艾纳香遗传多样性的SRAP和AFLP对比分析

[目的]分析艾纳香的遗传多样性,为制定其保护策略提供参考依据.[方法]使用分子标记中常用的SRAP和AFLP分子标记对35份艾纳香资源的遗传多样性进行对比分析与评估.[结果]8对AFLP引物组合和27对SRAP引物组合分别扩增获得1360条AFLP多样性条带(多样性比率为99.48%)和265条SRAP多样性条带(多样性比率为97.78%);SRAP分子标记的有效信息位点指数(PIC)、有效多样性指数(EMR)和标记指数(MI)分别为0.4381、8.1000和4.3141,AFLP分子标记的PIC、EMR和MI分别为0.1773、198.0000和301.1348;基于AFLP多样性条带和SRAP多样性条带的遗传相似度对比分析结果表明,35份艾纳香样品的遗传相似度为0.4450~0.9179,两种分子标记的相关系数r=0.47;基于SRAP分子标记遗传相似系数,35份艾纳香样品可分为五大类群;而基于AELP分子标记遗传相似系数,35份艾纳香样品可分为四大类群.[结论]AFLP和SRAP分子标记均可用于艾纳香的遗传多样性分析,但AFLP分子标记分析的多样性位点多、分子标记特征指数高,更适合用于艾纳香的遗传多样性研究.     

花生优异种质的分子标记与遗传多样性分析

【目的】通过对花生遗传多样性的研究,为花生育种提供理论依据。【方法】运用ISSR和SRAP2种标记对24份重要花生种质资源的遗传多样性进行分析。【结果】32条ISSR引物中的13条引物共扩增出390条条带,其中多态性条带有293条,75.13%的条带可以揭示材料之间的遗传差异;252对SRAP引物中有229对引物为有效引物,共扩增出5827条可读的条带,其中多态性条带为3966条,平均每对引物可扩增17.32条条带。利用2种分子标记计算的相似系数的变化范围为0.60—0.80,将24份种质按系统聚类分析可以分为7组,按主坐标分析可以分为8组,从分子水平上解释了这些种质资源的遗传多样性水平和亲缘关系。【结论】ISSR和SRAP是非常有效、稳定和可靠的分子标记,可为花生育种的亲本利用及遗传连锁图的构建提供重要的科学依据。     

高邮鸭青色蛋壳性状荧光AFLP标记的建立

应用荧光扩增片段长度多态性（AFLP）标记技术对高邮鸭4个高度纯合的分离体分组混合家系蛋壳颜色性状进行了遗传多样性分析。在高邮鸭分离体分组混合家系AFLP指纹研究中,对AFLP技术中选择性扩增中的引物使用荧光标记代替同位素标记,并对AFLP反应进行了优化。在AFLP分析中,共采用了64个EcoRI／MseI引物组合,每个引物组合扩增出的条带数在40条以上。结果表明：从这64个引物组合中筛选到1个引物组合E-ACT／M—CTC,能同时将供试的4个分离体分组混合家系分开,从而可用于早期青壳性状的鉴定。     

核桃(Juglans regia)SRAP标记反应体系建立的研究

以核桃早实优系“绿园”和晚实优系“绿丰”及其F1杂交后代为试材,对核桃SRAP标记反应体系及SRAP标记在核桃中的多态性进行了研究。Mg2 是影响SRAP-PCR反应的重要因子,当Mg2 浓度为2.5mmol/L时,能得到较好的扩增效果。利用11对引物组合对两亲本及其杂交后代进行了SRAP-PCR扩增,以引物组合Em10-Me4多态性最高,在154个杂交后代单株中,扩增出1509条DNA条带,其中多态性条带为824条,多态性比率达54.6%。结果表明,SRAP标记可广泛应用于核桃的遗传多样性分析、种质鉴定、遗传连锁图谱的构建等方面的研究。     

白及种质资源遗传多样性分析

  目的  采用简单重复序列间扩增(ISSR)和相关序列扩增多态性(SRAP)等2种标记技术分析不同种源白及Bletilla striata样本的遗传多样性水平和遗传关系,为白及种质的鉴定、分类、保护和开发提供理论依据。  方法  从100个ISSR引物和238对SRAP引物组合中筛选出多态性高、扩增条带清晰、重复性好的引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,用Popgene 32.0计算来自浙江、云南、贵州和四川等省32个不同种源白及的遗传多样性参数和遗传距离,用NTSYS-pc 2.10e进行聚类分析。  结果  从100个ISSR引物中筛选出11个多态性较好的引物,共扩增出188个条带,平均每个引物扩增出17.09个条带,其中多态性位点174个,占总扩增片段的92.20%;从238对SRAP引物组合中筛选出11对多态性较好的引物组合,共扩增出216个条带,平均每个引物扩增出19.64个条带,其中多态性位点202个,占总扩增片段的93.52%。综合ISSR和SRAP的标记结果发现:四川白及种源的遗传多样性水平最高,贵州最低;非加权组平均法(UPGMA聚类)和主坐标分析(PCoA分析)结果显示:聚为一类的白及种源大多来自同一省份,云南省与四川省白及种源的遗传距离较近,浙江省和贵州省白及种源的遗传距离较近,说明遗传距离与地理距离存在一定的重合,但并不呈正相关。  结论  本研究所选白及种源间具有较高的遗传多样性,ISSR和SRAP标记技术均可有效揭示白及的遗传多样性和亲缘关系。图4表4参25     

苦瓜AFLP和SRAP的PCR反应体系优化及应用比较

【目的】优化苦瓜AFLP和SRAP的PCR反应体系,比较这两种分子标记在苦瓜应用中的优劣,为苦瓜突变体筛选提供参考。【方法】以8份苦瓜种质为材料,对AFLP和SRAP反应体系中各反应因素浓度进行筛选优化;分别选取5对条带清晰、重复性好的AFLP和SRAP引物对8份苦瓜材料进行扩增,比较其多态性。【结果】在AFLP反应体系中,在0～10倍稀释范围内,以连接产物稀释5倍时反应效果较好;将预扩产物稀释30倍进行选择性扩增为宜。在SRAP反应体系中,Mg2+浓度为2.5 mmol/L、dNTP浓度为0.2 mmol/L时,反应效果较好。多态性分析结果显示,5对AFLP引物共扩增出145条带,多态性条带有18条,多态性比率为12.41%;5对SRAP引物扩增条带数为109条,其中多态性条带数有9条,多态性比率为8.25%。【结论】AFLP和SRAP两种分子标记技术均可以很好反映苦瓜种质资源的遗传多样性,但AFLP扩增产物的平均多态性高于SRAP,能够比较稳定地筛选出差异条带。     

小白菜种质遗传多样性与亲缘关系的SRAP 和SSR 分析

利用SRAP和SSR标记对小白菜进行遗传多样性分析,从666对SRAP、160对SSR引物中筛选出59对多态性明显、条带清晰、稳定可靠的引物,对41份小白菜材料进行扩增,共扩增出519条带,平均每对引物扩增出6.2条,扩增出多态性条带数171条,多态性比例为32.9%。利用聚类软件进行分析,41份小白菜种间遗传距离在0.58~0.87之间,在遗传相似系数0.58处可将41份小白菜材料分为两大类。研究表明,小白菜品种具有丰富的遗传多样性,大多数小白菜种质资源之间的亲缘关系与其地理来源有较大的相关性。SRAP标记适用于分析种质的遗传距离,从种质资源保存的角度分析,SSR标记能够较全面地保证种质资源遗传多样性。     

苦瓜AFLP和SRAP的PCR反应体系优化及应用比较

【目的】优化苦瓜AFLP和SRAP的PCR反应体系,比较这两种分子标记在苦瓜应用中的优劣,为苦瓜突变体筛选提供参考。【方法】以8份苦瓜种质为材料,对AFLP和SRAP反应体系中各反应因素浓度进行筛选优化;分别选取5对条带清晰、重复性好的AFLP和SRAP引物对8份苦瓜材料进行扩增,比较其多态性。【结果】在AFLP反应体系中,在0-10倍稀释范围内,以连接产物稀释5倍时反应效果较好;将预扩产物稀释30倍进行选择性扩增为宜。在SRAP反应体系中,Mg^2＋浓度为2．5mmol／L、dNTP浓度为0．2mmol／L时,反应效果较好。多态性分析结果显示,5对AFLP引物共扩增出145条带,多态性条带有18条,多态性比率为12．41％;5对SRAP引物扩增条带数为109条,其中多态性条带数有9条,多态性比率为8．25％。【结论】AFLP和SRAP两种分子标记技术均可以很好反映苦瓜种质资源的遗传多样性,但AFLP扩增产物的平均多态性高于SRAP,能够比较稳定地筛选出差异条带。     

AFLP荧光标记和银染技术的比较分析

为了建立准确、高效、实用的AFLP体系和方法,采用改进的CTAB-DNA提取方法从披碱草的嫩叶中提取降解少、样品纯度高、蛋白去除干净、不含PCR反应抑制剂及其他酶反应抑制剂的总DNA.选取3对引物扩增,采用AFLP荧光标记和银染法对披碱草全基因组多态性进行了分析,其中荧光标记法得到231条条带,银染法得到75条条带,平均每条引物荧光标记技术比银染法多得到52条条带,多态比率是银染法的1.8倍.据此认为荧光标记法检测效果较为理想,适于进行披碱草遗传多样性的分析和研究.     

部分竹类植物遗传变异的AFLP,ISSR和SRAP分析

采用AFLP和ISSR分子标记技术对簕竹属4个竹种的12个变异类型的遗传变异进行分析,用12对AFLP引物和10个ISSR引物分别扩增出501、171个位点,多态位点百分率分别为73.6%(367)、78.8%(137)。2种标记均揭示簕竹属4个竹种间存在较大的遗传变异,但同一竹种不同变异类型间的遗传差异极小。利用AFLP,ISSR和SRAP分子标记分析了刚竹属和矢竹属4个竹种的12个变异变型的遗传变异,也得到了类似结果。     

利用ISSR与SRAP分子标记分析金线莲种质资源遗传多样性

  目的  研究浙江与福建等地引种、杂交与野生的金线莲Anoectochilus roxburghii样品间遗传多样性和亲缘关系,为金线莲种质资源鉴定及优良新品种(系)选育提供科学依据。  方法  以48份新鲜金线莲叶片为材料,分别采用简单重复序列扩增多态性(ISSR)与序列相关扩增多态性(SRAP)分子标记技术,各挑选11条(对)多态性好、扩增条带清晰的引物。经琼脂糖凝胶电泳成像后,统计其扩增条带数,运用NTSYS-PC 2.1和POPGENE 32软件进行非加权组平均法(UPGMA)聚类分析。  结果  ISSR分子标记技术共扩增出86条条带,其中多态性条带84条,多态位点百分率为97.67%;SRAP分子标记技术共扩增出88条条带,其中多态性条带86条,多态位点百分率为97.73%,ISSR和SRAP标记均表现出较高的多态性。不同样本间的遗传距离和遗传一致度表明:浙江省与福建省的金线莲种质混杂严重,而遗传多样性结果显示:福建省的金线莲种群遗传多样性更高。此外,基于ISSR和SRAP标记的UPGMA聚类结果显示:48份不同种源的金线莲依亲缘关系的远近可分为四大类,聚类的划分受到一定地域性的影响,但各地域的金线莲品种在这四大类中均互有混杂。  结论  金线莲在物种水平上遗传多样性较高,在各地区、各品种(系)间遗传交流频繁,ISSR与SRAP分子标记技术可以从分子水平上揭示浙江与福建等地金线莲的遗传多样性,且结合ISSR标记与SRAP标记的分析结果要优于单一的分子标记结果。图4表3参24     

分子标记技术在我国甘蓝型油菜资源遗传多样性研究中的应用进展

概括了常用分子标记RFLP、AFLP、RAPD、SSR和新型分子标记SRAP、EST在甘蓝型油菜遗传多样性研究中的应用。     

马铃薯品种遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP分子标记技术对19份克新系列马铃薯品种进行了遗传多样性分析,用30对引物组合进行了初筛,选出7对有多态性的引物组合进行了详细研究。每对AFLP引物组合扩增出54￣90条带,共获得495条带,其中多态性条带为302条。AFLP分析表明19个材料的遗传距离介于0.2091￣0.7679之间,平均值为0.4811。聚类分析将19份材料划分为4类,其中第2类包括14个品种,占总数73.86%,表明多数品种亲缘关系较近,但有少数品种亲缘关系较远,说明克新系列马铃薯的遗传基础有所拓宽。研究表明:AFLP指纹分析技术具有很高的分辨率,适于进行马铃薯遗传多样性研究。     

利用SRAP和RGA标记对新疆海岛棉品种的聚类分析

[目的]对新疆自育的新海系列品种进行遗传多样性研究.[方法]利用SRAP和RGA标记,检测出多态性位点;利用NTSYSpc2.1软件,分别计算两种分子标记数据的系数矩阵,采用UPGMA法对所选材料进行聚类分析.[结果]SRAP共检测出了134个多态性位点,每组合的多态性条带数从2～8不等,平均每个引物组合产生2.91个多态性位点,表明SRAP能检测出较多的遗传位点,能够较好地反映海岛棉的遗传多样性.RGA标记共扩增出了46个多态性位点,每组合的多态性条带数从2～5不等,平均每个引物组合产生2.08个多态性位点,表明RGA作为一种分子标记也能检测出较多的遗传位点,能够较好地反映海岛棉在抗病方面的遗传多样性.[结论]SRAP聚类结果基本与品种系谱来源一致,RGA聚类基本与材料的抗病水平一致.分子标记在鉴别品种和品种遗传多样性研究方面具有重要作用.     

湖南地方柚资源及其近缘种多样性的SRAP分子评价

以湖南本地柚类资源为试材,应用SRAP标记对41份柚类资源及5份近缘种的遗传多样性进行分析与鉴定。结果表明:平均每个引物组合可扩增出16.6条谱带,17对SRAP引物共扩增出283条谱带,其中多态性谱带235条,多态率为83.0%,基因多样度变幅为0.431 7~0.770 0,平均基因多样度为0.544 3;获得了21个基因型的37个SRAP特异性标记,不同引物组合可将42个基因型完全分开;柚类及近缘种等位基因平均数、平均杂合位点占比、SRAP表型杂合度(H0)分别为9.02、67.77%和0.343。聚类分析结果显示,41份柚种质及5份近缘种材料在遗传相似系数0.792处可分为6个组群:第1、2组群分别由24个和11个柚的地方品种构成;第3组群为柚的种间杂种类型,包括菠萝香柚、慈利金香柚、慈利甜柚2号和慈利水柚子;第4组群由慈利柚09–1、金瓜两杂种柚和酸橙、臭皮柑两近缘种组成;第5组群包括无核大红甜橙和温州蜜柑;第6组群为柠檬。综合SRAP标记结果与形态特征分析,认为慈利金香柚可能源于以柚类为母本、以橙类(或宽皮橘类)为父本的自然种间杂交后代。     

甘蓝型油菜遗传距离与杂种表现和杂种优势相关性分析

选择甘蓝型油菜9个黄籽材料作母本、10个黑籽材料作父本,按NCⅡ法配制杂交组合,考查了亲本及其杂种F1的单株产量、千粒重、蛋白质和含油量。利用AFLP、SSR、SRAP标记技术对亲本材料进行分析。结果表明,基于遗传距离的UPGMA聚类法可将19个亲本材料分为3个组,黄籽材料与黑籽材料分类明显。普通遗传距离与4个性状的杂种表现及杂种优势相关不明显,但用阳性位点计算的特殊遗传距离与4个性状的杂种表现及杂种优势除千粒重外都呈显著相关,但决定系数较小,不能用于杂种优势预测。     

赤芝菌株的SCAR标记鉴别

赤芝是种重要的药用真菌,品种繁多,由于目前食用菌管理制度不完善,为稳定菌株质量迫切需要建立起快速鉴定赤芝菌株的有效办法。在对赤芝（Ganoderma lucidum）菌株进行SRAP多态性分析基础上,将属于某几个菌株的SRAP特异片段转化为稳定性较高的SCAR标记,共获得17个SCAR标记。聚类分析显示,供试的23个赤芝菌株在遗传距离0.63下分为4类,其中19个菌株在遗传距离0.50下聚成一类。将其中的9个SCAR标记线性组合,建立起赤芝菌株的多标记综合鉴别法,可对供试的23个菌株进行有效鉴别。由此可见,SCAR分子标记能很好地解释赤芝菌株间的亲缘关系,是种快速、稳定、准确鉴别赤芝菌株的方法。     

分子标记在荔枝研究中的应用进展

近年来,分子标记技术发展快速,其在荔枝研究中的应用也越来越广泛.由于分子标记具有高效、可靠等诸多优点,因此它的发展和应用为荔枝研究提供了一条有效的途径.综述了RAPD、AFLP、SSR、ISSR、SRAP、EST-SSR等几种分子标记在荔枝中的遗传多样新分析、品种鉴定、分子辅助育种、遗传图谱构建等多方面的应用,同时分析了分子标记在荔枝研究中存在的问题和今后研究工作的重点.