一个预测的木薯衰老相关基因的 获得及其功能分析

根据水稻LRR类抗病基因Xa21的保守结构域设计1对简并引物,提取木薯抗/感细菌性萎蔫病种质E1340和GR911的基因组DNA为模板,通过PCR扩增均获得大小约0.5 kb的扩增片段。两个片段克隆、测序后获得完全一致的474 nt序列,比对发现木薯种质AM560带有与该序列高度同源的核苷酸片段。提取包括同源片段上下游各约2.2 kb的大片段序列进行基因预测,发现该片段位于1个预测基因内,命名为SLR1。该预测基因ORF全长1 641 nt,编码546 aa,与已报道的衰老相关蛋白具有较高的同源性,可能在木薯衰老相关反应中发挥重要作用。     

木薯一个假定的NBS类抗病基因的获得及其功能分析

根据已克隆植物NBS类抗病基因的保守结构域设计一对简并引物．以抗细菌性枯萎病木薯种质E1340基因组DNA为模板,通过PCR扩增获得大小约0．5kb的产物。该产物克隆、测序后比对木薯基因组数据库,分别获取其上下游各1．7kb和2．0kb的序列,进行基因预测。预测结果表明,扩增到的序列位于一个预测基因内,该基因命名为SNBl。序列分析表明,该基因编码986aa,具有NBS类抗病基因的结构特征,是一个假定的抗病基因,可能在木薯抗细菌性枯萎病过程中发挥重要作用。     

谷子丝/苏氨酸蛋白激酶类抗病基因同源序列的克隆与分析

根据已知丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(STK)类抗病基因保守结构域设计简并引物,以抗锈病谷子品种十里香和感锈病谷子品种豫谷1号为材料,利用抗病候选基因(RGA)技术对谷子STK类抗病基因同源序列进行克隆和分析,以期为谷子抗锈病相关基因的克隆及抗锈机制的研究奠定基础。结果表明,从抗病材料中获得1条STK类似序列(STK 1),长度为474bp。BLASTP分析表明,该序列含有PKc保守结构域,且与小麦抗锈病激酶Lr10、水稻丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶受体PR5K、玉米丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶受体1、燕麦激酶受体LRK10等同源性在71%～76%。从谷子抗锈品种十里香中获得的STK类抗病基因同源序列可能是候选的谷子抗锈病相关基因。     

甘薯中NBS-LRR类抗病基因同源序列的克隆及序列分析

根据已知的NBS-LRR类抗病基因蛋白质的保守序列设计简并引物,用以扩增甘薯基因组中的抗病基因同源序列,获得一条大小约500 bp的扩增片段,克隆测序后得到20个NBS-LRR类抗病基因同源片段RGAS。其推导的氨基酸序列均具有P-loop、Kinase-2a和Kinase-3a及GLPL区等几个保守区,并且可分为TIR-NBS-LRR和non-TIR-NBS-LRR两个亚类。其中10个TIR亚类RGAS与已克隆的N、L6、M等抗病基因相应区段的氨基酸序列的同源性为21%-44%,而10个non-TIR亚类RGAS与已克隆的Prf、RPM1、RPS2等抗病基因相应区段的氨基酸序列的同源性为15%-46%。这些抗病基因同源片段(RGA)可做为分子标记筛选甘薯的抗病候选基因。     

云南3种野生稻中抗病基因同源序列的克隆及序列分析

 根据已报道的NBS LRR类和STK类抗病基因结构中的氨基酸保守区域 ,设计简并引物 ,通过PCR扩增及克隆 ,从普通野生稻 (OryzarufipogonGriff.)、药用野生稻 (OryzaofficinalisWall.)、疣粒野生稻 (Oryzameye rianaBaill.)中共获得 14类NBS LRR类抗病基因同源序列 ,其中普通野生稻中的有 7类 ,药用野生稻中的有 2类 ,疣粒野生稻中的有 6类。药用野生稻中TO12代表序列与普通野生稻中TR19代表序列 ,同属一类 ,且具有 10 0 %的同源性 ,说明不同种野生稻中的同一类 (聚类 )抗病基因同源序列是完全一致的。同时 ,还获得 5类STK类抗病基因同源序列 ,其中普通野生稻中的有 4类 ;药用野生稻中的有 1类。通过氨基酸同源性比较分析 ,发现笔者克隆到的抗病基因同源序列与已克隆的抗病基因L6、N、Bs2、Prf、Pto、Lr10和Xa2 1等的氨基酸同源性都相当低 (均低于 2 5 % ) ,暗示了这些抗病基因同源序列可能是目前尚未报道的抗病基因的同源序列。     

巴西橡胶NBS类抗病基因同源序列的克隆与分析

[目的]探讨巴西橡胶NBS类抗病基因同源序列的克隆与序列分析。[方法]以高抗炭疽病的巴西橡胶无性系R042为材料,根据抗病基因Prf、L6、N等的P．100p和GLPL保守结构域设计简并引物,从R042扩增具有抗病基因同源序列的片段,对分离获得的抗病基因同源序列进行Blastn、氨基酸同源性分析、序列比较和系统进化分析。[结果]从巴西橡胶高抗炭疽病无性系R042基因组DNA中分离获得1个NBS类抗病基因同源序列,经Blastn比对后发现,该抗病基因同源序列与毛果杨中的一个CC—NBS—LRR抗病蛋白的mRNA的序列同源性为66％,Blastn的E值为2e-24,推测氨基酸序列与已知抗病基因的相似性在26．9％～43．2％。[结论]序列比对与系统进化分析表明,该抗病基因同源序列具有NBS类抗病基因的所有保守序列,且与Xal的亲缘关系最近。     

小麦抗病基因同源序列(RGAs)的克隆与分析

RGA(抗性基因同源序列)法是克隆植物抗性基因的一种经济有效的方法,成为近年来的研究热点。本实验综合分析了拟南芥,西红柿,水稻,烟草等植物已克隆的抗性基因,并以这些抗性基因的NBS(核酸结合位点),LRR(富含亮氨酸重复),STK(丝氨酸/苏氨酸激酶)保守结构域设计并合成了几十对RGA引物,对小麦抗条锈病材料进行PCR扩增,获得以Xal-NBS为引物的R88RGA片段,经克隆和序列比对分析,发现该片段与逆境条件下植物抗病信号传导相关,与蛋白激酶同源性达到96%。此项研究对抗病机理的研究和基因的发掘有重要的指导意义。     

桃基因组中R类抗病基因同源序列的克隆与序列分析

许多抗病基因均具有核苷酸结合位点(NBS)和富含亮氨酸重复区(LRR)。根据已知的NBS-LRR型抗病基因蛋白质的保守序列,设计简并引物,用以扩增桃基因组中的抗病基因同源序列。获得一条大小约500 bp的扩增片段,克隆测序后得到4个NBS-LRR类抗病基因同源片段(PNBS1、PNBS2、PNBS3、PNBS4)。推导的氨基酸均具有P-loop(激酶1a)保守区和中间的激酶2a、激酶3a保守区,除PNBS4外,均具有3端疏水结构域。它们与已克隆的N、L6、PRS2 等抗病基因在核苷酸水平上的同源性为21 1%~58 8%;在氨基酸水平上的同源性为18 8%~41 4%。这些抗病基因同源片段(RGA)可做为分子标记筛选桃的抗病候选基因。     

海南普通野生稻STK类抗病基因 同源序列的分离与分析

根据植物STK 抗病基因的保守区域设计简并引物,以海南普通野生稻基因组DNA 为模板进行PCR 扩增,通过T/A 克隆、测序和序列分析, 共获得5 条具有连续ORF 的STK 抗病基因类似物（RGAs）序列,核苷酸序列间的相似性系数为37.82%耀99.25%,相应氨基酸序列间的相似性系数为31.28%耀98.86%。氨基酸序列结构分析表明,它们都具有STK 保守结构域,与已克隆的STK 类抗病基因有不同程度的相似性,为进一步克隆海南普通野生稻中的STK 类抗病基因提供依据。     

不结球白菜抗病基因同源序列的克隆及分析

【目的】利用同源序列法分离不结球白菜抗病基因同源序列。【方法】根据植物抗病基因TIR-NBS-LRR保守区设计简并引物，对不结球白菜基因组DNA及cDNA进行PCR扩增。【结果】获得了10个具有通读氨基酸序列的片段。同源性比较发现，该10个片段均属于TIR-NBS-LRR类抗病基因同源序列（RGA），与已知R基因相应区段的氨基酸序列一致性为50%～66%。与已知抗病基因聚类分析结果显示，该10个RGA序列可以分为5大类。利用RGA950作为探针进行Southern杂交，结果表明，其在基因组中存在多拷贝。【结论】本研究成功获得了不结球白菜RGA序列，为进一步克隆不结球白菜的R基因奠定了基础。     

黄瓜花叶病毒M株系全序列测定

在定向克隆和序列分析试验中,白肋烟(Nicotiana tabacumcv.white Burley)为繁殖寄主,根据美国NCBI核酸数据库中CMV基因组RNA1,RNA2和RNA3基因序列,共设计3对特异性引物。对3对特异性引物进行PCR扩增,分别得到3.3 kb的RNA1、3.0 kb的RNA2和2.2 kb的RNA3 PCR扩增产物。M-CMV基因组cDNA经过序列测定,3条链的长度分别为:M-CMVRNA1全长3 361 bp,分子量为111 kDa的1a蛋白;RNA2全长3 037 bp,含有两个分子量为96.7 kDa的2a蛋白和分子量为13.1 kDa的2b蛋白;RNA3全长2 215 bp,分别编码分子量为30.5 kDa的3a蛋白和分子量为24 kDa的外壳蛋白(cp)。这是继国内CMV-CD、CMV-CA全序列报道之后的首次M-CMV全序列分析,为以后采用基因突变、置换方法观察寄主的症状变化做了前期工作。     

应用巢式PCR检测鸭圆环病毒浙江株及其全基因序列分析

应用巢式PCR（nested PCR）技术对收集自浙江温州种番鸭进行鸭圆环病毒核酸扩增,并对测定的序列进行分析,结果用套式引物扩增出目的条带片段大小约为340nt。根据序列测定结果设计1对反向引物用于测定病毒基因组余下的基因片段。序列分析表明该圆环病毒基因组全长为1995nt,其ORF-V1编码292个氨基酸,ORF—C1编码257个氨基酸。序列分析表明,本试验株与番鸭分离株（GenBank登录号EF451157）和半番鸭分离株（GenBank登录号EU344804）的同源性最高,均高达99．2％,与鸭圆环病毒欧洲（德国）分离株和北美（美国）分离株在同一支遗传进化关系上。     

新城疫病毒V4株NP和P基因及其间隔区序列的克隆与分析

采用RT-PCR技术克隆了新城疫病毒(NDV)V4株长约4 200 bp的核苷酸序列,并进行了序列测定与分析。结果表明,该序列中包含有NDV V4株NP基因编码区、NP和P基因间隔区以及P基因的全部核苷酸序列。NDV V4株NP和P基因与其他8个NDV毒株相应部分进行同源性比较,与Quuesland V4株的同源性最高。NDV V4株NP和P基因间隔区序列与其他13株NDV毒株相应部分的比较结果表明,F48E9等强毒株较La sota等弱毒、无毒毒株和试验用V4株在这个区域多了6个碱基,这6个碱基插入的位置在La sota等弱毒、无毒毒株全基因组序列的1647-1648 nt处;参比的14株NDV在这个区域的同源性为63．9％-100％,弱毒株之间的同源性较高,弱毒株与强毒株之间及强毒株之间的同源性差异较大。     

斜纹夜蛾核型多角体病毒多角体基因的克隆

在以５种限制性内切酶对ＳＩＮＰＶ基因组作酶解分析的基础上，以ＡｃＮＰＶ多角体基因的部分编码序列作探针，对其进行Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交分析，发现ＸｂａⅠ酶切的２．９ｋｂ片段含有全部或部分ＳＩＮＰＶ多角体基因，并将该片段克隆至ｐｕｃ１８载体上。     

木薯淀粉合成酶SSS Ⅱ基因片段的克隆与分析

[目的]建立木薯块根RNA的提取方法,并克隆和鉴定淀粉合成酶SSS Ⅱ基因核心片段。[方法]采用改良的CTAB法提取木薯块茎RNA,反转获得cDNA模板,同时基于已知植物的SSS Ⅱ基因同源性,设计简并引物,进行RT-PCR扩增,通过Blast在线检索比对对基因功能进行了初步鉴定。[结果]所获得片段即为木薯SSS Ⅱ基因的核心序列。[结论]该研究为木薯淀粉合成酶SSS Ⅱ基因全长cDNA序列的克隆及其反义载体的构建奠定了基础,同时为实现优质淀粉的代谢工程提供了理想的候选基因。     

RNAi-mediated transgenic rice resistance to Rice stripe virus

Rice stripe virus(RSV) often causes severe rice yield loss in temperate regions of East Asia. Although the correlation of small interfering RNAs(si RNAs) with transgenic virus resistance of plants using RNA interference(RNAi) is known for decades, no systematical research has been done on the profiling of si RNAs from a genomic scale. Our research is aiming to systematically study the RNAi impact in RSV-resistant transgenic rice, which was generated by introducing an inverted repeat construct that targets RSV nucleocapsid protein(NCP) gene. In this paper, three independent RSV-retsistant transgenic rice lines were generated, their stable integration of the T-DNA fragment and the expression of si RNAs were confirmed by Southern blotting and Northern blotting analyses, and the majority of si RNAs were in lengths of 21, 22, and 24 nucleotides(nt), which have validated a connection between the presence of the RSV NCP homologous si RNAs and the RSV resistance in those transgenic rice lines. In one of these transgenic lines(T4-B1), the T-DNA fragment was found to have been inserted at chromosome 1 of the rice genome, substituting the rice genome fragment from 32 158 773 to 32 158 787 nt. Bioinformatics analysis of small RNA-Seq data on the T4-B1 line also confirmed the large population of NCP-derived si RNAs in transgenic plants, and the RSV-infected library(T4-B1-V) possessed more si RNAs than its mock inoculated libraries(T4-B1-VF), these results indicating the inverted repeat construct and RSV could introduce abundance of si RNAs in transgenic rice. Moreover, a varied expression level of specific si RNAs was found among different segments of the NCP gene template, about 47% of NCP-derived si RNAs reads aligned with the fragment from 594 to 832 nt(239 nt in length) in NCP gene(969 nt in length) in the T4-B1-V, indicating a potential usage of hotspot regions for RNAi silencing in future research. In conclusion, as the first study to address the si RNA profile in RSV-resistant transgenic plant using next generation sequencing(NGS) technique, we confirmed that the massive abundance of si RNA derived from the inverted repeat of NCP is the major reason for RSV-resistance.     

魔芋中芋花叶病毒的RT-PCR检测

根据已报道的DsMV中的衣壳蛋白(cp)基因序列,首先合成1对扩增DsMV的cp基因中间部分核心序列的寡核苷酸引物;然后将提取的魔芋植株的总RNA反转成cDNA,再以cDNA为模板,用上述引物进行常规PCR反应,结果扩增得到了与预期大小一致的0.35kb片段,健康魔芋植株接种DsMV后也扩增得到同样大小的片段,而健康植株则未扩增到任何片段。从而建立了魔芋中DsMV经济简便的RT-PCR检测体系,为魔芋DsMV的防治和脱毒苗的检测提供了有效手段。     

含伪狂犬病毒完整UL49基因及部分UL48基因片段的克隆与序列分析

以地高辛标记的伪狂犬病毒（PRV）Ea株UL49.5基因片段为探针，同SalI、KpnI、BamHI消化的PRV Ea株基因组DNA进行Southern杂交，确定SalI2.8kb、KpnI17.0kb、BamHI25.0kb片段中含UL49基因。将SalI2.8kb片段克隆到pUC119中，利用其中的BamHI进行亚克隆，获得重组质粒pUC2.0。测定约2.0kb片段的全序列并进行序列分析，发现该片段包含UL50基因部分编码区，UL49.5基因和UL49基因的完整编码区，并且在UL49基因下游，还存在一段约369个碱基的序列，经与人单纯疱疹病毒I型（HSV－1）、牛单纯疱疹病毒I型（BHV－1）的UL48基因进行比对，具有较高的同源性，推测为PRV UL48基因的部分编码区。     

TUB2基因鉴定及其在毛壳菌中的转化

TUB2基因为植物病原菌抗苯并咪唑类杀菌剂基因 .以pRB12 9质粒为模板对该基因进行PCR扩增 ,得到一条长约 1 4kb的DNA片段 ,经酶切鉴定证明该DNA片段是TUB2基因 .利用PEG方法 ,将含有TUB2基因的pRB12 9质粒转化于毛壳菌原生质体中 ,并在高于毛壳菌敏感的多菌灵浓度 (10 μg mL)下筛选转化子 ,此质粒转化率为 3 (2× 10 5) .使得对多菌灵非常敏感的毛壳菌能够在 30 0 μg mL多菌灵的培养基上正常生长 ,其抗药性提高了30 0倍以上 ,而且转化子稳定性试验表明 ,其抗药性在非选择性培养基上连续培养 10代保持不变 .