鼠尾草属植物基因组DNA提取及RAPD反应条件优化

以鼠尾草属植物叶片为材料,提取基因组DNA,并对RAPD反应条件进行了系统优化.结果表明,采用核DNA法提取的DNA质量较高,适宜于RAPD分析;RAPD扩增最佳反应体系为20μl反应体系中,10×buffer 2.0μl,模板DNA 20 ng,Mg 浓度2.0 mmol/L,引物浓度0.6μmol/L,dNTPs浓度0.2mmol/L,Taq酶1.0U.扩增反应程序为94℃预变性5min,94℃变性1min,36℃退火1main,72℃延伸2main;40个循环;72℃后延伸10main,4℃保存.     

10种绣线菊DNA的提取及RAPD反应体系的优化

旨在筛选出绣线菊属 RAPD 反应的最佳体系,为绣线菊属植物种质资源遗传多样性和亲缘关系的研究奠定基础.试验以 10 种绣线菊属植物为材料,采用改良 CTAB 法进行冬芽和嫩叶的总 DNA 提取并对影响 RAPD 扩增效果的因素进行优化.通过单因素优化筛选出最佳的 20μl 反应体系10×Taq buffer 2μl,Taq 酶 1.0U,0.15mmol/L dNTP,DNA 2ng/μl,引物 0.21μ mol/L,Mg2 2.0mmol/L;反应程序94℃预变性 4min,然后进行 40 个循环94℃变性 45s,37℃退火 1min,72℃延伸 1min.最后72℃延伸5min,4℃终止反应.结果发现,采用改良 CTAB 法所提取绣线菊冬芽的 DNA 达到 RAPD 反应的要求.筛选体系扩增出清晰稳定的多态性条带,可用于对绣线菊属遗传育种方面的研究.     

人参黑斑病菌RAPD反应体系的优化

采用改良的CTAB法提取人参黑斑病菌的基因组DNA,建立人参黑斑病菌RAPD反应的体系.最佳体系容积为25μL,其中包括10×Taq配套缓冲液2.5μL,模板DNA 20 ng/μL,引物15 pmol/L,dNTP 150μmol/L,Taq DNA聚合酶1 U,Mg2+1.5 mmol/L,其余部分用DW补充.PCR扩增程序为:94℃预变性5 min,94℃变性1 min,40℃退火1 min,72℃延伸2 min,40次循环,72℃延伸7 min.     

白桦SRAP反应体系的建立与优化

以白桦(Betula platyphlla Suk)基因组DNA为模板,利用趋势面设计对白桦SRAP-PCR反应体系的5个因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP、引物P)在3个水平上进行优化试验,筛选出各反应因素的最佳水平,建立了白桦SRAP-PCR反应的最佳体系。该反应体系为20μL:0.21g/LDNA,1.5μL;25mmol/LMg2+,1.4μL;5U/μLTaq酶,0.25μL;2.5mmol/L,2μL;10μm/L引物,0.35μL。PCR反应程序为:94℃预变性5min,94℃变性1min,35℃复性1min,72℃延伸1min,5个循环;94℃变性1min,50℃复性1min,72℃延伸1min,30个循环,72℃延伸7min。     

苎麻属植物RAPD PCR反应体系的双重正交法优化*

 以苎麻属植物为材料,研究苎麻属植物RAPD分析中的主要影响因素,采用差异性材料DNA为模板和双重正交优化设计的方法。建立苎麻属植物RAPD PCR反应体系：25μL反应体系中含Taq DNA聚合酶1.5U,Mg2+2.1 mmol/L,dNTP 0.2μmol/L,Primer 0.75μmol/L,模板DNA 150ng。最佳扩增程序：先94℃变性4min,再94℃变性45s,37℃复性45s,72℃延伸90s共36个循环,最后 72℃延伸5min,4℃保存。经检验,该体系能适应苎麻属多个种植物的RAPD PCR的正常扩增。     

桃属植物RAPD反应体系的优化

以‘Yuuzora’、珲春桃、有明及其F1杂种群体为试材,对桃属植物的RAPD反应体系进行优化,结果表明:25μL总反应体积中含模板DNA10~200ng,引物20pmol,dNTP150μmol/L,MgCl21.5mmol/L,国产TaqDNA聚合酶1unit,10×反应缓冲液2.5μL,其余用重蒸馏水补充.热循环条件为:预变性94℃,5min,变性94℃,1min,退火36℃,1min,延伸72℃,2min,共50个循环;72℃最终延伸5min.应用优化后的反应体系获得的RAPD指纹图谱带型清晰、重复性好.     

枸杞属RAPD反应体系优化

以枸杞属植物为材料,进行RAPD反应体系的优化.结果表明,在25 μl总反应体系中,以DNA模板量为30 ng,引物0.6 μmol/L,dNTP 150 μmol/L,Mg2+ 2.5 mmol/L,TaqDNA聚合酶0.75 U,10×反应缓冲液2.5 μl为最优反应条件.PCR的反应程序为:94 ℃预变性2 min,94 ℃变性20 s,36 ℃退火30 s,72 ℃延伸1 min,5个循环;94 ℃变性20 s,40 ℃退火30 s,72 ℃延伸1 min,40个循环;72 ℃延伸10 min.应用优化后的反应体系获得的RAPD指纹图谱带型清晰,重复性好.     

结球甘蓝RAPD反应条件的优化

以甘蓝(Brassica oleracea var.capitata)基因组DNA为模板,比较筛选RAPD扩增体系的各影响因素,优化了甘蓝的RAPD反应体系,调整了扩增程序.该体系反应总体积为20μL,其中25mmol/L MgCl2 2.0μL,10×PCR Buffer 2.0μL,10mmol/L dNTP 0.5μL,5U/μL Taq E 0.5μL,20ng/μL Primer 1.5μL,10ng/μL模板DNA 3μL,灭菌双蒸水10.5μL.适宜的扩增程序为94℃预变性5min;94℃变性1min,37℃复性1min,72℃延伸1.5min,40个循环;72℃延伸10min后15℃保存.     

兜兰ITS-PCR反应体系的建立及优化

为优化兜兰ITS-PCR反应体系,以兜兰属植物为试材,用改进的CTAB法提取总DNA,并采用单因子试验设计,对影响兜兰DNA ITS-PCR扩增反应的主要因素即Taq DNA聚合酶的用量、Mg2-浓度、dNTP浓度、引物退火温度、模板DNA用量和引物浓度等进行优化研究,建立兜兰最佳ITS扩增反应体系.结果表明:最佳反应体系为25 μL体系中,添加10×PCR buffer 2.5 μL、Taq DNA酶1.25U、Mg2+ 1.5mmol/L、dNTP 0.15 mmol/L、引物0.6μmol/L和模板DNA 40 ng,反应程序为94℃预变性4 min,1个循环;94℃变性30 s,54℃退火45 s,72℃延伸1 min,35个循环;72℃延伸7 min后终止反应,4℃保存.利用此反应体系可得到预期大小的ITS基因片段.     

黄芪SRAP反应体系优化

以黄芪为材料,对黄芪SRAP反应体系进行优化.黄芪最佳SRAP反应体系为,在20 μl反应体积中含:模板DNA 15 ng,引物0.2 μmol/L,dNTP 200 μmol/L,MgCl2 2 mmol/L,Taq DNA聚合酶 1 U,1×Buffer;反应程序为:94 ℃预变性5 min;94 ℃变性1 min,35 ℃退火1 min,72 ℃延伸1 min,5个循环;94 ℃变性1 min,50 ℃退火1 min,72 ℃延伸1 min,35个循环;最后72 ℃延伸5 min.     

人参基因组DNA的提取及RAPD—PCR反应条件的优化

探讨了人参基因组DNA提取方法及RAPD—PCR反应条件的优化．结果表明,用改良的CTAB方法提取的DNA均达到了RAPD—PCR分析的要求;优化的RAPD—PCR反应条件为：在25μLRAPD—PCR反应体系中,模板DNA20ng,dNTP200μmol／L,MgCl2 1．5mmol／L,10×Buffer2．5μL,引物浓度0．4pmol／L,TaqDNA聚合酶1．0U,其余以ddH20定容至25μL．PCR反应程序为：94℃预变性5min;94℃45S,40℃退火1min,72℃1min,共40个循环;最后在72℃延伸5min．     

长白山林下参基因组DNA提取及RAPD体系的优化

采用改良的CTAB法提取林下参的基因组DNA,所得的DNA纯度高、质量好,可用于RAPD分析．筛选出的林下参RAPD反应的最佳体系为20“L,反应体系中包括模板DNA20ng,引物20pmol,dNTPs0．1875mmol／L,TaqDNA聚合酶1．5U,Mg^2＋2．0mmol／L,10×Reaction Buffer2．0mmol／L,其余部分用无菌超纯水补充．PCR扩增程序为94℃预变性5min,94℃变性1min,37℃退火1min,72℃延伸2min,40次循环,72℃最终延伸7min．应用优化后的反应体系PCR扩增获得的RAPD指纹图谱带型清晰,重复性好,为通过分子标记获得丰富的林下参遗传信息奠定了基础．     

茄子RAPD分子标记体系的建立与优化

采用改良的CTAB法提取茄子基因组DNA,并通过单因素多水平梯度试验,比较筛选RAPD扩增体系的各影响因素,建立了茄子RAPD-PCR的最佳反应体系:20μL反应体系其中含25 mmol/L MgCl2 2.0μL1、0×PCR Buffer 2.0μL、10mmol/L dNTP 0.5μL5、U/μL Taq E 0.2μL0、.1μmol/L Primer 3μL1、0 ng/L模板DNA 3μL、灭菌双蒸水9.3μL。扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性1 min,37℃退火1 min7,2℃延伸1.5 min4,5个循环;72℃延伸10 min后4℃保存。     

牡丹ISSR-PCR反应体系正交优化设计

以“凤丹(”Paeonia ostii)基因组DNA为模板,采用正交试验设计方法,研究牡丹ISSR反应体系的影响因素,建立了适合牡丹的ISSR反应体系及程序。10 lμ反应体系为:1×反应缓冲液,2.5 mmo1/LMg2+,0.4 mmo1/LdNTPs,1.0 UTaq聚合酶,0.75μmol/L引物,10～20 ng模板DNA。反应程序为:94℃预变性3 min;94℃变性45 s,45～60(℃不同引物退火温度各异)复性45 s,72℃延伸90 s,35个循环;72℃延伸7 min;4℃保存。通过梯度退火试验,确定不同引物的退火温度。     

北五味子RAPD-PCR反应条件优化

以采自吉林省汪清地区野生北五味子叶片为材料,提取其基因组DNA,并以此为模板进行北五味子RAPD—PCR反应条件的优化．结果表明,PCR反应混合液为：25μLPCR反应体系中加入20ng模板DNA,200μmol／LdNTPs,0．3μmol／L引物,2．0mmol／LMg^2＋,1UTaqDNA聚合酶,2．5μL 10×Buffer;PCR反应程序为：94℃预变性5min后,在94℃变性1rain,40℃退火1min,72℃延伸2min,共40个循环后,在72℃下最后延伸5min时,在不同引物中均扩增出清晰而稳定的DNA电泳谱带．     

椰子基因组DNA的提取及RAPD反应体系的优化

以椰子叶片为实验材料,探索了椰子基因组DNA的提取方法,并对影响RAPD反应的各因素进行了优化,建立了椰子的优化反应体系和程序。试验最终建立的椰子RAPD反应总体积为20μL,各有关成分的最佳浓度分别为Mg2＋2.5 mmol/L,Taq DNA0.75 U,dNTP 0.2 mmol/L,Primer 1μmol/μL,模板DNA2.5 ng/μL。PCR循环程序为：94℃预变性1.5min;94℃变性20 s,36℃退火20 s,72℃延伸45 s,35个循环;最后72℃延伸3 min。     

正交设计优化茄子SSR反应体系

以茄子基因组DNA为模板,利用正交设计方法对茄子SSR反应体系中的Mg^2＋、模板DNA、Taq聚合酶、dNTP、引物5个因素进行了优化,同时对反应程序中的退火温度及循环次数进行筛选。结果确定了茄子10μL体积SSR反应体系的最优条件为：Buffer为1μL,Mg^2＋为2．25mmol·L^-1,dNTP为400μmol·L^-1,上下游引物各为39.60ng,Taq聚合酶为0．75U,DNA约为100ng。PCR程序为94℃预变性2min：然后进行35个循环的94℃变性30s,52℃复性30s,72℃延伸45s;72℃延伸8min后4℃保存。     

胡萝卜ISSR反应体系优化的研究

以改良CTAB法提取胡萝卜基因组DNA作为ISSR-PCR模板,通过单因素试验建立了一套适合胡萝卜ISSR-PCR的优化的反应体系,即25μL反应液中含10×buffer2.5μL,2.0mmol.L-1Mg2＋,200μmol·L-1dNTPs,Taq酶1.5U,引物0.5μmol·L-1,DNA模板20ng。PCR扩增程序为：94℃预变性4min,94℃变性40s,48～58℃退火45s,72℃延伸2min,进行35个循环,72℃延伸8min,在16℃保存。应用该优化反应体系筛选出了24条有效引物。     

天麻PCR反应体系的建立

 通过对Mg²⁺,dNTP,随机引物、模板DNA,TaqDNA聚合酶浓度等反应参数的系统研究,建立了天麻RAPD分析体系。该体系反应总体积20 μL, 其中MgCl₂ 2.5 mmol/L, dNTP 0.25 mmol/L,模板20 ng,随机引物0.3 μmol/L,Taq酶1.5 U. 反应程序为94 ℃预变性5 min,94 ℃变性35 s,36 ℃退火35 s,72 ℃延伸1 min,40个循环,最后72 ℃延伸5 min. 结果表明该体系具有良好的稳定性和重复性,可应用于天麻的演化、系统分类、品种鉴定等研究。