大黄鱼群体遗传多样性的微卫星DNA分析

通过建立大黄鱼部分基因组文库,应用PCR法筛选到55个含微卫星DNA位点的阳性克隆,选择其中8个序列设计微卫星引物,在这8个微卫星位点中得到91个等位基因片段,各位点等位基因数6～22个,平均观测杂合度Ho为0.404 7,平均期望杂合度He为0.775 6,多态信息含量(PIC)平均值为0.754 5,结果显示,所选择的8个微卫星位点均表现出较高的多态性.利用这些微卫星引物对大黄鱼不同群体进行遗传多样性分析,结果表明,大黄鱼种群中仍存在较高的遗传变异,但微卫星等位基因频率大多偏离了Hardy-Weinberg平衡,且不同群体间存在较高的基因流(Nm=2.699 8),表明大黄鱼种群存在较严重的近亲繁殖且各群体间有着较频繁的基因交流.对不同地理群体的聚类分析结果支持了中国沿海大黄鱼种群大致划分为3个不同地理种群的论证.     

西江野生鲮与养殖群体的遗传分析

利用部分鲤科鱼类中具多态位点的74对微卫星引物对鲮基因组DNA进行筛选扩增,其中11对引物可稳定扩增且有较高的多态性,占总引物数的14.86%,并利用筛选的引物对西江段3个野生鲮群体(深色群体、浅色群体、西江群体)和1个养殖群体进行遗传多样性分析.结果显示:11个引物扩增得到等位基因数为4～23个,大小为100～374 bp,平均多态信息含量为0.749 8,不同群体的观测杂合度为0.510 5～0.627 3,期望杂合度为0.712 0～0.765 6,深色群体、浅色群体、西江群体和养殖群体的Nei氏基因多样度分别为0.745 1±0.388 4,0.763 2±0.396 8,0.708 1±0.371 2,0.739 2±0.385 2,野生群体与养殖群体相比,杂合度和遗传多样性水平基本一致.运用Genetix 软件计算得到4个群体间的基因分化系数为0.026 8～0.070 3.AMOVA分析表明群体间的变异占总变异的6.96%,群体内个体间的变异占93.04%,固定系数为0.069 64,群体间具有一定程度的分化,但分化主要表现在野生群体和养殖群体之间,而野生群体之间的分化不明显.     

基于计算机视觉的岱衢族大黄鱼选育群体外形特征模式识别方法

通过计算机视觉测定岱衢族大黄鱼F_2、F_3代2类选育群体的24个形态参数,利用主成分分析(principal component analysis,PCA)和连续投影算法(successive projections algorithm,SPA)对形态参数进行特征提取和选择,获得PCA变换主元特征、PCA选择特征和SPA选择特征3组不同的特征变量集,最后以特征变量集为输入建立岱衢族大黄鱼F_2、F_3代选育群体的稀疏表示识别模型。PCA、SPA特征提取和选择结果表明,全长/体长、全长/头长、全长/尾柄长、体长/头长、尾柄长/尾柄高是反映岱衢族大黄鱼F_2、F_3代选育群体之间形态差异的主要特征变量。稀疏表示模型的识别结果表明:3组特征变量集对岱衢族大黄鱼F_2、F_3代选育群体样本都能较好地进行识别,平均识别准确率为88.3%、79.0%、80.5%;其中PCA变换主元特征对岱衢族大黄鱼F_2、F_3代的识别准确率最优,为88.3%。本研究结果为建立岱衢族大黄鱼外形指标及开展外形评价提供了有效手段。     

4个暗纹东方鲀群体的遗传多样性分析

采用10对暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)和16对红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)微卫星引物对4个暗纹东方鲀群体(1个长江常熟江段捕捞群体,1个江苏扬中放流群体和2个养殖群体)的遗传多样性进行分析。结果显示,20个微卫星位点能成功扩增出片段并且具有一定的多态性,在4个群体中共检测到113个等位基因。每个群体的平均等位基因数为4.95～5.50,平均观测杂合度为0.686 7～0.761 7,平均期望杂合度为0.653 0～0.700 0,平均多态信息含量为0.601 3～0.638 4。各个群体都有一些微卫星位点偏离Hardy-Wein-berg平衡(P<0.05),主要表现为杂合子不足。群体间遗传分化系数为0.040 6,基因流值为5.905 6,群体间遗传分化程度较小,群体间基因流水平较高。4个群体间的遗传相似系数为0.859 0～0.915 8,遗传距离为0.088 0～0.151 9,采用UPGMA法对4个群体进行聚类,可分2类:上海养殖群体单独为一类,扬中放流群体、常熟江段捕捞群体和南通养殖群体为另一类。     

青蟹野生与养殖群体遗传多样性的微卫星分析

利用微卫星分子标记对青蟹东海三门湾野生群体和浙江三门养殖群体的遗传多样性进行分析。6个微卫星位点在2个青蟹群体中共检测到66个等位基因,多态信息含量为0.746 ～ 0.895,均表现为高度多态性,可有效应用于青蟹遗传多样性的研究。青蟹野生群体与养殖群体的等位基因数分别为4 ～ 18,6 ～ 14,平均杂合度分别为0.577,0.561,平均多态信息含量分别为0.779,0.828;群体间遗传分化指数FST值为0.0317,遗传相似性指数为0.7930,遗传距离为0.2319。结果表明,青蟹野生与养殖群体的遗传多样性均较丰富,群体间存在一定的遗传分化。     

淮河鲤鱼2个群体的生化遗传变异

用不连续聚丙烯酰胺凝胶垂直平板电泳法检测和比较了采自淮河正阳关段野生群体和六安水产良种场养殖群体的淮河鲤鱼 8种同工酶约 2 5个基因位点的遗传变异。结果表明 ,2个群体的多态座位比例 ( 2 4% )和位点平均等位基因数 ( 1.3 )均相同。位点平均杂合度分别为 0 .0 97和 0 .0 86,与同科其他鱼类相比处于较高水平 ;2个群体之间相比 ,养殖群体平均杂合度低于野生群体 ,说明人为作用已引起淮河鲤鱼遗传多样性的降低     

基于微卫星位点的中国4个野生东方田鼠群体的遗传多样性分析

利用20个微卫星位点,采用荧光-多重PCR分型技术,对4个野生东方田鼠群体(福建、湖南、宁夏、广西)进行遗传结构和遗传分化检测。结果表明:19个微卫星位点显示出高度多态性(PIC=0.830.5),平均等位基因数、位点杂合度均显示4个地区野生东方田鼠的遗传多样性丰富。F统计量表明:4个野生东方田鼠群体的遗传差异有13.5%来自于群体间,86.5%的遗传差异主要来源于个体间。遗传距离与UPGMA聚类分析均表明,宁夏群体与广西群体间的遗传分化程度最大,湖南群体与广西群体间的遗传分化程度最小,这在STRUCTURE聚类图分析时(K=2)同样得到提示。分析认为,广西群体与湖南群体间的遗传分化较小,存在一定基因交流的原因是这两个群体间较近的地理距离。     

甘蔗分离群体的构建和评价

分离群体是甘蔗基因发掘的重要前提条件,开展甘蔗分离群体数量性状及分子标记数据的评价研究,为甘蔗遗传连锁图谱构建和数量性状基因定位及遗传育种提供依据。对甘蔗杂合商业品种与野生种割手密远缘杂交的F1群体(Co419×Y75/1/2)的产量性状(有效茎数、单茎重、株高、茎径、公顷产量)和糖分性状(蔗汁糖度、锤度、商业糖分)的频率分布、变异系数进行分析评价;同时对12对AFLP引物和36对SSR引物获得的505个分离标记进行χ2检测。研究结果表明,F1群体的产量和糖分性状符合正态分布,变异丰富,并表现为明显的超亲分离,属于多基因控制的数量性状。AFLP和SSR标记的分离比例检测表明,群体单双剂量标记的检出比例为52%,共获得179个单剂量标记和82个双剂量标记,其中有24对AFLP和SSR引物的单双剂量标记检出比例大于50%,属于比较有效的PCR引物。通过本研究,确认了该群体适合开展遗传连锁作图和数量性状基因定位研究;同时单双剂量标记的获得和高效引物的筛选都将为后续遗传学研究奠定基础条件。     

尼罗罗非鱼8个养殖群体遗传差异的微卫星分析

利用18对微卫星引物对尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)国内外8个养殖群体进行遗传差异分析.结果表明:(1)8个群体的平均等位基因数(Na)为3.61～5.11,平均有效等位基因数(Ne)为2.81～3.76,平均观察杂合度(Ho)为0.861 1～0.925 0,平均期望杂合度(He)为0.603 9～0.697 7,平均多态信息含量(PIC)为0.522 9～0.637 3.表明这8个养殖群体具有丰富的遗传变异.(2)在对8个群体的遗传距离和遗传相似度进行估算基础上所作聚类分析表明, 8个群体分为两大支,3个"吉富"群体明显聚为一支,其他5个群体聚为一支, 反映了这8个群体的亲缘关系.(3)微卫星引物UNH187可以初步作为区分"新吉富"尼罗罗非鱼和其他尼罗罗非鱼群体的特异性标记.     

卵形鲳鲹养殖群体与野生群体遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP技术对北部湾卵形鲳鲹野生群体和养殖群体进行遗传多样性分析和比较,可为卵形鲳鲹种质优化提供基础依据.研究采用10对引物组合在2个群体中共扩增出513个位点,其中多态位点数为133个,占总位点数的25.93％,两个群体平均多态位点比率为23.59％和18.32％,遗传多样性相对贫乏.养殖群体中低频位点明显减少而隐性纯合基因位点显著增加表明养殖群体丢失了低频基因.群体遗传结构分析表明,两群体间的遗传距离比较小,群体遗传结构相似.     

中国4大湖泊大鳞副泥鳅群体遗传多样性分析

为保护大鳞副泥鳅种质资源,制定合理的野生资源保护策略,并为大鳞副泥鳅良种选育确定合适的育种基础群体,通过第二代测序技术自主开发并合成微卫星引物400对,经验证后随机采用其中的17个多态性微卫星标记对太湖、洪泽湖、洞庭湖和巢湖等4大湖泊的野生大鳞副泥鳅群体进行遗传多样性分析。检测到各基因座的平均观测等位基因和有效等位基因数分别为9.5和5.5个。平均期望杂合度为0.566 5,平均Fst值为0.219 4(0.2),Nm为0.889 4(1),表明4个大鳞副泥鳅群体间遗传交流较少,存在着较高程度的遗传分化。4个大鳞副泥鳅群体的等位基因数为5.4~6.2(平均5.8),观测杂合度0.273 2~0.386 4,期望杂合度0.562 9~0.589 3,多态信息含量(PIC)为0.550 3~0.575 4,表明4个群体具有丰富的遗传多样性。4个大鳞副泥鳅群体间的遗传距离为0.528 3~0.967 7,洪泽湖和太湖群体间的遗传距离最小(0.528 3),而太湖和巢湖群体间遗传距离最大,亲缘关系相对较远。基于遗传距离的聚类结果显示4个群体先聚为2个分支,其中太湖和洪泽湖群体聚为一支,洞庭湖和巢湖群体聚为另一支,这与4个大鳞副泥鳅野生群体的地理分布一致。中国4大湖泊大鳞副泥鳅自然群体具有丰富的遗传多样性,每个群体宜作为独立的保护单元进行保护。4个大鳞副泥鳅群体中太湖群体和洪泽湖群体的遗传多样性最高,可作为进一步遗传选育的基础群体。     

泥东风螺4个群体遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP分子标记方法对4个群体(福建连江野生、连江养殖、长乐养殖、广西野生)的泥东风螺进行遗传多样性分析。结果:用11对引物共扩增出908条有效片段,其中684条(75.33%)为多态性片段,224条片段(24.67%)为4个群体所共有;遗传多样性指数分析显示,4个群体的有效等位基因数、平均等位基因数、Shannon’s多样性指数和平均杂合度依次为1.500 6、1.974 0、0.464 7、0.303 4,Nei’s遗传距离为0.128 4~0.180 6,遗传相似系数为0.834 8~0.879 5,表明4个泥东风螺群体具有较为丰富的遗传多样性,且群体间具有较高的遗传相似性;分子方差分析(AMOVA)结果显示,4个群体中83.49%的变异来源于群体内,14.65%的变异来源于地区间,而群体间的遗传变异仅为1.86%,且4个群体间的遗传分化(GST)为0.195 4,基因流(NM)为2.058 6,说明群体间的基因交流水平较低;UPGMA聚类分析和主坐标(PCA)分析结果表明,长乐养殖群体和广西野生群体遗传距离最近,而连江野生群体与其他3个群体的遗传距离最远。     

黄鳝微卫星标记筛选及其在不同性别表型群体中的遗传多态性

采用FIASCO(Fast isolation by AFLP sequences containing repeats)法进行黄鳝微卫星标记筛选并将其应用于黄鳝性别差异群体的遗传变异分析.黄鳝基因组DNA经酶切、微卫星核心序列探针杂交、T载体连接并转化至DH5a中,构建黄鳝基因组微卫星富集文库.随机挑选75个阳性克隆测序,结果发现其中20个含有微卫星序列,利用软件成功设计了15对微卫星引物,经过黄鳝基因组DNA的PCR扩增及电泳检测,筛选8对多态性微卫星引物并对黄鳝3种不同性别表型群体的基因组DNA进行PCR扫描,结果显示:在8个微卫星座位中,共检测到51个等位基因,平均每个座位的等位基因数为6.375个,等位基因频率分布为0.001 2～0.603 3;黄鳝雌性表型群体、间性表型群体、雄性表型群体的平均遗传杂合度分别为0.637 1、0.696 9、0.734 5;平均多态信息含量分别为0.565 6、0.641 6、0.685 8,表明这些微卫星标记在黄鳝不同性别表型群体的遗传多态性发生了改变,它们可作为黄鳝遗传背景分析的分子标记.     

西南地区家鸭资源群体的遗传结构分析

通过微卫星标记技术对中国西南地区5个家鸭资源群体(云南麻鸭、三穗鸭、兴义鸭、建昌鸭、四川麻鸭)的遗传结构进行评估。结果表明:5个群体的平均杂合度都较高,最低的为四川麻鸭,最高的为三穗鸭,杂合度范围为0.567 9~0.616 5,群体平均杂合度为0.587 4;各鸭种间存在较大的遗传分化,19.86%的遗传变异来源于群体间的差异。5个家鸭群体间的DA遗传距离较远,分化时间较长;NJ聚类结果表明5个家鸭资源聚为3类,聚类结果与这5个鸭种的地域分布和经济用途有一定关系。     

4个贵州乌骨鸡群体遗传关系的微卫星标记分析

利用7个微卫星标记对贵州4个乌骨鸡(普安乌骨鸡、赤水乌骨鸡、水西乌骨鸡、广西乌骨鸡)群体进行群体内遗传结构和群体间遗传距离的检测和分析。结果表明,4个乌骨鸡群体多态信息含量在0. 643 1～0. 691 3,杂合度在0. 706 9～0. 738 5,4个乌骨鸡群体中杂合度最高的是广西乌骨鸡,杂合度最低的是水西乌骨鸡。采用Pop Gen3. 2软件分析4个乌骨鸡群体的Nei氏遗传距离和遗传一致度,构建系统发生树,结果表明,普安乌骨鸡聚为一类,水西乌骨鸡聚为一类,赤水乌骨鸡和广西乌骨鸡聚为一类。     

利用微卫星标记分析蓝孔雀群体的遗传多样性*

 蓝孔雀不仅具有观赏价值,其作为特禽来养殖也具有较高的经济价值。为了进一步了解蓝孔雀群体的遗传变异状况,筛选出10对家鸡微卫星引物,利用PCR、聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对西双版纳蓝孔雀群体的59个个体进行了遗传多样性检测。10个微卫星座位共检测到35个等位基因,各基因座位的等位基因数为2~5个,平均每个座位的等位基因数和有效等位基因数分别为3.50和3.00个;群体平均多态信息含量为0.5533,平均杂合度为0.6168。表明蓝孔雀群体遗传多样性丰富。     

江苏8个克氏原螯虾群体遗传多样性微卫星分析

利用8个微卫星标记分析了江苏省8个地区(大浦、平望、漆塘、官滩、西顺河、太平、固城、洋河滩)克氏原螯虾的遗传多样性。研究表明:8个群体全部64个位点经Bonferroni法校正后均显著偏离Hardy-Weinberg平衡且绝大多数位点显示杂合不足。8个群体中大浦群体遗传多样性水平最高,平望群体遗传多样性水平最低。群体间遗传分化指数FST及AMOVA分析表明,8个群体遗传分化指数为0.126,存在中等程度的分化(0.05FST0.15)。基于遗传距离构建的UPGMA聚类树显示,8个群体可分为4组:平望群体、漆塘群体和大浦群体聚为一组,太平群体、西顺河群体与官滩群体聚为一组,而固城群体、洋河滩群体分别自成一组。     

亚东鲑人工繁殖与野生群体的形态和微卫星多态性分析

开展亚东鲑野生群体与人工繁殖后代的形态特征和微卫星遗传多态性分析。首先采用方差、判别、主成分分析方法研究了2个群体,包括7个可数、11个可量与20个框架数据,结果表明亚东鲑人工繁殖后代与野生群体在鳍式、鳞式、可量和框架结构性状等方面均无显著差异。进一步采用9对微卫星引物评估了亚东鲑人工繁殖与野生群体间的遗传变异,在10个座位中,共检测到55个等位基因,平均有效等位基因分别为4.8、4.0个,平均每个座位的等位基因数为5.5个;平均座位观测杂合度分别为0.626 7、0.641 7,平均基因多样性均为0.571 9,群体遗传分化较小,2个群体的微卫星DNA多态性均呈现低水平。结果表明,亚东鲑人工繁殖与野生群体在遗传上差异不大,人工繁殖群体可用于开展进一步的保种繁育和保护性放流工作。     

翘嘴鲌连续两代减数分裂雌核发育群体的遗传特征分析

通过异源精子冷休克技术获得翘嘴鲌减数分裂雌核发育一代(meio-G1)、减数分裂雌核发育二代(meio-G2),以太湖野生翘嘴鲌(Culter alburnus Basilewsky)为对照群体,采用微卫星(SSR)标记和随机扩增多态性DNA(RAPD)标记分析了3个群体的遗传特征。SSR结果显示,12个微卫星位点在meio-G1、meio-G2和对照组3个群体中,分别扩增到38、16和47个等位基因,平均等位基因数为3.166 7、1.333 3和3.916 7,平均观测杂合度(Ho)分别为0.430 6、0.333 3和0.675 0,平均纯合度分别为0.569 4、0.666 7和0.325 0。3个群体内个体间的平均遗传相似系数分别为0.543 0、1.000 0和0.571 9;聚类分析结果表明,meio-G1和对照组聚为一支,meio-G2单独聚为另一支。RAPD结果显示,14个引物在3个群体中检测到的位点数分别为74、61和64,3个群体的多态位点比例分别为63.51%、0和51.56%,按照Nei’s指数统计的3个群体的遗传相似度分别为0.801 8、1和0.846 0,meio-G2的基因组DNA同质性远高于meio-G1和对照组。两种分子标记结果均表明,meio-G2的纯合度、个体间的遗传相似系数均高于meio-G1和对照组,且个体间的基因型完全一致,是良好的育种材料。     

菊黄东方鲀野生和人工选育群体遗传变异的SSR和ISSR分析

利用SSR和ISSR两种分子标记技术,对菊黄东方鲀的人工选育群体(SH)和野生群体(YS)的遗传变异和遗传结构进行了联合分析。SSR分析的结果显示,14个微卫星位点总共获得了146个等位基因,选育和野生群体的平均期望杂合度(He)分别为0.730 0和0.832 3,平均多态信息含量(PIC)分别为0.705 1和0.813 6;ISSR结果显示,选育和野生群体的平均Nei’s基因多样性指数(H)分别为0.267 2和0.282 3,平均Shannon信息指数(I)为0.407 2和0.425 6,表明菊黄东方鲀选育群体的遗传变异程度低于野生群体。此外,两种分子标记遗传分化的结果显示,两个群体的遗传分化指数分别为0.061 9(SSR)和0.061 5(ISSR),表明两个群体已经产生了中等程度的遗传分化。综上,本单位菊黄东方鲀的人工选育群体仍然具有相对较丰富的遗传变异以供进一步的遗传改良。