西藏牦牛mtDNA COⅢ序列测定及系统进化关系

[目的]探讨西藏牦牛的遗传多样性和类群间的系统进化关系,为西藏牦牛遗传资源的合理保护和利用提供理论依据.[方法]对11个西藏牦牛类群111个个体的mtDNA COⅢ的全序列进行测定,用多种生物信息学软件分析牦牛类群的遗传多样性和它们间的亲缘关系及分类.[结果]①西藏11个牦牛类群的mtDNA COⅢ全序列长度均为781 bp,基因间没有内含子,共编码260个氨基酸,启始密码子AUG(ATG),含一个游离碱基.4种核苷酸的平均比例分别为29.2％(T)、29.4％(C)、26.1％(A)和15.2％(G),有一定的偏倚性.②发现西藏牦牛的mtDNA COⅢ共有18种单倍型,11个牦牛类群的单倍型多样性值在0.378-0.844.表明,西藏牦牛具有较丰富的mtDNA COⅢ遗传多样性.⑦在mtDNA COⅢ的20种氨基酸组成中,亮氨酸平均含量最多,为11.92％,赖氨酸和半胱氨酸平均含量最少,为0.77％.碱性氨基酸、酸性氨基酸、亲水性氨基酸和疏水性氨基酸的含量分别为11.15％、4.62％、29.61％和54.61％.④从mtDNACOⅢ来看,西藏11个牦牛类群可分为3大类,即帕里牦牛(PL)系、巴青牦牛(BQ)系、斯布牦牛(SB)系,[结论]西藏牦牛有丰富的遗传多样性,可分为3大类;结果支持将牦牛划分为牛亚科中一个独立属(牦牛属,Poephagus)的观点.     

西藏牦牛mtDNA COⅡ基因序列特征及系统进化分析

为了探讨西藏牦牛的遗传多样性和类群间的系统进化关系以及为西藏牦牛资源的合理保护和利用提供理论依据。对17个西藏牦牛类群170个个体的mtDNA COⅡ全序列进行测序,用MEGA5.0、DNASP5.0等软件分析核苷酸组成、单倍型多样性和核苷酸多样性。通过Kimura-2-Parameter双参数模型和邻近法(NJ)构建系统进化树等方法分析不同牦牛类群的亲缘关系和分类。结果表明:西藏17个牦牛类群的mtDNA COⅡ全序列长度均为684bp,无内含子,共编码227个氨基酸。T、C、A和G 4种核苷酸平均比例分别为28.5%(27.3%~28.8%)、22.7%(22.1%~23.8%)、34.3%(34.1%~34.6%)和14.5%(14.3%~14.6%);G+C平均含量为37.2%,A+T平均含量为62.8%,存在明显的碱基偏倚性。17个西藏牦牛类群的mtDNA COⅡ共有10种单倍型,单倍型多样性值为0~0.844,平均单倍型多样性和核苷酸多样性值分别为0.551、0.008 57,表明西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性。西藏牦牛细胞色素c氧化酶亚基Ⅱ中亮氨酸平均含量最多(14.97%),半胱氨酸的平均含量最少(0.88%)。碱性氨基酸、酸性氨基酸的含量分别为8.36%、11%;亲水性氨基酸、疏水性氨基酸分别为50.22%、49.77%。从mtDNA COⅡ来看,西藏17个牦牛类群可分为4大类,即错那牦牛(CN)、仲巴牦牛(ZB)、嘉黎(JL)牦牛、斯布牦牛(SB)、江达牦牛(JD)、工布江达牦牛(GB)、丁青牦牛(DQ)、康布牦牛(KB)、日多牦牛(RD)、巴青牦牛(BQ)为一类,桑日牦牛(SR)、聂荣牦牛(NR)、隆子牦牛(LZ)、帕里牦牛(PL)、申扎牦牛(SZ)为一类,桑桑(SS)牦牛和类乌齐(LWQ)牦牛单独各成一类。     

牦牛品种的遗传多样性及其分类研究

 【目的】对中国部分牦牛品种即麦洼牦牛、九龙牦牛、大通牦牛、天祝白牦牛的遗传多样性及其分类进行研究，从而揭示其遗传多样性程度和进行较为合理的类型划分。【方法】用9个微卫星标记对上述牦牛品种的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标进行统计分析，并在此基础上对其进行合理的聚类分析和分类研究。【结果】（1）9个微卫星标记在所检测的牦牛群体中都表现出较丰富的多态性，均为高度多态位点。每个微卫星标记平均检测到6.8个等位基因（5～9）；9个微卫星标记的平均多态信息含量（PIC）为0.6534（0.5037～0.7351），各群体的平均多态信息含量（PIC）差异不显著；全部群体平均杂合度为0.6625，麦洼牦牛（若尔盖群体）平均杂合度最高，为0.6883，而九龙牦牛杂合度最低，为0.6317；各群体平均有效等位基因数为3.2680（3.189～3.4478），其中九龙牦牛最少。这显示牦牛群体的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标有较好的一致性，说明牦牛品种间和品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性。（2）通过各指标的分析可以看出，九龙牦牛与其它牦牛品种的差异比较大，遗传距离和聚类分析结果也表明了这一差异。在遗传距离中九龙牦牛和麦洼牦牛（红原群体）的遗传距离最大，为1.506；麦洼牦牛两个群体之间的遗传距离最小，为1.062。5个牦牛群体被聚为两大类，九龙牦牛单独成一大类，其他牦牛品种聚为一类。麦洼牦牛的两个群体在较近的水平上首先聚在一起，大通牦牛和天祝白牦牛在稍远的距离处聚在一起。该聚类结果与各牦牛品种的地理分布、所处生态条件、育成史及其分化的实际情况是一致的,也同蔡立等的分类结果相同。【结论】（1）中国牦牛品种间和品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性；（2）本研究中的5个牦牛群体聚为两大类，与蔡立等将中国牦牛划分为横断高山型和青藏高原型的结果基本一致，说明中国牦牛分为两个类型是合理的。     

基于EST-SSR的广东与广西茶树资源遗传结构和遗传分化比较分析

 【目的】通过揭示茶树资源遗传多样性、遗传结构和遗传分化关系,为资源的有效保护和充分利用提供理论依据。【方法】利用109对核心EST-SSR标记对广东、广西的105份茶树核心资源进行遗传多样性和遗传分化比较分析;同时对广东和广西资源组群间、组群内白毛茶和茶种群间、种群内进行AMOVA分子方差分析,进一步剖析遗传结构,并绘制群体遗传结构图。【结果】109对核心EST-SSR标记共检测到435个等位基因,平均等位基因（NA）3.99个,平均有效等位基因（NE）为2.12,平均Nei's基因多样性（H）为0.59,平均观测杂合度（Ho）为0.32,平均期望杂合度（He）为0.46,平均多态性信息含量（PIC）为0.56。广东茶树资源遗传多样性的上述6个参数均小于广西茶树资源。广东白毛茶NA和H低于广东茶,NE、He、Ho和PIC与茶较为接近;广西白毛茶NA大于广西茶,但是NE、He和H低于茶。F-统计量分析表明白毛茶与茶种群内近交系数（Fis）、种群间近交系数（Fit）和种群遗传分化（Fst）都较低,基因流（Nm）都较高。广东白毛茶与广西白毛茶Fst为0.04,基因交流相对较低为6.26。AMOVA分析显示组群间遗传变异为3.09%,组群内种群间遗传变异为2.22%,种群内遗传变异为94.69%。群体遗传结构显示105份茶树资源可分为3个类群,类群Ⅰ由6份选育品种组成;类群Ⅱ由43份广东资源和16份广西资源组成;类群Ⅲ包括广西36份和广东4份资源。【结论】广东茶树资源遗传多样性程度低于广西。广东白毛茶遗传多样性比广东茶丰富,种群遗传分化低,存在较频繁的基因交流。广东白毛茶遗传多样性低于广西白毛茶,遗传分化相对较高,基因流较低。AMOVA分析显示遗传变异主要分布于广东、广西茶树资源群体内。     

251份小麦种质资源的主要农艺与品质性状遗传多样性分析

【目的】对宁夏麦区小麦种质资源进行遗传多样性分析,筛选出优异种质资源,为拓宽宁夏小麦种质资源的遗传基础及挖掘育种骨干亲本提供基础材料。【方法】以来源于国内外的251份小麦种质资源为材料,对其主要农艺与品质性状进行变异、相关及聚类分析,并计算Shannon-Wiener遗传多样性指数（H'）和隶属函数值,对供试小麦种质资源进行综合评价。【结果】251份小麦种质的10个农艺性状变异系数为15.01%~37.01%,9个品质性状变异系数为2.05%~12.56%;农艺和品质性状的遗传多样性指数为2.17~2.30,平均为2.27。10个农艺性状间存在不同程度的相关性,9个品质性状间也存在不同程度的相关性。251份小麦种质分为六大类群,类群Ⅰ~Ⅵ包括材料数分别为35、40、53、55、40和28份,其中,类群Ⅰ的平均出粉率（69.58%）和容重（797.74 g/L）均最高;类群Ⅱ的平均穗长（10.00 cm）、结实数（18.18个）、穗粒数（54.07粒）、穗粒重（2.30 g）、吸水率（62.82%）和硬度指数（72.59）均最高;类群Ⅲ的平均株高最矮（73.53 cm）;类群Ⅳ的平均穗下茎长（41.94 cm）和湿面筋含量（33.95%）均最高,水分含量最低（11.76%）;类群Ⅴ的平均千粒重（40.92 g）、经济系数（0.43）和降落值（356.74 s）均最高;类群Ⅵ的平均分蘖数（4.96个）、小穗数（19.01个）、粗蛋白含量（16.10%）和沉降值（43.12 mL）均最高,表明各类群中含不同的优异性状。基于隶属函数值可把251份小麦种质资源分为163个等次,其中,黄-3、甘育4号、鉴076、M6445、宁春55号、陇春34号、ND646、宁春40号、济麦20号、陇春39号、宁春33号、郑麦1308、甘春24号、陇春29号、陇春23号、掖丰315和武春4号等17份种质排名前12名。【结论】251份小麦种质资源的农艺和品质性状变异较大,遗传多样性较丰富,其中综合评价优异的17份种质资源可用于宁夏小麦农艺与品质性状的遗传改良。     

云南地方小米辣资源评价及遗传多样性分析

【目的】为加强小米辣资源的研究利用。【方法】对调查收集的云南86份小米辣资源27个主要农艺性状进行评价及聚类分析。【结果】云南小米辣种质资源遗传多样性丰富,17个质量性状,叶色多样性指数最高为4.439,茎茸毛多样性指数最低为4.325;10个数量性状,单株果数变异系数最大为45.12%,果肉厚最小为13.80%;基于各种质之间的遗传差异,把86份小米辣种质聚类划分为6大类群:第Ⅰ类群32份材料,占37.21%;第Ⅱ类群16份材料,占18.60%;第Ⅲ类群28份材料,占32.56%;第Ⅳ类群6份材料,占6.98%;第Ⅴ类群2份材料,占2.33%;第Ⅵ类群2份材料,占2.33%。前6个主成分贡献率累计达88.76%,第一、二、三、四主成分分别反映产量构成因子、株型、果实性状、熟性。【结论】云南小米辣地方种质资源间变异较大,遗传多样性丰富。     

基于SSR标记的中国绿豆种质资源遗传多样性研究

【目的】分析中国栽培绿豆种质资源的遗传多样性、亲缘关系和遗传分化,为资源的有效利用、新基因的挖掘和新品种选育奠定基础。【方法】利用40对SSR引物对18个不同地理来源（共272份种质）的绿豆群体进行遗传多样性分析。【结果】共检测到125个等位基因,平均等位基因数（NA）为3.1个,平均有效等位基因数（NE）为1.8个,平均Nei’s基因多样性（H）为0.4233,平均多态性信息含量(PIC)为0.3497,平均期望杂合度（He）为0.4241,平均Shannon信息指数（I）为0.6754,比较发现,河北、山东和安徽是绿豆资源遗传变异较为丰富的地区;平均观测杂合度（Ho）为0.1001,种群内总近交系数（Fis）为0.6759,表明中国绿豆种质间存在一定程度地近交现象;18个参试群体整体水平上的基因流（Nm）值为0.6936,种群间遗传分化系数（Fst）为0.2649,遗传变异水平较高;基于Popgene软件的聚类结果可将272份参试个体聚为2大类,将18个参试群体分为3大类,群体间地理来源越近,亲缘关系也越近。【结论】中国绿豆种质资源遗传多样性较高;地理生态条件等对绿豆种质资源的遗传变异影响很大;群体间遗传分化较大,但同时也存在一定程度地近交现象。     

甜瓜皇后及其姊妹系和亲本材料的ISSR分析

【目的】分析皇后姊妹系及其亲本进行遗传多样性和遗传关系,为哈密瓜遗传改良提供依据。【方法】利用12份材料的ISSR标记结果,进行非加权成对群算数平均和主成分分析。【结果】皇后姊妹系及其亲本的Nei基因多样性指数为0.37,Shannon信息指数为0.55。12份材料的JC遗传相似系数在0.23~0.91之间,平均值为0.58,亲本金黄与其他供试材料的JC值平均为0.28。除亲本金黄外,所有亲本材料和大部分皇后姊妹系被聚在类群Ⅰ内,类群Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ分别只有一份材料,与类群Ⅰ具有一定的遗传距离。亲本金黄遗传差异显著,除皇后和皇后88系外其余姊妹系间遗传差异不明显,PCA分析结果与UPGMA聚类分析结果一致。【结论】皇后和皇后88系的遗传基础较宽,与选育亲本间具有一定的遗传距离,这两份材料仍可作为哈密瓜杂种优势育种的骨干亲本。     

利用产量功能基因标记分析三系杂交水稻亲本的遗传多样性

【目的】利用功能基因标记分析三系杂交稻亲本的遗传多样性。【方法】利用44个根据文献共同报道的QTL位点或者已经被精细定位或已克隆的与水稻产量性状基因紧密连锁的功能基因标记,以及29个覆盖水稻12条染色体的在三系杂交水稻亲本间多态性高、带型清晰、重复性好的SSR标记分析76个三系杂交水稻亲本的遗传多样性。按POPGEN32分析软件要求将PCR扩增产物的凝胶电泳结果数字化,将数字化的矩阵数据转换为基因型数据,在POPGEN32软件下计算等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、多态性位点百分率（P）、Nei’s遗传多样性指数（He）,用于评价所有亲本材料的基因多样性;计算遗传分化系数（Fst）、Nei遗传距离（D）,进行遗传结构和遗传关系检测。利用NTSYS-pc2.10e软件计算品种间遗传相似系数（GS）,并根据GS按非加权组平均法（UPGMA）进行聚类分析,绘制品种间遗传聚类树状图。【结果】44个功能基因标记中有37个标记具有多态性,多态性位点百分率（P）84.09%,共检测到86个等位基因位点,平均每个位点2.32个,变化范围2-4个;其中有效等位基因（Ne）62.95个,占73.2%,Nei’s遗传多样性指数（He）变幅为0.049-0.831,平均值0.585。76份材料间的遗传相似系数（GS）变幅为0.323-0.973,平均值0.650。聚类分析表明在遗传相似系数0.618处分为保持系和恢复系两类。保持系和恢复系间的遗传分化系数（Fst）为0.151,属高度遗传分化,Nei遗传距离（GD）0.185,类群内遗传距离相对较小,类群间遗传距离相对较大。29个SSR标记共检测到72个等位基因位点,平均每个位点2.48个,变化范围2-4个;聚类分析表明未能将保持系和恢复系分为两类,部分保持系聚类在了恢复系群,部分恢复系聚类在了保持系群。【结论】相对于普通分子标记,功能基因标记具有较高的DNA多态性检测效率,用于类群划分和种质资源的多样性分析等方面更具准确性和可靠性;三系杂交稻亲本在44个产量功能基因位点的亲缘关系较近,遗传基础狭窄,同源性较高。但保持系群和恢复群系间在这些功能基因位点的遗传差异较大,遗传分化程度较高,杂交水稻骨干亲本在产量性状上仍具有较高的杂种优势利用空间。     

用SRAP标记分析中国甘蓝型油菜品种的遗传多样性和遗传基础

 【目的】探讨中国甘蓝型油菜遗传多样性和遗传基础。【方法】采用SRAP（sequence-related amplified polymorphism）标记对建国以来不同时期选育的130个品种进行分析。【结果】25个SRAP引物组合共扩增到509个谱带、123个多态性带；多态性带的比例为24%。每对引物组合的谱带数和多态性带数分别为20.4个和4.9个。在遗传距离为0.12处，将130个甘蓝型油菜品种（系）分为A、B、C、D 4个类群，其中78.5%的品种归入C类。C类又可在遗传距离0.10处分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ 5个亚群，又有58.5%的品种归入Ⅲ亚群。说明我国近60%的甘蓝型油菜品种遗传多样性较匮乏。遗传基础分析结果表明，20世纪80年代前育成的甘蓝型油菜品种的遗传基础最窄，80年代最宽，90年代略有下降。进入21世纪，品种间的遗传基础进一步下降。差异显著性测验结果表明，1991~2000年间与2000年以后育成的品种间的平均遗传距离差异不显著，80年代前育成品种与80年代育成的品种平均遗传距离间差异达到0.01显著水平，80年代与90年代育成的品种间遗传距离差异达到0.05的显著水平。我国育成的品种间的遗传距离与引进品种间的遗传距离差异达到0.01的极显著水平。【结论】SRAP标记是一种经济、有效和可靠的分子标记手段。     

藏绵羊DQA1基因多态性分析

 【目的】研究藏绵羊DQA1基因多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点、氨基酸多态位点及各等位基因间的遗传关系,同时分析其进化意义。【方法】采用PCR-SSCP方法检测了900只藏绵羊DQA1基因第2外显子多态性;克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,并分析序列数据。【结果】发现了17个DQA1的等位基因,包括缺失的1种基因,其中5个为发现的新等位基因。16个单倍型序列中发现56个核苷酸多态位点,27个氨基酸多态位点。【结论】藏绵羊DQA1基因第2外显子具有丰富的多态性,群体中可能蕴藏着更多的遗传资源;藏绵羊DQA1基因最初可能是由2个等位基因突变分化成两大类等位基因的;藏绵羊DQA1基因第2外显子序列与牛的DQA1基因第2外显子序列具有较高的同源性,预示绵羊和牛的DQA1基因最早可能来源于它们分歧以前的共同祖先原始序列;DQA1基因在与其相关的特定抗原刺激下发生的免疫应答反应在绵羊和牛上具有相似性;新等位基因C的139位发现了1个新的核苷酸突变位点（A/G）,属同义突变;5个新发现的DQA1等位基因遗传关系较近,可能由同一等位基因突变产生。     

紫色甘薯资源的形态学和ISSR荧光标记分析

【目的】分析紫色甘薯品种的遗传多样性,其遗传差异,为紫色甘薯遗传育种亲本选择提供理论依据。【方法】以引进的10份紫色甘薯为材料,利用形态学性状和ISSR 荧光标记毛细管电泳技术分析品种遗传多样性。【结果】基于20项形态学性状的聚类图,在欧式距离为9.97处,可分为两大类群,第一大类为宁紫1号、山东紫薯、渝紫2号、徐紫8号、越南紫薯 ;第二大类为鄂12、宁紫4号、渝紫3号、渝紫11、南紫018 。紫色甘薯种质资源的观测等位基因为(Na)为2个,平均有效等位基因数(Ne)为1.919 0,期望杂合度(He)为0.237 5,香农指数(I)为0.433 3,在遗传距离为0.96时,10份供试紫色甘薯材料可分为两大类。【结论】部分供试材料的ISSR标记聚类结果与形态学标记在遗传背景和类群划分上具有一致性,但是两种鉴定分类方法的聚类分析结果也存在一定差异。紫色甘薯种质材料遗传多样性丰富,将形态学及ISSR标记结合能有效提高品种间特异性的鉴定,更能客观、准确的确定种质资源的亲缘关系。     

宁强矮马线粒体DNA D-loop区的遗传多样性

【目的】研究宁强矮马线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）D-loop区的遗传多样性及其母系起源进化,为其遗传资源保护提供理论数据。【方法】采用PCR和测序技术分析12匹宁强矮马mtDNA D-loop区的600 bp核酸序列,并基于mtDNA D-loop区序列将宁强矮马和NCBI公布的其它马种进行系统树构建。【结果】宁强矮马群体存在9种单倍型,检测到34处SNP位点,占所分析位点总数的5.67%,各单倍型间的遗传距离为0.002—0.035,单倍型多样性为0.978±0.054,核苷酸多性为0.01988±0.00818。聚类分析表明宁强矮马分布在4个支系中,与胡克尔马、设特兰马、德保马、蒙古马和车巨马亲缘关系较近,与纯血马、云南马和韩国济州岛本土马的亲缘关系较远。【结论】宁强矮马具有比较丰富的遗传多样性,在进化的历史过程中受到其它马种的影响较大。     

福建大田茶树品种资源生化成分特征分析与评价

【目的】探明福建省大田县茶树品种资源生化成分特征,为其开发利用和茶树特异品种筛选提供科学依据。【方法】以24份大田茶树品种资源为试材,采用高效液相色谱法（HPLC）测定儿茶素组分,应用超高效液相色谱—质谱联用法（UHPLC-MS/MS）测定嘌呤生物碱组分及氨基酸组分,并进行描述性分析、主成分分析、聚类热图分析及特异资源筛选。【结果】24份大田茶树品种资源的儿茶素总量和表没食子儿茶素-3-O-（3-O-甲基）没食子酸酯（EGCG3 "Me）含量分别为60.00~251.75和2.92~22.90 mg/g,其遗传多样性指数分别为2.11和2.06;咖啡碱、苦茶碱和茶氨酸含量分别为3.69~68.71、0.29~48.59和0.28~39.52 mg/g,其遗传多样性指数分别为1.98、1.99和1.96。对主要品质成分进行主成分分析,前3个主成分的累积方差贡献率超过80.00%。基于儿茶素、嘌呤生物碱及氨基酸组分共30个生化成分,可将24份大田茶树品种资源分为3个类群,A类群氨基酸组分含量较高,B类群生化成分含量均表现较低,C类群的儿茶素组分及嘌呤生物碱组分含量较高,不同类群在表没食子儿茶素没食子酸酯（EGCG）、EGCG3" Me、咖啡碱、苦茶碱和茶氨酸含量等主要指标有明显差异。综合分析结果,筛选到16份儿茶素组分特异资源（高儿茶素10份,高EGCG 5份、高EGCG3 "Me 1份）、23份嘌呤生物碱组分特异资源（高嘌呤生物碱9份、高苦茶碱13份、高咖啡碱1份）及6份高茶氨酸茶树资源。【结论】大田茶树品种资源均含有EGCG3" Me和苦茶碱,儿茶素、嘌呤生物碱及氨基酸组分具有丰富的遗传多样性;通过系统的鉴定评价,筛选出一批生化成分特异资源,可作为茶树特异性状育种材料。     

新疆“老汉瓜”类甜瓜品种表型遗传多样性分析

【目的】 对新疆厚皮甜瓜中的“老汉瓜”类型(软肉质地)甜瓜表型进行遗传多样性和遗传关系进行分析,为研究该类甜瓜品种资源的评价、分类和品种选育提供理论依据。【方法】 以51份新疆栽培甜瓜(其中45份厚皮甜瓜,6份薄皮甜瓜为参照)为研究对象,对其17个质量性状和16个数量性状进行频率分布统计、多样性分析、变异统计、主成分分析以及聚类分析。【结果】 供试甜瓜品种的质量性状和数量性状平均多样性指数分别为1.06和1.91,果实的数量性状具有更丰富的多样性;33个表型性状可归纳为6个主成分,累计贡献率达74.01%;R语言软件聚类分析可将参试品种分为Ⅲ大类,类群Ⅰ主要为薄皮甜瓜类型,类群Ⅱ和Ⅲ均为厚皮甜瓜类型,但类群Ⅲ果型较大。【结论】 新疆“老汉瓜”类甜瓜品种资源遗传多样性较为丰富,以果实的数量性状最为突出,可分为大果形和小果形2种类型,果肉颜色、外观形状等质量性状多样性也较为丰富,具有新品种选育和改良的充分利用价值。     

基于线粒体DNA D-loop区的肉鸡品种遗传多样性和起源分析

【目的】探讨不同生长速度鸡品种（配套系）线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性和起源特性,为肉鸡品种选育和溯源提供理论依据。【方法】以不同生长速度的8个黄羽肉鸡配套系（中快速型5个、慢速型3个）、2个地方鸡种（固始鸡、藏鸡）、2个引进鸡种（隐性白羽鸡、安卡鸡）、1个白羽肉鸡（罗斯308）、817杂交肉鸡以及1个高产蛋鸡配套系（大午褐壳蛋鸡）共计15个鸡种为研究对象,采集血液提取DNA后进行PCR扩增,对15个鸡种共683个个体mtDNA D-loop区全序列进行测序,使用DnaSP 5.10软件分析各个鸡种遗传多样性和单倍型特点,使用MEGA 4.0软件计算种间遗传距离,构建不同单倍型与红色原鸡之间NJ系统发育树,分析起源和亲缘关系。【结果】15个鸡种线粒体D-loop区全序列大小为1 231—1 232bp,序列长度为1 231 bp的个体在859 bp处存在C碱基缺失。683个个体共检测到45个变异位点,组合为53个单倍型,可以分为A、B、C和E共4个单倍型群,其中中快速型肉鸡、817杂交肉鸡以及高产蛋鸡均是E单倍型为优势单倍型（≥48.89%）;慢速型黄羽肉鸡中鸿光黑鸡优势单倍型为B单倍型,京海黄鸡优势单倍型为A单倍型,雪山鸡4种单倍型相对均衡,3个慢速型黄羽肉鸡配套系E单倍型比例≤38.46%;地方鸡种中固始鸡的单倍型为A和C型,藏鸡的单倍型为A和B型。15个鸡种单倍型多样度（Hd）分布在0.496—0.853,核苷酸多样度（Pi）分布在0.00146—0.00673,遗传多样性相对丰富的品种（配套系）是新兴矮脚黄鸡、雪山鸡、京海黄鸡和罗斯308;遗传多样性程度相对较低的品种（配套系）是藏鸡、高产蛋鸡、安卡鸡、新兴麻鸡4号和墟岗黄鸡1号。15个鸡种Kiumura双参数距离范围为0.0016—0.0113,其中罗斯308种内遗传距离最大,而817杂交肉鸡和高产蛋鸡的种内遗传距离最小;种间遗传距离最大为高产蛋鸡与藏鸡之间,最小为高产蛋鸡与817杂交肉鸡之间;中快速型黄羽肉鸡配套系相互之间遗传距离相对较小,而与慢速型黄羽肉鸡配套系以及地方鸡种之间遗传距离相对较大;京海黄鸡和鸿光黑鸡均是与藏鸡遗传距离最小。聚类分析显示,A、B单倍型群与红色原鸡滇南亚种交叉聚为一枝;E单倍型与红色原鸡印度亚种交叉聚为一枝;C单倍型群与红色原鸡印度亚种、滇南亚种、指名亚种以及印尼亚种交叉聚为一枝。【结论】不同生长速度鸡种之间线粒体D-loop区遗传多样性程度差异较大;E单倍型与肉鸡生长速度具有较强的相关性,中快速型群体均以E单倍型为优势单倍型,而慢速型群体E单倍型比例均低于40%;我国家鸡群体具有多个红色原鸡母系起源,显示其在中性选择下被驯化。研究结果为肉鸡品种选育和溯源以及资源化开发利用提供了理论依据。     

中国苦荞SSR分子标记体系构建及其在遗传多样性分析中的应用

【目的】从分子水平优化并构建用于中国苦荞种质资源遗传多样性分析的SSR分子标记体系,为综合评价中国苦荞种质资源提供依据。【方法】以50份苦荞种质为试验材料,用正交设计法[L16(45)]筛选适用于苦荞SSR标记分析的PCR反应体系,浓度梯度检测最佳胶分离效果,并从250对不同科属作物SSR引物中筛选出19对引物进行苦荞遗传多样性分析。【结果】优化的苦荞SSR反应体系为DNA模板30 ng,Taq酶2.0 U•L-1,dNTP、引物和Mg2+终浓度分别为150 μmol•L-1、0.1 μmol•L-1、2.0 mmol•L-1,总体积为25 μL,6%聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。SSR引物筛选率为7.6%,蓼科同属甜荞的SSR引物适用于苦荞SSR扩增。19对引物共检测到157个等位变异,每对SSR引物检测到的等位变异2-11个,平均等位变异（NA）7.42个,平均多态性信息量（PIC）0.888,平均鉴定力（DP）5.684,2对为SSR骨干引物。利用Popgen Ver.1.31软件,当遗传相似度（GS）为0.578时,50份苦荞材料被分为5个组群,聚类结果与苦荞地理分布相关性不大。四川苦荞资源组群各遗传多样性参数均最高,该区域苦荞种质资源多样性最丰富。利用骨干引物可鉴定部分近缘苦荞品种。【结论】构建的SSR分子标记体系适用于中国苦荞种质资源遗传多样性分析,甜荞SSR引物可用于苦荞SSR标记分析,TBP5和Fes2695为苦荞SSR骨干引物,50份苦荞材料遗传多样性丰富,可划分为5个组群。     

亚麻品种主要农艺性状遗传多样性分析

[目的]了解亚麻的遗传多样性,有助于种质资源的搜集、管理和利用,有利于对核心种质进行研究.[方法]选择来自不同地区的66份亚麻种质资源,对其株高、蒴果数和千粒重等7个主要农艺性状进行遗传多样性和聚类分析.[结果]遗传多样性指数最高的为分枝数;性状变异系数最大的是株粒重,其后依次为蒴果数和分枝数,最小的为株高.通过聚类分析,把66个品种(系)划分为4类,第Ⅰ大类群可以作为高产、抗倒伏等育种目标选育的杂交亲本;第Ⅱ和第Ⅲ类株高和枝下长均较大,可以作为高秆纤维用亚麻的育种目标的亲本,但由于第Ⅲ类株粒重和蒴果数均较差,做亲本时应慎重;第Ⅳ类可以作为矮秆、大粒亚麻育种目标选育的杂交亲本.[结论]亚麻各性状的遗传多样性指数均较大,遗传资源丰富.     

广西普通野生稻的遗传多样性及分布特征

 【目的】对广西境内普通野生稻居群遗传多样性进行研究,明确广西普通野生稻遗传多样性分布与地理特征的关系。【方法】利用36对分布于水稻12条染色体上的微卫星引物对来自广西14个区域（县级行政区域）的27个居群690份普通野生稻材料进行遗传多样性分析。【结果】所有个体平均等位基因数A=9.86,有效等位基因数Ae=5.05,总遗传多样度Ht=0.74,基因分化系数Gst=0.49,说明广西普通野生稻遗传多样性丰富,且居群内与居群间的多样性对总遗传多样性的贡献相当。通过不同区域遗传多样性检测和聚类分析,在遗传一致度为0.5处可把广西普通野生稻分为3个类群。【结论】结合广西的地形及野生稻居群的分布情况,3个类群的形成与山脉的阻隔、水系的分布以及地质结构等影响基因传播途径的特征关系密切。     

苎麻自交无性繁殖系遗传关系的ISSR分析

 【目的】通过ISSR分子标记研究苎麻自交无性繁殖系资源之间的遗传关系,为育种及科学合理保存和利用现有种质资源提供理论依据和技术支持。【方法】利用ISSR分子标记对40份自交无性繁殖系（8份来自巴西,32份来自中国5个主产省）进行遗传关系分析。【结果】30条ISSR引物对40份材料的DNA模板进行扩增和电泳检测,扩增总条带数为116条,多态性达78.45％,Nei's平均遗传距离为0.2405,平均Shannon指数为0.3679,每条引物扩增2—10条条带。根据材料的地理位置来源,将40份自交无性繁殖系分为6个类群,多态位点百分率（pp）在23.28%—67.24%。Nei's遗传距离在0.0964—0.2285,Shannon指数在0.1408—0.3310。第一、第二、第三主成分的贡献率分别为72.67%、5.36%和2.11%,累计贡献率为80.15%。【结论】主成分分析与采用ISSR标记进行聚类的结果十分一致,利用ISSR标记技术可较准确地分析苎麻自交无性繁殖系的遗传多样性及亲缘关系。