长江刀鲚选育群体转录组EST-SSR的分布特征分析

本研究利用MISA软件挖掘长江刀鲚(Coilia ectenes)肌肉和肝脏转录组中的微卫星标记，为刀鲚选育群体的种质资源评估和分子标记辅助育种奠定基础。结果显示，从71869条Unigenes中共获得33896条重复单元长度为1~6碱基的微卫星序列；刀鲚转录组中不同类型微卫星的重复基序具有不同的分布特征，其中，单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复为主要的微卫星重复类型，分别占总微卫星数目的34.94%、49.47%和13.34%；不同微卫星重复类型的优势重复基序亦有所不同，其中，A/T为单核苷酸重复基序的优势重复基序占86.25%，AC/GT为二核苷酸重复基序的为优势重复基序占75.25%，AGG/CCT为三核苷酸重复基序的优势重复基序占28.57%；不同微卫星重复基序核苷酸的数量和重复次数亦有所不同，重复次数伴随着重复单元中核苷酸数量的增加而呈现降低的趋势；从100对四核苷酸重复的SSR引物中筛选获得了16对多态性微卫星标记，并以此为基础，对长江刀鲚选育群体(F3)的遗传学特征进行了初步评估，结果显示，长江刀鲚选育群体F3的平均有效等位基因数(Ne)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和Shannon多样性指数I分别为1.7580、0.3414、0.3977和0.6278。以上结果表明，基于刀鲚转录组数据批量开发微卫星是切实可行的，所开发的多态性微卫星标记能够应用于长江刀鲚选育群体的遗传背景评估和进一步的遗传育种研究。     

暗纹东方鲀养殖和野生群体遗传变异的微卫星分析

利用微卫星分子标记技术,对暗纹东方鲀的上海群体(SH)、广东群体(GD)、张家港群体(ZJG)和野生群体(YS)的遗传变异和遗传结构进行了分析。结果显示:(1)12个微卫星位点总共获得140个等位基因,4个群体的平均有效等位基因数(Ne)为5.317 8~5.999 4,平均期望杂合度(He)在0.787 3~0.812 8,平均多态信息含量(PIC)为0.760 0~0.790 3;(2)两两群体间的遗传分化FST值为0.025 3~0.053 7,表明4个群体间并没有产生显著的遗传分化;(3)UPGMA聚类分析的结果显示,GD和ZJG群体先聚为一支,然后与SH群体聚为一支,最后与YS群体聚为一支。研究表明,我国暗纹东方鲀的养殖群体仍具有较丰富的遗传变异水平和较好的遗传改良潜力。     

"新吉富"罗非鱼选育后期连续12个世代的选育效果分析

为了解"新吉富"罗非鱼(Oreochromis niloticus)选育后期世代在长期选择下获得的遗传进展,对"新吉富"罗非鱼选育后期连续12个世代(F_9～F_(20))的生长性能进行了连续12年(2005-2016年)的跟踪评估。结果显示:随着选育世代的累进,"新吉富"罗非鱼选育后期世代F_9～F_(20)的生长速度、体重变异系数并没有呈现持续升高或持续降低的趋势,而是在世代间出现了一定程度的波动。经过12个世代的连续选育,选育系F_(20)的生长速度比F_8提高了25.23%～69.34%,平均每代获得的相对遗传进展为2.00%～5.29%,不同世代的选育效果存在一定程度的变动。研究结果表明,在选育后期连续12代的混合选育过程中,"新吉富"罗非鱼选育系获得了持续的遗传进展,由此推测,对"新吉富"罗非鱼的选育工作尚未达到选育极限,选育系F_(20)仍具有进一步选育的潜力。     

仿洄游培育美洲鲥亲本的性腺发育

为解决美洲鲥(Alosa sapidissima)人工培育亲本性腺发育不佳的问题,开展了美洲鲥亲本仿洄游的培育,研究观察了美洲鲥亲本卵巢和精巢不同发育阶段(II^V期)的形态特征及相关参数,确定了仿洄游培育美洲鲥亲本性腺初次发育的特征。结果显示:在美洲鲥仿洄游培育过程中,在卵巢、精巢发育前期(II期),雌雄亲本生长迅速;而性腺发育到III期后,雌雄亲本的生长滞缓,雌鱼亲本甚至出现负生长。仿洄游培育美洲鲥性腺初次发育(II^V期)过程中,雌雄亲本均有较高的肥满度,分别为1.55~2.07和1.56~1.71;卵巢发育Ⅴ期雌鱼亲本的肥满度(2.07)显著高于在卵巢II^IV期亲本(1.55~1.67);而雄鱼亲本肥满度在精巢发育各阶段(II^V期)均无显著性差异。仿洄游培育美洲鲥性腺发育良好,雌雄亲本的性腺指数均较高,性腺发育Ⅴ期雌雄亲本的性腺指数(GSI)分别为(26.10±6.46)(18.88~33.62)和(5.18±0.68)(4.49~6.11)。研究表明,仿洄游培育的水温(10.8~30.8℃)和盐度(1~15)的周年变化符合美洲鲥亲本性腺发育的要求。     

菊黄东方鲀野生和人工选育群体遗传变异的SSR和ISSR分析

利用SSR和ISSR两种分子标记技术,对菊黄东方鲀的人工选育群体(SH)和野生群体(YS)的遗传变异和遗传结构进行了联合分析。SSR分析的结果显示,14个微卫星位点总共获得了146个等位基因,选育和野生群体的平均期望杂合度(He)分别为0.730 0和0.832 3,平均多态信息含量(PIC)分别为0.705 1和0.813 6;ISSR结果显示,选育和野生群体的平均Nei’s基因多样性指数(H)分别为0.267 2和0.282 3,平均Shannon信息指数(I)为0.407 2和0.425 6,表明菊黄东方鲀选育群体的遗传变异程度低于野生群体。此外,两种分子标记遗传分化的结果显示,两个群体的遗传分化指数分别为0.061 9(SSR)和0.061 5(ISSR),表明两个群体已经产生了中等程度的遗传分化。综上,本单位菊黄东方鲀的人工选育群体仍然具有相对较丰富的遗传变异以供进一步的遗传改良。     

“新吉富”罗非鱼选育F10～F13遗传变异微卫星分析

利用微卫星分子标记技术,对“新吉富”罗非鱼选育后期的F₁₀、F₁₁、F₁₂、F₁₃ 4个世代群体的遗传结构及异同进行了分析。结果表明：13个微卫星位点扩增后,共得到78个等位基因,扩增片段长度大小在100～295 bp之间,4个选育世代的平均有效等位基因数（Ne）为2.84～3.27,平均期望杂合度（He）为0.627 1～0.676 2,平均多态信息含量（C_PI）为0.567 6～0.622 9,3个遗传参数都一致呈现随着选育世代数累进而稳定下降的趋势,表明“新吉富”罗非鱼在长期选育过程里越来越趋于纯化之中。另一方面,4个选育世代两两间遗传分化F_ST值为0.019 07～0.133 54,世代间亦存在中等程度的遗传分化,显示“新吉富”罗非鱼的选育技术路线（黄河、长江及珠江3大农业生态区同步选育、适时交流,始终注意保持繁育群体的有效大小,严格的择优四步程序等）可使选育群体保持较丰富的遗传变异水平,有利于长期选育的持续开展。     

筛选法提高罗非鱼苗种雄性率效果的初步研究

取新吉富罗非鱼苗为材料,广式鱼筛为主要工具,以经过一筛、二筛和三筛处理的为试验组,甲基睾丸酮处理、既不筛选也不甲基睾丸酮处理的为对照组,研究筛选法提高尼罗罗非鱼苗种雄性率的效果。结果表明,平均每筛可提高雄性率7.9%,三筛后雄性率达91.4%,较无处理组(67.7%)提高23.7个百分点,较甲基睾丸酮处理组(98.8%)低7.4个百分点,但结果已相对比较理想,如对筛选工具和工艺予以完善,相信可以满足养殖生产、食品安全和环境保护的要求。     

刀鲚MSTN基因遗传多态性与生长性状的关联分析

为筛选刀鲚(Coilia ectenes)生长性状遗传改良的分子遗传标记,基于现有刀鲚转录组数据,利用基因克隆技术获得养殖刀鲚肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因的全长序列,采用PCR产物直接测序和SNaPshot技术分别进行基因多态性的筛选和分型,并将不同基因型与刀鲚的生长性状(体长、体高和体质量)进行关联分析。结果显示,养殖刀鲚MSTN基因的DNA序列主要由2个内含子和3个外显子组成,经SNP位点筛选,仅在第1内含子上筛选到2个颠换突变位点(g.564G>T和g.755G>T)和1个转换突变位点(g.786C>T);将3个SNP位点与生长性状进行关联分析发现,SNP位点g.786C>T与刀鲚的体长、体高和体质量呈显著性负相关,具有TT基因型个体的体长、体高和体质量显著低于CC型和CT型(P<0.05),而SNP位点g.564G>T和g.755G>T的不同基因型仅与刀鲚的体高具有一定程度的相关性;3个SNP位点对养殖刀鲚的群体遗传分析显示,刀鲚养殖群体的观测杂合度(H O)、期望杂合度(H E)和多态信息含量(PIC)分别为0.280~0.480、0.332~0.455和0.277~0.351,3个SNP位点均属于中度多态(0.25T有望作为剔除劣质刀鲚繁育亲本的候选分子标记。