贵州黑山羊和黔北麻羊MSTN基因DraI酶切多态性分析

以贵州黑山羊和黔北麻羊为材料,根据山羊MSTN基因序列(GenBank登录号:EF588035)设计1对引物,用PCR-RFLP法对该序列进行多态性分析。结果表明:PCR扩增片段207 bp处存在TTTTA的插入,导致出现1个DraI酶切多态性位点,黑山羊纯合野生型(AA)为优势基因型,杂合型(AB)和纯合突变型(BB)为非优势基因型,A等位基因为优势基因;黔北麻羊纯合野生型(CC)为优势基因型,杂合型(CD)和纯合突变型(DD)为非优势基因型,C等位基因为优势基因。     

山羊TGFB3基因的多态性及生物学信息分析

为了解山羊TGFB3基因的多态性,并为优秀山羊品种的选育提供理论依据,选择牛TGFB3基因组序列(NM_001101183)设计1对特异性引物,采用DNA池PCR直接测序法快速检测黔北麻羊、内蒙古白绒山羊和关中奶山羊3个山羊品种的TGFB3基因的多态性.结果表明,只在黔北麻羊TGFB3基因第1外显子212 bp处发现1...     

黔北麻羊LHβ基因多态性及其与产羔数的相关性分析

采用直接测序法检测LHβ基因在黔北麻羊中的单核苷酸多态性,以探讨促黄体素β亚基基因多态性与黔北麻羊产羔数的关系,以及该基因对黔北麻羊繁殖力的影响。结果表明:LHβ基因检测到2个突变位点,在外显子2第414位点发生了由C→T碱基突变,导致苏氨酸突变为甲硫氨酸;检测到AA、Aa 2种基因型。A等位基因频率为0.933 4,a等位基因频率为0.066 7,2种基因型之间产羔数差异均不显著(P0.05)。在内含子2第718位点发生了由G→A碱基突变,检测到BB、Bb 2种基因型。B等位基因频率为0.950 0,b等位基因频率为0.0500,2种基因型之间产羔数差异均不显著(P0.05)。     

山羊MSTN基因EcoRV酶切多态性分析

采用限制性内切核酸酶EcoRV对山羊MSTN基因的676 bp扩增产物进行了PCR-RFLP多态性分析,检测到3种基因型,其酶切位点分别由2种共显性基因控制;对该片段的纯合型(AA、BB)分别测序发现,BB型在3783位的T→C。首次试验证实山羊MSTN内含子2(676 bp)区域存在多态性。     

黔北麻羊DKK1基因CDS区及部分内含子的多态性与生物信息学分析

【目的】为黔北麻羊种质资源的综合开发利用提供参考。【方法】应用DNA池结合PCR产物直接测序方法检测黔北麻羊DKK1基因CDS区及部分内含子的多态性,应用生物信息学方法对黔北麻羊DKK1基因的蛋白特性进行预测和分析。【结果】在黔北麻羊的DKK1基因CDS区及部分内含子序列中筛选出8个SNP位点,分别为第1内含子C1626T位点,第3内含子A3083G位点,编码区的T3000C、T3228C、T3238C、G3240A、T3271A和T3411C位点。其中,T3271A为错义突变,导致半胱氨酸(Cys)变为丝氨酸(Ser),其他编码区的SNP位点均为同义突变。DKK1基因的CDS区包含有1条长789 bp的核苷酸序列,编码262个氨基酸,蛋白分子量为28 349.17 D;DKK1基因编码的整个多肽链表现为亲水性,并具有信号肽序列,剪切位点最有可能位于第31~32位氨基酸,在第15~37位氨基酸间存在1个典型的跨膜结构域;其二级结构主要由α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲组成,属于mixed型蛋白;黔北麻羊DKK1基因编码的氨基酸与普通山羊、绵羊和牛等物种均具有较高同源性,基因系统进化情况与其亲缘关系基本一致。【结论】DKK1基因在进化上较保守,其可作为动物骨骼生长发育研究和相关疾病鉴定的重要候选基因。     

不同品种猪生长激素基因的PCR-RFLPs分析

采用PCR-RFLPs技术，对香猪、上海白猪、大约克夏猪生长激素基因-119～＋715区域共834bp片段的扩增产物分别用ApaI、DraI、MspI三种限制性内切酶检测酶切位点的多态性。结果显示：ApaI酶切时．三个品种的猪都产生了3种基因型（AA、BB和AB），BB基因型的频率以大约克夏猪最高．AB基因型的频率以香猪最高．三个猪种间基因型频率、等位基因频率的差异不显著（P〉0．05）；DraI酶切时．各品种猪均未呈现酶切位点的多态性；MspI酶切时，仅大约克夏猪表现出2种基因型（CC、CD），香猪、上海白猪未产生酶切位点多态性。结论：AB基因型的频率以香猪为最高，它可能是小型猪的有利基因型；在香猪和上海白猪中DraI和Mspl酶切位点的多态性比较贫乏。     

我国主要地方山羊品种MSTN基因的MnlⅠ酶切多态性分析

采用限制性内切核酸酶MnlⅠ对山羊MSTN基因的379bp扩增产物进行了PCR-RFLP多态性分析,检测到3种基因型,其酶切位点分别由2种共显性基因控制;对该片段的纯合型分别克隆测序发现,BB型在第277位由G→A。证实山羊MSTN内含子二、外显子三(379bp)区域存在多态性。     

MMP15、PICK1基因在山羊睾丸中的表达研究

MMP15、PICK1基因均是哺乳动物性腺组织中影响性腺生理功能正常发挥的重要影响因子，但它们在黔北麻羊睾丸组织中的表达规律尚不明晰。为研究黔北麻羊不同月龄的睾丸中MMP15、PICK1基因的表达情况，本试验以黔北麻羊为研究对象，通过qRT-PCR技术分别检测MMP15与PICK1基因在1、3、6、9、12月龄的黔北麻羊睾丸中的表达水平并建立基因表达的标准曲线。结果显示：MMP15、PICK1基因在黔北麻羊不同月龄睾丸组织中均有表达；MMP15基因在黔北麻羊不同月龄睾丸中的表达量从高到低排列为：12月龄>1月龄>9月龄>3月龄>6月龄；12月龄与1月龄的表达差异不显著(P>0.05),二者表达量均极显著高于3月龄、6月龄、9月龄(P<0.01);9月龄表达显著高于3月龄(P<0.05),极显著高于6月龄(P<0.01);3月龄表达极显著高于6月龄(P<0.01)。PICK1基因在黔北麻羊不同月龄睾丸中的表达量从高到低排列分别是：3月龄>6月龄>12月龄>9月龄>1月龄；3、6月龄其表达量极显著高于9、12月龄...     

贵州小香羊MSTN基因内含子2和外显子3的多态性

为贵州小香羊选育及进一步研究MSTN基因与贵州小香羊生长性状的相关性提供理论依据,采用PCR-RFLP方法对67只贵州小香羊MSTN基因内含子2和外显子3进行了多态性分析。结果表明,所扩增内含子2中存在Bsp1286I酶切多态位点,杂合型(AB)为优势基因型,无纯合野生型(AA)和纯合突变型(BB);所扩增内含子2和外显子3中存在BstBI酶切多态位点,杂合型(CD)为优势基因型,纯合野生型(CC)和纯合突变型(DD)为非优势基因型,D等位基因为优势基因,且含有2个TatI正常酶切位点,但不存在多态性,不存在BsmFI酶切位点。     

山羊GHRH-R基因SNPs的快速筛查及基因频率估算

为进一步开展山羊GHRH-R基因的表达调控、分子标记辅助育种及比较基因组学等的研究,采用构建DNA池并用直接测序的方法,研究了黔北麻羊、内蒙古绒山羊和关东奶山羊3个山羊品种GH-RH-R基因的多态性,并估算其等位基因频率。结果表明:在黔北麻羊GHRH-R基因中发现2个SNPs(T-640-C,G-811-T),第8内含子640bp、811bp处分别发生了T→C、C→T碱基转换;等位基因频率T-640为0.500,C-640为0.500,C-811为0.387,T-811为0.613;关中奶山羊和内蒙古白绒山羊在640bp、811bp处没有发生碱基突变。     

黔北麻羊RERGL基因cDNA克隆与生物信息学分析

选择与羊同源性较高的牛RERGL基因组序列设计特异性引物,提取黔北麻羊脾脏总RNA,通过RT-PCR技术对RERGL基因进行克隆测序及序列分析.结果表明,成功克隆了黔北麻羊RERGL基因,其cDNA序列646 bp,GenBank登录号JN 671919,编码205个氨基酸.生物信息学分析表明,黔北麻羊RERGL基因蛋白二级结构α-螺旋占40.68％,延伸链占16.18％,无规则卷曲占43.14％;没有跨膜螺旋结构域且没有糖基化位点.     

贵州山羊品种RERG基因多态性与生长性状的相关性

【目的】研究贵州地方山羊品种黔北麻羊、贵州白山羊和贵州黑山羊ras-related and estrogen- regulated growth inhibitor（RERG）基因第2、3和4外显子的多态性及其与生长性状的相关性。【方法】本试验通过PCR-SSCP技术和直接测序法,对3个品种外显子SNPs位点进行检测,利用一般线性模型分析其与生长性状的关联性。【结果】3个供试群体中在第4外显子上都检测到4个SNPs位点,即56 bp（C/G）、826 bp（A/G）、1 434 bp（T/C）和1 798 bp（A/T）。最小二乘法分析结果表明,AA型和BB型的体重对AB型达到差异极显著水平（P＜0.01）,CC型和DD型的体重对CD型达到差异显著水平（P＜0.05）,EE型和FF型的体重对EF型达到差异极显著水平（P＜0.01）、1 798 bp（A/T）位点各基因型间差异不显著。【结论】RERG基因的56 bp（C/G）、826 bp（A/G）和1 434 bp（T/C）多态性位点可作为生长性状的候选分子标记。     

黔北麻羊种质特性研究初报

通过对黔北麻羊的来源与变化、分布地的生态环境特征、体型外貌、生理指标、生产性能、繁殖性能的研究,并与贵州白山羊、贵州黑山羊相关性能进行比较,结果表明：黔北麻羊在其分布地的生境特征、体型外貌、生理指标、生产性能、繁殖性能方面具有特点和特色,是一种比较独特的遗传资源。     

猪MSTN基因生物信息学分析

[目的]对猪MSTN基因进行生物信息学分析。[方法]以从GenBank中检索到的猪、大鼠、小鼠、狗、绵羊、山羊、牛、黑猩猩、人、马、鸡和斑马鱼的MSTN基因CDS序列为材料,将该12个物种的MSTN蛋白序列调入DNAStar软件的Megalign程序,进行系统进化分析;并对猪MSTN基因的基本信息、内切酶图谱、编码蛋白二级结构、信号肽、跨膜结构以及蛋白质亚细胞定位进行分析。[结果]猪MSTN基因与大鼠、小鼠、狗、绵羊、山羊、牛、黑猩猩、人、马亲缘关系很近;该基因包含多个酶切位点;其编码的蛋白是一个疏水性不稳定蛋白,分子量为42 791.3 u,等电点为6.98,包含375个氨基酸残基;蛋白二级结构上,含有20.53%的α-螺旋(Helix)、4%β-转角(Turn)、53.07%无规则卷曲(Coil)、22.4%伸展条(extenden strand)和1个跨膜结构区域;该蛋白定位于细胞外,作为信号肽的可能性很大。[结论]该研究为猪MSTN基因的进一步分析研究提供了参考依据。     

猪MSTN基因生物信息学分析(英文)

[目的]对猪MSTN基因其进行生物信息学分析。[方法]以从GenBank中检索到的猪、大鼠、小鼠、狗、绵羊、山羊、牛、黑猩猩、人、马、鸡和斑马鱼的MSTN基因CDS序列为材料,将该12个物种的MSTN蛋白序列调入DNAStar软件的Megalign程序,进行系统进化分析;并对猪MSTN基因的基本信息、内切酶图谱、编码蛋白二级结构、信号肽、跨膜结构以及蛋白质亚细胞定位进行分析。[结果]猪MSTN基因与大鼠、小鼠、狗、绵羊、山羊、牛、黑猩猩、人、马亲缘关系很近;该基因包含多个酶切位点;其编码的蛋白是一个疏水性不稳定蛋白,分子量为42791.3u,等电点为6.98,包含375个氨基酸残基;蛋白二级结构上,含有20.53%的α-螺旋(Helix)、4%β-转角(Turn)、53.07%无规则卷曲(Coil)、22.4%伸展条(extendenstrand)和1个跨膜结构区域;该蛋白定位于细胞外,作为信号肽的可能性很大。[结论]该研究为猪MSTN基因的进一步分析研究提供了参考依据。     

不同品种羊血液和肺脏中TLRs基因转录水平差异分析

【目的】分析不同品种羊Toll样受体（TLRs）基因转录水平的差异性,为揭示TLRs基因转录水平与羊疫病间的关联性提供参考依据。【方法】选取贵州省主要饲养的贵州黑山羊、贵州白山羊、黔北麻羊、波尔山羊和湖羊为研究对象,根据GenBank已公布的TLRs基因序列设计荧光定量PCR特异性扩增引物及TaqMan探针引物,利用TaqMan探针荧光定量PCR检测不同品种羊血液和肺脏中TLR1~TLR10基因转录水平差异。【结果】 TLR1~TLR10基因在不同品种羊血液和肺脏中均有转录表达。不同品种羊血液和肺脏中的TLRs基因转录水平均存在差异性,在波尔山羊血液中TLR2、TLR4和TLR5基因转录水平均极显著低于其他4种羊（P<0.01,下同）,TLR7和TLR8基因转录水平则极显著低于除黑山羊外的其他3种羊;在白山羊血液中TLR4、TLR7、TLR8和TLR9基因转录水平极显著高于其他4种羊;在湖羊肺脏中TLR2、TLR3、TLR4、TLR5和TLR8基因转录水平极显著低于其他4种羊,而在黔北麻羊肺脏中TLR5和TLR8基因转录水平极显著高于其他4种羊。此外,在5种羊血液中TLR2、TLR4、TLR7和TLR8基因转录水平均极显著高于其他TLRs基因转录水平;羊肺脏中TLR2、TLR3、TLR4、TLR5和TLR8基因转录水平相对较高,在贵州白山羊、贵州黑山羊和波尔山羊均表现为极显著高于其他TLRs基因转录水平。【结论】不同品种羊血液和肺脏中TLRs基因转录水平具有差异性,以TLR2、TLR3、TLR4、TLR5和TLR8基因转录水平相对较高,提示TLRs在不同品种羊机体中发挥着清除病原体及维持机体稳态的作用,而TLRs基因转录水平差异可能是造成不同品种羊对疫病易感差异的原因之一。     

贵州白山羊和黔北麻羊TFAM 基因部分外显子多态性研究

利用黔北麻羊和贵州白山羊构建品种DNA池,设计1对引物分别扩增其TFAM基因第2外显子及第1内含子部分序列.PCR产物纯化后进行双向测序,DNAStar和BLAST分析确定多态性位点.利用生物信息学软件分析SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白二级、三级结构的影响.结果表明:在羊TFAM基因中筛选到5个SNPs:T 1005C、G1099C、A1130C、G1164C、T1287C,其中T1005C为同义突变,G1099C为错义突变,导致编码的甘氨酸(Gly)变为半胱氨酸(Cys);A1130C、G1164C、T1287C 3个突变位点均位于内含子区.SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白结构有一定影响.     

辽宁绒山羊抑制素A基因遗传变异与双羔性状的关联分析

以抑制素A基因(Inhibin alpha subunit gene,INHA)作为辽宁绒山羊双羔性状的候选基因,以便为绒山羊育种工作中分子标记选择提供理论依据。运用测序法寻找辽宁绒山羊INHA基因单核苷酸多态性,筛查到一个新的多态位点-446TC,该位点位于INHA基因的启动子区域。运用PCR-RFLP法验证并分析该位点在辽宁绒山羊双羔群体和单羔群体间的多态性。结果表明,在辽宁绒山羊中双羔和单羔群体中分布A、B两个等位基因,处于中度多态。经χ2检验,样本在该位点未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),不同基因型在辽宁绒山羊单、双胎群体上差异达到显著水平(P0.05)。