中国荷斯坦牛FADS2基因c.908 C>T突变对泌乳性能和乳中脂肪酸组成的影响

【目的】探讨中国荷斯坦牛脂肪酸脱氢酶2(FADS2)基因编码区c.908CT突变对泌乳性能和乳中脂肪酸组成的影响。【方法】以江苏某大型奶牛场865头中国荷斯坦牛为材料,用飞行时间质谱法对FADS2基因编码区c.908CT突变位点进行检测,并用最小二乘模型分析该位点对泌乳性状和乳中脂肪酸组成的影响。【结果】FADS2基因c.908CT位点有3种基因型:CC、CT和TT,优势基因型为CT型,C基因为优势等位基因。关联分析发现,该位点对日产奶量、体细胞评分(SCS)及乳脂、乳糖、总固体含量5个性状的影响均达到显著水平(P0.05),对乳蛋白和乳中尿素氮含量的影响不显著(P0.05)。多重比较表明:CC型个体日产奶量及乳糖、总固体含量均显著低于TT型个体,而SCS显著高于CT和TT型个体;该位点突变对乳中C14:1、C16:0、C16:1、C18:0、C18:3等5种脂肪酸含量和C14、C16和C18不饱和指数的影响均达到极显著水平(P0.01),TT基因型个体乳中C16:1含量、C16和C18不饱和指数极显著高于CC和CT型个体(P0.01)。【结论】FADS2基因编码区c.908CT突变对中国荷斯坦牛泌乳性能和乳中脂肪酸组成有重要影响,TT基因型具有较高的日产奶量、总固体和C16:1含量及C16和C18不饱和指数。     

FADS2基因c.1571 A>G突变对中国荷斯坦牛泌乳性状的影响

[目的]探索FADS2基因c.1571 A>G多态性对中国荷斯坦牛泌乳性状的影响。[方法]对866头中国荷斯坦牛FADS2基因c.1571 A>G位点进行多态性分析,采用最小二乘法分析其对泌乳性状的影响。[结果]FADS2 c.1571 A>G对日产奶量、乳蛋白率、乳脂率、总固形物以及尿素氮含量等泌乳性状有显著影响(P<0.05)。GG基因型个体具有较高的日产奶量,而AA型个体的乳脂率、乳蛋白率及总固形物含量显著高于其他基因型个体。FADS2 c.1571 A>G突变对体细胞评分(SCS)无显著影响(P>0.05)。[结论]FADS2可作为优化中国荷斯坦牛泌乳性能的潜在分子标记。     

中国荷斯坦牛CXCR1基因编码区SNP多态与临床乳房炎和生产寿命的关联分析

【目的】探讨中国荷斯坦牛CXCR1基因编码区SNP突变与临床乳房炎和生产寿命的相关性。【方法】根据CXCR1基因编码区序列,利用PCR-直接测序法对低SCS和高SCS样本各20个样本进行SNP筛查,最后对所选择的4个SNP位点利用飞行质谱法对866头中国荷斯坦牛进行检测,同时收集所检测牛只临床乳房炎和生产寿命等信息,利用多因素方差分析法、Logistic回归、Cox生存回归等方法分析以上SNP位点突变与临床乳房炎发生次数和生产寿命的相关性。【结果】CXCR1基因编码区共发现13个SNP位点(291 CT、333 CG、337 AG、365 CT、570 AG、642 AG、735 CG、816 AC、819 AG、980 AG、995 AG、1008 CT和1068 AG),分为4个连锁群,随后从每个连锁群中各选择1个SNP位点(642 AG,816AC,980 AG和1068 AG),利用飞行质谱法对大样本中国荷斯坦牛进行检测。4个SNP位点共有9种单倍型,其中单倍型GAGG频率最高(0.3141),而单倍型ACAA频率最低(0.0017)。CXCR1-642与2胎牛患临床乳房炎次数有显著相关(P0.05),AG基因型个体2胎奶牛患临床乳房炎次数显著高于AA基因型(P0.05),CXCR1-816 AA基因型个体3胎奶牛患临床乳房炎次数显著低于AC和CC基因型(P0.05),其它SNP位点与各胎次临床乳房炎发生次数均无显著相关(P0.05)。CXCR1-816与奶牛离群月龄有极显著相关(P0.01),与奶牛生产月龄和离群胎次有显著相关(P0.05),CXCR1-816 AA基因型个体生产月龄、离群月龄和离群胎次均显著高于CC基因型个体(P0.05),而其它SNP位点对生产月龄、离群月龄和离群胎次均无显著相关(P0.05)。Cox生存分析表明:只有CXCR1-816位点与奶牛生存时间有显著相关(P0.05),CXCR1-816 CC基因型个体在各时间段的生存概率均低于AA和AC基因型个体。【结论】CXCR1-816 AC突变与中国荷斯坦牛患临床乳房炎次数和生产寿命有显著相关,在进一步验证其功能后,可用于中国荷斯坦牛生产寿命的分子标记辅助选择。     

中国荷斯坦牛SCD1外显子5基因多态性及其对乳中脂肪酸组成的影响

【目的】探讨中国南方地区荷斯坦牛SCD1基因外显子5遗传多态性及其对乳中不饱和脂肪酸含量及其不饱和指数的影响。【方法】以扬州大学实验农牧场323头中国荷斯坦牛为试验材料,采用PCR-SSCP法对SCD1基因外显子5的3个位点遗传多态性进行分析,同时挑选140头体况相近（BCS=3.0±0.5）、无临床乳房炎、胎次在2-3胎、处于泌乳中后期（产奶100-300 d）的中国荷斯坦牛,取全天混合奶样（早﹕中﹕晚=4﹕3﹕3）100 mL用于测定脂肪酸含量,进而分析多态性对乳中脂肪酸成分的影响。【结果】SCD1-702位点无多态,SCD1-762和SCD1-878分别发现T/C和C/T两个突变。SCD1-762位点A为优势等位基因,基因频率为0.7897。SCD1-878位点C为优势基因,频率为0.7835。χ2检验表明该群体的中国荷斯坦奶牛在SCD1基因的这两个位点都处于Hardy-Weinberg平衡状态（P＞0.05）。SCD1-762与SCD1-878处于极显著连锁不平衡,连锁不平衡系数r2为0.879,达到极显著水平（P＜0.01）。SCD1-762和SCD1-878两位点共组成4种单倍型：AC、BC、AT、BT。SCD1-762、SCD1-878及其单倍型对MUFA比例及总不饱和指数的影响均达到显著水平（P＜0.05）,即SCD1 878位点TT型乳中MUFA比例及总不饱和脂肪酸指数显著低于CC和CT型,而SFA比例显著高于CC和CT型（P＜0.05）;SCD1 762位点BB型乳中MUFA比例及总不饱和脂肪酸指数显著低于AA和AB型（P＜0.05）。单位型AC型MUFA比例及总不饱和指数显高于BT型,而SFA比例显著低于BT型（P＜0.05）。【结论】SCD1 878和762位点突变对乳中乳脂肪酸组成及饱和指数有显著的遗传效应,可作为影响中国荷斯坦奶牛乳脂肪酸组成的重要候选基因。     

CXCR1基因编码区SNPs与荷斯坦牛泌乳性能和繁殖性状关联分析

研究旨在探索CXCR1(Chemokine(C-X-C motif)receptor 1)基因编码区SNPs与荷斯坦牛泌乳性状及部分繁殖性状间关系。用飞行时间质谱法检测865头荷斯坦牛CXCR1基因编码区c.642 AG、c.816 CA、c.980 AG和c.1068 GA 4个SNPs位点,同时收集采样牛2010年12月至2012年7月繁殖指标和2010年至2014年奶牛生产性能测定(Dairy herd improvement,DHI)记录。采用多因素方差分析法分析CXCR1基因CDS区SNPs基因型与测定日产奶量、乳脂率、乳蛋白率等泌乳性状和产犊间隔、产后首配泌乳天数、配种次数和妊娠泌乳天数关系。结果表明,CXCR1-642 AG和CXCR1-980 AG对乳中体细胞评分(Somatic cell score,SCS)影响显著(P0.05),c.642 AG、c.816 CA、c.980 AG和c.1068 GA对乳中乳脂率、蛋白率和总固体影响显著(P0.05)。CXCR1-980 AG和CXCR1-1068 GA位点AA型个体测定日产奶量显著高于AG和GG型(P0.05),但CXCR1-980 AG AA型乳蛋白率、SCS和总固体显著低于AG和GG型(P0.05)。CXCR1-816 CA位点对产犊间隔影响达显著水平(P=0.033),AC基因型个体产犊间隔显著低于AA型个体。而CXCR1-642 AG、CXCR1-980 AG和CXCR1-1068 GA位点对产犊间隔、产后首配泌乳天数、配种次数以及妊娠泌乳天数均无显著性关联(P0.05)。CXCR1-980 AG和CXCR1-1068 GA对荷斯坦牛产奶量和乳品质存在显著遗传效应,CXCR1 c.816 CA位点对产犊间隔影响显著。CXCR1基因CDS区SNP可作为提高产奶量和乳品质、缩短产犊间隔候选分子标记之一。     

中国荷斯坦牛LYZ基因多态性及其与乳房炎的关联分析

【目的】通过研究中国荷斯坦牛溶菌酶基因(lysozyme,LYZ)编码区多态性与乳房炎的关联性,寻找与乳房炎相关的分子标记,加快中国荷斯坦牛的抗病育种进程。【方法】利用PCR-SSCP技术对30个公牛家系的610头中国荷斯坦牛LYZ基因进行多态性检测,利用最小二乘均数法对LYZ基因的多态位点与SCS和305d产奶量进行相关分析【结果】LYZ基因的外显子1上存在115(TG)突变位点,突变使精氨酸变为亮氨酸;突变位点经PCR-SSCP法检测发现了3种基因型TT、TG和GG,频率分别为0.270、0.508和0.222,χ2检验表明中国荷斯坦牛在该位点偏离Hardy-Weinberg平衡;GG基因型个体的SCS最小二乘均值极显著低于TT基因型个体(P0.01),显著低于TG基因型个体(P0.05);GG基因型个体的305d产奶量最小二乘均值极显著高于TT基因个体(P0.01),显著高于TG基因型个体(P0.05)。【结论】115(TG)位点GG基因型,对中国荷斯坦牛的SCS和305d产奶量有较大的遗传效应,可作为分子标记应用于奶牛乳房炎抗性的筛选。     

秦川肉牛FABP3及FABP4基因SNP与肉质性状的关联性

【目的】探索脂肪酸结合蛋白3(Fat acid binding proteins 3,FABP3)及脂肪酸结合蛋白4(FABP4)基因对秦川牛肉用新品系肉用性状的影响,为秦川肉牛的选育提供理论基础。【方法】随机选择18~24月龄健康的秦川肉牛571头,尾静脉采血10mL/头,提取血液DNA,PCR扩增FABP3及FABP4基因,检测其单核苷酸多态性(SNP)位点,并分析SNP位点基因型和单倍型组合对肉牛肉用性状(背膘厚、眼肌面积、肌间脂肪含量)的影响。【结果】测序发现,在FABP3基因第3个内含子上检测出1个SNP位点:g.60298CT。在FABP4基因第1个内含子上检测出2个SNP位点:g.2686AT和g.2834CG;在第4外显子上检测出1个SNP位点:g.4220AG。FABP3基因g.60298CT位点不同基因型的肌内脂肪含量差异显著(P0.05),TT基因型显著高于CT和CC基因型。对FABP4基因而言,g.2834CG位点上的CC基因型肉用性状表现较优,其眼肌面积极显著高于GG和CT基因型(P0.01),肌内脂肪含量显著高于GG和CG基因型(P0.05);g.4220AG位点上的TT基因型的肉用性状较优,其背膘厚显著高于CC和CT基因型(P0.05)。H1H1是最优秀的单倍型组合,其眼肌面积和肌内脂肪含量分别极显著高于单倍型组合H3H3和H3H7(P0.01)。【结论】FABP3及FABP4基因与秦川牛肉用新品系肉用性状关联紧密。     

牛SLC27A1基因SNPs筛选及其与中国荷斯坦奶牛产奶性状的关联分析

[目的]对牛SLC27A1基因进行SNPs筛选并与中国荷斯坦奶牛的产奶性状进行关联分析,以期发现对中国荷斯坦奶牛产奶性状有显著影响的SNP位点。[方法]根据性能测定记录选取48头中国荷斯坦奶牛,提取血样DNA,组成2个DNA池,用于SNPs筛选,采用PCR-SSCP和克隆测序方法对DNA池进行SLC27A1基因SNPs筛选。针对发现的SNP位点,采用PCR-RFLP方法对另外231头中国荷斯坦奶牛进行群体基因型检测,采用SAS（8.02）GLM过程对各基因型与产奶性状进行关联分析。[结果]在exon3发现T112C位点,在3‘UTR发现G64A位点,T112C为同义突变;经PCR-RFLP检测,发现在T112C位点存在TT、TC、CC3种基因型,G64A位点存在GG、GA、AA3种基因型。2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。T112C位点的CC型个体的产奶量极显著高于TC型个体（P〈0.01）,3种基因型对乳蛋白率和乳脂率影响均不显著（P〉0.05）,乳蛋白率呈现CC〉TC〉TT的趋势,乳脂率呈现TT〉TC〉CC的趋势;G64A位点3种基因型对产奶量、乳蛋白率、乳脂率的影响均不显著（P〉0.05）,但产奶量呈现GA〉GG〉AA的趋势,乳蛋白率和乳脂率呈现AA〉GG〉GA的趋势。[结论]该基因T112C位点与产奶量性状有一定的关联性,通过提高CC基因型频率有望提高中国荷斯坦奶牛的产奶量,SLC27A1基因可作为调控中国荷斯坦奶牛产奶量的候选基因,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究奠定了良好基础。     

牛SLC27A1基因SNPs筛选及其与中国荷斯坦奶牛产奶性状的关联分析

[目的]对牛SLC27A1基因进行SNPs筛选并与中国荷斯坦奶牛的产奶性状进行关联分析,以期发现对中国荷斯坦奶牛产奶性状有显著影响的SNP位点。[方法]根据性能测定记录选取48头中国荷斯坦奶牛,提取血样DNA,组成2个DNA池,用于SNPs筛选,采用PCR-SSCP和克隆测序方法对DNA池进行SLC27A1基因SNPs筛选。针对发现的SNP位点,采用PCR-RFLP方法对另外231头中国荷斯坦奶牛进行群体基因型检测,采用SAS（8.02）GLM过程对各基因型与产奶性状进行关联分析。[结果]在exon3发现T112C位点,在3‘UTR发现G64A位点,T112C为同义突变;经PCR-RFLP检测,发现在T112C位点存在TT、TC、CC3种基因型,G64A位点存在GG、GA、AA3种基因型。2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。T112C位点的CC型个体的产奶量极显著高于TC型个体（P〈0.01）,3种基因型对乳蛋白率和乳脂率影响均不显著（P〉0.05）,乳蛋白率呈现CC〉TC〉TT的趋势,乳脂率呈现TT〉TC〉CC的趋势;G64A位点3种基因型对产奶量、乳蛋白率、乳脂率的影响均不显著（P〉0.05）,但产奶量呈现GA〉GG〉AA的趋势,乳蛋白率和乳脂率呈现AA〉GG〉GA的趋势。[结论]该基因T112C位点与产奶量性状有一定的关联性,通过提高CC基因型频率有望提高中国荷斯坦奶牛的产奶量,SLC27A1基因可作为调控中国荷斯坦奶牛产奶量的候选基因,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究奠定了良好基础。     

高坡猪PRKAA1基因多态性对肉质性状的影响

以腺苷单磷酸活化蛋白激酶α1(PRKAA1)基因作为候选基因,对50头10月龄的高坡猪PRKAA1基因序列进行PCR扩增,采用PCR扩增产物直接测序方法对该基因的SNP位点进行筛选,同时对不同基因型与肉质性状关联分析。结果表明,在高坡猪PRKAA1基因的序列中发现3个SNPs,分别为g.12988 TG、g.13071AG、g.13152 AG,其中g.13152 AG位点在第7外显子区域,并引起了其所编码的氨基酸由谷酰胺酸(Gln)变为精氨酸(Arg),其他突变位点均是处于内含子区域。g.13152 AG位点与肉质性状关联分析结果表明,AA基因型个体眼肌面积显著高于GG和AG基因型个体(P0.05);AA基因型个体肌肉的p H值极显著高于GG型,AG基因型个体与GG型个体相比未达到显著水平;其他性状在各基因间未达到显著水平。     

两个贵州山羊品种GHSR和GHRL基因遗传变异及其与生长性状的关联性

【目的】探讨GHSR和GHRL基因作为山羊体重体尺性状候选基因的可能性,寻找与山羊生长性状相关的分子遗传标记。【方法】以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究素材,采用DNA混合池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术检测GHSR和GHRL基因的单核苷酸多态性,利用SPSS (18.0)软件GLM统计模型分析基因SNPs不同基因型及合并基因型与贵州山羊生长性状的关联性,同时采用在线软件对GHSR基因进行生物信息学分析。【结果】在GHSR基因外显子2和3′UTR分别检测到G200A同义突变和T628C位点,而在5′UTR区和外显子1则未发现多态性。设计一对特异性引物对G200A位点进行PCR-SSCP分析,表现为3种基因型,依次命名为GG、GA和AA。GG基因型为优势基因型,在贵州白山羊和贵州黑山羊母羊群体中等位基因G为优势等位基因,其等位基因频率分别为0.6731和0.5243。而在贵州黑山羊公羊群体中A则为优势等位基因,其频率为0.5122。多态信息含量均表现为中度多态(0.25＜PIC＜0.50)。在GHRL基因内含子2处发现1个G141A突变,外显子2和外显子4处分别检测到2个同义突变(T78C和C14T),设计一对特异性引物对C14T位点进行SSCP分析,显示为2种基因型CT和CC。在所有试验群体中,CC基因型为优势基因型,其频率分别为0.7692、0.9417和0.9390,等位基因C为优势等位基因,其频率依次为0.8846、0.9709和0.9695,多态信息含量均显示为低度多态(PIC＜0.25)。χ²检验显示所有试验群体G200A和C14T位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05)。关联分析表明,GHSR基因G200A位点与山羊体重、体高、体斜长和管围显著相关 (P＜0.05),纯合子GG基因型优势较为明显,贵州白山羊GG基因型个体的体高显著高于GA基因型个体和管围显著高于AA基因型个体(P＜0.05)。C14T位点贵州黑山羊 (公羊) CC基因型个体的体重、体高和胸围显著高于CT基因型 (P＜0.05)。组合基因型对体高和胸围指标的影响显著(P＜0.05),表现为CCGG合并基因型个体的体高显著高于CCAA合并基因型个体 (P＜0.05)。生物信息学分析揭露,GHSR基因5’UTR处未检测到核心启动子区和CpG岛,仅发现1个CAAT-box和部分潜在的转录因子结合位点,G200A导致mRNA二级结构发生明显变化。GHSR蛋白二级结构以α-螺旋为主 (48.90%),三级结构及跨膜螺旋结构预测表明该蛋白是膜蛋白。【结论】研究初步推测GHSR基因和GHRL基因多态性及合并基因型对山羊生长性状具有较显著的影响,G200A和C14T位点可作为山羊生长性状的有效遗传标记用于指导山羊的分子育种。     

中国荷斯坦牛转铁蛋白基因SNPs的检测及其与产奶性能的关系

 【目的】筛查转铁蛋白（transferrin,Tf）基因的多态性并分析其与中国荷斯坦牛产奶和健康性状的关联性,为未来培育高产优质健康奶牛提供可用的分子标记。【方法】采用DNA测序、PCR-RFLP和CRS-PCR技术,对576头中国荷斯坦牛转铁蛋白基因的多态性进行研究,运用SAS 软件分析其与乳品质和乳腺炎性状的关联性。【结果】在Tf基因5´调控区、外显子8和内含子8处发现了g.-1748G＞A、g.13942T＞C和g.14037A＞G共3个新的SNPs;关联分析表明,g.-1748 G＞A位点与305 d产奶量的相关性达到显著水平（P＜0.05）;g.13942T＞C位点与体细胞评分显著相关,CC基因型个体体细胞评分显著高于TT和 TC个体（P＜0.05）;g.14037A＞G位点AA基因型个体305 d产奶量显著高于AG个体（P＜0.05）,AG基因型个体乳蛋白率显著高于GG个体（P＜0.05）。共构建出8种单倍型,发现了19种单倍型组合;H4H4单倍型组合个体的乳脂率和乳蛋白率均最高;H2H5单倍型组合个体305 d产奶量最高;H3H4单倍型组合个体体细胞评分最低。【结论】Tf基因不同基因型和单倍型组合与中国荷斯坦牛产奶量、乳蛋白率和体细胞评分存在显著相关性,但与乳脂率不相关。     

新疆褐牛基因外显子多态性及其与SCS和泌乳性状关联性分析

【目的】探索ERAP2,Cwc27,PPFIBP2,THADA,ZNF804B和AMHR2基因多态性与新疆褐牛体细胞评分及泌乳性状的相关性,旨在寻找与新疆褐牛体细胞评分及泌乳性状相关的分子标记。【方法】以新疆乌鲁木齐种牛场、新疆天山畜牧生物工程股份有限公司共169头新疆褐牛母牛为试验对象,以2008—2015年间的生产性能测定记录(包括乳脂率、乳蛋白率、总固体含量、乳糖率和体细胞计数等)和305 d产奶量为试验数据,基于课题组前期15头中国荷斯坦牛DNA混池重测序的结果筛选外显子区域10个SNPs,采用基质辅助激光电离飞行时间质谱法(sequenom mass Array genotype)分型技术验证10个SNP位点的遗传多态性,运用SAS8.1软件GLM过程对这10个SNP突变与新疆褐牛体细胞评分(SCS)、305 d产奶量、乳脂率、乳蛋白率、乳糖率和总固体的关联程度进行统计分析。【结果】10个SNP位点均具有多态性,χ~2检验表明群体中9个SNP位点符合Hardy-Weinberg平衡状态。关联分析结果表明ERAP2基因两个位点(T98741711C和G98736141A)均与新疆褐牛305 d产奶量达到极显著关联(P0.001),其中TT型和GG型个体的产奶量最高;PPFIBP2(C45667492G)位点与新疆褐牛乳糖率达到显著关联(P0.005),其中GG型个体的乳糖率最高;Cwc27(T14533269A)位点与新疆褐牛乳脂率和总固体含量达到显著关联(P0.005),与SCS达到极显著关联(P0.001),其中TT型个体的乳脂率和总固体含量均最高,AA型个体的SCS极显著高于AT和TT型;AMHR2(C26758055G)位点与新疆褐牛乳蛋白率和总固体含量达到极显著关联(P0.001),其中GG型个体显著高于CC和GC型个体。连锁不平衡分析与单倍型构建的结果发现10个SNPs构建了两个单倍型模块,其中SNP1和SNP2位点之间处于连锁不平衡状态(r20.3),SNP4和SNP10位点之间处于强连锁不平衡状态(r20.6),随后分析了单倍型与SCS和泌乳性状之间的相关性,发现单倍型与新疆褐牛SCS和泌乳性状无显著关联(P0.001)。【结论】初步发现了ERAP2,Cwc27,PPFIBP2和AMHR2与新疆褐牛SCS和泌乳性能相关,结果可为新疆褐牛产奶性状的分子标记辅助选育提供参考和依据。     

Erythropoietin Receptor Gene （EPOR） Polymorphisms are Associated with Sow Litter Sizes

The erythropoietin receptor (EPOR) has shown to play an important role in fetal survival by promoting the maturation of red blood cells in many studies of uterine capacity and litter size in swine. In this study, we screened the porcine EPOR gene for mutations and identified five single nucleotide polymorphisms (SNPs): g.705G＞T in intron 1, g.2 373C＞T in intron 4, and g.2 882C＞T, g.3 035A＞G, and g.3 132A＞T in intron 6. We then genotyped 247 Beijing Black (BB) sows and compared the polymorphism data with the litter sizes of 1 375 parities among the sows. At first parity, there was no association of g.2 882C＞T and g.3 132A＞T with litter sizes. However, the CT sows in g.2 882C＞T had 2.13 higher total number born (TNB) (P＜0.01) and 1.81 higher number bom alive (NBA) (P＜0.01) than the CC sows and the heterozygous sows in g.3 132A＞Thad the highest litter size when compared to the two homozygotes for the later parities (P＜0.05). In the g.3 035A＞G SNP,for the later parities, the TNB of the sows with the GG genotype was 3.81 higher (P＜0.01) and the NBA was 2.75 higher(P＜0.01) than that with the AA genotype but no difference at first parity. The G allele of the EPOR g.705G＞T SNP wasassociated with a greater litter size at both the first parity (P＜0.05) and later parities (P＜0.01). Furthermore, we determined the allele frequencies for this SNP among five Chinese indigenous pig breeds (Erhualian, Laiwu Black, Meishan, Min, and Rongchang) and three western commercial pig breeds (Duroc, Landrace, and Large White). The G allele of the EPOR g.705G＞T SNP was significantly more common in the more prolific Chinese breeds. These results indicated that the EPOR could be an important candidate gene for litter size and g.705G＞T can serve as a useful genetic marker for improving litter size in both first and later parities in swine.     

乌珠穆沁绵羊RIPK2基因多态性与生长性状的关联

【目的】基于前期绵羊肉用性状GWAS研究结果,旨在探讨RIPK2基因对乌珠穆沁绵羊生长性状的影响,找到该基因中与绵羊生长性状相关的分子标记,同时对GWAS结果进行验证。【方法】在343只乌珠穆沁绵羊试验群体中,选取其中30个个体的血液DNA样本,以相同浓度组成池DNA,设计引物对RIPK2基因外显子及其上下游1 000bp的调控区进行PCR扩增,PCR产物检测为目的条带后测序。使用DNAMAN和Chromas2软件对测序峰图进行分析,采用飞行质谱方法对检测到的SNP位点及前期GWAS得到的SNP位点进行基因型分型。使用Haploview软件对多态位点构建单倍型及连锁不平衡分析。使用SPSS （22.0）软件进行RIPK2基因SNP位点与生长性状间的关联分析。【结果】共发现了4个多态位点,A5536G的同义突变rs01位于第四外显子内,在该位点检测到三种基因型,AA基因型频率为0.42,AG基因型频率为0.45,GG基因型频率为0.13,优势等位基因为A,其频率为0.65;在第七外显子上检测到T8952C错义突变rs02,在该突变位点检测到3种基因型,其中TT基因型频率为0.82,TC基因型频率为0.16,CC基因型频率为0.02,T为优势等位基因,基因频率为0.9;在第十外显子检测到 T2836C的突变rs05,在该位点检测到两种基因型TT和CC,没有检测到杂合子基因型,TT基因型频率为0.25,CC基因型频率为0.75;上游调控区发现一个G5181C的突变rs30,有3种基因型,其中GC基因型频率为0.50,CC基因型频率为0.18,GG基因型频率为0.32,G为优势等位基因,其频率为0.58; GWAS得到的SNP位点是T4456C,在本研究中被命名为rs34,在该位点有3种基因型,其中TT基因型频率为0.49,TC基因型频率为0.37,CC基因型频率为0.14,优势等位基因T的频率为0.68。χ²适合性检验发现,除rs34位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05)。rs02位点处于低度多态(PIC＜0.25),其余位点处于中度多态(0.25＜PIC＜0.5)。连锁不平衡分析发现,rs01和rs02位点强连锁,在群体中共构建了3种单倍型,AT 为优势单倍型,其频率为0.645,这两个位点共构建了6 种基因型组合,其中AATT为优势基因型组合,频率为0.425。单标记关联分析表明：rs01位点的AA、AG基因型的个体和GG基因型个体在4月龄体重、胸围上差异显著（P＜0.05）,在6月龄体高、胸围上差异显著(P＜0.05)。rs02位点CC基因型个体在4月龄体重、体高、胸围和6月龄胸宽上显著优于TT、TC基因型个体（P＜0.05),在4月龄体斜长、6月龄体高和体斜长上极显著优于TT、TC基因型的个体（P＜0.01）。rs30位点上,GG基因型的个体在4月龄体重、胸围与其他两种基因型个差异显著(P＜0.05),3个基因型的个体在6月龄胸围上均有显著差异（P＜0.05）。rs34位点的3个基因型的个体仅在4月龄体重上差异显著(P＜0.05)。rs01-rs02组合基因型关联分析发现：GGCC基因型组合的个体在4月龄体重、体高、体斜长、胸围上与其他基因型之间差异显著（P＜0.05）,GGCC基因型组合的个体在6月龄体高、体斜长、胸宽上与其他基因型组合的个体差异显著（P＜0.05）。【结论】RIPK2基因对绵羊生长性状具有较显著的影响,其SNPs作为分子标记对乌珠穆沁绵羊生长性状的选育具有一定的指导意义。     

猪印记基因MKRN3的SNPs筛选及胴体性状关联分析

以梅山猪、大白猪和长白猪为研究对象,筛选出MRKN3基因的单核苷酸多态位点(SNPs)并进行PCR-RFLP验证,利用PCR-Bst UI-RFLP对大白×梅山F2代资源家系(285头)DNA样品酶切分型,将分型结果与猪胴体性状进行关联分析。结果表明:猪MRKN3基因编码区有7个SNPs,分别为293CG、361GA、497GA、630GA、678TC、1376CT、和1407TA;其中678TC位点等位基因频率在中外不同猪种中存在差异;猪MRKN3基因678TC位点与内脂率及臀部膘厚显著相关(P0.05);678TC位点对内脂率具有显性效应(P0.05),表现为该位点杂合子比纯合子具有更高的内脂率;而该位点对臀部膘厚具有加性效应(P0.05),表现为等位基因678C的累加具有降低臀部膘厚的效应。因此,猪MKRN3基因的678TC位点可为猪的分子育种实践提供一定指导作用。     

牦牛DGAT1基因多态性及其与乳质性状关联分析

【目的】检测牦牛DGAT1基因多态性,评估基因突变对牦牛乳品质性状的影响,以期丰富牦牛重要经济性状的分子遗传研究基础。【方法】采用PCR-SSCP方法,检测甘南牦牛、天祝白牦牛、青海牦牛及野血牦牛DGAT1基因intron5-exon7和intron15-exon17区突变,分析基因突变对乳品质性状的影响。【结果】牦牛DGAT1基因intron5-exon7区发现c.562+32_c.562+33ins CCGCCC的插入/缺失,等位基因M、基因型MM频率最高为优势等位基因和基因型,各类群牦牛PIC0.5属中度或低度多态;intron15-exon17区检测到c.1249-23CT和c.1336CT的突变,其中exon17发现的c.1336CT突变导致编码氨基酸p.Arg447Cys转变,等位基因A频率最高为优势等位基因,甘南牦牛、天祝白牦牛和青海牦牛中基因型AA为优势基因型,野血牦牛基因型AB为优势基因型,各类群牦牛0.25PIC0.5属中度多态;两区域3处突变位点构建出6种单倍型和11种单倍型组合,突变位点间存在连锁关系且接近于连锁平衡。关联分析表明,甘南牦牛intron5-exon7区基因型与乳质性状无显著相关;intron15-exon17区基因型BB个体乳品质性状最低,且乳蛋白率、乳脂率、总固体物质含量中显著低于其他基因型个体(P0.05);携带等位基因A的个体乳蛋白率、乳脂率、总固体物质含量及无脂固体含量显著高于未携带者(P0.05),携带等位基因C的个体乳脂率也显著高于未携带者(P0.05),而携带等位基因B的个体乳脂率、总固体物质含量显著低于未携带者(P0.05);单倍型组合H1H3个体的乳蛋白率、乳脂率、总固体物质含量和无脂固体物质含量均较高,且乳脂率及总固体物质含量显著高于其他单倍型组合(P0.05),而H2H2单倍型组合个体则较低,除乳糖率以外的其他乳品质性状均显著低于其他7种单倍型组合(P0.05)。【结论】牦牛DGAT1基因intron5-exon7和intron15-exon17区为低度和中度多态,intron6存在c.562+32_c.562+33ins CCGCCC的插入/缺失,intron15和exon17分别检测到c.1249-23CT突变和c.1336CT的非同义突变。intron15-exon17区突变影响甘南牦牛乳品质性状,选留携带等位基因A的个体和淘汰携带等位基因B的个体、或选留H1H3单倍型组合及淘汰H2H2单倍型组合个体,均可显著改善后代群体的乳品质。