应用贝叶斯方法评估7周龄蛋鸡体质量

为了评估蛋鸡早期体质量,将母体遗传效应列入动物模型随机效应、遗传组协变量列入动物模型固定效应,应用贝叶斯方法估计遗传参数。试验鸡来自白莱航鸡与绿壳蛋鸡F2资源群体,包括亲代、F1代和F2代总计5 538只。经数据整理,去除翅号重复、性别不明、3倍标准差之外个体记录。采用MCMCglmm软件包以贝叶斯方法剖分7周龄蛋鸡体质量表型方差。遗传模型固定效应包括品种、世代效应及遗传组协变量;蛋鸡资源群体7周龄体质量加性遗传力为0.36(95%置信区间:0.27～0.46),母体遗传力为0.05(95%置信区间:0.03～0.07)。蛋鸡F2资源群体遗传评估时应考虑遗传组效应的影响;母体遗传效应影响7周龄蛋鸡体质量,在进行配套系选育时应考虑母体遗传效应的利用。     

应用随机回归模型分析蛋鸡蛋黄质量遗传参数

[目的]以随机回归模型分析绿壳蛋鸡-白来航鸡资源群体蛋黄质量遗传规律和遗传参数。[方法]收集2011—2014年资源群体2 260只鸡生产记录,整理后获得11 759条蛋黄质量记录,用随机回归模型将Legendre多项式嵌入加性遗传效应、永久环境效应以及固定效应,各周龄以不同的残差效应处理。加性遗传与永久环境效应分别以1~3阶Legendre多项式评估,以AIC、BIC值以及残差值选择最优模型。利用WOMBAT软件以平均信息约束最大似然法(AIREML)分析表型方差组分。[结果]蛋黄质量遗传力为0.43~0.49,重复力为0.61~0.71;蛋黄质量加性遗传方差应嵌入3阶Legendre多项式,永久环境方差应嵌入2阶Legendre多项式;随机误差最低值出现在40周龄,最高值出现在56周龄;加性遗传方差随周龄增加而增加;各周龄之间遗传方差高度相关。[结论]随机回归模型适用于蛋黄质量遗传参数估算;蛋黄质量属于中等遗传力性状。     

蛋鸡5周龄体质量遗传参数及估计方法比较

为调查蛋鸡资源群体早期体质量选育潜力,比较了限制最大似然法、马尔科夫链蒙特卡洛方法和积分嵌套拉普拉斯逼近方法的效率和结果准确性,应用动物模型估计遗传参数。试验鸡来自东乡绿壳蛋鸡与白来航鸡F2资源群体,包括3个世代总计5 405只鸡,采用限制最大似然法和贝叶斯法剖分5周龄蛋鸡体质量表型方差。结果表明:蛋鸡F2资源群体5周龄体质量遗传力为0.49~0.59,具体因算法而定;马尔科夫链蒙特卡洛方法计算用时较长、准确性稍差;积分嵌套拉普拉斯逼近方法能够准确给出方差组分的标准误,而不是近似的或依据正态分布推测的;限制最大似然法计算用时短,结果准确,目前为最佳选择。由于蛋鸡资源群体5周龄蛋鸡体质量选育潜力大,将来可以通过个体选育获取遗传进展。     

基于荟萃分析的蛋质量遗传力研究

蛋质量是蛋鸡、肉种鸡选育工作中重要指标,许多研究团队针对蛋质量性状开展了遗传评估,但结果不一致。荟萃分析旨在评估蛋鸡、肉种鸡及地方鸡种蛋质量遗传力及其动态变化规律。检索ISI Web of Science、Biological Abstract及中国知网数据库,收集1960年1月至2019年6月国内外发表的蛋质量遗传力相关研究,共有115条记录符合内控标准。应用随机效应模型、亚组分析及出版偏差检验来评估蛋质量遗传力数据集。随机效应模型分析结果表明蛋质量遗传力为0.51±0.01,不同研究结果之间异质性较高;亚组分析结果表明,白壳蛋鸡亚群蛋质量遗传力为0.55±0.02,洛岛红鸡亚群蛋质量遗传力为0.52±0.02,肉种鸡亚群蛋质量遗传力为0.50±0.04,地方鸡亚群蛋质量遗传力为0.46±0.02。随着周龄增加,蛋质量遗传力先升后降,最高值出现在45～54周龄。本研究结果表明,遗传背景和周龄可能是导致蛋质量异质性较高的原因。     

蛋鸡资源群体产蛋性状遗传参数分析

【目的】利用平均信息约束最大似然算法(AIREML)分析蛋鸡资源群体产蛋总重、产蛋数、40周龄蛋重和开产性状遗传参数,剖析产蛋性状遗传参数变化规律。【方法】以白莱航鸡与东乡绿壳蛋鸡为基本素材,依照F2设计组建资源群体,包括亲代、F_1代和F_2代总计2 326只母鸡。每一世代采集开产性状数据,每日记录产蛋信息。蛋鸡32～60周龄采集蛋重数据19 825条。以多性状动物模型评估遗传方差、残差和表型方差。【结果】(1)品种、世代对产蛋性状有着重要影响,将其列入固定效应;(2)32～60周龄产蛋总重遗传力为0.28±0.05,累积产蛋数遗传力为0.33±0.05,40周龄蛋重遗传力为0.58±0.05,开产日龄遗传力为0.35±0.05,开产体重遗传力为0.65±0.05,开产蛋重遗传力为0.44±0.06;(3)产蛋总重与产蛋数遗传相关系数为0.78±0.04,与40周龄蛋重遗传相关系数为0.27±0.10,与开产日龄遗传相关为-0.41±0.12。【结论】选择产蛋总重性状,宜以个体选择结合家系选择方能有效获取遗传进展。     

应用混合线性模型评估蛋白高度遗传参数

为分析蛋白高度动态变化规律,估计该性状不同周龄的遗传力和遗传相关系数,以高产蛋鸡白来航鸡与地方鸡鸡种绿壳蛋鸡构建F2资源群体,采集资源群体蛋白高度数据18 624条,应用约束最大似然算法分析表型方差组分。结果表明,混合线性模型的固定效应宜包含批次和亲代品种效应;资源群体蛋白高度遗传力为0.17~0.30;不同周龄蛋白高度表型相关系数为0.22~0.43,遗传相关系数为0.58~0.97,相邻周龄遗传相关系数较高。结果显示资源群体蛋白高度遗传力属于中等偏下,通过中长期选择才能有效获取遗传进展;蛋鸡分离群体蛋白高度不同周龄之间表型值差异不大、遗传相关系数较高,选择1~2个时间点足以代表全期蛋白高度水平。     

应用随机回归模型估计蛋鸡体重遗传参数

【目的】通过分析勒让德多项式阶数对最大似然值、残差的影响,优化随机回归模型,评估蛋鸡资源群体体重遗传潜能和选择时机,为蛋鸡资源群体育种方案提供参数。【方法】收集东乡绿壳蛋鸡与白莱航鸡F2资源群体体重数据26 532条。系谱数据包含5 871只鸡,其中4 174只鸡有5条记录,802只鸡有4条记录,128只鸡没有记录。数据清洗包括去除离群值数据、去除翅号重复个体、去除性别不明个体、去除少于4条记录个体。经整理,剩余25 483条体重数据,其中绿壳蛋鸡2 223条,白莱航鸡696条,F1代6 002条,F2代16 562条。应用SPSS软件中一般线性模型分析非加性遗传因素对体重的影响,确定将批次、性别列入动物模型固定效应。应用随机回归模型分析蛋鸡早期体重方差组分、遗传参数、随机回归系数矩阵特征向量。随机回归动物模型中包括一般固定效应、固定回归项及随机回归项三类效应。研究中,以批次-性别作为固定效应,以周龄体重作为固定回归项,将加性遗传效应和永久环境效应作为随机回归项。经AIC、BIC筛选,随机回归模型中加性遗传效应宜嵌入5阶勒让德多项式、永久环境效应宜嵌入5阶勒让德多项式、固定回归项宜嵌入2阶勒让德多项式。残差做异质化处理,分为5个水平,即每次观测设定一个残差初始值,观测间隔期残差以线性回归计算。【结果】蛋鸡资源群体1—9周龄体重遗传力为0.46—0.63,重复力为0.88—0.92,遗传相关系数为0.32—0.99,永久环境相关系数为0.34—0.99。遗传相关系数随着周龄间隔增大而减小,相邻周龄遗传相关系数较高。遗传方差、永久环境方差以及残差随年龄增加而增加。加性遗传效应随机回归系数矩阵前三个特征值依次为1 976.91、161.95、42.22,前三个特征值合计解释99%遗传变异。【结论】随机回归模型可用于蛋鸡早期体重遗传评估及选育。对加性遗传系数矩阵第二特征方程系数进行选择可以改变个体生长曲线,选择时机宜在3—6周龄。蛋鸡资源群体早期体重遗传力略高于其它群体同类研究结果。     

基于个体动物模型分析蛋鸡蛋壳厚度遗传参数

为评估母体遗传对蛋壳厚度表型变异的影响,剖析蛋壳厚度遗传参数动态变化规律,采集白莱航鸡×绿壳蛋鸡资源群体亲代及F1、F2代蛋壳厚度数据20 834条,利用WOMBAT软件分别以单性状和多性状动物模型分析表型方差组分。结果表明:批次和亲代品种效应对统计蛋壳厚度有着重要影响,将其列入固定效应;资源群体蛋壳厚度受母体遗传影响,加性与母体遗传存在较强负遗传相关;不同周龄蛋壳厚度表型相关系数为0.27~0.53,遗传相关系数为0.76~0.99,相邻周龄遗传相关系数较高。结果提示资源群体蛋壳厚度遗传力属于中等偏下,通过中长期选择才能有效获取遗传进展。     

应用随机回归模型估计蛋鸡体重遗传参数

【目的】通过分析勒让德多项式阶数对最大似然值、残差的影响,优化随机回归模型,评估蛋鸡资源群体体重遗传潜能和选择时机,为蛋鸡资源群体育种方案提供参数。【方法】收集东乡绿壳蛋鸡与白莱航鸡F₂资源群体体重数据26 532条。系谱数据包含5 871只鸡,其中4 174只鸡有5条记录,802只鸡有4条记录,128只鸡没有记录。数据清洗包括去除离群值数据、去除翅号重复个体、去除性别不明个体、去除少于4条记录个体。经整理,剩余25 483条体重数据,其中绿壳蛋鸡2 223条,白莱航鸡696条,F₁代6 002条,F₂代16 562条。应用SPSS软件中一般线性模型分析非加性遗传因素对体重的影响,确定将批次、性别列入动物模型固定效应。应用随机回归模型分析蛋鸡早期体重方差组分、遗传参数、随机回归系数矩阵特征向量。随机回归动物模型中包括一般固定效应、固定回归项及随机回归项三类效应。研究中,以批次-性别作为固定效应,以周龄体重作为固定回归项,将加性遗传效应和永久环境效应作为随机回归项。经AIC、BIC筛选,随机回归模型中加性遗传效应宜嵌入5阶勒让德多项式、永久环境效应宜嵌入5阶勒让德多项式、固定回归项宜嵌入2阶勒让德多项式。残差做异质化处理,分为5个水平,即每次观测设定一个残差初始值,观测间隔期残差以线性回归计算。【结果】蛋鸡资源群体1—9周龄体重遗传力为0.46—0.63,重复力为0.88—0.92,遗传相关系数为0.32—0.99,永久环境相关系数为0.34—0.99。遗传相关系数随着周龄间隔增大而减小,相邻周龄遗传相关系数较高。遗传方差、永久环境方差以及残差随年龄增加而增加。加性遗传效应随机回归系数矩阵前三个特征值依次为1 976.91、161.95、42.22,前三个特征值合计解释99%遗传变异。【结论】随机回归模型可用于蛋鸡早期体重遗传评估及选育。对加性遗传系数矩阵第二特征方程系数进行选择可以改变个体生长曲线,选择时机宜在3—6周龄。蛋鸡资源群体早期体重遗传力略高于其它群体同类研究结果。     

鸡产蛋数遗传力的 Meta 分析

【目的】产蛋数是蛋鸡、肉种鸡育种工作中主选性状,但已有研究报道的产蛋数遗传力跨度较大,使育种工作者无从选择。对鸡产蛋数遗传力进行Meta分析,旨在评估蛋鸡、肉种鸡及地方鸡种产蛋数遗传力及其动态变化规律。【方法】通过检索中国知网、ISI Web of Science、PubMed、EBSCO及ProQuest数据库,收集 1990—2019年国内外发表的产蛋数遗传评估相关文献,共获得72篇符合内控标准的论文。应用随机效应模型、亚组分析及两步法回归分析评估产蛋数遗传力数据集。【结果】随机效应模型分析结果表明,产蛋数遗传力为0.234±0.009,不同研究结果之间异质性较高;亚组分析结果表明,白壳蛋鸡、褐壳蛋鸡亚群产蛋数遗传力分别为0.242±0.022、0.224±0.017,肉种鸡、地方鸡亚群产蛋数遗传力分别为0.221±0.029、0.240±0.014,产蛋后期遗传力呈现下降。产蛋数遗传力方程为h_2=-0.0023t+0.2253。【结论】遗传因素对鸡产蛋数变异贡献较低,遗传力的异质性可归因于遗传背景和周龄。     

萱草属植物种间与种内分离群体花器官主要性状的遗传分析

为了解析萱草属植物花器官主要性状的遗传规律,以食用黄花为主的地方品种大同黄花为母本、以观赏为主的萱草品种摇篮曲为父本构建种间杂交群体,同时以农家种东庄黄花为母本、地方种冲里黄花为父本构建黄花菜种内杂交群体,对杂交后代的花葶高度、花朵直径、花蕾长度、花蕾宽度、单个花蕾鲜质量等农艺性状进行测定及遗传力分析。结果表明,杂交后代的主要农艺性状具有显著而广泛的遗传变异,大同×摇篮曲的F1群体花朵直径遗传力为32.8%,花葶高度遗传力为65.4%,花蕾长度遗传力为60.5%,花蕾宽度遗传力为34.2%,单个花蕾鲜质量遗传力为66.4%;东庄×冲里的F1群体花朵直径遗传力为86.9%,花葶高度遗传力为73.2%,花蕾长度遗传力为46.2%,花蕾宽度遗传力为41.2%,单个花蕾鲜质量遗传力为58.6%。2个杂交组合均表现为花葶高度遗传力较高,且遗传方式属于数量遗传;种间杂交群体花蕾长度与单个花蕾鲜质量的遗传力较高,花朵直径、花蕾宽度的遗传力较低;种内杂交群体花朵直径、花葶高度的遗传力较高,花蕾长度、花蕾宽度的遗传力较低。种内杂交群体花蕾长度、花蕾宽度、单个花蕾鲜质量中存在一定的超亲现象。研究结果可为开展相关性状的QTL定位及分子标记辅助选择育种提供基础。     

如皋黄鸡开产性状加性遗传及母体遗传效应分析

【目的】以动物模型分析加性遗传、母体遗传对如皋黄鸡开产性状的影响,并计算开产性状遗传参数。【方法】收集如皋黄鸡2009—2012年生产数据,包括10 454个动物个体、31 362条生产记录。依据是否考量母体效应,设计4种统计模型。利用WOMBAT软件以平均信息约束最大似然法(AIREML)剖分表型方差,以似然比统计值检验模型适用性。以单性状模型分析遗传力,以多性状模型分析遗传相关系数和表型相关系数。【结果】母体环境对开产日龄有显著的影响,模型II为开产日龄最适模型,开产日龄遗传力为0.28±0.02;母体遗传对平均开产蛋质量影响显著,模型III适合计算开产蛋质量遗传力,开产蛋质量加性遗传力为0.23±0.02、母体遗传力为0.03±0.01;母体遗传和母体环境对开产体质量有显著影响,开产体质量加性遗传力为0.34±0.03、母体遗传力为0.04±0.01,模型IV为开产体质量最适模型。如皋黄鸡开产蛋质量、开产体质量加性遗传与母体遗传存在负相关。开产体质量、开产蛋质量与开产日龄之间的遗传相关系数分别为0.36±0.07、0.33±0.07,开产蛋质量与开产体质量之间的遗传相关系数为0.65±0.05。【结论】如皋黄鸡开产日龄、开产体质量、开产蛋质量等开产性状均受母体效应影响,且遗传力较低。     

40周龄母鸡体尺性状的主基因+多基因混合遗传分析

为研究40周龄母鸡体尺性状的内在遗传机理,以绿壳蛋鸡黑羽纯系和白来航鸡为对象构建分离群体,测定亲本(P1、P2)、F1代和F2代母鸡40周龄的体尺,运用主基因+多基因混合遗传分析软件SEA-G4F2对分离群体40周龄体尺性状进行遗传分析。结果表明:母鸡40周龄的胫围、胫长、胸角和胸宽的最适模型均为E-1,即2对加性-显性-上位性主基因+加性-显性多基因混合遗传模型,其对应的主基因的遗传率分别为60.89%、61.24%、55.62%和59.43%;龙骨长和体斜长的最适模型均为E模型,即2对加性-显性-上位性主基因+加性-显性-上位性多基因混合遗传模型,主基因遗传率为16.52%和30.76%,龙骨长对应的多基因的遗传率为7.2%。6个体尺性状中除了龙骨长检测出多基因外,其他性状均未检测到多基因,各个性状的主基因的遗传效应均大于多基因的遗传效应。     

应用贝叶斯算法评估如皋黄鸡40周龄体重母体遗传、显性遗传效应

文章旨在评估亲本印记及显性遗传效应对如皋黄鸡40周龄体重表型方差的影响。收集2009~2011年如皋黄鸡生产记录,包括3 890只鸡的产蛋高峰期体重记录,以贝叶斯算法分析表型方差组分。应用动物模型时考虑加性遗传、母体遗传以及显性遗传效应,对不同日龄体重进行标准化,以DIC值选择最优模型。结果表明,如皋黄鸡40周龄体重性状遗传模型应考虑加性遗传效应和母体遗传效应;如皋黄鸡40周龄遗传力为0.45,母体遗传效应可解释6%表型方差;如皋黄鸡40周龄体重基本不受显性遗传效应影响。遗传分析结果显示40周龄体重属于中等遗传力性状,可以利用母体遗传效应估计育种值进行专门化选育。     

豫州褐壳蛋鸡Ⅲ系部分数量性状遗传参数的估测

用父系半同胞组内相关法 ,对豫州褐壳蛋鸡 系四世代的部分数量性状的遗传参数进行了估测与分析 ,结果发现 :开产日龄遗传力为 0 .32 4 1,4 0周龄蛋重的遗传力为 0 .3493,体重的遗传力为 0 .4 139～ 0 .4 6 12 ,产蛋量遗传力为 0 .2 5 94～ 0 .3835 ;4 0周龄产蛋量和 72周龄产蛋量之间的遗传相关系数为 0 .5 916 ,开产日龄与72周龄产蛋量间的遗传相关系数为 - 0 .5 94 3,开产日龄与 4 0周龄及 72周龄体重的遗传相关系数分别为 0 .4 2 0 4和 0 .7971     

鸡18周龄体重的主基因+多基因混合遗传模型分析

为探索鸡产蛋初期体重的内在遗传变化规律,确定控制产蛋初期体重的主基因对数,本研究以东乡绿壳蛋鸡(P_1)和单冠白莱航鸡(P_2)为亲本构建F2资源群体,测定亲本(P_1、P_2)、子一代(F_1)和子二代(F_2)产蛋初期18周龄体重,运用数量性状主基因+多基因混合遗传模型软件SEA-G4F2对鸡18周龄体重进行遗传分析。结果表明,最适合鸡18周龄体重的主多基因混合遗传模型为两对加性-显性-上位性主基因+加性-显性多基因混合遗传模型,即为24个模型中的E-1模型;主基因遗传力为0.25,多基因遗传力为0。综上,主基因对鸡18周龄体重调控作用远大于多基因。     

应用多性状动物模型评估蛋鸡蛋形指数遗传参数

以动物模型结合平均信息约束最大似然算法(AIREML)分析蛋鸡蛋形指数遗传力、重复力和遗传相关系数,剖析蛋形指数遗传参数动态变化规律。试验素材来自白莱航鸡与绿壳蛋鸡分离群体,包括亲代、F_1代和F_2代,总计2 326只母鸡。每一世代32~60周龄,期间每4周测量1次蛋品质,共采集蛋形指数数据19825条。以WOMBAT软件估计遗传方差、永久环境方差和残差。结果表明:品种、世代和周龄,对蛋形指数有重要影响,将其列入固定效应;蛋形指数性状并非正态分布,应用平方根反正弦进行数据转换,但转换前后遗传参数估计值差异不显著(P0.05);蛋形指数遗传力为0.31~0.47,遗传方差随周龄增加而增加,至48周龄达到极大值,之后小幅回落;重复力为0.47~0.61,永久环境方差基本稳定在同一水平;不同周龄蛋形指数遗传相关系数为0.91~0.99,永久环境相关系数为0.61~0.92,相邻周龄遗传相关系数较高。蛋形指数重复力较高、周龄之间遗传相关系数接近于1,以个体选择可以有效获取遗传参数。     

近交对蛋鸡体重的影响

数据来自白莱航鸡、绿壳蛋鸡资源群体,包括13 185条记录,应用多性状动物模型解析遗传参数、育种值排序,评估近交对蛋鸡体重性状的影响,并比较不同模型估计的遗传参数、育种值排序.结果表明:F_2代群体个体近交系数解释的表型方差占比为6.0%～7.9%;蛋鸡资源群体体重的遗传力为0.43～0.47,重复力为0.51～0.94,遗传相关系数为0.66～0.84;近交系数协变量改变了育种值排序.蛋鸡资源群体体重的遗传潜能较大;选育体重时,动物模型宜包含近交系数协变量.     

长期选择的杜洛克猪群体经济性状遗传参数及遗传进展分析

目的 对受长期选择的实际杜洛克猪育种群体3个重要经济性状进行遗传参数估计,分析各性状取得的遗传进展,并探讨实际育种群体中长期选择等因素对群体遗传参数的影响。方法 收集广西某种猪场核心育种群杜洛克猪2003—2018年共计15 760条生长性能测定记录。运用DMU软件的DMUAI模块和DMU4模块,利用多性状动物模型估计3个重要经济性状的群体遗传参数和个体育种值。并通过估计该群体的年度累计群体遗传参数以评估该群体在长期选择过程中遗传参数的变化情况。结果 杜洛克猪3个重要经济性状(达100 kg体质量日龄、背膘厚和眼肌面积)的估计遗传力分别为0.354、0.477和0.479,均属中高遗传力性状。3个性状间的遗传相关范围为-0.110~0.039,表型相关范围为-0.076~0.082,均属于弱相关。性状达100 kg体质量日龄在长期选择中取得了较大的遗传进展,而性状达100 kg体质量背膘厚和达100 kg体质量眼肌面积取得的遗传进展较小。分析年度累积群体估计的遗传参数发现,3个经济性状的加性遗传方差出现了不同程度的变化。结论 杜洛克猪群体3个重要经济性状均为中高遗传力性状且性状间相关性较弱。在实际育种群体中,长期选择及引种等因素会导致群体遗传参数发生变化,育种实践中应及时开展遗传参数估计,以获得准确的遗传评估结果,加速群体遗传改良。     

蛋鸡早期生长性状、40周龄体尺性状和72周龄屠宰性状的典型相关分析

【目的】旨在揭示蛋鸡早期生长性状、40周龄体尺性状和72周龄屠宰性状3组性状间的相互关系。【方法】选取利用东乡青壳蛋鸡和白来航鸡构建的F2代资源群体母鸡1 186只,采用简单相关分析法和典型相关分析法对3组性状间25个变量进行分析。【结果】简单相关分析的结果表明:25个变量间共有284对存在极显著简单相关(P0.01),多数相关系数小于0.5。典型相关分析的结果表明:早期生长性状与40周龄体尺性状、早期生长性状与72周龄屠宰性状和40周龄体尺性状与72周龄屠宰性状3组性状间第一典型相关系数分别为0.726、0.826和0.741,均达到极显著水平(P0.01),分别占两组性状间总相关信息量的96.3%、96.4%和86.5%。在3组性状间起主要作用的性状有18周龄体重、开产体重、胫围、体斜长、屠体重和爪重。【结论】典型相关分析比简单相关分析能更准确、全面地反映蛋鸡早期生长性状、40周龄体尺性状和72周龄屠宰性状3组性状间的相关关系,为蛋鸡的选育提供依据。