯度检测工作提供新的技术指导,还可为黄瓜品种的鉴定、遗传亲缘关系分析等提供一种新的方法。     

部分香蕉品种SSR指纹图谱的构建

采用SSR标记技术构建香蕉品种的分子指纹图谱,为香蕉品种鉴定提供依据。以56份香蕉种质为材料,从199对引物中筛选出5对多态性及稳定性较高的SSR引物进行PCR扩增。5对引物在56个品种中扩增出的多态性带数在11～16个,平均为13.8条;引物的多态信息含量(PIC)在0.8490～0.9022,平均0.8727。依据香蕉SSR带型特征,对每个引物生成的不同带型直接编号,简化香蕉SSR带型记录方法,并利用每个品种的带型编号,建立其DNA分子指纹图谱,5对引物可将56份供试香蕉材料完全区分开。表明SSR标记技术可用以鉴定香蕉种质。     

基于ISSR和SRAP标记的69份红毛丹种质资源DNA指纹图谱构建

利用筛选出的多态性高、谱带清晰的8条ISSR引物和18对SRAP引物分别对海南省保存的69份红毛丹种质资源进行PCR扩增,8条ISSR引物共检测到425条多态性条带,其中品种(系)特异条带47个,平均位点多态性信息含量(PIC值)为0.928,可鉴别的种质资源数25~67份;18对SRAP引物共检测到894条多态性条带,其中品种(系)特异条带69个,平均位点多态性信息含量(PIC值)为0.936,可区分的种质资源数为17~63份。综合各项指标,利用ISSR16和ISSR5引物21个条带用于构建红毛丹种质DNA指纹图谱,该图谱可有效区分69份红毛丹种质资源。     

香蕉种质资源的AFLP鉴别与分类中DNA模板的制备

在运用AFLP技术进行香蕉种质资源的鉴别与分类时,成功的关键之一是HMW基因组DNA的成功制备和避免降解,为了获得高纯度的HMW香蕉模板DNA和清晰的AFLP指纹图谱,以粉蕉为试材进行了用不同方法从不同植物体部位提取香蕉DNA的研究。结果表明,以香蕉未展开的幼叶、成熟叶、新根为材料提取的DNA量足以进行AFLP分析,但考虑到取材的方便性,最好选用未展开的幼叶或成熟叶;用改进后的SDS、CTAB法均可以获得HMW基因组DNA和AFLP指纹图谱,SDS法(用氯仿异-戊醇溶液抽提3次)提取的DNA量将近是CTAB法提取的DNA量的2倍,但SDS法提取的DNA纯度不如CTAB法提取的高。两种方法提取的DNA片段大小一致,大约在16kb左右。     

利用TP-M13-SSR标记构建苹果栽培品种的分子身份证

以国家果树种质兴城梨、苹果圃保存的314份来自19个国家的苹果栽培品种为试材,利用TP-M13-SSR标记,基于TP-M13-SSR指纹图谱构建苹果种质分子身份证。16对SSR引物在供试种质间共检测出等位基因357个,平均每对引物检测到22.3个。根据引物扩增等位基因数和Shannon’s指数,从1对引物开始逐步增加引物数量筛选可将供试材料全部区分的引物组合,最终确定6对核心引物可以区分全部供试苹果种质。基于供试苹果种质在6个SSR位点的指纹图谱,将等位基因编码成字符串获得分子身份证,利用条码技术其进一步转化成可被机器快速扫描的条码分子身份证,使每份种质具有可辨的分子身份证,达到利用最少、最特异引物区分最多苹果种质的目的。     

十大技术之一(二) 甜瓜资源与品种核酸指纹鉴定关键技术

在全基因组水平利用分子标记技术,构建甜瓜种质核酸指纹库,建立早期、快速、准确的甜瓜种子纯度、真实性及资源的遗传血缘检测技术。1关键技术核心筛选出用于构建甜瓜核酸指纹库的核心引物是关键技术问题。利用20份具有代表性的甜瓜品种(系)筛选1219对SSR引物,得到多态性的引物470对。综合考虑扩增条带统     

云南出口新鲜松茸产地属性DNA指纹图谱构建

收集19个出口松茸主产地的97个样本,使用逆转录因子的DNA分子标签对样本基因组进行PCR扩增;为尽可能区分原产地,对某些产地的样本增加先使用限制性内切酶处理基因组DNA,再次使用逆转录分子标签的步骤。采用全自动DNA分析系统获得一系列DNA指纹图谱。通过比较分析找到同一地理居群共有的DNA指纹图谱特征以及酶切前后的图谱差异。这些指纹图谱特征与松茸原产地间存在显著相关性。     

应用RAPD技术对香菇融合菌株进行遗传鉴定

本文应用RAPD技术与聚类分析方法,对香菇细胞融合菌株F1及亲本S1、465进行遗传分析.根据DNA扩增的指纹图谱,估算融合子与亲本的DNA相似系数并构建遗传相关性聚类图.结果表明,RAPD技术与聚类分析方法可应用于香菇细胞融合菌株的遗传鉴定.     

郑抗系列无籽西瓜品种SSR指纹图谱的构建

为实现无籽西瓜品种的快速、准确鉴定,用23对西瓜核心SSR引物分析了15份无籽西瓜品种的DNA指纹。23对核心引物中有21对具多态性,共扩增出58个基因型,平均2.71个,平均多态性信息量(PIC)为0.36。10对引物在9个品种上具有特征谱带,组合PIC值0.4的8对引物可以将参试的15个无籽西瓜品种一一区分开,并利用这8对引物构建了参试品种的数字指纹图谱。研究表明,西瓜核心SSR引物适合用于构建无籽西瓜品种的DNA指纹,将为无籽西瓜品种真实性鉴定和知识产权保护提供有效的技术依据。     

基于SSR标记的食荚菜豆指纹图谱构建

以14个食荚菜豆品种为试材,采用SSR分子标记技术,对其进行遗传多样性研究,并建立了特异性指纹图谱,以期为今后食荚菜豆的品种鉴定建立新的参考依据,同时也为菜豆种质资源的分类和筛选提供分子生物学的参考方法。结果表明:74对SSR引物中有18对引物在供试样品中表现出多态性,筛选出其中5对具有良好多态性SSR引物(BM200、PVBR269、PVBR6、BM141、BM154)用于构建指纹图谱,并对14个食荚菜豆品种进行聚类分析。在相似系数为0.64时,14个食荚菜豆品种被分为2个类群,聚类结果显示"黑珍珠"和"黄金钩"的相似度最高,相似系数为0.98。最终构建菜豆指纹图谱,对深入挖掘菜豆种质资源,减少亲本选配的盲目性,提高育种工作效率,并对品种鉴定和知识产权保护均具有重要的应用意义。     

基于SCoT 标记的芥菜种质遗传多样性与指纹图谱

利用SCoT 标记对46 份芥菜种质资源进行遗传多样性分析。从70 条引物中筛选出21 条用于PCR 扩增,共扩增出200 条条带,其中多态性条带140 条,多态性比率为70%。供试材料相似系数介于0.77～0.95 之间,平均Nei’s 基因多样性为0.198,平均Shannon 信息指数为0.301,平均多态信息含量为0.822 7。利用UPGMA 构建46 份芥菜种质资源的聚类树状图,在相似系数D1=0.780 处,可以将46 份芥菜种质分为两大类;而在D2=0.807 处,第Ⅱ类可进一步细分为5 个亚类。选出清晰的16 个多态性位点,构建46 份芥菜种质的SCoT 指纹图谱,结果由引物SP4、SP19、SP20、SP23、SP30 所构建的DNA 指纹图谱可将供试材料完全区分开。