蛋鸡资源群体产蛋性状遗传参数分析

【目的】利用平均信息约束最大似然算法(AIREML)分析蛋鸡资源群体产蛋总重、产蛋数、40周龄蛋重和开产性状遗传参数,剖析产蛋性状遗传参数变化规律。【方法】以白莱航鸡与东乡绿壳蛋鸡为基本素材,依照F2设计组建资源群体,包括亲代、F_1代和F_2代总计2 326只母鸡。每一世代采集开产性状数据,每日记录产蛋信息。蛋鸡32～60周龄采集蛋重数据19 825条。以多性状动物模型评估遗传方差、残差和表型方差。【结果】(1)品种、世代对产蛋性状有着重要影响,将其列入固定效应;(2)32～60周龄产蛋总重遗传力为0.28±0.05,累积产蛋数遗传力为0.33±0.05,40周龄蛋重遗传力为0.58±0.05,开产日龄遗传力为0.35±0.05,开产体重遗传力为0.65±0.05,开产蛋重遗传力为0.44±0.06;(3)产蛋总重与产蛋数遗传相关系数为0.78±0.04,与40周龄蛋重遗传相关系数为0.27±0.10,与开产日龄遗传相关为-0.41±0.12。【结论】选择产蛋总重性状,宜以个体选择结合家系选择方能有效获取遗传进展。     

应用随机回归模型分析蛋鸡蛋黄质量遗传参数

[目的]以随机回归模型分析绿壳蛋鸡-白来航鸡资源群体蛋黄质量遗传规律和遗传参数。[方法]收集2011—2014年资源群体2 260只鸡生产记录,整理后获得11 759条蛋黄质量记录,用随机回归模型将Legendre多项式嵌入加性遗传效应、永久环境效应以及固定效应,各周龄以不同的残差效应处理。加性遗传与永久环境效应分别以1~3阶Legendre多项式评估,以AIC、BIC值以及残差值选择最优模型。利用WOMBAT软件以平均信息约束最大似然法(AIREML)分析表型方差组分。[结果]蛋黄质量遗传力为0.43~0.49,重复力为0.61~0.71;蛋黄质量加性遗传方差应嵌入3阶Legendre多项式,永久环境方差应嵌入2阶Legendre多项式;随机误差最低值出现在40周龄,最高值出现在56周龄;加性遗传方差随周龄增加而增加;各周龄之间遗传方差高度相关。[结论]随机回归模型适用于蛋黄质量遗传参数估算;蛋黄质量属于中等遗传力性状。     

基于随机回归模型的如皋黄鸡产蛋数遗传参数分析

【目的】应用随机回归模型分析如皋黄鸡产蛋数的方差组分和遗传参数。【方法】收集2009-2012年如皋黄鸡的生产记录,包括9 298只蛋鸡的46 327条月产蛋记录。应用随机回归模型分析时将Legendre多项式嵌入加性遗传效应、永久环境效应以及固定效应,各产蛋月以不同的残差效应处理。加性遗传与永久环境效应分别以1~4阶Legendre多项式评估,以AIC、BIC以及残差值选择最优模型。利用WOMBAT软件以平均信息约束最大似然法(AIREML)分析表型方差组分。【结果】如皋黄鸡月产蛋数遗传力为0.05~0.32;开产第2月产蛋数遗传力最低,第1~2月的产蛋数遗传力在0.1以下,第3~7月产蛋数遗传力为0.20~0.32;如皋黄鸡第1个月产蛋数与其他月份产蛋数遗传相关系数较低,相邻产蛋月遗传相关系数较高。【结论】如皋黄鸡产蛋数遗传力较低;随机回归模型适用于地方鸡产蛋数遗传参数估算。     

蛋鸡资源群体蛋品质性状的因子分析

为了评估绿壳蛋鸡-白来航鸡资源群体蛋品质性状遗传参数,采用因子分析法对2 260只鸡的19 236条蛋品质记录进行了降维处理。从9个蛋品质性状中抽取4个公因子,可以解释79.16%的总变异。公因子分别描述蛋白品质、蛋壳品质、质量品质以及蛋形指数。蛋黄颜色的公因子方差只有0.06,表明该性状对蛋品质的贡献有限,可以将其从数据集去除。以公因子综合得分作为评价蛋品质的新指标,应用多性状动物模型分析遗传参数。资源群体蛋品质性状遗传力为0.18~0.46,遗传相关系数为-0.18~0.94,表型相关系数最高为0.94;新指标遗传力为0.39。这些结果表明因子分析适用于蛋品质性状遗传评估,新指标属于中等遗传力性状。本研究发掘的新指标携带大多数变异信息,有利于数据计算及选育提高蛋品质。     

应用随机回归模型估计蛋鸡体重遗传参数

【目的】通过分析勒让德多项式阶数对最大似然值、残差的影响,优化随机回归模型,评估蛋鸡资源群体体重遗传潜能和选择时机,为蛋鸡资源群体育种方案提供参数。【方法】收集东乡绿壳蛋鸡与白莱航鸡F₂资源群体体重数据26 532条。系谱数据包含5 871只鸡,其中4 174只鸡有5条记录,802只鸡有4条记录,128只鸡没有记录。数据清洗包括去除离群值数据、去除翅号重复个体、去除性别不明个体、去除少于4条记录个体。经整理,剩余25 483条体重数据,其中绿壳蛋鸡2 223条,白莱航鸡696条,F₁代6 002条,F₂代16 562条。应用SPSS软件中一般线性模型分析非加性遗传因素对体重的影响,确定将批次、性别列入动物模型固定效应。应用随机回归模型分析蛋鸡早期体重方差组分、遗传参数、随机回归系数矩阵特征向量。随机回归动物模型中包括一般固定效应、固定回归项及随机回归项三类效应。研究中,以批次-性别作为固定效应,以周龄体重作为固定回归项,将加性遗传效应和永久环境效应作为随机回归项。经AIC、BIC筛选,随机回归模型中加性遗传效应宜嵌入5阶勒让德多项式、永久环境效应宜嵌入5阶勒让德多项式、固定回归项宜嵌入2阶勒让德多项式。残差做异质化处理,分为5个水平,即每次观测设定一个残差初始值,观测间隔期残差以线性回归计算。【结果】蛋鸡资源群体1—9周龄体重遗传力为0.46—0.63,重复力为0.88—0.92,遗传相关系数为0.32—0.99,永久环境相关系数为0.34—0.99。遗传相关系数随着周龄间隔增大而减小,相邻周龄遗传相关系数较高。遗传方差、永久环境方差以及残差随年龄增加而增加。加性遗传效应随机回归系数矩阵前三个特征值依次为1 976.91、161.95、42.22,前三个特征值合计解释99%遗传变异。【结论】随机回归模型可用于蛋鸡早期体重遗传评估及选育。对加性遗传系数矩阵第二特征方程系数进行选择可以改变个体生长曲线,选择时机宜在3—6周龄。蛋鸡资源群体早期体重遗传力略高于其它群体同类研究结果。     

应用混合线性模型评估蛋白高度遗传参数

为分析蛋白高度动态变化规律,估计该性状不同周龄的遗传力和遗传相关系数,以高产蛋鸡白来航鸡与地方鸡鸡种绿壳蛋鸡构建F2资源群体,采集资源群体蛋白高度数据18 624条,应用约束最大似然算法分析表型方差组分。结果表明,混合线性模型的固定效应宜包含批次和亲代品种效应;资源群体蛋白高度遗传力为0.17~0.30;不同周龄蛋白高度表型相关系数为0.22~0.43,遗传相关系数为0.58~0.97,相邻周龄遗传相关系数较高。结果显示资源群体蛋白高度遗传力属于中等偏下,通过中长期选择才能有效获取遗传进展;蛋鸡分离群体蛋白高度不同周龄之间表型值差异不大、遗传相关系数较高,选择1~2个时间点足以代表全期蛋白高度水平。     

应用随机回归模型估计蛋鸡体重遗传参数

【目的】通过分析勒让德多项式阶数对最大似然值、残差的影响,优化随机回归模型,评估蛋鸡资源群体体重遗传潜能和选择时机,为蛋鸡资源群体育种方案提供参数。【方法】收集东乡绿壳蛋鸡与白莱航鸡F2资源群体体重数据26 532条。系谱数据包含5 871只鸡,其中4 174只鸡有5条记录,802只鸡有4条记录,128只鸡没有记录。数据清洗包括去除离群值数据、去除翅号重复个体、去除性别不明个体、去除少于4条记录个体。经整理,剩余25 483条体重数据,其中绿壳蛋鸡2 223条,白莱航鸡696条,F1代6 002条,F2代16 562条。应用SPSS软件中一般线性模型分析非加性遗传因素对体重的影响,确定将批次、性别列入动物模型固定效应。应用随机回归模型分析蛋鸡早期体重方差组分、遗传参数、随机回归系数矩阵特征向量。随机回归动物模型中包括一般固定效应、固定回归项及随机回归项三类效应。研究中,以批次-性别作为固定效应,以周龄体重作为固定回归项,将加性遗传效应和永久环境效应作为随机回归项。经AIC、BIC筛选,随机回归模型中加性遗传效应宜嵌入5阶勒让德多项式、永久环境效应宜嵌入5阶勒让德多项式、固定回归项宜嵌入2阶勒让德多项式。残差做异质化处理,分为5个水平,即每次观测设定一个残差初始值,观测间隔期残差以线性回归计算。【结果】蛋鸡资源群体1—9周龄体重遗传力为0.46—0.63,重复力为0.88—0.92,遗传相关系数为0.32—0.99,永久环境相关系数为0.34—0.99。遗传相关系数随着周龄间隔增大而减小,相邻周龄遗传相关系数较高。遗传方差、永久环境方差以及残差随年龄增加而增加。加性遗传效应随机回归系数矩阵前三个特征值依次为1 976.91、161.95、42.22,前三个特征值合计解释99%遗传变异。【结论】随机回归模型可用于蛋鸡早期体重遗传评估及选育。对加性遗传系数矩阵第二特征方程系数进行选择可以改变个体生长曲线,选择时机宜在3—6周龄。蛋鸡资源群体早期体重遗传力略高于其它群体同类研究结果。     

基于个体动物模型分析蛋鸡蛋壳厚度遗传参数

为评估母体遗传对蛋壳厚度表型变异的影响,剖析蛋壳厚度遗传参数动态变化规律,采集白莱航鸡×绿壳蛋鸡资源群体亲代及F1、F2代蛋壳厚度数据20 834条,利用WOMBAT软件分别以单性状和多性状动物模型分析表型方差组分。结果表明:批次和亲代品种效应对统计蛋壳厚度有着重要影响,将其列入固定效应;资源群体蛋壳厚度受母体遗传影响,加性与母体遗传存在较强负遗传相关;不同周龄蛋壳厚度表型相关系数为0.27~0.53,遗传相关系数为0.76~0.99,相邻周龄遗传相关系数较高。结果提示资源群体蛋壳厚度遗传力属于中等偏下,通过中长期选择才能有效获取遗传进展。     

近交对蛋鸡体重的影响

数据来自白莱航鸡、绿壳蛋鸡资源群体,包括13 185条记录,应用多性状动物模型解析遗传参数、育种值排序,评估近交对蛋鸡体重性状的影响,并比较不同模型估计的遗传参数、育种值排序.结果表明:F_2代群体个体近交系数解释的表型方差占比为6.0%～7.9%;蛋鸡资源群体体重的遗传力为0.43～0.47,重复力为0.51～0.94,遗传相关系数为0.66～0.84;近交系数协变量改变了育种值排序.蛋鸡资源群体体重的遗传潜能较大;选育体重时,动物模型宜包含近交系数协变量.     

单因素遗传设计中相关遗传力及遗传相关系数的抽样方差

本文推导了由一群体随机抽取出ｔ个基因型的单因素遗传设计中不同田间试验设计（单向分类及一年一地、一年多地、多年多地的随机区组）所估计的遗传参数的抽样方差，包括单性状遗传力和表型、遗传、环境方差及两性状间相应协方差、表型相关系数、遗传相关系数、环境相关系数、相关遗传力等相关遗传参数的抽样方差。     

长期选择的杜洛克猪群体经济性状遗传参数及遗传进展分析

目的 对受长期选择的实际杜洛克猪育种群体3个重要经济性状进行遗传参数估计,分析各性状取得的遗传进展,并探讨实际育种群体中长期选择等因素对群体遗传参数的影响。方法 收集广西某种猪场核心育种群杜洛克猪2003—2018年共计15 760条生长性能测定记录。运用DMU软件的DMUAI模块和DMU4模块,利用多性状动物模型估计3个重要经济性状的群体遗传参数和个体育种值。并通过估计该群体的年度累计群体遗传参数以评估该群体在长期选择过程中遗传参数的变化情况。结果 杜洛克猪3个重要经济性状(达100 kg体质量日龄、背膘厚和眼肌面积)的估计遗传力分别为0.354、0.477和0.479,均属中高遗传力性状。3个性状间的遗传相关范围为-0.110~0.039,表型相关范围为-0.076~0.082,均属于弱相关。性状达100 kg体质量日龄在长期选择中取得了较大的遗传进展,而性状达100 kg体质量背膘厚和达100 kg体质量眼肌面积取得的遗传进展较小。分析年度累积群体估计的遗传参数发现,3个经济性状的加性遗传方差出现了不同程度的变化。结论 杜洛克猪群体3个重要经济性状均为中高遗传力性状且性状间相关性较弱。在实际育种群体中,长期选择及引种等因素会导致群体遗传参数发生变化,育种实践中应及时开展遗传参数估计,以获得准确的遗传评估结果,加速群体遗传改良。     

基于牧场管理数据的奶牛健康性状定义及遗传参数估计

[目的]利用牧场管理数据定义奶牛健康性状,并对各健康性状进行遗传分析.为奶牛抗病选育和研究提供参考.[方法]收集了华北地区46个规模化牧场的奶牛健康事件记录,通过对原始记录中1 326种健康事件进行整理,将所有健康事件分为5类,并在每类中筛选出记录数相对较多的常见健康事件,共计18个.根据各健康事件在每个泌乳期内是否至...     

上海荷斯坦奶牛头胎与二胎日产奶量性状遗传力和遗传相关对比分析

当前,上海正组建我国南方地区荷斯坦奶牛基因组选择参考群体,而研究并对比分析上海荷斯坦奶牛头胎与二胎产奶量的遗传力和遗传相关是全基因组关联分析和基因组选择的基础。本研究收集并整理上海光明乳业旗下奶牛场2007~2013年6年间荷斯坦奶牛的43余万条奶牛群体改良(DHI)测定日记录,并采用随机回归模型对头胎和二胎的产奶量的遗传力和遗传相关进行估计。结果显示日产奶量性状头胎奶牛遗传力在0.125与0.475之间变化,二胎遗传力在0.155与0.34之间变化,变化趋势都是在泌乳期内先增大后减小,且头胎奶牛遗传力峰值大于二胎奶牛。头胎和二胎测定日产奶量间均有较高的遗传相关,但二胎整体的遗传相关程度较头胎测定日间小。该研究结果为上海地区荷斯坦奶牛基因组选择参考群体的构建和制定合理的选育计划,奠定了必要的理论依据。     

杉木配合力第1轮回选择的研究 Ⅰ.遗传参数估计及配合力效应分析

对７５个参试杉木亲本进行巢式交配设计,１４年生时,测定其树高、胸径等生长性状,分析了它们的一般配合力、特殊配合力效应及其遗传差异;估计了调查性状的加性遗传方差,显性遗传方差、组间环境方差、组内环境方差、半同胞表型协方差、全同胞表型协方差、半同胞相关系数、全同胞相关系数、雄亲遗传力、雌亲遗传力和雄亲＋雌亲遗传力等遗传参数．     

ＢＣ１和 Ｆ２设计下利用单标记信息检测 ＱＴＬ的效率

本文采用计算机模拟方法研究了 ＢＣ１和 Ｆ２设计不同资源群体规模、性状遗传力、ＱＴＬ效应 （ＱＴＬ方差占加性遗传方差的比例）和标记 －ＱＴＬ间图距下单标记分析对 ＱＴＬ的检测效率。结果表明：当资源群体的规模较大,目标性状的遗传力较高,ＱＴＬ效应较大,所检测的标记距离 ＱＴＬ的距离较近时,无论是 ＢＣ１设计还是 Ｆ２设计,都可获得较高的 ＱＴＬ检测效率。但在其他条件相同时,Ｆ２设计对 ＱＴＬ的检出率明显高于 ＢＣ１设计。     

中间球海胆幼体及稚海胆生长性状的遗传参数估计

为估计中间球海胆Strongylocentrotus intermedius幼体及稚海胆生长性状的遗传参数,采用巢式不平衡设计方法建立了44个中间球海胆全同胞家系,并测量了各家系海胆四腕幼体、六腕幼体和八腕幼体等各期浮游幼体的体长以及受精后30 d的稚海胆壳径,采用动物模型和约束性最大似然法(REML)估计了中间球海胆幼体和稚海胆生长性状的遗传参数。结果表明:中间球海胆四腕幼体和八腕幼体体长的遗传力分别为0.705±0.373和0.538±0.444,为高度遗传力,六腕幼体体长和稚海胆壳径的遗传力均接近于0,为低度遗传力;各阶段幼体体长和稚海胆壳径的共同环境效应为0.048~0.352;各阶段幼体体长间遗传相关为正相关(0.300~0.518),各阶段幼体体长与稚海胆壳径间的遗传相关为负相关(-0.152~-0.435)。本研究结果可为制定中间球海胆的早期选择和间接选择选育方案提供参考依据。     

红松优树无性系及其子代的生长评价与选择研究

  目的  评价和选择优质红松种质资源,为种子园升级换代提供材料。  方法  本研究以吉林省汪清林业局国家红松良种基地相同优树的30个37年生亲本无性系和35年生生子代半同胞家系为材料,对其生长性状进行评价分析。  结果  方差分析结果表明,无性系和家系各测定指标差异均达极显著水平（P < 0.01）。无性系或家系各指标表型变异系数变化范围分别为4.19% ~ 25.88%和4.51% ~ 34.33%,无性系各指标重复力变化范围为0.45 ~ 0.74,家系各指标遗传力变化范围为0.70 ~ 0.85,家系单株遗传力变化范围为0.29 ~ 0.66,属于中高重复力和遗传力。相关性分析结果表明,无性系和家系间胸径、树高、材积和冠幅均呈极显著正相关（r > 0.47,r > 0.57）。主成分分析结果表明,无性系和家系的两个主成分的累计贡献率分别达68.50%和73.37%,胸径、树高、材积和冠幅对主成分Ⅰ的贡献最大,因此可以作为红松种质资源评价的指标。利用多性状综合评价法对无性系和家系进行筛选,以10%为入选率,分别筛选出3个优良无性系和3个优良家系,入选无性系和家系胸径、树高、材积和冠幅遗传增益变化范围为3.03% ~ 14.40%。对优良家系内单株进行综合评价选择,筛选出9株优良单株,入选优良单株胸径、树高、材积和冠幅遗传增益变化范围为6.98% ~ 37.37%。  结论  利用生长性状初选出优良无性系、优良家系和优良单株,可用于红松良种申报,并为红松良种选育提供理论基础。      

应用DF-REML法估计牙鲆性状遗传参数

应用单性状无重复模型,利用非求导约束最大似然法(DF-REML),对牙鲆在185、235、345、465日龄下的体长、体高、体重、肥满度等性状遗传参数进行估计。结果表明,以上指标各日龄下遗传力范围分别是0.23～0.3、0.2～0.29、0.22～0.32、0.19～0.26;性状表型方差中遗传方差所占比重较小,环境方差较大,性状表型值受环境影响较大;各日龄下的体长、体高、体重间表型相关极显著(P≤0.01),体长、体高与肥满度间呈极显著的负相关(P≤0.01),体重与肥满度表现为显著正相关(P≤0.05);遗传相关性表现趋势与表型相关性一致。