3种分子标记分析罗非鱼选育群体 的多态性效率比较

应用RAPD、AFLP、SSR等3种分子标记,对吉富品系尼罗罗非鱼选育群体的多态性进行了分析.在40条RAPD引物、19对SSR引物、64对AFLP引物中,具有多态性、重复性好的引物分别为17条、19对和8对,扩增出多态性条带数分别为35、92、181条.结果表明,RAPD、AFLP、SSR多态性条带比例分别为20.35％、79.64％和58.77％,平均每个(对)多态性引物可以扩增出多态性片段数目分别为2.06、4.84和22.63.说明SSR和AFLP是研究吉富罗非鱼选育群体更为有效的分子标记.     

分子标记技术在我国甘蓝型油菜资源遗传多样性研究中的应用进展

概括了常用分子标记RFLP、AFLP、RAPD、SSR和新型分子标记SRAP、EST在甘蓝型油菜遗传多样性研究中的应用。     

RAPD和AFLP在分析尼罗罗非鱼遗传多样性研究中的应用比较

比较了RAPD和AFLP标记技术在尼罗罗非鱼遗传多样性研究中的应用。共筛选20个RAPD引物和7个AFLP引物组合,检测到AFLP标记的有效等位基因数和平均多态信息量稍低于RAPD标记,但AFLP标记的多态性检测效率显著高于RAPD标记。两种分子标记所得遗传相似系数接近。结果表明:AFLP和RAPD适宜于基因组DNA检测,但AFLP优于RAPD。     

家蚕RAPD、AFLP和SSR标记的研究及比较分析

 【目的】探讨RAPD、AFLP和SSR标记系统在家蚕遗传学研究中各自适用领域，为其在种质资源研究中选择适合的分子标记系统提供参考。【方法】利用RAPD、AFLP和SSR 3种分子标记方法研究了15个家蚕品种的遗传多样性指数，同时对3种标记系统进行了比较分析。【结果】SSR标记位点的期望异质性（He）最大（0.40），AFLP标记位点的He最小（0.25），但AFLP有最高标记指数（MI，15.60）和最高的多态性检测效率（Ai，74.75）。【结论】SSR比AFLP和RAPD的信息含量高，使得它最适合用于种质资源的遗传多样性分析；AFLP的检测效率高即能够在1次PCR扩增反应中检测到最多的DNA带型，非常适合于种质鉴定与保护和构建连锁遗传图谱。     

甘蔗分离群体的构建和评价

分离群体是甘蔗基因发掘的重要前提条件,开展甘蔗分离群体数量性状及分子标记数据的评价研究,为甘蔗遗传连锁图谱构建和数量性状基因定位及遗传育种提供依据。对甘蔗杂合商业品种与野生种割手密远缘杂交的F1群体(Co419×Y75/1/2)的产量性状(有效茎数、单茎重、株高、茎径、公顷产量)和糖分性状(蔗汁糖度、锤度、商业糖分)的频率分布、变异系数进行分析评价;同时对12对AFLP引物和36对SSR引物获得的505个分离标记进行χ2检测。研究结果表明,F1群体的产量和糖分性状符合正态分布,变异丰富,并表现为明显的超亲分离,属于多基因控制的数量性状。AFLP和SSR标记的分离比例检测表明,群体单双剂量标记的检出比例为52%,共获得179个单剂量标记和82个双剂量标记,其中有24对AFLP和SSR引物的单双剂量标记检出比例大于50%,属于比较有效的PCR引物。通过本研究,确认了该群体适合开展遗传连锁作图和数量性状基因定位研究;同时单双剂量标记的获得和高效引物的筛选都将为后续遗传学研究奠定基础条件。     

遗传标记的研究进展和应用

系统介绍了遗传标记-形态学标记到分子遗传标记的发展过程，着重介绍了分子标记RFLP、RAPD、AFLP、SSR、SNP及其研究进展与应用．     

分子标记在作物遗传育种中的应用

分子标记已被广泛用于作物分子连锁遗传图谱的构建、遗传多样性、基因定位、外源导入基因的检测等研究。以RFLP、RAPD、AFLP和SSR为主的分子标记各具特色,克服了传统遗传标记的缺陷,在分子标记辅助育种中已得到广泛的应用。     

甘蓝型油菜细胞质雄性不育恢复基因的分子标记及定位

以甘蓝型油菜恢复系CP015和不育系77A构建的F2群体为供试材料,运用RAPD,SSR和AFLP 3种标记技术,对甘蓝型油菜恢复基因进行分子标记和图谱定位。在260条RAPD引物、185对SSR引物、58对AFLP引物中,在两亲本间筛选多态性高的RAPD引物121条,SSR引物128对,AFLP引物组合26对,进一步通过BSA法筛选,获得了与甘蓝型油菜恢复基因Rf连锁的1个RAPD标记S1009-750和1个AFLP标记E5M11-150,标记与基因Rf之间的遗传距离分别为4.9cM和8.6cM。     

褐牙鲆耐热相关分子标记筛选及遗传多样性分析

通过高温刺激(32℃)获得褐牙鲆的耐热群体和热敏感群体,利用扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)和微卫星技术筛选与褐牙鲆耐热性相关的分子标记,并分析了两个群体的遗传多样性。采用81对AFLP引物组合和42对微卫星引物进行耐热相关分子标记的筛选,结果表明:1个AFLP位点(A3)在热敏感群体中出现的频率显著高于耐热群体,与耐热性存在显著的负相关(P<0.01),相关系数达到-0.453;4个AFLP位点在耐热群体中出现的频率显著高于热敏感群体,与耐热性存在显著正相关性(P<0.01);微卫星引物Po25A和205TUF扩增出的位点S1和S2与耐热性存在显著负相关性(P<0.01),相关系数分别为-0.408和-0.398。群体遗传多样性分析表明耐热群体与热敏感群体的遗传变异水平较高,两个群体的遗传多样性水平相当。研究的结果不仅为褐牙鲆的耐高温选育提供技术支持,而且可以为鱼类抗逆性研究提供参考数据。研究亮点:利用AFLP和微卫星技术筛选褐牙鲆耐热相关的分子标记并分析其群体的遗传多样性。研究的结果不仅为褐牙鲆的耐高温品系选育提供技术支持,而且可以为鱼类抗逆性研究提供参考。     

橡胶树SSR-SRAP-AFLP标记遗传图谱构建

利用橡胶树GT1与IAN873杂交组合183株实生苗的F1代群体作为构图群体,利用SSR、SRAP、AFLP等3种分子标记对该群体进行遗传连锁分析,构建1张包括18个连锁群、372个标记位点的橡胶树分子遗传连锁图(LOD≥3),其中包括19个SSR标记、73个SRAP标记、280个AFLP标记,连锁图谱的总图距覆盖1 735.9 c M,所有标记间的平均图距为5.22 c M。在此连锁图谱上的标记区间为[8,46],所有连锁群长度区间为[55.3 c M,134.7 c M]。LG9连锁群包含标记最少为8个;LG1连锁群包含标记最多为46个;LG1的平均图距最小为2.80 c M;LG17的平均图距最大为7.92 c M。总图谱中存在图距大于20 c M的空隙为5个。     

分子标记技术在牡蛎遗传育种中应用研究进展

牡蛎是一种重要的经济双壳贝类,利用分子标记技术研究牡蛎的遗传多样性,对牡蛎的遗传育种具有重要意义.文章综述了几种常见的DNA标记技术如RFLP、RAPD、AFLP、微卫星、SNP和EST等在牡蛎遗传育种中的应用及其在牡蛎遗传多样性与遗传图谱构建等方面的研究进展,分析了分子标记技术在牡蛎遗传育种研究中存在的问题,提出今后应建立包括牡蛎品种的形态学和分子信息在内的种质库,研究牡蛎的遗传多样性,并应用分子标记技术标记一些特异性基因,进行牡蛎的遗传选育.     

DNA分子标记及其在木薯遗传育种中的应用

介绍了RFLP、RAPD、AFLP和SSR等4种常用的DNA分子标记技术,以及DNA分子标记技术在木薯育种中的应用,包括基因标记与定位、遗传图谱构建、QTL分析、标记辅助选择等,简要分析了分子标记在木薯辅助育种中存在的问题并对其应用前景进行了展望。     

分子标记在橡胶树研究中的进展

分子标记技术的不断发展为橡胶树研究及选育种提供了新途径。本文综述了RAPD、AFLP、SSR、EST—SSR、ILP等分子标记在橡胶树遗传多样性、种质资源鉴定、遗传图谱构建、基因和QTLs定位等方面的研究进展。     

中国西南地区甘薯主要育种亲本的遗传多样性及群体结构分析

【目的】探究中国西南地区主要甘薯育种亲本材料的遗传多样性和群体结构,为甘薯亲本材料的保存和利用、甘薯分子标记辅助选择提供参考依据。【方法】利用61个SSR分子标记、13个农艺性状和6个品质性状,对82份中国西南地区主要甘薯育种亲本材料进行遗传多样性分析。利用NTSYS-pc 2.10数据处理软件,分别根据SSR分子标记数据、品质性状、农艺性状计算82份亲本材料的Nei72遗传距离矩阵。利用Mega 6.06数据处理软件,计算82份材料基于SSR分子标记、品质性状、农艺性状的平均遗传距离。利用NTSYS-pc 2.10软件,对供试材料基于SSR标记、品质性状和农艺性状的遗传距离矩阵进行相关性分析。根据遗传距离矩阵,利用Mega6.06软件分别,对82份亲本材料进行基于品质性状的类平均法（unweighted pair group method with arithmetic mean,UPGMA）聚类分析、基于SSR分子标记的邻接法（Neighbor-Joining,NJ）聚类分析和基于农艺性状的类平均法（UPGMA）聚类分析。根据SSR分子标记数据,利用STRUCTURE 2.4对82份供试材料进行群体结构分析。【结果】61对SSR引物共检测出405条多态性谱带,其中,每对引物获得1-17条多态性谱带,平均每对引物检测出6.64条多态性谱带。82份亲本材料基于SSR分子标记、品质性状、农艺性状的Nei平均遗传距离分别为0.3499、0.2210和0.0270。基于SSR分子标记的邻接法（NJ）聚类分析将82份材料聚为7个类群。基于农艺性状、品质性状的类平均法（UPGMA）聚类分析均可将82份材料划分为一个较大的类群和三个较小的类群,但基于农艺性状和品质性状的聚类分析结果差异较大。基于SSR分子标记、品质性状和农艺性状的聚类分析均能将供试材料中来自不同地区的材料聚为同一类群,表明不同地理来源的供试材料间没有明显的遗传差异。遗传距离矩阵之间的相关性分析表明,基于SSR标记、品质和农艺性状的遗传距离矩阵间的相关性很小（r=0.0158）,品质性状与农艺性状间呈负相关（r=-0.0411）。群体结构分析表明,当K等于3时,ΔK说明82份材料可以划分为3个亚群。取得最大值,值其中53份（64.63%）供试材料的Q值大于或等于0.6,分属于3个亚群。29份材料（35.37%）划分为混合亚群。群体结构分析的亚群划分结果与SSR聚类分析结果有一定相似性。【结论】供试亲本材料基因组水平的遗传多样性较为丰富,品质性状有一定差异,农艺性状差异较小。单独利用某一种标记或性状对亲本材料进行衡量都不全面,建议结合分子标记和多种表型性状,进行深入的遗传多样性和群体结构分析。     

苦玄参育种材料遗传多样性SSR分析

[目的]探索苦玄参育种材料的遗传多样性及亲缘关系,为苦玄参育种资源的选择及遗传改良提供参考依据.[方法]利用SSR分子标记,分析12份苦玄参育种材料的基因多样性指数(Nei)、Shannon多态性信息指数(Ⅰ)、多态性百分率(P)及各材料间的遗传距离,并基于遗传距离对其进行聚类分析,以明确该育种材料的遗传多样性和亲缘关系.[结果]17对SSR引物共扩增出73个等位基因,平均每对引物4.3个.各引物间P变化范围为8.33%~100.00%,平均60.78%;多态信息量(pIC)变化范围为0.0767~0.7598,平均0.5184.供试材料遗传多样性的平均Nei=0.3002、I=0.4162、P=59.81%,其中xyj01、xyj06和ytL09种质Nei、I和P最高,分别为0.3529、0.4893和70.59%;Lxj 12种质Nei、I和P最低,分别为0.2059、0.2854及41.18%.ytl09和zgb03 2份种质间遗传距离最近,仅0.0929.基于遗传距离的聚类分析结果表明,在遗传距离0.4084处可将12份种质分成4个群体,其中wzhjx07、lxj09和xyj01自成一群,其余归为一群.Lxjl2与zgb04、ytll 1与wzhjx09、ytl09与zgb03、wzhjxl2与xyj06和wzhzp22间分别拥有较近的亲缘关系.[结论]供试12份苦玄参种质材料间存在一定的遗传差异,作为育种亲本具有一定的选择价值.     

分子标记及其在玉米研究中的应用

分子标记技术的快速发展推动了玉米研究的发展。概述了各种常用分子标记AFLP、RAPD、RFLP、SSR、SNP的原理、特点,以及近年来分子标记技术在玉米遗传多样性分析、杂种优势群划分、分子标记辅助选择育种、QTL定位研究及品种鉴定中的应用。     

分子标记及其在植物育种中的应用

本文介绍了限制性片断长度多态性（ＲＦＬＰ）、随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）、扩增片断长度多态性（ＡＦＬＰ）、简单重复序列（ＳＳＲ）、染色体原位杂交（ＩＳＨ）分子标记的基本原理、特点及其在植物育种中的应用。在植物育种中分子标记可用于绘制品种、品系的ＤＮＡ指纹图谱、种质资源遗传多样性的研究、种质资源的创新与鉴定、分子标记辅助选择。     

SSR标记应用于烟草品种遗传多样性研究

SSR标记是进行植物遗传多样性研究的理想技术。研究应用2007年Bindler等[14]公布的的烟草SSR标记分析了13个云南省烟草主栽品种的遗传多样性。通过对92对分布于烟草24个连锁群的SSR标记引物筛选,发现20对在这些品种之间存在多态性。20个SSR位点上共检测到52个等位基因,平均每对引物等位基因数为2.6个。根据SSR标记多态性计算了不同品种之间的遗传距离(GD),13个品种之间遗传距离介于0.0090～0.4286之间,平均距离为0.2237,说明品种间遗传差异较小。SSR标记技术将在烟草的基因标记定位及分子辅助育种中发挥重要的作用。     

The power of microsatellite markers and AFLPs in revealing the genetic diversity of Hashemi aromatic rice from Iran

Hashemi, a popular aromatic rice among Iranians, is famous for its fragrance and taste. Such features are major reasons for its higher price compared to non-aromatic varieties available in Iran. Therefore, the knowledge of genetic diversity of this profitable crop is a fundamental ineterst for plant breeders in future breeding programs. In the present research, genetic diversity among 35 genotypes of Hashemi aromatic rice(Oryza sativa L.) from Guilan and Mazandaran provinces of Iran was estimated using simple sequence repeat(SSR) and amplified fragment length polymorphism(AFLP) markers. Out of 21 SSR and 12 Eco RI-Mse I AFLP marker combinations, only 16 SSRs and 10 AFLPs exhibited polymorphic patterns while others were monomorphic. The 10 AFLP primer combinations produced a total of 142 of bands and 20 were polymorphic(14.08%). Moreover, 40 out of 47 bands amplified with 16 SSR markers showed polymorphism(85.1%). The average number of alleles identified by SSR primers was 2.56 alleles per locus with a range of 2 to 4. The average value of polymorphic information content(PIC) was 0.393 and 0.468 for AFLP and SSR markers, respectively. However, the genetic similarity values ranged from 0.26 to 1 for SSRs and 0.21 to 1 for AFLPs. Later, a unweighted pair group method with arithmetic mean(UPGMA) dendrogram was generated and genotypes were clustered into four groups with SSRs at similarity coefficient of 0.55 while AFLPs clustered them into six groups at similarity coefficient of 0.41. Cluster analysis revealed a narrow genetic diversity and low correlation between geographical differentiation and genetic distance within cultivars.