利用微卫星标记指导红鳍东方鲀亲本选配

为制定红鳍东方鲀家系配组方案提供可行性指导,利用微卫星标记辅助红鳍东方鲀Takifugu rubripes家系的建立,选择34个微卫星标记对红鳍东方鲀两个群体进行遗传评估。结果表明:A群体的平均等位基因数(Na)和Nei基因多样性指数(He)分别为6.647 0和0.711 5,B群体的相应值分别为4.647 1和0.646 1,且两个群体之间的遗传差异达到显著性水平(P0.05);群体间的遗传分化系数(GST)为0.050 7,基因流(Nm)为4.679 6,表明红鳍东方鲀群体间存在低程度的遗传分化和一定程度的基因交流;分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异主要存在于群体内,所占比例为78.49%,而群体之间仅占21.51%;根据群体间Nei氏遗传距离构建UPGMA系统树,群体内个体之间的遗传距离为0.11~0.82,依据遗传距离的远近将全部个体分成多个分支,不同分支内含有数个个体;各项遗传参数表明,试验群体具备一定程度的遗传变异,不同个体之间拥有相对较远的亲缘关系,可以根据个体之间遗传距离制定育种计划,建立家系进行选育研究。研究表明,利用微卫星标记信息构建红鳍东方鲀家系的方法是切实可行的。     

凡纳滨对虾连续3个世代选育群体的遗传多样性分析

[目的]明确凡纳滨对虾连续3个世代选育群体的遗传变异情况及近亲繁殖对个体生长速度和抗病性的影响,为凡纳滨对虾种质改良提供理论依据.[方法]从GenBank收录的微卫星(SSR)引物序列中筛选11对能有效扩增的SSR引物,对2016—2018年桂海1号凡纳滨对虾连续3个世代选育群体(合计853个样品)进行遗传多样性分析,监测相邻2个世代选育群体间的遗传变异情况.[结果]11对SSR引物在凡纳滨对虾连续3个世代选育群体中共检测到103个等位基因,各SSR位点的等位基因数(Na)平均为9.3636个,有效等位基因数(Ne)平均为3.8355个,观测杂合度(Ho)平均为0.4794,期望杂合度(He)平均为0.7074,多态信息含量(PIC)平均为0.6708;除TUMXLv10.33位点呈中度多态性(0.250.50);对应的平均Na为8.7272、7.3636和8.0000个,平均Ne为3.8676、3.7654和3.8010个,平均Ho为0.3975、0.5224和0.4876,平均He为0.7057、0.7057和0.7029.Hardy-Weinberg平衡检测结果显示,绝大部分SSR位点偏离Hardy-Weinberg平衡.凡纳滨对虾连续3个世代选育群体在11个SSR位点上的遗传分化系数(Fst)均小于0.0500,即凡纳滨对虾群体的遗传分化很小;凡纳滨对虾群体内近交系数(Fis)介于-0.0101~0.8098,平均为0.3543,且除C11654位点为负值外,其余SSR位点均为正值,表明凡纳滨对虾连续3个世代选育群体的近交程度较高.分子方差分析(AMOVA)结果显示,69.78%的遗传变异来源于凡纳滨对虾个体内,而29.96%的变异来源于凡纳滨对虾个体间.[结论]桂海1号凡纳滨对虾各世代选育群体尚具有较丰富的遗传变异,但群体遗传结构处于不稳定状态.因此,今后应通过人工选育方式保留有利突变、淘汰有害突变,同时避免近亲繁殖,或引进优质品种进行杂交以扩充基因库,保护凡纳滨对虾的遗传多样性,防止种质退化.     

广西种源红锥栽培群体遗传多样性评价

[目的]揭示红锥栽培群体遗传多样性水平和结构。[方法]采用ISSR分子标记技术对人工选育的广西3个种源的红锥居群进行遗传多样性分析。[结果]9条引物共扩增出113条带,其中62条具有多态性,多态位点比例(PPF)为54.87%,单个居群的多态带百分率PPF为46.90%～47.79%。在物种水平上,期望杂合度(Hpop)和Shannon信息指数(I)分别为0.1366和0.2198。遗传分化系数GST为0.1275,表明经人工选育后的红锥遗传变异发生在居群内的个体占87.25%,12.75%的遗传变异发生在居群间。各群体之间的遗传一致度I为0.9593～0.9765,红锥群体水平的基因流Nm为3.423。[结论]ISSR-PCR方法可以有效地揭示红锥栽培群体遗传多样性水平和结构。     

江苏省两个日本沼虾群体的遗传多样性ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对江苏长江和太湖2个地区青虾(Macrobrachium nipponense)群体的遗传多样性进行了分析.结果显示,77个ISSR引物中有6个引物能扩增出清晰条带,6个引物对2个群体各24个样品扩增出44个位点.青虾长江和太湖两群体的多态位点比率均为63.64 0A,Shannon's指数分别为0.348 0、0.346 5.Shannon's指数估算和AMOVA分析均显示日本沼虾的遗传变异主要来自于群体内个体间.日本沼虾UPGMA系统树表明:两个地区日本沼虾群体的遗传多样性均处于较高水平;日本沼虾江苏长江和太湖两个群体间存在一定的遗传分化.     

舟山(鱼免)鱼群体遗传多样性的AFLP研究

利用AFLP分子标记技术对舟山近海海域野生亲代和人工繁育子一代(F1)的2个鮸鱼(Miichthysmiiuy)群体遗传多样性进行分析研究。结果表明:8对选择性引物在2个群体60个个体中,共扩增出505条清晰条带,其中多态片段为369条,总的多态位点比例为73.07%。亲代和F12个群体的多态位点数,多态位点比率,Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息多样性指数分别为367、349、72.51%、68.86%、0.422 2、0.4139。两群体内遗传相似系数亲代为0.987 6,子代为0.971 5。鮸鱼亲代群体的Nei’s遗传多样性指数、遗传相似度和Shannon信息多样性指数比子代群体的都要高。群体间的遗传相似系数和遗传距离分别为0.979 6、0.020 6;基因分化系数Gst为0.022 3,群体间无显著遗传分化;经分子方差(AMOVA)分析,结果表明97.78%的遗传变异来源于群体内个体间,群体间无显著遗传变异。     

舟山鮸鱼群体遗传多样性的AFLP研究

利用AFLP分子标记技术对舟山近海海域野生亲代和人工繁育子一代(F1)的2个鮸鱼(Miichthysmiiuy)群体遗传多样性进行分析研究。结果表明:8对选择性引物在2个群体60个个体中,共扩增出505条清晰条带,其中多态片段为369条,总的多态位点比例为73.07%。亲代和F12个群体的多态位点数,多态位点比率,Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息多样性指数分别为367、349、72.51%、68.86%、0.422 2、0.4139。两群体内遗传相似系数亲代为0.987 6,子代为0.971 5。鮸鱼亲代群体的Nei’s遗传多样性指数、遗传相似度和Shannon信息多样性指数比子代群体的都要高。群体间的遗传相似系数和遗传距离分别为0.979 6、0.020 6;基因分化系数Gst为0.022 3,群体间无显著遗传分化;经分子方差(AMOVA)分析,结果表明97.78%的遗传变异来源于群体内个体间,群体间无显著遗传变异。     

温州羊栖菜(Hizikia fusiformis)野生与选育种群ISSR遗传研究

采用ISSR技术对温州2个羊栖菜野生种群和3个选育养殖品系进行了遗传多样性及遗传变异分析并构建了聚类分析图。结果显示:6条ISSR引物共获得76个位点,56个多态性位点,多态性位点百分率为74.67%;Nei's基因多样性为0.1823,Shannon's指数为0.2712,均高于个体水平;种群内和种群间Nei's基因多样性计算遗传分化水平(Gst)为0.5529;种群间的基因交流为Nm=0.3341;Shannon's信息指数显示野生种群的遗传变异性及遗传多样性普遍高于经过选育的养殖种群;同时说明经过选育,每个养殖品系的性状趋于稳定;聚类分析图显示3个选育养殖品系与2个野生种群分开,表明经过选育工作,野生羊栖菜种群与养殖羊栖菜种群呈现出明显差异。     

黄河鲤野生和人工养殖群体遗传多样性分析

采用微卫星技术对黄河鲤选育群体和河南省境内2个野生群体进行遗传多样性分析。在12个微卫星座位上共检测出48个等位基因,3个群体在12个位点的平均遗传分化指数(F_(st))为0.04,表明群体分化造成的变异占4%,而96%的变异来源于群体内部。结果显示,3个群体间差异不明显,一方面说明养殖群体在科学的人工选育条件下能够保留一定水平的多样性,另一方面也说明不断恶化的自然环境对野生黄河鲤群体造成的影响是巨大的。     

SSR和RAPD 2种分子标记对昆明西山野生蘡薁葡萄资源遗传多样性分析比较

本研究分别应用SSR和RAPD 2种分子标记技术对来自云南昆明西山5个近距离群体的41份野生蘡薁葡萄(Vitis bryoni-aegoliaBge)样品进行遗传结构分析,以比较2种方法评价同种野葡萄各群体间遗传多样性的差异。结果发现,2种分子标记得到的基因分化系数(Gst)均小于0.5,基因流较大(Nm1),表明在较小的地理范围内,同一物种不同群体间存在的遗传分化小,遗传变异发生在群体内的概率远大于在群体间。但RAPD分子标记能更灵敏的体现各个近距离群体间的差异,得到的遗传距离与实际群体间的物理距离呈正相关(r=0.981,P=0.0190.05)。对远距离的同种野生葡萄以及栽培葡萄进行研究后,发现SSR和RAPD标记均能有效地把不同品种的葡萄资源分开,表现为同种野生葡萄处于遗传距离较近的位置上,聚类为总的一枝,而人工栽培品种处于聚类树状图的另一分枝,遗传距离较远。     

金色鳜鱼选育群体与野生群体的遗传变异分析

采用线粒体Cyt b基因为分子标记,研究金色鳜鱼选育群体与安徽三大水系野生鳜鱼群体的遗传多样性及亲缘关系。结果显示,110个样品的Cyt b基因全序列长为1 141 bp,野生群体共检出12个核苷酸变异位点(变异率0. 011%)、12种单倍型,选育群体无变异位点,仅包含1个单倍型,群体遗传多样性低。序列碱基A、T、G、C的平均含量分别为26. 1%、28. 4%、14. 5%、30. 9%,A+T含量(54. 5%) G+C含量(45. 5%)。分子变异分析(AMOVA)中,21. 64%遗传变异来自群体间,说明鳜鱼群体间产生了一定程度的遗传分化。群体间分子系统树显示,金色鳜鱼选育群体与淮河群体鳜鱼亲缘关系更接近,而长江群体处于淮河群体与新安江群体的过渡,这与各野生群体所处地理位置相关。     

红锥天然群体和栽培群体的遗传多样性研究(英文)

[目的]调查红锥天然群体和栽培群体的遗传分化状况。[方法]以广东、广西、福建、云南、海南的5个红锥天然群体和广西的3个种源的红锥栽培群体为供试材料,用筛选出的9对ISSR引物,对8个群体共计151个个体进行ISSR分析。[结果]每对ISSR引物扩增出7～20条条带,共得到122条多态带。红锥天然群体在种群水平的多态带百分率P为59.84%,Nei基因多样性指数Hpop为0.1827,Shannon多样性指数(I)为0.2856,高于红锥栽培群体(P=54.87%,HPOP=0.1366,I=0.2198)。群体特异带及群体间共有带的差异与分布揭示了群体间的遗传差异及相似性,红锥天然群体遗传多样性主要存在于群体内,群体间的遗传分化系数Gst为0.99。在红锥的3个栽培群体中发现了类似的群体遗传结构(GST=0.1275)。UPGMA聚类分析结果表明,红锥天然群体间的遗传距离有随地理距离跨度增加而递增的趋势。[结论]红锥遗传多样性偏低可能与人为干预和环境破坏导致的种群缩小及生境片段化等因素有关;红锥种群遗传结构的形成则与其自身繁育机制密切相关。     

Construction of a genetic linkage map and QTL analysis for some leaf traits in pear (Pyrus L.)

The major incompatibility barriers to specific inbred lines and the long generation duration in Pyrus L. may hinder the Pyrus breeding process. A genetic linkage map provides the foundation for quantitative trait loci (QTL) mapping and molecular marker-assisted breeding. In this study, we constructed a genetic map with 145 F₁ populations from a cross of two cultivars, Yali and Jingbaili, using AFLP and SSR markers. The map consisted of 18 linkage groups which included 402 genetic markers and covered 1395.9 cM, with an average genetic distance of 3.8 cM. The interval mapping was used to identify quantitative trait loci associated with four leaf agronomic traits in the F₁ population. The results indicated that four QTLs were associated with leaf length, two QTLs with leaf width, two with leaf length/leaf width, and three with petiole length. The eleven QTLs were associated with 9.9%–48.5% of the phenotypic variation in different traits. It is considered that the map covers almost the whole genome, and molecular markers will be greatly helpful to the related breeding.     

入侵我国中南三省(区)草地贪夜蛾的单倍体型和群体遗传结构分析

【目的】揭示入侵我国中南三省(区)的草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda种群间可能存在的遗传变异,探讨其入侵来源、入侵路线和扩散方式,为制定有效控制和阻击草地贪夜蛾的方案提供理论依据和遗传信息。【方法】利用分子标记技术从线粒体DNA和核DNA角度研究草地贪夜蛾种群的遗传多样性和种群结构。对采集自我国广东、广西和湖南3个省(区)的草地贪夜蛾,利用COI和Tpi基因片段进行了单倍体型分析,利用9个微卫星标记分析种群间的遗传结构和遗传多样性。【结果】供试样品中,除了湖南张家界群体有2个样品为COI玉米型单倍体型、1个样品为杂合型,其他群体的个体均为COI水稻型单倍体型。基于SSR标记的群体遗传分析结果表明,被检测的群体遗传多样性较巴西等国家的美洲群体低,各群体遗传分化不明显。广东东莞群体与湖南张家界群体的遗传距离最近,与广西南宁群体的遗传距离较远。【结论】遗传距离与实际距离之间不一定呈正相关,通过遗传结构的分析有助于推测草地贪夜蛾扩散过程中,天气背景场、地理隔离和人为传播各自所起的作用。入侵湖南省张家界的草地贪夜蛾出现了低频率COI玉米型和高频率的CO I水稻型单倍体型,说明虫源的非单一性;草地贪夜蛾在入侵地定殖时间较短,目前未形成明显的遗传分化。     

Genetic diversity of Robinia pseudoacacia populations in China detected by AFLP markers

The genetic diversity of ten Robinia pseudoacacia L. populations collected from China was analyzed by amplified fragment length polymorphism (AFLP) technique using ten primer combinations. A total of 752 amplified bands were obtained, among which 352 (46.8%) were polymorphic. At species level, the percentage of polymorphic loci (P) was 49.87%, the Shannon’s information index (I) was 0.2160, and the mean Nei’s gene diversity index (H) was 0.1403. At population level, P = 25.47%, I = 0.1381, and H = 0.0927. The genetic diversity within populations was higher than that among populations. The coefficient of gene differentiation among populations within species (Gst) was 0.390, which indicated that gene differentiation was mainly within the population, and between populations, it accounted for 33.90% of the total variation. Gene flow (Nm) between the populations was 0.975, suggesting that the gene exchange between populations was small. The UPGMA cluster analysis showed that the ten populations were divided into three major groups, and most individuals from the same population were clustered together. There was no significant correlation between the genetic diversity parameters (D, I _N , P, Ne, H, and I) and geographic and climatic factors (longitude, latitude, annual mean temperature, and annual mean precipitation). The results provide useful information about the level of genetic diversity, and it has a wide application prospect in Robinia pseudoacacia L. utilization and breeding in China.     

中华鳖两个地理种群遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对中华鳖2个不同地理种群(淮河群体、台湾群体)的群体遗传多样性进行分析研究。从32个ISSR引物中筛选出8个引物对2个中华鳖群体37个个体进行扩增,获得77个重复性好且谱带清晰的扩增位点,其中多态性位点47个,多态位点百分率为61.04%;2个群体的多态位点比例分别为59.57%和51.06%。Nei基因多样性分别为0.165 7和0.152 4,Shannon信息指数分别为0.216 4和0.197 7。淮河群体的遗传多样性略高于台湾群体,群体间遗传距离为0.083 7。UPGMA聚类分析显示37个个体聚成两个类群。分析结果表明2个中华鳖群体的遗传多样性相对贫乏,2个养殖群体经过较多世代的人工选育与繁殖可能形成了趋于稳定的独立遗传结构。     

Construction of Genetic Linkage Map Based on SSR Markers in Peanut （Arachis hypogaea L.）

Molecular genetic maps of crop species can be used in a variety of ways in breeding and genomic research such as identification and mapping of genes and quantitative trait loci （QTLs） for morphological, physiological and economic traits of crop species. However, a comprehensive genetic linkage map for cultivated peanut has not yet been developed due to the extremely low frequency of DNA polymorphism in cultivated peanut. In this study, 142 recombinant inbred lines （RILs） derived from a cross between Yueyou 13 and Zhenzhuhei were used as mapping population in peanut （Arachis hypogaea L.）. A total 652 pairs of genomic-SSR primer and 392 pairs of EST-SSR primer were used to detect the polymorphisms between the two parents. 141 SSR primer pairs, 127 genomic-SSR and 14 EST-SSR ones, which can be used to detect polymorphisms between the two parents, were selected to analyze the RILs population. Thus, a linkage genetic map which consists of 131 SSR loci in 20 linkage groups, with a coverage of 679 cM and an average of 6.12 cM of inter-maker distance was constructed. The putative functions of 12 EST-SSR markers located on the map were analyzed. Eleven showed homology to gene sequences deposited in GenBank. This is the first report of construction of a comprehensive genetic map with SSR markers in peanut （Arachis hypogaea L.）. The map presented here will provide a genetic framework for mapping the qualitative and quantitative trait in peanut.     

陕西关中地区苹果褐斑病菌遗传多样性分析

为了揭示苹果褐斑病菌(Diplocarpon mali)的群体遗传多样性,利用ISSR分子标记技术,通过ISSR-PCR扩增,对分离自陕西省关中平原7个县(区)的64个菌株进行遗传多样性分析。结果显示,陕西关中地区苹果褐斑病菌的遗传多样性丰富,不同县(区)病菌的遗传多样性存在差异,渭南市白水县病菌的遗传多样性水平相对较高,咸阳市乾县相对较低。群体之间的遗传分化系数不同,遗传变异主要发生在群体内;不同地区群体之间存在不同程度的基因交流,其中关中中部群体的基因交流更广泛;关中东部、中部、西部地区之间的群体也存在基因交流,其中东部和西部之间群体的基因交流更频繁。NTsys聚类结果表明,种群之间的遗传亲缘关系与分离株的地理来源没有明显的相关性。     

枸杞种间杂交F_1群体的SSR鉴定及遗传分析

以黄果枸杞(Lyciumbararumvar.auranticarpum,用P_1表示)为父本,北方枸杞(L.chinensevar.potaninii,用P_2表示)为母本,杂交获得F_1群体91个单株。从66对SSR引物中筛选出具有双亲互补型杂合位点6对引物,对91个F_1单株进行杂种鉴定和遗传变异分析。结果表明:6对引物在91个单株进行扩增检测结果中有83个单株在6个SSR位点上表现为双亲互补型杂合位点,可被认定为真杂种,杂种率为91.2%,另外8个单株出现异常SSR基因型,需要结合细胞学进一步验证。UPGMA聚类分析结果显示:在遗传距离为0.712处,83个F_1单株被划分为2大类,第Ⅰ大类包括38个F_1单株,占45.8%,第二大类包括45个F_1单株,占54.2%。杂交后代遗传变异大,遗传多样性丰富。     

天山樱桃种质资源表型多样性研究

在对新疆4个天山樱桃野生居群16个表型性状比较分析的基础上,采用性状变异分析、聚类分析和主成分分析等方法研究其遗传多样性水平和遗传结构。结果表明:表型变异系数、Simpson指数和Shannonweaver指数均为裕民县野生居群最大,分别为21.15%、0.98和3.97,喀拉峻野生居群最小,分别为16.18%、0.82和2.31。16个表型性状的变异系数为8.67%~48.78%,其中单果质量、果实纵径和种核质量的变异系数较高,花瓣宽、雄蕊数目和可溶性固形物质量分数的变异系数较低;平均表型分化系数为25.77%,表明居群内变异大于居群间变异。在阈值为5.27时,4个天山樱桃野生居群被分为3大类,特克斯与喀拉峻野生居群欧式距离最小(3.75),大西沟与裕民县野生居群欧式距离最大(7.16);16个表型性状的主成分分析中,前4个主成分的累积贡献率达76.02%。裕民县野生居群的表型多样性最丰富,特克斯与喀拉峻野生居群遗传关系最近,果实纵径、果实横径、雌蕊长、1a生枝长度和花冠直径是天山樱桃进行表型观测时的重要指标。     

秦巴山区丹参居群遗传与表观遗传多样性比较

以陕西省秦巴山区5个野生丹参居群为材料，分别采用AFLP和MSAP两种分子标记技术对秦巴山区丹参居群的遗传多样性和表观遗传多样性进行比较研究，为丹参种质资源评价和保护、引种驯化和优良品种选育及道地药材品质成因等研究提供依据。结果表明，丹参居群内的个体间在遗传背景和表观遗传多样性上具有较高的相似性。野生丹参居群间的亲缘关系与其地理分布之间有明显的相关性。来源于最东边的两个居群商南居群（SN）和丹凤居群（DF）亲缘关系最近。