基于高通量测序技术的冠心病患者肠道菌群多样性研究

为了分析冠心病人群肠道菌群结构和多样性特征,探究冠心病人群与健康人群肠道菌群结构差异。研究共采集50例冠心病患者和35例健康人粪便样本,提取粪便样本总DNA;根据细菌16SrDNA V3~V5区设计引物进行扩增,利用Illumina Miseq平台进行高通量测序;测序结果经过Reads拼接,OTUs(operational taxonomic units)聚类,物种注释,α多样分析,主成分分析,最终得到样品物种信息。在冠心病组和健康组中,拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)的丰度最高,其中拟杆菌门分别占到46.94%和61.96%,厚壁菌门分别占到41.51%和30.58%;丰度较高的是变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)。此外,两组菌群结构差异性表现为:冠心病组的拟杆菌门明显低于对照组(P=0.0150.05);而冠心病组的厚壁菌门显著高于对照组(P=0.0090.01)。α多样性分析结果显示,两组人群各样本在细菌种群多样性方面没有明显差异。OTUs比对结果表示,Veillonella、Veillonella dispar、Scardovia、Mogibacterium致病菌在冠心病组显著增高,而Bacteroidetes门下Parabacteroides、Bacteroides uniformis、Bacteroides caccae等有益菌则显著降低。主成份分析显示,综合PC1、PC2、PC3因素冠心病组和对照组样本被较好的区分开,表明健康组和冠心病组菌群结构存在显著差异。这些结果表明,冠心病患者与健康人群在肠道菌群多样性方面没有明显差异,但在菌群结构上存在较大差异;同时冠心病人肠道菌群致病菌数量多于健康人群,而拟杆菌类有益菌低于健康人群。     

苦参碱不同给药途径对小鼠肠道菌群的影响

为探究苦参碱灌胃和腹腔注射不同给药途径对肠道菌群的影响,将昆明小鼠随机分为4组,分别为生理盐水腹腔注射组(NCip)、生理盐水灌胃组(NCig)、苦参碱腹腔注射组(MTip)及苦参碱灌胃组(MTig),连续给药5d后,收集各组粪便,进行小鼠肠道微生物α多样性指数分析和β多样性分析,利用LEfSe和Metastats分析不同组间肠道菌群的差异。结果表明:灌胃和腹腔注射苦参碱的不同给药方式对小鼠肠道菌群的α多样性指数及β多样性的影响差异不显著(P0.05);LEfSe分析发现,与灌胃苦参碱相比,腹腔注射苦参碱组的小鼠肠道有益菌拟杆菌目(Bacteroidales)、调节机体代谢的另枝菌属(Alistipes)丰度显著增加(P0.05);Metastats分析发现,与灌胃苦参碱相比,苦参碱腹腔注射组的小鼠肠道与结肠炎相关的脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、[Eubacterium]_fissicatena_group丰度显著降低(P0.05)。综上,不同给药途径会引起肠道菌群的差异,相比于灌胃给予苦参碱,通过腹腔注射给予苦参碱更有利于优化肠道菌群的结构及功能。     

饲粮中添加复合益生菌对猪生长、粪便菌群及代谢产物的影响

研究添加来源于迪庆藏猪消化道的6种益生菌组合的复合益生菌对猪生长性能、粪便菌群微生物多样性及其代谢产物影响。采集不同处理的12头(每组6头,对照组,试验组)猪的粪便,利用高通量测序技术对粪便菌群多样性进行分析,利用非靶向代谢组学技术对粪便的差异代谢产物进行分析。结果表明:1)添加复合益生菌对猪的生长性能无显著影响;2)试验组粪便菌群的α多样性指数中ACE指数和Chao1指数显著提高(P0.05)。3)优势菌群分析发现:门水平上,拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度极显著上升(P0.01)。属水平上,理研菌科_RC9肠群(Rikenellaceae_RC9_gut-group)的相对丰度极显著提高(P0.01)。4)多级物种差异判别分析(LDA Effect Size,LEfSe)发现:两组粪便菌群的相对丰度差异显著(P0.05),LDA值大于2.0时,获得16个生物标记物,其中试验组获得6个生物标记物,对照组获得10个生物标记物。对照组和试验组LDA值最大的分别是毛螺菌科AC2044群(Lachnospiraceae_AC2044_group)和瘤胃球菌科_UCG_014(Ruminococcaceae_UCG_014)。5)偏最小二乘法判别分析(Partial least squares discrimination analysis,PLS-DA)发现,两组代谢物质差异显著(P0.05),添加复合益生菌后雌马酚(P0.05)和香豆素K(P0.01)的含量上调。综上,添加复合益生菌后,丰富了肠道菌群的物种丰度,提高了抗病菌(瘤胃球菌科_UCG_014和理研菌科_RC9肠群)的相对丰度,提高了与抗病(雌马酚)和抗真菌(香豆素K)相关代谢产物的相对含量,具有潜在的益生功能。     

羊栖菜酵素对小鼠肠道菌群结构和粪便差异代谢物的影响

为探究羊栖菜Sargassum fusiforme酵素对小鼠肠道菌群结构及粪便差异代谢物的影响,每日一次使用剂量为0.2 mL/10 g(体质量)的羊栖菜酵素对体质量为(25±2)g的雄性小鼠连续灌胃45 d后,同时设灌胃相同剂量生理盐水的空白组,收集2组小鼠粪便,采用16S rRNA高通量测序技术对各组小鼠肠道菌群进行分析,同时采用UPLC-TOF-MS代谢组学对小鼠粪便代谢产物进行分析,确定代谢通路,并研究羊栖菜酵素与肠道微生物菌群之间的关系.结果表明:基于Illumina MiSeq平台,与灌胃生理盐水的空白组相比,羊栖菜酵素灌胃组小鼠粪便中乳杆菌属Lactobacillus、双歧杆菌属Bifidobacterium等有益菌丰度升高,拟杆菌属Bacteroides、幽门螺杆菌属Helicobacter等有害菌丰度降低;采用UPLC-TOF-MS代谢组学分析确定了正负离子模式下,有14个与羊栖菜酵素灌胃相关的粪便显著差异代谢物,涉及7个主要相关代谢通路,分别为嘌呤代谢,丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢,嘧啶代谢,半乳糖代谢,精氨酸和脯氨酸代谢通路,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,精氨酸的生物合成,其中对前5个代谢通路的影响最为显著.研究表明,小鼠肠道中有益菌与致病菌比例在两组之间差异显著,羊栖菜酵素组中有益菌群比例均大于空白组,代谢产物也存在明显差异,羊栖菜酵素对小鼠的肠道菌群多样性具有调节作用.     

五味子对产蛋期藏鸡肠道微生物菌群的影响

为研究五味子对产蛋期藏鸡肠道微生物的影响,探明中药五味子对家禽肠道微生物作用的机理,以40周龄藏鸡作为试验对象,对照组饲喂全价产蛋期日粮,试验组饲喂添加0.5%五味子的全价日粮,4周后收集藏鸡回肠内容物,对其中微生物的16S rRNA V3～V4可变区进行Illumina高通量测序和生物信息学分析。结果表明,饲料中添加五味子后藏鸡肠道微生物的OTU种类无显著变化,但相似性增加。藏鸡肠道微生物中厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、梭杆菌门为优势菌群,五味子组与对照组相比拟杆菌门相对丰度上调16.37%,主要是由拟杆菌门下的拟杆菌属和理研杆菌属的相对丰度上升引起,厚壁菌门相对丰度下调19.78%,这主要是由厚壁菌门下的的乳酸杆菌属和罗姆布齐亚菌属的相对丰度下调引起。五味子组氨基酸球菌科、考拉杆菌属的相对丰度与对照组相比上调差异显著(P<0.05)。五味子组与对照组相比肠道微生物物种α多样性有所升高,组内不同样本间微生物β多样性的差异性减小,但差异不显著。结果表明,产蛋期藏鸡饲料中添加0.5%五味子使藏鸡肠道微生物多样性增高,而个体间菌群差异性减小,部分有益微生物的生长得到了有效促进,有利于...     

树鼩肠道菌群多样性与功能预测研究

[目的]鉴定树鼩的肠道菌群,分析树鼩肠道菌群多样性和丰度,并进行菌群功能预测。[方法]随机采集3份雄性树鼩粪便样品,提取树鼩粪便中细菌基因组DNA,通过PCR扩增获得16S rRNA V3～V4片段,采用高通量Illumina PE300平台进行测序,利用BIPES以及QIIME分析并比较菌群结构及多样性。最后,通过PICRUS t软件对肠道菌群的功能进行预测。[结果]树鼩肠道粪便细菌有9门20纲33目53属122种208个OTU。门水平上,优势菌群为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria);属水平上,埃希氏杆菌属(Escherichia)、乳酸菌属(Lactobacillus)和肠球菌属(Enterocossus)为优势菌群。PICRUS t功能预测结果表明,肠道细菌编码的大多数基因与代谢相关,其次是基因信息加工、环境信息加工。COG功能分类分析表明肠道微生物基因在"氨基酸的运输和代谢"和"碳水化合物运输与代谢"功能类群的相对丰度较高。[结论]PICRUS t功能预测到树鼩肠道菌群主要与代谢相关,树鼩肠道菌群是研究肠道菌群与代谢类疾病的一种良好试验材料。     

高通量测序研究德昂酸茶对高脂饮食小鼠肠道微生物的影响

为探究德昂酸茶对高脂饮食小鼠的抗肥胖作用,按体重分别以德昂酸茶1.0 (低)、2.0 (中)、3.0 (高) g·kg~(-1)剂量对高脂饮食小鼠干预12周后,采集粪便,利用16S rDNA测序对肠道微生物菌群多样性进行分析。结果表明:德昂酸茶干预后,可显著提高高脂饮食小鼠肠道菌群的物种丰度和多样性;高脂饮食小鼠肠道优势菌群厚壁菌门丰度下降,拟杆菌门丰度提高;双歧杆菌属在各组中比例增加,空白对照组和酸茶低剂量组比例相近;另枝菌属在高脂对照组中含量较高(2.24%),但在酸茶组中,随着灌胃剂量的升高呈递减趋势。高脂对照组与其余各组肠道菌群的主成分区分明显,酸茶组菌群组成结构发生偏移。这一研究提示德昂酸茶可维持高脂饮食小鼠肠道微生态的平衡,降低厚壁菌门与拟杆菌门的比值,对减肥具有积极的意义。     

脾虚泄泻大鼠肠道菌群的组成和多样性

为考察脾虚泄泻大鼠肠道菌群的结构特征和多样性,将24只健康大鼠随机分为对照组和模型组,模型组采用饮食失节加苦寒泻下法进行人工复制脾虚泄泻模型,对照组正常饲喂;试验结束时,采集大鼠肠道内容物,提取微生物总DNA,采用通用引物对细菌16S rDNA基因的高可变V3–V4区进行PCR扩增,运用Hiseq2500平台进行高通量测序,并对测序序列进行生物信息学分析。结果表明：α多样性指数表明脾虚泄泻大鼠与正常大鼠之间肠道微生物的多样性存在差异,但差异均无统计学意义;在门水平上,2组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,模型组较对照组厚壁菌门、放线菌门、变形菌门及螺旋体门的平均相对丰度均增加,而拟杆菌门的平均相对丰度显著降低(P＜0.05);在属水平上,2组的核心菌群均为产粪甾醇真细菌属,模型组较对照组产粪甾醇真细菌属、Jeotgalicoccus的平均相对丰度升高,其中Jeotgalicoccus的显著升高(P<0.05),而罗姆布茨菌属、拟杆菌属、Odoribacter的平均相对丰度降低,其中Odoribacter的显著降低(P<0.05);PICRUSt基因功能预测表明,大鼠肠道微生物以代谢功能为主,主要包括糖代谢、氨基酸代谢、能量代谢及辅酶和维生素代谢等,2组间各类代谢功能存在差异,但差异均无统计学意义。可见,脾虚泻泄能引起大鼠肠道内菌群的多样性变化,并显著降低肠道内拟杆菌门的平均相对丰度。     

天然蜂粮对高脂血症大鼠肠道微生物多样性的影响

为研究天然蜂粮对大鼠肠道微生物结构和多样性的影响。使用3个剂量(80,400,800 mg/kg)蜂粮持续灌胃高脂血症大鼠60 d后,取其直肠内容物利用16S rDNA高通量测序技术测定大鼠肠道中菌群结构及其多样性。结果表明:从Alpha多样性指数(Shannon、Simpson)、丰富度指数(Chao、Ace)可知,患有高脂血症的大鼠肠道中细菌多样性有下降趋势。从门水平上分析,5个组的大鼠肠道中厚壁菌门Firmicutes、拟杆菌门Bacteroidetes和疣微菌门Verrucomicrobia,占到了总细菌的94%以上。与高脂模型组相比,天然蜂粮高剂量组大鼠肠道中变形菌门Proteobacteria丰度显著上升(P0.05)。从属水平上分析,与空白对照组相比,3个天然蜂粮剂量组的大鼠肠道中拟杆菌属Bacteroides、粪球菌属Coprococcus和Paraprevotella丰度显著下降(P0.05);与高脂模型组相比,3个天然蜂粮组大鼠肠道中Akkermansia丰度有上升趋势(P0.05)。     

饲料中添加不同水平的鸡肠粉对鲤肠道菌群结构的影响

为研究饲料中添加新型蛋白源鸡肠粉对鲤(Cyprinus carpio)肠道菌群的影响，选取初始体重为(57.30±0.10)g的鲤150尾，随机分为5组，每组10尾鱼，分别投喂鸡肠粉添加量为0%(D1组)、5%(D2组)、10%(D3组)、15%(D4组)、100%(D5组)的试验饲料，进行56 d养殖试验。饲养结束后，采集肠道样品，基于Illumina Miseq PE300平台进行高通量测序。结果表明，饲料中添加10%和15%的鸡肠粉降低了鲤肠道菌群的多样性，但具有改善肠道菌群结构的效果。D3、D4组α多样性显著低于D1组(P<0.05)。D3组降低了变形菌门(Proteobacteria)和邻单孢菌属(Plesiomonas)相对丰度，D3、D4组鲸杆菌属(Cetobacterium)和气单孢属(Aeromonas)相对丰度升高。表明在鸡肠粉添加量为10%时，鲤肠道致病菌相对丰度最低，有益菌相对丰度最高，对鲤肠道菌群结构有最好的改善作用。     

复合益生菌对超早期断奶杜藏乳仔猪肠道微生物群落结构的影响

【目的】探究复合益生菌对超早期断奶（7 d）杜藏乳仔猪肠道微生物多样性及物种丰度的影响,以减轻乳仔猪断奶应激,为微生物饲料添加剂的研发提供科学依据。【方法】选取7日龄杜藏乳仔猪30头,随机分为3组,每组10头。对照组（ZM组）随母猪哺乳,试验I组（ZD组）哺喂代乳粉,试验II组（ZY组）哺喂代乳粉+复合益生菌,试验周期21 d。试验结束当天（28日龄）收集乳仔猪粪便,采用Illumina高通量测序分析粪便样品的菌群结构组成。【结果】Illumina高通量测序获得ZM组、ZY组和ZD组杜藏乳仔猪粪便样品共有OTU为327个,ZM组的特有OTU为247个,ZD组的特有OTU为84个,ZY组的特有OTU为96个。在门分类水平上,ZM组杜藏乳仔猪粪便样品中相对丰度最高的菌门为厚壁菌门,ZY组和ZD组为拟杆菌门;ZY组和ZD组的厚壁菌门/拟杆菌门比值分别为0.77和0.92,较ZM组（1.76）分别下降56.25%和47.73%。在属分类水平上,ZD组和ZY组杜藏乳仔猪粪便样品中的优势菌属为普氏菌属_9,ZM组则为乳杆菌属;ZD组杜藏乳仔猪粪便中布劳特氏菌属、肠球菌属和吉氏副拟杆菌属的相对丰度较其他2个处理组显著上升（P<0.05,下同）;而ZY组杜藏乳仔猪粪便中普雷沃氏菌科_NK3B31群、普雷沃氏菌科_UCG-003、厌氧弧菌属、罕见小球菌属、瘤胃菌科_NK4A214群、瘤胃菌科_UCG-005、未明确普雷沃氏菌科及Family_XIII_AD3011_group的相对丰度显著高于ZD组。【结论】在杜藏超早期断奶仔猪代乳粉中添加复合益生菌能有效提高其肠道菌群结构多样性,同时提高与碳水化合物代谢和产短链脂肪酸相关菌群的相对丰度,即复合益生菌具有潜在促进营养物质代谢和抗炎症的功能,可缩短消化道微生物区系由哺乳型向饲料型的转变历程。     

合作猪夏冬季的肠道菌群结构

【目的】探究合作猪夏季和冬季肠道微生物菌群多样性和组成特征.【方法】采用16S rRNA基因测序技术分析夏季和冬季半放牧饲养的6月龄健康合作猪的粪便菌群结构特征.【结果】合作猪冬季与夏季肠道菌群α多样性指数差异不显著(P0.05),但β多样性冬季显著高于夏季(P0.05);厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和螺旋体门(Spirochaetes)为夏季合作猪和冬季合作猪粪便菌群优势菌门,unidentified_Clostridiales细菌属和Terrisporobacter为夏季合作猪和冬季合作猪粪便菌群的优势菌属.菌群组成差异分析显示,在科水平,夏季合作猪粪便菌群中链球菌科(Streptococcaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、丹毒丝菌科(Erysipelotrichaceae)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)和消化球菌科(Peptococcaceae)的相对丰度显著高于冬季合作猪(P0.05),而冬季合作猪粪便菌群中甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)的相对丰度显著高于夏季合作猪(P0.05);在种水平,拟普雷沃菌309(Alloprevotella_sp_feline_oral_taxon_309)、梭菌属细菌ID5(Clostridium_sp_ID5)、柏林密螺旋体菌(Treponema_berlinense)和溶纸梭菌(Clostridium papyrosolvens)在夏季合作猪粪便菌群中的相对丰度均显著高于冬季合作猪(P0.05);反刍甲烷杆菌(Methanobrevibacter_ruminantium)、瘤胃菌属细菌YS3(Rumen_bacterium_YS3)以及毛螺旋菌科细菌YE64 (Bacterium YE64)在冬季合作猪粪便菌群中的相对丰度均显著高于夏季合作猪(P0.05).【结论】合作猪肠道菌群多样性和组成与其适应不同季节气候和饲草种类的变化有关.     

肉鸡盲肠微生物群落特征与体质量的相关性

为探究盲肠微生物与肉鸡个体长势的相关性,将10周龄宁都黄鸡按体质量高低分为4组,利用高通量测序技术分析比较相同日龄、不同体质量笼养肉鸡的肠道微生物多样性及菌群结构特征。结果表明,4组样品获得的OTU数量及各组Alpha多样性指数Chaol值、Shannon和Simpson指数无显著差异;组间盲肠微生物群落组成具有相似性,但菌群相对丰度有显著差异;与肉鸡体质量呈正相关的菌群中,影响最大的是甲烷短杆菌属,其次是栖粪杆菌属,负相关菌群主要是脱硫弧菌属和互养菌属。研究显示肠道微生物群落结构与肉鸡个体长势显著相关,显著差异菌群可应用于改善肉鸡生长性能。     

铁皮石斛多糖对正常小鼠肠道菌群的影响

将10只雄性KM小鼠随机分为正常组及铁皮石斛多糖组,铁皮石斛多糖组小鼠按临床等效剂量(350 mg/kg)灌胃8周,每天1次,每次每只0.4 mL,正常组小鼠灌胃等体积无菌水,灌胃结束后取肠道内容物及黏膜进行16S rRNA基因测序并进行功能预测,探讨铁皮石斛多糖对正常小鼠肠道菌群的影响。结果表明：铁皮石斛多糖提高了肠腔菌群的α多样性,并显著提高了肠黏膜菌群的α多样性,但β多样性的变化无统计学意义;铁皮石斛多糖使肠腔中Diaphorobacter,肠黏膜中Muribaculaceae、Staphylococcus的相对丰度显著增加,并增加了Akkermansia、Phascolarctobacterium、Turicibacter、Faecalibacteriu、Parabacteroides、Parasutterella等短链脂肪酸产生菌及Candidatus_Arthromitus、Bifidobacterium及Prevotella_9等有益菌的相对丰度;铁皮石斛多糖使小鼠肠腔及肠黏膜菌群中辅助因子与维生素代谢和氨基酸代谢的相对丰度提高。     

广西巴马地区人群肠道菌群的影响因素研究

对源于世界长寿之乡广西巴马县不同人群的肠道菌群进行分析,探讨不同因素对长寿之乡人群肠道菌群的影响。利用荧光定量PCR对巴马地区3个村庄的28位健康志愿者肠道中肠杆菌、肠球菌、柔嫩梭菌、乳杆菌、拟杆菌及双歧杆菌进行研究。结果表明:巴马人群粪便样品的6个菌群中双歧杆菌数量最高,肠球菌数量最低;不同性别及村庄人群的6个粪便样品菌群无显著差异;而长寿组粪便样品中乳杆菌数量显著高于中年组和老年组,长寿组和青少年组粪便样品中双歧杆菌数量显著高于中年组和老年组,中年组粪便样品中肠杆菌数量显著高于青少年组,长寿组粪便样品中拟杆菌数量显著高于老年组,青少年组和长寿组粪便样品中肠球菌数量显著低于中年组和老年组,同时,老年组和长寿组粪便样品中柔嫩梭菌数量低于青少年组和中年组。这一研究提示年龄对巴马长寿地区人群肠道菌群的影响大于性别和村庄。     

不同温度对中华绒螯蟹生长及肠道微生物菌群的影响

为探究不同温度下中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)肠道微生物与生长间的关系,通过16S rRNA高通量测序研究四个温度下（26 °C、29 °C、32 °C、35 °C）中华绒螯蟹的生长及肠道菌群的组成差异。结果表明：四个水温组的中华绒螯蟹蜕壳次数分别为2、2、2、1;成活率分别为82.81%、84.38%、87.50%、25.00%;平均蜕壳间隔随水温升高而逐渐缩短;蜕壳增重率随水温升高先升后降;四个水温组的肥满度不存在显著性差异（P > 0.05）。肠道菌群的测序结果表明：四个水温组分别获得了929、744、680、518个代表性的菌群运算分类单元（OTU）;α多样性结果显示肠道微生物丰度及多样性随水温升高而降低;β多样性结果显示四个水温组的肠道微生物菌群组成差异显著（P < 0.05）。在门水平,四个水温组的肠道优势菌群均为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidota）和变形菌门（Proteobacteria）,三者占整个中华绒螯蟹肠道菌群的96.26%;26 °C水温组的髌骨菌门（Patescibacteria）（0.92%）和疣微菌门（Verrucomicrobia）（0.35%）、29 °C水温组的厚壁菌门（58.04%）和放线菌门（Actinobacteriota）（3.44%）、32 °C水温组的拟杆菌门（41.84%）在各自肠道微生物中丰度显著高于其他水温组（P < 0.05）;在属水平,26 °C水温组的芽孢杆菌属（Gemmobacter）（3.55%）、29 °C水温组的柠檬酸杆菌属（Citrobacter）（3.56%）、32 °C水温组的布拉格菌属（Pragia）（8.47%）、35 °C水温组的假单胞菌属（Psuedomonas）（8.77%）在各自肠道微生物中丰度显著高于其他水温组（P < 0.05）。本研究结果综合表明：中华绒螯蟹在30 °C左右时生长最好,肠道微生物多样性和丰度均随着水温的升高而下降,高温会导致弯曲杆菌（Campilobacterota）和疟疾杆菌属（Malaciobacter）等有害菌群增加,影响中华绒螯蟹的蜕壳和生长。     

基于年龄因素的肠镜阴性人群与结直肠息肉患者肠道菌群结构及多样性研究

目的:结直肠息肉病具有显著的人口学特征,基于年龄为主要风险因素,探讨结直肠息肉患者和肠镜检查结果阴性人群的肠道菌群构成和多样性差异。方法:①筛选出结直肠息肉患者7例以及肠镜检查结果阴性人群47例的粪便样本;②提取样本菌群的DNA、PCR扩增、纯化及产物定量,菌群作16S rDNA基因测序;③样本分组:息肉组(7例)、对照组(47例),后者又分为对照一组(年龄≥40岁)、对照二组(年龄40岁);④使用I-Sanger云平台进行高通量数据分析,物种差异分析使用秩和检验。结果:①Alpha多样性分析,息肉组与对照组肠道菌群构成不同;②在门水平上,息肉组梭杆菌门(Fusobacteria)相对丰度显著低于对照组;在科水平上,息肉组伯克氏菌科(Burkholderiaceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)、产碱杆菌科(Alcaligenaceae)的相对丰度显著低于对照组;在属水平上,息肉组洋葱伯克霍尔德菌(Burkholderia-Paraburkholderia)的相对丰度显著低于对照组;③息肉组与对照一组和2组的Alpha多样性差异无统计学意义(P0.05)。结论:①息肉组与对照组肠道菌群构成不同;②随着年龄增大,维荣球菌科(Veillonellaceae)、巨单胞菌属(Megamonas)相对丰度下降与结直肠息肉发病风险增大有关。     

利用Illumina Miseq测序技术研究鲍内脏多肽对小鼠肠道微生物的影响

[目的]研究鲍内脏活性物质对小鼠肠道微生物的影响。[方法]从鲍内脏中制备多肽并灌胃小鼠,利用Illumina Miseq测序技术分析小鼠肠道微生物的群落结构及动态变化。[结果]门水平上,小鼠肠道微生物最优势菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes),占总序列的69.10%;其次为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),分别占总序列的23.50%和5.00%,变形菌门又以δ-变形菌纲居多。属水平上,最优势类群为拟杆菌目(Bacteroidales)的一个未知分类属,占30.33%;其次为拟普雷沃菌属(Alloprevotella)和拟杆菌属(Bacteroides),分别占12.47%和9.80%。灌胃鲍内脏多肽后,小鼠肠道中丰度前30位的菌属中有4个属的丰度上调,其中副拟杆菌属(Parabacteroides)的丰度显著上调。丰度下调的属有7个,其中毛螺菌科(Lachnospiraceae)一个未分类属和厌氧支原体属(Anaeroplasma)丰度显著下调。[结论]灌胃鲍内脏多肽后小鼠肠道微生物多样性呈增加的趋势,且在小鼠肠道中检测到一些与宿主健康相关的差异细菌类群。     

养殖密度对墨吉明对虾肠道和生物絮团菌群的影响

运用Miseq高通量测序技术，分析高、中、低3种养殖密度(700、300、100尾/m3)下墨吉明对虾肠道和其养殖系统中生物絮团的菌群结构。结果显示：对虾肠道菌群中，高密度组的丰富度和多样性均最高，丰富度随放养密度的增大而增加，而在生物絮团菌群中，高密度组的丰富度最低；在门水平上，肠道和絮团样本菌群均以变形菌门(相对丰度49.25%~80.33%)、放线菌门、拟杆菌门、绿弯菌门为主，但丰度差异较大；在属水平上，优势菌属的组成和所占比例明显不同，梭菌属、Spongiibacter、Faecalibacterium、Rhodovulum、Blautia仅在肠道样本中存在，Coccinimonas仅在絮团样本中存在；肠道样本中，中密度组弧菌属的相对丰度最小，为5.23%，高密度组弧菌属的相对丰度最大，为23.39%，絮团样本中，低密度组弧菌属的相对丰度最大，为16.15%，中、高密度弧菌属的相对丰度均较小，分别为5.51%和4.20%；随养殖密度增大，肠道样本中拟杆菌属的相对丰度减小，分别为1.36%、0.41%、0.02%，而不同密度絮团样本拟杆菌属的相对丰度差异不明显。可见，生物絮团养殖模式下，养殖密度对墨吉明对虾的肠道和絮团菌群的影响较大。     

不同生长速度的大黄鱼肠道菌群结构的差异

为分析肠道菌群结构变化对大黄鱼Pseudosciaena crocea生长速度的影响,采用高通量测序的方法,对生长条件相同、生长速度不同的两组大黄鱼肠道菌群结构进行了研究。结果表明:生长缓慢组鱼肠道内菌群OTUs和菌群多样性指数Chao1显著高于生长正常组(P0.05),但两组间Shannon指数差异不显著(P0.05);变形菌门Proteobacteria、厚壁菌门Firmicutes、梭杆菌门Fusobacteria和拟杆菌门Bacteroidetes为大黄鱼肠道内的优势菌群,其中变形菌门在两组鱼肠道内的相对丰度超过50%;两组大黄鱼肠道菌群结构变化主要集中在变形菌门、放线菌门Actinobacteria和蓝细菌门Cyanobacteria;科水平上的细菌相对丰度比较结果显示,变形菌门内的鞘脂单胞菌科Sphingomonadaceae、柄杆菌科Caulobacteraceae、丛毛单胞菌科Comamonadaceae、假单胞菌科Pseudomonadaceae和莫拉氏菌科Moraxellaceae在两组鱼肠道内的相对丰度差异显著(P0.05),其中莫拉氏菌科在生长缓慢组鱼肠道内的含量显著高于生长正常组(P0.05)。研究表明,不同生长速度的大黄鱼肠道菌群结构存在差异,生长缓慢组鱼肠道内菌群种类多于生长正常组;变形菌门内菌群变化与大黄鱼生长密切相关,莫拉氏菌科在鱼肠道内含量的变化可能是引起大黄鱼生长变慢的主要原因。