山羊GDF9基因多态性与产羔数关联分析研究

采用PCR-SSCP技术检测山羊GDF9基因外显子突变位点,发现编码序列第183 bp、719 bp、959 bp、1189bp处分别发生了C→A、C→T、A→C、G→A的单碱基突变。序列分析显示C183A突变没有引起氨基酸的改变,C719T突变使蛋白质第240位氨基酸残基由缬氨酸变为丙氨酸,A959C突变使第320位氨基酸残基由谷氨酰胺变为脯氨酸,G1189A突变导致第397位氨基酸残基由缬氨酸变为异亮氨酸。应用LDR技术对济宁青山羊(234只)、鲁北白山羊(90)只、沂蒙黑山羊(84只)进行GDF9四个突变位点的群体检测,利用SAS软件GLM过程对四个位点的基因型效应和产羔数进行了最小二乘分析,结果表明C183A突变对济宁青山羊和鲁北白山羊产羔数没有显著影响,但对沂蒙黑山羊的产羔数有显著影响(P<0.05),CC型产羔数比AC型多0.11只(P<0.05);C719T突变和A959C突变对济宁青山羊、鲁北白山羊、沂蒙黑山羊的产羔数均没有显著影响(P>0.05);G1189A突变对山羊产羔数没有显著影响(P>0.05),对鲁北白山羊产羔数有显著影响(P<0.05),AG型产羔数比AA型多0.42只(P<0.01),G1189A突变对沂蒙黑山羊产羔数有极显著影响(P<0.01),AA型产羔数分别比AG型、GG型多0.34只(P<0.05)、0.38只(P<0.05)。     

猪PRLR基因intron 9多态性与产仔性能关联性分析

采用PCR-SSCP技术分析豫南黑猪、杜洛克猪、长白猪和大约克夏猪4个猪种PRLR基因内含子9多态性,检测到A、B、C 3个等位基因和AA、AC、BB、BC及CC 5个基因型。对纯合子序列比对发现,在此区域内有5个位点突变,分别为G→A、T→G、C→A、C→G和T→G突变。采用最小二乘法分析其对产仔数影响的遗传效应,结果表明,豫南黑猪不同基因型对产仔数没有显著影响(P>0.05);外来猪种在初产产活仔数(NBA)上基因型CC型比BC型多产2.38头,差异显著(P<0.05),而在初产总产仔数(TNB)和经产产仔数上不同基因型对产仔数影响都不显著。     

中国荷斯坦奶牛BLF基因5′侧翼区PCR-SSCP多态性及其与乳房炎的相关性分析

采用PCR-SSCP技术,对中国荷斯坦奶牛乳铁蛋白基因(Bovine lactoferrin,BLF)5′侧翼区的多态性进行了分析,并用最小二乘法拟合线性模型分析各种基因型与奶牛乳房炎的相关性。结果发现,中国荷斯坦奶牛BLF基因5′侧翼区存在AA、BB和AB 3种基因型,其基因型频率分别为0.8805,0.0299和0.0896;AA基因型在-148位缺失G;与AA基因型相比,BB基因型在-149位发生C→T变异,-135位发生G→A变异;BLF基因5′侧翼区的χ2值为7.992 4(P<0.01),说明BLF基因5′侧翼区的突变处于Hardy-Weinberg非平衡状态,样本群体中AA基因型的SCSLAW最大,BB基因型的SCSLAW最小,两者差异极显著(P<0.01)。表明BLF基因5′侧翼区BB基因型可能与乳房炎的抗性有关,AA基因型可能与乳房炎的易感性有关。     

鸡IGF1R基因多态性与生长和体组成性状的相关性研究

类胰岛素生长因子1型受体对细胞的生长、分化、增殖有重要调控作用,以东北农业大学肉鸡高、低脂双向选择品系第十世代肉仔鸡为研究对象,采用PCR-RFLP方法,对鸡IGF1R基因外显子4的C→G(919C→G)和外显子13的T→C(2761T→C)两个突变进行多态性检测。结果表明,919C→G对股骨重有极显著影响(P<0.01),对5周龄体重有显著影响(P<0.05),对龙骨长、胫骨长和胫骨重有一定影响(P<0.1)。2761T→C突变位点对跖骨围、胫爪比率有极显著影响(P<0.01),对胫爪重、股骨重有显著影响(P<0.05),对7周龄体重有一定影响(P<0.1)。群体遗传学分析表明,919C→G、2761T→C两个位点的等位基因频率在两系间分布差异极显著(P<0.01)。因此初步推断IGF1R基因可能是控制鸡5周龄体重、骨骼生长发育的主(效)基因或与主(效)基因紧密连锁。     

多聚免疫球蛋白受体(pIgR)基因多态性及其与仔猪腹泻关系

采用PCR-SSCP结合测序方法,在民猪、长白猪两群体中检测p Ig R基因外显子1多态性,研究母猪基因多态性与仔猪腹泻关系。结果表明,p Ig R基因外显子1存在两个错义突变,第373位C→T导致丙氨酸→缬氨酸变异,第394位A→G导致天冬氨酸→丝氨酸变异。民猪群体有AA、AB和BB三种基因型,长白猪群体有AA和AB两种基因型,两群体基因型分布差异极显著(P0.01)。民猪群体,不同基因型母猪仔猪腹泻指数和腹泻致死率均存在显著差异(P0.05),但长白猪群体,仅腹泻指数表现显著差异(P0.05)。     

生长素基因Ghrelin对高邮鸭产蛋性能的遗传效应

运用PCR-SSCP和DNA测序的方法检测高邮鸭Ghrelin基因多态性,分析其对产蛋性能的遗传效应。结果表明:①Ghrelin基因内含子1的157 bp处发生了9 bp缺失,发现了AA、BB、AB 3种基因型,A、B等位基因频率分别为0.24和0.76。B等位基因对产蛋数、开产体重表现为正效应,BB、AB基因型个体的产蛋数显著高于AA基因型个体(P<0.05)。②内含子2的431 bp处发生了T→C的突变,发现了CC、DD、CD 3种基因型,C、D等位基因频率分别为0.41和0.59。C等位基因对开产体重具有正效应,CD基因型个体开产体重显著高于DD基因型(P<0.05)。③外显子3的909 bp处发生了A→G的突变,同时产生了苏氨酸→丙氨酸的变化,发现了EE、FF、EF 3种基因型,E、F等位基因频率分别为0.33和0.67。F等位基因对开产体重、蛋重、最大连产天数具有正效应,EF基因型个体的最长连产天数显著高于EE、FF基因型(P<0.05)。     

皖东牛CAPN1、CAST基因多态性与肉质性状相关性

选用135头体重(493±33)kg,年龄相近皖东育肥牛,颈静脉采血,利用DNA直接测序法测定CAPN1、CAST基因多态性;试验结束屠宰试验育肥牛,取肉样分析皖东牛肉质性状,分析肉质性状与基因多态性相关性。结果表明,皖东牛CAPN1基因存在AA型和BB型2种基因型,4个单核苷酸多态性位点(SNPs),其中内含子8的C429G和G437A位置各1个突变位点,内含子9的C572T位置1个突变位点,外显子9的G458C位置1个突变位点;CAPN1基因中度多态且极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01)。皖东牛CAST基因有CT基因型和CC基因型,5个SNPs位点,其中内含子8的A220G、A223G和G239A位置各1个突变位点,外显子9的C369T和G375A位置各1个突变位点;CAST基因中度多态并处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。BB基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于AA基因型(P<0.05),CT基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于CC基因型(P<0.05),基因型对其他肉质性状影响差异不显著(P>0.05)。CAPN1和CAST基因多态位点与肌肉嫩度密切相关,可作为皖东牛肉质性状提升候选基因。     

盐城地方鸡MSTN基因外显子1多态性及其与生产性能的相关性分析

本研究以MSTN基因作为影响鸡生长性状和繁殖性状的候选基因,采用DNA测序和PCR-SSCP技术分析MSTN基因单核苷酸多态性,并与鸡的生产性能进行相关性分析。结果显示,共发现2个SNP位点(G2100A和G2283A),其中G2283A位点DD基因型16周龄的体质量极显著高于CC基因型(P0.01),并显著高于CD基因型(P0.05),CC基因型300日龄产蛋数极显著的高于DD基因型(P0.05)。G2100A位点AA和AB基因型的开产日龄显著早于BB基因型(P0.05)。对基因型组合进行分析,发现AA×DD基因型组合16周龄体质量、20周龄体质量、300日龄体质量最高,可作为影响鸡生长性状的优秀基因型组合。     

秦川牛脂联素基因第2外显子多态性及其与部分产肉性状的相关性

【目的】研究秦川牛脂联素基因第2外显子的多态性及其与部分产肉性状的关系。【方法】以405头24月龄的秦川牛为研究对象,利用PCR-SSCP和测序技术对其脂联素基因第2外显子的多态性进行检测,并对发现的多态位点与秦川牛产肉性状的相关性进行分析。【结果】秦川牛脂联素基因第2外显子存在AA、AB和BB 3种基因型,基因型频率分别为0.696,0.207和0.097;等位基因A和B的基因频率分别为0.799和0.201。BB基因型个体在64 bp处发生了G→C突变,导致22位的谷氨酸(GAA)转变为谷氨酰胺(CAA)。胸围、宰前活质量、胴体质量、背膘厚和眼肌面积等指标,AA型个体显著高于AB型(P<0.05);AA型个体腿臀围显著高于AB型(P<0.05),极显著高于BB型(P<0.01)。【结论】脂联素基因第2外显子可能是影响秦川牛产肉性能的主效数量性状座位或与之紧密连锁,可作为秦川牛产肉性状的辅助选择标记。     

鸭ApoVLDL-Ⅱ基因第1内含子多态性及其遗传效应

以褐色菜鸭为材料,对其ApoVLDL-Ⅱ基因第1内含子进行PCR-SSCP检测,分析其多态性及遗传效应.结果表明,在ApoVLDL-Ⅱ基因第1内含子检测到多态性,存在BB、Bb和bb 3种基因型,序列比对发现存在T374C、C379T和T390G 3个单核苷酸多态位点,该位点属中度多态,并处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05).关联分析显示,bb基因型个体的蛋重极显著高于BB型(P<0.01),bb基因型个体的蛋白重显著高于BB型(P<0.05).推测该片段的多态位点可能对褐色菜鸭蛋重和蛋白重有一定的影响.     

核受体辅激活蛋白1基因(NCOA1)作为鸡产蛋性状候选基因的研究

以清远麻鸡、白耳鸡、鹿苑鸡、藏鸡和S2系为试验素材,利用PCR-SSCP技术对核受体辅激活蛋白1(NCAO1)基因编码区进行SNP检测和基因型的判别,探讨NCAO1基因作为影响鸡产蛋性状候选基因的可能性。结果显示:在NCOA1基因的第3和第12外显子上分别发现一个SNP位点,其中第3外显子10155007处发生了T→A突变,检测到AA、AB、BB3种基因型;第12外显子108273423处发生了C→T突变,检测到CC、CD、DD3种基因型。χ2检验表明突变产生的基因型和基因频率在各品种(系)间差异极显著(P<0.01),A、C基因在蛋用型的地方品种白耳鸡中频率较高,B、D基因在肉用型的地方品种清远麻鸡、藏鸡和肉用型培育品系S2系鸡中频率较高。不同基因型与S2系鸡的开产日龄(AFE)、开产蛋重(WFE)、连产天数(CL)及300日龄产蛋数(EN)之间的最小二乘均数分析显示:AA基因型个体的连产天数比BB型个体多0.59 d,开产蛋重重0.6 g,300日龄产蛋量高7.76%,且差异显著(P<0.05);CC基因型个体比DD型个体的连产天数多0.51 d,开产蛋重重1.04 g,300日龄产蛋量高9.07%,且差异显著(P<0.05);组合基因型发现,基因型AACC个体的开产日龄、连产天数和300日龄产蛋量均高于BB、DD基因型组合。因而,初步推断NCOA1基因是影响鸡产蛋性状的主效基因或与主效基因连锁。     

新扬州鸡IGF-Ⅰ基因多态性的PCR-SSCP检测及其与生长发育性状的相关性

以新扬州鸡胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)基因作为控制其生长、发育性状的候选基因,通过对IGF-Ⅰ基因主要部分序列进行PCR-SSCP检测,发现了2个多态位点.测序结果表明,IGF-Ⅰ基因存在2个突变位点:插入(G)和(G→C).分析多态位点与0-12周龄鸡生长发育性状的关联性,结果表明:插入(G)突变基因型中,2周龄鸡体重BB型与AB型差异显著(P<0.05),但AA型与AB型和BB型差异均不显著,而(G→C)突变各基因型间没有显著差异;插入(G)突变位点对0-12周龄鸡的龙骨长、胫骨长均没有显著影响,而(G→C)突变位点仅在鸡6周龄时表现出与龙骨长、胫骨长间的差异显著性.     

从江香猪CYP1A2基因4个外显子的多态性

为探明从江香猪细胞色素P450氧化酶CYP1A2基因的标签SNPs,以及积累从江香猪药物代谢酶的基础资料,采用直接测序法对从江香猪CYP1A2基因外显子1、4、5和6进行多态性分析。结果表明:第1外显子存在11个多态位点(g.98G→A、g.147C→G、g.189C→T、g.198C→T、g.211A→G、g.231C→T、g.328T→C、g.338C→A、g.352T→C、g.458G→A和g.778G→A),优势基因型分别为GG、CC、TT、CC、GG、CC、CC、AA、CC、AA和AA,优势等位基因分别为G、C、T、C、G、C、C、A、C、A和A,多态信息含量为0.073 2~0.160 0,有效等位基因数为1.082 3~1.212 7,纯合度为0.827 3~0.920 9,杂合度为0.079 1~0.172 7,香农信息指数为0.166 6~0.318 7,群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。第4外显子存在1个多态位点g.1087C→G,优势基因型为CC,优势等位基因为C,多态信息含量为0.3642,有效等位基因数为1.918 8,纯合度为0.673 8,杂合度为0.326 2,香农信息指数为0.671 8,群体偏离HardyWeinberg平衡(P0.05)。第5、6外显子未发现多态性。从江香猪CYP1A2基因第1外显子多态位点丰富,位点纯合度高、变异性小,具备药物代谢动物模型开发的良好基础,但多态信息含量不足,连锁分析或关联分析时需谨慎选择。第4外显子多态位点少,但位点的多态信息含量合适,可用作连锁分析及关联分析的标签SNP。     

伊犁马LPL基因多态性及其与肉质性状关联性分析

【目的】研究伊犁马脂蛋白脂酶(lipoprotein lipase,LPL)基因多态性及其对肉质性状的影响,为专门化肉用马选种提供技术支撑。【方法】以41匹成年伊犁马为研究对象,采集颈静脉血液样本及其三角肌、背阔肌、臂三头肌、腹外斜肌和臀中肌5个部位肌肉样本,提取伊犁马DNA样本并测定肉质性状,利用PCR测序法筛选LPL基因突变位点并进行多态性分析,结合伊犁马肉质性状数据与LPL基因多态性进行关联性分析。【结果】所选马匹中共检测出2个突变位点(g.715T>C和g.12074C>A),均为内含子突变,2个位点均只检测出2种基因型,为低度多态位点。g.715T>C位点TT基因型马匹背阔肌和臀中肌失水率显著高于TC基因型马匹(P<0.05),背阔肌剪切力极显著大于TC基因型马匹(P<0.01),腹外斜肌剪切力极显著小于TC基因型马匹(P<0.05),三角肌和臀中肌剪切力显著大于TC基因型马匹(P<0.05);g.12074C>A突变位点CC基因型马匹臂三头肌和臀中肌失水率极显著低于CA基因型马匹(P<0.01),背阔肌和腹外斜肌失水率显著低于CA基因型马匹(P<0.05),臂三头肌熟肉率极显著高于CA基因型马匹(P<0.01),三角肌和腹外斜肌熟肉率与CA基因型马匹呈显著差异(P<0.05),臂三头肌和腹外斜肌剪切力极显著高于CA基因型马匹(P<0.01)。【结论】LPL基因g.715T>C和g.12074C>A位点是影响伊犁马肉质性状的潜在位点。     

绵羊高繁殖力候选基因GDF9的多态性分析

为寻找与绵羊产羔数相关的分子遗传标记,根据生长分化因子9(GDF9)基因序列设计引物,采用PCR-SSCP技术检测GDF9基因突变位点的多态性,研究不同基因型和小尾寒羊产羔数间的相关性.检测结果表明:小尾寒羊、白萨福克和特克赛尔绵羊都检测出AA、AB和BB 3种基因型,而在藏羊中只检测到AA、AB 2种基因型.测序结果表明,BB型为突变纯合型,其外显子2的75个碱基发生了C→T的突变(G2突变),没有引起氨基酸的改变,为沉默突变.小尾寒羊产羔数的最小二乘均值关系为AB>AA>BB,但3种基因型间差异不显著(P>0.05).GDF9基因的G2突变对小尾寒羊高繁殖力没有显著影响.     

琅琊鸡IGF-Ⅰ基因多态性与肉用性的相关性

采用PCR-RFLP技术对琅琊鸡胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)5′非编码区PstⅠ酶切位点的多态性与生长发育的相关性进行分析.结果表明,琅琊鸡该位点存在2种等位基因(A和B),基因频率分别为61.7%和38.3%,其中A等位基因是有利基因.AA型个体活重、半净膛重和脂肪含量极显著高于BB型(P<0.01),其屠体重、全净膛重、腿肌重和胸肌重显著大于AB型和BB型(P<0.05),其剪切力和失水率也高于BB型(P<0.05,P<0.01).结果表明:等位基因A对琅琊鸡的肌肉产量和品质具有正效应.     

MyoG基因多态性与山羊生长性能的相关性分析

采用PCR-SSCP方法对波尔山羊和成都麻羊共206只山羊的Myo G基因进行了多态性分析。结果表明,2个山羊群体的Myo G基因内含子1区第422碱基处有一个突变位点即C→T,检测到AA,AB,BB共3种基因型和A,B这2种等位基因,A等位基因为优势基因,频率分别为0.751,0.776;波尔山羊和成都麻羊群体内各个年龄阶段AA型的体质量、体长和管围均显著大于BB型(P0.05),而群体内不同基因型在体高和胸围上无显著差异(P0.05)。     

MSTN基因突变对优质鸡肌肉生长的影响

为了研究肌肉生长抑制素基因(MSTN)在优质鸡群体中的遗传变异及其对肌肉生长特性的影响,以优质鸡S3系为研究对象,采用PCR-SSCP及测序技术进行多态性检测。结果发现MSTN基因G195C和A234G 2个突变位点。公鸡群体在G195C处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05),各群体在G195C和A234G位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。最小二乘方差分析显示,在G195C位点处,S3系优质母鸡的CC基因型个体胸肌重、腿肌重、肌纤维密度与GG基因型个体差异显著(P0.05),肌纤维面积CC基因型个体极显著高GG基因型个体(P0.01)。在A234G位点处,肌纤维密度GG型个体显著小于AA基因型个体(P0.05),肌纤维面积极显著高AA基因型个体(P0.01)。基因组合CCGG型个体屠体重、胸肌重、腿肌重显著高于GGAA型个体(P0.05),肌纤维面积和肌纤维密度间差异极显著(P0.01)。在G195C和A234G位点处,S3系优质公鸡突变型CC和GG基因型个体在屠体重、胸肌重和腿肌重间差异不显著(P0.05)。在A234G位点处肌纤维密度GG型个体显著小于AA基因型个体(P0.05),肌纤维面积极显著高于AA基因型个体(P0.01)。基因组合CCGG型个体屠体重、胸肌重、腿肌重显著高于GCAA型个体(P0.05),肌纤维面积和肌纤维密度间差异极显著(P0.01)。因此,MSTN是影响鸡肌肉生长的一个主效基因,基因突变显著影响优质鸡肌肉的生长,为优质鸡肌肉生长性状的选育提供遗传学依据,其肌肉生长性状的分子遗传学基础需进一步研究。     

牦牛IGF2内含子8的遗传多态性及其遗传效应分析

【目的】研究牦牛胰岛素样生长因子2(IGF2)基因内含子8的多态性与生长发育性状的相关性,探索其对开展牦牛分子育种的影响。【方法】以天祝白牦牛、甘南牦牛、大通牦牛、青海高原牦牛和新疆牦牛为供试动物,采集牦牛血样,提取其DNA,采用PCR-SSCP方法检测牦牛IGF2基因内含子8的多态性,并分析其对体质量、体高、胸围和体长的遗传效应。【结果】扩增到牦牛IGF2基因内含子8的部分序列,其长度为438bp,存在AA、AB、BB3种基因型,其中AA型是由BB型330位G→C和358位A→G转换造成的。除新疆牦牛以外,以上3种基因型在其他牦牛群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态。AA和AB基因型个体体质量极显著高于BB基因型个体(P<0.01),AA与BB基因型个体在体高、体长和胸围性状上差异不显著。【结论】IGF2基因有可能作为体质量性状的候选基因用于标记辅助选择,且其有不依赖于骨骼增长而增加体质量的作用机制。     

巢湖麻鸭MSTN基因单核苷酸多态性与体重和屠体性状的关联分析

应用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)的方法,检测巢湖麻鸭公母群体共144只个体MSTN基因外显子3和内含子2的SNPs位点,分析SNPs与8周龄体重、12周龄体重和屠宰性能(胸肌率、腿肌率)的关联性。结果表明,在外显子3（6375 bp）检测到G/A突变,形成3种基因型,分别为AA、AB和BB型,公鸭群体中AA型胸肌率显著高于BB型 (P<0.05);母鸭中AB型胸肌率显著高于AA型和BB型 (P<0.05), AA型腿肌率显著高于BB型(P<0.05);各基因型间体重差异不显著(P>0.05)。内含子2（5264 bp）检测到T/C突变,产生的3种基因型分别为DD、DE和EE型,各基因型间体重和屠宰性能差异均不显著(P>0.05); 合并基因型结果显示,ABDD型母鸭胸肌率显著高于AADD型(P<0.05)并且极显著高于AAEE型和BBDD型(P<0.01),ABDD型母鸭腿肌率显著高于BBDD型母鸭(P<0.05);公鸭在各周龄体重上均显著或极显著高于母鸭,但在屠宰性能上普遍显著低于母鸭。综合以上研究结果,巢湖麻鸭公鸭早期生长速度快于母鸭,母鸭ABDD基因型表现出较高的屠宰性能。