不同生长速度的大黄鱼肠道菌群结构的差异

为分析肠道菌群结构变化对大黄鱼Pseudosciaena crocea生长速度的影响,采用高通量测序的方法,对生长条件相同、生长速度不同的两组大黄鱼肠道菌群结构进行了研究。结果表明:生长缓慢组鱼肠道内菌群OTUs和菌群多样性指数Chao1显著高于生长正常组(P0.05),但两组间Shannon指数差异不显著(P0.05);变形菌门Proteobacteria、厚壁菌门Firmicutes、梭杆菌门Fusobacteria和拟杆菌门Bacteroidetes为大黄鱼肠道内的优势菌群,其中变形菌门在两组鱼肠道内的相对丰度超过50%;两组大黄鱼肠道菌群结构变化主要集中在变形菌门、放线菌门Actinobacteria和蓝细菌门Cyanobacteria;科水平上的细菌相对丰度比较结果显示,变形菌门内的鞘脂单胞菌科Sphingomonadaceae、柄杆菌科Caulobacteraceae、丛毛单胞菌科Comamonadaceae、假单胞菌科Pseudomonadaceae和莫拉氏菌科Moraxellaceae在两组鱼肠道内的相对丰度差异显著(P0.05),其中莫拉氏菌科在生长缓慢组鱼肠道内的含量显著高于生长正常组(P0.05)。研究表明,不同生长速度的大黄鱼肠道菌群结构存在差异,生长缓慢组鱼肠道内菌群种类多于生长正常组;变形菌门内菌群变化与大黄鱼生长密切相关,莫拉氏菌科在鱼肠道内含量的变化可能是引起大黄鱼生长变慢的主要原因。     

群体感应淬灭酶YtnP对草鱼肠道菌群结构的影响

[目的]揭示群体感应淬灭作用与宿主肠道菌群结构间的作用关系,为具有群体感应淬灭作用益生菌及其淬灭酶在水产养殖上的推广应用提供理论依据.[方法]选取30尾规格为25±1 g/尾的草鱼随机分为对照组和试验组,试验组每尾草鱼腹腔注射100μL溶解稀释后的YtnP(25μg/mL),对照组每尾草鱼腹腔注射等量的300 mmol/L分子筛缓冲液,分别在注射后24和48 h采集草鱼前肠、中肠和后肠的肠道组织及内容物,提取各肠段总DNA及PCR扩增16S rRNA序列V3~V4可变区,然后基于Illumina MiSeq高通量测序技术分析外源添加YtnP对草鱼肠道菌群多样性与丰度的影响.[结果]12份草鱼肠道样品测序共获得原始序列(Raw reads)660205条,有效序列(Valid reads)416614条;对照组和试验组样品的OTU数目分别为142±102和143±67个.在门分类水平上,对照组和试验组草鱼肠道优势菌群均为放线菌门(Actinobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);相对于对照组,试验组草鱼肠道中浮霉菌门(Planctomycetes)相对丰度显著增加(P<0.05,下同),放线菌门、梭杆菌门和变形菌门的相对丰度也呈升高趋势,但差异不显著(P>0.05,下同),厚壁菌门、TM7和拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度则呈下降趋势.在属分类水平上,对照组和试验组草鱼肠道均以鲸杆菌属(Cetobacterium)和诺卡氏菌属(Nocardia)为优势菌群;相对于对照组,试验组草鱼肠道中鲸杆菌属相对丰度呈升高趋势、诺卡氏菌属相对丰度呈下降趋势,但变化差异均不显著,未特指微杆菌属(Unspecified_Microbacteriaceae)相对丰度则显著增加.草鱼肠道菌群结构Alpha多样性分析发现,试验组样品的Chao1和ACE指数低于对照组样品,Shannon和Simpson指数略高于对照组样品,但差异均不显著;Beta多样性分析结果显示,对照组与试验组间的菌群特点存在差异,且组间区分效果明显.[结论]外源添加YtnP不会导致草鱼肠道优势菌群种类发生明显变化,但能在一定程度影响肠道菌群的相对丰度.     

五味子对产蛋期藏鸡肠道微生物菌群的影响

为研究五味子对产蛋期藏鸡肠道微生物的影响,探明中药五味子对家禽肠道微生物作用的机理,以40周龄藏鸡作为试验对象,对照组饲喂全价产蛋期日粮,试验组饲喂添加0.5%五味子的全价日粮,4周后收集藏鸡回肠内容物,对其中微生物的16S rRNA V3～V4可变区进行Illumina高通量测序和生物信息学分析。结果表明,饲料中添加五味子后藏鸡肠道微生物的OTU种类无显著变化,但相似性增加。藏鸡肠道微生物中厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、梭杆菌门为优势菌群,五味子组与对照组相比拟杆菌门相对丰度上调16.37%,主要是由拟杆菌门下的拟杆菌属和理研杆菌属的相对丰度上升引起,厚壁菌门相对丰度下调19.78%,这主要是由厚壁菌门下的的乳酸杆菌属和罗姆布齐亚菌属的相对丰度下调引起。五味子组氨基酸球菌科、考拉杆菌属的相对丰度与对照组相比上调差异显著(P<0.05)。五味子组与对照组相比肠道微生物物种α多样性有所升高,组内不同样本间微生物β多样性的差异性减小,但差异不显著。结果表明,产蛋期藏鸡饲料中添加0.5%五味子使藏鸡肠道微生物多样性增高,而个体间菌群差异性减小,部分有益微生物的生长得到了有效促进,有利于...     

茶皂素对安徽白山羊小肠黏膜形态及肠道菌群的影响

随机选取体重相近[(12.14±0.59) kg]的3月龄白山羊断奶羔羊21只,断奶时间不超过3d,随机分为对照组、低浓度(0.625 g· kg-1)茶皂素组和高浓度(2.5 g· kg-1)茶皂素组,每组7只,饲喂56 d后采集小肠上皮组织,检测其形态结构变化,并取小肠内容物,分析其微生物组成,探究茶皂素对安徽白山羊断奶羔羊小肠黏膜形态和肠道菌群的影响.结果 表明:①与对照组相比,添加茶皂素极显著增加十二指肠、空肠、回肠绒毛长度及绒毛长度/隐窝深度的比值,极显著降低隐窝深度.②与对照组相比,茶皂素组广古菌门、拟杆菌门、疣微菌门、红椿杆菌纲、产芽孢菌纲、双歧杆菌目、甲烷杆菌目、双歧杆菌科和甲烷杆菌科相对丰度显著增加,茶皂素组放线菌纲相对丰度显著下降;与低浓度茶皂素组相比,高浓度茶皂素组红蝽菌目、红蝽菌科和丹毒丝菌科相对丰度显著升高.综上所述,茶皂素能促进白山羊羔羊小肠各段发育,提高肠道有益菌群丰度,降低有害菌群比例,改善肠道菌群结构.     

基于高通量测序技术的冠心病患者肠道菌群多样性研究

为了分析冠心病人群肠道菌群结构和多样性特征,探究冠心病人群与健康人群肠道菌群结构差异。研究共采集50例冠心病患者和35例健康人粪便样本,提取粪便样本总DNA;根据细菌16SrDNA V3~V5区设计引物进行扩增,利用Illumina Miseq平台进行高通量测序;测序结果经过Reads拼接,OTUs(operational taxonomic units)聚类,物种注释,α多样分析,主成分分析,最终得到样品物种信息。在冠心病组和健康组中,拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)的丰度最高,其中拟杆菌门分别占到46.94%和61.96%,厚壁菌门分别占到41.51%和30.58%;丰度较高的是变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)。此外,两组菌群结构差异性表现为:冠心病组的拟杆菌门明显低于对照组(P=0.0150.05);而冠心病组的厚壁菌门显著高于对照组(P=0.0090.01)。α多样性分析结果显示,两组人群各样本在细菌种群多样性方面没有明显差异。OTUs比对结果表示,Veillonella、Veillonella dispar、Scardovia、Mogibacterium致病菌在冠心病组显著增高,而Bacteroidetes门下Parabacteroides、Bacteroides uniformis、Bacteroides caccae等有益菌则显著降低。主成份分析显示,综合PC1、PC2、PC3因素冠心病组和对照组样本被较好的区分开,表明健康组和冠心病组菌群结构存在显著差异。这些结果表明,冠心病患者与健康人群在肠道菌群多样性方面没有明显差异,但在菌群结构上存在较大差异;同时冠心病人肠道菌群致病菌数量多于健康人群,而拟杆菌类有益菌低于健康人群。     

白斑综合征病毒感染对克氏原螯虾肠道菌群的影响

为揭示白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)感染克氏原螯虾(Procambarus clarkii)后对其肠道菌群的影响,运用16SrDNA基因的高通量测序技术分析健康与人工感染WSSV的克氏原螯虾的肠道菌群的组成及多样性。结果显示,感染组与对照组在肠道丰度及多样性无显著差异,但其优势菌群组成发生变化。对照组优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)和软壁菌门(Tenericute),分别占75.42%和19.17%;感染组肠道优势菌门为变形菌门和拟杆菌门(Bacteroidetes),分别占78.14%和17.38%。利用LEfSe分析差异菌属发现,感染组与对照组相比,Candidatus bacilloplasma丰度显著减少(P0.05),拟杆菌科(Bacteroidaceae)和黄杆菌科(Flavobacteria)的丰度显著上升(P0.05)。此外,部分潜在病原菌如黄杆菌属(Flavobacterium)、气单胞菌属(Aeromonas)的丰度在感染后显著升高(P0.05)。以上结果说明WSSV感染导致克氏原螯虾肠道菌群发生变化,提示WSSV或可通过干扰肠道稳态致病。     

合作猪夏冬季的肠道菌群结构

【目的】探究合作猪夏季和冬季肠道微生物菌群多样性和组成特征.【方法】采用16S rRNA基因测序技术分析夏季和冬季半放牧饲养的6月龄健康合作猪的粪便菌群结构特征.【结果】合作猪冬季与夏季肠道菌群α多样性指数差异不显著(P0.05),但β多样性冬季显著高于夏季(P0.05);厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和螺旋体门(Spirochaetes)为夏季合作猪和冬季合作猪粪便菌群优势菌门,unidentified_Clostridiales细菌属和Terrisporobacter为夏季合作猪和冬季合作猪粪便菌群的优势菌属.菌群组成差异分析显示,在科水平,夏季合作猪粪便菌群中链球菌科(Streptococcaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、丹毒丝菌科(Erysipelotrichaceae)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)和消化球菌科(Peptococcaceae)的相对丰度显著高于冬季合作猪(P0.05),而冬季合作猪粪便菌群中甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)的相对丰度显著高于夏季合作猪(P0.05);在种水平,拟普雷沃菌309(Alloprevotella_sp_feline_oral_taxon_309)、梭菌属细菌ID5(Clostridium_sp_ID5)、柏林密螺旋体菌(Treponema_berlinense)和溶纸梭菌(Clostridium papyrosolvens)在夏季合作猪粪便菌群中的相对丰度均显著高于冬季合作猪(P0.05);反刍甲烷杆菌(Methanobrevibacter_ruminantium)、瘤胃菌属细菌YS3(Rumen_bacterium_YS3)以及毛螺旋菌科细菌YE64 (Bacterium YE64)在冬季合作猪粪便菌群中的相对丰度均显著高于夏季合作猪(P0.05).【结论】合作猪肠道菌群多样性和组成与其适应不同季节气候和饲草种类的变化有关.     

特异性敲除肠道miR-146a对小鼠肠道菌群的影响

【目的】miR-146a作为抑炎因子,仍然不清楚其是否参与宿主与微生物间的互作,进而影响肠道稳态,因此本文旨在研究miR-146a对小鼠肠道菌群的影响。【方法】以肠道miR-146a特异性敲除小鼠(CKO鼠)及对照小鼠(Flox鼠)为研究对象,利用16S rRNA高通量测序法检测2组空肠段的微生物菌群分布。【结果】测序共获得1 134个用于物种分类的OTUs,包括37门、80纲、161目、198科、261属、117种的细菌;Flox组和CKO组小鼠的空肠微生物中共有46个相同的OTUs;各组肠道微生物中厚壁菌门Firmicutes、拟杆菌门Bacteroidota、疣微菌门Verrucomicrobiota、变形菌门Proteobacteria和脱硫杆菌门Desulfobacterota是优势菌门;2组肠道微生物群落组成整体相似,但CKO组梭状芽孢杆菌纲Clostridia的平均相对丰度高于Flox组(P=0.067),毛螺菌目Lachnospirales平均相对丰度显著高于Flox组(P<0.05),其他层级组成无显著差异。【结论】miR-146a敲除可改变宿主肠道梭状芽孢杆菌...     

卷心菜浆液对肉鸡肠道发育和盲肠菌群的影响

【目的】研究卷心菜浆液对肉鸡肠道菌群的影响,为卷心菜浆液作为天然绿色饲料添加剂的安全性评估提供参考。【方法】选取健康、体质量相近的1日龄肉仔鸡150只,随机分为3组,每组5个重复,每个重复10只鸡。对照组鸡饲喂基础日粮,试验Ⅰ、Ⅱ组鸡分别饲喂添加15和20 g/kg卷心菜浆液的基础日粮,试验期42 d。于试验42 d屠宰,采集各组鸡肠道和盲肠内容物,分析卷心菜浆液对肉仔鸡生产性能、肠道发育和肠道菌群的影响。【结果】①与对照组相比,试验Ⅱ组肉仔鸡的平均日采食量、结束体质量和平均日增重均显著增加(P0.05)。②与对照组相比,试验Ⅰ、Ⅱ组肉仔鸡的十二指肠绒毛长度和回肠平滑肌厚度显著提高(P0.05)。③与对照组相比,试验Ⅰ组肉仔鸡肠道菌群α多样性指数升高,试验Ⅱ组肉仔鸡α多样性指数降低,但差异均不显著(P0.05)。④门水平上,与对照组相比,试验Ⅱ组变形菌门菌群的相对丰度显著升高(P0.05),试验Ⅰ、Ⅱ组放线菌门和软壁菌门的相对丰度显著降低(P0.05)。属水平上,与对照组相比,试验Ⅰ组粪球菌属的相对丰度显著升高(P0.05),柔嫩梭菌属、Ruminococcaceae_UCG-014和双歧杆菌属的相对丰度显著降低(P0.05);试验Ⅱ组的拟杆菌属、Ruminococcaceae_UCG-005和Anaerofilum的相对丰度显著升高(P0.05),柔嫩梭菌属、Ruminococcaceae_UCG-014和Ruminiclostridium_9的相对丰度显著降低(P0.05)。⑤多样品比较分析表明,对照组、试验Ⅰ组和试验Ⅱ组的菌群结构存在差异。【结论】饲粮中添加20 g/kg卷心菜浆液能够显著提高肉仔鸡生产性能,促进其肠道的发育,改变盲肠的菌群结构。     

脾虚泄泻大鼠肠道菌群的组成和多样性

为考察脾虚泄泻大鼠肠道菌群的结构特征和多样性,将24只健康大鼠随机分为对照组和模型组,模型组采用饮食失节加苦寒泻下法进行人工复制脾虚泄泻模型,对照组正常饲喂;试验结束时,采集大鼠肠道内容物,提取微生物总DNA,采用通用引物对细菌16S rDNA基因的高可变V3–V4区进行PCR扩增,运用Hiseq2500平台进行高通量测序,并对测序序列进行生物信息学分析。结果表明：α多样性指数表明脾虚泄泻大鼠与正常大鼠之间肠道微生物的多样性存在差异,但差异均无统计学意义;在门水平上,2组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,模型组较对照组厚壁菌门、放线菌门、变形菌门及螺旋体门的平均相对丰度均增加,而拟杆菌门的平均相对丰度显著降低(P＜0.05);在属水平上,2组的核心菌群均为产粪甾醇真细菌属,模型组较对照组产粪甾醇真细菌属、Jeotgalicoccus的平均相对丰度升高,其中Jeotgalicoccus的显著升高(P<0.05),而罗姆布茨菌属、拟杆菌属、Odoribacter的平均相对丰度降低,其中Odoribacter的显著降低(P<0.05);PICRUSt基因功能预测表明,大鼠肠道微生物以代谢功能为主,主要包括糖代谢、氨基酸代谢、能量代谢及辅酶和维生素代谢等,2组间各类代谢功能存在差异,但差异均无统计学意义。可见,脾虚泻泄能引起大鼠肠道内菌群的多样性变化,并显著降低肠道内拟杆菌门的平均相对丰度。     

黄芪多糖对犬盲肠菌群的影响

【目的】通过高通量测序的方法探究在犬日粮中添加黄芪多糖对犬盲肠菌群数量、多样性及群落组成结构的影响.【方法】选取18只一岁龄比格犬,体质量10 kg左右,随机分为3组,分别为对照组,低剂量组(基础日粮、以生药计1%的黄芪多糖)和高剂量组(基础日粮、以生药计2%的黄芪多糖).第14天,犬处死后取盲肠内容物进行肠道菌群数量、多样性和群落组成分析.【结果】通过样本内多样性分析和主成分分析可发现,添加黄芪多糖可影响犬盲肠菌群的多样性,增加菌群数量.且黄芪多糖组微生物群落组成发生改变,主要表现为放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)数量增加,梭杆菌门(Fusobacteria)与变形菌门(Proteobacteria)数量减少.放线菌纲(Actinobacteria)与芽孢杆菌纲(Bacilli)数量增加,梭杆菌纲(Fusobacteriia)与β-变形菌纲(Betaproteobacteria)数量减少.双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)与乳杆菌科(Lactobacillaceae)数量增加,梭杆菌科(Fusobacteriaceae)数量减少.普氏菌属(Prevotella)与乳酸杆菌属(Lactobacillus)数量增加,梭杆菌属(Fusobacterium)数量减少.【结论】在日粮中添加黄芪多糖可使犬盲肠菌群数量增加,多样性上升,增加有益菌群所占比例,降低条件致病菌比例.     

天然蜂粮对高脂血症大鼠肠道微生物多样性的影响

为研究天然蜂粮对大鼠肠道微生物结构和多样性的影响。使用3个剂量(80,400,800 mg/kg)蜂粮持续灌胃高脂血症大鼠60 d后,取其直肠内容物利用16S rDNA高通量测序技术测定大鼠肠道中菌群结构及其多样性。结果表明:从Alpha多样性指数(Shannon、Simpson)、丰富度指数(Chao、Ace)可知,患有高脂血症的大鼠肠道中细菌多样性有下降趋势。从门水平上分析,5个组的大鼠肠道中厚壁菌门Firmicutes、拟杆菌门Bacteroidetes和疣微菌门Verrucomicrobia,占到了总细菌的94%以上。与高脂模型组相比,天然蜂粮高剂量组大鼠肠道中变形菌门Proteobacteria丰度显著上升(P0.05)。从属水平上分析,与空白对照组相比,3个天然蜂粮剂量组的大鼠肠道中拟杆菌属Bacteroides、粪球菌属Coprococcus和Paraprevotella丰度显著下降(P0.05);与高脂模型组相比,3个天然蜂粮组大鼠肠道中Akkermansia丰度有上升趋势(P0.05)。     

饲粮中添加复合益生菌对猪生长、粪便菌群及代谢产物的影响

研究添加来源于迪庆藏猪消化道的6种益生菌组合的复合益生菌对猪生长性能、粪便菌群微生物多样性及其代谢产物影响。采集不同处理的12头(每组6头,对照组,试验组)猪的粪便,利用高通量测序技术对粪便菌群多样性进行分析,利用非靶向代谢组学技术对粪便的差异代谢产物进行分析。结果表明:1)添加复合益生菌对猪的生长性能无显著影响;2)试验组粪便菌群的α多样性指数中ACE指数和Chao1指数显著提高(P0.05)。3)优势菌群分析发现:门水平上,拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度极显著上升(P0.01)。属水平上,理研菌科_RC9肠群(Rikenellaceae_RC9_gut-group)的相对丰度极显著提高(P0.01)。4)多级物种差异判别分析(LDA Effect Size,LEfSe)发现:两组粪便菌群的相对丰度差异显著(P0.05),LDA值大于2.0时,获得16个生物标记物,其中试验组获得6个生物标记物,对照组获得10个生物标记物。对照组和试验组LDA值最大的分别是毛螺菌科AC2044群(Lachnospiraceae_AC2044_group)和瘤胃球菌科_UCG_014(Ruminococcaceae_UCG_014)。5)偏最小二乘法判别分析(Partial least squares discrimination analysis,PLS-DA)发现,两组代谢物质差异显著(P0.05),添加复合益生菌后雌马酚(P0.05)和香豆素K(P0.01)的含量上调。综上,添加复合益生菌后,丰富了肠道菌群的物种丰度,提高了抗病菌(瘤胃球菌科_UCG_014和理研菌科_RC9肠群)的相对丰度,提高了与抗病(雌马酚)和抗真菌(香豆素K)相关代谢产物的相对含量,具有潜在的益生功能。     

养殖密度对墨吉明对虾肠道和生物絮团菌群的影响

运用Miseq高通量测序技术，分析高、中、低3种养殖密度(700、300、100尾/m3)下墨吉明对虾肠道和其养殖系统中生物絮团的菌群结构。结果显示：对虾肠道菌群中，高密度组的丰富度和多样性均最高，丰富度随放养密度的增大而增加，而在生物絮团菌群中，高密度组的丰富度最低；在门水平上，肠道和絮团样本菌群均以变形菌门(相对丰度49.25%~80.33%)、放线菌门、拟杆菌门、绿弯菌门为主，但丰度差异较大；在属水平上，优势菌属的组成和所占比例明显不同，梭菌属、Spongiibacter、Faecalibacterium、Rhodovulum、Blautia仅在肠道样本中存在，Coccinimonas仅在絮团样本中存在；肠道样本中，中密度组弧菌属的相对丰度最小，为5.23%，高密度组弧菌属的相对丰度最大，为23.39%，絮团样本中，低密度组弧菌属的相对丰度最大，为16.15%，中、高密度弧菌属的相对丰度均较小，分别为5.51%和4.20%；随养殖密度增大，肠道样本中拟杆菌属的相对丰度减小，分别为1.36%、0.41%、0.02%，而不同密度絮团样本拟杆菌属的相对丰度差异不明显。可见，生物絮团养殖模式下，养殖密度对墨吉明对虾的肠道和絮团菌群的影响较大。     

黑眉锦蛇肠道菌群结构分析

采用PCR–DGGE和Q–PCR技术,分析黑眉锦蛇空肠、回肠和直肠中菌群的结构。结果显示:黑眉锦蛇空肠、回肠和直肠中菌群的多样性指数分别为2.84、3.14、2.69,均匀度分别为0.78、0.86、0.74,丰富度分别为17.20、23.40、14.80,且各肠段中均以厚壁菌门细菌和拟杆菌门细菌居多,总菌和厚壁菌门细菌、拟杆菌门细菌的丰度分别达10~(8.07)、10~(6.82)和10~(6.30) CFU/g以上,梭菌属细菌、乳酸菌属细菌和Akkermansia细菌的丰度均达10~(5.05)CFU/g以上,且其丰度均随肠道沿头部向尾部的方向呈先增加后降低的趋势,直肠中的丰度低于空肠中的;肠球菌属细菌和肠杆菌科细菌的丰度均在10~(6.11) CFU/g以上,其在直肠中的丰度高于空肠中的。结果表明:黑眉锦蛇肠道中拟杆菌门细菌和厚壁菌门细菌为优势菌群;菌群的丰度随肠道沿头部向尾部的方向呈先增加后降低的趋势;益生菌在直肠中的丰度低于在空肠中的,有害菌在直肠中的丰度高于在空肠中的。     

恩诺沙星曝露下企鹅珍珠贝肠道微生物多样性及优势菌变化规律

[目的]明确恩诺沙星曝露下企鹅珍珠贝肠道微生物群落结构尤其是优势菌的变化规律,为企鹅珍珠贝养殖过程中恩诺沙星的科学用药提供参考依据.[方法]针对3个恩诺沙星浓度(0、5和10 mg/L)共9个企鹅珍珠贝肠道样本中的细菌构建16S rRNA文库,再采用Illlumina高通量测序技术从门和属水平上比较分析各处理组间肠道微生物群落结构和多样性的差异.[结果]从9个企鹅珍珠贝肠道样本中共检测到10个菌门,其优势菌门分别是变形菌门(Pro-teobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、螺旋体门(Spirochaetae)、蓝藻门(Cyanobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);共检测到79个菌属,优势菌属主要包括弧菌属(Vibrio)、发光杆菌属(Photobacterium)、嗜冷菌属(Psychrilyobacter)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、疏螺旋体属(Borrelia)、交替单胞菌属(Alteromonas)、微拟球藻属(Nannochioropsis-oceanica)、弓形杆菌属(Arcobacter)、Thalassotalea、Amphritea、Tenacibaculum和微小杆菌属(Exiguobacterium)等.不同恩诺沙星浓度处理下,企鹅珍珠贝肠道的优势菌门与菌属种类丰度差异明显.经恩诺沙星处理后,企鹅珍珠贝肠道变形菌门相对丰度显著升高(P<0.05,下同)、拟杆菌门相对丰度显著降低;弧菌属相对丰度显著升高,微拟球藻属、Aquibacter、BD1-7_clade及希瓦氏菌属(Shewanella)相对丰度则显著降低;此外,弓形杆菌属相对丰度经10 mg/L恩诺沙星处理后显著升高,Psychrobium相对丰度经5 mg/L恩诺沙星处理后显著升高.[结论]经恩诺沙星处理后企鹅珍珠贝肠道微生物的多样性与丰度发生明显变化,且肠道微生物中一些具有特殊功能的优势菌群结构比例也发生变化,该变化规律可为企鹅珍珠贝养殖过程中科学使用恩诺沙星提供参考依据.     

广西百色市慢性胃炎患者胃黏膜菌群特征研究

为考察Hp感染慢性胃炎与胃黏膜菌群的相关性,根据13C呼气试验结果将慢性胃炎患者分为Hp感染阴性组(无感染组)和阳性组(感染组)各3例,采用16S rRNA基因测序技术对胃黏膜菌群进行研究.结果表明:在门水平上Hp感染组中变形菌明显高于无感染组,而厚壁菌、拟杆菌等显著低于无感染组;在属水平上Hp感染组中螺杆菌、链球菌和放线杆菌极显著高于无感染组,而沙雷菌、unidentified-Chloroplast和不动杆菌极显著低于无感染组;在种水平上Hp感染组有幽门螺杆菌,而无感染组则是粘质沙雷菌;Alpha和Beta多样性指数组间差异分析表明无感染组菌群丰度和多样性均高于Hp感染组(P＜0.05).Hp感染可改变胃黏膜菌群,导致菌群丰度和多样性降低.     

野生树鼩实验动物化过程中粪便菌群的多样性及组成

从云南昆明西郊野外捕捉6只成年野生树鼩,于中国科学院昆明灵长类研究中心人工驯养6个月。于刚捕捉回(野生组)和人工驯养6个月(驯养组)时,收集新鲜粪便样本,共12份,运用IlluminaMiSeq测序平台,以16S rRNA的V3–V4区域为目标进行高通量测序,比较分析树鼩在人工驯养前后粪便菌群的多样性及组成。结果表明:树鼩粪便菌群的OTU多样性Shannon指数和Simpson指数组间的差异均无统计学意义,野生组树鼩粪便菌群的OTU丰富度Chao指数、Ace指数、Sobs指数均显著高于驯养组的;PCo A主成分分析结果显示,野生树鼩与人工驯养树鼩的粪便菌群具有明显的差异,但同组内个体间的菌群差异不明显;在门水平上,树鼩粪便的优势菌门主要有厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门,但其在不同组树鼩粪便菌群的相对丰度不同;在纲水平上,野生组菌群主要有芽孢杆菌纲和拟杆菌纲,驯养组菌群主要有拟杆菌纲、梭菌纲和厌氧菌纲,γ–变形菌纲、厌氧菌纲相对丰度在2组间的差异有统计学意义(P0.05);在目水平上,野生组菌目主要有乳杆菌目和拟杆菌目,驯养组菌目主要有拟杆菌目和梭菌目,驯养组的Selenomonadales相对丰度显著高于野生组的(P0.05);在科水平上,野生组菌科主要有链球菌科和普雷沃氏菌科,驯养组菌科主要有普雷沃氏菌科和韦荣氏球菌科,驯养组的韦荣氏球菌科相对丰度显著高于野生组的(P0.05);在属水平上,野生组菌属主要有链球菌属和乳球菌属,驯养组菌属主要有普雷沃菌属和巨单胞菌属,野生组的链球菌属相对丰度极显著高于驯养组的(P0.01),驯养组的巨单胞菌属相对丰度显著高于野生组的(P0.05)。可见,野生树鼩经过人工驯养后,粪便微生物区系中的一些菌群发生了变化,菌群结构与野生组有差异,但不显著,粪便菌群结构变化呈简单化的趋势。     

日粮中高糖高脂对团头鲂肝脏及肠道微生物菌群组成的影响

为探讨日粮中高糖高脂对团头鲂肝脏及肠道微生物菌群组成的影响,分别采用组织学方法和16S rRNA宏基因组测序的方法对其进行研究。结果显示,高糖高脂连续饲喂8周后,团头鲂肝细胞呈不规则排列,肝细胞空泡化及细胞核偏移。试验构建了6个测序文库,获得了175 820条高质量序列和588个OTUs。在门水平上,试验组(高糖高脂)和对照组鱼肠道微生物菌群中,相对丰度最高的前4种分别为梭杆菌门(Fusobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria),其中试验组的梭杆菌门和变形菌门的相对丰度高于对照组,而厚壁菌门和拟杆菌门低于对照组。在属水平上,各组主要菌群相对丰度也有所不同,其中试验组Clostridium、Romboutsia和Macellibacteroides的相对丰度高于对照组,分别是对照组的2、6和2倍,而Porphyromonadaceae和Aeromonas相对丰度低于试验组。核心菌群和特有菌群分析发现,对照组和试验组共有OTUs为82个,试验组特有OTUs为26个,主要菌门为变形菌门(57.69%)、酸杆菌门(Acidobacteria)(11.54%)和厚壁菌门(11.54%)。这些研究结果表明,高糖高脂饲料投喂团头鲂8周后,对团头鲂肝脏组织产生明显损伤,并对其肠道内容物微生物的菌群组成与结构产生影响,引起肠道菌群失调,进而可能对宿主的健康产生影响。     

高通量测序研究德昂酸茶对高脂饮食小鼠肠道微生物的影响

为探究德昂酸茶对高脂饮食小鼠的抗肥胖作用,按体重分别以德昂酸茶1.0 (低)、2.0 (中)、3.0 (高) g·kg~(-1)剂量对高脂饮食小鼠干预12周后,采集粪便,利用16S rDNA测序对肠道微生物菌群多样性进行分析。结果表明:德昂酸茶干预后,可显著提高高脂饮食小鼠肠道菌群的物种丰度和多样性;高脂饮食小鼠肠道优势菌群厚壁菌门丰度下降,拟杆菌门丰度提高;双歧杆菌属在各组中比例增加,空白对照组和酸茶低剂量组比例相近;另枝菌属在高脂对照组中含量较高(2.24%),但在酸茶组中,随着灌胃剂量的升高呈递减趋势。高脂对照组与其余各组肠道菌群的主成分区分明显,酸茶组菌群组成结构发生偏移。这一研究提示德昂酸茶可维持高脂饮食小鼠肠道微生态的平衡,降低厚壁菌门与拟杆菌门的比值,对减肥具有积极的意义。