秦川肉牛FABP3及FABP4基因SNP与肉质性状的关联性

【目的】探索脂肪酸结合蛋白3(Fat acid binding proteins 3,FABP3)及脂肪酸结合蛋白4(FABP4)基因对秦川牛肉用新品系肉用性状的影响,为秦川肉牛的选育提供理论基础。【方法】随机选择18~24月龄健康的秦川肉牛571头,尾静脉采血10mL/头,提取血液DNA,PCR扩增FABP3及FABP4基因,检测其单核苷酸多态性(SNP)位点,并分析SNP位点基因型和单倍型组合对肉牛肉用性状(背膘厚、眼肌面积、肌间脂肪含量)的影响。【结果】测序发现,在FABP3基因第3个内含子上检测出1个SNP位点:g.60298CT。在FABP4基因第1个内含子上检测出2个SNP位点:g.2686AT和g.2834CG;在第4外显子上检测出1个SNP位点:g.4220AG。FABP3基因g.60298CT位点不同基因型的肌内脂肪含量差异显著(P0.05),TT基因型显著高于CT和CC基因型。对FABP4基因而言,g.2834CG位点上的CC基因型肉用性状表现较优,其眼肌面积极显著高于GG和CT基因型(P0.01),肌内脂肪含量显著高于GG和CG基因型(P0.05);g.4220AG位点上的TT基因型的肉用性状较优,其背膘厚显著高于CC和CT基因型(P0.05)。H1H1是最优秀的单倍型组合,其眼肌面积和肌内脂肪含量分别极显著高于单倍型组合H3H3和H3H7(P0.01)。【结论】FABP3及FABP4基因与秦川牛肉用新品系肉用性状关联紧密。     

秦川牛 MYH8基因多态性及其与生长性状的关联分析

为研究秦川牛MYH8基因的多态性及其与秦川牛生长性状的关联性,选取163头健康的30月±2月龄秦川牛,采用DNA测序技术发现MYH8基因外显子上的SNP位点,并以PCR-RFLP技术分析秦川牛群MYH8基因型,研究其遗传多样性,再通过SPSS 19.0软件分析SNP位点与秦川牛体尺性状和胴体性状的关联性。研究结果表明,在MYH8基因第33外显子上存在3个SNP位点,分别在基因序列26 064、26 094和26 100bp 3处,且26 064bp处(TC)为同义突变,26 094bp处(TC)为错义突变,26 100bp处(CG)为错义突变。关联分析显示,C26100G突变发生在体斜长指标,表现为GG基因型个体的群体均值显著高于GC、CC基因型个体(P0.05);而其他突变中不存在显著性差异。某些基因型(T26064C突变处TC基因型和T26094C突变处CT基因型)可能为优势基因型,但还需通过更多个体验证。说明:MYH8基因对秦川肉牛生长性状存在一定影响。     

牛PRKAA2基因SNP检测及与其生长和肉质性状的关联分析

【目的】研究秦川牛、南阳牛、鲁西牛和安格斯牛共630头个体的单磷酸腺苷激活的蛋白激酶α2亚基(AMPKα2)基因PRKAA2的多态性,并分析其多态性与200头秦川牛生长及肉质性状的关联性。【方法】利用PCRSSCP、DNA测序、飞行质谱(MALDI-TOF)等技术,分析检测4个品种牛PRKAA2基因6个外显子的单核酸多态性(SNPs);采用生物信息学方法结合统计分析软件,分析秦川牛各多态位点的遗传变异特性与体尺及肉质性状的关联性。【结果】PRKAA2基因第2、4、6、7、8、9外显子中,只检测到第4外显子27GC和60TC 2个突变位点;关联分析表明,27GC位点与秦川牛背膘厚和眼肌面积显著关联(P0.05);60TC位点与秦川牛体斜长极显著相关(P0.01),与体高、尻长、腰角宽、坐骨端宽、眼肌面积显著相关(P0.05)。【结论】PRKAA2基因对秦川牛部分体尺及肉质性状有极显著或显著影响,可作为秦川肉牛新品种早期选择的候选基因和分子辅助标记。     

‘黔画乌鸡’IL8RB基因外显子2变异对胸肌常规肌肉品质的影响

【目的】探研肉鸡IL8RB基因变异对肉质性状的遗传效应.【方法】采用PCR产物直接测序和结合序列比对软件筛查鉴定IL8RB基因外显子2遗传变异,分析其与‘黔画乌鸡’肉质性状的相关性.【结果】在‘黔画乌鸡’IL8RB基因外显子2中发现4个中度多态的同义突变位点g.22589317 C>T、g.22589423 C>T、g.22589485 C>T和g.22589476 T>C,4个SNP位点均产生3种基因型,基因型分布均未偏离Hardy-Weinberg平衡;g.22589317 C>T位点对嫩度的影响达到显著水平(P<0.05),基因型TT个体的嫩度值显著高于基因型CC个体(P<0.05);g.22589423 C>T和g.22589476 T>C位点均对粗脂肪含量的影响达到显著水平(P<0.05),g.22589423 C>T位点的基因型TT个体显著高于基因型CT个体(P<0.05),g.22589476 T>C位点的基因型CC个体显著高于基因型CT和TT个体(P<0.05).【结论】综合各基因型各指标之间的差异,揭示g.22589317C>T位点的CC基因型、g.22589423 C>T位点的TT基因型和g.22589476 T>C位点的CC基因型是改善肉质的有利基因型,可能作为提高肉鸡肌肉品质的分子遗传标记.     

部分肉牛类群CAPN1基因第9外显子多态性及其与肉质性状的相关性

通过研究部分肉牛类群CAPN1基因第9外显子多态性及其与肉质性状的相关性,发现与肉牛生产性状相关的分子标记,为加快肉牛选育进程,提高肉牛生产性能提供参考。采用PCR-SSCP技术对早胜牛(庆阳类群、平凉类群)、南杂牛(南德温牛×早胜牛庆阳类群)、秦杂牛(秦川牛×早胜牛平凉类群)、西杂牛(西门塔尔牛×早胜牛平凉类群)、荷斯坦奶公牛和澳洲黑牛共391头个体的CAPN1基因外显子9进行遗传变异检测,运用SPSS17.0软件分析早胜牛平凉类群遗传变异与肉质性状的关联性。结果表明,CAPN1基因第9外显子存在突变位点G458C,并检测到GG、GC和CC 3种基因型。相关性分析表明,CAPN1的G458C位点与pH、剪切力和滴水损失差异显著相关(P0.05),CC基因型剪切力和滴水损失显著低于GG和GC型(P0.05),其他性状在各基因型间差异不显著。因此,推测CAPN1基因的突变位点G458C可以作为牛肉嫩度的遗传标记。     

宣和猪PRKAG3基因外显子5多态性及其与肉质性状的关联

【目的】揭示宣和猪PRKAG3基因外显子5多态性及其与肉质性状的关联。【方法】采用PCR产物直接测序法检测了120头宣和猪PRKAG3基因外显子5区域的SNP位点,借助最小二乘模型分析了各位点不同基因型及合并基因型对6个肉质性状的影响。【结果】宣和猪PRKAG3基因外显子5区域检出3个SNP位点,包括2个同义突变位点(T579C、T580C)和1个错义突变位点(G595A),分别以TT、TT、GA基因型和T、T、G等位基因的频率最高,且都处于Hardy-Weinberg平衡状态。T579C、T580C位点的TT和TC基因型可显著提高大理石纹(P0.05)和降低失水率(P0.01),分别呈显著的加性效应及加性—显性效应(P0.05或P0.01);G595A位点的AA基因型失水率最低(P0.05)、熟肉率最高(P0.05),呈显著的加性效应(P0.05);3个位点的合并基因型TTTTGG、TCTCGG和TTTTAA分别具有最高的大理石纹、pH1和最低的失水率(P0.05或P0.01),CCCCGG基因型的大理石纹和pH1最低、失水率最高(P0.05或P0.01)。【结论】研究结果进一步确认宣和猪PRKAG3基因外显子5多态性与肌肉大理石纹、pH值和失水率显著关联,T579C、T580C位点的CC基因型和G595A位点的GG基因型具有协同降低猪肉品质的效应。     

秦川肉牛CGI-58基因SNP位点与肉质及其启动子活性的关系

【目的】探究秦川肉牛CGI-58基因5′-调控区中1个新单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)位点与肉品质的关联性,及其对该基因启动子活性的影响。【方法】选取18~24月龄的480头秦川肉牛为研究对象,测定其肌内脂肪含量、眼肌面积和背膘厚等肉品质性状指标。颈静脉采集试验牛血样,提取DNA样品,PCR扩增CGI-58基因5′-调控区,通过直接测序技术检测其单核苷酸多态性,并使用SAS(version 8.1)软件提供的一般线性模型(GLM)对单核苷酸多态位点与肉质性状进行关联分析。通过MatInspector和cMethPrimer软件分析CGI-58基因潜在的转录因子结合位点及其甲基化水平。构建含有SNP位点不同基因型的双荧光素酶报告载体,并转染小鼠3T3L-1、C2C12细胞系和牛前体脂肪细胞,测定其在3种细胞中的荧光素酶相对活性,并进行统计学分析。【结果】在秦川肉牛CGI-58基因5′-调控区发现1个新的SNP位点:g.14451079AC。g.14451079AC位点共有3种基因型:AA、CC和AC,其中AA基因型频率最高,A等位基因频率大于C等位基因频率,且AC基因型的启动子活性与眼肌面积显著高于其他基因型。g.14451079AC由A到C的突变发生在CGI-58启动子区域中一个预测的转录因子结合位点v-myb的第2个碱基A上,该突变导致启动子活性发生了显著变化,且该转录因子结合位点位于软件分析的CpG岛上。【结论】秦川肉牛CGI-58基因启动子区g.14451079AC位点的单核苷酸多态性与眼肌面积存在显著关联,且对该基因启动子活性有极显著影响。     

秦川牛SIRT3基因SNPs检测及其与体尺和肉质性状的关联分析

【目的】研究秦川牛SIRT3基因的多态性及其对秦川牛体尺、肉用性状的影响,以探索改善秦川牛体尺、肉用性状的分子育种方法。【方法】随机选择相近饲喂条件下468头18~24月龄健康秦川母牛,采用DNA直接测序技术进行SIRT3基因全区域遗传变异检测。运用SPSS16.0软件中最小二乘法拟合线性模型,对SIRT3基因不同基因型与秦川牛体尺(体斜长、体高、腰高、尻长、腰角宽、胸深、胸围和坐骨端宽)和肉质性状(背膘厚、眼肌面积和肌肉脂肪含量)进行关联分析。【结果】经DNA测序发现,秦川牛SIRT3基因在第4内含子上存在2个突变位点,分别为C22522T突变和C22680G突变,均存在3种基因型。χ2检验表明,C22522T和C22680G位点均处于HardyWeinberg极度不平衡状态(P0.01)。关联性分析表明,秦川牛SIRT3基因2个突变位点的不同基因型与体斜长、体高、尻长、腰角宽、胸深、胸围和背膘厚、眼肌面积、肌肉脂肪含量有显著或极显著相关关系。【结论】SIRT3基因对秦川牛部分体尺、肉质性状有显著的影响,可以尝试作为秦川肉牛新品系培育的主要候选基因。     

陇东地方牛和西杂肉牛M-calpain和H-FABP基因多态性及其与肉质性状的相关性分析

【目的】研究陇东地方牛和西门塔尔杂交肉牛2个基因的多态性及与肉质性状的相关性。【方法】采用PCR-RFLP方法对陇东地方牛和西门塔尔杂交肉牛的M-calpain基因和H-FABP基因进行多态性分析,并利用最小二乘法拟合线性模型分析了基因型与肉质性状之间的相关性。【结果】发现M-calpain基因突变位点C1795T和H-FABP基因序列中的突变位点C1006G,分别检测到3种基因型AA/AB/BB和GG/GC/CC。相关分析表明M-cal-pain基因中AB基因型在剪切力上差异显著高于AA基因型(P?0.05);BB基因型的滴水损失显著高于AB基因型(P?0.05);H-FABP基因中GC和CC基因型对牛肉滴水损失有显著的影响(P?0.05)。【结论】推测M-cal-pain基因C1795T和H-FABP基因C1006G的突变位点可以作为陇东地方牛和西门塔尔杂交肉牛牛肉嫩度和大理石花纹的遗传标记。     

家兔XKR4基因遗传多态性及其与生长性能的相关性

【目的】研究家兔XKR4基因的遗传多态性,并分析其与家兔生长速度的相关性。【方法】以新西兰兔(184只)和伊拉兔(193只)为研究材料,取其耳部组织,提取DNA,PCR扩增XKR4基因,采用直接测序法寻找CDS区单核苷酸多态性(SNP)位点,利用HRM技术对突变位点进行分型,并分析其与生长性状的相关性。【结果】在家兔XKR4基因内检测到3个SNP位点(内含子1中的c.804-8CT及外显子3中的c.1668CT和c.1698CT)。针对外显子3中的2个SNP位点,对40个样本直接测序,结果发现仅存在CC和CT 2种基因型,且处于完全连锁状态。对2种兔突变位点的群体遗传参数分析发现其总杂合度为0.287 1,总有效等位基因数为1.402 7,多态性属于中等多态,表明该群体在该位点的遗传变异较高,有较大的选择潜力,可以利用该位点进行与生长性状相关的标记辅助选择。关联性分析发现,CTCT单倍型个体70日龄体质量显著高于CCCC单倍型个体(P0.05),且35到70日龄平均日增重极显著高于CCCC单倍型个体(P0.01)。【结论】XKR4基因可作为影响家兔生长性状的候选基因。     

欧拉型藏羊UCP2和UCP3基因多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】探索欧拉型藏羊解偶联蛋白2（UCP2）和解偶联蛋白3（UCP3）基因的多态性及其与生长性状的关联性,为运用分子标记辅助育种方法提高欧拉型藏羊的生长性状提供理论依据。【方法】以239头成年欧拉型藏羊为试验对象,采用PCR产物直接测序技术检测UCP2和UCP3基因的遗传多态性,并将其与体质量、体高、体斜长和胸围生长性状进行关联性分析。【结果】在欧拉型藏羊UCP2基因上筛选出2个SNPs位点,分别为g.52130414 C>T和g.52130584 G>A,其中g.52130414 C>T位点产生TT、CT和CC 3种基因型,g.52130584 G>A位点产生AA、AG和GG 3种基因型;在UCP3基因上筛选出1个SNP位点g.52157335 C>T,产生CC、CT和TT 3种基因型。基因多态性分析表明,3个SNPs位点均为错义突变位点,属于中度多态,且均符合Hard-Weinberg平衡适应性检验（P>0.05）。关联分析结果显示,UCP2基因g.52130414 C>T位点TT基因型欧拉型藏羊体质量显著高于CT基因型(P<0.05);g.52130584 G>A位点AA基因型欧拉型藏羊体质量和体斜长均极显著高于AG和GG基因型(P<0.01),AA和GG基因型欧拉型藏羊胸围均显著高于AG基因型（P<0.05）;UCP3基因g.52157335 C>T位点CC基因型欧拉型藏羊体质量显著高于CT基因型(P<0.05),TT基因型欧拉型藏羊胸围显著高于CT基因型(P<0.05)。3个多态位点基因型组合分析发现,5个发生频率较高的双倍型中,D5型欧拉型藏羊体质量极显著高于D1、D2、D3型(P<0.01),体高显著高于D3型(P<0.05),体斜长显著高于D1、D3、D4型(P<0.05)且极显著高于D2型(P<0.01)。【结论】UCP2和UCP3基因多态性与欧拉型藏羊的部分生长性状显著相关,UCP2和UCP3基因可作为欧拉型藏羊生长性状选育的候选基因。D5双倍型为优势基因型,可在选育工作中优先考虑。     

6个黄牛群体MyoG基因单核苷酸多态性及其与体尺性状的相关性

【目的】研究牛肌细胞生成素基因(MyoG)第2、3外显子及其侧翼区单核苷酸的多态性(SNPs),分析其与牛部分体尺性状的相关性。【方法】以6个牛群体（鲁西牛、鲁杂牛（鲁西牛×西门塔尔牛）、南阳牛、夏南牛、郏县红牛、秦川牛）共779头3～4岁左右母牛为研究材料,通过PCR-SSCP和DNA测序技术检测牛MyoG基因上存在的SNPs,并分析其与牛部分体尺性状的关联性。【结果】MyoG基因第2外显子及其侧翼区的扩增片段中不存在多态性,第3外显子及其侧翼区的扩增片段中存在3种基因型(AA、AB、BB),测序结果表明该突变位于3′-UTR 2 109位点处。最小二乘法分析表明,各群体中AA基因型个体的体斜长均显著高于BB基因型个体(P＜0.05);鲁西牛群体中AA基因型个体的尻长显著高于BB基因型(P＜0.05);郏县红牛群体中AA基因型个体的体高显著高于BB基因型(P＜0.05)。3种基因型对其他体尺性状没有显著影响(P＞0.05)。【结论】MyoG基因对黄牛体尺性状有一定影响,可作为黄牛体尺性状标记辅助选择的候选基因。     

THRSP基因C184T突变与秦川牛肉质性状相关性的研究

 【目的】研究秦川牛THRSP基因第一外显子184 bp处C/T错义突变与部分肉质性状的关系。【方法】选取405头相同饲养条件下无亲缘关系的18～20月龄的秦川牛,利用PCR-SSCP技术对THRSP基因进行个体基因型分析;运用SPSS统计软件中的GLM模型分析该SNP与93头秦川牛部分肉用性能指标的相关性。【结果】该位点引发THRSP基因第51个氨基酸由缬氨酸（GTG）变为丙氨酸（GCG）。多态信息含量为0.3583,属于中度多态,杂合度为0.4676,有效等位基因数为1.8783。卡方检验显示该位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态（P＜0.01）。相关分析结果显示,该位点基因型与嫩度和系水力2个性状显著相关。多重比较结果显示,AA基因型个体的嫩度显著高于AB型（P＜0.05）,BB基因型个体的系水力显著高于AB型（P＜0.05)。【结论】这一位点可能是影响牛肉嫩度及系水力的主效QTN或与之紧密连锁,可做为肉牛肉质选育的候选分子标记。     

中国荷斯坦牛FADS2基因c.908 C>T突变对泌乳性能和乳中脂肪酸组成的影响

【目的】探讨中国荷斯坦牛脂肪酸脱氢酶2(FADS2)基因编码区c.908CT突变对泌乳性能和乳中脂肪酸组成的影响。【方法】以江苏某大型奶牛场865头中国荷斯坦牛为材料,用飞行时间质谱法对FADS2基因编码区c.908CT突变位点进行检测,并用最小二乘模型分析该位点对泌乳性状和乳中脂肪酸组成的影响。【结果】FADS2基因c.908CT位点有3种基因型:CC、CT和TT,优势基因型为CT型,C基因为优势等位基因。关联分析发现,该位点对日产奶量、体细胞评分(SCS)及乳脂、乳糖、总固体含量5个性状的影响均达到显著水平(P0.05),对乳蛋白和乳中尿素氮含量的影响不显著(P0.05)。多重比较表明:CC型个体日产奶量及乳糖、总固体含量均显著低于TT型个体,而SCS显著高于CT和TT型个体;该位点突变对乳中C14:1、C16:0、C16:1、C18:0、C18:3等5种脂肪酸含量和C14、C16和C18不饱和指数的影响均达到极显著水平(P0.01),TT基因型个体乳中C16:1含量、C16和C18不饱和指数极显著高于CC和CT型个体(P0.01)。【结论】FADS2基因编码区c.908CT突变对中国荷斯坦牛泌乳性能和乳中脂肪酸组成有重要影响,TT基因型具有较高的日产奶量、总固体和C16:1含量及C16和C18不饱和指数。     

宣和猪PLIN2基因5′-UTR和3′-UTR多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】揭示PLIN2基因对宣和猪生长性状的影响。【方法】以357头宣和猪为试验材料,采用PCR产物直接测序法检测了PLIN2基因的5′-UTR和3′-UTR多态性,分析了各SNP位点不同基因型的生长性状差异。【结果】在5′-UTR检测到2个SNP位点(G158A、T491G)、3′-UTR检出1个SNP位点(G5689A),上述3个SNP位点分别以GG、TT和GG基因型频率最高,G、T和G为优势等位基因;除G158A位点未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01)外,其余2个突变位点均处于平衡状态(P0.05),且杂合度较高、遗传多样性较为丰富。在6月龄体重、4—6月龄日增重和70日龄—6月龄日增重上,G158A位点的GG型、T491G位点的TT型和G5689A位点的GG型均显著高于同位点其他基因型(P0.01或P0.05);且3个SNP位点不同单倍型组合对生长性状的影响呈现了明显的协同作用,即GTG/GTG组合的6月龄体重、4—6月龄日增重和70日龄—6月龄日增重最高(P0.01或P0.05)。【结论】研究结果从PLIN2基因多态性角度印证了宣和猪新品种选育工作的有效性,初步证实PLIN2基因与宣和猪生长性状间存在显著关联。     

乌珠穆沁绵羊RIPK2基因多态性与生长性状的关联

【目的】基于前期绵羊肉用性状GWAS研究结果,旨在探讨RIPK2基因对乌珠穆沁绵羊生长性状的影响,找到该基因中与绵羊生长性状相关的分子标记,同时对GWAS结果进行验证。【方法】在343只乌珠穆沁绵羊试验群体中,选取其中30个个体的血液DNA样本,以相同浓度组成池DNA,设计引物对RIPK2基因外显子及其上下游1 000bp的调控区进行PCR扩增,PCR产物检测为目的条带后测序。使用DNAMAN和Chromas2软件对测序峰图进行分析,采用飞行质谱方法对检测到的SNP位点及前期GWAS得到的SNP位点进行基因型分型。使用Haploview软件对多态位点构建单倍型及连锁不平衡分析。使用SPSS （22.0）软件进行RIPK2基因SNP位点与生长性状间的关联分析。【结果】共发现了4个多态位点,A5536G的同义突变rs01位于第四外显子内,在该位点检测到三种基因型,AA基因型频率为0.42,AG基因型频率为0.45,GG基因型频率为0.13,优势等位基因为A,其频率为0.65;在第七外显子上检测到T8952C错义突变rs02,在该突变位点检测到3种基因型,其中TT基因型频率为0.82,TC基因型频率为0.16,CC基因型频率为0.02,T为优势等位基因,基因频率为0.9;在第十外显子检测到 T2836C的突变rs05,在该位点检测到两种基因型TT和CC,没有检测到杂合子基因型,TT基因型频率为0.25,CC基因型频率为0.75;上游调控区发现一个G5181C的突变rs30,有3种基因型,其中GC基因型频率为0.50,CC基因型频率为0.18,GG基因型频率为0.32,G为优势等位基因,其频率为0.58; GWAS得到的SNP位点是T4456C,在本研究中被命名为rs34,在该位点有3种基因型,其中TT基因型频率为0.49,TC基因型频率为0.37,CC基因型频率为0.14,优势等位基因T的频率为0.68。χ²适合性检验发现,除rs34位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05)。rs02位点处于低度多态(PIC＜0.25),其余位点处于中度多态(0.25＜PIC＜0.5)。连锁不平衡分析发现,rs01和rs02位点强连锁,在群体中共构建了3种单倍型,AT 为优势单倍型,其频率为0.645,这两个位点共构建了6 种基因型组合,其中AATT为优势基因型组合,频率为0.425。单标记关联分析表明：rs01位点的AA、AG基因型的个体和GG基因型个体在4月龄体重、胸围上差异显著（P＜0.05）,在6月龄体高、胸围上差异显著(P＜0.05)。rs02位点CC基因型个体在4月龄体重、体高、胸围和6月龄胸宽上显著优于TT、TC基因型个体（P＜0.05),在4月龄体斜长、6月龄体高和体斜长上极显著优于TT、TC基因型的个体（P＜0.01）。rs30位点上,GG基因型的个体在4月龄体重、胸围与其他两种基因型个差异显著(P＜0.05),3个基因型的个体在6月龄胸围上均有显著差异（P＜0.05）。rs34位点的3个基因型的个体仅在4月龄体重上差异显著(P＜0.05)。rs01-rs02组合基因型关联分析发现：GGCC基因型组合的个体在4月龄体重、体高、体斜长、胸围上与其他基因型之间差异显著（P＜0.05）,GGCC基因型组合的个体在6月龄体高、体斜长、胸宽上与其他基因型组合的个体差异显著（P＜0.05）。【结论】RIPK2基因对绵羊生长性状具有较显著的影响,其SNPs作为分子标记对乌珠穆沁绵羊生长性状的选育具有一定的指导意义。     

POU1F1基因多态性与藏羊生长性状的关联性分析

【目的】探讨POU1F1基因的多态性与藏羊生长性状之间的关联性,寻找与藏羊生长性状相关的分子标记。【方法】利用DNA测序方法检测藏羊POU1F1基因的多态位点并对其进行基因分型,分析单一多态位点不同基因型及双倍型与藏羊生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因第4内含子上检测出1个多态位点g.14205GA,在第5内含子上检测出2个多态位点g.15223GA和g.15286AG。关联性分析表明,g.14205GA位点上AA基因型的体质量和体长分别极显著(P0.01)和显著(P0.05)高于GG和AG基因型;g.15223GA位点上GG基因型的体质量显著高于GA基因型(P0.05),极显著高于AA基因型(P0.01);g.15286AG位点AA基因型体质量极显著高于GG基因型(P0.01),体高显著高于GG基因型(P0.05)。单倍型Hap7(-GGA-)的发生频率最高,达到42.40%,其次为单倍型Hap5(-GAA-)和单倍型Hap3(-AGA-),发生频率分别为21.50%和14.70%。此外,POU1F1的r2值均小于0.33,说明这3个多态位点之间不存在强的连锁性。通过合并基因型发现,双倍型H7H7(GGA-GGA)的各个生长性状表现最优。【结论】POU1F1基因的3个SNP位点可用于藏羊生长性状的选育。     

伊犁马MCT1基因多态性与速度性能的关联性分析

【目的】研究伊犁马MCT1基因多态性与速度性能的关联性,为专门化用途速度马的选种育种提供技术支撑。【方法】以50匹参加2 000 m速度赛的2岁伊犁马为研究对象,运用DNA直接测序法筛选伊犁马MCT1基因第2、3外显子的突变位点,分析其多态性位点以及与伊犁马2 000 m比赛成绩的关联性。【结果】在伊犁马MCT1基因第2外显子上发现一个SNP位点,在伊犁马MCT1基因第3外显子上没有发现突变位点,在g.52168582处,碱基T突变为碱基G,此突变位点为错义突变,该突变导致其编码氨基酸由苯丙氨酸变为亮氨酸,属于中度多态位点,处于Hardy-Weinberg平衡状态,共存在TT、TG、GG 3种基因型,TT基因平均速度高于GG和TG基因型平均速度,且TT基因型平均速度显著高于GG基因型平均速度(P<0.05)。【结论】在伊犁马MCT1基因第2外显子g.52168582T>G处TT基因型更有利于伊犁马2 000 m比赛速度。     

鸭色素合成相关基因TYR外显子1单核苷酸多态性及其与羽色性状相关性分析

【目的】旨在探究鸭羽色群体中TYR外显子1单核苷酸多态性与羽色性状的相关性。【方法】以樱桃谷鸭D系与连城白鸭杂交后代F1自群繁育得到的四个羽色群体为实验样本,对其进行采血提取DNA并记录羽色性状,扩增得到TYR基因外显子1序列,送至测序并分析其SNP位点分布与羽色性状的相关性。【结果】结果表明:鸭TYR基因外显子1长843 bp,编码281个氨基酸,核苷酸序列与鸡相似性为99%,A+T共417个碱基(49.46%),C+G共438个碱基(51.95%)。A+T含量与G+C含量大致相同;比对外显子1序列后发现,存在1个新发现的SNP位点(507 T→C),属无义突变,该位点存在3种基因型(TT CT CC);通过卡方标准检验,表明基因型分布在各个羽色群体中分布差异不显著;得到羽色性状分布与C基因频率(P=0.07)、CC基因型频率的相关系数(P=0.055),可知羽色性状分布与C基因型频率存在一致性,但不显著。【结论】TYR可能并非控制羽色的主效基因,但它和羽色存在相关性。     

秦川牛CS-1 基因SNPs 检测及其与胴体、肉质性状相关性研究

研究[目的]检测秦川牛CS-1基因的单核苷酸多态性(SNPs),并将其与秦川牛胴体和肉质性状进行关联分析.[方法]采用PCR-SSCP方法对485头秦川牛CS-1基因第3外显子进行多态性检测,分析其与部分胴体、肉质性状的关系:[结果]在CS-1基因第3外显子191碱基处发现C→A突变,201碱基处发现C→T突变.检测到A和C两个等住基因,其基因频率分别位0.1381和0.8619.方差分析结果表明:胴体性状方面,AC型个体背部皮下脂肪厚显著高于CC型个体(P＜0.05);在肉质性状方面,AC型个体的大理石花纹显著高于CC型个体(P＜0.05),AA型和AC型个体的嫩度要显著优于CC型个体(P＜0.05);其余性状差异不显著;[结论]揭示可以用该多态性位点(CS-1 Exon3)对秦川牛的胴体性状和肉质性状进行标记辅助选择.